The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
QSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Hfq-bridged ternary complex is important for translation activation of rpoS by DsrA.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
Protein hfq
|
| total genus |
15
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| structure length |
61
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| sequence length |
61
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PJO G; 2VXF A; 4XU2 A; 1JBM A; 4DQ2 A; 5GAM e; 3VU3 C; 4JLI A; 3QSU A; 1B34 B; 2E65 A; 1HXD A; 5GAN e; 3JCM g; 4N0A C; 5GAN 7; 3JCM c; 4C8Q F; 3JCM X; 4M7D A; 3JCM V; 4QVD A; 2E1H A; 2YLC A; 4C8Q B; 4PJO E; 2DZC A; 5I21 A; 5GAO m; 5CAI A; 3JCM d; 1H64 1; 4WF2 A; 4M75 A; 2EWN A; 4C8Q G; 5LJ5 j; 1YCY A; 2I2L A; 2ZGW A; 4J6Y A; 4PNO A; 4X9C A; 5GMK m; 1I81 A; 2EJG A; 4M7A C; 3JB9 D; 1HK9 A; 4OP0 A; 2RM4 A; 4EMK B; 3FJP A; 5GAO p; 3SB2 A; 3RKX A; 4J5Y A; 4C8Q E; 4PJO A; 1TH7 A; 2DXU A; 3RKY A; 3JCM f; 5GAM j; 3EFR A; 3M4G A; 3V7C A; 3JCM b; 3RKW A; 5GAN j; 2DTH A; 3JCM Q; 2DTI A; 4M78 C; 4M75 C; 1I5L A; 3QUI A; 4M7A D; 3JCM e; 4M77 C; 1B34 A; 1U1S A; 2K57 A; 4JRI A; 4C92 C; 3BDU A; 4XTZ A; 2CGH A; 5GAN 4; 2E64 A; 3SWN C; 4C8Q A; 4A53 A; 1KQ2 A; 3AHU A; 4A54 A; 1I8F A; 3L2Z A; 5DY9 A; 1MGQ A; 4M75 D; 4M78 D; 3V8L A; 3V8J A; 4C92 F; 4PJO C; 4M77 D; 4QVC A; 1N9R A; 4C92 D; 3GIB A; 1KQ1 A; 3JB9 F; 2QTX A; 2VXE A; 4F7U F; 4HT8 A; 3RES A; 4EMK A; 1Y96 B; 1BIB A; 2EJF A; 2YLB A; 4XU1 A; 4XTW A; 4F7U B; 3JB9 J; 4RCC A; 2RA2 A; 2DXT A; 2DKG A; 4M7D C; 1N9S A; 1WPY A; 4M7A F; 2EAY A; 5GAN 3; 4XTU A; 2JN0 A; 3PGG A; 2E41 A; 4X9D A; 4M7A B; 3BY7 A; 5GAN h; 5GAO r; 2HNI A; 5GAN 2; 4EMG A; 1X01 A; 5LJ3 g; 4M7A G; 2E10 A; 3JCM P; 1M8V A; 3JCM J; 4F7U E; 4M7D D; 3HFN A; 4JRK A; 5GAO n; 4M75 F; 4M78 F; 3FIF A; 3SWN B; 3EFS A; 1D3B B; 3V8K A; 4M77 F; 3HSB A; 4M78 B; 5GMK h; 5LJ5 h; 5GAN 8; 4HA8 A; 4M77 B; 4M7A E; 4NOY A; 4C92 B; 4J6X A; 4NL2 A; 4N0A A; 2DTO A; 4M77 G; 5GMK e; 5GAN 6; 3L1A A; 2DZ9 A; 4XU0 A; 2DVE A; 4C92 G; 1Y96 A; 1U1T A; 4J6W A; 4PJO F; 3BW1 A; 4F7U A; 3RIR A; 5LJ5 g; 1WQW A; 5GAO l; 