4I0HA

Spr and structural analysis yield insight towards mechanism of inhibition of bace inhibitors.
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
388
structure length
374
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title SPR and structural analysis yield insight towards mechanism of inhibition of BACE inhibitors
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 374
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i0hA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i0hA02
2IENA 5P0XA 4GJ6A 5P6XA 4YOAA 4RZ1A 5P5RA 1LZQA 2HB3A 3EL5A 1TCXA 4Y4EA 5PEPA 5P2UA 3ZOVA 4LL3A 4YD6A 5P1GA 3SA3A 4XKXA 2QMPA 2O4LA 1MUIA 1SGZA 4FRSA 1N49A 4Y3YA 3S45A 1G0VA 5BWYA 1BDLA 5P6ZA 5OZXA 4Y4XA 1CZIE 4J0YA 3KN0A 2R43A 5P53A 5P2CA 3ZKMA 4H1EA 1E82E 1KJHA 4QJ8A 5P6GA 4OC6A 1IBQA 5P1TA 2VIEA 5P5TA 5P63A 4BFBA 5P2HA 4Y4WA 3KDDA 1LYAB 5OZOA 2R5QA 3OQFA 5DGWA 5P43A 3H5BA 4RYGA 1FMXA 5P5ZA 2Z4OA 5P4EA 1DMPA 4J17A 4QJ6A 5P3UA 5P89A 2G94A 5OZBA 1GNNA 3CKTA 3DCKA 1VIKA 3BGBA 3QVIA 3LZSA 3RVIA 1XE5A 1QBUA 5ENKA 5P1VA 5P23A 2G1SA 5P5MA 5P51A 3MSLA 4DQGA 5P7NA 5HDXA 2QI5A 2AIDA 2HIZA 3OQKA 5P36A 5P72A 5P46A 4Q1WA 5P6YA 5T4SA 1Z1RA 1IVQA 3GGVA 2WEBA 4GIDA 4Y3AA 1T7IA 2PH8A 5P8QA 2PC0A 4OBDA 2P4JA 5P62A 4B78A 5OZ5A 4Y3XA 5P7LA 1SGUA 2AOHA 5P5VA 5HTZA 2ZYEA 5P0TA 2O4SA 5OZ9A 2IKUA 2Z54A 2JJIA 5P8KA 5HDVA 3L5BA 1NSOA 3BHEA 3EL1A 4RRSA 1W6IA 4FS4A 3SA9A 2FGUA 5DQCA 5DR1A 5FIVA 5P44A 4R92A 3SLZA 4F75A 3Q3TA 1FQ8A 3S8IA 1OHRA 1HTRB 5P13A 1AZ5A 3UCBA 4J55A 1OD1A 3UHLA 3TOFA 5P78A 5P2NA 5P7XA 5IS4A 5P5DA 4Z2ZA 5P0RA 5OZWA 4I8ZA 4OBGA 3INDA 5C9DA 1WBKA 5P39A 3M9FA 4Y3PA 2WKZA 5KR0A 5P19A 2OHPA 2VJ7A 2ZJLA 3GGAA 1HTEA 2FDDA 2AVOA 4K4RA 2I4QA 4Y45A 5P6BA 4B0QA 5P6LA 1HIVA 5P7WA 4TVHA 4I0EA 3K5GA 3ZKQA 3NWQA 1YM2A 3OUBA 5P42A 3OU4B 5P2MA 1K6CA 2QAKA 5P2SA 3OOTA 5P5NA 3HVGA 5P0DA 1ER8E 4NPTA 4YD4A 1YTGA 1RQ9A 4OBJA 4KB9A 1IZIA 2F8GA 3KMYA 3UTLA 4Y4GA 5P3OA 2IRZA 3ST5A 2FXDA 3ZKNA 3GW5A 1HHPA 5KR1A 2I4UA 2VIZA 3OU1A 4LXMA 5P17A 