4HPEA

Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (cd630_03720) from clostridium difficile 630 at 2.38 a resolution
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
293
structure length
288
Chain Sequence
TGMNLSAEVLKHQPMVEKYARENGISEYVNVLLAIIQVESGGTAEDVMQSSESLGLPPNSLDTESSIKQGCKYFASLLSSSKNQGIDDLNVAIQSYNYGGGYVGYVAGKGKKHTFNLAESFAREKSGGKKVTYTNPIAVAKNGGWRWNYGNMFYVELVNQYLTSGELAQKVMNEALKYQGWKYVYGGSNPNTSFDSGLTQWCYGKAGISLPRTAQAQYDATQHLPLSQAKAGDLVFFHSTYNAGSYVTHVGIYVGNNQMYHAGDPIGYADLSSSYWQQHLIGAGRVKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
publication title Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (CD630_03720) from Clostridium difficile 630 at 2.38 A resolution
rcsb
source organism Clostridium difficile
total genus 95
structure length 288
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00877 NLPC_P60 NlpC/P60 family
A PF13702 Lysozyme_like Lysozyme-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4hpeA01
3.90.1720.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) 4hpeA02
5LYTA 2F30A 2FYDA 2MEFA 1XGQC 3O98A 4B1AA 5KXZA 1HEPA 2DQCY 4HJVA 1LSZA 3GT2A 1LHMA 1LSDA 2MEGA 1GB5A 2MECA 1JITA 1D0LA 1LOZA 1NBYC 1YKYX 2D91A 2F4GA 1G7IC 1GF3A 2MEEA 5B1FA 1GFTA 4B49A 3FE0A 4HV2A 4XJFA 1JEFA 1HC0A 1IY3A 1HFZA 2BQFA 4N1CC 6LYZA 1GF5A 1UC0A 5F16A 1G7JC 2YBNA 1IP5A 2BQAA 1DI3A 3AYQA 2ZWBA 5I53A 2LHMA 3IWRA 4H9EA 4NY5A 3RU5A 3OJPA 4TX7A 3NE0A 4NWEA 2MEHA 4NGJA 1NF5A 2YSSC 4J7VA 3CB7A 1B7QA 1IP7A 4XENA 5F81A 4ETDA 134LA 2W1LA 2DBTA 3TMUA 4DD0A 4M4OA 4KPMA 4N8ZA 1IY4A 4DWXA 4LT3A 1LYSA 1KXYA 1JPOA 1SLYA 1AT5A 1TAYA 2ZILA 4H9CA 194LA 1WQNA 2D4KA 3EO5A 3AZ6A 1B5WA 1BB3A 1QIOA 5DN5A 4XJBA 1LTMA 1AM7A 4LT1A 2NWDX 1ALCA 5I4XA 1LMNA 4IASA 2LZTA 1FKVA 1YL0X 5DL9A 5LA5A 4LYCA 4PRUA 5APFA 2LYOA 4QEQA 1V7SA 3EXDA 1IP4A 2VPSA 4OW1A 1JJ0A 1WQOA 1UIEA 1GFRA 1XGPC 5APDA 1IX0A 2LRJA 1IWWA 1D9UA 1LYOA 1LZ4A 1OUCA 3P64A 4ZEEA 1XEKA 3PVQA 4F0WA 1B7PA 1JKDA 2BLXA 2MEBA 4G4BA 1NDMC 4NSJA 1IO5A 4WG7A 4X3BA 4B4IA 5IELA 4WLTA 1FLUA 3N9EA 