4HPEA

Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (cd630_03720) from clostridium difficile 630 at 2.38 a resolution
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
293
structure length
288
Chain Sequence
TGMNLSAEVLKHQPMVEKYARENGISEYVNVLLAIIQVESGGTAEDVMQSSESLGLPPNSLDTESSIKQGCKYFASLLSSSKNQGIDDLNVAIQSYNYGGGYVGYVAGKGKKHTFNLAESFAREKSGGKKVTYTNPIAVAKNGGWRWNYGNMFYVELVNQYLTSGELAQKVMNEALKYQGWKYVYGGSNPNTSFDSGLTQWCYGKAGISLPRTAQAQYDATQHLPLSQAKAGDLVFFHSTYNAGSYVTHVGIYVGNNQMYHAGDPIGYADLSSSYWQQHLIGAGRVKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (CD630_03720) from Clostridium difficile 630 at 2.38 A resolution
rcsb
molecule keywords Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium difficile
total genus 95
structure length 288
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00877 NLPC_P60 NlpC/P60 family
A PF13702 Lysozyme_like Lysozyme-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4hpeA01
3.90.1720.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) 4hpeA02
4XENA 1IWWA 1YILA 1J1XY 2F2NA 1CKGA 1B7NA 3I86A 1DI5A 1G7HC 3TMXA 1OUHA 4EOFA 2BQJA 3M1UA 3QE8A 2LYMA 1VDQA 4FGIA 1DI3A 1IOQA 1LZ8A 5JENB 4GN3A 4HTKA 4TSCA 1FBIX 4Z3MA 1GF6A 4NGLA 4WM3A 4XN6A 4Q4NA 1AT6A 5KKJA 5M1YA 1KXXA 2I25L 1C7PA 5AMYA 3O98A 3QNGA 1LHJA 3A8ZA 3TXBA 1LHIA 1XEKA 1YAOA 1FLQA 1UACY 1LTMA 3A91A 1BWHA 1CJ9A 1GB3A 1J1OY 5KXMA 1KIQC 1VDPA 1LMCA 1IWZA 1LSPA 1LSYA 3AGIA 2LZ2A 4LFPA 4B4IA 4CSHA 5LAFA 1ZMYL 4FQBA 4NHTA 2LZTA 3WXUA 1UIGA 4NGZA 1CNSA 1DZBX 2BQDA 1RFPA 4CT3A 1QUTA 3FE0A 4KPMA 1WTNA 6LYZA 2BQHA 4DDAA 2B5ZA 4WO9A 4AXTA 3IJUA 1B7MA 1BWJA 1CKDA 1KXYA 1LHKA 3HBDA 1OUEA 3RW8A 3T36A 5IHGA 4ETDA 4XJFA 1B0DA 3AW6A 2F4AA 3VPIA 1DQJC 1V7TA 1LZBA 1RI8B 3HFMY 4H8XA 3WPLA 2MECA 5F14A 1LOZA 4YEOA 4C3WA 4NFVA 3P65A 4H8YA 1FLUA 2HU1A 3AZ5A 2Z18A 3G3AB 4GLAA 5EBHA 8LYZA 1BVKC 1GFGA 