4HUGA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pairs
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 40
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hugA00
3DRPA 2G8HA 4CEBA 3NF9A 3OYLA 1NJZA 1VRUA 3LALA 4DTSA 4E7HA 1TKZA 4BDYA 2HHXA 4KO0A 4L8RB 2Z1JA 3WNEA 1BISA 3AO1A 1U45A 3NAEA 2GBZA 4I9LA 4E19A 3S3MA 4IG0A 4CHPA 3TAGA 1KFSA 4KPYA 1Q8IA 4CGIA 1XC9A 4OJRA 4DTJA 3TAQA 2B4JA 5J2PA 1NK5A 2ZQBA 3NGYA 1I39A 4O0JA 4DSKA 1D8YA 1JLFA 3SUQA 2HHVA 3WNHA 4FJNA 4B9MA 3HK2A 5C25A 3LP1A 1YVUA 4IKFA 3AV9A 3ZSOA 3KLFA 3S3OA 4DF8A 3THVA 4Z4GA 1DTQA 1BI4B 2HHTA 3HSTB 4FJ7A 3ZSVA 1U48A 1WSGA 1HNIA 3ZT2A 3V4IA 5I3UA 1BHLA 4CF2A 3OYEA 1TKXA 4DU1A 1NJYA 3OY9A 3QEIA 4B3OA 4I2PA 1DLOA 4RW4A 4C8NA 4Z4CA 3KK3A 4EP5A 4CFAA 3A2FA 3DLHA 4DU3A 4CFDA 4PWDA 2XY8A 2VG5A 4KKOA 2ZE2A 3V1QA 3KK2A 4CEQA 3QERA 4EZ9A 4Y1CA 3VQ5A 1RT3A 4J2DA 1RBUA 4DTRA 3MEDA 5HRRA 2IC3A 3IG1A 1RT6A 1C1CA 1GOCA 3D45A 3K2PA 5KTQA 4FLVA 1REVA 3PX6A 1XHZA 3RMAA 4PUOA 4IG3A 5DK5A 4CJQA 4CJ5A 3LWLA 2EHGA 1A5WA 3C95A 4CK2A 4FLYA 2DFEA 1J54A 4O55A 1C1BA 1BIUA 3LPTA 4HUFA 1WNSA 3TAEA 2WOMA 1T05A 3KD1E 3WNGA 2YNGA 1TK0A 5KRSA 4OKJA 1RDBA 1RT1A 4B8CA 4CJPA 4AHUA 4KAZA 5FROA 3ZSXA 4YFUA 3M8SA 3SCXA 1CZBA 3LP2A 4KHUA 3KLHA 1O1WA 3I0RA 1S5JA 4C8MA 4Z4HA 3OJSA 1Z26A 4K8ZA 2HVIA 3L8BA 1UAXA 2HB5A 4LH5A 4H4MA 4ZTJA 3SUOA 2XO7A 2A1SA 4BDPA 2HVHA 3SZ2A 3TAPA 4AHTA 2YNHA 3DRSA 3VQ4A 4E1NA 2HHSA 1NOYA 1W0HA 3DLKA 3K59A 4KB0A 4FJKA 1JXBA 2BDPA 5HROA 3SUPA 1HJRA 3CFRA 1ZBLA 1TAUA 3DOLA 3AVJA 4FM1A 1G15A 1DTTA 2KTQA 3PX0A 1QTMA 3SPYA 2PY5A 3RR7A 2OZSA 4KHWA 3SI6A 3MECA 1U49A 4CEAA 1L3UA 1HYVA 3RMDA 3SUNA 2D0CA 3QO9A 1IH7A 2KW4A 2W42A 2XY6A 4B9LA 1LWCA 4FK4A 3AVBA 1KCFA 4CECA 1B9DA 4E7JA 4DSJA 5CYQA 3KK1A 4E7LA 1JXEA 4O44A 3OS1A 3V6DA 2YKNA 4FM2A 3SPZA 2E6MA 4DQRA 4I2QA 1NK9A 2D0BA 3C6UA 5E41A 1F21A 1WSEA 2X78A 4M41A 2DTUA 4UQGA 3ITHA 4FJGA 1TK8A 4N41A 3PX4A 4QOZB 2XRIA 3OYAA 4AILC 4NYNA 4CE9A 4DG1A 5J1EA 4DSIA 5C24A 4CGDA 3LWMA 4CJFA 3SQ4A 3L2WA 1T8EA 1NK4A 1S1XA 4DMNA 1X1PA 1FKPA 5C42A 4Q5VA 3LZIA 4DLEA 