4I7OA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-amino-5-chlorothiazole bound
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7oA00
1L67A 104LA 1JTNA 4DKLA 3HTGA 1L58A 3HUKA 2B73A 2RAZX 4PJZA 3SN6R 1L68A 2O79A 3D4SA 1L52A 254LA 262LA 2RB0X 3F9LA 1L90A 1LYHA 3DN2A 1QTVA 1L61A 1L46A 184LA 1P36A 4W58A 138LA 3SB8A 198LA 3GUJA 190LA 1LYJA 1L79A 1D2YA 3LZMA 3OE9A 1OWZA 1XEPA 225LA 241LA 2RBNA 1L43A 1L40A 1L99A 1OYUA 3HTDA 4ARMA 1G0LA 1CU5A 3FA0A 1C62A 3HH5A 212LA 206LA 5I14A 111LA 219LA 3DMZA 1L88A 1DYEA 2RAYX 1C66A 2F47A 1C6LA 4I7JA 1CV1A 4PK0A 2LC9A 2RB2X 1L30A 4LZMA 1OVKA 3G3WA 243LA 3HH6A 1OVHA 253LA 1D3FA 1L42A 1L83A 258LA 3DMVA 3DN3A 1L76A 1L28A 1G06A 1L11A 3HT8A 1C60A 147LA 1LYEA 1SWYA 214LA 3DMXA 1L20A 158LA 237LA 3HTFA 210LA 3GUMA 161LA 222LA 3L2XA 4W52A 1P3NA 1QTHA 140LA 126LA 1L89A 1L95A 1DYDA 149LA 1OV7A 1L24A 244LA 2Z6BA 1L23A 4ARMB 1QT7A 1QT8A 1QT6A 125LA 3CDVA 1L82A 249LA 1L33A 1L0JA 1L62A 2F32A 3G3VA 1L15A 2B6ZA 109LA 1CU0A 1ZYTA 1L0KA 257LA 1QUDA 1L35A 1QUGA 192LA 2NTHA 4ARJA 1PQJA 180LA 4ZPUA 1D3NA 1P7SA 1K28A 1OVJA 1G0GA 3NYAA 4DAJA 1L36A 178LA 1QT4A 1CTWA 1C6GA 1L50A 3GUKA 4I7LA 4W59A 200LA 245LA 2B6YA 3GUIA 1L41A 1T8FA 2NTGA 195LA 3JR6A 3QAKA 3SB7A 1L47A 233LA 4DJHA 6LZMA 1G0PA 2RH1A 1CV3A 1L86A 170LA 2B7XA 1L84A 2RBSA 205LA 114LA 1C6MA 1P64A 165LA 156LA 255LA 1ZURA 1JTMA 1QT5A 1QS5A 1C67A 174LA 151LA 1SSYA 3C8RA 228LA 3FI5A 175LA 1C6HA 2RBQA 3FADA 1L17A 2RBPA 3DN8A 173LA 239LA 4I7KA 1LYIA 2L78A 1C6BA 1CVKA 1L92A 3UONA 1C6PA 146LA 155LA 168LA 3OE6A 2HULA 3DN0A 3DN1A 246LA 4IAPA 2ANXA 250LA 3HH3A 3RZEA 4W54A 3V2WA 1L48A 123LA 227LA 1L85A 1KW7A 1L93A 1C61A 4ARQA 2QARC 230LA 1LLHA 1L06A 2RB1X 1L39A 1SSWA 211LA 1P46A 201LA 142LA 238LA 4W57A 181LA 2IGCA 4EJ4A 4OO9A 1L69A 1D2WA 1C68A 1T8GA 110LA 1D3MA 216LA 2F2QA 1G0MA 1L02A 1CV4A 2QB0B 3EMLA 113LA 1LWGA 3HU8A 2O7AA 3CDTA 261LA 3GULA 130LA 187LA 1L12A 1G0KA 2ANVA 3SBAA 226LA 1DYAA 1LYDA 1L81A 127LA 2Q9EA 260LA 1D3JA 4I7MA 3SB6A 1L64A 1L98A 4YXAC 1KY0A 3C7ZA 4EKQA 1CX7A 1PQIA 4EXMA 3HDEA 3HH4A 