1JIYA 5I4YA 5KXOA 3HBHA 4FJRA 4NEBA 2IF6A 1I56A 1IWYA 2RSCA 2HEBA 3WPLA 4HSFA 4PJ2C 3WXTA 1MELL 2ZYPA 3WMKA 3A94A 1B7MA 3A6CY 2DQHY 4NGIA 1GFJA 2YBMA 4GN5C 1IC5Y 4ETBA 4ZIXA 1LSCA 5A3ZA 3F6ZA 5KKIA 1F6SA 2HUBA 1OUGA 2F4AA 3J6KA 207LA 3GXRA 4OWAA 2IFFY 1YAPA 2VOBA 1OUBA 2DQEY 1NBZC 1YILA 3AGIA 4HV1A 2IO8A 4WM2A 5B05A 2Z12A 1IORA 3CQLA 4E3UA 2DQFC 1LCNA 1JSEA 1HENA 1XSFA 5LA8A 1GFVA 1NQIA 2BQMA 1XGTC 5DM9A 5LYZA 4C3WA 1IVMA 1GDXA 2HEFA 1LZ8A 1GBSA 3TXBA 4A7DA 1IP3A 3WU9A 4YEMA 1IWZA 1QDTA 2D6BA 2DQAA 4H1PA 1DXJA 4HP0A 6LYTA 4BAPA 1CKDA 2ZIJA 1JTPL 4NSGA 1KXWA 153LA 4WLYA 4AXTA 4ETEA 1F10A 1DI5A 3AJNA 4EQAA 1B5ZA 4NG1A 4W96A 1FLWA 1LJJA 1LZ9A 1LSMA 1XEJA 1CKHA 2BAAA 2HEEA 2YVBA 5D5FA 1LZNA 1OUHA 1IOTA 1LZSA 4XN6A 4OOOA 4ET9A 5F9UA 5KY1A 3W6BA 1BWJA 2VB1A 3M3UA 1LSNA 1LJEA 4RLNA 1CNSA 4D9ZA 1FDLY 2D4IA 1IOQA 4UWNA 4OWEA 4BADA 2ZNWY 2XIVA 4J1AA 3WH1A 4HPEA 1EQ4A 4M6DA 2IO9A 1UBZA 3P66A 5I54A 1AZFA 1CKGA 5K7OA 1GFAA 2A7FA 2DQDY 3D9AC 5ILCA 3FI7A 3NPFA 3LHMA 2W1YA 4Z98A 1HFXA 2N5ZA 3W6DA 1KXXA 1IP2A 1LZRA 1RJCB 1BWIA 2LYZA 3ATNA 4DC4A 1OUJA 4NGZA 4YEOA 2FYCA 3T36A 1GDWA 1ZVYB 1WTNA 1QSWA 4NHTA 1LZ1A 2CDSA 1B7SA 3WUMA 5IHGA 3KW0A 4NHSA 1TBYA 5KXMA 3I86A 1CJ7A 2CWIA 2C8PA 1NHEA 2YBIA 1GB6A 1LSYA 4GCCA 2Z38A 4II8A 4EMNA 2IO7A 1HNLA 1GFHA 1HF4A 2HU3A 3WUNA 4MCKA 3B72A 4ZFPA 1UA6Y 1OUDA 4LZTA 3A93A 4WM3A 5LYMA 5KXKA 5HMJA 1B0DA 3QNGA 4CGEA 2H9JA 3N9AA 1YAQA 3A3RX 1MLCE 4L41A 2I6ZA 1OQMA 4LYTA 1DI4A 1JWRA 1YROA 1LSEA 5KXLA 5FSTA 1CJ6A 4FGDA 4BAFA 1GE3A 1GB0A 1HELA 4YM8A 3A67Y 4NWHA 3CT1A 2IOBA 4HJYA 5A3EA 1JUGA 2Y8PA 3CSQA 2BQKA 3AW6A 1QUTA 3B0IA 4G4CA 5FDJA 1UIGA 4G49A 4N5RA 3W3EA 1KIPC 4RLMA 3ULRA 1GBYA 2Z18A 5L3IA 1JTOL 1DPWA 4PGJB 2DQJY 2F2NA 1LJGA 3RW8A 5LVHA 1HEQA 1LSBA 1WQPA 1OUEA 4DDAA 2EVRA 1GF0A 1UUZC 3WYHA 5APCA 1LKSA 4GLAA 1GXXA 1CJ9A 4R0FA 1GBZA 1RFPA 1EL1A 4EOBA 3WXUA 4OWHA 1GD6A 1GEZA 1GFKA 3N9CA 4WO9A 1GPQC 3A34A 4J0LA 4H8XA 5ILFA 5J7CA 1ZMYL 4I8SA 5L3HA 4H92A 4ETCA 1FLQA 4WM5A 3WUAA 1TDYA 2EQLA 1B5YA 2LYMA 1IP6A 2YBJA 1D0KA 1B9OA 