The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
105
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sequence length |
247
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structure length |
247
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Chain Sequence |
MNDVEKLVKLLTSTDSETQKEAARDLAEIASGPASAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPTSAIKAIVDAGGVEVLQKLLTSTDSEVQKEAQRALENIKSGGWLEH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Computational design of self-assembling cyclic protein homo-oligomers.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
De novo protein
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| source organism |
Artificial gene
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| molecule keywords |
De Novo Protein OR329
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| total genus |
105
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| structure length |
247
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| sequence length |
247
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1O6O A; 1M8Y A; 4QMI A; 3QHE A; 3QGB A; 5JJA A; 3UL0 B; 2BNX A; 3GS3 A; 4DBA A; 3GVT A; 1B3U A; 4H3K A; 1W9C A; 3IBV A; 3NMX A; 5H2W A; 5KL1 A; 1QZ7 A; 3QML C; 3GVO A; 5HHG E; 4CRU B; 4MZ6 E; 3EG5 B; 3A6P A; 4HNM A; 3K5Y A; 2JKT B; 1W63 A; 3Q0S A; 4QMJ A; 4RXH B; 3Q5U A; 1LUJ A; 4H3H A; 3K62 A; 4B8O A; 4LAC A; 1WA5 B; 4A0C A; 5EKG A; 4EVA A; 3PSP A; 3TPO A; 1BK5 A; 3NMW A; 3GB8 A; 4E4V A; 1UN0 A; 4I5N A; 2IWH A; 4BPL A; 5SWF A; 4U54 A; 2IAE A; 3LTM A; 4UQI B; 4YJE A; 3WOZ A; 3O2Q A; 3K5Q A; 4HXT A; 5SW9 A; 4MFU A; 4O27 A; 3O2S A; 5FC8 E; 3GNI A; 3BTR C; 4U5V A; 3ZHP A; 2BKU B; 3ODS A; 3BSB A; 3LWW A; 4PVZ A; 3ODR A; 4CBA A; 4R0Z A; 3OUW A; 4U5L A; 5CTT A; 4D4E A; 5HUW C; 1M8X A; 3C2H A; 3KND A; 2DB0 A; 1BK6 A; 2C1T A; 4U58 A; 3T7U A; 3TPM A; 2Z5M A; 2YNS A; 2NYM A; 2Z5K A; 4JW2 B; 1HO8 A; 3FGA B; 3L3F X; 3ZIO A; 2NYL A; 4QMH A; 4B8J A; 4NEE A; 3NMZ A; 3UKZ B; 1UKL A; 3UVU A; 3DAD A; 4DZS A; 1XQS A; 5EWP A; 1M8W A; 2NPP B; 2IE3 A; 