4HUFA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pair
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
b'EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 41
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hufA00
1KVCA 3I8DA 3RMAA 1QE1A 2HHXA 4CIFA 4CESA 3ISNC 2AJQA 3UIQA 3NGYA 4PWDA 1SL2A 2ITGA 1TKZA 2E4LA 3DLGA 4CK3A 1C1AA 1EKEA 5FDLA 4OKEA 3K5OA 4BE2A 1C0TA 4C8KA 1CXQA 4DS4A 3RWUA 3ZSRA 2KFZA 1RDBA 3KD5E 4CHZA 2I5JA 3KKSA 1O1WA 2YKNA 2Z1JA 3NGZA 3AA5X 3RRHA 1NK5A 4EP4A 3ZT0A 4CCHA 2EX3A 4CEQA 1FXXA 3SZ2A 1ZBLA 1L5UA 1S1VA 4B9NA 4FJJA 1WSFA 4OPJA 2QKBA 1XHZA 1J5OA 3QEVA 1HQUA 4DSEA 3FFIA 3M8SA 3L8BA 1IKYA 3LANA 1S1WA 1KLNA 3OYMA 3ZSOA 1YVUA 3P1GA 3CYMA 4OJRA 4BWMA 2P5GA 1NKBA 4OGEA 4AH9A 1C0MA 3SUOA 1U48A 3LALA 1NOYA 4CERA 2HHTA 1JL1A 1TK5A 4CEFA 3S9HA 4E0DA 2F96A 5EU7A 4CHPA 3OS2A 1BCOA 2Y1IA 4CEAA 2HHVA 4W5TA 1X9WA 1WN7A 3I0RA 4HUEA 3SNNA 4DTPA 4DFKA 1D9DA 4B9TA 4EZ6A 4CJSA 1UA0A 3VQCA 1J53A 3ZCMA 2D0BA 4E89A 3TAFA 2NUBA 4HCBA 5CYMA 2P5OA 1YTAA 4DSFA 4E1MA 3RMCA 3NGIA 1CXUA 5HBMA 3KLFA 2EHGA 3S3MA 3K5LA 3KLEA 1DTQA 4C8OA 3WNFA 3LPTA 3OS1A 1C6VA 4CFCA 3T3FA 1D8YA 1C1BA 1KVBA 4J2AA 1RT1A 4IG0A 4CHNA 1RT7A 2FBTA 1XHXA 4JRPA 3NF6A 3VQQA 3WNGA 1LAWA 1UWBA 2B4JA 4IG3A 4FLWA 5J2PA 2IS3A 1BI4A 1ZBFA 2E6LA 3NH0A 3L2VA 1NK9A 4M3WA 3O3HA 1U4BA 2QXFA 3U3GA 4CFBA 1XC9A 2VG7A 4CEZA 4ZHRA 3VQ4A 1NJZA 3QEWA 1X1PA 3VQ6A 2XY8A 1XI1A 4KI6A 3CM5A 1YTUA 2Z1GA 2Z1IA 3MAQA 3L3VA 1B9DA 1RTJA 4IFYA 4CK2A 4E1NA 2W42A 1FKOA 1RDDA 4JRQA 3AVCA 2O4IA 1WAFA 3VQAA 1EXQA 3M8QA 1TL3A 4OGCA 4CJ3A 4DG1A 4DQRA 4FJLA 1LW2A 4FLUA 1VSLA 3VA3A 3D45A 1BISA 3P5JA 3AVHA 4E19A 3QLHA 4DTJA 3DRPA 2DFEA 1D9FA 4J2EA 4H4OA 3L2RA 1RTDA 4CGGA 4CJVA 4R5PA 1RT4A 1WNSA 2HHWA 1EETA 4FK4A 3KIOA 4ELTA 4CJRA 1Q8IA 1REVA 4FCYA 3ULDA 5J2QA 3SQ1A 1TL1A 4BDPA 3VQPA 1J9AA 3C6UA 3K2PA 3QINA 2DFFA 3AVFA 1BQMA 4CF8A 3PX4A 3KD1E 2G8KA 1LAVA 4LY7A 2IAJA 3QNOA 1U47A 3HPOA 3QEPA 1X9SA 1SUQA 3OYHA 2X6SA 1NJXA 3AVNA 4FLXA 4F2SA 5JS2A 3BDPA 2VG6A 4C8NA 4FK2A 5I3UA 1LWEA 2RPIA 1RBVA 2RN2A 3QIOA 3CFRA 1NK0A 4PY5A 