4V2S A; 5LJ3 f; 5GAM h; 3JB9 G; 4PJO D; 5LJ3 h; 4M78 E; 2FYK A; 1LNX A; 4M77 E; 2Y90 A; 2RB6 A; 4RCB A; 4C8Q C; 1BIA A; 4F7U G; 4C92 E; 5GMK l; 5LJ5 d; 4EMH A; 2EJ9 A; 1WQ7 A; 5LJ3 e; 4M7A A; 2FB7 A; 3QO3 A; 5GMK i; 3JCM W; 5GAM g; 3RER A; 4MML A; 4M7D F; 3QHS A; 4M7D B; 4JUV A; 4XQ3 A; 5GAN g; 5GAN 5; 3JB9 I; 3SWN A; 4C8Q D; 1D3B A; 4EMK C; 5GAM d; 1M5Q 1; 4M78 A; 4M7D G; 2RD1 A; 2VC8 A; 5LJ3 d; 5GMK j; 4M77 A; 5LJ5 f; 4M75 B; 5GAN d; 3INZ A; 4C92 A; 4XU3 A; 3RUX A; 3HFO A; 3V7R A; 1WNL A; 4XTV A; 4M75 G; 4M78 G; 3BFM A; 3V7S A; 4XTY A; 1I4K 1; 2DJZ A; 4Y91 A; 5LJ5 e; 5GAO q; 4M7D E; 4XTX A; 2DEQ A; 1LOJ A; 1JRI A; 3JB9 H; 4MMK A; 5GAM f; 5LJ3 j; 3FB9 A; 3JCM h; 4NL3 A; 4HT9 A; 4PJO B; 2YHT A; 4M75 E; 5GAN f; 1LJO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YJW Q; 3CCE A; 1M90 C; 1OPK A; 2DBK A; 4PJO E; 1UDL A; 5CAI A; 4WF2 A; 5EC7 A; 4M75 A; 2FRY A; 5I11 A; 3ULR B; 2O9S A; 5CQY A; 2MF2 A; 2JM8 A; 3FLG A; 2FPE A; 2LCC A; 5KYU B; 2CS7 A; 1WJR A; 2RQR A; 2A28 A; 2DD5 A; 2ZCF B; 3I56 A; 1FXX A; 1H3H A; 1I5L A; 1VQ8 A; 2JMC A; 3TCJ A; 4J9C A; 2GF7 A; 3GOX A; 1VQ9 Q; 4KUD K; 4BE0 A; 1YIT A; 2EQI A; 2R5M A; 4M75 D; 4M78 D; 4F04 B; 4LE9 A; 1VQ5 Q; 4FIB A; 3C4S A; 2RQU A; 4LD9 K; 2XG8 D; 1KQ1 A; 2EQU A; 4PJJ A; 5CQX A; 1QLY A; 3LGF A; 3RES A; 3TQ7 P; 2EJF A; 1FMV A; 2HKQ B; 1VIF A; 1K8A R; 2HL3 A; 1T0H A; 2VGN A; 1QP2 A; 2GGR A; 5D6X A; 3CXC A; 2HNI A; 1UHF A; 1YJ9 A; 1M8M A; 2JOY A; 1YIJ Q; 1KFZ A; 3G4S A; 2C0I A; 2QA4 Q; 4M75 F; 4M78 F; 1UGR B; 1NE8 A; 2DBM A; 2VAS A; 4GY5 A; 3CBP A; 2ZAE A; 2X3X D; 2JS0 A; 2RQW A; 3M9Q A; 4BI3 A; 2OTL A; 3JSC A; 1G3Y A; 2DLP A; 1Y0M A; 2QGF B; 3R6O A; 4OMP A; 5GAM h; 2H3J A; 2QQB A; 4M78 E; 3I35 A; 1VQ7 Q; 4AMC A; 2K4Y A; 5GMK l; 3X24 B; 2FPF A; 4LDY A; 2JVV A; 2BZX A; 4MML A; 4RTX A; 5FRN A; 2DRM A; 4AFQ C; 2HCK A; 3NTH A; 1TUC A; 2K2M A; 1ZSZ A; 1KC8 C; 2RPN A; 4AG1 C; 2OJ2 A; 1W2B A; 4RG8 A; 4PKC C; 4RTY A; 1RAD B; 1VQP Q; 1LOJ A; 1TWB A; 3SFM A; 2G6F X; 4HT9 A; 3RDV A; 4PJO B; 2J06 A; 1NEB A; 1OZ3 A; 4L5G A; 1JO8 A; 3I55 Q; 3EG9 B; 3FJ5 A; 5A0G A; 4QVD A; 3ZEH A; 2KNB B; 4J6Y A; 4PNO A; 2CP6 A; 2LX7 A; 4FYV B; 1NYG A; 