4HUFA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pair
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 41
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hufA00
1TKXA 4CHYA 3M8SA 5KRTA 3SUNA 4AHTA 3KD5E 2F8TA 5SWMA 4KHSA 1X9SA 4PWDA 1S6QA 3WNHA 4BACA 3O3FA 4Y1CA 3NE6A 4F2RA 2BE2A 4ID1A 5KI6A 1VSMA 4Q0BA 3SUOA 1QHTA 3AVHA 1NK9A 3LP3A 4CJFA 3LP0A 4CIEA 3DLGA 3H08A 3TAGA 2WOMA 2X78A 1NOYA 2OPPA 1HYSA 1FKPA 2W42A 3RR8A 3DI6A 3HM9A 4N76A 4AH9A 3V81A 4I2PA 3RMDA 1EKEA 3JYTA 3QERA 4CHNA 1D8YA 2DFHA 3RMBA 1ZBHA 3AV9A 1NK0A 1SL2A 4CJTA 3OS1A 1JXEA 1KCFA 1TL1A 4OGCA 3V9SA 4DF8A 4FXDA 3KLGA 1N5YA 4HUEA 1NK8A 4Z4HA 3PY8A 2BGGA 1XHZA 4CJKA 4Z0UA 3P83D 3SV3A 4CF2A 1VRTA 5HRSA 4CHQA 3O3GA 4BE1A 2DFFA 1VRUA 3IS9A 3MXMA 3HK2A 3ZT0A 4E7HA 5FROA 3VQAA 4DU4A 5J2PA 4KHNA 4DSKA 2QXFA 1EETA 4YFUA 2XHBA 3M8PA 3LZJA 4OLAA 2IDOA 1L5UA 4H8KA 3RMCA 2QKKA 4CHPA 3CM5A 1TAQA 4CEBA 4CJLA 2QKBA 4ICLA 2JLEA 2LSNA 3BGRA 3ZSQA 3OYJA 3NH1A 3PO5A 1K6YA 3CM6A 4CEOA 2HHXA 4KAZA 1WSEA 3L2RA 2X6SA 3OYAA 4FJ8A 2VWKA 4DS5A 3AVAA 1UOCA 2B4JA 3QIOA 3KJVA 3MEGA 3D0PA 2HHVA 4H4MA 4DFMA 4LH5A 1C0UA 4NCGA 1CXQA 4N56A 2FBVA 3NGZA 4E7IA 4BDPA 3MEDA 3QEXA 2P1JA 3KLIA 3AO1A 3QEWA 3ITHA 4KHWA 1FKOA 1RBSA 4DFPA 4R5PA 2BDPA 4KTQA 2XY5A 2YNHA 1IKYA 3DYAA 4RW9A 1RDAA 2RPIA 4AHVA 3VQ8A 1U04A 2OZMA 1VSFA 3LANA 4DMNA 4AILC 1X9WA 1QSSA 1IH7A 2HHQA 3HSTB 5T7BA 4Z4IA 1KSPA 1HMVA 4K8XA 1R0AA 4DTPA 4LSNA 4FJIA 2D0AA 4OPJA 4KTZA 3RMAA 1RDBA 3AVMA 3LALA 3SQ2A 2HHUA 1BIZA 4BE2A 2Z1GA 4CECA 1LWFA 1SUQA 4CJUA 4Z4GA 1BQNA 1DLOA 2FBXA 3VQQA 1TKDA 3RR7A 4F3TA 3ZSOA 3EZ5A 4F8RA 2VWJA 4FJLA 5HRPA 2KZMA 3RTVA 1S1VA 3AVFA 4FJGA 1XHXA 4FJKA 3MEEA 1WSJA 3VQPA 1Z25A 1S1XA 2WONA 5EU7A 3K2PA 1N6QA 2YNIA 3NF6A 1RDDA 4O5BA 4FLXA 1VK0A 2IOCA 3QNOA 3TABA 3G10A 3NDKA 1U47A 1BCMA 4M42A 3P5JA 4B9MA 3HVTA 2KTQA 4E7LA 3LPTA 4CGHA 3NGIA 5DMRA 3A2FA 4J2EA 5I3UA 3VQDA 3AO5A 4ELUA 3I0RA 1YVUA 4HUFA 2E6LA 3AVKA 3AA5X 4E3SA 2HHTA 4CFBA 2XY8A 4DQIA 4E1NA 4FK2A 5KGXA 2YHAA 2OZSA 3QETA 3PX6A 3DRRA 3L3UA 4ID5A 4CHOA 2P5GA 2KFNA 1BGXT 