4I7TA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-bromo-5-hydroxybenzaldehyde bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7tA00
3NYAA 108LA 3DMXA 3DKEX 118LA 110LA 1G0QA 180LA 1CX6A 146LA 4EPIA 1L27A 248LA 1QTBA 1KW7A 1L90A 1G1VA 1CU0A 2CUUA 1C6LA 3C7WA 243LA 3NY9A 1L81A 4I7NA 4YXCA 3G3WA 237LA 2OTYX 1L88A 1QSQA 3F9LA 1L98A 3HU8A 1L74A 218LA 1L99A 1L04A 1P3NA 1JQUA 3FI5A 3C8RA 198LA 172LA 2B6XA 2QARC 3EMLA 1C6EA 1LI3A 3PBLA 4I7SA 1QTZA 1XJTA 2OE4X 159LA 238LA 107LA 1L87A 1SX7A 4GRVA 3GUMA 1QS5A 1XEPA 1PQOA 2F2QA 3CDRA 1CU5A 2B70A 113LA 177LA 1L71A 1L75A 1L48A 1L36A 2QB0B 1P64A 1DYDA 214LA 128LA 1SSWA 2NTHA 3HU9A 1L03A 1L51A 1C6FA 1L50A 3C7YA 2Q9EA 3L64A 1L95A 1QUOA 156LA 3C83A 1L62A 1L77A 260LA 3DN2A 3D4SA 3GUPA 2OTZX 228LA 4I7MA 1WTHA 1LI2A 215LA 176LA 170LA 1L32A 1OWZA 3OE0A 1CV1A 3GUJA 1P46A 2O7AA 2Z6BA 4EKQA 2O4WA 5LZMA 1L05A 2B74A 1L76A 1L08A 3HUAA 1L30A 103LA 1L43A 1C60A 3G3VA 3HUKA 1G06A 1OV7A 1G0JA 234LA 3C7ZA 2HUKA 1CV3A 1C61A 2OU8A 4DJHA 1L37A 4I7LA 1KY1A 2B6WA 157LA 2ANVA 2RBQA 1P5CA 1OWYA 102LA 258LA 1C6JA 164LA 2RAZX 2NTGA 1C6KA 1L41A 1K28A 3HDEA 3C81A 226LA 1LGUA 4YX7C 241LA 151LA 2A4TA 1CV6A 3CDTA 3CDOA 3F8VA 1LWGA 165LA 162LA 1CU3A 4W58A 1CX7A 1L10A 1SX2A 2OE9X 3DMZA 3HT7A 4DKLA 4OO9A 256LA 3OE8A 3C8SA 2F32A 4ARQA 141LA 2HULA 173LA 1L45A 1C68A 112LA 1L54A 2RAYX 1C66A 131LA 1L00A 1QUHA 224LA 1T8GA 4E97A 1SSYA 1LYFA 231LA 3RZEA 227LA 2B6YA 1T6HA 4I7OA 192LA 1NHBA 1L49A 114LA 4W54A 3RUNA 3GULA 1CTWA 1L11A 2OU9A 126LA 189LA 4W53A 1C69A 4I7RA 1CV5A 1L34A 2B73A 1CU6A 1L09A 1L93A 252LA 1P6YA 4W51A 115LA 109LA 125LA 1C63A 1L42A 2LCBA 3V2YA 4DAJA 1B6IA 1L79A 1ZWNA 261LA 185LA 120LA 225LA 1OYUA 1L06A 253LA 2RBNA 4W59A 1ZURA 1OV5A 1L80A 3L2XA 1L83A 1C6GA 1L39A 3CDVA 250LA 1LYIA 3FA0A 3QAKA 4EJ4A 155LA 1QS9A 1G0PA 206LA 3C80A 196LA 1L94A 127LA 1L02A 3FADA 3SB6A 4I7PA 1L14A 1LYGA 1L91A 1SWZA 2RB0X 2RBRA 3DN6A 4ARLA 201LA 187LA 1QT4A 4IAPA 1PQIA 1QTHA 4AQNA 3SB9A 3SB8A 210LA 4W52A 1L20A 1L73A 1OVKA 2B6TA 3DN8A 4GBRB 186LA 1LWKA 4W55A 255LA 1DYAA 236LA 1G0LA 