4I0CA

The structure of the camelid antibody cabhul5 in complex with human lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Immune system/hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title A nanobody binding to non-amyloidogenic regions of the protein human lysozyme enhances partial unfolding but inhibits amyloid fibril formation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 130
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i0cA00
3B6LA 208LA 4NGKA 1A4VA 1MELL 1UIHA 1J1OY 1LHJA 1MLCE 1UBZA 4J0LA 4XADA 3ZEKA 3ZVQA 1XGUC 3M3UA 4ETEA 4WG1A 5LVKA 4WOAA 2LYOA 1LZEA 5KXYA 2I26L 1LMQA 1LYYA 4ETAA 4EMNA 3ATNA 1OUBA 4TX7A 1HMLA 1LMNA 1LZTA 2BQEA 5F81A 3QNGA 3HBEX 2MEBA 2YVBA 4XENA 5I4YA 1IORA 3CT1A 1DI3A 4WM4A 1HEPA 5I5QA 2IFFY 2MECA 2X0AA 1BB7A 4YM8A 2FBDA 3EXDA 4RW2A 1B2KA 1LZCA 1VATA 2XTHA 1YL1X 1GEZA 1YKZX 4G4HA 4ETCA 3A34A 3CSZA 1XEJA 2DBTA 5APCA 1IR9A 1JTPL 1OUFA 4BAPA 1B7RA 2BQFA 1GB0A 2HEEA 5A3ZA 1FKVA 3B72A 5B07A 4DT3A 5LYTA 5FELA 4G4CA 4DDBA 1LJFA 1A2YC 1TBYA 4XN6A 2CWIA 1DZBX 4WM3A 1LZ5A 3P64A 5APFA 1IWZA 1XGQC 1WQPA 4GCEA 4U3XB 4H9BA 3FE0A 4FJRA 3T36A 3CT5A 3W6EA 2Z19A 4NFVA 4KPMA 4OOTA 4LFPA 1GBOA 1G7JC 4N0JA 4QY9A 135LA 5LXWA 1DI4A 5FSTA 1CKCA 3EBAB 5HLLA 5KXLA 1WTMA 2BQMA 1J1PY 1V7SA 1ZVYB 1GBZA 3A92A 1IOQA 2XBSA 5DL9A 1F10A 1CKFA 4TSCA 1QSWA 1LZNA 3OK0A 4NSGA 1ZVHL 5EBHA 2BQAA 1YKXX 5DM9A 1BQLY 1NWGA 2NWDX 2HEFA 4G9SA 5LVGA 1JKAA 1UIEA 4YOPA 5KXTA 3HBHA 2F30A 1IC4Y 4H90A 4LT0A 1VDPA 1IR8A 4NHQA 1WQOA 5KY1A 4WM1A 1PS5A 3WW5A 5APEA 4CGEA 1GXV2 2ZQ3A 4RDSA 3IJVA 3VWOA 2EPEA 4RW1A 4R0FA 1UC0A 2BAAA 4CJ2A 1LAAA 7LYZA 1DXJA 3W6BA 1NKHA 1YQVY 5KKJA 3LZ2A 3QY4A 1FLQA 2RSCA 1C45A 4A7DA 193LA 1JJ0A 4XJDA 1IY3A 4DDCA 4ETBA 2YBHA 1NQIA 1OUEA 1IEEA 1NMMA 4TTDA 3WUAA 1IP5A 3D3DA 5I54A 1ALCA 1G7MC 1QTEA 1HEOA 5F9XA 1LZRA 5A3EA 2ZWBA 3QE8A 4J1AA 1LJHA 1IR7A 4W94A 5I53A 1G7IC 3A3RX 3CT0A 4O34A 4J7VA 1NBZC 4HJVA 1LHIA 1LOZA 4NSHA 3CB7A 1LSZA 2FYCA 4LYZA 1VDQA 4MSTA 4H9HA 1BB4A 4UWNA 1UACY 1HFYA 4H9FA 5B59A 1CNSA 4WG7A 2BQIA 1CKHA 4DWXA 3WYHA 1UA6Y 