4I7LA

T4 lysozyme l99a/m102h with phenol bound
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
176
structure length
176
Chain Sequence
IPTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 66
structure length 176
sequence length 176
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7lA00
1LI3A 152LA 4ARPA 1L28A 1C6DA 1L08A 1L15A 1XEPA 211LA 3D4SA 3GUMA 128LA 1G0JA 1B6IA 3QAKA 3PDSA 1L95A 1DYEA 4I7SA 3SBBC 2OE7X 1L02A 1L48A 3G3WA 225LA 2Z6BA 2OU9A 196LA 1ZURA 3C7ZA 1L85A 1QTDA 4K5YA 1L38A 4W57A 189LA 131LA 1C6NA 1L64A 4W59A 1QT8A 3GUPA 1P36A 3HDFA 1L45A 1L46A 1LGXA 1DYDA 1QT6A 1SX7A 1T8GA 2O4WA 1T97A 1QTBA 1L30A 1OWZA 3C8SA 4EXMA 198LA 1L72A 249LA 1DYGA 1L52A 1L51A 1G0QA 113LA 227LA 185LA 110LA 1CU6A 1L65A 4LDEA 4EKQA 1QT7A 125LA 1L20A 1L86A 156LA 1LYJA 239LA 1L36A 2ANXA 1CV3A 1SSYA 1L55A 1C60A 1QS5A 1CVKA 147LA 109LA 1L39A 126LA 1QUHA 260LA 1QUDA 215LA 231LA 232LA 1KW5A 1OYUA 3GULA 4DJHA 6LZMA 1DYCA 149LA 256LA 191LA 243LA 3F9LA 1L16A 1L57A 1L19A 3DMVA 1P3NA 1G07A 1L91A 1PQIA 1C69A 1L98A 199LA 170LA 1PQOA 3V2YA 1L0JA 1QTZA 3FADA 1L97A 1L58A 1P56A 1G0KA 242LA 3HU8A 4I7QA 219LA 2LCBA 4IAPA 205LA 2B6ZA 3HH3A 1C6LA 2RH1A 1LYFA 3C8RA 1L99A 1P2RA 173LA 1D3JA 138LA 1QSQA 4GBRB 192LA 2RBPA 2RBQA 1P6YA 1PQJA 4EKRA 1L74A 209LA 1L50A 2B74A 1L24A 233LA 1C64A 237LA 2OE4X 1PQMA 123LA 3SB6A 216LA 4W56A 1L56A 3HT8A 143LA 1L44A 1OV5A 2NTGA 1LYHA 2OE9X 248LA 1L26A 1C6QA 2RB0X 175LA 2B6TA 3SBAA 1CX6A 238LA 2F47A 144LA 1L25A 3JR6A 258LA 234LA 4I7LA 4ARQB 2Q9DA 1LYGA 3OE9A 3HUQA 3DN6A 1CUQA 1L34A 1L94A 2NTHA 3PBLA 1QT3A 162LA 4LDLA 2B7XA 188LA 2RAYX 4AQNA 1SWYA 1LWKA 1L31A 1CV5A 115LA 1L75A 3CDRA 4I7JA 1ZWNA 2O79A 1L67A 1L47A 201LA 1L27A 1P37A 1CU2A 3EMLA 2OU8A 4EJ4A 3NY8A 195LA 1L69A 3HTDA 1JTMA 1JQUA 1L89A 1CUPA 1L23A 104LA 1QT5A 3K2RA 118LA 155LA 1L81A 4YXAC 3HTBA 3HH5A 2HUKA 3C7YA 186LA 146LA 1C65A 4ARMB 150LA 4W58A 1OVHA 224LA 3C8QA 1L87A 2RBOA 1L88A 1P2LA 218LA 1OVKA 1D2WA 1I6SA 1L77A 4I7PA 3DN0A 1LLHA 1OVJA 137LA 120LA 2B73A 246LA 102LA 178LA 1L10A 2OU0X 2OTZX 2CUUA 3SB7A 119LA 1C6FA 1LW9A 1EPYA 221LA 176LA 140LA 1D9WA 