4HUGA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pairs
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 40
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hugA00
3U3YA 4HUEA 3UIQA 1YTUA 2PZSA 2HVIA 3IG1A 3SV3A 3L3UA 4H4MA 4CJKA 3DLBA 4YFUA 4KHYA 3QEWA 3L3VA 4FZYA 3SUPA 2F8TA 2Y1IA 2HHSA 1ASUA 3KD1E 2B5JA 3KLGA 2HHUA 4F3TA 1I39A 4M3RA 3TAMA 1WSGA 4LY7A 1BISA 3K5MA 2G8HA 4CEZA 2HW3A 4UQGA 1KLNA 3BGRA 3ZT3A 3K57A 4DTXA 4J2EA 4B9NA 4DS4A 3OS1A 3V1OA 4BE2A 4EP5A 4PY5A 3V81A 4GMJB 1J9AA 1S1UA 4CJ5A 3O3HA 4B9LA 1GOCA 2P5OA 5K14A 4M3YA 4C8LA 1GOBA 4Z4HA 3RTVA 1J54A 5CYQA 5D3GA 4RW4A 2JGUA 1ZBLA 1XHXA 3G10A 5J2NA 3NF6A 3SQ2A 3QIOA 3SUOA 1D5AA 1S1XA 3V1QA 1WSFA 3OJSA 1JLGA 2P51A 4KHSA 1RILA 2OPQA 3HPGA 3ZSRA 1NK0A 3DRSA 3D0PA 3HVTA 4CF9A 3F73A 1N6QA 1JKHA 4K8XA 2E4LA 2WOMA 4NCBA 1RNHA 3S3NA 1KVAA 3DI6A 5FROA 1C6VA 3LWLA 1NKCA 1FXXA 4Z0UA 4CGDA 4BACA 3I0SA 1EETA 1TAUA 3KIOA 1JLEA 3RMCA 3THVA 3S3OA 1VSHA 4I9LA 4C8OA 4CFDA 4B08A 3CFRA 4CF8A 1VSIA 1VSEA 3DRRA 4DQIA 4DTUA 1RT3A 3AA2A 3V9ZA 5J2MA 2YNGA 4OKEA 3VQ9A 3AVFA 3QNNA 3PV8A 1R0AA 1SKRA 3AO2A 3LPUA 3KLIA 4O0JA 2VG5A 3LZJA 4E7IA 1S6QA 4LSLA 4FLUA 3TAEA 2YHAA 1VRUA 3HYFA 4I2PA 3MEGA 4B9MA 4E1MA 1DTQA 2IC3A 1CZBA 1L3VA 4CIFA 3OYBA 3HPOA 3P1GA 1BIZA 4KHNA 2DY4A 2BGGA 2BE2A 4IG3A 4DSJA 4NYNA 3CFOA 4OGEA 4CHPA 3SZ2A 4KI6A 4DLGA 4EZ6A 1X9SA 3SQ1A 4DTSA 1CZ9A 3OYKA 4HTUA 4KREA 1I3AA 4FCYA 4GVMA 5CY4A 3TAQA 4CGHA 5I42A 5T7BA 4H4OA 4DTRA 3NFAA 4CGGA 3B6OA 5HROA 4E7LA 4BWJA 1S6PA 3DLRA 3ZSXA 4M42A 3S3MA 3EYZA 4FJ5A 2XRIA 1RT6A 3PUFA 4G1QA 3NH0A 2G8VA 4KHQA 4Z4FA 3L8BA 3K2PA 1X9WA 3AA5X 1D9DA 1U04A 3CM5A 4M3UA 2XO7A 1TGOA 3LZIA 4FJHA 4ZTJA 1F21A 1SUQA 1ASWA 3CG7A 1C1CA 3AVCA 4IFYA 4F3OA 3AVGA 1O1WA 1IG9A 3KLFA 1U49A 4LH5A 3KLHA 2NUBA 5KI6A 3V9SA 3QEIA 5HLFA 4QOZB 3HPHA 3QLHA 4W5OA 3VQ4A 3SI6A 2OPPA 3VQ7A 4E1NA 4CJVA 3LWMA 4CHNA 3V1RA 1RT4A 1IKYA 3OYFA 4K8ZA 3KD5E 4PUOA 3JYTA 1TKDA 4B9UA 4F2RA 5HRNA 1B9FA 1NK4A 3DMJA 2VWJA 3QEPA 1NJXA 3M8SA 3K59A 3H08A 1RDAA 4CJTA 4DTMA 3VQ5A 2F96A 1UWBA 3IAYA 2KQ2A 3QEVA 