4HTKA

Mitigation of x-ray damage in macromolecular crystallography by submicrometer line focusing; total dose 2.17 x 10e+12 x-ray photons
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Mitigation of X-ray damage in macromolecular crystallography by submicrometre line focusing.
pubmed doi rcsb
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4htkA00
1AT6A 1GPQC 3P68A 4N1CC 1IWWA 4D9ZA 4LYBA 2G4NA 5KXSA 4ET8A 4LYTA 4WLTA 1AKIA 4WL7A 4DWXA 4CHXA 1GAYA 1KXWA 1P2CC 4RDSA 4KPMA 1B7SA 1LJ3A 1NF5A 1YILA 1YKZX 154LA 1UCOA 4ETAA 2Q0MX 3G3AB 1ALCA 2MEBA 4ZIXA 3WUMA 4NSHA 1XEKA 4M6DA 3T36A 1RJCB 1LSCA 1WVUA 5KXOA 3OK0A 1YROA 4MCKA 1LSEA 1LZBA 3WUNA 2Z18A 4NSJA 3EXDA 2Z38A 4LZTA 1IIZA 1J1OY 5LYMA 4PHIA 1VDQA 1GB7A 1O23A 1YAPA 3K3TA 1GAZA 4FDYA 5DN5A 2BQLA 4G49A 1IOCA 2MEAA 4N9RA 1GBOA 1BGIA 4WO6A 134LA 1RCMA 1GBWA 4XN6A 3TXGA 2BQHA 2MECA 9LYZA 3A3RX 1MLCE 4J1BA 2BPUA 1BHZA 3ZVQB 1IP3A 4NY5A 4DD0A 1GF7A 1IY4A 1YL0X 4G4HA 5E9RA 4Z46A 1GE1A 1QUSA 4OW1A 1A4VA 1GFEA 4ZEEA 1HC0A 5I5QA 2BLYA 4LYZA 5FEKA 1DPWA 5DM9A 5I4WA 2ZNXY 4TSCA 2MEDA 1BB7A 3LZ2A 1JJ0A 1LMCA 1YKYX 3LYZA 3AGHA 4YM8A 1CKCA 1JTOL 1LJIA 1LYYA 4PGJB 4WM6A 4CJ2A 4XENA 3WL2A 1ZVHL 3MGWA 1GF3A 5KXPA 1LHKA 2I6ZA 4NWHA 4ZFPA 4N8ZA 1IX0A 1HFYA 2Z19A 4DD7A 3WUAA 1UIHA 1UUZC 1OUJA 2DQFC 2IFFY 2ZNWY 4FJRA 4GN5C 5T3FA 1LZDA 1GB5A 1HFXA 1C10A 1UBZA 1IVMA 1B7PA 1DPXA 1LJNA 4XJBA 3ATNA 4GLVA 5HNLA 3TXBA 3TXFA 3WPJA 4KL7A 4CFPA 3WULA 1GBZA 1REZA 4RLMA 4ETEA 1UIGA 4H9EA 4H9AA 1WQQA 4LYMA 3J4GA 4IASA 5KXLA 4QGZA 1XEIA 2B5ZA 2Z39A 5F81A 5LVIA 4DDCA 1CJ7A 5B05A 1TCYA 1OQMA 1LZ4A 2HU1A 1INUA 1HFZA 3CQLA 2MEHA 3CT5A 5LYTA 3HBDA 3TMXA 1GDWA 1OUIA 2DBTA 4NGZA 3AGGG 1B7QA 2A7FA 3HFMY 5IELA 1UIBA 1GB8A 1NWGA 3LYMA 1XGPC 4YF2A 5KKJA 4MR1A 1IOQA 4OOOA 1DI3A 1IOTA 1IC5Y 3IJUA 4H9IA 2GV0A 2DQJY 4YEOA 1GF8A 4NGYA 1BB3A 1FLWA 1GEZA 1WVVA 2FYCA 4RLNA 4DYGA 4ANRA 1JTPL 1IWUA 1LSZA 3WXUA 5APEA 1GDXA 4HSFA 1T3PA 193LA 5KXXA 1XGQC 1OUGA 4P2EA 4BAPA 4EOFA 4NGIA 1GEVA 1LYZA 2ZWBA 4NGVA 5DLAA 4CGEA 3LZTA 4GCEA 1HEQA 1F0WA 5D5CA 