4I7QA

T4 lysozyme l99a/m102h with 4-trifluoromethylimidazole bound
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7qA00
4ARQA 2RBQA 3SN6R 175LA 1T8FA 174LA 107LA 1L09A 246LA 3HH5A 170LA 1L16A 1D3MA 1T6HA 1EPYA 1L94A 1P2LA 2O7AA 1L51A 1L63A 252LA 1DYEA 2OE9X 1L30A 226LA 1L59A 3C7YA 3HH6A 3HH3A 3FA0A 162LA 119LA 1TLAA 3SBAA 3PBLA 3HUAA 1L31A 1P7SA 4GBRB 1DYFA 4S0WA 191LA 2NTHA 4ARMA 1LYIA 2OE7X 1C6CA 1CU6A 3CDTA 122LA 2OE4X 3D4SA 1LW9A 131LA 3GUKA 1QS9A 1QT3A 127LA 2OEAX 1G0MA 3HH4A 196LA 2QARC 1L22A 113LA 1QUDA 1L20A 1G0JA 1L55A 147LA 102LA 2HULA 129LA 1B6IA 3HTDA 1L05A 111LA 120LA 1QT8A 138LA 4W56A 1JTMA 248LA 1C6TA 2Q9EA 3HUQA 3SB7A 4I7SA 1L50A 1G0GA 1CUQA 3HT7A 1D2WA 161LA 1PQMA 2RAZX 1D3FA 126LA 4W57A 4LDOA 3F8VA 1L38A 258LA 3SB5A 1L91A 3L64A 1L28A 1C60A 2B6WA 256LA 1LYJA 103LA 229LA 3OE9A 1D9WA 1L42A 5LZMA 235LA 1OVKA 212LA 1QTVA 1CV4A 1LYEA 2RBRA 141LA 233LA 184LA 3GUMA 224LA 242LA 3V2YA 1T8AA 3HTFA 3GULA 4DAJA 2B6XA 1OYUA 1P46A 130LA 185LA 2RBPA 1L74A 1QTDA 1WTHA 1L48A 2RBSA 1OVJA 3DNAA 1L58A 155LA 1L00A 262LA 148LE 1CU5A 1C6KA 1L26A 1ZYTA 227LA 139LA 201LA 3OE6A 247LA 1CUPA 3DN1A 254LA 1L07A 4ARJA 1L06A 1OV5A 140LA 3SB9A 3HT6A 4I7RA 3OE0A 1L57A 1LPYA 1C6FA 1L87A 2RB1X 3GUPA 3C8RA 1KW7A 241LA 230LA 181LA 1PQDA 251LA 228LA 1QSBA 1QUHA 1L73A 168LA 1L88A 1C65A 2B70A 218LA 1DYBA 4W54A 1L33A 4W53A 1C69A 1L68A 3NYAA 4YXCA 1L79A 1I6SA 1C6QA 1G07A 1L71A 1PQOA 1XJUA 223LA 1OWYA 1G0QA 3C8QA 4PK0A 1L54A 2HUMA 3CDOA 160LA 1L80A 3LZMA 220LA 180LA 250LA 1L11A 4EJ4A 216LA 221LA 3C81A 4W52A 225LA 125LA 3C7ZA 186LA 1L93A 3DN2A 1L56A 3PDSA 238LA 1CU3A 3F9LA 239LA 244LA 1G1WA 1SSWA 4I7NA 3DN8A 1L35A 1SWZA 4EPIA 4EXMA 1XEPA 152LA 1XJTA 4ARPA 1SX7A 3HTGA 128LA 197LA 3K2RA 2RB0X 2Z6BA 1QT6A 1L47A 2ANVA 1L13A 2F32A 3SB6A 3CDQA 1QUGA 260LA 3EMLA 1L96A 1QSQA 115LA 1LGXA 2CUUA 183LA 3HT9A 4DJHA 3C7WA 2B6ZA 213LA 189LA 1CU2A 1L72A 104LA 2HUKA 3SBBC 195LA 3HDEA 1DYCA 4W59A 1L08A 1L0KA 1L62A 2L78A 6LZMA 1L53A 1D2YA 2B74A 2B75A 1L75A 3C83A 3FI5A 1L12A 1L23A 1QTZA 151LA 4DKLA 7LZMA 1C61A 