2FYDA 1NHEA 4WL7A 1UCOA 5DM9A 1GBZA 4NGJA 1GEVA 4LT1A 1IP3A 5F81A 5IDDA 1XSFA 1GE1A 1GXXA 1Z55A 4J7VA 4N1EI 1HERA 5B1GA 1LHLA 2PC2A 4Q4TA 3TXGA 2MEFA 1QSWA 4W96A 3CQLA 1IOSA 4IATA 2ZNWY 1W6ZA 4AGAA 4B0DA 1HC0A 4OWHA 1B7LA 1LYYA 4B49A 4WO6A 5LVGA 1JJ1A 5KXNA 1A2YC 1JSFA 1LSNA 2BAAA 1BB3A 1GF9A 4DD3A 2YBJA 2EKSC 3CSZA 3WUNA 1IWUA 1UIAA 1GXV2 1GBSA 4GCEA 1MLCE 2BQIA 2XBRA 1C43A 5B1FA 1GB9A 3OK0A 4WG1A 5DLAA 3CT0A 3MGWA 1FKQA 4XADA 4NSIA 1LZRA 1JITA 2WARA 1UIFA 4GCBA 1HMKA 1WQMA 1B5VA 4WG7A 5A3ZA 2MEBA 4LFXA 4RDSA 5LYTA 4HP0A 4NIJA 4LGKA 4CGKA 1UIHA 4NHSA 2W1MA 5HNCA 1JHLA 1LJIA 4OOOA 5DL9A 5LVJA 2MEIA 1DPWA 3J4GA 3N9CA 2VPSA 4LYOA 1LSGA 3T6UA 1YROA 1LSBA 5FDJA 5KXXA 1LSAA 5F9XA 2CDSA 1D9UA 2HEBA 1C46A 5KXZA 5LVHA 3PVQA 1HFXA 2D4KA 1ZVYB 2D6BA 2H9JA 5KXTA 1LMPA 2A7FA 4EQ8A 1LHHA 1JIYA 1YQVY 3FI7A 5APEA 2DQCY 3AJNA 3WU9A 4HZ9A 2DQDY 2RSCA 2G4PA 4HV2A 3WXTA 1LJGA 2Z12A 4Z41A 1YL1X 5LAGA 2IFFY 3M3UA 1D0MA 1HFYA 4GCFA 5HLLA 2Z37A 5KXSA 2BLYA 1GFTA 1IX0A 1BB7A 1I1ZA 4E3UA 4YEMA 4H9AA 3LHMA 1GBYA 2FG0A 1CKFA 1EQ5A 2BPUA 2ZIJA 2BQCA 3K3TA 4H9BA 2ZILA 3WW5A 5LYZA 1B2KA 3HBHA 1GD6A 3P4ZA 4BAPA 3ZEKA 1GB8A 4BS7A 4ETBA 1GB6A 3AGGG 1GB0A 1CJ6A 1JUGA 3A67Y 4KL7A 4HPEA 3WH1A 2DQHY 3A93A 2C8PA 3P66A 1IP1A 3AB6A 3D9AC 4LT0A 5KXYA 3TXEA 1NBYC 1NWGA 4J1BA 2W1XA 4N9RA 1LZGA 1GE4A 2I26L 1BGIA 5KXWA 153LA 3EO5A 2BQBA 2ZQ3A 3B0OA 1INUA 2DQEY 4NHQA 1WQQA 2ZIKA 4N8ZA 2DQAA 1CJ7A 2MEGA 2Z2FA 1LZ6A 1LYSA 5LVKA 2VB1A 3ULRA 4CFOA 2IOAA 4EMNA 3N9EA 1G7IC 2Z38A 4H9EA 2XBSA 4WLYA 135LA 2FYCA 4ANRA 1IP5A 2K3AA 4UWNA 1JTPL 4H8ZA 1VFBC 1JTTL 3A2YA 5KXOA 1LSZA 1HEPA 3CT1A 4PGJB 4GN4A 3AGHA 5ILFA 4H90A 5F16A 1XFPL 4NWEA 4NGKA 2EPEA 1F10A 4ET9A 1B5UA 1G7JC 1NMMA 5APCA 5T3FA 1EL1A 1HELA 4HSFA 2VPMA 1P2CC 3LZ2A 4N0JA 4RLMA 1GDXA 1DPXA 1VEDA 5I4XA 4P2EA 4EOBA 5I5QA 3WPJA 4A7DA 1CKCA 1TCYA 4NHIA 3G3BB 1O23A 4GLVA 4WM6A 