1AT5A 2Z12A 1C7PA 1GBYA 4H8YA 2VB1A 4OWAA 3G3BB 3WW6A 3W6FA 1UIAA 5LAGA 4GCDA 3CSRA 4KT3A 1FDLY 1IP1A 1REYA 1WQMA 4HJVA 1MELL 1B5XA 1H87A 1GB2A 2ZYCA 4HPEA 5B07A 3TXJA 5KY1A 1LZGA 5F16A 5LVGA 1REXA 1BVKC 4J7VA 2W1MA 4NHQA 4B4IA 2BQNA 1C45A 3WU9A 2DQEY 5II3A 4HV1A 1VDSA 1GE4A 1XGTC 1KIQC 3QE8A 3SP3A 4ETDA 2BQIA 1WQPA 3T6UA 5JENB 1LSDA 3B0KA 1LMOA 1BVXA 3J6KA 2YBLA 4TUNA 3IWRA 1CJ6A 4GCFA 1VEDA 1J1XY 1QSAA 3HBEX 1SLYA 5FSTA 2BQFA 3ULRA 3WVYA 1LZCA 1JHLA 5KXWA 2HTXA 4LGKA 1B5UA 135LA 1DKKA 5APDA 1LKSA 208LA 1IC7Y 1VAUA 1GFHA 2AUBA 4OOTA 1UIFA 3FI7A 1GFGA 4WM2A 4OWCA 4HPIA 1HF4A 5LYZA 1LCNA 4WLDA 4ETCA 1D6PA 5A3ZA 1B0DA 1OUCA 4CFOA 2H5ZA 3WPLA 1GE2A 3LYTA 3HBHA 2ZQ3A 1RFPA 133LA 1IOSA 2H9JA 1WQNA 2YVBA 2ZILA 4DT3A 4G4BA 1JJ1A 1LHHA 4IJ4A 3W6BA 3A92A 3AGIA 1KIPC 2MEEA 1BWHA 3OJPA 4HP0A 5B1GA 3A67Y 3KAMA 1C43A 2MEFA 4DD1A 1LMTA 2YDGA 1IY3A 2CDSA 1CKFA 1CKDA 2LHMA 1LSNA 5LAFA 4B4EA 1IP6A 1FKVA 2DQGY 1IP2A 4XJDA 3W3EA 5LINA 1QIOA 2YSSC 2BLXA 1QDRA 4LYCA 1GF0A 1D6QA 1YQVY 5KXYA 1HEOA 3W6CA 1LMQA 4DC4A 3A34A 2LYMA 1LZRA 2HECA 5ILCA 5C6IA 4YENA 2ZIKA 4H9HA 2G4PA 1B5ZA 1IEEA 1GFKA 3N9EA 4II8A 4PPOA 2EQLA 1NKHA 1IORA 2ZIJA 3CSQA 1REMA 3TMUA 1TEWA 4XJGA 5I54A 2MEIA 4GLAA 2LYOA 3RNXA 1W08A 5B06A 1GXXA 3TXIA 3LHMA 4DDAA 1C08C 1YL1X 4HJYA 1LHLA 1LYOA 1LMAA 1LZ8A 5ILFA 3EMSA 1H6MA 3A3QA 3TXHA 1YAOA 4OWBA 132LA 2XBSA 4XADA 1NBZC 1CJ8A 1GB9A 2HEBA 5FELA 1KXXA 1B5VA 1YKXX 2BQMA 2W1LA 1OUDA 4NHIA 4XJIA 1GFUA 2XBRA 2DQHY 4NHPA 1C46A 1JPOA 3TMVA 3EO5A 1UIEA 1VDTA 1JKDA 1GF9A 4H91A 1B5YA 2YBNA 1JWRA 4H9FA 1JJ3A 3RZ4A 1A2YC 1LZ9A 4QEQA 1HELA 4N0JA 1GHLA 1OUHA 4NGKA 4Z41A 1QTEA 3WMKA 7LYZA 2W1YA 4MSTA 1KXYA 2D4JA 1PS5A 3B72A 4BADA 2BQOA 1D0MA 5F14A 4W96A 5L9JA 4LT2A 2EKSC 5FCPA 1OUFA 4I8SA 1I1ZA 1LJ4A 1QTKA 2BQKA 1JITA 1B2KA 1BWIA 3AB6A 4TSBA 1LZAA 3W6DA 4DDBA 4DD9A 1GF5A 3WPKA 4B4JA 1GXV2 1FLYA 1LZ1A 2HEFA 1JUGA 2D91A 3LN2A 4TX7A 4HV2A 1LPIA 5KXRA 2BQEA 4XYYA 4BAFA 1OUEA 1LSBA 3P66A 3QY4A 4AGAA 2D4KA 3RT5X 3A8ZA 1B7OA 1IP4A 4WG1A 1GE3A 5LVKA 1GF6A 2LZTA 1JKAA 3AW6A 3TXKA 