3AO3A 4DG1A 1I39A 3F73A 4CF0A 4RW8A 1C0TA 4CJSA 2YNFA 3OYMA 4DQQA 3B6PA 1WSHA 1LV5A 2DFEA 4PUOA 2ZD1A 4EP5A 2XY7A 2PY5A 3KLFA 4ELTA 4Z4EA 1FXXA 1ZBFA 4DS4A 4QAGA 1KTQA 2HW3A 1LWEA 1FK9A 1NK5A 4DQPA 5HP1A 3LP2A 3NBPA 3WNFA 4UQGA 4KV8A 3OYHA 3HO1A 1NKCA 2EHGA 2Q3SA 4C8NA 4DQSA 3OYIA 2OYQA 4FZZA 4EP4A 3CQ8A 4E0DA 2KFZA 1D9DA 3AO4A 3WNEA 1CZBA 1BHLA 4CJ5A 1KVAA 1Z26A 4KHUA 3NFAA 3NCIA 3V4IA 3VQCA 4E7JA 4F4KA 4O0IA 1UA1A 4AHUA 4O0JA 2D0CA 2ETJA 2O4IA 1RT5A 5FRNA 4RW4A 3ULDA 2D5RA 2GV9A 1BCOA 3THVA 4CJEA 3QEPA 2YKNA 1GOCA 3U3GA 3SNNA 3KD1E 3LWLA 4DLGA 1ZBLA 1C0MA 2HHWA 3ZT3A 4C8OA 3AVCA 3QESA 1JLAA 3OJSA 4RG8A 2GBZA 3HXMA 5CYMA 5I42A 3C95A 4O55A 4EZ6A 3O4QA 4KHQA 4CEQA 4MFBA 1LAWA 5CY4A 1B92A 5J2MA 1EP4A 4B9VA 2OPSA 1JLCA 4N41A 4DTMA 3NF8A 4YNQA 3VQ4A 1S1WA 3F9KA 1L3VA 1RTIA 1C1CA 1KLNA 1CLQA 1RT7A 3V9XA 3HYFA 4IG3A 2ZE2A 3L2UA 4CEAA 4JRQA 3NH2A 4M3WA 4DTSA 2G8VA 4W5RA 1LW2A 3D45A 4KB1A 4CJVA 4KREA 1QQCA 4ZTFA 3OYGA 3HPGA 5E41A 3NHGA 3AVLA 4Z4FA 3AA4A 2X74A 3T3FA 3K5NA 3TAEA 1C6VA 1XWLA 2PYJA 4HCBA 1TL3A 3QEIA 2HNDA 4OVLA 4IFYA 3UIQA 1JLEA 3G0ZA 4MQ3A 1TKZA 3C94A 3L8BA 2VG6A 4FK4A 4J2BA 4LD0A 1W9HA 2HVHA 1WSFA 4ZHRA 3EYZA 2DTUA 1IKXA 3TWHA 1Q9YA 3EY1A 2B5JA 4B8CA 1G15A 2RN2A 1LW0A 3PUFA 5HROA 4DU3A 1U45A 2QK9A 1KRPA 5KRSA 4CFAA 1A5XA 3NGYA 1B9FA 3HL8A 3VA0A 3ASMA 3DLHA 3VQ6A 1EXQA 4BDYA 1DTQA 1U4BA 3B6OA 4FLVA 4B9LA 4F2SA 4DWIA 4CJWA 4O4GA 4CERA 4CCHA 3DOKA 5CZ1A 4E7KA 1VSIA 4C8MA 2YNGA 1BIUA 4OKEA 5DK5A 1IKVA 3KTQA 4B9TA 2IC3A 3KK2A 4FVMA 1XC9A 4RW7A 1NK4A 1BQMA 2ITGA 2VG7A 4GW6A 5JS2A 4CK3A 5C24A 3AVGA 4ZTJA 4CF1A 4HHTA 1UWBA 1DTTA 4FLUA 1KFSA 4I2QA 1A5WA 3ZCMA 4BDZA 1WN7A 4CJRA 3MAQA 4DF4A 5HRNA 3I0SA 1UA0A 3K5MA 1S1UA 1U49A 3AVJA 4OJRA 3TARA 3MXIA 3O3HA 1Q9XA 4B9SA 4CIFA 1TAUA 1REVA 1RT1A 2RKIA 1HQUA 3QINA 4M41A 3LWMA 4DTOA 1QSLA 4DTJA 1RCHA 4HUGA 1T03A 2OPRA 4C8LA 1QE1A 4W5OA 1WAFA 2Z1HA 3AA2A 1BL3A 3OS2A 3PO4A 1ASUA 4FM2A 2HB5A 3VQEA 3JSMA 4E19A 2YKMA 4KPYA 3CFPA 3NF7A 2XRIA 4CE9A 1NJZA 1T8EA 3VA3A 2HNYA 4ELVA 4CGDA 4M3XA 1VSDA 2Z1IA 1QSYA 3QLHA 3RRHA 4J2DA 