4I7LA

T4 lysozyme l99a/m102h with phenol bound
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
176
structure length
176
Chain Sequence
IPTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 66
structure length 176
sequence length 176
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7lA00
1L54A 147LA 1L02A 1L83A 2RAZX 1L99A 1L94A 119LA 257LA 1LGWA 2Z6BA 1C67A 1C6DA 210LA 1L0JA 1JTMA 1CUQA 1DYAA 1DYFA 1L18A 1L33A 1C6GA 3DN1A 2HULA 1B6IA 1PQMA 1L25A 1CV4A 1LYEA 2RBNA 4I7RA 3SB6A 1P64A 1QT7A 1L88A 240LA 1C65A 3SN6R 1L0KA 245LA 1PQOA 138LA 217LA 1T8AA 3C8SA 1L66A 2L78A 211LA 4EXMA 1DYDA 125LA 1C6EA 3DMXA 2RBSA 1XEPA 111LA 233LA 185LA 2F2QA 2B6ZA 1L64A 4GBRB 107LA 126LA 184LA 1L81A 3DMZA 2O4WA 3HUQA 103LA 144LA 1CV3A 1L63A 262LA 4ARJA 102LA 3DNAA 1JQUA 4W53A 2QB0B 4LDEA 2NTHA 1LGUA 1L53A 1P2RA 2OE4X 1DYEA 256LA 189LA 6LZMA 248LA 1JTNA 3OE0A 3L64A 1L26A 1L59A 221LA 3PBLA 5LZMA 120LA 1DYBA 141LA 2OE9X 2B75A 230LA 3HDFA 152LA 1L70A 1CV5A 1P2LA 1L48A 227LA 2Q9DA 3C82A 4OO9A 1L44A 1QUDA 1C69A 1L60A 1L40A 3C8RA 3CDVA 3HTDA 1L30A 250LA 171LA 1CUPA 1CVKA 115LA 1L43A 3HUKA 4YX7C 1QUGA 2QARC 260LA 118LA 1OV7A 3C8QA 1P37A 3HH6A 234LA 223LA 2OTZX 1G0PA 1L32A 4I7TA 1T6HA 151LA 4PK0A 198LA 3FADA 1L08A 1D2WA 3SB8A 1XJTA 2Q9EA 1LYDA 2B7XA 1L20A 1LWKA 3CDTA 3HWLA 1OYUA 2B6WA 3HH4A 1CTWA 4DKLA 190LA 3SBAA 1L42A 1LYJA 1L41A 1G06A 1L77A 167LA 1LWGA 1L47A 1LYGA 172LA 3G3XA 4W57A 160LA 2OU0X 3NYAA 113LA 1L06A 1L82A 1TLAA 224LA 1DYGA 3JR6A 1L72A 3HT8A 2OU9A 1CV0A 4ARLA 176LA 1L12A 238LA 2OTYX 1D3FA 2O7AA 3DN6A 4W56A 131LA 3DKEX 2B6TA 228LA 201LA 4ARPA 1QT5A 1C6BA 1CX7A 4I7SA 1L13A 1C6AA 1L89A 1OV5A 4EJ4A 1C6KA 129LA 187LA 1LI3A 3HDEA 3HUAA 169LA 4EKQA 3C81A 3F9LA 1LGXA 3GULA 3GUIA 1L91A 1L67A 3QAKA 1QTDA 1L23A 1L65A 1QTCA 1D3NA 1L15A 3ODUA 1L74A 1L79A 1D9WA 1L98A 3C7ZA 168LA 255LA 1L31A 7LZMA 3K2RA 3G3VA 130LA 1L84A 3DN2A 4ARMA 1PQDA 4I7MA 3OE8A 1P56A 1L68A 252LA 3PDSA 158LA 148LE 1G1WA 2OU8A 232LA 206LA 3SBBC 1QT3A 1C66A 1L93A 3VW7A 2O79A 3DN0A 1SSYA 3HH3A 213LA 1L56A 1L05A 166LA 1L11A 4ARQA 4EKPA 1QUOA 2ANVA 197LA 199LA 1K28A 1SWYA 