3OQS A; 3WOY A; 3O2T A; 3VWA A; 5J3V A; 1QBK B; 4U5N A; 4DVG B; 4CV5 B; 3Q0O A; 4ZDU A; 1PJM B; 2JKR A; 4I5L A; 1GCJ A; 2Q5D A; 5BYM A; 3RZX A; 4XZR B; 2GL7 A; 3L3Q A; 2Z5N A; 4IMJ A; 4RV1 A; 2Z6H A; 3IFQ A; 4FZF A; 4HTV A; 5KLT B; 1Y2A C; 3OPB A; 3BX2 A; 3LTJ A; 3V71 A; 3W3U A; 2PKG A; 2BAP A; 4FFB C; 2QMR A; 3K7W A; 4ADY A; 3FEY C; 4Y5J A; 1LRV A; 4R10 A; 4B18 A; 2BCT A; 1W63 B; 3UKY B; 4YJL A; 3O4X A; 3UKW B; 3Q0N A; 4MZ5 E; 1M5N S; 4OIH A; 3K64 A; 4WV6 A; 4FZA A; 2FV2 A; 3WPT A; 3PST A; 1Q1T C; 2JAK A; 3OUX A; 4EV9 A; 5D5K C; 3L6X A; 3Q0R A; 1V18 A; 4YK6 A; 3L6Y A; 3Q0Q A; 4U5U A; 2F31 A; 4BQK A; 3GAE A; 4V3Q A; 2YNR A; 5LSW A; 3FEX C; 4P6Z B; 2YJY A; 1M8Z A; 1QGK A; 3ND2 A; 2XA7 B; 3K4E A; 2IE4 A; 3NOW A; 2QK2 A; 1G3J A; 4G3A A; 5H2X A; 3TJ3 A; 4CRV B; 1OYZ A; 4GMN A; 1O6P A; 2RU4 B; 1Q1S C; 5HUY C; 5KL8 A; 5KLR B; 3ZIQ A; 4BA3 A; 4FZD A; 1IB2 A; 4U3J C; 2VGL B; 3UKX B; 3FGA A; 2NYL B; 5DN7 A; 2WTK A; 4B8P A; 1I7X A; 5BZ5 A; 5B56 A; 4MFV A; 4I2Z A; 2NPP A; 3BX3 A; 3VE6 A; 3TJZ B; 5BZV A; 4D49 A; 4CB8 A; 1F59 A; 2JKR B; 1Z2C B; 2PF4 A; 1IBR B; 1PJN B; 3DW8 A; 1TH1 A; 2OF3 A; 4HM9 A; 4RZP A; 3ZKV A; 4CB9 A; 1UPK A; 3EA5 B; 4V3O A; 4UAE A; 4CT7 B; 3BCT A; 3AU3 A; 3GQ2 A; 3V6Y A; 4U5S A; 3TX7 A; 4FDD A; 3K49 A; 1IQ1 C; 3ZIN A; 4OO6 A; 1I7W A; 3TT9 A; 4DJS A; 5AEI A; 3BWT A; 2JDQ A; 4UAD A; 4FQ3 A; 3Q0L A; 3K7V A; 3RZ9 A; 5KLA A; 2Z5O A; 2JKT A; 4GMO A; 4V3R A; 3K61 A; 4L7M A; 2C1M A; 4DB8 A; 4DB9 A; 1UPL A; 5K9S A; 5BZU A; 4R11 A; 3C5W A; 4DB6 A; 3ZIP A; 4I2W A; 1WA5 C; 4EVT A; 4YI0 C; 4IMI A; 1T08 A; 2IAE B; 3Q0M A; 1JPW A; 3Q0P A; 5EKF A; 1EE4 A; 4UQI A; 4CT6 B; 3ZIR A; 3UL1 B; 1XM9 A; 2Z5J A; 4KZG A; 1IAL A; 3OBV A; 1JPP A; 1M1E A; 4PLR A; 3GRL A; 1EJL I; 4U5O A; 3C2G A; 3WYF C; 3QG9 A; 2P8Q A; 3V74 A; 5K6S A; 2IX3 A; 3QGC A; 1JDH A; 2NYM B; 2H4M A; 4K92 A; 4K6J A; 2W3C A; 5SVZ A; 4EV8 A; 2XA7 A; 2QNA A; 1U6G C; 1EJY I; 5BZ1 A; 4TNM A; 4NZW A; 1QGR A; 3BSX A; 2OT8 A; 2RU4 A; 4JLQ A; 2QK1 A; 4UWX A; 2Z6G A; 3EBB A; 2VGL A; 1XQR A; 5E6Q B; 4EVP A; 4YGX A; 4PLQ A; 4UAF B; 1EE5 A; 2X19 