3CDVA 1ZYTA 1JTNA 1CX7A 1C6HA 3DN2A 2F2QA 183LA 1QTCA 1L32A 2HUMA 228LA 3RZEA 222LA 1G0PA 4LDOA 4W51A 1K28A 4I7MA 167LA 2HULA 1L68A 139LA 4I7TA 1L49A 1L07A 1CV0A 1LGWA 255LA 206LA 1CU5A 3SB9A 168LA 1L18A 2B6YA 2RBNA 1L12A 177LA 197LA 1CTWA 2RB1X 4YX7C 169LA 1NHBA 247LA 2F32A 1C6PA 187LA 1G0MA 4EPFA 141LA 1LWGA 1C6IA 2B6XA 1LYIA 3RUNA 1C6TA 1XJUA 1LI2A 3DMZA 223LA 4LZMA 226LA 3HT6A 1QT4A 1C66A 3SB5A 3NYAA 3VW7A 1P46A 1L71A 1CU3A 2A4TA 157LA 4DKLA 4ARLA 3HH4A 2OTYX 3G3VA 1WTHA 1XJTA 1C6CA 240LA 4W52A 1L62A 1T6HA 1QSBA 3NY9A 253LA 166LA 164LA 259LA 3FI5A 4I7KA 111LA 4ZPUA 4ARJA 1C6BA 1P5CA 108LA 1L73A 3OE0A 1KY0A 212LA 2IGCA 2B75A 145LA 2O7AA 3HUAA 1L84A 4I7OA 1LYEA 245LA 2Q9EA 1P64A 1SWZA 4S0WA 213LA 4EKPA 1L93A 165LA 151LA 3HUKA 3OE8A 122LA 4W53A 1L22A 5LZMA 257LA 4EPIA 3DMXA 172LA 220LA 235LA 3HT9A 3L2XA 250LA 103LA 1L03A 1P7SA 160LA 1G0LA 3C81A 3DN1A 1L96A 1L0KA 2LZMA 3SB8A 1G06A 1KY1A 1L17A 3DN3A 2L78A 3HH6A 1L60A 148LE 4I7RA 4EKSA 1CV6A 1L70A 127LA 1SSWA 3L64A 1C61A 1L37A 1L63A 2RBRA 3V2WA 3C7WA 3HWLA 1CV1A 1L42A 3CDQA 1L13A 3HU9A 3DKEX 112LA 1L21A 1QS9A 2RAZX 3FA0A 182LA 4ARQA 244LA 1CU0A 174LA 3C82A 1L14A 4YXCA 3C83A 2QB0B 1L53A 4PJZA 217LA 3HTFA 1L35A 229LA 1L43A 181LA 2OEAX 3GUJA 158LA 1L83A 1L11A 1LYDA 114LA 262LA 210LA 3DNAA 4DAJA 1KNIA 1L04A 1T8AA 1D3MA 3CDOA 1C68A 1L90A 1PQDA 2QARC 1D2YA 1QUGA 2B6WA 1LI6A 1L92A 3GUNA 1L33A 3LZMA 1LGUA 7LZMA 159LA 1OWYA 161LA 4ARMA 1C6EA 4W54A 1C6JA 5I14A 254LA 1C6GA 1L01A 3GUIA 1T8FA 3GUOA 1L29A 1C6AA 1KW7A 1L00A 1DYAA 1C6MA 241LA 184LA 1L66A 1L06A 107LA 3OE6A 3GUKA 3DN8A 2RB2X 252LA 2RBSA 1SX2A 3F8VA 129LA 236LA 1PQKA 251LA 163LA 3SN6R 4I7NA 1DYFA 142LA 1G1VA 2B72A 2B70A 200LA 1CV4A 1C6KA 1L40A 1QUOA 1OV7A 1TLAA 4OO9A 1L05A 3HTGA 1KS3A 261LA 4E97A 1C63A 1G0GA 3DN4A 1L76A 3G3XA 3ODUA 1L59A 1L79A 1QTHA 1QTVA 4GRVA 3C80A 3HDEA 1C62A 1C67A 1DYBA 1L80A 230LA 1G1WA 1L82A 3HT7A 1D3NA 190LA 4PK0A 1D3FA 1L61A 3CDTA 1L41A 1L09A 1L54A 171LA 130LA 180LA 214LA 2LC9A 4W55A 1LPYA 3UONA 2ANVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6DA 1LZ4A 1IC4Y 1L15A 211LA 3GUMA 1LSAA 