1ZBIA 3NFAA 1KRPA 1RTJA 1JL1A 3ZCMA 4CHYA 3CFPA 3VA3A 1Y97A 3QEPA 3MXMA 5FRMA 1QQCA 2DFFA 1NK8A 5CZ2A 4CJLA 4FXDA 2RPIA 3V9SA 3AO3A 4DSLA 4BE0A 4DFMA 1HYZA 1L3VA 4FZXC 3TABA 3M8PA 4EP4A 4CJEA 3CQ8A 3HPGA 2GV9A 1KSPA 1S1WA 4ELVA 3L2RA 4DSEA 3VQAA 2OYQA 2RF2A 2YHBA 2QKKA 3AVCA 1X9SA 1RTIA 1UWBA 1EX4A 1QSYA 3KTQA 2QXFA 3VQCA 1BI4A 4DFJA 3BGRA 3NCIA 4DS4A 1WLJA 1X9MA 4ZHRA 4OGCA 4DU4A 1U4BA 4E0DA 1NK6A 3SQ2A 4FJIA 5D3GA 1JL2A 4B9SA 1WSHA 4CEFA 4Q0BA 3CFOA 1IO2A 4CEZA 4LD0A 2X6SA 3OYHA 1KVCA 4I7FA 1SL1A 1QSLA 4FJLA 4GW6A 1B92A 3ZT3A 1W9HA 1SKWA 5FRNA 3O3HA 1KVBA 2OPQA 3QEVA 4CGGA 1WSFA 1LWFA 1LW0A 3LAMA 4TSXA 3OYCA 2G8VA 4KTWA 3HJFA 4QCLA 4NCGA 2G8FA 3KKRA 5HP1A 1BL3A 1N5YA 4KV8A 4RW6A 2O4GA 1X9WA 4W5NA 1RT4A 3ZSRA 4N5SA 1JLCA 3O3GA 4FLTA 4AHRA 3V9UA 1GOAA 2A1RA 4W5QA 4DTMA 3S3NA 5KRTA 4W5TA 2D0AA 3DRRA 4FJ5A 4KFBA 4OPKA 4DFPA 3U3YA 1S1UA 2X6NA 1VK0A 2E4LA 3DMJA 3NGZA 3HP6A 4HTUA 3P5JA 4E7KA 4E7IA 4RG8A 4FJHA 2YNFA 4CF9A 1HYSA 3DLEA 3QESA 3VQ7A 3IS9A 1SL2A 2QK9A 4PA1A 4AH9A 2G8IA 3V9XA 1Q9YA 3KLEA 4FLWA 4F8RA 2ZD1A 2KFZA 1VSIA 4KREA 3I0SA 2P1JA 2G8KA 5CYMA 4N47A 3VQDA 2HHUA 1CXUA 2FBTA 4WE1A 3MXIA 5EU7A 1XWLA 3ALYA 3AA2A 1NJWA 4CJUA 1R0AA 3HVRA 1IKWA 1TK5A 2BGGA 3RMCA 4CHNA 3NDKA 3HL8A 3O4QA 4B08A 1C0TA 4B9VA 3K5OA 3OYNA 1SV5A 3DYAA 3UIQA 1NKEA 1RBRA 2OPRA 4PQUA 3TI0A 4IBNA 5FDLA 3ZSWA 2YNIA 3SYZA 1BGXT 1QE1A 2ATQA 4HVJA 1JLEA 4R5PA 4JRPA 3NE6A 3TAFA 3WNFA 3NF8A 2XY7A 4F2SA 1RBVA 1FXXA 3OYDA 1D9FA 3DM2A 1T03A 2EX3A 4C8KA 3F9KA 2VWJA 1Z25A 3KIOA 4CGHA 3LANA 3SQ0A 2PYLA 1TL3A 4M3YA 2Y1JA 4KHYA 3OVNA 4FK2A 4DF4A 1KLMA 3MXJA 4CEEA 4AHCA 1FKOA 4CIEA 1ZYQA 1RBSA 4F3OA 1HRHA 4HUEA 1S6PA 4M3WA 1HMVA 3VQEA 2JLEA 1ZBFA 4ICLA 4CJSA 4Y1DA 1KVAA 2LSNA 3K5LA 2YHAA 1UA1A 3O3FA 1C0MA 3HPOA 4LH4A 3IRXA 4B9TA 2YKMA 3B6PA 1CXQA 4Z4EA 2F8SA 4FJ8A 1EKEA 1RDCA 4CGFA 4CF1A 2JGUA 1ZBUA 4CIGA 1NKCA 4Z0UA 2HNZA 4C8LA 2Z1IA 4HCCA 4I9QA 3ZT4A 4M3UA 4KI6A 1SUQA 2B5JA 1TL1A 3VQ8A 3KLGA 4M3XA 4BE2A 4C8OA 2O4IA 3HXMA 4CJVA 3ISNC 1VSKA 5SWMA 1WSJA 4JS5A 1A5VA 4CEDA 2DY4A 4CGJA 3HO1A 2Y1IA 1JLQA 