247LA 1CV6A 205LA 1L45A 253LA 1LYFA 3GUJA 149LA 2RB2X 1QSQA 3NY8A 1L03A 254LA 226LA 1SX7A 2OE7X 1SWZA 4GRVA 1C6HA 1WTHA 1L00A 2B74A 128LA 1G0QA 1L24A 3C80A 1QTVA 4DAJA 3HTBA 1L95A 139LA 1L38A 242LA 170LA 1LYIA 1L71A 251LA 1LPYA 161LA 1L01A 192LA 3HT9A 219LA 2B70A 1L55A 220LA 239LA 1CU5A 3NY9A 1C6MA 5I14A 1CU3A 1L76A 1KY0A 1C6JA 4EPFA 3V2WA 4W59A 246LA 178LA 164LA 249LA 1QUHA 188LA 3GUPA 1L17A 2RBPA 1G0GA 1L19A 3HU8A 110LA 1C60A 2IGCA 1L80A 1L10A 3GUKA 123LA 259LA 1L36A 2LCBA 4W55A 109LA 3CDOA 3OE6A 1QT4A 1QT8A 1G0KA 3C7WA 165LA 1OWYA 1L22A 4W58A 122LA 229LA 1LI2A 1P5CA 3HT7A 2RBQA 2CUUA 1QS9A 3DN8A 146LA 3GUOA 2RBRA 3RZEA 2RB0X 1D3JA 3DN4A 1T97A 1L62A 3UONA 195LA 3D4SA 200LA 112LA 1SSWA 1CV1A 4AQNA 231LA 2B72A 1KNIA 3FA0A 3F8VA 2LC9A 1L37A 1D3MA 182LA 186LA 4PJZA 3HTGA 4IAPA 1L27A 1LI6A 1L90A 163LA 4W51A 1L86A 4E97A 1CU2A 1LW9A 162LA 181LA 222LA 2HUMA 4W54A 4I7OA 1C6IA 156LA 209LA 1L50A 1L46A 4K5YA 114LA 4I7PA 1LYHA 1ZURA 1L87A 2RB1X 1C62A 215LA 143LA 1D2YA 1L61A 1KS3A 1L52A 1G0JA 3GUMA 3HU9A 3SB5A 2NTGA 216LA 127LA 1EPYA 1C64A 2F47A 1L51A 236LA 4I7KA 1QS5A 1G1VA 1QSBA 3GUNA 3HT6A 1L09A 180LA 1L14A 1ZWNA 1C6CA 140LA 191LA 261LA 157LA 4YXAC 4S0WA 1C6QA 3OE9A 142LA 4W52A 214LA 1G0MA 1C6FA 1L96A 4ARMB 1OVJA 2B6YA 3G3WA 1DYCA 2HUKA 1KW7A 1C6LA 4ZPUA 1P36A 4EPIA 1L35A 3RUNA 1OVKA 1P6YA 1P46A 2B6XA 1L58A 1L85A 1QTBA 3L2XA 3HH5A 108LA 4YXCA 1PQKA 1C6TA 4ARQB 1T8FA 150LA 1L75A 1G07A 1L21A 235LA 3C7YA 4EKSA 173LA 1XJUA 3CDRA 1CU0A 4I7QA 1L57A 1L92A 1L29A 1C61A 244LA 1T8GA 4I7NA 3FI5A 1L28A 4DJHA 155LA 3C83A 2ANXA 1L49A 3CDQA 1QTHA 175LA 2RBOA 258LA 2LZMA 3V2YA 212LA 4LDLA 2RAYX 243LA 177LA 1KW5A 1KY1A 2RH1A 1CX6A 2F32A 3EMLA 2A4TA 3SB9A 1L04A 1P7SA 1ZYTA 2OEAX 1C68A 3HTFA 4LDOA 1C63A 237LA 1NHBA 2B73A 1CU6A 1L16A 1SX2A 1I6SA 1P3NA 1L34A 1L69A 218LA 1QTZA 1PQJA 196LA 4I7LA 174LA 225LA 104LA 241LA 183LA 1L07A 1C6PA 1LLHA 1PQIA 1C6NA 4I7JA 1L97A 3LZMA 145LA 1QT6A 3DMVA 4EKRA 4LZMA 159LA 1L73A 1G0LA 3DN3A 1L39A 1OVHA 137LA 3SB7A 1OWZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
