4I7RA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-(pyrazolo-1-yl) ethanol bound
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 66
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7rA00
186LA 1JQUA 1P3NA 3GUNA 149LA 188LA 1OV7A 2ANVA 3K2RA 1L65A 4DJHA 4OO9A 1KY1A 3DN4A 4W59A 4ARQA 104LA 1L57A 128LA 1L87A 1L95A 1L14A 211LA 1B6IA 2CUUA 1DYDA 1L68A 1C67A 3GUOA 2HULA 1L93A 3NYAA 1C66A 1L81A 123LA 1L36A 1L47A 249LA 115LA 4ARPA 1CX7A 1L67A 129LA 178LA 1C64A 1KY0A 2OEAX 3RZEA 1C6DA 1L63A 4I7TA 151LA 1CU5A 1L96A 1QTZA 3HDEA 3OE6A 3HTBA 222LA 3DN2A 190LA 1CUQA 1L71A 1CV5A 3C7YA 4GRVA 1G07A 176LA 120LA 1G0GA 1QT4A 1LLHA 1LYJA 3GUPA 1C6TA 242LA 4I7OA 1WTHA 4EXMA 212LA 2OE7X 248LA 251LA 235LA 1LYFA 167LA 3FADA 3HUQA 6LZMA 1C61A 2OTZX 1CV3A 3VW7A 4PJZA 1L99A 4W57A 3SB5A 3HH4A 1ZYTA 214LA 184LA 1T6HA 1SSYA 3V2YA 1L33A 1T8FA 2RBQA 1L66A 3DMZA 1LYGA 3HTFA 4W56A 1L43A 2B72A 1L80A 1C69A 150LA 1I6SA 1QSBA 102LA 4AQNA 155LA 4I7SA 1L74A 1L29A 1P64A 205LA 1NHBA 1OVJA 144LA 3C8QA 3C80A 3SN6R 1P2RA 1LGUA 1JTMA 3HT7A 1G1WA 182LA 196LA 1KS3A 175LA 3GUIA 3OE9A 1ZWNA 1CU6A 1L50A 2F32A 2LC9A 256LA 2LZMA 1C63A 3FI5A 1L05A 3SB9A 2B75A 173LA 1L15A 1L59A 1LW9A 1PQDA 1C6PA 3CDQA 3HU8A 3JR6A 1L62A 2RB1X 2RAZX 156LA 108LA 259LA 3DNAA 1L16A 1QS9A 1QT7A 1PQKA 1EPYA 3ODUA 1G0MA 171LA 2IGCA 1QT6A 1L25A 142LA 2OE9X 1PQIA 3DN1A 1C6LA 3G3XA 1L60A 1QTBA 1L82A 3G3VA 4ARQB 4W54A 3QAKA 3L2XA 2RB2X 4ARJA 1C6JA 1L24A 201LA 3GUJA 1P7SA 1OWZA 4I7RA 4W55A 1QTHA 1SWYA 3DMXA 1L27A 4I7LA 1L21A 3NY8A 1SWZA 245LA 1D9WA 2RBRA 1L17A 4EKPA 2HUMA 1P46A 118LA 3CDRA 1L32A 1L77A 2B6ZA 1PQOA 2B70A 224LA 1D2YA 3PBLA 4E97A 163LA 3HUKA 1QS5A 158LA 3DN8A 1LWGA 4IAPA 4W58A 172LA 1L34A 1DYGA 1L58A 1P56A 4PK0A 4I7KA 1L79A 226LA 185LA 160LA 1L56A 3F9LA 1L02A 1L09A 1QTDA 3C8RA 2B6WA 110LA 1QTVA 2OU0X 1QT3A 1CV0A 3RUNA 1QUOA 1CVKA 1C6EA 113LA 2RAYX 1L01A 4K5YA 1L85A 125LA 2RBNA 5I14A 3HU9A 1C6KA 2RBOA 241LA 3HTGA 1L70A 1LI3A 1L03A 3HDFA 217LA 1K28A 215LA 2RBSA 2Q9DA 122LA 3CDOA 180LA 3G3WA 254LA 3DN3A 3C7ZA 7LZMA 3HWLA 1CX6A 183LA 257LA 119LA 157LA 