5I42A 4NCBA 4CFCA 1S9EA 1TVRA 4DTNA 5J2MA 2F96A 3QNNA 4DS5A 4KI4A 1S6QA 4KTQA 1BCOA 3ZT1A 3SNNA 3CM5A 1I3AA 3M8QA 2E6LA 4ZTFA 3VQBA 1S9GA 1K6YA 2P5OA 1IKXA 2KQ2A 4FJ9A 2FC0A 4DWIA 4RW8A 3OYGA 2WONA 3TANA 3HVTA 4RW7A 4IFVA 2DFHA 4HCBA 1J53A 3DOKA 4DQIA 4FZZA 4M42A 4DTOA 1EXQA 4FJJA 4CK3A 4DFKA 1XI1A 4MFBA 1JLAA 1HQEA 1RILA 4CJ3A 1NJXA 3QEXA 4CF8A 2YV0X 2Z1HA 3I8DA 4KTZA 3PV8A 3IAYA 4N76A 1CZ9A 4AHVA 1QHTA 3LAKA 3LDSA 4CCHA 5HLFA 4J2EA 1LAWA 4CJWA 1C0UA 3AVKA 3VQ6A 1S1TA 3O4NA 4FVMA 1RTHA 1TKTA 4H8KA 2OA8A 4FJMA 4OGEA 1NOZA 3TWHA 3G0ZA 4CJ4A 3OYFA 3HM9A 1TKDA 3RR8A 4F2RA 4JS4A 1QS4A 4H4OA 1GOBA 3TARA 1N6QA 4FZYA 2KZZA 4M45A 3B6OA 3JYTA 3JSMA 4BDZA 1SKSA 3SQ1A 4O5BA 4DQQA 1YT3A 3M8RA 1RT7A 2IOCA 4G1QA 3TAMA 3ZSQA 1D9DA 3E01A 2HHQA 1BQNA 5KGXA 4MQ3A 3OYMA 1JLGA 1WN7A 3ASMA 4FM0A 2VG6A 2ITGA 2P51A 4LSLA 1JKHA 4HHTA 3AO2A 4ELTA 3NF6A 4GVMA 5CY4A 3OS0A 4Z4FA 2FBVA 2HNYA 4M3ZA 4B8AB 1IKYA 3LP0A 2G8UA 4DLGA 5DMRA 1D5AA 4JLHA 2KFNA 3TR8A 4FYDA 2IS3A 1WAJA 4BACA 1KLNA 1NKBA 3PUFA 3NH1A 4N56A 3AVFA 3G10A 3LZJA 3RTVA 3HP9A 3KD5E 4LSNA 4FJXA 2KZMA 2OZMA 4OKEA 5HBMA 3KLIA 3U6FA 3QEWA 4FK0A 4HUGA 4KHNA 3CG7A 2HHWA 3AVHA 2HNDA 1JLBA 1ASWA 3AVGA 3QETA 5KGWA 1UA0A 1J5OA 1ZBHA 2IDOA 3T1AA 2PZSA 3RRGA 3AVLA 4PY5A 1VSLA 3AA4A 4NYFA 1HQUA 2D5RA 4CJRA 1U04A 1SL0A 1LAVA 1NK7A 4RW9A 4ID1A 3C94A 1TV6A 2OPPA 3V81A 4LY7A 3AVNA 1IKVA 3L3UA 4CF0A 4CHZA 4FLUA 1EP4A 1VSMA 4F3TA 5JS1A 1LWEA 4YNQA 4O0IA 3V9ZA 4FLXA 4J2BA 1RDDA 1BQMA 3RRHA 4O4GA 3HPHA 4NCAA 3T3FA 2XHBA 3PY8A 3F73A 2IGIA 3T19A 1BIZA 3CYMA 4ID5A 2GUIA 3L3VA 3ZT0A 2HW3A 5JS2A 1RDAA 2P5GA 3KKSA 1C1AA 4CEOA 1QSSA 3AVMA 1ITGA 4OVLA 1LW2A 1UOCA 4E1MA 1ASUA 4CESA 3KJVA 3L2QA 3OYKA 5T7BA 4BWMA 2PYJA 1LV5A 3S9HA 4GMJB 3LPUA 4CK1A 5HRPA 1Q9XA 4W5OA 4CJTA 3BDPA 3QIPA 4KHQA 2ETJA 1KFDA 2BANA 3PO4A 1L5UA 4K8XA 3RMBA 1C6VA 2XY5A 2AJQA 3AO4A 3ZSYA 4DSFA 4OLAA 1MU2A 2I5JA 4Z4IA 1VSJA 4DTPA 3QINA 4KB1A 2NUBA 2OPSA 4OLBA 1VSFA 4OKKA 4E89A 4CHOA 1VSHA 1EETA 1A5XA 3NF7A 3NBPA 3ZSZA 4OPJA 4W5RA 3U3GA 3OYBA 4FLZA 1VSEA 3HYFA 1RBTA 4F4KA 3SV4A 