1OX8 A; 2AKL A; 2QXF A; 3SB2 A; 2I0N A; 1MMA A; 3CCE Q; 1WLP B; 4EPC A; 2K2V A; 1YN8 A; 1G83 A; 3CD6 A; 2K57 A; 3VJP A; 3GPL A; 3I9Q A; 4A4H A; 4AFZ C; 4LUD A; 5HCK A; 1UGS B; 3SD4 A; 2DX1 A; 2CYZ B; 2ATC B; 3QII A; 1PM3 A; 1RI0 A; 3I56 Q; 4ZTJ A; 2DKG A; 2DRK A; 1QVF P; 1IB8 A; 2OTJ T; 3QYG B; 5J26 A; 1VQ8 Q; 3H0F A; 2ENM A; 3H0I A; 2ROL A; 2E10 A; 3JCM P; 3JCM J; 1YIT Q; 2YUO A; 3N5B B; 3CCR A; 2LNV A; 3FIF A; 4M78 B; 3HPW A; 4RG2 A; 5ECA A; 4WTO B; 1WXU A; 3HRU A; 2JTF A; 2QQS A; 1I07 A; 4VUB A; 5IAY A; 3CCQ T; 3DLL A; 5IHK A; 1YJ9 Q; 5FLX E; 1KQS A; 3G4S Q; 2XMF A; 3QHS A; 2DXC A; 5A2Q E; 2NYS A; 5I22 A; 2O01 E; 4PLI A; 2OAU A; 2OTL Q; 2AK5 A; 3CPW P; 1WNL A; 2X51 A; 4HVW A; 4JZ3 A; 2FPD A; 1VQL Q; 4ZGJ B; 5D6Y A; 2RI2 A; 2DMO A; 1LJO A; 5GAM e; 3VU3 C; 1IO6 A; 1K0X A; 4JLI A; 3FEO A; 2A7Y A; 2CH4 W; 1VYT A; 2LP5 A; 5LJ5 j; 1YCY A; 1SKU B; 5IXB A; 1NEG A; 3OQ5 A; 2X4X A; 4QVZ A; 2D1X A; 3RKX A; 3ASK A; 1TH7 A; 4Z88 A; 4JRQ A; 1QW1 A; 2RHI A; 2DTI A; 1D1A A; 2F2W A; 1OUL A; 1AVZ C; 2F5T X; 3NPF A; 4J7F A; 2KRM A; 2RMO A; 5KE3 A; 2CUB A; 2X4W A; 2J6O A; 5DM7 R; 4FT2 A; 2H3E B; 1JU5 C; 3PT9 A; 1WPY A; 1OI1 A; 3NGP A; 1JJ2 S; 2E41 A; 2F69 A; 3CD6 Q; 3TVT A; 3CC7 T; 1X2K A; 1X01 A; 1VQ5 T; 3E19 A; 3LYI A; 3EG0 A; 4A63 B; 3P8H A; 4HCB A; 1WA7 A; 1RAG B; 2KMT A; 3DB3 A; 4OMF B; 2W10 A; 1N6A A; 4KH1 B; 4F7U G; 2Y90 A; 3Q1J A; 4GLK A; 1K9M U; 4AFU C; 4A4K A; 5LJ3 e; 2QA4 T; 2K7A A; 3QZ5 B; 4BB7 A; 8ATC B; 2RHY A; 3PFS A; 2KT1 A; 2ZPG B; 3CCR Q; 2RJF A; 3NTK A; 3VS1 A; 3QYH B; 2A36 A; 2VC8 A; 3M53 A; 5GMK j; 2M1H A; 1M2O A; 4C0D B; 1KG1 A; 3EFO A; 1MND A; 2GQI A; 4KUI A; 1VQ7 T; 2W0Z A; 4XTX A; 2RHZ A; 5GAN f; 2LJ3 A; 1K9M C; 1GBR A; 3QSU A; 1AT1 B; 3JCM X; 2J6F A; 2X35 A; 4O6J A; 2JS2 A; 1RAB B; 2O4X B; 1RAH B; 1JXM A; 1VQP T; 5L23 A; 3UWN A; 1VQO Q; 3EGD A; 2HEQ A; 1UJ0 A; 1VQ4 T; 2O88 A; 1ZUY A; 4ANJ A; 3CCU A; 2NWM A; 3V7C A; 3ZL7 C; 2DTH A; 3I55 T; 1S72 T; 4IUT A; 4Z89 A; 1VQ6 T; 1Y07 A; 1Q81 U; 2WSC E; 4BUG A; 1VYU A; 2VWF A; 3OA6 A; 2XU8 A; 2OTJ A; 3L2Z A; 3QZ9 B; 4PJO C; 2LDM A; 3V8J A; 4M77 D; 4C92 D; 3GIB A; 1UGP B; 2DYI A; 3MEU A; 4C0G A; 3QBY A; 2RA2 A; 1GXI