5E4PA 1AZFA 4CFPA 1YL0X 1IR7A 1SQ2L 4L41A 1D0LA 4PHIA 1F6RA 1YKXX 3A90A 1N4FA 3D3DA 4LYBA 2YBNA 4DD2A 5KKIA 4QGZA 1GBWA 1B7QA 4G49A 3PBIA 2YBHA 4R0FA 3KW0A 5C6LA 3WVXA 5L3HA 1REZA 1IC7Y 1GFUA 3KAMA 4MSTA 3W6DA 4R0KA 2Z39A 2HBWA 1IO5A 1LZ5A 1LMAA 1LCNA 1LJ3A 4F0WA 1KXWA 2LYOA 5I4WA 2EVRA 4G9SA 1BB6A 1CKHA 1JJ0A 1E8LA 3EBAB 1IWTA 2W1LA 1XEIA 2G4QA 4QDNA 4FGDA 3LZTA 4IASA 5I54A 3B72A 1GB2A 2Z2EA 5KXKA 3TXKA 1HF4A 1QTEA 1GAZA 5C6IA 1IIZA 7LYZA 1ZV5L 4XYYA 132LA 3A3QA 133LA 1I56A 1QDTA 4H9HA 2ZYCA 1LHMA 2DQGY 4OWAA 4ETAA 2GV0A 4Z46A 1CJ8A 1B5ZA 1IWYA 4DDBA 4PRQA 3LN2A 1LZNA 2BQKA 1IWXA 3IJVA 1JEFA 5B07A 3RT5X 1VAUA 3NE0A 1XGUC 4PJ2C 1DKKA 1LSEA 3CSRA 2MEDA 2D4JA 3AZ4A 4NGVA 4QY9A 1VATA 4IJ4A 4QEQA 1HEMA 1YANA 5DN4A 1GF0A 1LKSA 1YAPA 3A3RX 1GFVA 5DN5A 1REYA 2H9KA 5KY1A 2DKVA 1SLYA 1WVVA 1BB4A 2ZNXY 2ZWBA 3W6AA 1GDWA 4B4JA 5KXRA 2MEHA 1D6PA 4LT3A 4LYCA 4WM1A 1HSWA 3TXIA 4F0VA 2A7DA 5II3A 3TMWA 1WQNA 4KXIA 4ETEA 5HQ1A 1LZ1A 2BQGA 4I0CA 1GEZA 1JISA 1LMQA 1B7OA 1WTMA 4DWXA 2MEAA 3A92A 1DXJA 1JKCA 2XTHA 4DYGA 3WW6A 4CJ2A 4NGOA 1C45A 4NY5A 2YBIA 3CT5A 3A95A 4FQAA 1LJJA 4WM5A 4TSBA 3TXDA 4KT3A 4Q4GX 1LSMA 1GBXA 1QDRA 2LYZA 2Y8PA 3LYZA 1UA6Y 4H9CA 4WLDA 2IO7A 1B5YA 4NG8A 1LZ4A 4XJGA 1GWDA 1HNLA 2HUBA 5HNLA 4I8SA 3ZVQB 4H9IA 1T3PA 1FDLY 4U3XB 5C6JA 2IO8A 1GBOA 3LYMA 1IC5Y 3AYQA 4OWEA 1JKBA 1GFEA 2EIZC 1G7MC 3A96A 1HENA 5LA5A 3B0IA 4DDCA 5K7OA 1B9OA 3WPKA 1IR8A 4YM8A 1YAMA 1IOCA 1GPQC 3GXRA 1GFAA 4HTNA 4YENA 2BQAA 1IORA 1IP4A 1HEOA 5L9JA 5FCPA 2NWDX 4WLXA 1LPIA 1IY3A 4OW1A 4FJRA 1LJNA 1UBZA 1GB5A 1OQMA 1YAQA 2D4IA 2YBLA 2BQOA 3E3DA 3EXDA 5LIOA 3IWRA 4H92A 1RCMA 4II8A 1IP7A 2IF6A 5I4YA 1W08A 1LAAA 2DBTA 2IHLA 1F0WA 3A30A 1NBZC 4ZFPA 3NPFA 3H41A 1OUCA 1LSFA 5D5CA 5FHWA 1UUZC 3BKHA 4F4MA 1J1PY 1LSCA 3WYHA 4NSGA 2BQFA 1BB5A 1V7SA 1IEEA 4R6CA 1JKAA 2XIVA 4Z98A 4OWBA 1PZYA 1LZ9A 1REMA 4PRUA 