108LA 172LA 1L08A 256LA 3F8VA 209LA 1CU6A 1L32A 196LA 1NHBA 3SB5A 183LA 4I7TA 1KY1A 4YXCA 1L51A 1L01A 1L13A 143LA 3DN4A 1L19A 4I7SA 1C6JA 2B75A 4ARQB 1L07A 4K5YA 1L75A 103LA 1C6CA 1ZWNA 1DYGA 224LA 167LA 232LA 218LA 3SBBC 3C8QA 1OWYA 1QS9A 1LI2A 182LA 1D9WA 3C8SA 177LA 3GUNA 4ARLA 2LZMA 1T8AA 118LA 1L25A 4W56A 162LA 1L72A 236LA 3SB9A 1L73A 4ARPA 1C6NA 1L38A 1L27A 240LA 1L10A 2RBOA 3HT7A 191LA 3VW7A 3NY8A 164LA 2B74A 1C65A 169LA 1DYFA 1L71A 1LYFA 1C64A 1L26A 1QUOA 3HUAA 4LDOA 128LA 4LDLA 1SWZA 3OE8A 1C6IA 3OE0A 3PBLA 4I7NA 1CV6A 1LW9A 229LA 3CDOA 107LA 186LA 1P6YA 1CU3A 112LA 1C6QA 1LGWA 1L57A 1QT3A 4I7QA 188LA 217LA 2B70A 1L59A 1SX2A 3C81A 3DKEX 5LZMA 2Q9DA 2OEAX 3C7YA 1QTCA 1P2LA 4AQNA 197LA 1PQMA 4EPIA 120LA 1LPYA 1CX6A 2B6XA 115LA 2B72A 176LA 139LA 1LWKA 242LA 1PQKA 1KS3A 2B6WA 223LA 4I7OA 4EKPA 1PQOA 251LA 1L04A 4EKRA 1QTDA 1C6AA 1L49A 1JQUA 1L05A 1L55A 1KW5A 1P2RA 1L21A 3PDSA 1B6IA 1SX7A 2OE7X 1CUQA 1C6TA 3RUNA 157LA 1DYBA 3G3XA 1QSQA 1C69A 1L37A 1QTBA 4E97A 3DN6A 1LI6A 1EPYA 148LE 1LYGA 1WTHA 1LI3A 1I6SA 1P5CA 1QUHA 3C83A 131LA 3V2YA 2OU0X 1L44A 3GUOA 1L77A 1CU2A 2LCBA 2OE9X 1L09A 235LA 213LA 3HTBA 7LZMA 1T6HA 1L54A 4GBRB 150LA 1L91A 3NY9A 1C6FA 1DYCA 1L66A 1L63A 1CV5A 231LA 4W51A 220LA 1XJUA 2HUMA 1CUPA 2HUKA 1G0JA 2A4TA 3L64A 1L14A 2OU9A 1L45A 1G0QA 1QTZA 3HT6A 1L94A 2OE4X 252LA 2OU8A 2OTZX 1L56A 3CDQA 4GRVA 1L34A 3HDFA 1LGUA 1XJTA 1L87A 4EKSA 1LGXA 1C6KA 1OV5A 119LA 2OTYX 1L96A 1L70A 1L16A 159LA 1TLAA 1L74A 4W53A 4W55A 1L03A 1L60A 1KNIA 259LA 1T97A 141LA 1L00A 1L80A 3C7WA 1L29A 1G1WA 1L18A 102LA 122LA 1P37A 2RBRA 163LA 3GUPA 166LA 4LDEA 1P56A 144LA 248LA 221LA 1L97A 2O4WA 1L53A 1C6EA 1QSBA 3K2RA 215LA 4I7RA 1C63A 3HT9A 1L22A 2B6TA 3HU9A 1L31A 4YX7C 1G07A 129LA 152LA 3C82A 2CUUA 160LA 3C80A 3HWLA 1G1VA 4I7PA 3DNAA 137LA 171LA 185LA 3HUQA 1C6DA 145LA 1L65A 1CV0A 234LA 189LA 4EPFA 247LA 3ODUA 1PQDA 4S0WA 3CDRA 199LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
