4I7SA

T4 lysozyme l99a/m102h with 3-trifluoromethyl-5-methyl pyrazole bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7sA00
1DYGA 2RBQA 120LA 1L07A 1QTVA 4I7PA 257LA 1EPYA 3SB7A 1L69A 119LA 255LA 3DN4A 4AQNA 3GULA 225LA 3HT6A 1T8FA 1L72A 176LA 1L97A 1ZWNA 1L55A 115LA 2RBPA 1DYDA 184LA 1L65A 4W57A 3NY9A 2F32A 2OEAX 162LA 1KNIA 1C6EA 1DYBA 1G06A 4W51A 1D3FA 1OWZA 1L98A 4YX7C 1L26A 1CUQA 1ZURA 1L23A 3OE0A 4W54A 1L50A 3NYAA 1C6GA 1L56A 131LA 1P7SA 197LA 1PQMA 1XJUA 1JTMA 1L68A 4ARQB 1C6CA 1L59A 4EXMA 1L82A 1C6NA 1C6MA 155LA 150LA 3DN6A 1LPYA 1G1WA 1CX6A 2HUKA 1L67A 227LA 198LA 4EPIA 3HH6A 2B70A 4LZMA 1L73A 1SWYA 1L04A 2A4TA 1L27A 189LA 1QTBA 3HWLA 2Q9DA 1XJTA 1L30A 2RBSA 3F8VA 2LCBA 1PQKA 1KS3A 1QSBA 2B73A 3RUNA 3F9LA 1L16A 2CUUA 1DYAA 245LA 4ARMB 1L24A 1CV6A 2OU0X 3HT9A 1T6HA 253LA 161LA 3DMXA 1LI2A 1L47A 1C68A 1QUDA 1C6JA 1G0QA 1CV5A 125LA 1L00A 2F2QA 146LA 1L62A 1L38A 3GUNA 3DMZA 1CVKA 3G3VA 1L80A 235LA 159LA 187LA 188LA 1D3JA 163LA 1DYEA 151LA 1L53A 1L84A 4S0WA 149LA 1QTHA 1DYCA 143LA 4EKPA 251LA 1P6YA 3HTBA 3OE9A 213LA 4DAJA 3DN2A 127LA 4I7KA 1NHBA 1D2WA 3PDSA 216LA 1OVKA 139LA 229LA 2RB1X 4DKLA 2B74A 1QT6A 1L22A 1JQUA 1L42A 1L61A 260LA 108LA 2OU9A 2RB2X 1C6DA 209LA 2OU8A 2B6WA 212LA 2O79A 226LA 4YXCA 1L44A 254LA 1L33A 1D2YA 1G07A 1L70A 1OWYA 1LW9A 1TLAA 1C64A 4YXAC 1LLHA 3V2YA 175LA 4EJ4A 3HTGA 1CX7A 1L35A 1L43A 4I7MA 4GRVA 141LA 3GUOA 2HULA 236LA 4I7OA 1P56A 206LA 234LA 3VW7A 1L39A 1G0PA 1OVHA 3SBBC 1C6HA 168LA 2B6XA 3C7ZA 140LA 3DMVA 3FI5A 3DNAA 158LA 1D3NA 1L32A 111LA 4I7NA 258LA 249LA 231LA 1WTHA 1L06A 3HDEA 3HTDA 1LI6A 2B72A 1P37A 259LA 172LA 3QAKA 252LA 2RBNA 4I7SA 1CU3A 1L74A 1C6PA 118LA 1C67A 1OVJA 1L63A 1KW7A 4ZPUA 1SWZA 233LA 1L15A 3FADA 3K2RA 1ZYTA 182LA 164LA 183LA 1L95A 2QB0B 1L46A 1L79A 1D9WA 147LA 1I6SA 1T8GA 1L54A 3GUPA 4DJHA 2RH1A 2B6YA 170LA 2RAZX 1QUHA 102LA 166LA 2RAYX 3SB9A 222LA 1CV0A 1LYHA 148LE 214LA 4W59A 1L85A 1DYFA 1D3MA 3C83A 1L34A 1QTDA 1T97A 201LA 1L03A 6LZMA 3L2XA 1PQJA 1P5CA 1C69A 3GUKA 2Z6BA 1L83A 2OTYX 1XEPA 110LA 1OV7A 2OE7X 145LA 