4I8ZA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with non-peptidic inhibitor, grl008
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title P2' benzene carboxylic acid moiety is associated with decrease in cellular uptake: evaluation of novel non-peptidic HIV-1 protease inhibitors containing P2 bis-tetrahydrofuran moiety.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i8zA00
5HU1A 3S45A 1UH7A 5P3VA 3EL0A 3HVPA 5P4AA 5P1QA 2Q63A 4RROA 5P6XA 5P0UA 1C6YA 3OAGB 3UDNA 3CIDA 1PSAA 4QJAA 1BDLA 5P6EA 1SGUA 4LXMA 1ZJ7A 3I25A 4Y5EA 1IIQA 1B5FA 2UY0A 3UDMA 3EKPA 1BDRA 5P5NA 4H3JA 5P70A 3SABA 5P8VA 5I3VA 5P4MA 2ZJJA 3ZPSA 1LYBA 1MT8A 3HZCA 1YTJA 2HM1A 3NDTA 5P6VA 4Y5AA 3EMYA 2FS4A 1HXWA 4RGHA 1DW6C 4Y3ZA 2QI3A 5P57A 5P79A 4FAFA 1GVXA 4Y4UA 5P6MA 3CYWA 5P0FA 5OZ4A 1SGZA 3K5DA 4QJ9A 1MSNA 5P46A 4GJ8A 4NKKA 2QMFA 4AUCA 1BVEA 2B7FA 5UPJA 5P84A 4DJXA 5P28A 1E80E 5OYQA 1BV7A 1BILA 1QBSA 5FIVA 4F73A 3VSWA 4CPXA 2PSUA 4Y3YA 3RTMA 3NU4A 3ZL7A 5DQ4A 3L5CA 2IQGA 3IAWA 2P8HA 5OZ3A 3QP0A 5P7YA 2IS0A 1EPLE 3GI5A 4YCYA 3FV3A 5P48A 5P2VA 4Y9WA 4DQBA 4IVTA 5P7JA 5HDVA 5P40A 3IVHA 4YD3A 2VNMA 4ZSPA 1LYWB 3K5GA 1D4IA 4Y35A 2QHYA 4Y3TA 3WSJA 1NSOA 4B78A 5OYSA 5P2AA 2NTRA 3ER5E 2R3WA 3ECGA 4JOOA 5P0CA 3DJKA 4GYEA 5P4LA 4OC6A 5P3BA 1YTIA 4CMSA 5BWYA 7HVPA 3OHFA 4Y3XA 3R4BA 1EAGA 5E5KA 5P1YA 3DV1A 3NSHA 5P1UA 1FB7A 4BEKA 3VV6A 4X2LA 4Y39A 1DAZC 2AVQA 3BXSA 2ZJKA 5P8GA 3KMXA 2RSPA 4FRSA 4J1EA 5P5MA 5P4WA 4OBGA 5P4BA 3N4LA 3LIQA 1BBSA 5P1NA 2G22A 3FX5A 4LBTA 5P7DA 3S56A 5P4NA 1TCXA 4GMIA 3WZ7A 4HZTA 4E43A 1G0VA 4Z22A 4YOBA 2WKZA 1D4HA 5P39A 4L1AB 4L7JA 2VNNA 3KT2A 2OHRA 1FQ7A 4RCDA 4BFDA 5OZ5A 4J0ZA 4Y3JA 4EP3A 2AIDA 1B6JA 