123LA 181LA 1P36A 1CVKA 4YXAC 221LA 1LI6A 1PQMA 1L0KA 249LA 166LA 1L01A 1JTMA 1D2YA 1LW9A 4I7TA 1L22A 3DNAA 184LA 217LA 130LA 3NY8A 3PDSA 4ZPUA 1D3NA 4ARMA 3HTBA 1L0JA 1C6HA 2RB2X 3DN4A 3ODUA 3HWLA 1P56A 244LA 3V2WA 144LA 3GUIA 1C6PA 1G1WA 137LA 1L17A 2ANXA 1G0KA 200LA 1OVHA 2B72A 245LA 1QTVA 1L19A 1EPYA 2RB1X 257LA 1T97A 1QT7A 6LZMA 1KY0A 1D3FA 2LC9A 1L35A 147LA 3HH3A 3GUNA 3SB5A 182LA 1C6TA 1LYEA 4EXMA 223LA 1CUPA 183LA 1QUGA 1QSBA 247LA 3GUKA 190LA 171LA 1L89A 168LA 2L78A 1C67A 4ARQB 1QUDA 1L59A 3CDQA 3JR6A 1QTDA 4LZMA 1OVJA 219LA 104LA 140LA 2B7XA 3HT6A 1PQJA 2OEAX 1C6CA 1L84A 4EKRA 1L61A 129LA 152LA 5I14A 1L70A 239LA 1L55A 1C64A 209LA 167LA 1KW5A 158LA 1L97A 1L69A 3OE6A 4ARPA 1LYDA 1KNIA 229LA 149LA 1DYFA 1L31A 1P7SA 3HH5A 1L16A 211LA 2F47A 1L47A 4LDLA 1L82A 242LA 1QT6A 2RBSA 1CUQA 142LA 1C6DA 4S0WA 3DN0A 1L38A 150LA 143LA 4W57A 139LA 220LA 2IGCA 1L28A 188LA 1L40A 1G07A 1L72A 216LA 191LA 4LDOA 3VW7A 1D9WA 1L64A 174LA 1C6QA 1DYGA 222LA 2OE7X 1L15A 2OU0X 2Q9DA 4LDEA 122LA 1L86A 1L07A 1P37A 1P2LA 3DN3A 4I7KA 246LA 1LPYA 1L67A 3HTGA 1D3JA 1DYBA 3HH4A 3SB7A 1C6MA 3K2RA 1L26A 7LZMA 1DYEA 1C6BA 3SBAA 1D2WA 1G0MA 175LA 235LA 3C8QA 1LGXA 3G3XA 1PQKA 138LA 199LA 1L53A 3HH6A 240LA 2HUMA 1L58A 1G0GA 1L44A 1D3MA 169LA 2RH1A 4EKPA 3C82A 1QT5A 1LLHA 212LA 4EKSA 1QTCA 148LE 1ZYTA 262LA 1L13A 3HTDA 233LA 1C6NA 3UONA 1L66A 1TLAA 3SN6R 197LA 1DYCA 1LGWA 1L57A 1L60A 1I6SA 4PK0A 1C62A 1L21A 254LA 1L68A 1L23A 1L56A 1T8FA 1L65A 213LA 4I7JA 3HTFA 4ARMB 4ARJA 1L92A 3HDFA 1L12A 2B6ZA 259LA 232LA 4W56A 145LA 1L29A 3HT8A 1L33A 4PJZA 2LZMA 230LA 1C6IA 1C65A 1L25A 3LZMA 1KS3A 3DN1A 1LYJA 4K5YA 1L52A 111LA 1L46A 1QT8A 1JTNA 1L63A 1L18A 1LYHA 1C6AA 1CU2A 1T8AA 3GUOA 1P2RA 1L85A 4I7QA 3HT9A 3DMVA 160LA 1L96A 163LA 3SBBC 178LA 1QT3A 1PQDA 1SWYA 2RBOA 161LA 2RBPA 1CV0A 4EPFA 119LA 205LA 2B75A 3HUQA 1XJUA 3OE9A 251LA 2O79A 1L24A 1CV4A 195LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NYAA 5A3ZA 1DQJC 3ZVQB 5KXLA 3DMXA 118LA 1G0QA 1L90A 2I6ZA 1C6LA 2HU3A 3C7WA 3NY9A 1KIRC 4EMNA 1B7OA 1HMKA 4OWAA 4DD3A 