261LA 4I7TA 1QS9A 3HT8A 185LA 1QT3A 107LA 186LA 144LA 5LZMA 1L02A 200LA 215LA 1L18A 1C6BA 1L14A 1PQIA 1L57A 1L40A 1OV5A 160LA 1L25A 1L10A 3HUAA 3DN8A 122LA 1QTZA 223LA 195LA 1L86A 1L45A 1QUOA 4PK0A 4OO9A 137LA 1KW5A 1P3NA 165LA 3GUMA 142LA 1LWKA 1LYJA 3HH5A 3C8RA 123LA 1CUPA 1G1VA 3C81A 1B6IA 1L36A 174LA 219LA 1CU5A 1JTNA 1C61A 1LYIA 2B7XA 2O4WA 4IAPA 1C6AA 1SX7A 1QSQA 1C6KA 1CU0A 1LGWA 1PQOA 232LA 2NTHA 1L81A 224LA 4EPFA 3G3XA 1L92A 3DN0A 205LA 238LA 126LA 243LA 3DN1A 4EKSA 3NY8A 211LA 1C65A 1P2LA 3C8SA 4I7RA 4GBRB 1C6FA 3UONA 152LA 1QT7A 1LGUA 4EKQA 4ARPA 1L76A 1L28A 1L41A 1L89A 4W53A 3LZMA 104LA 2RBOA 128LA 2B75A 3CDRA 2B6ZA 1L58A 169LA 3D4SA 1L11A 4W52A 3HU8A 2ANXA 1CU6A 1QT4A 210LA 4I7JA 1L60A 1L17A 1CV4A 4LDOA 3SB6A 3HU9A 112LA 1G0GA 1L52A 1L88A 192LA 1L51A 1C6LA 1G0JA 1L31A 4ARQA 3RZEA 4EKRA 2L78A 1T8AA 3C8QA 1QT5A 4W55A 1LWGA 3SB5A 3SB8A 3C80A 3SN6R 1L64A 1QS5A 3HUKA 3SBAA 1P36A 1L0KA 157LA 1L90A 1PQDA 3HT7A 3HH4A 1L01A 7LZMA 1OYUA 256LA 1LI3A 3OE6A 129LA 1C66A 1CV1A 246LA 2F47A 1C6TA 2QARC 171LA 1SX2A 2OE9X 3DN3A 4I7LA 1L09A 1L29A 1QT8A 1P64A 3HDFA 4ARMA 3GUJA 3OE8A 1L19A 2RBRA 3FA0A 3G3WA 4K5YA 262LA 1LGXA 217LA 1LYGA 2OTZX 3V2WA 2B6TA 1CV3A 1SSYA 1L87A 242LA 2LZMA 3CDTA 2OE4X 1L99A 1C6IA 1C62A 109LA 1SSWA 3PBLA 181LA 220LA 1CU2A 1L05A 1C60A 3C7YA 1L37A 3C82A 4PJZA 2LC9A 1QUGA 138LA 5I14A 1L20A 3L64A 3CDQA 3JR6A 1CTWA 177LA 156LA 4ARLA 1K28A 180LA 1L12A 4W58A 167LA 240LA 4I7QA 2ANVA 1L75A 4ARJA 3HH3A 1KY1A 247LA 4E97A 2IGCA 3CDVA 1L13A 241LA 113LA 1P2RA 1L0JA 1L96A 218LA 3C7WA 1L71A 2RB0X 1QTCA 1LYFA 1L21A 3EMLA 1LYDA 2HUMA 2NTGA 103LA 3DKEX 1G0KA 1L93A 1L91A 250LA 3ODUA 114LA 190LA 4LDLA 3GUIA 248LA 1L08A 3HUQA 3HTFA 230LA 1L66A 196LA 1L94A 199LA 1L49A 173LA 1G0MA 1L77A 191LA 237LA 2Q9EA 2O7AA 1KY0A 130LA 228LA 221LA 4LDEA 1C6QA 1P46A 244LA 3CDOA 4W56A 1L48A 1C63A 1G0LA 1LYEA 178LA 239LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