4WMGA 1JSFA 2WARA 2BQGA 4GCDA 4H9HA 5F9XA 3E3DA 1GB7A 4PPOA 4WL7A 1ZVHL 1TCYA 1IP1A 3P68A 4GLVA 1HEMA 1QSAA 4F0VA 3TXIA 4N1EI 1H6MA 3LN2A 2DQGY 5FELA 4DDCA 3WW5A 1B7RA 4Q4TA 1OUFA 4CSHA 1HSXA 4UWUA 1YAMA 4LFPA 4XJDA 2ZQ4A 5LAGA 1JKCA 1LJ3A 2D4JA 4NSIA 4G9SA 1VFBC 1REYA 1G7MC 3B0OA 4WM1A 3TMWA 1FLYA 1WQRA 2IHLA 1LZGA 3WU8A 2BQCA 1BB4A 5B59A 4XJHA 2MEDA 1ZV5L 2PC2A 3VPJA 1WQMA 3VPIA 1WTMA 5I4WA 1IWXA 3TXKA 4DD1A 3AZ7A 1JJ1A 1LJIA 4LYBA 4LYZA 2G4QA 3WPJA 1CJ8A 1GE0A 1GE1A 4HTQA 4LFXA 2ZNXY 4H9FA 1C7PA 4GCFA 2FG0A 3WVXA 2VPMA 5D5CA 5KXSA 1DZBX 1LPIA 4WO6A 3W6FA 1BVKC 1D6QA 1Z55A 1QUSA 1CKCA 1GFUA 3AZ5A 4XJGA 1LYZA 3TXFA 1XGUC 1VDPA 3P65A 1YQVY 3ATOA 1LMQA 4WM6A 3A91A 3A30A 3S0QA 4GN3A 1LHHA 3W6CA 5FEKA 4H91A 1LMPA 4XADA 3WPKA 3A95A 4LJ1A 4OLKA 2G4PA 2MEAA 2GV0A 3A2YA 2EIZC 5JENB 3M18B 4FDYA 4KXIA 5KXNA 1C45A 2CGIA 4NGWA 4LT2A 3CSRA 1IOCA 1F0WA 3KAMA 1QTKA 3OK0A 4GCBA 1B7OA 1GAZA 4ET8A 1KIRC 1LZAA 1WVVA 1YIKA 4N9RA 3RZ4A 3LYMA 4DT3A 2EPEA 1C46A 1LZ5A 4JXBA 3B0KA 4H94A 4NHIA 2X0AA 1JKBA 4CFOA 5KXRA 1UIFA 4B4EA 1I20A 1HERA 1LJNA 3AB6A 4LGKA 1DQJC 1IR8A 1DKJA 1G7LC 1OP9B 1UIHA 3CT0A 1GXV2 1IWUA 4XJIA 3AGHA 4OWBA 1IOSA 1LJKA 2BQIA 4NHPA 5LVJA 1AKIA 4WM4A 3ZVQA 154LA 4DD3A 1VEDA 1LMTA 4Z46A 4R0KA 5DLAA 5LINA 1BGIA 2BQNA 4W94A 4Z3MA 3HFMY 5LAFA 4MR1A 1V7TA 1IWVA 1VATA 1LHLA 1LSAA 2K3AA 1LKRA 4H9BA 2HBWA 2Z19A 2YBLA 1LMAA 3IJUA 1AT6A 4NFVA 4TSCA 3A92A 1NKHA 3B6LA 4H8YA 4NSHA 4BS7A 3LYZA 5HMVA 3A96A 4LT0A 2DQIY 4YOPA 4I0CA 1BQLY 1T6VL 1LHKA 3G3BB 4HPIA 4CFPA 4QGZA 3TXGA 5KKJA 1B7LA 1B2KA 4FGEA 4QDNA 1HMLA 2DKVA 3RNXA 1LJFA 4HJZA 5KXXA 3K3TA 4N0JA 4XYYA 1D0MA 1WVUA 1KIQC 1PZYA 2HTXA 2B5ZA 1T3PA 2I25L 4RW1A 5II3A 2BQLA 5HNLA 1HEWA 4U3XB 5L9JA 3LZ2A 2H9KA 4HTKA 4IJ4A 1FBIX 3CSZA 4J1BA 2I26L 4P2EA 1BVXA 5C6IA 1YKZX 4GCEA 2HEAA 3WW6A 1INUA 4Z41A 4H90A 1B5XA 1LZ6A 1LYYA 4YENA 2W1MA 1C08C 3BKVA 4MSTA 4TWSA 5C6LA 9LYZA 4HZ9A 5B07A 1XGRC 3ZEKA 7LYZA 3LYOA 3D3DA 3ZVQB 3MGWA 2W1XA 3TXJA 3QE8A 1QQYA 2AUBA 1GF4A 1GF9A 3HBDA 4QY9A 4R6CA 3TXHA 1LJ4A 1DPXA 