E; 6AT1 B; 2OI3 A; 2EYX A; 3VYH B; 1V76 A; 4MDW A; 3CCQ A; 4BI4 A; 4M77 F; 3A8M B; 4E47 A; 1A0N B; 1QCO A; 2MIO A; 3TU4 K; 2PUK B; 3I56 T; 2XHC A; 4PJM A; 3CME A; 4RMO A; 1VQ8 T; 5GAO l; 4A4F A; 4M77 E; 2M02 A; 4C92 E; 2J05 A; 2R58 A; 4E7Z A; 1VQN A; 2BE9 B; 5FWB A; 5GAM g; 2M16 A; 1RL2 A; 2JXB A; 2AT1 B; 1OPL A; 3SWN A; 1D3B A; 5GAM d; 4OMN A; 1BI0 A; 2CZ1 B; 3FRN A; 3I5S A; 1TXQ A; 2LX9 A; 4KUL A; 2AIR B; 4ELY C; 1FWZ A; 2PU9 B; 3X25 B; 1QVF A; 1QQJ A; 4XAX B; 2LTO A; 3G4S T; 1YI2 T; 1JBM A; 3C0C A; 3OW2 P; 2KYM A; 2QQA A; 1YHQ T; 5CR2 A; 1E6G A; 1LVK A; 5I21 A; 1BBZ A; 1VQL T; 1V1C A; 1SRM A; 2EKH A; 3T9N A; 4C8Q G; 4ATO A; 4D8D A; 1OOT A; 5GMK m; 4QQ6 A; 2V8J A; 4DBQ A; 1TOV A; 3A8O B; 4FCY A; 4CI0 C; 2CSI A; 2EKO A; 4BE2 A; 3H9N A; 1WHM A; 1UHC A; 7AT1 B; 3LGL A; 3A5Z B; 1B34 A; 3LW5 E; 4JJB A; 3VRZ A; 1PD1 A; 5DLO A; 2K79 A; 4QKU A; 5GJW B; 1CKB A; 4JJN K; 2BTT A; 1K0S A; 3NTI A; 4BAC A; 3CPW A; 3CC7 A; 1ZA2 B; 2FO0 A; 2K3B A; 2GQV A; 1B3Q A; 4EIK A; 3CCU Q; 2FZG B; 2DYB A; 1SF9 A; 2RI3 A; 2EQM A; 2QAZ A; 3GNG A; 3PGG A; 2B86 A; 5KYW A; 3L2R A; 5LJ3 g; 3OS2 A; 2HQH A; 2OTJ Q; 4TVR A; 1IHW A; 4M77 B; 3BDL A; 4C92 B; 4NL2 A; 1S1N A; 2DTO A; 3MEA A; 2VVK A; 3HTR A; 1OYX A; 4XU0 A; 4AFS C; 1Y96 A; 5DLQ E; 2RNA A; 5KH6 A; 5IT9 E; 3VS2 A; 3ME9 A; 2R57 A; 1K9M R; 4KT0 E; 3SDZ A; 5KYY A; 2RJC A; 4C8Q C; 1NPP A; 2HZY A; 1GBQ A; 3EHR A; 3QXE B; 1PRM C; 2LT1 A; 1ZBX A; 3JAM E; 4FSX A; 2L3Q A; 4IIM A; 4XQ3 A; 2K5I A; 1DJ7 B; 4PL6 A; 1QWE A; 2RF0 A; 2AZV A; 2DL4 A; 1SG5 A; 2P4T A; 3M0S A; 1V29 B; 4IUV A; 3VUB A; 3CME Q; 1ACM B; 1KD1 U; 2KGT A; 2D8J A; 2FZC B; 1SSH A; 2LCL A; 4CC4 B; 2EYZ A; 2LQK A; 3JB9 H; 2RHX A; 3PVL A; 1VQN Q; 1Q82 R; 1ZA1 B; 4JJD A; 4DQ2 A; 5CIU A; 1M90 U; 2E65 A; 1VQ4 A; 1C0M A; 3C12 A; 1YCS B; 2NUT A; 3JCM V; 4C5I A; 4J9B A; 2HDA A; 3M57 A; 1H64 1; 1X6G A; 1SRL A; 2QQR A; 1S72 A; 1WFW A; 2ZZD A; 1VQ6 A; 1JB0 E; 1MNE A; 4B9W A; 2DIG A; 5D7U A; 4Z02 A; 3X28 B; 1UUE A; 3HKS A; 2E3H A; 4MZM A; 3JCM Q; 2LQN A; 4C0D C; 1Q81 R; 5CKF A; 2ZPB B; 1QKX A; 3OYY A; 2L89 A; 4FM4 B; 3VS4 A; 5CKD A; 3AHU A; 4A4E A; 1VQO T; 3V8L A; 2HQE A; 4HCC A; 5FW9 A; 1W6X