2OYQA 1ASVA 1HYVA 5J2MA 1NK6A 1SKRA 3V6DA 4CHOA 3OJUA 2HVHA 5E41A 1VSMA 3TR8A 3VQ9A 1TKXA 1VSKA 4CGDA 3KLGA 1T03A 1SKWA 1VRUA 3PO4A 4J2DA 3K59A 4F8RA 4GW6A 1TKTA 3ZSZA 3HJFA 3DLEA 4B9MA 3SQ0A 1ASUA 4E7IA 1X9MA 1VSJA 1KFDA 3RMDA 3EYZA 3HSTB 4KHWA 4FJHA 4FW1A 2G8UA 4Y1CA 4LH5A 2X78A 4FM0A 4QCLA 4H8KA 4CECA 2QKKA 2A1SA 3OYGA 2PZSA 4M3YA 4FVMA 4N5SA 3ZSXA 1G15A 3MEGA 1IKWA 2G8WA 3DLHA 4BWJA 4E7JA 3MEDA 1VSFA 2ZE2A 1D5AA 1L3TA 3EY1A 4DSLA 2WONA 4LSLA 4DQIA 4RW6A 3OYFA 3L2UA 2YV0X 3SCXA 3V1RA 3NF9A 3AO3A 4DFMA 2OA8A 4PQUA 4M3TA 4F3TA 4KTZA 1BCMA 1FK9A 4M3XA 3TANA 2PY5A 4ELUA 2G8IA 3TAMA 1JLFA 2JLEA 1GOAA 2YHAA 3HL8A 2Q3SA 3ZT2A 1N6QA 4DU1A 2G8HA 2DTUA 1FKPA 4CIEA 2KZMA 4LD0A 4DSIA 3NE6A 4CJKA 5CY4A 4NYNA 4CFAA 3OYKA 2OPPA 1WLJA 2G8VA 3PO5A 3OYDA 2A1RA 3THVA 4QAGA 3K5MA 3OJSA 4N76A 1HPZA 3LAMA 3U6FA 2IGIA 1S1UA 3ZSWA 3ZT3A 3KTQA 3I0SA 4CJUA 1ASWA 3HVTA 4CEDA 3DMJA 4CJWA 4DSJA 4RW9A 1A5VA 1GOCA 1J54A 3NF7A 5DMRA 1T05A 2BDPA 4KB0A 3AO2A 2KQ2A 2PYJA 4OKKA 3NAEA 2OZMA 1NKEA 3LP0A 4CJ4A 4W5QA 4CF0A 1RDAA 2YNGA 4IKFA 2HMIA 2DFHA 4FJIA 4M42A 1N5YA 1U49A 2WOMA 4M45A 1RTIA 3SV4A 2XY7A 1QSLA 1KRPA 4FW2A 4NCBA 3HO1A 4CEEA 4ZTFA 3K58A 2QK9A 3NF8A 3V9XA 1WSEA 3A2FA 3T1AA 3WNEA 3SQ2A 4MFBA 4OKJA 4RG8A 3AVBA 4O0JA 2OPSA 3HP6A 4DTXA 4FJMA 3TWHA 2GUIA 4KHNA 3VQ8A 3KK3A 1Q9YA 2IOCA 1RNHA 4DTNA 2FBVA 2X6NA 2ZD1A 4HHTA 4JLHA 5KRSA 4YFUA 3QESA 1UOCA 4CE9A 3AVMA 2ATQA 3MXJA 1QTMA 2BGGA 1SKSA 2RF2A 3V1OA 1TAQA 4N47A 4Z4EA 3TAGA 4K8XA 5T7BA 2D5RA 5KGXA 1YT3A 2BANA 1IKVA 4FZYA 1WSHA 2HB5A 3PUFA 2B6AA 4AHCA 5HROA 4JS4A 2XO7A 1RILA 1DLOA 1W0HA 3AO1A 1JXEA 1UAXA 3AVIA 3DYAA 4I9LA 4DMNA 4DTUA 2GBZA 3SI6A 1L3UA 4ELVA 3CG7A 3OYBA 2E6MA 4RW4A 2KW4A 3C95A 4ICLA 4FXDA 1IKXA 3G0ZA 3SV3A 3V9UA 1UA1A 3QETA 1HQEA 1WSJA 3DRSA 3TABA 5FRNA 1B92A 1NK7A 4CJQA 2D0CA 1KLMA 4FK0A 1LV5A 1JXBA 2XY5A 3S3NA 1KTQA 4Z4GA 4FM2A 4HUFA 2XRIA 4HVJA 4CF1A 4I9QA 5CYQA 4DSKA 3OS0A 4IDKA 3HPGA 2RKIA 4KI4A 4C8MA 4KTQA 4N41A 4BDYA 1HNIA 3ZSYA 4JS5A 4CF2A 3AO4A 3HP9A 4KHQA 4CJTA 3KK2A 3TAEA 3HT3A 3L2QA 1A5WA 4FLZA 4B9LA 3QIPA 4TSXA 4N56A 