3DKEX 2OU0X 176LA 1QS5A 231LA 1LYDA 1L65A 1L43A 1C6IA 137LA 165LA 1CTWA 158LA 2NTGA 3GUJA 4EKRA 1C6PA 1KNIA 1L0JA 3G3XA 4YXAC 1C6NA 1L17A 188LA 3NY8A 1L83A 1L99A 1LI6A 143LA 236LA 1L49A 3DN4A 2RH1A 219LA 3DN3A 4OO9A 3CDRA 4ARLA 123LA 3DMVA 1JQUA 4EKQA 190LA 4ZPUA 1CV3A 1C64A 4W58A 1L15A 2O79A 167LA 1L39A 1C6DA 112LA 1P64A 3C80A 1LLHA 1L85A 1KS3A 2B73A 3L2XA 1L98A 1T8GA 1CVKA 2RBOA 1L69A 1G1VA 1KY1A 1L89A 163LA 173LA 144LA 1QTCA 3QAKA 4PJZA 2OU8A 4I7LA 3ODUA 3DMZA 177LA 1C6AA 4GRVA 2RAYX 3RZEA 2OTZX 1C67A 1QTHA 1C63A 210LA 2A4TA 214LA 2QB0B 1L19A 1L34A 1L95A 1P3NA 1C6BA 166LA 1L81A 1D3JA 1L45A 1ZWNA 3HDFA 3V2WA 1PQIA 1PQJA 1L10A 1L14A 1L84A 4I7OA 1G0KA 1L61A 1PQKA 1JTNA 1C6HA 1L40A 1DYAA 1LWGA 2O4WA 109LA 1CX7A 1L27A 1KW5A 253LA 1L77A 1OVHA 3DN6A 4W55A 217LA 222LA 3C82A 156LA 1CV0A 259LA 199LA 4I7QA 1G0LA 1CV5A 1C6LA 1LGUA 245LA 3HU9A 2ANXA 1LI2A 1L90A 3HU8A 237LA 257LA 1G0PA 1LWKA 3NY9A 2RB2X 1P56A 169LA 1L86A 1QUOA 4E97A 1C66A 1L76A 1L67A 192LA 243LA 1LGWA 3G3VA 187LA 1QTBA 3HT8A 164LA 4LZMA 1L64A 1QT5A 1C6JA 4I7MA 1P37A 4ARQB 1C68A 2B6TA 3UONA 1L46A 3FADA 2LZMA 3HTBA 1L70A 1L21A 4EKSA 108LA 182LA 1C6EA 4I7JA 171LA 1NHBA 1L18A 240LA 3HUKA 4YX7C 1P2RA 3OE8A 1L60A 1SWYA 1L29A 249LA 2LC9A 1G06A 198LA 4EKPA 1L02A 4I7TA 3CDVA 4LDLA 3SB8A 3VW7A 4IAPA 3DMXA 205LA 3HWLA 3C8SA 1L52A 1L01A 1QT4A 4ARMB 1L03A 1L66A 1L41A 1CU0A 1P5CA 200LA 3DN0A 1QT7A 110LA 211LA 2RBNA 2IGCA 1LYHA 1L97A 4I7PA 209LA 1L32A 4EPFA 1LYFA 215LA 232LA 255LA 1KY0A 118LA 1SSYA 1L36A 1L37A 172LA 206LA 4LDEA 150LA 3GUOA 1L24A 1T97A 178LA 2F47A 1CV1A 1L44A 1LYGA 1P6YA 146LA 3G3WA 157LA 1LI3A 2LCBA 142LA 5I14A 1P36A 1L92A 1C62A 2B6YA 4I7KA 4K5YA 2F2QA 2B72A 1K28A 1OWZA 1CX6A 1ZURA 1L25A 114LA 3GUNA 2OTYX 3RUNA 234LA 261LA 1C6MA 3JR6A 3GUIA 145LA 1SX2A 1DYGA 2OU9A 4W51A 4AQNA 1L82A 1C6GA 1OV7A 1CV6A 1D3NA 149LA 159LA 1DYDA 2Q9DA 2B7XA 1L04A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBQA 1LJFA 107LA 3HH5A 1GBYA 133LA 3RU5A 4WMGA 134LA 1L94A 5KXTA 2OE9X 4QDNA 4Z46A 1G7JC 226LA 1L59A 3C7YA 4NGJA 1GFKA 4DDAA 1G7HC 