2IAJA 1WNSA 1BCOA 1Z25A 4IDKA 1RTDA 3SUNA 5C25A 3WNGA 3DLKA 4L8RB 4KI4A 1TKZA 1Q9XA 1RBVA 4GW6A 2QXFA 4PWDA 3OS0A 3K58A 3K5OA 4DQQA 4E7JA 4AILC 3FFIA 2YNHA 5CYMA 1WSHA 2X6NA 1SKWA 4DQPA 4FLVA 3QETA 1KCFA 4AHSA 4CEAA 4CEEA 4LH4A 3DLHA 2HHWA 2YHBA 4CJFA 4PQUA 4DFPA 4OVLA 2X74A 3T19A 3CQ8A 3OYAA 3HL8A 1XC9A 1L5UA 1JXBA 4CFBA 3QEXA 2YNFA 1NK8A 2OPSA 4M3XA 1W9HA 3QO9A 1ZBHA 3SYZA 4FJ9A 4NCGA 2FBXA 2FBTA 2KFNA 1TK8A 1RTHA 4DSIA 4KPYA 1ITGA 4DQRA 5CZ2A 2G8WA 3OYHA 4LSNA 1TL1A 2ATQA 3NHGA 3LDSA 4FM0A 3QESA 4B8CA 3PX0A 2YV0X 3NH2A 4FYDA 1FKOA 2XY6A 3KK2A 2G8IA 4B8AB 2OPRA 3U6FA 2O4GA 4EP4A 4XIUA 2QKKA 4E0DA 3NH1A 5FRNA 3HVRA 1HQUA 3P83D 4TSXA 4CERA 1SKSA 4KTZA 1EXQA 4Y1DA 3BDPA 4ELUA 4KB1A 3VQEA 4KTQA 4KAZA 1NK9A 1C1AA 2FBYA 5E41A 4R5PA 3OYNA 2Z1GA 2PYLA 4CGJA 1TAQA 4CK2A 2IDOA 4O44A 1JXEA 3C6TA 4DSFA 3QERA 4KHWA 3HP9A 1B9DA 2DFEA 3ALYA 1RDBA 4CESA 2RF2A 4OKKA 1D8YA 4FJNA 4BE0A 1JLFA 3C94A 4NYFA 4CEOA 4MFBA 3TAPA 4CJUA 3HP6A 4BDZA 1QTMA 1SL2A 2E6LA 2WONA 3NF7A 4IBNA 2X6SA 4AHVA 2ZE2A 4JS5A 3VQAA 4FJJA 3NGIA 1BI4B 5SZTA 4Z4CA 3ZT0A 1VSDA 4DF4A 1BCMA 1HQEA 3A2FA 1WN7A 3L2QA 1A5XA 3TARA 3AA3A 3SNNA 1GOAA 3AO1A 5KGXA 1QSSA 4DSKA 4FJKA 1XWLA 2G8UA 1EP4A 1BQNA 4CJEA 2DFHA 1S1VA 1VSKA 1KLMA 3L2UA 3TI0A 3AVJA 3HM9A 3TAGA 3PO5A 1J53A 4RW7A 4FLTA 3DOKA 3PY8A 4O5BA 3ZSQA 4MQ3A 3NE6A 4F4KA 4OLAA 5KTQA 1WAFA 3LP0A 4CJSA 5KRTA 1X9MA 3O3GA 4FW2A 4CIEA 5C42A 2EHGA 3ZSYA 1BI4A 1RTIA 4M41A 3PO4A 1S5JA 4DS5A 2G8KA 4DSEA 1NK7A 2OZSA 1KFDA 1ASVA 4ZTFA 4N47A 3KKSA 3HT3A 5JS2A 5DMRA 1NJWA 3SCXA 4DFMA 4KV8A 3VQQA 1TK5A 1KFSA 1NKEA 3HJFA 3RR7A 3AO3A 1QHTA 1RBSA 1RDDA 2D5RA 3WNHA 1DLOA 3O4NA 4HUFA 4DU4A 3V4IA 3G0ZA 1QSLA 2OA8A 2PY5A 3M8QA 4ICLA 4OLBA 1RT7A 2QK9A 2RN2A 2B6AA 4HCCA 5FDLA 1IO2A 2Q3SA 4CGFA 1RCHA 1TVRA 4CJQA 3LP2A 2JLEA 2HB5A 1K6YA 1Z26A 4I7FA 4BE1A 1FK9A 1TV6A 4PA1A 3V9WA 4Z4EA 3HK2A 1S9EA 3B6PA 3MXJA 1L3UA 5KGWA 4CF0A 3OS2A 4FLWA 1EKEA 2HHVA 2FBVA 4DTPA 3PX4A 4CJ3A 1TK0A 4AHCA 4E19A 1NJYA 4CJRA 3C95A 3MEDA 2W42A 4KHUA 3VQBA 5HP1A 3OYEA 1A5WA 3OVNA 3T3FA 3LAMA 4W5TA 3OYMA 1HYVA 