A; 3FC3 A; 2LVM A; 2RO0 A; 4F7U F; 2Z0W A; 1UB4 A; 3JB9 J; 4LN2 A; 2COW A; 2CRE A; 2KEA A; 4PFZ A; 2EGA A; 1XQH A; 1AEY A; 2EAY A; 1IZ6 A; 1TU0 B; 1PNJ A; 3MET A; 1PD0 A; 4F7U E; 1IRX A; 3HFN A; 3KFV A; 5GAO n; 4BDZ A; 2MWO A; 1U5S A; 3CC7 Q; 1AHJ B; 3EHQ A; 5LJ5 h; 2R5A A; 5GAN 8; 4HA8 A; 1RUW A; 2ZPI B; 2QEX T; 2YRD A; 1BI3 A; 5IH2 A; 3JB9 G; 2DFU A; 1Q95 G; 1NYF A; 4EMH A; 4DBR A; 2FB7 A; 3OYI A; 4X1V A; 4LUE A; 1KHC A; 3ZFJ A; 3GBQ A; 2VKN A; 3M59 A; 5HK3 A; 1WZO A; 3REB B; 1KC8 U; 1YI2 A; 4OB1 B; 2XIC A; 2HKN A; 2LCS A; 2YUP A; 3OYC A; 1UTI A; 2XKO C; 3VYG A; 1YHQ A; 2L0A A; 1RAA B; 1TUG B; 1VQL A; 2COY A; 4NS5 A; 4M75 E; 3RMQ A; 2LT4 A; 3G71 A; 1NM7 A; 1VOM A; 4N4G A; 2PVD B; 2MPX C; 2QAS A; 4N0A C; 2GTO A; 2E6N A; 1ABO A; 2E3I A; 1Z9Q A; 2QI2 A; 2CDT A; 4LNP A; 4QQG A; 4Z8A A; 4EMK B; 2MWP A; 2DXU A; 1BCO A; 2NUP A; 3M55 A; 5KYX A; 3RKW A; 1VQ4 Q; 1UFF A; 4B9X A; 1QKW A; 2SRC A; 2IIM A; 3QG1 A; 2C0O A; 4C8Q A; 1S72 Q; 2V1R A; 1UE9 A; 2JNG A; 5J39 A; 4QQD A; 1VQ6 Q; 3THK A; 3DLM A; 4Y92 A; 2CP3 A; 1GCP A; 4XU1 A; 1Q7Y U; 3HP9 A; 4F7U B; 1WHH A; 1YBY A; 2HQX A; 4RCC A; 2LRQ A; 2DXT A; 3UAT A; 4ZN1 A; 4ZNX A; 4JJC A; 1FX7 A; 3OW2 A; 2GNC A; 3OSS C; 5FU6 C; 4EMG A; 4M7A G; 1X69 A; 1IRE B; 5IN1 A; 1XTD A; 4JRK A; 3C95 A; 3H41 A; 3KXT A; 1MUZ A; 5I2M A; 1C6V X; 3CCU T; 4OMQ A; 3L2V A; 2AZS A; 2RJE A; 3RIR A; 1Q7Y C; 5LJ3 h; 3PVQ A; 2L8D A; 1FYN A; 2ZPE B; 2RB6 A; 2BZY A; 1WQ7 A; 1WJS A; 2CP5 A; 1AD5 A; 3JCM W; 2KXD A; 2JZ2 A; 2HAX A; 2LNH B; 4M7D G; 2H8H A; 3M58 A; 4M75 B; 2RHU A; 3EGU A; 3OMG A; 4XU3 A; 3H8Z A; 3PIP A; 1KD1 R; 3UF4 A; 4M4Z A; 3D7S B; 5LJ5 e; 3RR6 A; 2K3X A; 3FB9 A; 3JCM h; 3OYD A; 2EYY A; 4DBH A; 2V8I A; 1RAI B; 2VXF A; 4JZ4 A; 1M90 R; 4C0F A; 1WJQ A; 2PVO B; 3CCS A; 3M54 A; 1M4Z A; 3UDC A; 3EG1 A; 1YI2 Q; 1ZBJ A; 3CME T; 2DZC A; 5GAO m; 2XID A; 1M3B A; 2X4J A; 1YHQ Q; 4M7A C; 4OB2 B; 1JJ2 P; 1CKA A; 1VQN T; 3S6W A; 4J5Y A; 1VQO A; 1HSQ A; 3G71 Q; 5GAN j; 4FYW B; 2PVG B; 3REA B; 2C0T A; 1P92 A; 1M2V A; 5M9O A; 4KH0 B; 2Y4X A; 1KQ2 A; 2AKK A; 3PE0 A; 4E7I A; 2K5F A; 4J9H A; 2MI6 A; 1NZ9 A; 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