1B6IA 3SBBC 1B5XA 1RFPA 4NFVA 1HEQA 1LZ6A 194LA 4CGEA 4YM8A 3AYQA 1ZURA 1QTDA 1V7SA 2DQEY 4I0CA 4GCEA 3WPJA 131LA 3GUPA 2HEFA 2YBJA 2LYOA 1YKYX 1TEWA 1RJCB 1LMNA 1CKCA 113LA 1IY4A 1LZGA 5B05A 2FYDA 4HTNA 1DI5A 2YDGA 239LA 4IASA 1PZYA 1SSYA 1C60A 147LA 5C6LA 260LA 126LA 1E8LA 4ETBA 2ZWBA 4UWNA 1GBWA 1OYUA 4DJHA 149LA 243LA 1HSXA 1L16A 4H9BA 3DMVA 1NQIA 2BLYA 1W6ZA 1PQIA 170LA 1H87A 2B5ZA 2I25L 4GN3A 4FJRA 1QTZA 3FADA 1UCOA 1VDTA 219LA 1IR9A 2XBSA 5F16A 3HH3A 4C5FA 2XQOA 1LYFA 3C8RA 2DQAA 1GFJA 1L99A 1LZAA 4WM6A 5B1GA 4X3BA 1JKCA 1P2RA 173LA 1B9OA 1GBSA 1GF4A 1LHMA 138LA 1QSQA 4GBRB 1LOZA 1JTTL 192LA 4H93A 4EKRA 4LFXA 1JJ1A 1L50A 2PC2A 1LAAA 3SB6A 5E9RA 4W56A 1L56A 3TXHA 3T36A 1L44A 2OE9X 1NMMA 3AGHA 5J7CA 5B59A 1EQ5A 2RB0X 2YSSC 5HMJA 2B6TA 2W1MA 3SBAA 4NHTA 238LA 2F47A 144LA 1L25A 1VDPA 3JR6A 5I4YA 1IR8A 1F10A 4NG8A 1NF5A 3DN6A 4FDYA 1L94A 1QT3A 1LSFA 162LA 3WMKA 115LA 1GBOA 4WG7A 2O79A 1LZSA 1L47A 2FYCA 1LHKA 5C6JA 2MEFA 1JQUA 4H9IA 1L89A 2RSCA 1QT5A 1JWRA 155LA 2F2NA 5T3FA 3HH5A 2HUKA 1C65A 146LA 4WL7A 5KXRA 4PGJB 3CQLA 1L87A 3CSRA 1L88A 3SP3A 218LA 1N4FA 1B7MA 120LA 2OU0X 3W6EA 5A3EA 4XJIA 4EMNA 2MEDA 221LA 1GD6A 1HMLA 1LJFA 1D9WA 8LYZA 1C6HA 1LKSA 1HHLA 4M6DA 2FBDA 3RU5A 2HUMA 4OWCA 3HBDA 1OUDA 1CJ9A 4KL7A 1LPIA 1XGPC 4G4CA 1K28A 167LA 1CU5A 1IC5Y 4CFPA 4G4HA 1CTWA 5HMVA 1GB5A 1G0MA 3TMVA 4NGKA 1XFPL 4YF2A 3OK0A 1XJUA 5KXLA 3B72A 226LA 3HT6A 4LT3A 3NYAA 1IP7A 2LYMA 2CJLA 4XJBA 4QDNA 157LA 1GB3A 4NY5A 1B5ZA 3G3VA 2ZIJA 4WM2A 5APFA 4TSBA 1GAZA 3F6ZA 259LA 1WQQA 1DI4A 111LA 4NGYA 1C6BA 3OE0A 2IGCA 3D9AC 5DM9A 3W6FA 3TMXA 2Z39A 2Q9EA 1LZ9A 1P64A 4UWUA 4EKPA 1L93A 3HUKA 4IATA 3OE8A 3WUAA 3DMXA 1JITA 2ZYPA 1AT5A 3L2XA 1P7SA 160LA 5F14A 1G0LA 2LZMA 5HLLA 1G06A 3M18B 1LJJA 1IP3A 3DN3A 4GLAA 1UIEA 2H9KA 4I7RA 3RT5X 1SSWA 1OUHA 3L64A 1L37A 3A67Y 3C7WA 1L42A 4P2EA 3HU9A 2W1LA 1GHLA 1QS9A 2RAZX 3FA0A 182LA 4ARQA 1CU0A 4CJ2A 3C82A 1L14A 3C83A 3ZVQA 4Z98A 1IOTA 5II3A 4BAPA 4XJHA 5KKJA 1MELL 1C45A 5EBHA 1L04A 1D3MA 2ZILA 3TXBA 4B1AA 1D2YA 1JSEA 2XTHA 1LI6A 1BVXA 1L33A 4NHQA 1LGUA 2H5ZA 1LSYA 254LA 1XGRC 1C6GA 2DQDY 3WUMA 4DQ7A 