1T7PA 4DSIA 3KLHA 4M3UA 1WAJA 2RF2A 3SJJA 2Y1JA 1HPZA 2A1RA 3HP9A 5SZTA 3TI0A 4FZYA 3HP6A 3CFRA 3TR8A 3L2VA 1TK0A 1SKWA 4HCCA 3AVIA 3VQ5A 4AHCA 4BWJA 4N5SA 4FJ7A 1JLFA 1S6PA 4CK1A 5KTQA 4B08A 2ATQA 4GMJB 4W5TA 3K5LA 1UAXA 3DLKA 4KRFA 3ISNC 3SQ4A 1EX4A 1BI4B 1KFDA 3AVNA 3ZSZA 4CJPA 3WNGA 1F21A 2OPQA 4JS4A 2XY6A 1JLBA 4NCAA 3SUQA 2FBTA 4KI4A 4AHSA 4Q5VA 3QIPA 3OYBA 3KKSA 3DRPA 4DSFA 4Z4CA 4CJQA 2G8WA 1MU2A 1NKEA 3KLEA 4EZ9A 4KTWA 4FLWA 3TAQA 1JLQA 2P5OA 2DY4A 3IRXA 3RRGA 4QCLA 1RBVA 3MECA 5FRMA 4FM1A 4FJNA 2PZSA 3PX0A 4M3TA 4N47A 2XO7A 5J1EA 3OY9A 3MXJA 4K8ZA 1NJYA 2X6NA 3RWUA 2F96A 4F3OA 2G8KA 2OA8A 4IBNA 1YTUA 1WSIA 3U3YA 1SL1A 1HRHA 3DM2A 4FJ5A 1HYVA 2I5JA 2HVIA 3TAPA 4KFBA 1RBRA 4FW2A 3OJUA 2GUIA 3SPYA 1YT3A 4FJ9A 3DLBA 4IFVA 1J54A 3TAMA 1O1WA 3OYCA 4E1MA 1QTMA 1W0HA 3DOLA 4CEZA 4CESA 4FZXC 3DRSA 4DU1A 4DSJA 2NUBA 1Y97A 2JGUA 1C1AA 3M8QA 3ZSVA 3BDPA 4B9UA 3VN5A 4PY5A 1RT2A 2AJQA 1S9EA 1RTJA 3L2QA 1SKSA 1TK5A 1JKHA 1LAVA 2YV0X 1NK6A 1U48A 3TANA 1GOAA 2D0BA 3CFOA 5CZ2A 4W5NA 5J2NA 3LPUA 4I9LA 2G8IA 4M3YA 5JS1A 2FBYA 4NYNA 4NYFA 4PA1A 4CHZA 3HVRA 3HPHA 5HLFA 4KHYA 3P1GA 4AHRA 2IS3A 5CYQA 3HPOA 3K5OA 1S1TA 3V1QA 3VQ9A 1HYZA 1L3TA 1JL1A 5KGWA 1X9MA 2KZZA 3TAFA 2IGIA 3QO9A 1NK7A 3CG7A 3QNNA 1TV6A 3DLRA 3O4NA 4DQRA 4KB0A 3HJFA 4CJ4A 4FLTA 1TGOA 4I9QA 4I7FA 3ZT4A 1NKBA 3T19A 3V1OA 1SL0A 3IG1A 4NCBA 4L8RB 1SV5A 3SPZA 3K59A 1VSEA 2HNZA 1J53A 4KKOA 1S5JA 2KQ2A 4BWMA 3S3OA 2ZQBA 1I3AA 1RBTA 4CF9A 3S3MA 4IKFA 4DTXA 1C1BA 1CXUA 3OVNA 1TKTA 4QOZB 1XI1A 1WLJA 3PV8A 1VSLA 2PYLA 4DFKA 4WE1A 2R7YA 4M3RA 4LY7A 4JS5A 3SZ2A 3PX4A 2G8FA 3KKRA 5FDLA 3QEVA 4FCYA 4OPKA 4C8KA 1IO2A 4CGFA 4CEDA 4W5QA 3M8RA 4DLEA 1B9DA 4G1QA 3ZT1A 3AO2A 3AVBA 1HNVA 1ITGA 2Z1JA 4TSXA 4DTRA 4B8AB 2E4LA 2VG5A 1D5AA 3LP1A 3K57A 1BI4A 4FJJA 4E89A 3S3NA 3V9UA 4IG0A 4OKJA 4OKKA 3S9HA 3V6DA 4H4OA 3L2WA 3SQ0A 1TVRA 3FFIA 4CEFA 4FM0A 1S9GA 3OYKA 4OGEA 3SUPA 1JLGA 5HRRA 2E6MA 2KW4A 3LAMA 4CGJA 4FW1A 4KI6A 1IG9A 3SCXA 4B3OA 4M45A 3KIOA 4FLZA 4J2AA 5C42A 3AA3A 2A1SA 4CFDA 3SQ1A 3OS0A 1QS4A 2G8UA 3CYMA 3OYDA 