3T6UA 1FKQA 1GFTA 1HEQA 3D9AC 4OWAA 1KXWA 3BKHA 1HFXA 1WVVA 1GB9A 1B7QA 3LN2A 2YDGA 3IWRA 1IP4A 3AZ4A 1BB6A 3RT5X 1C43A 4OOOA 3A94A 5B1GA 4H9EA 1KIQC 3LZTA 4WM5A 1GF8A 5D5CA 1JSFA 4ET9A 1IP3A 2WARA 4MR1A 4HV1A 4WLDA 3W6CA 1VFBC 1EL1A 3A3QA 5DN5A 4C3WA 4D9ZA 3W6DA 1PZYA 3WH1A 1LSMA 5IHGA 1G7LC 3TXJA 4BAFA 1IWUA 1LZAA 1B7PA 1HFZA 4ET8A 5D5FA 3M18B 3HBDA 1WQNA 2EKSC 132LA 2BLYA 2LYZA 2YSSC 1GFAA 3WULA 207LA 1KXYA 4NY5A 2DQAA 5LAFA 1GBXA 4RLNA 5C6LA 1B5VA 1YAQA 5M1YA 1LZ4A 4NGWA 1GE0A 1C08C 5F14A 3WMKA 4ML7A 1RFPA 1LZ9A 2EQLA 3AB6A 4YENA 4DD2A 4UWVA 1LZYA 2GV0A 4YF2A 1GF9A 2ZYPA 1BWHA 1CKGA 1CJ7A 1H87A 2MEEA 4NGVA 1UIBA 1GB8A 5IELA 2DQGY 4CFOA 5APDA 1OUGA 1GB5A 1HERA 4HTQA 1LSDA 1EQEA 5II3A 1I1ZA 4CHXA 1LZDA 8LYZA 3TXBA 1OUCA 1LSEA 2HEBA 1GB3A 5HMVA 1LJJA 1GE2A 4WMGA 1GFJA 4QDNA 1JKCA 1GF6A 1SLYA 1AZFA 3AGHA 1IP7A 1NDMC 1QUSA 3OJPA 4W96A 2BQOA 4Z3MA 1RI8B 4L41A 1BB5A 3A8ZA 1GBWA 2Z12A 4DD9A 1DPXA 3B0OA 3AW6A 2DQCY 4NG1A 1OUJA 3F6ZA 1IC5Y 1LSCA 1B7OA 2D4KA 1QDRA 1FN5A 5B06A 4XJGA 3WUMA 5LINA 5J7CA 4HV2A 2ZNWY 1RE2A 4N9RA 1GDWA 1CKDA 1GB6A 1YKYX 1JISA 1CJ6A 3TMWA 2N5ZA 1OUAA 3KAMA 9LYZA 1ZMYL 1VDTA 5L3HA 4M4OA 1HNLA 4PHIA 4ZEEA 1LZSA 1HELA 3P68A 3E3DA 4LGKA 4XJFA 1DPWA 1LMOA 2ZQ4A 4ZFPA 1IP2A 2DQIY 1GWDA 4QGZA 3TXGA 2G4PA 3MGWA 4BS7A 3WPJA 1C10A 4OWHA 1LZ1A 1XFPL 3WVXA 4HPEA 1XEIA 4CFPA 2W1YA 4MCKA 4GCCA 1C7PA 4NGOA 4OWCA 2HEAA 1HC0A 3N9AA 5E4PA 1B5ZA 3W6FA 5LVJA 1C46A 1JPOA 3RNXA 3HFMY 3WPKA 4UWUA 4NG8A 2MEIA 3WPLA 5KXOA 1GHLA 2HU3A 1IOCA 1UICA 1WQMA 2YBMA 1ZV5L 1BB3A 2BQJA 1IOTA 1GFEA 2BQKA 1DKKA 1LMTA 3P65A 5LVIA 2A7DA 3AJNA 1QTKA 3GXRA 2PC2A 1IC7Y 4WM2A 3SP3A 5JENB 1T6VL 1LJGA 4N5RA 4B4IA 2BPUA 4XYYA 1QDTA 4NHTA 3TXEA 5C6IA 5T3FA 1GFKA 4WO9A 1LSFA 1YL0X 2C8OA 3N9CA 4KT3A 1JTOL 5AMYA 1UUZC 1VEDA 2Y8PA 2LZTA 5KXPA 4LYCA 5IDDA 3WU7A 4DYGA 2BQBA 1IWXA 1LSNA 1KXXA 4X3BA 3J4GA 4RLMA 1GD6A 1LSBA 1B7NA 1LJIA 1WQQA 1J1XY 1UIFA 2XBRA 4HTKA 4LT3A 4DD3A 4NGLA 1RCMA 3AZ6A 5L3IA 1BWJA 1DI5A 5I4WA 4YEMA 2Z18A 1INUA 4E3UA 4DD1A 1IVMA 1NHEA 4NIJA 3A90A 3WXTA 3B0IA 1IP1A 5FEKA 1TCYA 