4IFYA 1B9FA 1WAFA 3K5MA 3OJUA 3K58A 4EZ6A 3DLRA 4QAGA 3MEEA 3NH2A 2QKBA 1VSDA 1L3SA 1HPZA 1RNHA 1YTAA 4IDKA 5CZ1A 1ASVA 1L3TA 3AVIA 5J2NA 1WSIA 3DLGA 3L2VA 2B6AA 1TGOA 4FCYA 4E3SA 3CM6A 2BE2A 3EYZA 2VG7A 4M3TA 3MEGA 3C6TA 3V1RA 3OYIA 3K5NA 5HRSA 4B9NA 2VWKA 3VQQA 1J9AA 3EZ5A 1IG9A 1FK9A 4JRQA 3NGIA 5HRNA 3V1OA 1HNVA 3OS2A 1XHXA 3LP3A 3MAQA 3K57A 4DQSA 2Z1GA 4CHQA 3NH0A 4DTXA 1NK0A 3RWUA 4BWJA 4XIUA 1KTQA 3FFIA 3QLHA 3PO5A 4FW2A 2RN2A 3L2UA 4B9UA 3D0PA 4CERA 2FBYA 2RKIA 4CFBA 3NHGA 5J2QA 3OYJA 4CJKA 2R7YA 3DLBA 3AA5X 1VRTA 4KRFA 3QNOA 1S1VA 1U47A 4FW1A 4DTUA 2IAJA 3AVAA 5KI6A 4CIFA 5SZTA 3QIOA 3SV3A 3AA3A 1BCMA 1TAQA 2HMIA 3V9WA 4BE1A 3HT3A 1RT2A 4DQPA 4J2AA 1RCHA 3VA0A 3ULDA 4KHSA 3VQPA 5K14A 3VQ9A 1SKRA 2Q3SA 3EY1A 1YTUA 3AO5A 3VN5A 1CLQA 4M3RA 2FBXA 1RTDA 1T7PA 2G8WA 4AHSA 4ELUA 3SJJA 2X74A 3P1GA 3H08A 3DI6A 1RT5A 2F8TA 3P83D
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I7NA 4CEBA 3CCSN 3LALA 4DTSA 1TKZA 2HHXA 1QQMA 4KO0A 4DCHA 2Z1JA 4EIAA 1NMDA 3AO1A 1S3XA 4E19A 1H1VA 4IG0A 4X66K 3TAGA 4KPYA 1SKWA 2B4JA 5J2PA 1I39A 2YCHA 3SUQA 4B9MA 1YVUA 2HBMA 2E20A 3L4IA 4Z4GA 4NB4A 1GLCG 3R3LA 2A40A 4M63C 2GEMA 3O4WA 4BC5A 4B9QA 3CCVN 4RW4A 3VMFB 2FSJA 3MN6A 1GLLO 2VG5A 4KKOA 3QERA 1N8RO 3CPWM 3VQ5A 5GIPA 4J2DA 3UE5A 1RBUA 1T6CA 3IG1A 4FL9A 5KTQA 4FLVA 1C0GA 1NGEA 4YOVA 5DK5A 3C95A 4A5BA 4EFHA 3DWLA 1J54A 2VGMA 3LPTA 2WOMA 5AZIA 1TK0A 5KRSA 3N4PA 3CIPA 4KAZA 3M8SA 1GLBG 3SLCA 3WT0A 3LP2A 4KHUA 3OJSA 1QQNA 4PL8A 3SUOA 4YDUA 2BUPA 2YHYA 1YJ9N 4IJNA 3DRSA 3UKRA 3VQ4A 4E1NA 1GLFO 2HHSA 1NOYA 3DLKA 4KB0A 2BDPA 1ZBLA 1IV0A 2O8DB 1DTTA 3SPYA 1GLEG 4WCEL 1IBKK 3SI6A 3DXMB 4LF9K 3MMVA 4GKJK 3HBTA 5IT9O 3UKUA 3SUNA 4B9LA 1LWCA 3ATUA 1KCFA 1VQ9N 3KK1A 1EQYA 3O9UA 3MWPA 3O1WA 4ISFA 4K0KK 2YKNA 3SPZA 3E9LA 1P8ZA 3G6EN 4GVEA 2VYPA 5AQNA 3T1YK 2DTUA 3FZKA 4JEPA 3HOTA 3Q7BA 4BR7A 4UQGA 4CZEA 1TK8A 3FZHA 4XH4A 4N41A 4AILC 1CZAN 3SQ4A 4DMNA 5C42A 3LZIA 4NXNK 2Q36A 3BP8A 1KRPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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