5P6OA 3L5FA 3PGIA 5P56A 3UQRA 2JJJA 1LYBB 5P85A 2HB2A 1DPJA 5P4PA 4FGXA 2V00A 2ZYEA 5AGZA 5P6KA 1HTRB 2BB9A 4B1DA 4Y3FA 5P62A 1XE6A 3UQPA 1CPIA 1ODXA 2I0DA 3ZKNA 2QZLA 2IENA 4H3GA 4YDGA 2QD6A 5OYZA 3D1YA 5P3MA 3CMSA 4RYGA 4B05A 3UHLA 1Z1RA 4HDBA 4LXKA 2HPFA 5P2DA 4EYRA 5SY3A 1K2BA 1HIHA 3OADA 2R9BA 2OHQA 3UDHA 5P7KA 1HVRA 2AOJA 2QMDA 1RV7A 3CKTA 1GNNA 2F3EA 2FGUA 3O9EA 4FSLA 5P1IA 5P1AA 1LS5A 5P7ZA 2BPYA 3LZYA 5P6GA 1TCWA 3T3CA 3VSXA 1U8GA 3UDYA 4DQGA 2BQVA 3BVAA 3LZSA 1ZPAA 3O9FA 3PCZA 3CKRA 3VLBA 1HVSA 1YM4A 1B11A 5P5PA 2WF4A 3H5BA 3OUCA 5DR8A 3OOTA 3ZPUA 5P3DA 4NJTA 4H1EA 5P0GA 4N00A 1A94A 3TLHA 3IXOA 4RYCA 4TVGA 3KFSA 5P2XA 1W5YA 3FNUA 3LPIA 5P1JA 1HSIA 5P5VA 5DR7A 5P1XA 2PQZA 5IS4A 3GGUA 3K5CA 4J55A 1SMRA 1ZPKA 1SBGA 5P5KA 1HBVA 3UF3A 4EJKA 3SM2A 1KJ4A 1K2CA 5P5QA 3CKPA 3MSLA 2ZHTA 4RLDA 5P67A 5P60A 5OZAA 3T7PA 3SA7A 3K1WA 5P2FA 2I4WA 5P6BA 1YTGA 2J9KA 4FIVA 1M4HA 4DJRA 3LINA 3DOXA 3KDBA 4D85A 4KE1A 3OUDA 1F34A 5P76A 4I0GA 5P06A 1VIKA 4B1EA 5P86A 1FMBA 2CENA 5DR0A 4WY1A 4U8WA 3EKWA 5IVRA 3O9CA 4F76A 1ZTZA 5P6LA 1SP5A 5P6UA 4DJQA 5P8IA 1MT7A 4FM6A 5P8LA 1IZDA 3H0BA 1HPOA 5P3FA 5P19A 5P7WA 3OUBA 5P44A 2VS2A 2QD7A 3APPA 3O9DA 5P5ZA 4DQHA 4YDFA 4KE0A 3L59A 5P0OA 1QS8A 3O9GA 5SY2A 1FIVA 2AVMA 5P0EA 5P7MA 3OGQA 5KQXA 3LIVA 1G35A 5P88A 5P2TA 1AIDA 3EKTA 3NDUA 4TRWA 1EC1A 4QJ2A 3OY4A 3G6ZA 4MC2A 3MXEA 5P31A 2CEMA 3S53A 3NLSA 4YA8A 5P3IA 5P5SA 1HVHA 1LV1A 2ZHRA 5KR0A 1GVVA 3IGBA 3UQUA 1T7JA 4YBIA 2P3DA 3LPKA 3PWMA 4HVPA 5P16A 1M43A 5P7AA 3UDJA 5PEPA 4J0TA 2QCIA 2QMPA 4Y57A 1WBMA 3QN8A 1B6MA 5KOQA 3BUFA 5ENKA 1EPPE 3B80A 3T6IA 4NPUA 5E5JA 1OEXA 5C9DA 5EZXA 2PSVA 3L58A 2CEJA 2AZ8A 3PSGA 5P3YA 1UH9A 5P7SA 3QVCA 3L3AA 