3NY9A 3HT6A 1L89A 2F2QA 1G0PA 252LA 4W53A 1ZURA 247LA 166LA 1D3NA 1CU0A 127LA 103LA 1L28A 260LA 112LA 3L64A 1QSQA 131LA 138LA 1L45A 1KW7A 1DYEA 1CTWA 1L83A 238LA 1L49A 168LA 3DKEX 2RBPA 197LA 1LYEA 1QTCA 262LA 2B6TA 1L97A 195LA 3HUAA 3SB7A 177LA 1L04A 3C7WA 231LA 1G1VA 1QUGA 1C6GA 1KW5A 3SBAA 3DMVA 1PQMA 1D2WA 261LA 1L18A 1QUDA 162LA 2B6YA 2NTGA 1D3JA 3GUKA 1P2LA 1L86A 1OVHA 1C6QA 1LWKA 4LDOA 126LA 1L53A 1QT8A 1C6MA 4EPIA 253LA 4LDLA 4YX7C 1L88A 1P37A 165LA 227LA 170LA 220LA 246LA 1L69A 2OTYX 1SSWA 1L37A 2LCBA 3DN0A 1P5CA 1L35A 1XJUA 1L54A 1L42A 1LPYA 3HH5A 1G0QA 1L08A 3CDVA 3LZMA 230LA 107LA 1L00A 174LA 164LA 1L76A 4EKQA 191LA 1L0KA 1C6CA 1L23A 148LE 4W51A 1PQJA 1L40A 4GBRB 1G0LA 1D3MA 4YXAC 1C6IA 237LA 2ANXA 228LA 4I7PA 1L55A 206LA 4ARLA 3EMLA 1L52A 1L92A 2NTHA 1CUPA 3HT8A 1L64A 4EPFA 2HUKA 234LA 1L98A 3V2WA 146LA 221LA 1L75A 1L26A 233LA 2B74A 1T8GA 250LA 1L41A 1C6NA 1L10A 3HT9A 1TLAA 1CV1A 3SBBC 1L46A 1CU2A 4DAJA 1SX2A 2RB0X 232LA 258LA 4EKSA 1L61A 141LA 3GUMA 3UONA 2B7XA 1C6FA 4EKRA 169LA 244LA 4LZMA 1KNIA 1L51A 1QT5A 143LA 1L31A 200LA 2B6XA 4DKLA 1LGWA 1L38A 1G0KA 1L91A 3OE0A 159LA 109LA 1G06A 4LDEA 1L30A 1LYIA 218LA 4I7JA 3C81A 198LA 225LA 3DN6A 4W52A 3SB8A 1L20A 1T97A 161LA 1LGXA 1OYUA 4EJ4A 187LA 1P36A 2QARC 2L78A 1C65A 181LA 1G0JA 1L72A 2Z6BA 1D3FA 1XJTA 1L90A 137LA 4I7MA 1DYBA 1C6AA 3F8VA 1L0JA 1T8AA 3D4SA 1OVKA 1L73A 192LA 210LA 3SB6A 4ZPUA 1OV5A 2RH1A 1C6BA 1L22A 1P6YA 1CV6A 2O7AA 1L13A 2OU8A 4ARMB 219LA 1C68A 1LYDA 145LA 1C62A 3GULA 4I7NA 1LI2A 1CU3A 2B73A 1L39A 1DYCA 255LA 1L48A 1DYFA 3C8SA 1L94A 1LI6A 1L19A 2OU9A 1C60A 216LA 209LA 3HTDA 1L84A 1QUHA 3FA0A 229LA 223LA 4ARMA 2F47A 3C83A 1L06A 199LA 3C82A 1L07A 1CV4A 189LA 3PDSA 3OE8A 139LA 3HH3A 4YXCA 1XEPA 239LA 2O79A 2A4TA 4S0WA 147LA 111LA 1SX7A 140LA 2Q9EA 1DYAA 236LA 114LA 1L12A 2OE4X 2QB0B 1JTNA 152LA 130LA 1OWYA 3HH6A 4I7QA 243LA 1L11A 1C6HA 2O4WA 3CDTA 5LZMA 1LYHA 1L44A 213LA 240LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