3AO5A 1HYZA 4DQSA 4JLHA 1UOCA 3U3GA 1UA0A 4FLYA 4DLEA 3ZSZA 4CHOA 3RRHA 4RW6A 4E89A 4F2SA 4FJLA 4EZ9A 4KRFA 2RPIA 1RT1A 4N76A 1NK6A 4DWIA 4FZXC 3AVBA 1RT5A 1S9GA 3CYMA 1HNIA 1VK0A 3P5JA 1ZYQA 2GUIA 4M3ZA 2ZQBA 2HHTA 4DU3A 1D9FA 4FVMA 3LAKA 1NOYA 2ITGA 1S1WA 3E01A 3VQ6A 3LP3A 4DF8A 1Q9YA 1N5YA 5HRRA 3VQCA 4W5NA 1IKXA 4KTWA 3ZT1A 4JRPA 1IKVA 4FJ8A 3KJVA 1TL3A 2HNDA 2LSNA 4DFJA 4C8NA 1JL2A 1BL3A 1T05A 5FRMA 4JS4A 4J2AA 1UAXA 3MEEA 1WSJA 2HVHA 1NOZA 2VG6A 2IOCA 3L2WA 4QCLA 4DTJA 3LANA 3O4QA 2HNZA 5C24A 3ZCMA 3NCIA 4YNQA 4ZHRA 1VSJA 3OYIA 1L3TA 4BDPA 2Z1IA 1HJRA 1HPZA 1VSFA 4B9VA 3MXMA 4DTOA 1CXQA 2D0CA 1REVA 3NGYA 4KFBA 4I9QA 4J2DA 2O4IA 4FK2A 3DLEA 4ELTA 3JSMA 3O3FA 1TKXA 3DM2A 3F9KA 4OJRA 3WNFA 4CE9A 3HXMA 3CM6A 4M45A 1U4BA 4IFVA 3L2VA 3MECA 3TAFA 1RDCA 1U48A 1ZBIA 4CEQA 4CIGA 4ID5A 4B9SA 1JLBA 3SPYA 1KSPA 4FM2A 1LWCA 4OKJA 3OYGA 1Y97A 4BWMA 4FJ7A 1RBTA 1C0TA 1LW2A 3LPTA 1Q8IA 1JLAA 1LWEA 4CF1A 3TABA 2KTQA 4J2BA 2HHQA 4CECA 3I8DA 1BGXT 2VG7A 3QNOA 3RWUA 4OPJA 4O0IA 3ZSWA 1IH7A 4O4GA 3TR8A 4CHQA 3MXIA 1MU2A 3ZSOA 1VRTA 1NKBA 2OZMA 1WAJA 4N41A 1L3SA 3SQ0A 1LW0A 1IKWA 1EX4A 2D0BA 2HNYA 3KKRA 3QIPA 3DRPA 3DYAA 3VA0A 2XY5A 3VQPA 4FXDA 4E3SA 3KLEA 1A5VA 1RBRA 2IGIA 3AV9A 4E7HA 2IS3A 3VA3A 2KW4A 1QE1A 3I0RA 1UA1A 2D0AA 1LAVA 1VSLA 2P5GA 3ITHA 4FJXA 3ISNC 5SWMA 2XHBA 3RMDA 4H8KA 3RMBA 4CK3A 2X78A 2HHXA 2E6MA 1RTJA 3AVKA 3ZT2A 1YVUA 3MAQA 1KVBA 5I3UA 1T8EA 4NCAA 4N5SA 2YNIA 4W5QA 4E7KA 2YKMA 3LP1A 3AVAA 1T7PA 4CCHA 3QINA 4OGCA 4IG0A 1ZBFA 1BQMA 4FW1A 2BANA 1RBUA 1YT3A 1JLQA 3NAEA 3RR8A 4DG1A 4DFKA 4CHZA 3T1AA 3VQ8A 4AHTA 4Q0BA 1LAWA 3AA4A 3ZT4A 1W0HA 1HRHA 3RMAA 2Z1JA 3NBPA 4FLXA 4KB0A 2F8SA 4FJGA 2DFFA 4Y1CA 2GV9A 4QAGA 4CHYA 1B92A 5JS1A 1DTTA 2Z1HA 5J2PA 2A1SA 1XHZA 2BDPA 4IKFA 1LV5A 4FJIA 3HO1A 1NK5A 4KO0A 3KK1A 5KRSA 1BHLA 4HCBA 2KFZA 2R7YA 1WLJA 3NDKA 3WNEA 3OYDA 2P1JA 4DU1A 4RW8A 1CXUA 1X1PA 4O55A 3AVHA 1HYSA 3AVMA 4CJLA 2QKBA 2HMIA 3V9UA 3NF8A 4KKOA 4CFCA 1NJZA 1YTAA 4DTNA 4FM1A 1CLQA 4M3WA 4I2QA 3K5NA 4ID1A 4CJ4A 1J5OA 1KVCA 3OYCA 3NGZA 4Z4IA 2AJQA 1QQCA 