5C42A 1BI4B 3NHGA 4DU4A 1IG9A 2KFNA 2VG5A 1CLQA 2P1JA 4FJ9A 3O3FA 4CJLA 4CGIA 1RT3A 4H4MA 3OYAA 4AILC 1U45A 1BIUA 5I42A 1QS4A 3ZSQA 3TAQA 5FROA 1I3AA 4O0IA 3VQDA 1CZBA 3VQ5A 4CHYA 4CIGA 5J2NA 3U3YA 3CM6A 1RBRA 3V1QA 1WSIA 3DLKA 1LWFA 4FLTA 5CZ1A 3M8RA 3LWLA 2PYLA 3PX0A 3OYEA 1JLQA 4B08A 4I2PA 3QO9A 1T7PA 3OYLA 4PA1A 4CJFA 3O3GA 3QEXA 3MEEA 4KRFA 1NJYA 4CK1A 2HHUA 1ZBHA 1S9GA 1VK0A 5KRTA 3H08A 4DF4A 5HP1A 4KAZA 4Z4FA 3LAKA 4LH4A 1RT5A 1S6QA 5KI6A 3P83D 3ZSVA 4DLEA 1L3SA 1TKDA 2YNFA 4EZ9A 4AHUA 3K57A 1DTTA 3TARA 1HMVA 4L8RB 1RBSA 1QQCA 1R0AA 3MXMA 4OPKA 2KTQA 1CZ9A 4DQQA 3V4IA 3B6PA 2VWKA 3AA2A 1EX4A 3DOKA 1RDCA 1VSEA 4FM1A 4B9UA 3LP2A 4FJXA 1KVAA 3PV8A 3RR7A 3O4QA 3WNHA 3QNNA 1RTHA 3ZT4A 3SJJA 4KPYA 4E7HA 4KREA 1VSIA 2YHBA 2B5JA 1JKHA 1K6YA 3F9KA 4HTUA 4DTOA 4F3OA 4FJNA 3JYTA 1HYSA 4BDZA 2OZSA 1RBUA 3MECA 4M3ZA 1ZBIA 4OLAA 3SQ4A 3OY9A 4GMJB 4RW8A 1EP4A 2XHBA 3KK1A 1SL0A 2D0AA 4KB1A 5JS1A 1S5JA 3KLIA 1VSHA 1KCFA 1WAJA 4M3UA 3VQEA 2Y1JA 3DM2A 3OVNA 4CFDA 3AA4A 3OYJA 3EZ5A 3PY8A 4QOZB 4CJEA 4DTSA 3HK2A 4Y1DA 3IRXA 2XY6A 2IC3A 2F8SA 4HUGA 1SL1A 4O4GA 4BE0A 1XWLA 3KJVA 2HVIA 4CGHA 1HJRA 4W5NA 4OLBA 3AVAA 1Y97A 3D0PA 4DTRA 1S9EA 4F4KA 4RW7A 3QEIA 5HLFA 1IO2A 5SWMA 1TK0A 4CGFA 1HNVA 3V9WA 4Z4CA 1LW0A 1TV6A 3HYFA 3LPUA 3DLBA 3ITHA 1NK8A 3OYCA 2F8TA 4CEBA 4CF9A 1TVRA 4B8CA 5HRPA 3TAPA 3C6TA 1QSYA 3RRGA 1GOBA 4DLGA 4WE1A 2ZQBA 4C8LA 5HRRA 4F2RA 4KV8A 1Z25A 3QERA 1WSGA 1KFSA 4IBNA 4Z4HA 4Q0BA 1VRTA 2DY4A 4O44A 1BHLA 3NDKA 1QHTA 4DU3A 5DK5A 3IG1A 1JLAA 1TGOA 2P51A 2JGUA 2YNIA 3C94A 4KKOA 5SZTA 3VA0A 4I7FA 3MXIA 3F73A 2FC0A 1Q9XA 1LWCA 2YKMA 4CEOA 1ZYQA 1TAUA 4DFJA 2GV9A 2HNZA 1NOZA 3V81A 2FBXA 3HM9A 3NH2A 2Z1HA 1RT6A 4MQ3A 3LP1A 4DWIA 4FZXC 1T8EA 3CFPA 3AVJA 2G8FA 3CFOA 4CHQA 1RBTA 2HHQA 1S6PA 3LZJA 2FBYA 2R7YA 3AVKA 4OVLA 4PUOA 3DRRA 3M8PA 3NCIA 5KGWA 2HNYA 1W9HA 2YNHA 2ETJA 2X74A 3E01A 4DFPA 1L3VA 1HRHA 3AVLA 1JL2A 4DQPA 3DI6A 3G10A 4CJPA 4FYDA 1JLCA 3HVRA 3AA3A 3BGRA 4K8ZA 4AHSA 4DQSA 1Z26A 3LP3A 1HYZA 4UQGA 4FJGA 1KSPA 3V9SA 1ITGA 3DOLA 4W5OA 1JLEA 3NH1A 3HXMA 4B3OA 3ZT1A 5HRSA 