186LA 1JQUA 1OV7A 188LA 1EL1A 3ZVQB 1GBXA 1KY1A 3DN4A 1GE1A 4W59A 1GFVA 3CSRA 4HJVA 1L95A 211LA 4G9SA 8LYZA 3WPJA 2CUUA 1L68A 1B5YA 3GUOA 2BPUA 2MEEA 3NYAA 123LA 249LA 1LKSA 5FEKA 1FN5A 1HEWA 4NGWA 5KKJA 2OEAX 1C6DA 1UCOA 3EBAB 5I53A 1IO5A 4I7TA 151LA 1LSDA 3OE6A 3HTBA 1C7PA 1GFKA 2XJWA 2A7DA 1QT4A 1LJIA 1GB7A 4I7OA 4XJBA 1WQMA 4EXMA 1OUCA 1V7TA 235LA 2ZWBA 167LA 3HUQA 1LZEA 1T6HA 1DI5A 2GV0A 1LYGA 3HTFA 1GF9A 2B72A 1F10A 1C69A 155LA 4I7SA 2HUBA 1L29A 4WM6A 5AMYA 2BQGA 4LYZA 3C8QA 4H9IA 3C80A 3SN6R 5II3A 4H94A 4GN4A 182LA 1KS3A 175LA 3OE9A 2HU1A 1ZWNA 1CU6A 3WYHA 2F4GA 2LZMA 4FJRA 1LW9A 5FDJA 1GE3A 3GXKA 4YOPA 1G7HC 3B72A 2X0AA 3DNAA 1QT7A 3ODUA 2LHMA 2HEBA 2IGCA 3CT5A 3DN1A 3WUNA 4ARQB 4WO9A 1WQOA 2XTHA 2RB2X 1C6JA 1L24A 3GUJA 4HTKA 4I7RA 3TXHA 1QTHA 3DMXA 1G7LC 4WLTA 4NGYA 4B49A 4I7LA 2MEBA 4HJYA 3WU9A 1GPQC 4HJZA 1H6MA 1AT6A 1GWDA 2DQEY 2W1MA 2ZQ3A 1BB6A 1L77A 2DQDY 4I8SA 3WVXA 1CJ6A 2PC2A 1D9UA 1QS5A 1LYOA 2RSCA 1I1ZA 5C6JA 5KXNA 4YEOA 5LYTA 226LA 1J1PY 1D6PA 2B6WA 1OUHA 4B4IA 1GF3A 2C8OA 1OUFA 2OU0X 3RUNA 1IP6A 1QUOA 1CVKA 1YILA 2BQFA 2RAYX 1L85A 1DKJA 3M18B 5I14A 1VEDA 5KXPA 1VDQA 4H8ZA 1LI3A 3HDFA 1WTMA 1XFPL 2HU3A 2Z37A 2YSSC 1JIYA 5LA8A 4HPEA 1LZAA 1W6ZA 3C7ZA 3VWOA 1IWTA 3NY9A 1G0PA 4YM8A 1IX0A 1ZURA 247LA 166LA 127LA 5DN5A 3L64A 1QSQA 1OQMA 238LA 2EPEA 4M6DA 195LA 4NIJA 4XJDA 3HUAA 1LHLA 1INUA 1C6GA 2BLYA 1NQIA 1D2WA 261LA 162LA 2B6YA 1LCNA 4DQ5A 2NTGA 3EXDA 4LYMA 1D3JA 1NDMC 1OVHA 3A92A 4NGVA 126LA 1GHLA 1L53A 1QT8A 4EPIA 4LDLA 4YX7C 5HNLA 4GCDA 3TXBA 227LA 2YVBA 220LA 1L69A 4HV2A 2LCBA 3OJPA 5LVGA 1QQYA 4PJ2C 1LZBA 4YENA 1LPYA 3HH5A 1L08A 1JEFA 3CDVA 3LZMA 4A7DA 1UC0A 1L00A 4KXIA 4H9FA 1L76A 4EKQA 2FYDA 1BVXA 1GF4A 1JJ0A 1PQJA 4WO6A 4ZFPA 1D3MA 1NKHA 2H9JA 1C6IA 4WOAA 1GF0A 237LA 3BKVA 4I7PA 1UIDA 206LA 4ARLA 3AZ4A 3CB7A 3B0OA 1L52A 1TEWA 1EQEA 1L64A 5LXWA 1L98A 3W6EA 4LT0A 1T8GA 4Z98A 4NSJA 3LYTA 1GFAA 1CU2A 1IOCA 2B5ZA 1XGPC 1C6FA 169LA 3ZVQA 1LSAA 1RE2A 1IWXA 3AZ5A 1G06A 3P64A 1LYIA 3DN6A 3SB8A 1L20A 1IWWA 2VB1A 2DQAA 187LA 1IOSA 3LYZA 4Z46A 1LHMA 1CKHA 2Z6BA 5K7OA 4LFPA 1LHIA 1ZV5L 3A34A 2LZTA 3AYQA 210LA 3N9EA 3WW5A 132LA 4ZPUA 4LZTA 5HMJA 1OV5A 5A3EA 3F6ZA 2OU8A 4N8ZA 