4LC7A 2VJ7A 1YTHA 4R5NA 4U7QA 5P0NA 5P50A 5P87A 4GB2A 3PWRA 1G6LA 4Y3HA 4ZPGA 1HVIA 2FNTA 5J25A 5P3NA 5P2LA 2IEOA 1WKRA 3RU1A 5HDZA 5P0YA 5AH9A 5P42A 2QD8A 1D4SA 4Y54A 4FL8A 3NU9A 1FQ5A 5P08A 5P07A 3PMYA 2WEDA 5JG1A 5I3WA 4F75A 2V0ZC 3OU4A 5P4QA 3OTYA 5DR1A 5OZ6A 5P7UA 1ZSRA 2HS1A 4Y4GA 5SXNA 3OUDB 1KJGA 5P2YA 5P8JA 4L6BA 4EQ0A 4CPUA 1APUE 3QVIA 4DJVA 5OZRA 5P1HA 1FKNA 4PHVA 4H3IA 1HTEA 5KR2A 3KT5A 4ZPEA 1KJ7A 5DGWA 1K6TA 2IKUA 1YG9A 5P7GA 5P3TA 5OYTA 4FAEA 3PBZA 2Q3KA 2QHCA 1C6ZA 5OZMA 2IDWA 6APRE 1W51A 2G26A 3QRVA 4Y37A 1IDAA 3JVYA 2ER7E 4MC9A 3TOFA 4K4RA 3L5EA 5P0DA 5OZPA 1FMXA 1RNEA 3FNSA 5COPA 3Q6YA 5OYVA 3ZKMA 3EM3A 2IL2A 2AOCA 4B0QA 5P5TA 5P7CA 2V11C 2QZXA 3IN4A 3KF0A 3LZUA 5P1EA 2B60A 4DUSA 2Z54A 2F8GA 4NJSA 4Y3EA 5HE5A 5ENMA 2QI4A 2H6TA 2O4SA 4FM7A 5P7IA 4YD7A 5P1WA 2HIZA 3OWNA 2VA7A 1GNMA 3UFNA 2O4NA 1W5VA 2AOEA 3PLLA 2FDEA 4Y4ZA 4Y3GA 3D20A 3UDRA 4Y4TA 4L1AA 2V13A 5P5LA 3URLA 3D91A 5I70A 3OQDA 1EPOE 1TSUA 2G24A 5P5HA 1DMPA 3PSUA 4Y3PA 2O4LA 1QDMA 3UCBA 4TRZA 2EWYA 1HVLA 5HU0A 1AVFA 4K4QA 2I4UA 1HIIA 3ER3E 1J71A 4FRIA 4Y53A 4YD5A 3HVGA 5HVPA 5P00A 1PPKE 2OAHA 4Y5BA 2WEBA 5P14A 1ENTE 5OZZA 5P0QA 1D4LA 2JE4A 5P45A 5P4OA 1KZKA 2OHTA 3SA4A 5P2QA 1IBQA 3PM4A 5P0BA 5ISJA 5P24A 3OQ7A 2HB3A 5OZHA 5P52A 4Y51A 1W6IA 3APRE 2I4DA 4CKUA 2NR6A 3LIYA 4J1FA 4YE3A 5P3LA 4ZSMA 4Y3WA 3VYFA 4ER4E 1CZIE 5P33A 2WF3A 3EKXA 3OU4B 5OYWA 4Y5KA 2G69A 3KDCA 1K6PA 4ZIPA 5OZQA 5P51A 1EC3A 4R92A 4MC1A 2XFIA 3AUPA 3L38A 3VF5A 3PHVA 1IZIA 3KDDA 4RRNA 3EBZA 4OBKA 2WF0A 2OHPA 4Y3DA 2Q15A 4Y5NA 4Y4AA 5P6CA 5HCTA 2ZJIA 3C9XA 3OXCA 4I0DA 1HSGA 2A4FA 5P4CA 1T7IA 3NR6A 2BPVA 1CMSA 1NPWA 5P3KA 1K6CA 4RRSA 2F3FA 3UDPA 4JECA 2BPZA 1C70A 