3PX6A 4FJ8A 3AVGA 4FJ5A 1ZBUA 4M3RA 3AO5A 3SUNA 1BGXT 1VSDA 3SPYA 1A5XA 1BL3A 3LDSA 1BIZA 4KO0A 4ID5A 3VQBA 4ZTJA 5CZ2A 3L3UA 3IS9A 3NBPA 3KKRA 3O4NA 5K14A 4NCGA 4FLYA 3LZIA 3OYIA 1QSSA 1C1CA 1JLGA 4AHVA 4YNQA 4Z4IA 5KTQA 1IH7A 4IFVA 4XIUA 4DF8A 2BE2A 4GVMA 2VWJA 4AHRA 4KHUA 2LSNA 3SUQA 1B9FA 5FRMA 2HHSA 4E3SA 4DS5A 4FLVA 4O5BA 1I39A 3OYNA 1F21A 2O4GA 4AHTA 1JLBA 2HW3A 5D3GA 3SYZA 1RCHA 3K5NA 4FJKA 4DTMA 1C0UA 1RT2A 5J1EA 3JSMA 1S1XA 5C25A 3RTVA 3KLHA 4O55A 4BACA 4FJ7A 2OPQA 1SV5A 4FZZA 1U04A 4W5RA 2KZZA 2IDOA 3DLRA 4ID1A 3RMBA 1NJWA 1MU2A 1S1TA 4Z0UA 4Q5VA 3NFAA 3ALYA 4KTWA 3SPZA 4G1QA 2OPRA 4EP5A 5HRNA 4LSNA 4E7LA 4M41A 1BQNA 3TI0A 4NYFA 4CGJA 3IAYA 4E7KA 4HCCA 4CJ5A 4B8AB 3LWMA 4BE1A 4I2QA 4NCAA 3ASMA 4B9VA 3VQ7A 4KHYA 4B9SA 1NKCA 3HPHA 3VN5A 1TK8A 4KHSA 4KFBA 3AV9A 4J2BA 2HNDA 3SUPA 1NK4A 3T19A 3L2WA 3S3OA 3RR8A 3CQ8A 3B6OA 5C24A 3V9ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ASMA 1QE1A 1HX1A 3VERA 3ENOA 3WT0A 2AJQA 3NGYA 1MWKA 2ITGA 3BUZB 1Q86O 2O8CA 5AQZA 1BO5O 3K5OA 1HLUA 3VEYA 3KKSA 2Q36A 3AA5X 4OPAA 2GTDA 4EP4A 3ZX3A 4CCHA 2EX3A 1FXXA 3SZ2A 1NGDA 1WSFA 1J5OA 3QEVA 1HQUA 4DSEA 4FWNA 3M8SA 3L8BA 1S1WA 1KLNA 3OYMA 2FLOA 1NKBA 1NOYA 3MCPA 1JL1A 4OO1J 4NB4A 2Y1IA 2HHVA 4U7BA 4W5TA 1X9WA 3I0RA 4DTPA 1NNEA 1NWKA 5HL7L 4DFKA 4FL9A 3TAFA 3MCAB 1FW6A 3NGIA 1XC3A 1J6ZA 1M90O 5GAHP 4C8OA 1XNQK 4NLBA 3VEVA 4PKHA 4ISEA 2CGLA 3VQQA 1BWFO 3WXMB 4IG3A 1HPMA 5BPLA 4KH4A 3NVMA 4B3RK 1U4BA 3U3GA 5C10A 2JWKA 4KI6A 3L3VA 1C0FA 3TSUA 3PSFA 4IFYA 3HSCA 4CZFA 3WQUA 4OGCA 4DG1A 1LW2A 4RWTA 4BRIA 3P5JA 1BISA 4DTJA 1HKGA 3H6EA 3DRPA 2DFEA 4H4OA 3L2RA 4CGGA 3O9SA 4IWVA 1EETA 2FSNA 4CJRA 1NMDA 4FPAA 3C6UA 3N4QA 3AVFA 4MDBA 2D1KA 3KWGA 4LY7A 1U47A 3A5OC 3HPOA 1NJXA 2Q1NA 1D4XA 5JS2A 2P9PB 3BDPA 4FK2A 4PY5A 1NK6A 4GKJK 4FWQA 3BZKA 3OJUA 1VSMA 2QA4N 4LFCK 5F2RA 3VQ9A 3ZEUA 3H1VX 4B3TK 4H0YB 5KQDA 1SKWA 3OBYA 4J2DA 1VQPN 3HOTA 4FO0A 3DLEA 3O9UA 1YJ9N 3RMDA 4H8KA 4BRKA 3OYGA 4IOCL 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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