3LYTA 2HU1A 3A2ZA 2LZ2A 5LVKA 1EQ5A 1LZBA 4WOAA 1BB5A 3LZTA 4KT3A 4EOFA 1F6RA 3EMSA 4OWCA 2C8OA 2FBDA 1LZYA 3RT5X 2BPUA 4B0DA 4TSBA 4ANRA 4B4JA 1E8LA 1J1PY 1B7NA 1N4FA 2Z37A 2YDGA 4NGLA 1SQ2L 5T3FA 3T6UA 1BB7A 132LA 1QTEA 2A7DA 5HLLA 2BQBA 3WVYA 2BQHA 1HSWA 1LJHA 5C6JA 2K1GA 1P2CC 1B5VA 1W08A 1XEIA 2ZIKA 1GB2A 1OUAA 1JHLA 3CT5A 3J4GA 4H9IA 1I1ZA 4CGKA 1J1OY 5KJ9A 1A4VA 2MEIA 1LZEA 4EQ8A 1IEEA 1UIBA 133LA 1H87A 1UIAA 4H93A 5KXYA 3TXDA 1YANA 5LIOA 2XBSA 4H9AA 1WQQA 1IWTA 1GBWA 3AZ4A 1JJ3A 5E4PA 4Q4GX 2Z39A 5KXPA 4AGAA 3TMXA 5DN4A 1C10A 4NGOA 1VDSA 1CKFA 1A2YC 2XBRA 5FCPA 1GB8A 4KL7A 4NIJA 4DD7A 3WU7A 1GB9A 1LSPA 1FN5A 1C43A 1GHLA 1LAAA 3AW7A 4DD2A 2IOAA 3PBIA 4GN4A 2BQDA 1HEOA 1NWGA 4NGYA 1RCMA 1LZDA 2BQOA 4NGKA 1LSGA 1LHIA 2CJLA 3G3AB 1BHZA 2FBBA 1G7HC 1PS5A 4CJ2A 1BB6A 3P4ZA 1UICA 4OOTA 4DD9A 4FGIA 1EQEA 1JTTL 4C5FA 1XFPL 5FHWA 1IC4Y 1RI8B 4DYGA 135LA 1IR9A 1UCOA 1BWHA 2XJWA 4O34A 5AMYA 2HEDA 3TXEA 5HNCA 193LA 4NG8A 1IR7A 1GE4A 5LVIA 3WL2A 1GFGA 1O23A 1VDTA 4PRQA 4WLDA 4LYMA 4RDSA 3A3QA 4TUNA 5EBHA 1GWDA 1LMOA 1IC7Y 1TEWA 1GBXA 2YBHA 1W6ZA 1IIZA 2EKSC 5LXWA 1VDQA 4FQAA 4UWVA 5B06A 3PBCA 5KXWA 1GB3A 4G4HA 1NMMA 4DDBA 3W6EA 4WG1A 1FKQA 4FQBA 3GXKA 1VAUA 2Z2FA 4WL6A 5I5QA 1JKAA 1NDGC 3TMVA 3WULA 1LZCA 1REZA 4ETAA 1RE2A 4RW2A 3QY4A 2Z2EA 4H8ZA 1JISA 3A90A 5APEA 1YL1X 1UACY 5M1YA 2XTHA 5KXTA 4CT3A 208LA 1D6PA 5LVGA 1LZTA 1GF6A 1LSFA 2Q0MX 1HFYA 1HHLA 4HTNA 1OUIA 4F4MA 4YF2A 1HMKA 4ML7A 4TTDA 2HECA 5B1GA 3AGGG 3M1UA 2ZYCA 2H5ZA 1GE2A 3VWOA 5HQ1A 2BQEA 1GAYA 4IATA 1GBOA 4PHIA 1GF7A 1J1XY 4CHXA 1REXA 1UIDA 4Q4NA 1B5UA 1GFEA 3BKHA 4NGVA 1GEVA 4WLXA 1DKKA 5E9RA 3H41A 5IDDA 1QDRA 1YKXX 1YAOA 2G4NA 2BQJA 1GF8A 1LHJA 4LYOA 3EBAB 3W6AA 1REMA 2BLYA 3IJVA 1LMCA 3A8ZA 5F14A 3A6BY 2ZQ3A 3HBEX 4HZBA 3SP3A 8LYZA 4NHQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FYDA 4GRVA 1L55A 1P7SA 1L24A 4HJVA 245LA 3GT2A 3HT9A 2MEGA 3FADA 4HV2A 1PQOA 6LYZA 5I53A 1IP5A 2ZWBA 2LHMA 4H9EA 4NWEA 2MEHA 3HH4A 4J7VA 3CB7A 4ETDA 4DD0A 4DWXA 1LYSA 1KXYA 197LA 1WQNA 1CV0A 