1LZTA 1D0KA 1UIDA 3ATOA 3A6BY 3CSQA 5LYMA 5L3IA 2VOBA 3P64A 4WM2A 4UWUA 3WULA 5LXWA 3VPJA 3WVYA 1TBYA 2DQJY 3J6KA 2BLXA 2X0AA 4NGYA 5KXLA 1ALCA 2G4NA 4WL6A 1GFKA 4MCKA 1NDGC 1PS5A 5FEKA 2BQMA 4ET8A 4NWHA 5F9UA 1AM7A 1XGRC 2EQLA 1JPOA 3F6ZA 5A3EA 4LYMA 1BVXA 1GFRA 4YF2A 5J7CA 1UIBA 2HEFA 4MR1A 4CGEA 3ATNA 4FGEA 1GF4A 1GFHA 154LA 4XJIA 4ML7A 4TWSA 5LINA 194LA 1YIKA 2HEEA 3GT2A 4GN5C 4J1AA 3EMSA 1FLYA 3TXJA 1LJHA 1UIEA 1QSAA 1LZSA 3TMVA 1HEWA 4BADA 4CHXA 1D6QA 1LSDA 3A6CY 1I20A 3WMKA 3A34A 1GAYA 1RJCB 2CJLA 4N5RA 4W94A 4TX7A 1KIRC 4H91A 1REXA 3BKVA 1GF8A 5FELA 1A4VA 1IP6A 4DD9A 3N9AA 1DKJA 1JTOL 1NQIA 1GF3A 1T6VL 2C8OA 1YKZX 1LZCA 3AZ7A 4NSHA 4XJHA 5APFA 5KJ9A 1OUDA 1UC0A 5E9RA 2K1GA 4BAFA 4OOTA 3RNXA 5ILCA 1LYZA 6LYTA 3S0QA 1WQRA 4M4OA 1OUJA 3TXHA 4TTDA 2BQEA 2CWIA 4OWCA 4H94A 2H5ZA 4WOAA 5HMJA 5B05A 2DQFC 4LYTA 4O34A 4DC4A 1B5XA 4PPOA 1DI4A 5LA8A 1JKDA 3P68A 5LVIA 4M6DA 3SP3A 1TDYA 4B1AA 1IY4A 4OLKA 1OP9B 1IOTA 2IO9A 4NEBA 5B06A 4NSJA 3A2ZA 1B7PA 4NG1A 3W3EA 4UWVA 4GCDA 4WLTA 1B5WA 1JJ3A 1LZYA 3HBEX 4XJBA 1FLWA 1LJEA 207LA 9LYZA 1C10A 3PBCA 4B4EA 1TAYA 208LA 4HJVA 1MELL 1FKVA 2FBBA 1EQEA 2FBDA 4HV1A 3WUAA 4RW2A 4GCCA 1WQPA 3W6EA 2HECA 2F4GA 1XGQC 1GE2A 1LZDA 4RW1A 1LZEA 2XJWA 2YSSC 5I53A 1LMNA 5APDA 4LZTA 4DD0A 1EQ4A 1LJ4A 1OUAA 4X3BA 1BHZA 1GHLA 4ZEEA 1AKIA 4LYZA 4HZBA 5D5FA 2DQIY 1NDMC 3AW7A 1GE3A 2BQNA 2HEAA 1HHLA 1WQOA 1LJFA 1RE2A 4NGWA 4YOPA 1JWRA 5FSTA 2LHMA 4HTQA 3WL2A 3W6CA 1HMLA 4H9FA 4N1CC 2YBMA 1IVMA 1LMOA 2BQLA 1IC4Y 2N5ZA 3WU7A 3WUMA 3W6FA 4NHPA 3RU5A 2ZYPA 3ZVQA 1FN5A 1XGTC 1LMTA 1C08C 1VDSA 2I6ZA 4TUNA 3TXFA 1HEQA 4DD1A 2F30A 2LRJA 4JXBA 4HJZA 4ETCA 5IELA 4G4CA 1ZVHL 1GFJA 1QTKA 2Q0MX 4J0LA 4RLNA 1QQYA 3AZ6A 4LT2A 2Z19A 5HMVA 1XGPC 3A94A 4HPIA 1QIOA 1UICA 1LKRA 1BQLY 1IP2A 1IR9A 2D91A 3CB7A 4HJYA 3B6LA 5KXPA 1VDTA 2MEEA 4H93A 3VWOA 3LYOA 3W6BA 134LA 1LYOA 2HTXA 