4Y51A 4H3GA 4WY6A 1FEJC 4FM8A 5P1NA 2B8VA 3A2OA 4JOOA 1YX9A 5EZZA 1MRWA 3UQWA 4LP9A 1B5FA 1FLHA 3HVPA 5P1FA 1K1UA 4L7HA 2G24A 1B6PA 1APUE 5P1UA 4F76A 2WF1A 4MC1A 3FX5A 3F9QA 3SA7A 1E5OE 1MT8A 3TNEA 5P8EA 1HVIA 2I1AA 1FQXA 6FIVA 5SXNA 5P85A 3GI6A 3URIA 3UDJA 4RCFA 3RU1A 2QZKA 2J9KA 4OC6B 5KR8A 5P6DA 4TRZA 5DR8A 4ER1E 3ER5E 2B7ZA 4B00A 5HD0A 2QNNA 5P1DA 5P2OA 1BV7A 4X7IA 4DFGA 5P2EA 5P59A 1FG8C 4DJVA 4D85A 2UXZA 4Y47A 4RLDA 3S7LA 3CIBA 1QBSA 4FSLA 3O9FA 5P58A 4Y5EA 1B6JA 5P3IA 1FQ4A 3PWWA 1GVUA 5P6VA 3L3AA 3BVBA 5DPZA 2QP8A 5P7IA 7UPJA 4Y43A 1BBSA 2J9JA 3OGPA 5P3LA 3URJA 3TPLA 5P2BA 5HE7A 3I2LA 5P2IA 2PMAA 4DJRA 5OYQA 4K8SA 4CPXA 3Q6YA 4I0ZA 1APTE 2IKOA 3IA9A 3IGBA 2WEDA 5P3QA 4Y4UA 1D4KA 4A6BA 4Y58A 2AOIA 1LYWA 5UPJA 3L59A 1MSMA 1BDQA 3APPA 2Q64A 4LXKA 1ZP8A 4Y4AA 5CONA 1SBGA 1EBKC 2QI1A 3PRSA 1SMRA 2QD7A 5P0EA 2P8HA 3UDQA 1AAQA 5KQZA 2PWCA 1SIPA 1SDVA 3TKGA 4EPJA 4YA8A 5OZIA 5P6MA 3UDNA 2R5PA 3R0YA 5OZ8A 5P0KA 3WB5A 1F7AA 2A4FA 2PK5A 5P7TA 3BUHA 2QHYA 1QRPE 1AJVA 5P5WA 5P4BA 3OGQA 1GVWA 3NDXA 5P80A 5P3EA 5P05A 3URLA 2IS0A 3KDCA 5P77A 5OYSA 4NJSA 5P6WA 4J1HA 1MIQA 4Q1YA 1HVHA 4Y41A 5P5AA 4K4PA 5P74A 5P8PA 3S43B 2ER0E 4I11A 5AH8A 2RKFA 4ZSQA 3EL0A 1SMEA 1D4LA 4PZXA 5P1CA 1WBMA 3GGUA 4Y3QA 1UPJA 3KFNA 4TVGA 3UDRA 1G2KA 5P4KA 1DIFA 3DJKA 5P4CA 3BVAA 3K5DA 4EP3A 1PPME 2PH6A 5P61A 5I3WA 3DUYA 1XE6A 4RGHA 1W5XA 5P35A 5P7QA 3VF7A 2QNQA 1GVTA 5P7BA 1K2CA 5P38A 3OADB 5DGUA 5P54A 3LINA 4J1IA 2EWYA 4GMIA 2O4PA 3OU1B 3KFPA 3UDHA 5P3BA 5P1AA 5P3TA 5P8GA 1HPXA 3NLSA 2F3FA 2B8LA 1T6EX 3KFSA 3RTNA 1HSHA 5P5KA 1HPVA 5ISKA 2FMBA 5COOA 3NWXA 1C6XA 1C6ZA 5P70A 4Y3MA 1HIHA 5P6QA 4XX4A 5OYXA 5EZXA 1EEDP 2NNKA 3BXSA 4FRJA 5P1LA 1EPLE 3BC4A 1M0BA 3U6AA 5P4GA 2AVSA 4TRYA 1D4HA 4OBKA 4Z4XA 2NNPA 4GZFA 3PCZA 4Y53A 2FDEA 2SAMA 3U7SA 2OHLA 1BWAA 3VLAA 2V11C 3CYWA 2G20A 1EPRE 1NH0A 5P6CA 1ZSFA 3EM3A 3UFLA 3HAUA 1MESA 2A1EA 3FIVA 2QMFA 4J1EA 3QS1A 4Y3HA 5P4VA 4K4QA 5DR3A 3OHHA 1TZSA 3L5DA 4UPJA 5P88A 2ZJMA 5OZKA 2HM1A 2ZJKA 2J9JB 2NR6A 