6LYZA 1LZAA 1GBYA 1LGWA 2F4GA 1IWUA 1XGTC 4R0FA 1C6DA 210LA 5KY1A 1DYAA 1T6VL 1CV4A 5APEA 4OW1A 2RBNA 4I7RA 240LA 1GF0A 1GE1A 245LA 138LA 1KXXA 1T8AA 1GEVA 4EXMA 1LHIA 1DYDA 5I53A 4G49A 3N9AA 111LA 4LT0A 2B6ZA 5F16A 184LA 2BQDA 3D9AC 1GDWA 144LA 1L63A 5KKJA 1RFPA 3AW6A 1ZV5L 1JQUA 2A7FA 1F6RA 5IDDA 1JISA 189LA 4NIJA 248LA 3OE0A 4GCDA 5LZMA 141LA 1HHLA 1LZ8A 2HECA 3HBDA 4H93A 3HDFA 2G4PA 5APFA 3C82A 1GE2A 1QUDA 1C69A 1REMA 1CUPA 5KXOA 1AKIA 193LA 4YX7C 4NGOA 3KAMA 260LA 1HEMA 2G4NA 1OV7A 1P37A 1VFBC 1LZGA 1NQIA 4LT3A 198LA 1L08A 2Q9EA 3LZ2A 1JJ0A 3G3BB 3CDTA 1LJFA 1OYUA 1CTWA 190LA 1XFPL 5DN4A 167LA 1L47A 1LYGA 3G3XA 4W57A 5A3EA 1JJ3A 2D4KA 1LZCA 4NSJA 1TLAA 4GCFA 1YAMA 3TMXA 1CV0A 5L3HA 1BGIA 238LA 1TBYA 3DN6A 1IC4Y 131LA 4H9HA 4PRQA 5F81A 1D0KA 1L13A 1LZSA 1L89A 129LA 5APCA 2ZQ4A 2BQHA 187LA 1LI3A 1HSXA 3ZVQB 1LZ4A 4EKQA 1TAYA 1LGXA 3CSRA 4H9IA 1XGPC 5LA8A 1L67A 4HTQA 3W3EA 2I25L 2XTHA 1D3NA 1L15A 1L74A 1JHLA 3AYQA 1IWVA 130LA 1L84A 3DN2A 2DQAA 3SP3A 3EO5A 1UIFA 4WM2A 1L68A 5B1GA 158LA 4NWEA 232LA 2MEFA 5II3A 3IJUA 3VW7A 3DN0A 1AT5A 3AGIA 1SSYA 1L56A 4ARQA 1L11A 1QUOA 1UIDA 1G7IC 197LA 1B7MA 1AT6A 1L45A 3TXHA 1D0MA 4CGEA 3BKVA 3GUJA 1QSQA 4H8ZA 254LA 4WOAA 4DT3A 1LHKA 3BKHA 1WQNA 1JITA 4YM8A 4GRVA 1FN5A 1C6HA 4WLXA 1G0QA 3A67Y 3WPLA 1WQOA 1IR9A 1OUIA 2HEBA 1BB4A 4DAJA 1NDGC 139LA 1L38A 207LA 170LA 1LYIA 5LYMA 2BQFA 4DDAA 219LA 5A3ZA 4A7DA 2EPEA 1LSGA 1OUEA 2Z2EA 1KY0A 4ETDA 5B06A 1C6JA 4EPFA 4W59A 1HEQA 1MLCE 4LYCA 1J1XY 1HMKA 3WW5A 1G0GA 3HU8A 3A34A 1CKDA 4DDCA 1GF4A 259LA 2LCBA 3A6CY 109LA 2W1YA 3OE6A 1QT4A 1QT8A 4GCBA 4CFOA 165LA 1HERA 4W58A 3HT7A 4NGKA 2RBQA 3DN8A 3GUOA 1NMMA 3A90A 4H9EA 1UC0A 1GE4A 1NF5A 4LYZA 2DKVA 1HSWA 1FLWA 112LA 4AQNA 3CT1A 231LA 2B72A 4N9RA 2LC9A 1JIYA 1WQPA 1IOQA 1B5XA 1D3MA 3HTGA 3MGWA 4IAPA 2LZTA 1GWDA 163LA 153LA 2Z37A 222LA 4I7OA 3CSZA 1ALCA 5K7OA 1L50A 1G7HC 3A3RX 5F9XA 4WG7A 2Z38A 5L3IA 1C62A 143LA 2YBLA 1H6MA 1LJKA 1XEIA 1YL0X 3LYMA 3HU9A 2W1LA 1XGUC 216LA 194LA 5LYTA 4HSFA 1L51A 1QS5A 1G1VA 2HU1A 1GAZA 180LA 1KXYA 1BB6A 4S0WA 142LA 214LA 1INUA 4ARMB 1OVJA 1IY4A 1LSPA 3AZ5A 1C6LA 1GF5A 4ZPUA 1P36A 4ETAA 3QNGA 1OVKA 1L85A 