120LA 1JKBA 1DI3A 4RLMA 3A67Y 119LA 255LA 1F6RA 3W6DA 5LYMA 2HTXA 225LA 3HT6A 1L72A 4MR1A 1L97A 2RBPA 2W1YA 1L65A 4W57A 1RJCB 1VATA 4QDNA 1GFVA 1WQRA 3GXKA 4TUNA 1G06A 4YX7C 1OUIA 4H8YA 1L50A 3NYAA 1IWUA 1C6GA 1L56A 131LA 1P7SA 1PQMA 1XJUA 1L68A 1B2KA 1C6CA 3RNXA 1HFYA 1L82A 1C6NA 1C6MA 1LPYA 4HPEA 1GE3A 1LJKA 2B5ZA 3J4GA 1SWYA 2A4TA 4NHIA 1QTBA 1REMA 3HWLA 2Q9DA 1EQEA 3F8VA 1CKCA 1GEZA 1KS3A 4GN5C 1QSBA 1L16A 4H8ZA 4FJRA 5APDA 3D3DA 3OJPA 1XGQC 253LA 1C6JA 125LA 1UIFA 1XGRC 4N9RA 146LA 4C5FA 1INUA 1GD6A 1YAOA 188LA 4H9EA 163LA 1DYEA 3TXFA 151LA 1L53A 4YEMA 2Q0MX 2LYOA 4H9FA 251LA 2YBMA 4DAJA 3DN2A 1WQMA 127LA 2D4KA 2MEDA 4YOPA 5LVGA 1FLQA 1L42A 2A7DA 2XBRA 5AMYA 2RB2X 4HPIA 1GB8A 2OU9A 2YBHA 4N1EI 1W6ZA 208LA 4NGVA 2Z19A 1ZMYL 1IIZA 4YXCA 2DQHY 1IP3A 1L33A 1ALCA 1G07A 1LW9A 1UA6Y 4OWCA 4YXAC 175LA 5LVKA 1L43A 4ETDA 5KY1A 5DN4A 236LA 3WVXA 5B1GA 1P56A 206LA 234LA 4B1AA 1H6MA 4IASA 5KXPA 3CB7A 3SBBC 1IEEA 140LA 1YAPA 3DNAA 1UIHA 111LA 4I7NA 3G3AB 1TBYA 249LA 1JKDA 4W94A 1QDRA 1LI6A 1NDGC 1L74A 3AZ6A 1V7TA 4ZPUA 4IATA 1SWZA 4G49A 1L15A 3K2RA 182LA 164LA 1I6SA 3AZ4A 3RU5A 1OUBA 2RH1A 1OUCA 5LA8A 4G4BA 1UIGA 166LA 3SB9A 3TXJA 5LYZA 222LA 1LSDA 4H90A 148LE 214LA 3C83A 4O34A 3L2XA 1PQJA 1P5CA 1C69A 1VEDA 3CQLA 1OUJA 1HMKA 1OV7A 1WQQA 145LA 1LMPA 4I7TA 1QS9A 1LZGA 4WM5A 107LA 1LZEA 5LZMA 1L02A 4NY5A 1HFZA 2HEDA 4DWXA 4N5RA 1L14A 1L40A 3E3DA 3A3QA 3DN8A 1LSZA 3SP3A 122LA 223LA 2EKSC 2MEAA 2BPUA 2Z38A 5D5CA 1ZVYB 1KW5A 1P3NA 165LA 3GUMA 5IELA 4WG7A 1LWKA 193LA 5LA5A 4KL7A 3HH5A 1G1VA 3C81A 1T3PA 2ZYCA 1L36A 1QDTA 174LA 4LYZA 1WVUA 3ATOA 1C6AA 1GE2A 4GCEA 1CU0A 1C10A 4GN3A 4HTNA 3G3XA 1ZVHL 1L92A 4U3XB 3WUAA 4MCKA 2GV0A 3B0IA 2XTHA 1B7MA 2Y8PA 4GBRB 3UONA 152LA 2HU1A 3WPLA 5KKJA 1L41A 1NWGA 2AUBA 4W53A 104LA 2RBOA 1WTMA 5KXKA 5DN5A 207LA 1B7PA 169LA 3HU8A 1GPQC 1L17A 2C8PA 5F14A 1G0GA 1LSNA 1GWDA 1LJ4A 5F16A 3EMSA 1T8AA 3SB8A 3HBEX 4HJZA 3W6FA 4GCCA 1GF8A 2Z2EA 1L0KA 1PQDA 1NDMC 1PZYA 3OE6A 129LA 1C66A 4NHPA 2OE9X 2IFFY 1IWVA 5F81A 4OWEA 3EO5A 4R6CA 2MEHA 1QT8A 1WQOA 3OE8A 4WM2A 4WO9A 1IOQA 2ZQ3A 1SSYA 4TX7A 1B9OA 2BQJA 1IC7Y 1SSWA 1GFEA 1I1ZA 1CU2A 4NGWA 1JJ3A 2LC9A 4NIJA 4C3WA 1B5ZA 5LVIA 1QUGA 4UWVA 5IDDA 