2ZQ4A 1L88A 1L98A 4NSIA 5LIOA 1A2YC 2BQBA 1L74A 1VDTA 1CKGA 198LA 172LA 238LA 4OW1A 4OOOA 3BKVA 1QS5A 1NKHA 2G4NA 2F2QA 1QUSA 1CU5A 3CDRA 4L41A 1L71A 1FKQA 4H8ZA 3TXHA 1QTKA 1JHLA 1IWUA 1ALCA 1L51A 3L64A 1L95A 1QUOA 5II3A 1YKYX 1L62A 1L77A 5KXKA 260LA 3GUPA 1J1PY 4WO6A 215LA 3CT5A 1EQ5A 1CJ9A 1L32A 4XJBA 3OE0A 4OWHA 2Z6BA 4EKQA 2O4WA 5LZMA 1REMA 3RZ4A 1L30A 103LA 4XADA 1JKCA 1GF7A 4WG1A 2HUKA 1C61A 5IDDA 1B5YA 2B6WA 102LA 1C6JA 1K28A 3HDEA 4CJ2A 1VATA 1LGUA 4YX7C 151LA 5DM9A 3IJUA 1D6PA 1SQ2L 1CU3A 3M18B 1SX2A 4DKLA 1CJ7A 3C8SA 3ATOA 1GE3A 2XJWA 1IO5A 1LMTA 1UA6Y 2HULA 2WARA 4H1PA 1GB2A 1QUHA 4E97A 1LJIA 1FDLY 1CJ6A 4OWBA 4I7OA 2F4AA 1IP2A 1GFEA 1NHBA 4W54A 1B5VA 1NMMA 3RUNA 1L11A 1UIDA 4CFPA 2DKVA 4NGWA 1C69A 3WU8A 4MCKA 5FSTA 1L09A 252LA 4W51A 115LA 1C63A 1JUGA 1LJFA 1B6IA 6LYZA 5F14A 1L06A 2RBNA 4Z3MA 1OV5A 4NSHA 1LSGA 3CDVA 2I26L 250LA 1GF8A 1LCNA 3C80A 5J7CA 1C08C 127LA 1GBWA 4I7PA 4ARLA 1GFVA 2HTXA 1QT4A 1FBIX 1PQIA 1KIPC 4ET9A 1GB0A 3B0OA 4W52A 3A90A 5HQ1A 1OVKA 2B6TA 3EO5A 1HEWA 1VFBC 4GBRB 4P2EA 3CSRA 4DD2A 1RJCB 1BWJA 5HNLA 2G4PA 249LA 1YROA 1HNLA 2YBMA 1L22A 1HMLA 130LA 4LFXA 2C8PA 1H6MA 5DN5A 3HTBA 1GFUA 1P56A 244LA 1OUCA 2LZ2A 1O23A 1G1WA 1IWVA 4NHSA 200LA 2XTHA 4N5RA 4KL7A 1ZMYL 1KY0A 1D3FA 2VB1A 2LC9A 1JSFA 1HHLA 3HH3A 2DQGY 182LA 223LA 3P66A 1QSBA 1GBXA 4O34A 4I8SA 3B0IA 171LA 168LA 4ARQB 4ETDA 4H94A 3CSZA 1OVJA 1LHMA 104LA 1LYZA 1PQJA 1WQMA 1REYA 1L61A 1L70A 1L55A 2HECA 158LA 4ARPA 4HTKA 5B05A 2XBSA 229LA 4TWSA 1L31A 1GFGA 3HH5A 1JTTL 1L16A 4M6DA 4E3UA 3LN2A 1LSMA 242LA 1QT6A 3CB7A 1CUQA 3WXUA 1LJGA 1C6DA 1IOCA 1L38A 4H9CA 2EIZC 188LA 3AZ5A 3AGGG 1GD6A 1D9WA 2EPEA 1L64A 3AW7A 3WU7A 1C6QA 1EQEA 3DN3A 1P2LA 1IOSA 4I7KA 1YAQA 4GN4A 3HTGA 1C6MA 3K2RA 3IWRA 1HSXA 5B07A 1BGIA 3T36A 3C8QA 175LA 235LA 1B7PA 138LA 4NHQA 199LA 3P65A 240LA 1ZVHL 169LA 4DD0A 3C82A 1AM7A 1LZYA 148LE 1CJ8A 1BQLY 1GFKA 1YAOA 5B1FA 4B4JA 1HERA 5KXYA 3OK0A 1IP1A 4XENA 197LA 5LINA 1DYCA 1LGWA 1L60A 1I6SA 2MEGA 1AZFA 1JPOA 3W3EA 2AUBA 2CJLA 2HEDA 3HTFA 4ARJA 153LA 4HTQA 259LA 2D6BA 4H8XA 1YKXX 3AW6A 