1QIOA 1LTMA 107LA 1ALCA 1FKVA 1YL0X 4YX7C 3EXDA 1L44A 1IWWA 1D9UA 4LZMA 3P64A 4F0WA 1JKDA 4G4BA 4B4IA 4X3BA 1L51A 212LA 1LYDA 5KXOA 1G0LA 2IF6A 2RSCA 1CV5A 1L60A 3A6CY 1KS3A 2DQHY 4NGIA 1QTDA 4ETBA 4GN5C 5KKIA 2HUBA 207LA 3GXRA 1OUBA 181LA 2IO8A 3AGIA 1IORA 240LA 1C63A 1JSEA 1HENA 4W53A 1GFVA 5LYZA 211LA 1L82A 3HT7A 1GBSA 2RBRA 2D6BA 2DQAA 1DXJA 1CKDA 3AJNA 1DI5A 4EQAA 1B5ZA 4W96A 2ANVA 1LJJA 2BAAA 3WVYA 4ET9A 1LZSA 210LA 1KY1A 4ARLA 1BWJA 4RLNA 1LSNA 1LYEA 4UWNA 1QS5A 4OWEA 4BADA 1EQ4A 2IO9A 1QT5A 5I54A 158LA 1GFAA 3HTGA 4I7NA 3NPFA 4Z98A 3W6DA 1KXXA 1IP2A 2LYZA 1G0GA 4DC4A 220LA 1CTWA 1LZ1A 1L95A 4NHSA 1C61A 2C8PA 1NHEA 1LSYA 1L70A 1HNLA 1L80A 2B6YA 1QUDA 4MCKA 223LA 3A93A 5HMJA 1B0DA 3DKEX 3GUKA 3N9AA 2I6ZA 1L32A 1DI4A 1L17A 5FSTA 1HELA 2IOBA 5FDJA 1QUTA 4G49A 1KIPC 1OWYA 1SX7A 1GBYA 1L16A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LYT A;  2F30 A;  2FYD A;  2MEF A;  1XGQ C;  3O98 A;  4B1A A;  5KXZ A;  1HEP A;  2DQC Y;  4HJV A;  1LSZ A;  3GT2 A;  1LHM A;  1LSD A;  2MEG A;  1GB5 A;  2MEC A;  1JIT A;  1D0L A;  1LOZ A;  1NBY C;  1YKY X;  2D91 A;  2F4G A;  1G7I C;  1GF3 A;  2MEE A;  5B1F A;  1GFT A;  4B49 A;  3FE0 A;  4HV2 A;  4XJF A;  1JEF A;  1HC0 A;  1IY3 A;  1HFZ A;  2BQF A;  4N1C C;  6LYZ A;  1GF5 A;  1UC0 A;  5F16 A;  1G7J C;  2YBN A;  1IP5 A;  2BQA A;  1DI3 A;  3AYQ A;  2ZWB A;  5I53 A;  2LHM A;  3IWR A;  4H9E A;  4NY5 A;  3RU5 A;  3OJP A;  4TX7 A;  3NE0 A;  4NWE A;  2MEH A;  4NGJ A;  1NF5 A;  2YSS C;  4J7V A;  3CB7 A;  1B7Q A;  1IP7 A;  4XEN A;  5F81 A;  4ETD A;  134L A;  2W1L A;  2DBT A;  3TMU A;  4DD0 A;  4M4O A;  4KPM A;  4N8Z A;  1IY4 A;  4DWX A;  4LT3 A;  1LYS A;  1KXY A;  1JPO A;  1SLY A;  1AT5 A;  1TAY A;  2ZIL A;  4H9C A;  194L A;  1WQN A;  2D4K A;  3EO5 A;  3AZ6 A;  1B5W A;  1BB3 A;  1QIO A;  5DN5 A;  4XJB A;  1LTM A;  1AM7 A;  4LT1 A;  2NWD X;  1ALC A;  5I4X A;  1LMN A;  4IAS A;  2LZT A;  1FKV A;  1YL0 X; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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