1SKRA 1L3UA 1X1PA 5C25A 4O44A 3T1AA 1D9FA 4DTUA 3ZSWA 3IAYA 3NH0A 3ZSXA 2IAJA 1ASWA 3OYLA 1RTHA 1RBUA 1RT3A 1VSKA 1HQEA 4IDKA 3ZSYA 1A5VA 2BANA 1HJRA 3DMJA 3OYFA 1JXBA 3OYEA 3SI6A 2FC0A 4FLYA 1WNSA 4FK0A 1GOBA 1KVBA 4M3ZA 2EX3A 4DSLA 4JLHA 3ZT2A 5HBMA 3SV4A 3ZSRA 4BE0A 4FYDA 3NAEA 4GVMA 4CJ3A 4CK2A 3LDSA 3K58A 2YHBA 1RTDA 3OYNA 4KO0A 4XIUA 1RDCA 2HHSA 4CGGA 1WSGA 4B9NA 4CEEA 4CFCA 5J2QA 3C6TA 3VQBA 4HVJA 1NJXA 1IKWA 2G8HA 1L3SA 3NF9A 3V9WA 4Y1DA 5K14A 1YTAA 2P51A 3L3VA 3DLEA 3VQ7A 1NJWA 1RNHA 4DFJA 3V1RA 3KK1A 3C6UA 4PQUA 1NOZA 3E01A 3SYZA 5D3GA 1ZBIA 1RT4A 2Y1IA 1TK8A 1RT6A 3HT3A 4LH4A 1CZ9A 4DTNA 4CF8A 4CGIA 3LAKA 3I8DA 1VSJA 4OLBA 2F8SA 1BISA 1Q8IA 1KVCA 1VSHA 3V9ZA 2HMIA 1ASVA 4HTUA 1KLMA 4RW6A 3KK3A 1J5OA 4JRPA 1ZBUA 1J9AA 4FJXA 3ALYA 1RILA 4DSEA 4CIGA 1HNIA 2O4GA 4LSLA 3LZIA 1JL2A 1T05A 4FJHA 4FJMA 2B6AA 1LWCA 1ZYQA 3U6FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGGA 3M8SA 1Z6RA 4X65K 3KD5E 2F8TA 3OBYA 1Q81O 3NE6A 4Y1CA 4H03B 4Q0BA 1NK9A 1JCGA 4YOTA 3PIPL 3D7EO 1VQON 1YJNN 1FKPA 3BZKA 4CVNE 2KLAA 4AH9A 5EOYA 4MO4A 4JKFA 2DFHA 5ELZA 3AV9A 1KD1O 2D0PA 1JXEA 4DF8A 2ZM6K 2VWBA 4Z4HA 3PY8A 4CJKA 2UU9K 1VRTA 4CHQA 3O3GA 4CZKA 1NMDA 5FROA 3VQAA 5J2PA 2QXFA 1NLVA 4KH4A 3O9SA 1R59O 2F9WA 3GDQA 1HKCA 3RMCA 4YORA 4XH4A 4JKGB 3TSQA 1DKGD 1QQOA 1WSEA 3L2RA 2X6SA 5BPMA 5H1SQ 4KAZA 4DS5A 4FJ8A 1UOCA 2B4JA 3QIOA 3MEGA 3J80O 4K42A 1C0UA 1CXQA 5AQXA 4K41A 3KLIA 3WXMB 3QEWA 4BRFA 1IKYA 2YNHA 3DYAA 3LDPA 4RW9A 3G6EN 1QVGM 1QSSA 4AILC 1X9WA 5T7BA 5C15A 3BEXA 1R0AA 4K8XA 3QBXA 4OPJA 4KTZA 3VEOA 3LALA 3SQ2A 2HHUA 2P9LB 1SUQA 4CZMA 2F7TA 4BRKA 4H5VA 3MMVA 2E88A 2UXCK 3ZSOA 1OH6A 4BQZA 5HRPA 3HOTA 3RTVA 4FJGA 1XHXA 4FPBA 1WSJA 2VQEK 1S1XA 4L3QA 5EU7A 1N6QA 2YNIA 4O5BA 4FLXA 1VK0A 2BUPA 3TSPA 3G4SN 3WT0A 4B9MA 2KTQA 3LPTA 4M7XA 3EKSA 3ENBA 5DMRA 4JI5K 3AO5A 4HUFA 2E6LA 2WBNA 2P9SA 3AA5X 2HHTA 4CFBA 4E1NA 4FK2A 3SK3A 2OZSA 3QETA 3DRRA 4CHOA 2P5GA 2QWNA 4DG1A 3AO3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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