2ZQ4A 4H1PA 4DD7A 1OUIA 1WVUA 2HEDA 4ZIXA 1XEJA 2IOBA 1KIPC 1B7RA 2CGIA 1H6MA 1OUGA 1NKHA 3WU8A 4G4HA 1G7LC 1OUFA 4G4BA 1TEWA 2W1YA 3M18B 4LJ1A 4FDYA 4WM4A 3OJPA 4WMGA 2HU3A 1JSEA 4C5FA 4XJDA 1H87A 1GF7A 1HSXA 1GE0A 4EQAA 3B0KA 3TMUA 1AT5A 3QY4A 4DT3A 1IWVA 1GF5A 3RZ4A 1NF5A 1HFZA 1QUSA 2YDGA 193LA 3LYTA 1B7SA 2AUBA 4NGIA 1LZAA 1BWIA 3GXKA 1GB7A 1OUBA 2YVBA 1F6SA 1LJKA 1YKYX 4D9ZA 5B59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YILA 2LCBA 1OVKA 4I7JA 1G7HC 1L87A 1OUHA 3TMXA 3QE8A 1VDQA 4GN3A 4HTKA 4XN6A 1C64A 1AT6A 1KXXA 1L00A 3TXBA 1LHJA 1FLQA 1LTMA 1BWHA 1J1OY 3C7WA 1LSYA 2LZ2A 128LA 1D2YA 1CNSA 155LA 4CT3A 1QUTA 4KPMA 6LYZA 1PQKA 2B5ZA 1QTDA 1C6NA 3IJUA 1B7MA 1BWJA 1KXYA 3T36A 1L23A 1OUEA 3AW6A 1V7TA 177LA 3OE0A 4YEOA 4NFVA 3AZ5A 3C81A 3G3AB 8LYZA 1BVKC 210LA 1NHEA 1UCOA 4NGJA 1GEVA 1CV4A 1XSFA 1GE1A 3DMZA 1LHLA 1L93A 3TXGA 3CQLA 2ZNWY 1L24A 1C6KA 1HC0A 1LYYA 5LVGA 1JSFA 1BB3A 1GF9A 2YBJA 3WUNA 1IWUA 2XBRA 256LA 1L26A 3OK0A 5DLAA 1C68A 3GUKA 1B5VA 1QUOA 4LGKA 4YXAC 149LA 4CGKA 2NTHA 1L01A 2VPSA 3T6UA 4EOBA 5F9XA 2CDSA 2HEBA 233LA 260LA 2D6BA 5KXTA 2RBPA 5APEA 222LA 4EKPA 2DQDY 4ARLA 118LA 4HV2A 2Z12A 4Z41A 4I7RA 2IFFY 1LLHA 2Z37A 5KXSA 1BB7A 4H9AA 3G3XA 2BPUA 2ZIJA 4H9BA 1SX7A 2ZILA 1LGXA 142LA 3GUPA 251LA 1L70A 4ETBA 1JUGA 1L16A 102LA 2DQHY 250LA 3A93A 1C62A 1IP1A 1QT7A 1NWGA 110LA 1GE4A 5KXWA 1L19A 2ZQ3A 4N8ZA 154LA 2MEGA 3ULRA 159LA 1P56A 1G7IC 2FYCA 2RBSA 2K3AA 4UWNA 1JTPL 1VFBC 4JURA 1HEPA 1L50A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XEN A;  1IWW A;  1YIL A;  1J1X Y;  2F2N A;  1CKG A;  1B7N A;  3I86 A;  1DI5 A;  1G7H C;  3TMX A;  1OUH A;  4EOF A;  2BQJ A;  3M1U A;  3QE8 A;  2LYM A;  1VDQ A;  4FGI A;  1DI3 A;  1IOQ A;  1LZ8 A;  5JEN B;  4GN3 A;  4HTK A;  4TSC A;  1FBI X;  4Z3M A;  1GF6 A;  4NGL A;  4WM3 A;  4XN6 A;  4Q4N A;  1AT6 A;  5KKJ A;  