104LA 1JTNA 2BQLA 4DKLA 3HTGA 3HUKA 1YAOA 4G4HA 1IWZA 1LJIA 3D4SA 1L52A 2RB0X 3A96A 1L90A 4H92A 1GE2A 1LYHA 1LZNA 3DN2A 1B7PA 1L61A 184LA 4PHIA 1VAUA 2BQBA 193LA 5HNLA 3OE9A 1D2YA 1OWZA 1XEPA 4H9EA 1LCNA 1L99A 4ARMA 4WL7A 1QDRA 1KXYA 3HH5A 3WVYA 1C10A 111LA 4DDCA 3DMZA 4DQ5A 5I4YA 1D0MA 2DKVA 1VDTA 1UIAA 4PK0A 3F6ZA 1DPXA 1OUEA 243LA 154LA 1AZFA 3TMVA 3DN3A 1L28A 1G06A 1GWDA 3HT8A 5LVGA 214LA 3DMXA 1L20A 3HTFA 1UIEA 4NSIA 4U3XB 1J1PY 222LA 3J4GA 1QTHA 2FBDA 140LA 3TXIA 4QY9A 1L24A 1UACY 1L23A 4ARMB 3CQLA 1QT8A 1QT6A 1G7MC 5C6JA 3CDVA 2F32A 3G3VA 1GFRA 4MSTA 1IC5Y 2B6ZA 1L0KA 5LINA 1FKVA 4H9BA 1XSFA 3CSRA 1VFBC 1PQJA 4ZPUA 4WO6A 5LVHA 1LZ8A 4XJDA 3W6BA 1G0GA 3KAMA 3NYAA 5F14A 1NDMC 1QTKA 1L36A 4LYOA 5D5CA 1QT4A 1CTWA 4OWHA 4I7LA 2A7DA 3QAKA 1LJHA 4DJHA 1D9UA 1CV3A 1ZMYL 4HPIA 3AZ6A 2MEIA 2B7XA 2RBSA 1GFHA 3N9CA 1JTOL 1LJKA 5HMVA 1SSYA 4GCBA 4N8ZA 5C6IA 4MCKA 1GF4A 1GFJA 1L17A 1VDPA 4I7KA 4B4EA 1GE4A 4IAPA 3LYMA 1LMNA 2YSSC 250LA 2Z12A 1IY3A 3HH3A 4X3BA 3RZEA 4NGLA 1G7JC 2DQIY 5C6LA 1LZBA 1JSFA 4ARQA 2MEFA 1L06A 5LYZA 1P46A 4XN6A 238LA 4LYZA 4TSCA 4ZIXA 135LA 1GBXA 1GFAA 1D2WA 216LA 1B7MA 1D3MA 4CJ2A 1L02A 3OK0A 2O7AA 261LA 187LA 1G0KA 1QUSA 2HU1A 3CT5A 5L3IA 1DYAA 5F81A 2Q9EA 4H8ZA 3SB6A 3B0KA 1LZ4A 4YXAC 1WQQA 1LSZA 172LA 3T36A 2LYOA 4I7TA 1KY1A 5DN5A 5LA5A 1L13A 4UWVA 3DN4A 1YAPA 2BPUA 4I7SA 2B75A 1JSEA 4ARQB 2YVBA 1LSEA 1DYGA 232LA 4H9AA 1JKBA 5KXXA 182LA 2Z18A 3GUNA 1I20A 1L25A 1TAYA 1LJ3A 1DKKA 3LN2A 1C6NA 1EL1A 1L38A 240LA 1IP6A 4GLAA 3OJPA 3VW7A 3QY4A 164LA 3TXHA 3TXDA 5B1GA 4ETAA 1DYFA 1C64A 2DQAA 1N4FA 1WQMA 1SWZA 1LSBA 1CV6A 229LA 1DI5A 3CDOA 4ML7A 107LA 1UIDA 186LA 4NGWA 1YL0X 1WQRA 2PC2A 1QT3A 1GB7A 1JJ3A 1L59A 3DKEX 4I8SA 5LAFA 197LA 2LYMA 2B5ZA 3G3AB 1IC4Y 1GB3A 4CHXA 120LA 3ATNA 1LPYA 2BLXA 4DD2A 5KKJA 4PRUA 4H93A 139LA 1LWKA 3ATOA 223LA 1L04A 4FDYA 4EKRA 5B06A 1SLYA 4I0CA 1L55A 1DPWA 1L21A 3PDSA 1IOSA 1LJGA 4G4BA 4GN5C 3G3XA 4WM2A 1QTBA 1F0WA 1LHKA 1LYGA 5EBHA 4IJ4A 1W6ZA 1B7LA 1CU2A 4XJIA 1L09A 213LA 5DL9A 1DQJC 1L54A 1B5UA 3WXTA 5DN4A 2BQOA 1L66A 1L63A 1CV5A 2IFFY 3QNGA 220LA 1XJUA 5FHWA 2G4NA 2HUMA 1HENA 1L14A 1G0QA 2Z2EA 5I53A 1L94A 1IVMA 5HNCA 