4YENA 3WUNA 4BS7A 1CTWA 2HECA 4ARLA 2WARA 2IHLA 4ZIXA 4HJVA 1BGIA 1GB6A 2LHMA 4XN6A 4ARJA 5L9JA 1LHIA 1GFHA 3T36A 1HF4A 247LA 4LYMA 5EBHA 1P2RA 3A94A 1YL1X 1HEWA 4ZEEA 2RB0X 3VWOA 1L21A 1CKGA 2VB1A 4RW2A 5LAFA 4ZFPA 103LA 1J1XY 4HSFA 1LHKA 5B05A 1UIEA 114LA 2D4JA 1VFBC 4WM4A 4LDLA 3GUIA 2DQAA 1BB5A 1LHLA 3WL2A 1LZ1A 3QY4A 4DC4A 1L77A 4LT1A 237LA 1CKDA 5C6JA 4J0LA 1KY0A 130LA 228LA 1HEQA 3CDOA 1L48A 1G0LA 1LYEA 2G4NA 1V7SA 8LYZA 1IC5Y 3DN4A 4AQNA 3GULA 3M3UA 4YEOA 1XGUC 1L55A 115LA 4HTQA 5KXLA 3NY9A 1BB3A 2OEAX 3P66A 1C6EA 4W51A 1L26A 5F9XA 1CUQA 4LT3A 4KPMA 1C08C 197LA 2DQDY 4WO6A 5KXTA 1UCOA 1LSCA 4B49A 1F10A 1L59A 5T3FA 3LHMA 1GB5A 5F9UA 150LA 3DN6A 1VDPA 1RI8B 1G1WA 1GB3A 1UIBA 3B6LA 1CX6A 4DQJA 1CJ9A 1L27A 189LA 1QUTA 1L30A 4FDYA 2LCBA 3QE8A 1GDXA 3CT1A 4PHIA 2B73A 2CUUA 1DYAA 1LJ3A 4ARMB 1L24A 5KXXA 2OU0X 1LI2A 1C68A 1N4FA 2F2QA 1CV5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 120L A;  1JKB A;  1DI3 A;  4RLM A;  3A67 Y;  119L A;  255L A;  1F6R A;  3W6D A;  5LYM A;  2HTX A;  225L A;  3HT6 A;  1L72 A;  4MR1 A;  1L97 A;  2RBP A;  2W1Y A;  1L65 A;  4W57 A;  1RJC B;  1VAT A;  4QDN A;  1GFV A;  1WQR A;  3GXK A;  4TUN A;  1G06 A;  4YX7 C;  1OUI A;  4H8Y A;  1L50 A;  3NYA A;  1IWU A;  1C6G A;  1L56 A;  131L A;  1P7S A;  1PQM A;  1XJU A;  1L68 A;  1B2K A;  1C6C A;  3RNX A;  1HFY A;  1L82 A;  1C6N A;  1C6M A;  1LPY A;  4HPE A;  1GE3 A;  1LJK A;  2B5Z A;  3J4G A;  1SWY A;  2A4T A;  4NHI A;  1QTB A;  1REM A;  3HWL A;  2Q9D A;  1EQE A;  3F8V A;  1CKC A;  1GEZ A;  1KS3 A;  4GN5 C;  1QSB A;  1L16 A;  4H8Z A;  4FJR A;  5APD A;  3D3D A;  3OJP A;  1XGQ C;  253L A;  1C6J A;  125L A;  1UIF A;  1XGR C;  4N9R A;  146L A;  4C5F A;  1INU A;  1GD6 A;  1YAO A;  188L A;  4H9E A;  163L A;  1DYE A;  3TXF A;  151L A;  1L53 A;  4YEM A;  2Q0M X;  2LYO A;  4H9F A;  251L A;  2YBM A;  4DAJ A;  3DN2 A;  1WQM A;  127L A;  2D4K A;  2MED A;  4YOP A;  5LVG A;  1FLQ A;  1L42 A;  2A7D A;  2XBR A;  5AMY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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