3O9DA 2P3BA 2Q11A 1YG9A 4DJXA 2QMGA 5P0QA 5P49A 5OZ4A 2PYMA 4CP7A 4Z50A 2HB2A 4Y4DA 3O9GA 3O9LA 1IDAA 3BUGA 5P4TA 3SA5A 5P0CA 4AA8A 5P47A 2PQZA 3K5FA 4RYCA 5P7SA 3LZUA 3INEA 2VA7A 4PYVA 1DAZC 5P29A 5JFUA 3Q5HA 4L1AB 3TOHA 1PSOE 5OZLA 3S56A 4KUPA 4Y5CA 1BVGA 3VF5A 4ZSMA 5P0FA 2QI4A 5AHBA 5P4DA 4GJ5A 2QNPA 3ZPUA 3DOXA 5P83A 1PROA 4OBZA 2RKGA 3PLLA 4CPQA 3LZVA 5P4SA 3ER3E 1FFIC 1B6LA 4CMSA 5P6EA 1ZJ7A 3BRAA 1HVCA 4OD9A 1D4YA 5OYWA 5HVPA 1SDUA 1BXOA 3CKRA 5P82A 5P87A 2VIYA 5P8NA 3KDBA 5J25A 2UPJA 5OZ0A 1NPAA 1WKRA 3NXEA 2V10C 4CPTA 4AMTA 3MXDA 3SKGA 4YD7A 5P8VA 4Y3FA 3IXKA 5BS4A 1LYBA 2QZWA 4HA5A 4J0TA 3NUOA 5P4HA 4YDFA 3PMYA 5P2DA 5HU1A 1AIDA 5P71A 3R0WA 3HW1A 3K5CA 5HCTA 5P1BA 1W5YA 3NDTA 2ZJIA 2BB9A 1XL5A 5I3YA 3OUDA 1ODWA 3FNSA 1A8GA 5C9FA 1LS5A 3AIDA 3OAGA 1ZBGA 1ZLFA 1APVE 2OHTA 5SY3A 1MTBA 2AVQA 2ZGAA 4D88A 3VSXA 3VF3A 4Q1NA 3K4VA 5P1PA 5HCOA 4NJTA 5JODA 5P1YA 1HRNA 5P5EA 4EXHA 5P6RA 5OYTA 2FDPA 5OYYA 5P8FA 4FRIA 2QI6A 3N3IA 5P5YA 3HBOA 4LAPA 2P3AA 3MSJA 4AZYA 4ACUA 3PWRA 5P3HA 3PI5A 4Y5MA 5KAOA 1HSGA 4J5JA 4ZSPA 3PVKA 3NU6A 4J0VA 1EPME 3VFAA 3LPJA 5AHCA 3OXCA 3KMXA 1OEXA 5P5QA 5P4RA 2IGYA 4HLAA 1AXAA 3ZKSA 2WEAA 4U7QA 3S85A 1D4JA 1K6TA 4ZEAA 5P56A 1EBWA 4XX3A 1K2BA 4GJAA 5P00A 2PSUA 4Y50A 5P73A 1FFFC 4WTUA 3TKWA 3LNKA 1E81E 5P69A 2PSGA 2WHHA 2RSPA 5P4MA 3QAAA 5P32A 2RENA 4YE3A 1MT9A 5P5LA 4WY1A 4OBHA 5JG1A 2B60A 5P0SA 3VFBA 3OK9A 1HEFE 4Y38A 3VUCA 1W51A 4BEKA 5P81A 1XDHA 1ZPKA 5IVTA 3SO9A 4Y57A 1QS8A 3O9IA 5P3ZA 1T7KA 3BUFA 3QI1A 2ANLA 5OZQA 3VLBA 3GI5A 2OHNA 1FG6C 5P7EA 3IN3A 5OZPA 5P79A 3ZKXA 1RV7A 1BXQA 5P0JA 3S54A 3R2FA 5P7UA 3LIYA 2ZHRA 4YBIA 4COEA 2WL0A 3PJ6A 4B1DA 2NTRA 3EKTA 2QHCA 5HU0A 5P4PA 6APRE 2I0DA 4EJLA 5I70A 1YTJA 5KR2A 4L7GA 5P4YA 5P5SA 1UH8A 2QI3A 5P28A 3ZPTA 5P7VA 1K1TA 5P37A 5P1QA 5AH9A 3EMYA 1A9MA 4DJQA 4LHHA 5F01A 3G70A 1M4HA 2JE4A 3LIVA 3OQAA 1AM5A 2PK6A 3EKYA 3SA4A 4D89A 5P86A 3SPKA 1CPIA 3ZKGA 3B80A 4X2LA 5OZCA 4I0GA 2MIPA 1A94A 2WF2A 4KE1A 1FQ6A 3JVWA 5P66A 4GJCA 2HPEA 2B7FA 