3CB7A 1L56A 4YM8A 4GRVA 2BQMA 3W6AA 2CDSA 1YQVY 1GDWA 1LGXA 1C6KA 1TLAA 1L74A 1L03A 1L60A 1V7SA 1CKDA 1BWIA 1LHHA 1D6PA 2F30A 3WUAA 1FDLY 1LMCA 1LMOA 4DT3A 132LA 1OUJA 2YBLA 1G1WA 102LA 2RBRA 1CNSA 1D0KA 1Z55A 3GUPA 1P56A 3LYOA 1L53A 1QIOA 3CSZA 1FN5A 2Q0MX 2F2NA 215LA 4I7RA 1GEVA 1JTPL 4B1AA 1IP5A 1G07A 3GXRA 129LA 3C82A 160LA 1G1VA 4KPMA 4ZFPA 137LA 185LA 3HUQA 145LA 1L65A 153LA 4GCCA 5LIOA 2FYCA 1NMMA 4S0WA 1L67A 1NBYC 1NHEA 1GF7A 1UIGA 2BQNA 4GN4A 2C8PA 4PJZA 2XTHA 3D9AC 2O79A 1REXA 4A7DA 1SQ2L 3F9LA 5HLLA 1JEFA 1LHLA 1QTVA 1L46A 3K3TA 5DLAA 4Z3MA 133LA 3SB8A 3LZTA 198LA 4WMGA 4C5FA 2YBHA 1JKAA 1FLYA 5APFA 2Z37A 1IOQA 2CWIA 241LA 2RBNA 3WU9A 1L40A 1OYUA 4H8YA 4RDSA 1CU5A 3AGGG 207LA 1IP7A 5I14A 1XEKA 1L88A 4DQ7A 2RAYX 1IY4A 1BGIA 2F47A 1C6LA 1CV1A 3IJUA 4B49A 1G7HC 2LC9A 1L30A 1OVKA 2FBBA 253LA 1D3FA 2W1LA 1L42A 1L76A 1FLUA 147LA 1LYEA 1GFEA 1LHMA 3BKHA 1F10A 3AW7A 1GB0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 104L A;  1JTN A;  2BQL A;  4DKL A;  3HTG A;  3HUK A;  1YAO A;  4G4H A;  1IWZ A;  1LJI A;  3D4S A;  1L52 A;  2RB0 X;  3A96 A;  1L90 A;  4H92 A;  1GE2 A;  1LYH A;  1LZN A;  3DN2 A;  1B7P A;  1L61 A;  184L A;  4PHI A;  1VAU A;  2BQB A;  193L A;  5HNL A;  3OE9 A;  1D2Y A;  1OWZ A;  1XEP A;  4H9E A;  1LCN A;  1L99 A;  4ARM A;  4WL7 A;  1QDR A;  1KXY A;  3HH5 A;  3WVY A;  1C10 A;  111L A;  4DDC A;  3DMZ A;  4DQ5 A;  5I4Y A;  1D0M A;  2DKV A;  1VDT A;  1UIA A;  4PK0 A;  3F6Z A;  1DPX A;  1OUE A;  243L A;  154L A;  1AZF A;  3TMV A;  3DN3 A;  1L28 A;  1G06 A;  1GWD A;  3HT8 A;  5LVG A;  214L A;  3DMX A;  1L20 A;  3HTF A;  1UIE A;  4NSI A;  4U3X B;  1J1P Y;  222L A;  3J4G A;  1QTH A;  2FBD A;  140L A;  3TXI A;  4QY9 A;  1L24 A;  1UAC Y;  1L23 A;  4ARM B;  3CQL A;  1QT8 A;  1QT6 A;  1G7M C;  5C6J A;  3CDV A;  2F32 A;  3G3V A;  1GFR A;  4MST A;  1IC5 Y;  2B6Z A;  1L0K A;  5LIN A;  1FKV A;  4H9B A;  1XSF A;  3CSR A;  1VFB C;  1PQJ A;  4ZPU A;  4WO6 A;  5LVH A;  1LZ8 A;  4XJD A;  3W6B A;  1G0G A;  3KAM A; 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