3FA0A 1TLAA 1WTMA 1OQMA 1HELA 4J0LA 3PBLA 2MEFA 3GXKA 3AZ4A 3IWRA 5KKIA 4S0WA 191LA 4NWEA 1C6CA 2HTXA 5DL9A 2LZ2A 5KXYA 2OE4X 3GUKA 1QT3A 4NGLA 2QARC 1L22A 1LMQA 1LJEA 1L20A 4C3WA 4HJYA 1GEZA 2EQLA 1HHLA 111LA 5K7OA 4WM5A 1CKHA 1B7MA 5LVKA 2BQDA 3P65A 3HUQA 3HT7A 1CUQA 4KL7A 4ZIXA 1LKSA 1E8LA 1LJKA 1LZAA 4H92A 1GAYA 5APFA 3SB5A 1GDWA 1GB5A 256LA 1LYJA 5LA5A 4ETAA 2D4IA 1L42A 1LHIA 235LA 1OVKA 5F9UA 4HTNA 5IHGA 5E4PA 1HEWA 141LA 1MLCE 1LYYA 1B0DA 5JENB 2W1YA 4DAJA 1P46A 1DPWA 1QTDA 2YBIA 3EBAB 2RBSA 4NGWA 1L58A 1VDQA 155LA 227LA 1B7RA 247LA 2Y8PA 3DN1A 1OV5A 3SB9A 1B5VA 1F6RA 1B5XA 1L57A 4DYGA 1IIZA 4YF2A 3GUPA 4HPIA 181LA 1IP5A 1PQDA 4G9SA 228LA 1IOSA 4EOFA 1LAAA 1L73A 3W6EA 4MR1A 1LSMA 5KJ9A 218LA 1LHMA 1HENA 1AT6A 4YXCA 1L79A 4CJ2A 1NDMC 1LMOA 1L54A 1REZA 1UIBA 3A91A 2DBTA 1QDRA 220LA 180LA 1VATA 250LA 3HBHA 5T3FA 3WU9A 2D91A 4EJ4A 4RW2A 2F2NA 3WPJA 221LA 4OOOA 4GLAA 4W52A 1AM7A 2XJWA 1OUAA 4CFPA 1CJ9A 3RZ4A 1L56A 1NBYC 1RCMA 5B07A 4NSHA 2AUBA 5KXLA 1UIGA 1SSWA 1QUTA 3LYZA 1L35A 1SWZA 3BKHA 1LZNA 3G3AB 1SX7A 1AKIA 1IY3A 2BQIA 2Q0MX 1QT6A 3SB6A 4H8XA 2G4QA 3CDQA 4H9EA 4H9CA 213LA 189LA 1TAYA 1C43A 5I4WA 1GB9A 6LZMA 1L53A 2B74A 1D0LA 1GFTA 1QTZA 5B06A 4H90A 1GBXA 1LHKA 1C61A 3AZ7A 1L43A 1C6IA 4NHTA 1IWYA 1OP9B 3GUJA 4L41A 1C6PA 4WLXA 4LT1A 1XGTC 4NG1A 1C6NA 2W1LA 4ET8A 1L83A 1LI6A 4WM4A 143LA 1L49A 1DKKA 1TEWA 1JITA 3CDRA 1OUDA 3DMVA 4WOAA 4LFXA 1C64A 1I56A 1L15A 3EO5A 1CKDA 3OK0A 1VDSA 3C80A 1C45A 2B5ZA 4HV1A 1QQYA 4N1CC 3LHMA 3A34A 4RLMA 173LA 2C8PA 1QTCA 3QAKA 3A3QA 5C6IA 3RT5X 3IJVA 4I7LA 3ODUA 5A3EA 1C6AA 4GRVA 2RAYX 1LJ3A 1QTHA 1GXXA 2A4TA 1MELL 2QB0B 1L34A 1IWUA 5KXMA 1QTEA 1C6BA 1L45A 2NWDX 2YBNA 3HDFA 4YM8A 4WLYA 4I7OA 4GN4A 1JKBA 4MSTA 1B7OA 253LA 1L77A 2DKVA 1DI3A 4C5FA 2I25L 1JPOA 222LA 1UBZA 156LA 259LA 199LA 1G0LA 1C6LA 245LA 2BQFA 3TXDA 3A95A 2W1MA 1QDTA 4CFOA 1L90A 237LA 257LA 2MEGA 1G0PA 169LA 1L86A 1QUOA 3AGGG 1XFPL 1GFGA 243LA 1CKCA 5M1YA 1C6JA 1C7PA 4I7MA 1C68A 1XEIA 1OUEA 2XQOA 3HTBA 4EKSA 4RDSA 171LA 1ALCA 2ZNWY 3HUKA 5F16A 1P2RA 3OE8A 1L60A 1SWYA 