3UQRA 3L5EA 3S2OA 2QI0A 3OXXA 2Q54A 5JFPA 4Y44A 5P6AA 5OZNA 4APRE 3TPJA 4DJOA 4EWOA 5B18A 1FQ7A 2VS2A 3BGCA 1IZDA 4FLGA 5P24A 4YOBA 3QROA 5KOQA 1EC0A 5OZVA 3QP0A 2XFIA 4YCTA 7HVPA 5P4FA 2BBBA 4HEGA 5AH7A 1A30A 2PSVA 1FKNA 4RVJA 3INHA 4RCDA 3Q70A 5P5CA 2F3EA 3I25A 5P04A 2ZDZA 5P11A 3L58A 5P8MA 4ER4E 3WZ7A 3EC0A 5P5UA 4HDFA 3NDUA 2BKTA 4QJ7A 1HTFA 3WB4A 5P0GA 3QPJA 5P6TA 5F00A 2FNTA 5P26A 4Y9WA 4Y5BA 4FE6A 4ZPGA 4DV9A 3HD8A 3OQ7A 5P5GA 2FS4A 5P3WA 5P09A 5P8LA 2FXEA 5ENMA 2VNMA 4PEPA 1XS7D 3ZL7A 3EM4A 5P7KA 6UPJA 3DCRA 5P6JA 4Y35A 5P40A 1BV9A 3R4BA 3VCMA 3WZ6A 2WF4A 5P0HA 2V16C 3SA8A 3QBHA 2OF0A 4GYEA 5P5JA 1HEGE 4ZPFA 4LXAA 4DPFA 5P7GA 3UQUA 5P25A 4BFDA 3VV8A 1FF0C 5OZGA 1SH9A 3OOZA 5DQ4A 3FNUA 3RSXA 2ASIA 1BVEA 4ZE6A 1HBVA 2Q15A 2XFJA 2WEZA 1ODXA 4GJ7A 4Y48A 4Y37A 4QJ9A 2AOGA 5P6PA 2G21A 5HDZA 5P0YA 4DJWA 2BPXA 3PMUA 2ER7E 3NU3A 2BPZA 4LBTA 3QRMA 4EJDA 4YD3A 5OYRA 2Q5KA 2F81A 4H3JA 1IVPA 2R3TA 4FCOA 1OEWA 4J54A 5P2FA 4FSEA 5P6SA 2WJOA 5P14A 5P7DA 2Q3KA 2G27A 4Y3NA 3INFA 3VV6A 3NXNA 1HPOA 4Y4JA 2NXMA 5ER1E 4QGIA 5P2LA 3K4VC 2OHUA 1HXWA 5ISJA 2AOCA 4J0PA 5OZTA 4YBFA 2I0AA 4R93A 1KJ4A 2O4NA 2APRA 3K1WA 3MSKA 1BILA 5OZRA 5P76A 1SIVA 3NUJA 4HZTA 1LF4A 4DJUA 2FIVA 4B72A 3PHVA 3BXRA 1SDTA 4EP2A 4DH6A 4ZSRA 1EAGA 3S7MA 3PM4A 4FL8A 1Z1HA 3U71A 1B5FB 1BWBA 4GJ9A 1HIIA 3PSUA 5P1OA 3OWNA 1EPPE 3NR6A 3PSYA 1BIMA 3IN4A 4B70A 2BKSA 4M8XA 3DV1A 4I0HA 1UH7A 3OU3A 4N00A 5P7JA 3C9XA 3OTYA 5P4IA 5P8OA 4M8YA 2XFKA 4CPWA 3EKVA 5P0OA 4I0JA 1K6PA 1HVLA 5P45A 1C70A 5P2JA 1META 4DJPA 3SM1A 1SP5A 1KJFA 1UH9A 3D1XA 4FM6A 5P7FA 2H6SA 4EQ0A 3G6ZA 1W6HA 4Y54A 5HDUA 3H0BA 4AUCA 1T7JA 5P3RA 3S53A 4JPCA 3LIXA 3UPJA 5P1IA 4EHCA 3ZKIA 3OTSA 4Y3DA 3OUAA 2CEMA 1ZPAA 3SM2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IEN A;  5P0X A;  4GJ6 A;  5P6X A;  4YOA A;  4RZ1 A;  5P5R A;  1LZQ A;  2HB3 A;  3EL5 A;  1TCX A;  4Y4E A;  5PEP A;  5P2U A;  3ZOV A;  4LL3 A;  4YD6 A;  5P1G A;  3SA3 A;  4XKX A;  2QMP A;  2O4L A;  1MUI A;  1SGZ A;  4FRS A;  1N49 