4DD1A 2PC2A 1L25A 4QGZA 4DYGA 4K5YA 1L52A 1B7NA 1QT8A 1JTNA 2ZIKA 5FEKA 1GAYA 1HENA 1LSDA 4LT1A 1VDPA 3GUOA 1IY4A 1IOQA 4WM1A 1IWWA 178LA 4ZIXA 1GXXA 4NHPA 3HUQA 3K3TA 2H9KA 3A3RX 2LZTA 3OE9A 174LA 5B06A 1CV4A 3LYMA 2EKSC 3DKEX 3TXJA 180LA 4EPIA 1G7MC 1L27A 1IWZA 1QTBA 1KW7A 1JKDA 1UBZA 1CU0A 2CUUA 243LA 1L81A 1LMNA 2OTYX 1QSQA 1IY3A 2F30A 3HU8A 1HEPA 2MEBA 5I54A 4ZFPA 1WVVA 1L04A 1IEEA 1JQUA 2GV0A 2B6XA 5KXNA 4Z46A 1LI3A 4I7SA 4HV2A 1QTZA 1XJTA 2OE4X 5L3IA 1QDRA 4MSTA 2MEDA 2C8OA 1PQOA 3EXDA 4H9AA 4HPEA 2ZILA 2BQMA 1WVUA 1D6QA 3RW8A 2Q0MX 1ZV5L 1SSWA 2NTHA 3HU9A 1L03A 1C6FA 3TMWA 4LT2A 1PZYA 1XEKA 1B5UA 1UIAA 2OTZX 1WTHA 4WLDA 5KKIA 1D9UA 1NDMC 2ZYPA 1B7SA 5E9RA 4XN6A 4KPMA 1P46A 3RNXA 3WPJA 1IWXA 2Z19A 1L05A 1L76A 3MGWA 3ATNA 3D3DA 3HUAA 4NFVA 1C60A 4NWHA 2DQAA 3CSQA 4WM2A 4YOPA 2CDSA 1AT5A 3A6CY 1NBYC 2OU8A 4DJHA 4G4CA 3LYZA 4I7LA 4DC4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NYA A;  5A3Z A;  1DQJ C;  3ZVQ B;  5KXL A;  3DMX A;  118L A;  1G0Q A;  1L90 A;  2I6Z A;  1C6L A;  2HU3 A;  3C7W A;  3NY9 A;  1KIR C;  4EMN A;  1B7O A;  1HMK A;  4OWA A;  4DD3 A;  2ZQ4 A;  1L88 A;  1L98 A;  4NSI A;  5LIO A;  1A2Y C;  2BQB A;  1L74 A;  1VDT A;  1CKG A;  198L A;  172L A;  238L A;  4OW1 A;  4OOO A;  3BKV A;  1QS5 A;  1NKH A;  2G4N A;  2F2Q A;  1QUS A;  1CU5 A;  3CDR A;  4L41 A;  1L71 A;  1FKQ A;  4H8Z A;  3TXH A;  1QTK A;  1JHL A;  1IWU A;  1ALC A;  1L51 A;  3L64 A;  1L95 A;  1QUO A;  5II3 A;  1YKY X;  1L62 A;  1L77 A;  5KXK A;  260L A;  3GUP A;  1J1P Y;  4WO6 A;  215L A;  3CT5 A;  1EQ5 A;  1CJ9 A;  1L32 A;  4XJB A;  3OE0 A;  4OWH A;  2Z6B A;  4EKQ A;  2O4W A;  5LZM A;  1REM A;  3RZ4 A;  1L30 A;  103L A;  4XAD A;  1JKC A;  1GF7 A;  4WG1 A;  2HUK A;  1C61 A;  5IDD A;  1B5Y A;  2B6W A;  102L A;  1C6J A;  1K28 A;  3HDE A;  4CJ2 A;  1VAT A;  1LGU A;  4YX7 C;  151L A;  5DM9 A;  3IJU A;  1D6P A;  1SQ2 L;  1CU3 A;  3M18 B;  1SX2 A;  4DKL A;  1CJ7 A;  3C8S A;  3ATO A;  1GE3 A;  2XJW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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