4HUGA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pairs
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hugA00
2OZSA 4J2EA 4IG0A 2HHWA 3L2WA 1UA0A 3KD1E 1RCHA 3SNNA 3NGIA 4JRQA 3THVA 2QKBA 5HBMA 1IH7A 2HNZA 2YNHA 3UIQA 2HHVA 4Y1CA 1VSMA 3KTQA 4CEOA 3KKRA 2GBZA 3QEXA 1LAWA 3E01A 5KRSA 2DFFA 3LPUA 3OJUA 3OS0A 4B9SA 2P51A 4J2AA 1BCOA 4M42A 4LH5A 3O3GA 4HVJA 1WN7A 4E3SA 4OVLA 3QINA 4M3ZA 2XY7A 3L8BA 3IS9A 1S9EA 2PZSA 3AO3A 3SV4A 4CF8A 1LV5A 1XWLA 1NOZA 4PY5A 4DMNA 3TR8A 1B92A 1VSKA 1TKDA 1A5VA 3TABA 3KK1A 1Z26A 2HW3A 3O4NA 4N47A 4DLEA 1SL1A 3SV3A 5JS1A 3L3UA 4CEEA 4CJRA 3SQ0A 1KVAA 4E7LA 1QE1A 3VQ7A 4OPJA 4M3WA 1KRPA 4DTMA 4DSKA 4O0IA 5KTQA 1NK6A 4ELVA 2GV9A 4F8RA 1WSEA 4K8ZA 4FZYA 1RT4A 4DQRA 3LALA 3DRRA 3NF8A 4AHCA 2ETJA 4NCGA 4GMJB 4DS4A 1BISA 4DFKA 4OLBA 5C25A 3C94A 4K8XA 1KFSA 3RMAA 2XY8A 4LSNA 1U49A 5CYQA 3EZ5A 1RT7A 2XY5A 3VA0A 3S3NA 4DQIA 4KI4A 1RILA 4F3TA 3AA5X 3TAMA 4CHZA 3OYBA 1TL1A 3I0RA 4N41A 3WNFA 4FW2A 1EX4A 3B6PA 3O3FA 1WAJA 4DU4A 3ZT0A 3D45A 4LY7A 4CHPA 1G15A 1X1PA 2GUIA 1Q9YA 3SJJA 3EYZA 4CEZA 4AHUA 4LSLA 2ITGA 3AVCA 4M41A 1JLGA 1KTQA 3NH0A 1L5UA 1JXBA 3NH2A 2D0BA 1RBSA 3NFAA 4GW6A 1JLEA 4HUGA 2FC0A 1VSJA 2DFHA 4I2PA 4IFYA 3MECA 4KO0A 4CGIA 3O3HA 3SCXA 4DTUA 2PYJA 1C0UA 4JLHA 1DLOA 4B9TA 1W0HA 4CFBA 3TAGA 4HUFA 4DU3A 1ASWA 3DMJA 1IKYA 3S3MA 1VSEA 3ZT2A 3M8RA 3P1GA 4FJ9A 1BL3A 1TL3A 4FW1A 4FM0A 1NKBA 1L3UA 3F73A 1TAQA 2IGIA 3QERA 4BDPA 3CFOA 4FJ5A 4L8RB 4DSEA 3AVMA 2OPRA 4KB1A 1RT6A 3D0PA 1ZBFA 3V4IA 4KHSA 4Z4GA 2BGGA 4I9LA 4OJRA 3K5MA 1NK7A 4IKFA 1WAFA 1YTAA 1NK9A 3P83D 4F3OA 4MFBA 4E19A 4BE2A 3QEIA 1NK5A 3K59A 3DLHA 3KJVA 3AO4A 1EP4A 4C8LA 1U47A 3RR8A 4FJMA 1JL1A 4FCYA 4B8AB 4RW9A 2O4GA 4YFUA 3NE6A 3RMCA 3PO5A 4M3TA 4FK2A 2E4LA 4OKEA 3SUPA 4DTPA 2YHBA 1HQEA 1YT3A 1WSGA 3DLGA 3NBPA 3ISNC 1RT1A 3WNGA 3RMBA 3L2RA 5I42A 1X9SA 3KIOA 4KHUA 3WNEA 4FM2A 3M8PA 4O4GA 3RTVA 3NH1A 3CM6A 2IC3A 1IG9A 4CFCA 1JKHA 4DFJA 3OYKA 3QNOA 1F21A 2A1RA 3JYTA 4KPYA 2ZE2A 3NF6A 4FJJA 3PX6A 1WSFA 4ID5A 4IFVA 2G8VA 2B5JA 4FLUA 1WNSA 1KLNA 