1FLUA 4AXTA 1LSGA 4ET9A 1LAAA 1LJGA 1PZYA 4LFPA 4WLXA 5HQ1A 1G7LC 3BKVA 4NGJA 1FN5A 1G7MC 1LMPA 2BQCA 2LYZA 4NHTA 1JSEA 1WQRA 3WYHA 5IHGA 1GFAA 4QDNA 1D9UA 2HEEA 1GFJA 3A90A 4C5FA 5D5FA 5L3IA 1LHJA 1SQ2L 4NGLA 4L41A 4NSIA 2DKVA 1Z55A 4IATA 4NIJA 2FBBA 1IWYA 4RW1A 1LMNA 1ZMYL 4OWEA 3W6EA 2X0AA 1WQOA 1IP5A 2C8PA 1NDMC 3B6LA 1IR9A 4WG7A 5B59A 5KXTA 1IR7A 1JEFA 5APCA 2N5ZA 2YBMA 5E4PA 3AZ6A 1KIRC 4UWNA 1CNSA 3P64A 5I4YA 1QDTA 2CWIA 3CT0A 1GD6A 4H9BA 1LJEA 2WARA 5F9XA 4A7DA 4G9SA 1LZ5A 2F2NA 4NEBA 1LSMA 5IDDA 1LZNA 1GB0A 3N9CA 2YBHA 1GFVA 2I25L 5AMYA 4YOPA 1DXJA 5HMJA 1GB3A 3WW5A 4WM5A 3M3UA 1IR8A 2Z2FA 4H92A 1FKQA 2ZYPA 1GFTA 1YAQA 1BB6A 4LT3A 1EL1A 4HTKA 2EPEA 1I20A 1UIDA 4WM4A 5KXZA 1HENA 2D4IA 1GWDA 2C8OA 5LA5A 1GB6A 2H9KA 2FYDA 3P4ZA 2BQGA 5I4XA 3A94A 3QNGA 2FBDA 5I53A 1HNLA 3CT1A 3GXKA 1IWTA 3A93A 1QUTA 2HUBA 5B1FA 4H90A 3F6ZA 4B1AA 2PC2A 1F10A 4H8ZA 4TTDA 2LZ2A 4I0CA 4X3BA 5LXWA 1HHLA 1NBYC 4PRQA 3M18B 207LA 3WU7A 1EQ4A 1FBIX 1BWJA 4Z98A 1B7LA 1LZ6A 2F30A 5DN4A 5HLLA 3A91A 3ZVQA 153LA 1TDYA 1LSPA 4B49A 1HSXA 1IWVA 1LOZA 2RSCA 1YAMA 2A7DA 4O34A 1JKBA 1WTMA 1UICA 1CKGA 2NWDX 1BQLY 2XTHA 5A3EA 3TMWA 1G7HC 3CB7A 4C3WA 1LYSA 2G4QA 2DQIY 1LTMA 4YEMA 5K7OA 1NMMA 1IWXA 4G4CA 4J0LA 2HEDA 3AZ7A 3CSZA 4B0DA 2YBJA 1G7JC 4DD3A 1GFRA 3AYQA 2DQAA 4H1PA 4H9CA 4NWEA 8LYZA 1E8LA 4NFVA 1HMKA 1F6SA 5KKIA 3AW7A 4ML7A 194LA 4NSGA 4H8XA 1IC4Y 1DZBX 2IHLA 4NG1A 5APFA 4XJHA 1XGUC 1CKHA 1LZEA 1GF4A 1LSAA 5LVJA 2EIZC 2DQCY 4WM1A 4WOAA 3AZ4A 5FDJA 3GXRA 1B7RA 3A95A 4LT1A 1I56A 2XJWA 1OP9B 1XGRC 4N1EI 3W6AA 3RU5A 5J7CA 5LVHA 2BQDA 4LFXA 2D6BA 1CJ9A 3TXEA 1RI8B 1D0LA 1JIYA 3ZEKA 1NQIA 5HMVA 4KXIA 1LJKA 3E3DA 1TBYA 1LZSA 1LZYA 1UA6Y 1XEJA 4Z3MA 4H93A 4U3XB 3AZ5A 1OUBA 1LJFA 2BQAA 3AJNA 1LKRA 4NG8A 4GCCA 3A6BY 2Y8PA 3N9AA 4WLYA 2Z37A 4E3UA 5C6JA 1LSFA 3D3DA 4HTQA 3EBAB 1JKCA 3D9AC 4GN4A 4WL6A 1XSFA 1LHIA 1VATA 2I26L 1IO5A 3BKHA 4GCBA 5M1YA 3FE0A 4NGWA 2DQDY 1V7TA 5KXKA 3ATOA 5KXMA 4M4OA 1GBSA 1VFBC 6LYTA 4TWSA 1LHMA 1UACY 1OUAA 1LJHA 2BQJA 1DI4A 3WU8A 3RW8A 1AZFA 1GBXA 