3GUOA 4LYTA 4G9SA 4GCBA 1C6MA 4N8ZA 3OE6A 1SX2A 4TX7A 4DD0A 4LT2A 5FSTA 3SN6R 1LHHA 1BB7A 4QY9A 1G1VA 5KXNA 1GBXA 1TLAA 4OO9A 2F30A 1C63A 1ALCA 1GFRA 4DQ5A 3T6UA 1FDLY 1IWWA 2BQLA 1C62A 3A93A 3HT7A 4ETCA 4PK0A 2CDSA 1IR7A 2LC9A 1CNSA 5L3IA 180LA 214LA 1LPYA 4BS7A 1LI3A 4ARPA 4NGOA 3D4SA 1A4VA 1BB5A 1KIPC 1L95A 4I7SA 3CT0A 1WQMA 1DZBX 2BQKA 2BQHA 3G3WA 2Z6BA 4KPMA 1NKHA 3EXDA 4W57A 4NHSA 1QDTA 4W59A 1JPOA 1L45A 1QT6A 2O4WA 5I54A 5L3HA 1OWZA 3GXKA 4W94A 5HNLA 198LA 3J4GA 1L52A 2A7DA 3P4ZA 1G0QA 4LDEA 4PRQA 4EKQA 1L65A 1LSNA 1V7TA 3WPLA 4QEQA 1LZDA 3AW7A 1LZ1A 5E4PA 1ZMYL 4GCCA 4NGJA 1LTMA 1JEFA 1UIHA 1QUHA 4WL6A 4WLTA 1HFZA 5FDJA 215LA 1GEZA 1KW5A 1B5UA 1DYCA 3TXDA 4WO6A 191LA 1OUJA 1L57A 1L19A 1P3NA 1GFKA 4DD7A 1C69A 4HPEA 1L98A 7LYZA 3V2YA 3HFMY 2FBBA 1L0JA 3LYMA 1LMOA 1L97A 1P56A 242LA 205LA 1JIYA 1LSEA 1C6LA 2RH1A 4IJ4A 2BQEA 3KAMA 3QE8A 3W3EA 3A3QA 1B7RA 1PQJA 2B74A 1UBZA 237LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6D A;  1LZ4 A;  1IC4 Y;  1L15 A;  211L A;  3GUM A;  1LSA A;  1B6I A;  3SBB C;  1B5X A;  1RFP A;  4NFV A;  1HEQ A;  1LZ6 A;  194L A;  4CGE A;  4YM8 A;  3AYQ A;  1ZUR A;  1QTD A;  1V7S A;  2DQE Y;  4I0C A;  4GCE A;  3WPJ A;  131L A;  3GUP A;  2HEF A;  2YBJ A;  2LYO A;  1YKY X;  1TEW A;  1RJC B;  1LMN A;  1CKC A;  113L A;  1IY4 A;  1LZG A;  5B05 A;  2FYD A;  4HTN A;  1DI5 A;  2YDG A;  239L A;  4IAS A;  1PZY A;  1SSY A;  1C60 A;  147L A;  5C6L A;  260L A;  126L A;  1E8L A;  4ETB A;  2ZWB A;  4UWN A;  1GBW A;  1OYU A;  4DJH A;  149L A;  243L A;  1HSX A;  1L16 A;  4H9B A;  3DMV A;  1NQI A;  2BLY A;  1W6Z A;  1PQI A;  170L A;  1H87 A;  2B5Z A;  2I25 L;  4GN3 A;  4FJR A;  1QTZ A;  3FAD A;  1UCO A;  1VDT A;  219L A;  1IR9 A;  2XBS A;  5F16 A;  3HH3 A;  4C5F A;  2XQO A;  1LYF A;  3C8R A;  2DQA A;  1GFJ A;  1L99 A;  1LZA A;  4WM6 A;  5B1G A;  4X3B A;  1JKC A;  1P2R A;  173L A;  1B9O A;  1GBS A;  1GF4 A;  1LHM A;  138L A;  1QSQ A;  4GBR B;  1LOZ A;  1JTT L;  192L A;  4H93 A;  4EKR A;  4LFX A;  1JJ1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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