1HMVA 3DOLA 3ZSVA 5J1EA 2VWKA 4CEDA 5HRPA 3OYJA 4HUGA 3V6DA 5CZ1A 3SJJA 4HHTA 4ELVA 4F8RA 3EZ5A 1C0MA 1FKPA 4OPKA 2A1RA 3OJUA 2DTUA 1SL1A 4RG8A 4CEFA 4W5RA 2YKNA 3KK3A 3EY1A 3SQ4A 4C8KA 3HSTB 1BIUA 1TKTA 2ZD1A 4AHUA 4AHRA 3S9HA 4CJPA 2KZMA 2I5JA 3L2RA 3IS9A 3SPZA 1SV5A 4DSLA 4N56A 3ASMA 3DLGA 4FK0A 1XI1A 3SUQA 3AVIA 4LD0A 1ZBUA 4WE1A 1KTQA 2XY8A 3PX6A 2EX3A 2FC0A 5EU7A 2RKIA 3AVNA 3SV4A 1JL1A 4DMNA 2G8FA 3RRGA 3TWHA 4FK4A 2OYQA 2B4JA 1WSEA 4CK1A 3M8PA 3NF9A 1HNVA 3ULDA 4FLZA 3CFPA 2KZZA 3V9XA 1KRPA 4JRQA 3D45A 4HVJA 5DK5A 1T03A 1SL0A 4RW9A 1LWFA 3IRXA 4CEBA 1G15A 4CFAA 1U47A 1WSIA 1QS4A 5HBMA 4Q5VA 4BDYA 3M8RA 5J2QA 2XY7A 3OY9A 4B9TA 4FJMA 4CF2A 3C6UA 4Z4GA 2ETJA 4C8MA 3AO4A 3TANA 1JLCA 1C0UA 3KTQA 1C1BA 4FZZA 4M3TA 4CJWA 4AH9A 3VQDA 5HRSA 3OYLA 1RT2A 2GBZA 2Y1JA 1QSYA 1S1TA 3LALA 3VN5A 4CGIA 4B3OA 3K5LA 2PYJA 1U45A 1VSMA 3AVLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DJCA 5TKWA 4H0OA 3SMSA 5BR8K 3DLBA 4CJKA 2A40A 1RFQA 3L3VA 2F8TA 3QBXA 3KD1E 3BEXA 5AQXA 4F3TA 4M3RA 4BR5A 2Q0RA 1BISA 3O9SA 3FR0A 3K5MA 3MK6A 2HBMA 2G8HA 3D7EO 1KLNA 3ZT3A 3K57A 4J2EA 1QQMA 4DS4A 3OS1A 3V1OA 1S1UA 3O3HA 4LFBK 4B9LA 1QQOA 5LY3A 4Z4HA 2V51B 1XHXA 5J2NA 3SQ2A 5BR9A 3DXMA 1S1XA 3OJSA 2FF6A 2NRTA 4KHSA 1RILA 2P9UB 1NK0A 3F73A 4NCBA 2WOMA 3S3NA 3R6MA 5FROA 5BPNA 1C6VA 1FXXA 1NGIA 1M90O 4Z0UA 4BACA 3RMCA 3THVA 4IJAA 3LDLA 3DRRA 2HBLA 3VEYA 4AM6A 1RT3A 3V9ZA 1IV0A 4OKEA 4NO7A 3PV8A 1SKRA 3LPUA 3TAEA 3HYFA 5GIPA 4B9MA 4E1MA 1DTQA 2IC3A 1CZBA 3OYBA 3HPOA 3P1GA 5HL7L 2OTJN 4OGEA 3M6GA 4KI6A 3ZYYX 3IFRA 4WQ5A 3SQ1A 4DTSA 1ZC6A 4PHTX 4CGHA 4JNEA 4FPAA 3DLRA 3EYZA 1RT6A 4G1QA 5M1QA 3DXKA 3K2PA 3AA5X 3CCSN 4E1JA 4M3UA 2XO7A 3LZIA 4WQ5C 4RCHA 1C1CA 4EIAA 3QLHA 1ZXOA 5GINA 4K42A 2OPPA 4CJVA 3LDOA 3V1RA 3CHWA 4DKWA 3KD5E 4FOEA 1TKDA 4F2RA 1B9FA 2UUCK 2UUBK 1VQKN 1RDAA 3DWLA 3UKRB 4BREA 3OHRA 5C25A 3DLKA 1XNQK 2YHXA 1Z6RA 4KI4A 3FZHA 4DHYA 4GW6A 2QXFA 4CZMA 2HHHK 4DQPA 3HZ6A 1KCFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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