2BQBA 4R0FA 3WXTA 1JISA 1HSWA 3LYOA 1DKJA 4WMGA 1YANA 5KXNA 1F6RA 4QY9A 1HEWA 1NDGC 1W6ZA 1JTTL 1QSWA 3A96A 2CGIA 4PRUA 2F4GA 1B9OA 2HEAA 3IJVA 5KJ9A 1QQYA 4XJFA 4J1AA 4WO9A 5L3HA 1AM7A 2HU3A 4DD2A 4R6CA 1RE2A 4OWHA 4GN3A 1B7MA 1UC0A 1YIKA 1LJJA 2CJLA 4WM3A 2MEGA 1NHEA 4LT0A 4ETBA 1B5WA 5HNCA 1B7NA 4BS7A 1IWZA 4W94A 4LYOA 4N5RA 4HJZA 1T6VL 4HTNA 3P65A 1IP7A 1J1PY 3B0OA 1GE0A 5F9UA 4H94A 3WVXA 4RW2A 2Z2EA 1WTNA 1HEMA 1ZV5L 4UWVA 1N4FA 5LA8A 3TXDA 5EBHA 1VDPA 1LSYA 1G7IC 1HMLA 1ZVYB 2ZQ4A 1LZTA 1TAYA 4NGOA 1DI5A 1V7SA 2W1XA 1HEPA 1EQ5A 1HERA 1JSFA 3B0IA 2F4AA 4UWUA 5C6LA 1D0KA 2BAAA 1EQEA 1DQJC 1BB5A 4NHSA 3A6CY 1BB4A 3VWOA 3WH1A 6LYZA 5DL9A 1XFPL 5LIOA 4EMNA 5FHWA 1FLQA 2YBIA 4PJ2C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
123LA 4OO9A 4N1CC 3NY8A 2G4NA 3F8VA 183LA 4DWXA 1KY1A 1GAYA 4CHXA 4KPMA 1QS9A 1LJ3A 4NSHA 3ODUA 1RJCB 213LA 1WVUA 3WUNA 2Z18A 1CVKA 1VDQA 1L22A 4N9RA 1BGIA 3DNAA 4WO6A 199LA 4XN6A 2B7XA 2BQHA 9LYZA 4J1BA 1QTVA 4NY5A 1GF7A 1YL0X 233LA 4G4HA 4Z46A 3C8SA 3DN2A 4ZEEA 176LA 2BLYA 5DM9A 3SN6R 2MEDA 1BB7A 1L95A 4YM8A 1L00A 1CKCA 3CDTA 4WM6A 4W57A 200LA 1QUOA 4CJ2A 1PQIA 254LA 5KXPA 1IX0A 2Z19A 1CU6A 1UUZC 2IFFY 1HFXA 1IVMA 3ATNA 4GLVA 3WULA 1GBZA 1REZA 4ETEA 1OWYA 4LYMA 1WQQA 5KXLA 1L90A 1L96A 5B05A 1CU3A 1LZ4A 2O7AA 1L98A 1L20A 3HFMY 3DN1A 3JR6A 2B6TA 1QT5A 1KS3A 1P6YA 2RB2X 1OWZA 4H9IA 1GF8A 2RH1A 138LA 185LA 1BB3A 1C6JA 158LA 1WVVA 2FYCA 3SBBC 1LSZA 4HSFA 193LA 5KXXA 1XGQC 144LA 1JQUA 1GEVA 1KW7A 1LYGA 4I7NA 5D5CA 109LA 3W6FA 1UIAA 1L30A 4HJVA 1GB2A 1DYEA 1REXA 4NHQA 2DQEY 1L17A 1GE4A 1XGTC 3QE8A 3SP3A 1L57A 2BQFA 1IC7Y 2AUBA 4HPIA 1L27A 4ETCA 1B0DA 1LI6A 3HUQA 3WPLA 1G06A 133LA 2H9JA 211LA 2YVBA 3UONA 2ZILA 2B6YA 1JJ1A 1CU2A 2MEEA 113LA 4W59A 3A67Y 1C43A 2YDGA 1PQJA 250LA 1CKDA 4B4EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1AT6 A;  1GPQ C;  3P68 A;  4N1C C;  1IWW A;  4D9Z A;  4LYB A;  2G4N A;  5KXS A;  4ET8 A;  4LYT A;  4WLT A;  1AKI A;  4WL7 A;  4DWX A;  4CHX A;  1GAY A;  1KXW A;  1P2C C;  4RDS A;  4KPM A;  1B7S