5CY4A 4ZHRA 3CQ8A 3S3OA 4IDKA 3PY8A 3RR7A 4FJ7A 4KI6A 1S6PA 4E1MA 4F2SA 3AVIA 4CJKA 3ZSRA 1CXUA 1TKXA 3DLRA 1QTMA 2DTUA 4FK4A 1TVRA 3KK2A 2YNFA 4EP4A 4TSXA 3HM9A 4CF1A 2HHQA 3ZSQA 3HPHA 3OYHA 3V9SA 1RDCA 4JRPA 2DY4A 1A5XA 3PX4A 4CFAA 1VSIA 1C0TA 1KVCA 1FKPA 5KRTA 4HHTA 2OA8A 3RRHA 3VQ9A 4J2BA 5SWMA 3OY9A 3VN5A 1T05A 4FYDA 2FBXA 2YKNA 4FZZA 1REVA 1BGXT 4ICLA 4BWJA 2QK9A 1EKEA 1ZBUA 1KSPA 1WSHA 3RMDA 3T19A 2KW4A 1HJRA 1D9FA 4DFMA 5DK5A 4B9UA 1ZBIA 3ZT3A 3MXJA 3H08A 4ZTJA 4M3YA 4CIFA 4IG3A 1RT3A 4DLGA 2OPPA 4FJ8A 1SKSA 3MAQA 5FRMA 3C6UA 4KREA 4N56A 4CJFA 2ZD1A 4UQGA 2WONA 1SL2A 1Z25A 4O55A 1U48A 4DSLA 3OYIA 2Z1GA 1WSJA 4IBNA 5KI6A 1J5OA 4H8KA 4CERA 4Z4FA 3IG1A 4NYNA 3DYAA 1T7PA 2QKKA 3V1QA 2Q3SA 3QO9A 1RDBA 1BQMA 1BHLA 4Q5VA 1K6YA 3LP2A 5J2QA 2BE2A 3DLEA 3K5OA 4G1QA 3ZSVA 4EP5A 3WNHA 1UAXA 3V9UA 2DFEA 3LP1A 5C42A 3HVRA 2R7YA 3S9HA 1ZYQA 1TKTA 3HL8A 3U3YA 3HPOA 3SUOA 1C0MA 3VQCA 4FK0A 1HNVA 1I39A 3KLHA 2XRIA 4CJWA 5I3UA 2YHAA 1HYSA 1LW0A 2E6MA 3AVJA 1SKRA 3QEWA 5HP1A 5K14A 1VRUA 5J2PA 3T1AA 3TANA 1X9WA 4NCBA 3RRGA 2PYLA 3KD5E 3VQPA 1Q9XA 3IRXA 3V81A 3SUQA 3G0ZA 4LH4A 4RG8A 4C8KA 2KQ2A 4FJXA 3KLIA 4OPKA 2XHBA 5HRNA 2P5OA 1IO2A 3L2UA 4HTUA 3VQ8A 4CF2A 4B9NA 4AHTA 3CG7A 3V9ZA 3ZCMA 3DLBA 3NCIA 1XC9A 4QOZB 5T7BA 3IAYA 1JLBA 4DQPA 3ZSYA 4W5NA 4KHNA 4DSJA 1KCFA 1TV6A 3I0SA 1NJXA 4CF0A 2PY5A 3HP9A 4BWMA 1A5WA 1SL0A 1S1WA 2OPSA 4CGFA 5JS2A 3AVNA 4AHVA 3ZSOA 3TAEA 1LWFA 4CHQA 4CIGA 3SPYA 1IKXA 4Y1DA 3AVLA 1LW2A 3ZT4A 4M45A 1EETA 3QIOA 1IKVA 1XHXA 1RTJA 2OPQA 1JLQA 1TK5A 1J53A 2G8FA 4EZ6A 4FLXA 2YNGA 4CIEA 3TAFA 3CFPA 3SQ2A 1ZBLA 4KRFA 1Y97A 4DTJA 2F96A 1CLQA 1CZ9A 2WOMA 5HLFA 1S1XA 1DTQA 1C1AA 4E1NA 4LD0A 5KGWA 4DQSA 3SQ4A 3TAPA 1D5AA 3VQ4A 4ELUA 4HUEA 3SQ1A 1BIUA 2ZQBA 3OYMA 2X6NA 3MEEA 3LPTA 4CGDA 1TK8A 4B9MA 2HVHA 4CHNA 3QLHA 4B08A 3OYGA 1HRHA 3NF7A 3OYDA 1DTTA 3OYLA 4DF8A 5J2MA 2BDPA 3AVAA 4DTRA 4JS4A 3SUNA 1EXQA 3VQDA 2AJQA 4DF4A 4CGHA 1QSSA 1QHTA 1ASUA 4E7HA 4KV8A 1NKCA 1BQNA 3HPGA 4C8NA 4B8CA 3KLFA 2OZMA 4GVMA 4HCBA 3LAKA 4M3UA 2KZMA 2KZZA 4I9QA 