5LYMA 4HPIA 1B5WA 1D6QA 1FLYA 3IJUA 3P66A 4GLAA 5KXSA 3EMSA 2LHMA 3TMXA 1UCOA 1LMAA 1AT5A 3W6AA 2Z2FA 1LHMA 1LYOA 1JHLA 1WTNA 1B5UA 1JITA 1RJCB 1BGIA 1IO5A 1OUIA 4II8A 5E9RA 4Z46A 4FDYA 4IASA 1LSGA 2C8PA 2HECA 4NGJA 5C6JA 3WW6A 2YBIA 1BWIA 3ULRA 2CJLA 1EQ5A 3WL2A 4B1AA 3BKVA 3LYOA 4H8YA 4OWBA 4H9CA 1LKSA 1LPIA 1LTMA 1XGTC 3WU8A 4AXTA 1KIPC 1H6MA 2I6ZA 1LZGA 4PRQA 1F6SA 1B7LA 4NWHA 5F9UA 2YBLA 2ZYCA 3AYQA 2LYMA 4LYOA 1GF4A 3J6KA 4IATA 4OWEA 3RW8A 1NDGC 3W3EA 1LJNA 1GB2A 3K3TA 3LYZA 2ZIKA 1HSWA 1T3PA 1O23A 2HEDA 4GN5C 1VAUA 1LSYA 1LMPA 4DC4A 1GFUA 1IOSA 4I8SA 1CJ9A 4XJIA 3A91A 4B4JA 2XJWA 4H92A 4NGYA 134LA 4H1PA 4LYTA 5DN4A 1JWRA 3TMVA 1GDXA 1DQJC 1GE1A 1GFHA 1JSEA 1LJ4A 1WQRA 4NSJA 3WVYA 1XGPC 3A6BY 4P2EA 1N4FA 1JTTL 4LT1A 1IWVA 1JJ1A 4KXIA 4HSFA 1G7HC 1B5YA 1LHHA 1OUDA 3TXIA 5KXWA 4H94A 1GPQC 1GAZA 4NHIA 3WXUA 2D6BA 1LHKA 3AGGG 1VDSA 1JEFA 1IX0A 1OUHA 4G49A 4HJYA 1D9UA 2IHLA 4LZTA 3LHMA 133LA 2MEHA 3TMUA 2BQDA 1TEWA 1YAOA 5LIOA 1NF5A 2ZNXY 4GN3A 1YAPA 1YIKA 2DQEY 1GF0A 1AKIA 4H9IA 5KXZA 4DDAA 4IJ4A 5LA8A 1B7SA 1GFVA 4HP0A 4DD0A 2I25L 2BQNA 4H9AA 4G4BA 1GB7A 4NHPA 3LYTA 1HSXA 4GLVA 4PJ2C 5HNCA 2ZILA 1DKJA 3WU9A 5LA5A 2EIZC 5F16A 1CJ8A 1BHZA 1YROA 1Z55A 2MEAA 4N1EI 4NGIA 3A6CY 5LAGA 3TXDA 1IWWA 1TDYA 2F4GA 4WL7A 1JKDA 3WUNA 4KL7A 2MEDA 3A95A 194LA 3LYMA 2Z37A 1UIDA 4EOFA 2H9JA 4WM6A 2F2NA 1LZ6A 2D91A 1NBYC 2W1XA 2Z38A 153LA 2W1MA 2HUBA 2VB1A 1I20A 1LKRA 1HENA 5KXKA 5HNLA 2FBBA 1UIGA 1GEVA 4M6DA 2BLXA 2F4AA 1LMCA 1LYZA 1QIOA 4R6CA 1GBYA 1P2CC 1XGRC 1HEWA 3AZ5A 4NGZA 4B4EA 1GBSA 4NWEA 1BVKC 1IY4A 1IWYA 1LHLA 2B5ZA 1LYSA 2BQCA 4HTNA 1B7MA 4TUNA 4Z98A 1GFRA 1I56A 4C5FA 2YBNA 1LZBA 1D0KA 1EQ4A 1XEKA 4GCBA 1GE3A 2HTXA 1FLWA 2Q0MX 1GAYA 5KKIA 1REXA 1W6ZA 3EO5A 5HMJA 4GCFA 5KXXA 1SQ2L 4PPOA 5B05A 5KJ9A 1V7TA 1D0LA 1LJKA 4PGJB 4NSIA 1QUTA 3N9EA 2Z2EA 1TAYA 1B0DA 1IP6A 2BQGA 2MEGA 4LFXA 3G3AB 5ILCA 5ILFA 5I4XA 4TSBA 1UIAA 4ZIXA 1JIYA 4XJHA 4WO6A 5B1FA 4OW1A 2BQLA 2DQDY 1FBIX 3CQLA 4ETDA 1GFGA 1LCNA 4N1CC 3GXKA 4YEOA 1LJ3A 4ANRA 3CSRA 4PRUA 1REZA 1B9OA 1W08A 4H8XA 1HMKA 1F0WA 