A;  1LJ3 A;  1NF5 A;  1YIL A;  1YKZ X;  154L A;  1UCO A;  4ETA A;  2Q0M X;  3G3A B;  1ALC A;  2MEB A;  4ZIX A;  3WUM A;  4NSH A;  1XEK A;  4M6D A;  3T36 A;  1RJC B;  1LSC A;  1WVU A;  5KXO A;  3OK0 A;  1YRO A;  4MCK A;  1LSE A;  1LZB A;  3WUN A;  2Z18 A;  4NSJ A;  3EXD A;  2Z38 A;  4LZT A;  1IIZ A;  1J1O Y;  5LYM A;  4PHI A;  1VDQ A;  1GB7 A;  1O23 A;  1YAP A;  3K3T A;  1GAZ A;  4FDY A;  5DN5 A;  2BQL A;  4G49 A;  1IOC A;  2MEA A;  4N9R A;  1GBO A;  1BGI A;  4WO6 A;  134L A;  1RCM A;  1GBW A;  4XN6 A;  3TXG A;  2BQH A;  2MEC A;  9LYZ A;  3A3R X;  1MLC E;  4J1B A;  2BPU A;  1BHZ A;  3ZVQ B;  1IP3 A;  4NY5 A;  4DD0 A;  1GF7 A;  1IY4 A;  1YL0 X;  4G4H A;  5E9R A;  4Z46 A;  1GE1 A;  1QUS A;  4OW1 A;  1A4V A;  1GFE A;  4ZEE A;  1HC0 A;  5I5Q A;  2BLY A;  4LYZ A;  5FEK A;  1DPW A;  5DM9 A;  5I4W A;  2ZNX Y; 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 3D9A C;  4GN4 A;  4WL6 A;  1XSF A;  1LHI A;  1VAT A;  2I26 L;  1IO5 A;  3BKH A;  4GCB A;  5M1Y A;  3FE0 A;  4NGW A;  2DQD Y;  1V7T A;  5KXK A;  3ATO A;  5KXM A;  4M4O A;  1GBS A;  1VFB C;  6LYT A;  4TWS A;  1LHM A;  1UAC Y;  1OUA A;  1LJH A;  2BQJ A;  1DI4 A;  3WU8 A;  3RW8 A;  1AZF A;  1GBX A;  2BQB A;  4R0F A;  3WXT A;  1JIS A;  1HSW A;  3LYO A;  1DKJ A;  4WMG A;  1YAN A;  5KXN A;  1F6R A;  4QY9 A;  1HEW A;  1NDG C;  1W6Z A;  1JTT L;  1QSW A;  3A96 A;  2CGI A;  4PRU A;  2F4G A;  1B9O A;  2HEA A;  3IJV A;  5KJ9 A;  1QQY A;  4XJF A;  4J1A A;  4WO9 A;  5L3H A;  1AM7 A;  2HU3 A;  4DD2 A;  4R6C A;  1RE2 A;  4OWH A;  4GN3 A;  1B7M A;  1UC0 A;  1YIK A;  1LJJ A;  2CJL A;  4WM3 A;  2MEG A;  1NHE A;  4LT0 A;  4ETB A;  1B5W A;  5HNC A;  1B7N A;  4BS7 A;  1IWZ A;  4W94 A;  4LYO A;  4N5R A;  4HJZ A;  1T6V L;  4HTN A;  3P65 A;  1IP7 A;  1J1P Y;  3B0O A;  1GE0 A;  5F9U A;  4H94 A;  3WVX A;  4RW2 A;  2Z2E A;  1WTN A;  1HEM A;  1ZV5 L;  4UWV A;  1N4F A;  5LA8 A;  3TXD A;  5EBH A;  1VDP A;  1LSY A;  1G7I C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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