4KHYA 2YKMA 2YV0X 1J54A 4O5BA 4DS5A 4W5QA 3VQQA 2G8HA 1WSIA 3BDPA 1JLCA 1SUQA 4DFPA 4Z4IA 4CGGA 3HJFA 3ULDA 4FM1A 4CGJA 4CJTA 3OYFA 4CJSA 1T8EA 1KVBA 4CJUA 4FLYA 4CEBA 3MXMA 2VG5A 4RW7A 1C1CA 3VA3A 1KLMA 3P5JA 3PO4A 4HCCA 4FXDA 2F8SA 3NF9A 1NJYA 3ASMA 3LWMA 1BIZA 1D9DA 3TI0A 1QS4A 3L3VA 1U4BA 5EU7A 3DOKA 1GOAA 2X74A 3OS2A 4E7JA 3L2VA 3HSTB 1S1TA 1TKZA 3LWLA 3AA4A 4W5OA 4KTWA 3HT3A 2FBYA 3DM2A 3OYNA 1RTIA 2B6AA 1SKWA 2P5GA 4F2RA 3AVFA 1S9GA 1N6QA 4DTOA 1J9AA 3QEPA 3LDSA 2HMIA 5FRNA 2VWKA 3M8SA 4FZXC 1NK0A 3I8DA 2IAJA 1JXEA 2P1JA 3FFIA 4BDYA 2HHXA 4CEQA 3DI6A 3ZSWA 5HRRA 1RNHA 2Z1IA 1NK4A 2OYQA 2W42A 4PQUA 1LWEA 3OJSA 5D3GA 3PX0A 1GOCA 2Y1IA 4N5SA 3ALYA 2RPIA 3TAQA 3HXMA 1UWBA 2FBVA 2NUBA 4BE0A 3PV8A 3LAMA 3OVNA 4PWDA 4I2QA 3NAEA 1RBVA 3MEGA 3V1RA 1UOCA 2G8UA 1O1WA 2QXFA 2X6SA 4FJLA 4B3OA 3AA2A 3G10A 3K5LA 3VQAA 4KAZA 4O44A 4CJQA 3LANA 4B9LA 2B4JA 1Q8IA 4BE1A 2VWJA 3KLGA 1QQCA 1RDDA 4C8OA 4E7IA 3LZJA 2RF2A 1R0AA 3AVGA 3DRSA 1S5JA 4CESA 3NDKA 4KFBA 4C8MA 3QESA 1YVUA 2HVIA 1C6VA 1QSLA 4FJIA 4CJPA 1JL2A 4Z4HA 1ZBHA 1B9FA 1IKWA 2KTQA 1VK0A 4DQQA 3NHGA 4DTNA 2D0AA 3U3GA 2HHSA 1BCMA 1VSDA 3AVKA 4OGCA 4QAGA 1C1BA 4Z0UA 2HB5A 3K2PA 2HNYA 4CE9A 3VQ5A 4DSFA 4KTZA 1ITGA 4DSIA 3SPZA 2JGUA 1HNIA 2D0CA 1U45A 2A1SA 3A2FA 4CK3A 2D5RA 1NJWA 4RW8A 1BI4A 4FJHA 1B9DA 1RT2A 3PUFA 3T3FA 1RDAA 3AV9A 3CM5A 4KTQA 1D8YA 2F8TA 1S6QA 4W5TA 1TAUA 2G8KA 1XI1A 1RBRA 4W5RA 4E0DA 2EHGA 3DOLA 4RW4A 3DRPA 4ZTFA 4BDZA 5CZ1A 1RTHA 3QETA 4BACA 2G8IA 1SV5A 2ATQA 4M3RA 4AHSA 3AVHA 4PUOA 2JLEA 1VSLA 3K58A 3HVTA 3NGZA 4NCAA 3SYZA 3V6DA 3HK2A 4KHWA 4FJGA 1S1UA 1HMVA 3L2QA 1MU2A 3HP6A 3MXIA 4N76A 5CZ2A 3KKSA 4PA1A 4E7KA 1UA1A 4I7FA 4CJLA 3VQ6A 3ZSZA 5E41A 4DTSA 3SI6A 3O4QA 2Y1JA 4EZ9A 3QIPA 1FXXA 3VQEA 4CK1A 4DTXA 1RBTA 2HHUA 2HHTA 3HYFA 3VQBA 2FBTA 2G8WA 4CK2A 4CECA 5KGXA 2XO7A 4CJEA 4F4KA 1YTUA 4OLAA 1JLAA 4O0JA 2RKIA 1HYZA 2VG7A 1LAVA 2XY6A 4NYFA 3LP3A 5C24A 5J1EA 5HROA 3LP0A 2EX3A 2IS3A 3AA3A 4CFDA 4B9VA 3EY1A 1RTDA 2BANA 1X9MA 4DU1A 4M3XA 4CF9A 4R5PA 3V1OA 3DLKA 5SZTA 3AO5A 2YNIA 