2H9KA 4NHSA 2G4NA 1GE4A 3RU5A 2A7FA 2FYDA 3TXKA 1KIRC 3P4ZA 2CDSA 4GN4A 3RZ4A 1OQMA 2D4JA 4J1BA 3FI7A 1LSPA 1REYA 2DQHY 5FCPA 3G3BB 1JKBA 5HQ1A 4LYMA 3B0KA 4XJBA 5K7OA 3A96A 1QQYA 2LZ2A 3AZ7A 4QEQA 1AM7A 5KXRA 1WVUA 2AUBA 3ZVQB 5LVHA 1FDLY 154LA 4H93A 4WLYA 1FLUA 4WLTA 1GF7A 2H5ZA 4HJZA 4GCDA 1AT6A 1REMA 1OP9B 1B5XA 2YBJA 4Z41A 2DQFC 4WL6A 5KXMA 5DLAA 1HHLA 3ATOA 1GF5A 1HF4A 4AGAA 3TXHA 2D4IA 4B0DA 1BVXA 1YANA 1HEMA 2CGIA 4TWSA 1F6RA 1E8LA 3AGIA 2Z39A 2ZIJA 5LYZA 4WLXA 3A67Y 3A93A 2HU1A 4NEBA 2MEFA 4N8ZA 4BADA 5FDJA 5KXNA 6LYTA 2DKVA 4H8ZA 1QSAA 1YAMA 1IWTA 3AW7A 4LT2A 4B49A 1IIZA 1D6PA 4H91A 1YILA 6LYZA 3CSQA 1GF3A 2DQJY 1LSAA 1JJ3A 2W1LA 4I0CA 5FHWA 4DD7A 1XSFA 2BQHA 1LZ8A 1JUGA 2G4QA 1D0MA 3TXFA 5L9JA 4LYBA 1LJEA 1GXXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B6LA 208LA 158LA 1L75A 1LHJA 4J0LA 1XGUC 4WOAA 191LA 4LZMA 1LYYA 4ETAA 4EMNA 3ATNA 3QNGA 2YVBA 1L99A 2B6XA 5I5QA 2MECA 2FBDA 2XTHA 1L19A 1YKZX 1L66A 4BAPA 1B7RA 2BQFA 2HEEA 1FKVA 4DT3A 5LYTA 1L95A 5FELA 113LA 4XN6A 2ANXA 1LZ5A 219LA 3P64A 1IWZA 5APFA 4U3XB 4H9BA 4FJRA 229LA 248LA 1L0KA 2Z19A 4EKQA 4N0JA 1C64A 135LA 5LXWA 5FSTA 1G1WA 126LA 5KXLA 1L01A 1GBZA 3A92A 5EBHA 1QS9A 1UIEA 1QTCA 1VDPA 1WQOA 1B6IA 5KY1A 1PS5A 3WW5A 4CGEA 3PBLA 1L39A 3VWOA 1L07A 1C6HA 1QT5A 4R0FA 1LAAA 1YQVY 3QY4A 2RSCA 1C45A 4XJDA 4DDCA 4W58A 1NMMA 4TTDA 2HUKA 3GUNA 1L61A 236LA 1LJHA 3DN4A 3CT0A 164LA 4MSTA 4H9HA 3DN8A 1DYEA 1HFYA 247LA 1CV6A 3D9AC 3HH6A 4OWAA 3CDQA 2OU8A 1B7QA 1L96A 4I7PA 3AZ4A 1C43A 5B1GA 4WM5A 1KW7A 1ZURA 1L76A 1L89A 1L87A 3W6DA 4ARLA 1LSMA 5IHGA 192LA 1C6NA 1IWUA 1HFZA 4ET8A 5D5FA 1L93A 2EKSC 132LA 207LA 1C67A 4NY5A 1GBXA 1YAQA 4NGWA 3WMKA 4ML7A 1DYBA 3NY9A 3C83A 4YF2A 1CKGA 2MEEA 1QT7A 3DN0A 4W55A 1UIBA 5IELA 1OVJA 8LYZA 1LSEA 5HMVA 102LA 3HUQA 3L2XA 1GBWA 2Z12A 230LA 4DD9A 3B0OA 4PK0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3B6L A;  208L A;  4NGK A;  1A4V A;  1MEL L;  1UIH A;  1J1O Y;  1LHJ A;  1MLC E;  1UBZ A;  4J0L A;  4XAD A;  3ZEK A;  3ZVQ A;  1XGU C;  3M3U A;  4ETE A;  4WG1 A;  5LVK A;  