5M1Y A;  1KXX A;  2I25 L;  1C7P A;  5AMY A;  3O98 A;  3QNG A;  1LHJ A;  3A8Z A;  3TXB A;  1LHI A;  1XEK A;  1YAO A;  1FLQ A;  1UAC Y;  1LTM A;  3A91 A;  1BWH A;  1CJ9 A;  1GB3 A;  1J1O Y;  5KXM A;  1KIQ C;  1VDP A;  1LMC A;  1IWZ A;  1LSP A;  1LSY A;  3AGI A;  2LZ2 A;  4LFP A;  4B4I A;  4CSH A;  5LAF A;  1ZMY L;  4FQB A;  4NHT A;  2LZT A;  3WXU A;  1UIG A;  4NGZ A;  1CNS A;  1DZB X;  2BQD A;  1RFP A;  4CT3 A;  1QUT A;  3FE0 A;  4KPM A;  1WTN A;  6LYZ A;  2BQH A;  4DDA A;  2B5Z A;  4WO9 A;  4AXT A;  3IJU A;  1B7M A;  1BWJ A;  1CKD A;  1KXY A;  1LHK A;  3HBD A;  1OUE A;  3RW8 A;  3T36 A;  5IHG A;  4ETD A;  4XJF A;  1B0D A;  3AW6 A;  2F4A A;  3VPI A;  1DQJ C;  1V7T A;  1LZB A;  1RI8 B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1YIL A;  2LCB A;  1OVK A;  4I7J A;  1G7H C;  1L87 A;  1OUH A;  3TMX A;  3QE8 A;  1VDQ A;  4GN3 A;  4HTK A;  4XN6 A;  1C64 A;  1AT6 A;  1KXX A;  1L00 A;  3TXB A;  1LHJ A;  1FLQ A;  1LTM A;  1BWH A;  1J1O Y;  3C7W A;  1LSY A;  2LZ2 A;  128L A;  1D2Y A;  1CNS A;  155L A;  4CT3 A;  1QUT A;  4KPM A;  6LYZ A;  1PQK A;  2B5Z A;  1QTD A;  1C6N A;  3IJU A;  1B7M A;  1BWJ A;  1KXY A;  3T36 A;  1L23 A;  1OUE A;  3AW6 A;  1V7T A;  177L A;  3OE0 A;  4YEO A;  4NFV A;  3AZ5 A;  3C81 A;  3G3A B;  8LYZ A;  1BVK C;  210L A;  1NHE A;  1UCO A;  4NGJ A;  1GEV A;  1CV4 A;  1XSF A;  1GE1 A;  3DMZ A;  1LHL A;  1L93 A;  3TXG A;  3CQL A;  2ZNW Y;  1L24 A;  1C6K A;  1HC0 A;  1LYY A;  5LVG A;  1JSF A;  1BB3 A;  1GF9 A;  2YBJ A;  3WUN A;  1IWU A;  2XBR A;  256L A;  1L26 A;  3OK0 A;  5DLA A;  1C68 A;  3GUK A;  1B5V A;  1QUO A;  4LGK A;  4YXA C;  149L A;  4CGK A;  2NTH A;  1L01 A;  2VPS A;  3T6U A;  4EOB A;  5F9X A;  2CDS A;  2HEB A;  233L A;  260L A;  2D6B A;  5KXT A;  2RBP A;  5APE A;  222L A;  4EKP A;  2DQD Y;  4ARL A; 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