4Q0BA 4CCHA 4FJNA 1W9HA 3C95A 4AILC 3LZIA 1HQUA 4KKOA 4OGEA 4DG1A 1N5YA 2O4IA 2VG6A 4CJ3A 3OYCA 4FVMA 4KB0A 4J2DA 3OYEA 1QSYA 2IOCA 1NOYA 2Z1HA 4CEFA 2RN2A 4H4OA 3TWHA 2KFZA 5HRPA 1VSHA 5FROA 4CJ4A 4OKJA 4H4MA 1T03A 3ZT1A 2E6LA 4QCLA 3TARA 5J2NA 2Z1JA 1RT5A 3K5NA 3F9KA 2X78A 2KFNA 3QNNA 4CHOA 1TK0A 1NKEA 1BI4B 4FLTA 1U04A 4FJKA 1ASVA 4MQ3A 1TGOA 5FDLA 3B6OA 4XIUA 4Z4CA 3CYMA 4AHRA 4CEDA 1CZBA 4CJVA 4CHYA 3ZSXA 3OYAA 3NGYA 3JSMA 3M8QA 5CYMA 1NJZA 3V9XA 3MEDA 4YNQA 1NK8A 4CEAA 3SZ2A 2I5JA 4DWIA 1GOBA 1LWCA 1FK9A 1RBUA 2IDOA 3BGRA 3C6TA 3KLEA 2HNDA 3U6FA 1S1VA 3AO1A 5DMRA 1FKOA 3V9WA 3K57A 1XHZA 1KFDA 4E89A 1HPZA 1HYVA 4ID1A 4KHQA 4JS5A 1WLJA 4FLZA 3RWUA 4FLWA 1L3TA 1VRTA 3QEVA 3ITHA 1JLFA 4AH9A 4Z4EA 3AO2A 3AVBA 4RW6A 4WE1A 4CJ5A 3HO1A 2LSNA 1VSFA 1I3AA 4FLVA 3KK3A 1L3SA 1CXQA 1L3VA 4OKKA 3CFRA 3OYJA 5HRSA 3OS1A 4ELTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGGA 4IG0A 4PHTX 1UA0A 3KD1E 3ZETA 1RCHA 4NXMK 3SNNA 2V7YA 1OKJA 3WXJA 5KQ8A 3QEXA 2WBNA 4K41A 4YOUA 2P51A 4HVJA 4OVLA 4M3ZA 1C0FA 4BRGA 2HF3A 4BQZA 3SV4A 4CF8A 3NVKA 3QFPA 3H3OB 4DMNA 1VSKA 4LF4K 2UUCK 3D2FA 4BRDA 5JS1A 3LDLA 4CJRA 2PAVA 5C12A 1HJOA 1EQYA 4K8ZA 4FZYA 1BG3A 3DRRA 3NF8A 3THWA 3CIPA 3O8MA 5F1XA 4DS4A 1BISA 2O8CB 3EZ5A 3S3NA 4WF9L 4KI4A 3AA5X 5GAEP 1TL1A 4PL7A 4CZLA 3B6PA 4DU4A 1WAJA 4CHPA 1X1PA 5EY4A 4LSLA 1JLGA 1JXBA 1RBSA 3NFAA 2NRVA 2YHXA 2FC0A 2DFHA 4IFYA 4KO0A 3RSEB 4CZJA 4GKJK 4K25A 1C0UA 3T1HK 3AGKA 4MLEA 1ASWA 4EIAA 1VSEA 1ATNA 4DCHA 4ILHA 1BL3A 1P90A 4FW1A 1VQ5N 3CFOA 2BUPA 4O8UA 3AVMA 2OPRA 1ZBFA 4Z4GA 3K5MA 1NK7A 4IKFA 1WAFA 2GTDA 2WC9A 4MFBA 1YXQA 3K59A 1BDGA 1OH8A 1MDUB 1U47A 4EHTA 1JL1A 4FCYA 1WUAA 4H0XB 4ISEA 2E4LA 1NG9A 2NRXA 3RMBA 1X9SA 1RT1A 3OA9A 3WNEA 4FM2A 2HOEA 3RTVA 3NH1A 1QQOA 3HOTA 4BG8A 1F21A 2HBKA 4IFVA 1WNSA 4X66K 2Q97A 2E8AA 5CY4A 3CQ8A 3PY8A 3T7ZA 4JI0K 1N32K 3AVIA 4CJKA 1XMQK 4K0KK 3J8AA 4TSXA 1BO5O 1ZXOA 3SBGA 3EKUA 3WXIA 1C0TA 4J2BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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