198LA 1WQPA 4NGKA 1IWXA 3SB8A 2MEEA 2G4NA 4HV2A 3HWLA 1QT4A 3LZTA 1L66A 3EXDA 1P5CA 4B1AA 4PHIA 3DN0A 4DD7A 1QSAA 3WPKA 1IWZA 3E3DA 3LYMA 3HFMY 3RNXA 4TX7A 1LYFA 232LA 118LA 1D6QA 4B49A 4PRQA 4LDEA 1H6MA 3GUOA 1L24A 2F47A 5LIOA 1W08A 3G3WA 1LI3A 2EIZC 5C6JA 1J1XY 4Z98A 2LHMA 1IP3A 3SP3A 1GD6A 2F2QA 4WO6A 1F10A 2B72A 1K28A 1JSFA 3WUAA 1ZURA 1UIEA 5APCA 1LPIA 1QSWA 3CSQA 3TXBA 1DYGA 5HMJA 1OV7A 1D3NA 159LA 3LYOA 2ZYPA 1C46A 1LSYA 1CNSA 1BWJA 4ARQA 3WW5A 2LZTA 2BQOA 2ZYCA 3SN6R 1GPQC 174LA 1T8FA 1L16A 3IJUA 4DD2A 3A93A 1D3MA 1L51A 252LA 1DYEA 1L30A 1GFEA 162LA 119LA 3SBAA 1LZDA 2OE7X 3ZEKA 1CU6A 1OUCA 1F6SA 3CDTA 1NDGC 5II3A 122LA 1LW9A 131LA 4WLDA 1LZ4A 1QS9A 2OEAX 1BHZA 3TXGA 1QUSA 1QUDA 1G0JA 1GBWA 129LA 4U3XB 1NBZC 8LYZA 2MEDA 3CT5A 120LA 138LA 248LA 1C6TA 3N9AA 5L9JA 1G0GA 1GFJA 1ZV5L 1PQMA 2RAZX 3G3BB 1LOZA 4AGAA 126LA 1IEEA 1TCYA 1GE2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RBQ A;  1LJF A;  107L A;  3HH5 A;  1GBY A;  133L A;  3RU5 A;  4WMG A;  134L A;  1L94 A;  5KXT A;  2OE9 X;  4QDN A;  4Z46 A;  1G7J C;  226L A;  1L59 A;  3C7Y A;  4NGJ A;  1GFK A;  4DDA A;  1G7H C;  3FA0 A;  1TLA A;  1WTM A;  1OQM A;  1HEL A;  4J0L A;  3PBL A;  2MEF A;  3GXK A;  3AZ4 A;  3IWR A;  5KKI A;  4S0W A;  191L A;  4NWE A;  1C6C A;  2HTX A;  5DL9 A;  2LZ2 A;  5KXY A;  2OE4 X;  3GUK A;  1QT3 A;  4NGL A;  2QAR C;  1L22 A;  1LMQ A;  1LJE A;  1L20 A;  4C3W A;  4HJY A;  1GEZ A;  2EQL A;  1HHL A;  111L A;  5K7O A;  4WM5 A;  1CKH A;  1B7M A;  5LVK A;  2BQD A;  3P65 A;  3HUQ A;  3HT7 A;  1CUQ A;  4KL7 A;  4ZIX A;  1LKS A;  1E8L A;  1LJK A;  1LZA A;  4H92 A;  1GAY A;  5APF A;  3SB5 A;  1GDW A;  1GB5 A;  256L A;  1LYJ A;  5LA5 A;  4ETA A;  2D4I A;  1L42 A;  1LHI A;  235L A;  1OVK A;  5F9U A;  4HTN A;  5IHG A;  5E4P A;  1HEW A;  141L A;  1MLC E;  1LYY A;  1B0D A;  5JEN B;  2W1Y A;  4DAJ A;  1P46 A;  1DPW A;  1QTD A;  2YBI A;  3EBA B;  2RBS A;  4NGW A;  1L58 A;  1VDQ A;  155L A;  227L A;  1B7R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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