A;  4Y3Y A;  3S45 A;  1G0V A;  5BWY A;  1BDL A;  5P6Z A;  5OZX A;  4Y4X A;  1CZI E;  4J0Y A;  3KN0 A;  2R43 A;  5P53 A;  5P2C A;  3ZKM A;  4H1E A;  1E82 E;  1KJH A;  4QJ8 A;  5P6G A;  4OC6 A;  1IBQ A;  5P1T A;  2VIE A;  5P5T A;  5P63 A;  4BFB A;  5P2H A;  4Y4W A;  3KDD A;  1LYA B;  5OZO A;  2R5Q A;  3OQF A;  5DGW A;  5P43 A;  3H5B A;  4RYG A;  1FMX A;  5P5Z A;  2Z4O A;  5P4E A;  1DMP A;  4J17 A;  4QJ6 A;  5P3U A;  5P89 A;  2G94 A;  5OZB A;  1GNN A;  3CKT A;  3DCK A;  1VIK A;  3BGB A;  3QVI A;  3LZS A;  3RVI A;  1XE5 A;  1QBU A;  5ENK A;  5P1V A;  5P23 A;  2G1S A;  5P5M A;  5P51 A;  3MSL A;  4DQG A;  5P7N A;  5HDX A;  2QI5 A;  2AID A;  2HIZ A;  3OQK A;  5P36 A;  5P72 A;  5P46 A;  4Q1W A;  5P6Y A;  5T4S A;  1Z1R A;  1IVQ A;  3GGV A;  2WEB A;  4GID A;  4Y3A A;  1T7I A; 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 3HW1 A;  3K5C A;  5HCT A;  5P1B A;  1W5Y A;  3NDT A;  2ZJI A;  2BB9 A;  1XL5 A;  5I3Y A;  3OUD A;  1ODW A;  3FNS A;  1A8G A;  5C9F A;  1LS5 A;  3AID A;  3OAG A;  1ZBG A;  1ZLF A;  1APV E;  2OHT A;  5SY3 A;  1MTB A;  2AVQ A;  2ZGA A;  4D88 A;  3VSX A;  3VF3 A;  4Q1N A;  3K4V A;  5P1P A;  5HCO A;  4NJT A;  5JOD A;  5P1Y A;  1HRN A;  5P5E A;  4EXH A;  5P6R A;  5OYT A;  2FDP A;  5OYY A;  5P8F A;  4FRI A;  2QI6 A;  3N3I A;  5P5Y A;  3HBO A;  4LAP A;  2P3A A;  3MSJ A;  4AZY A;  4ACU A;  3PWR A;  5P3H A;  3PI5 A;  4Y5M A;  5KAO A;  1HSG A;  4J5J A;  4ZSP A;  3PVK A;  3NU6 A;  4J0V A;  1EPM E;  3VFA A;  3LPJ A;  5AHC A;  3OXC A;  3KMX A;  1OEX A;  5P5Q A;  5P4R A;  2IGY A;  4HLA A;  1AXA A;  3ZKS A;  2WEA A;  4U7Q A;  3S85 A;  1D4J A;  1K6T A;  4ZEA A;  5P56 A;  1EBW A;  4XX3 A;  1K2B A;  4GJA A;  5P00 A;  2PSU A;  4Y50 A;  5P73 A;  1FFF C;  4WTU A;  3TKW A;  3LNK A;  1E81 E;  5P69 A;  2PSG A;  2WHH A;  2RSP A;  5P4M A;  3QAA A;  5P32 A;  2REN A;  4YE3 A;  1MT9 A;  5P5L A;  4WY1 A;  4OBH A;  5JG1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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