3L2XA 3TXGA 4WM5A 1A4VA 5KXYA 1G07A 2CDSA 3EMSA 1GBXA 1D6QA 2LYOA 2D6BA 1CKHA 1IWWA 2BQNA 2YBNA 3CDRA 2BQEA 4OWBA 4NG8A 4DD3A 244LA 1KIRC 4DJHA 2ZYCA 1JKDA 3C83A 1JPOA 3CDQA 1QTHA 4YENA 4XADA 1HMLA 1LAAA 4L41A 3WW6A 3LZTA 3ATNA 1YAQA 1IORA 1JTOL 3SB9A 3TMUA 2NWDX 1C68A 4LDOA 237LA 1SX2A 1L69A 2CGIA 218LA 3LYOA 4I7LA 174LA 4H1PA 241LA 3LHMA 4EOFA 5I4YA 1LLHA 1PQIA 5KXXA 5F9UA 1IY3A 159LA 1L73A 4OWAA 1QTEA 4W96A 1L39A 4I0CA 1DZBX 2XQOA 4WLTA 1OUBA 5DM9A 1V7TA 1L83A 4B4IA 1L99A 3IJVA 1LZNA 257LA 2N5ZA 1J1PY 4XJHA 1GHLA 1CUQA 1DYFA 3WXUA 1C6GA 2HULA 1B6IA 2MEAA 4WM4A 1LYEA 5HNLA 5HNCA 4N5RA 1T3PA 1GB0A 1L88A 1C65A 4RW2A 1GF6A 4C5FA 4TSBA 1L66A 2L78A 211LA 2A7DA 2HTXA 125LA 1RJCB 1XEPA 2CJLA 233LA 4IATA 1L64A 4GBRB 126LA 1HEWA 3DMZA 2O4WA 4WG1A 5IELA 1CV3A 262LA 3TXEA 3K3TA 2D4JA 102LA 3OJPA 3DNAA 1BQLY 1B7LA 1LSMA 1LJIA 1OUAA 1L53A 1HNLA 1P2RA 2OE4X 1EQ4A 3RZ4A 256LA 2XBRA 4NGYA 5FCPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 6LYZ A;  1LZA A;  1GBY A;  1LGW A;  2F4G A;  1IWU A;  1XGT C;  4R0F A;  1C6D A;  210L A;  5KY1 A;  1DYA A;  1T6V L;  1CV4 A;  5APE A;  4OW1 A;  2RBN A;  4I7R A;  240L A;  1GF0 A;  1GE1 A;  245L A;  138L A;  1KXX A;  1T8A A;  1GEV A;  4EXM A;  1LHI A;  1DYD A;  5I53 A;  4G49 A;  3N9A A;  111L A;  4LT0 A;  2B6Z A;  5F16 A;  184L A;  2BQD A;  3D9A C;  1GDW A;  144L A;  1L63 A;  5KKJ A;  1RFP A;  3AW6 A;  1ZV5 L;  1JQU A;  2A7F A;  1F6R A;  5IDD A;  1JIS A;  189L A;  4NIJ A;  248L A;  3OE0 A;  4GCD A;  5LZM A;  141L A;  1HHL A;  1LZ8 A;  2HEC A;  3HBD A;  4H93 A;  3HDF A;  2G4P A;  5APF A;  3C82 A;  1GE2 A;  1QUD A;  1C69 A;  1REM A;  1CUP A;  5KXO A;  1AKI A;  193L A;  4YX7 C;  4NGO A;  3KAM A;  260L A;  1HEM A;  2G4N A;  1OV7 A;  1P37 A;  1VFB C;  1LZG A;  1NQI A;  4LT3 A;  198L A;  1L08 A;  2Q9E A;  3LZ2 A;  1JJ0 A;  3G3B B;  3CDT A;  1LJF A;  1OYU A;  1CTW A;  190L A;  1XFP L;  5DN4 A;  167L A;  1L47 A;  1LYG A;  3G3X A;  4W57 A;  5A3E A;  1JJ3 A;  2D4K A;  1LZC A;  4NSJ A;  1TLA A;  4GCF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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