B; 4PLS A; 3H3D X; 4P6Z G; 3K5Z A; 2IW3 A; 2X1G F; #chains in the Genus database with same CATH topology 5CLC A; 1O6O A; 1M8Y A; 4QMI A; 3QHE A; 3QGB A; 5JJA A; 3UL0 B; 2BNX A; 3GS3 A; 4DBA A; 3GVT A; 1B3U A; 4H3K A; 1W9C A; 3IBV A; 3NMX A; 5H2W A; 4I0Y A; 5KL1 A; 1QZ7 A; 3QML C; 3GVO A; 5HHG E; 4CRU B; 4MZ6 E; 3EG5 B; 3A6P A; 4HNM A; 3K5Y A; 2JKT B; 1W63 A; 3Q0S A; 3VLD A; 4QMJ A; 4RXH B; 3Q5U A; 1LUJ A; 4H3H A; 3K62 A; 4B8O A; 4LAC A; 1WA5 B; 4A0C A; 5EKG A; 4EVA A; 3PSP A; 3TPO A; 1BK5 A; 3SL9 A; 3NMW A; 3GB8 A; 4E4V A; 1UN0 A; 4I5N A; 2IWH A; 4BPL A; 5SWF A; 4U54 A; 2IAE A; 3LTM A; 4UQI B; 4YJE A; 3WOZ A; 3O2Q A; 3K5Q A; 4HXT A; 5SW9 A; 4MFU A; 4O27 A; 3O2S A; 5FC8 E; 3GNI A; 3BTR C; 4U5V A; 4A3T A; 3ZHP A; 2BKU B; 3ODS A; 3BSB A; 3T8S A; 3LWW A; 4PVZ A; 3ODR A; 4CBA A; 4R0Z A; 3OUW A; 4U5L A; 5CTT A; 4D4E A; 5HUW C; 1M8X A; 3C2H A; 3KND A; 2DB0 A; 5CL7 A; 5CL6 A; 1BK6 A; 2C1T A; 4U58 A; 3T7U A; 5CLA A; 3TPM A; 2Z5M A; 2YNS A; 2NYM A; 2Z5K A; 4JW2 B; 1HO8 A; 3JXY A; 3FGA B; 3L3F X; 3ZIO A; 2NYL A; 4QMH A; 4B8J A; 4NEE A; 5CL5 A; 3NMZ A; 3UKZ B; 1UKL A; 3UVU A; 3DAD A; 5KUB A; 4I6I A; 4DZS A; 1XQS A; 5EWP A; 1M8W A; 2NPP B; 4JW3 C; 2IE3 A; 3OQS A; 3WOY A; 3O2T A; 3VWA A; 5J3V A; 1QBK B; 4U5N A; 4DVG B; 4CV5 B; 3Q0O A; 4ZDU A; 1PJM B; 2JKR A; 4I5L A; 4A3V A; 5CLE A; 1GCJ A; 5CLD A; 2Q5D A; 3JY1 A; 5BYM A; 3RZX A; 4XZR B; 2GL7 A; 3L3Q A; 2Z5N A; 4IMJ A; 4RV1 A; 2Z6H A; 3IFQ A; 4FZF A; 4HTV A; 5KLT B; 1Y2A C; 3OPB A; 3BX2 A; 3LTJ A; 3V71 A; 3BVS A; 3W3U A; 2PKG A; 2BAP A; 4FFB C; 2QMR A; 3K7W A; 4ADY A; 3FEY C; 4Y5J A; 1LRV A; 4R10 A; 4B18 A; 4I3N A; 2BCT A; 1W63 B; 3UKY B; 4FP7 A; 4YJL A; 3O4X A; 3UKW B; 3Q0N A; 4MZ5 E; 1M5N S; 3SLA A; 4OIH A; 3K64 A; 4WV6 A; 4FZA A; 4L4H A; 2FV2 A; 3WPT A; 3PST A; 4I8M A; 5CL8 A; 1Q1T C; 2JAK A; 3OUX A; 3VLF A; 4EV9 A; 5D5K C; 3L6X A; 4I96 A; 3Q0R A; 1V18 A; 4I7I A; 4YK6 A; 3UJ0 A; 3L6Y A; 3Q0Q A; 4U5U A; 2F31 A; 4BQK A; 3GAE A; 4I37 A; 4V3Q A; 2YNR A; 5LSW A; 3FEX C; 4P6Z B; 2YJY A; 1M8Z A; 1QGK A; 3ND2 A; 2XA7 B; 3K4E A; 2IE4 A; 3NOW A; 5CL3 A; 2QK2 