1BQLY 1LJJA 1YROA 1OUBA 1B7RA 2B73A 1L39A 255LA 1GE4A 1LI6A 4H1PA 1XGUC 2Z2FA 216LA 209LA 3HTDA 229LA 1DPXA 2DQCY 1FDLY 1RJCB 1LSZA 3C83A 1L07A 4GCBA 3A8ZA 5L9JA 139LA 3HH3A 4J7VA 1LHKA 1YAOA 2A4TA 2BQOA 1GBSA 5LYMA 3RT5X 236LA 1B2KA 4XN6A 1LSEA 2QB0B 1LOZA 4WLDA 5M1YA 4YF2A 1LZ1A 3TMUA 3CT1A 4I7QA 1PZYA 2O4WA 3CDTA 5LZMA 4YEMA 208LA 1L44A 1HHLA 1LSMA 3GUNA 4GLVA 4GN5C 4LT1A 5HQ1A 4U3XB 3K2RA 1GFJA 3EO5A 4ARQA 104LA 4NG8A 128LA 4FDYA 4H93A 5DM9A 1C67A 1G7MC 4OW1A 1L36A 1QUTA 4B4EA 115LA 3WL2A 2D91A 178LA 1C64A 3RZEA 5FHWA 1JITA 1LZ8A 3WXTA 1L63A 1IORA 1QTZA 1CJ8A 1UIBA 3C7YA 4GRVA 1G07A 3AW7A 4RW2A 1LYJA 3GUPA 4WM5A 2XQOA 1B7PA 1WTHA 1IY4A 1WTNA 2OE7X 5KXRA 251LA 3N9AA 1C61A 4GCFA 3SB5A 184LA 2BQCA 1SSYA 3V2YA 2RBQA 1L43A 4BAPA 150LA 1QSBA 4WM4A 1FLWA 1L74A 1P64A 5B07A 1GE2A 3CSZA 1OVJA 4J1AA 4H9AA 3TXEA 1P2RA 3GUIA 1GEVA 4TTDA 2HECA 2LC9A 1NWGA 1G7JC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 186L A;  1JQU A;  1OV7 A;  188L A;  1EL1 A;  3ZVQ B;  1GBX A;  1KY1 A;  3DN4 A;  1GE1 A;  4W59 A;  1GFV A;  3CSR A;  4HJV A;  1L95 A;  211L A;  4G9S A;  8LYZ A;  3WPJ A;  2CUU A;  1L68 A;  1B5Y A;  3GUO A;  2BPU A;  2MEE A;  3NYA A;  123L A;  249L A;  1LKS A;  5FEK A;  1FN5 A;  1HEW A;  4NGW A;  5KKJ A;  2OEA X;  1C6D A;  1UCO A;  3EBA B;  5I53 A;  1IO5 A;  4I7T A;  151L A;  1LSD A;  3OE6 A;  3HTB A;  1C7P A;  1GFK A;  2XJW A;  2A7D A;  1QT4 A;  1LJI A;  1GB7 A;  4I7O A;  4XJB A;  1WQM A;  4EXM A;  1OUC A;  1V7T A;  235L A;  2ZWB A;  167L A;  3HUQ A;  1LZE A;  1T6H A;  1DI5 A;  2GV0 A;  1LYG A;  3HTF A;  1GF9 A;  2B72 A;  1F10 A;  1C69 A;  155L A;  4I7S A;  2HUB A;  1L29 A;  4WM6 A;  5AMY A;  2BQG A;  4LYZ A;  3C8Q A;  4H9I A;  3C80 A;  3SN6 R;  5II3 A;  4H94 A;  4GN4 A;  182L A;  1KS3 A;  175L A;  3OE9 A;  2HU1 A;  1ZWN A;  1CU6 A;  3WYH A;  2F4G A;  2LZM A;  4FJR A;  1LW9 A;  5FDJ A;  1GE3 A;  3GXK A;  4YOP A;  1G7H C;  3B72 A;  2X0A A;  3DNA A;  1QT7 A;  3ODU A;  2LHM A;  2HEB A;  2IGC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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