4WOA A;  2LYO A;  1LZE A;  5KXY A;  2I26 L;  1LMQ A;  1LYY A;  4ETA A;  4EMN A;  3ATN A;  1OUB A;  4TX7 A;  1HML A;  1LMN A;  1LZT A;  2BQE A;  5F81 A;  3QNG A;  3HBE X;  2MEB A;  2YVB A;  4XEN A;  5I4Y A;  1IOR A;  3CT1 A;  1DI3 A;  4WM4 A;  1HEP A;  5I5Q A;  2IFF Y;  2MEC A;  2X0A A;  1BB7 A;  4YM8 A;  2FBD A;  3EXD A;  4RW2 A;  1B2K A;  1LZC A;  1VAT A;  2XTH A;  1YL1 X;  1GEZ A;  1YKZ X;  4G4H A;  4ETC A;  3A34 A;  3CSZ A;  1XEJ A;  2DBT A;  5APC A;  1IR9 A;  1JTP L;  1OUF A;  4BAP A;  1B7R A;  2BQF A;  1GB0 A;  2HEE A;  5A3Z A;  1FKV A;  3B72 A;  5B07 A;  4DT3 A;  5LYT A;  5FEL A;  4G4C A;  4DDB A;  1LJF A;  1A2Y C;  1TBY A;  4XN6 A;  2CWI A;  1DZB X;  4WM3 A;  1LZ5 A;  3P64 A;  5APF A;  1IWZ A;  1XGQ C;  1WQP A;  4GCE A;  4U3X B;  4H9B A;  3FE0 A;  4FJR A;  3T36 A;  3CT5 A;  3W6E A;  2Z19 A;  4NFV A;  4KPM A;  4OOT A; 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 2MEA A;  4N1E I;  4NGI A;  3A6C Y;  5LAG A;  3TXD A;  1IWW A;  1TDY A;  2F4G A;  4WL7 A;  1JKD A;  3WUN A;  4KL7 A;  2MED A;  3A95 A;  194L A;  3LYM A;  2Z37 A;  1UID A;  4EOF A;  2H9J A;  4WM6 A;  2F2N A;  1LZ6 A;  2D91 A;  1NBY C;  2W1X A;  2Z38 A;  153L A;  2W1M A;  2HUB A;  2VB1 A;  1I20 A;  1LKR A;  1HEN A;  5KXK A;  5HNL A;  2FBB A;  1UIG A;  1GEV A;  4M6D A;  2BLX A;  2F4A A;  1LMC A;  1LYZ A;  1QIO A;  4R6C A;  1GBY A;  1P2C C;  1XGR C;  1HEW A;  3AZ5 A;  4NGZ A;  4B4E A;  1GBS A;  4NWE A;  1BVK C;  1IY4 A;  1IWY A;  1LHL A;  2B5Z A;  1LYS A;  2BQC A;  4HTN A;  1B7M A;  4TUN A;  4Z98 A;  1GFR A;  1I56 A;  4C5F A;  2YBN A;  1LZB A;  1D0K A;  1EQ4 A;  1XEK A;  4GCB A;  1GE3 A;  2HTX A;  1FLW A;  2Q0M X;  1GAY A;  5KKI A;  1REX A;  1W6Z A;  3EO5 A;  5HMJ A;  4GCF A;  5KXX A;  1SQ2 L;  4PPO A;  5B05 A;  5KJ9 A;  1V7T A;  1D0L A;  1LJK A;  4PGJ B;  4NSI A;  1QUT A;  3N9E A;  2Z2E A;  1TAY A;  1B0D A;  1IP6 A;  2BQG A;  2MEG A;  4LFX A;  3G3A B;  5ILC A;  5ILF A;  5I4X A;  4TSB A;  1UIA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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