A; 1G3J A; 4G3A A; 5H2X A; 4JKQ A; 3TJ3 A; 4CRV B; 1OYZ A; 4GMN A; 1O6P A; 2RU4 B; 1Q1S C; 5HUY C; 5KL8 A; 4JW2 A; 5KLR B; 3ZIQ A; 1N4K A; 4BA3 A; 4FZD A; 1IB2 A; 4U3J C; 2VGL B; 3UKX B; 3JXZ A; 3FGA A; 2NYL B; 5DN7 A; 2WTK A; 4B8P A; 1I7X A; 5BZ5 A; 5CLB A; 5B56 A; 4MFV A; 1TE4 A; 4I2Z A; 5CL9 A; 2NPP A; 3BX3 A; 3VE6 A; 3TJZ B; 5BZV A; 4D49 A; 4CB8 A; 1LSH A; 1F59 A; 2JKR B; 1Z2C B; 2PF4 A; 1IBR B; 1PJN B; 3DW8 A; 1TH1 A; 2OF3 A; 3ZIK A; 4HM9 A; 4RZP A; 3ZKV A; 4CB9 A; 1UPK A; 3EA5 B; 4V3O A; 4UAE A; 4CT7 B; 3BCT A; 3AU3 A; 3GQ2 A; 4L4I A; 3V6Y A; 4U5S A; 3TX7 A; 4FDD A; 3K49 A; 1IQ1 C; 3ZIN A; 4OO6 A; 1I7W A; 3TT9 A; 4DJS A; 5AEI A; 3ZIL A; 3BWT A; 2JDQ A; 4UAD A; 4FQ3 A; 3UJ4 A; 3Q0L A; 3K7V A; 3RZ9 A; 5KLA A; 2Z5O A; 2JKT A; 4U2X D; 4GMO A; 4V3R A; 3K61 A; 4L7M A; 2C1M A; 4DB8 A; 4DB9 A; 1UPL A; 5K9S A; 5BZU A; 4R11 A; 3C5W A; 4DB6 A; 3ZIP A; 4I2W A; 1WA5 C; 4EVT A; 4YI0 C; 4IMI A; 4I2S A; 1T08 A; 2IAE B; 3Q0M A; 1JPW A; 3Q0P A; 5EKF A; 1EE4 A; 4UQI A; 4CT6 B; 3ZIR A; 3UL1 B; 1XM9 A; 2Z5J A; 4KZG A; 1IAL A; 3OBV A; 1JPP A; 1M1E A; 4PLR A; 3GRL A; 1EJL I; 4U5O A; 3C2G A; 3WYF C; 3VLE A; 3QG9 A; 2P8Q A; 3V74 A; 5K6S A; 2IX3 A; 3QGC A; 4I1E A; 1JDH A; 2NYM B; 2H4M A; 4K92 A; 4K6J A; 2W3C A; 5SVZ A; 4EV8 A; 2XA7 A; 2QNA A; 1U6G C; 1EJY I; 5BZ1 A; 4TNM A; 4NZW A; 1QGR A; 3BSX A; 2OT8 A; 2RU4 A; 2XOA A; 4JLQ A; 3JX7 A; 2QK1 A; 4UWX A; 2Z6G A; 3EBB A; 2VGL A; 1XQR A; 5E6Q B; 4EVP A; 4YGX A; 4PLQ A; 4UAF B; 1EE5 A; 2X19 B; 4PLS A; 3H3D X; 4P6Z G; 3K5Z A; 2IW3 A; 5CL4 A; 2X1G F; #chains in the Genus database with same CATH homology 5CLC A; 1O6O A; 1M8Y A; 4QMI A; 3QHE A; 3QGB A; 5JJA A; 3UL0 B; 2BNX A; 3GS3 A; 4DBA A; 3GVT A; 1B3U A; 4H3K A; 1W9C A; 3IBV A; 3NMX A; 5H2W A; 4I0Y A; 5KL1 A; 1QZ7 A; 3QML C; 3GVO A; 5HHG E; 4CRU B; 4MZ6 E; 3EG5 B; 3A6P A; 4HNM A; 3K5Y A; 2JKT B; 1W63 A; 3Q0S A; 3VLD A; 4QMJ A; 4RXH B; 3Q5U A; 1LUJ A; 4H3H A; 3K62 A; 4B8O A; 4LAC A; 1WA5 B; 4A0C A; 5EKG A; 4EVA A; 3PSP A; 3TPO A; 1BK5 A; 3SL9 A; 3NMW A; 3GB8 A; 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