3OQKA 4GJ5A 5P6NA 3RVIA 3EC0A 1NPAA 3EM4A 2Q64A 1AJVA 5DQCA 2WL0A 3BGBA 5P6IA 5P59A 5OZ7A 5BRYA 2F81A 3I8WA 3L5DA 5I3YA 5P5DA 4QJ8A 5P36A 4F74A 5P0SA 4APEA 2FIVA 3VUCA 3VV8A 3KFNA 3SM1A 5P13A 3EL1A 2WF1A 4Y38A 3TL9A 4Y36A 3KFPA 3TOGA 3O9LB 5P8HA 2RKGA 3WZ6A 2I0AA 1SDTA 2AVOA 5OYYA 4FLGA 5OZSA 3OTSA 5P5AA 1HPVA 2AZCA 3OXVA 1FQ8A 3Q70A 5P09A 4GJ9A 3BUGA 5P71A 2QAKA 3SPKA 2QI1A 4LXAA 5P7HA 3PEPA 5P15A 3BXRA 3VYEA 2QNNA 2OHKA 5OZLA 4EXHA 4PEPA 4A4QA 3ST5A 3DV5A 4Q5MA 3PB5A 1EPQE 1LZQA 4DI2A 2AZ9A 2WEZA 5P7XA 1OD1A 5P5RA 3L5BA 1SMEA 2HPEA 4I0IA 2ZJNA 5KQYA 5P22A 2FMBA 5P77A 2NMYA 4Y4XA 2ZHVA 5P26A 4TRYA 2WEAA 5DQ1A 5P75A 2FDDA 5OZ1A 1XL5A 5P4SA 1NPVA 2O4KA 3QIHA 3ZKXA 4GJAA 5P89A 2G1RA 2VIEA 3SACA 3PI0A 2VA6A 4B77A 1PPLE 1SIVA 1ER8E 2ER9E 5P02A 3LZVA 4EHCA 4HLAA 3SO9A 2B7ZA 3OU3A 2QU2A 3RTHA 3RTNA 2G27A 2Z4OA 4J54A 4Y3MA 3NDXA 5ISKA 1IDBA 5P6WA 3QRMA 2OHMA 1F7AA 4K4PA 5P7NA 3KMYA 1T7KA 3OQFA 5P55A 5C9FA 4I0FA 3OK9A 4JPEA 3EKYA 1FF0C 5P23A 5OZDA 3A2OA 5P4FA 5OZNA 2G1OA 3DCRA 5OZOA 5APRE 1AXAA 5P5CA 1AM5A 5P30A 1LF2A 3VG1A 2UXZA 4AA8A 2Q55A 4CPQA 4Y4DA 4D88A 2F80A 4D83A 3UPJA 3IVIA 2Q54A 3Q5HA 1SDVA 4XX3A 1HXBA 5P8OA 2VKMA 1BDQA 4I8ZA 3I2LA 2ER0E 5P2ZA 3IA9A 5P1OA 3PI5A 1QBUA 5P3CA 1MPPA 4Y41A 5P6YA 4Y5LA 5P3QA 4ZSRA 1MRXA 5P4RA 3QI1A 5ER2E 1PROA 3HLOA 3NWQA 1EBWA 3ZPTA 1APVE 5P7QA 1BWBA 1EEDP 1EPME 5P6AA 3R2FA 3UFLA 1A8GA 2BJUA 4I0EA 3EL9A 1BXQA 1EPNE 4LAPA 3PMUA 2NNKA 1HIVA 5P0TA 4YCTA 2OHUA 1XN3A 3IN3A 1AZ5A 3OOZA 5AHCA 2IGYA 1LYAB 4IVSA 3KA2A 4U7VA 1META 4S1GA 5P4KA 1AAQA 5P3RA 2AQUA 2Q11A 3CYXA 1Q9PA 2ZGAA 4XX4A 4XKXA 3VF3A 4B00A 4DJUA 5P53A 2QI0A 4ZLSA 1FEJC 3OU1A 5P1MA 2BKSA 1MVPA 2PWRA 3AIDA 3QROA 4Y5CA 5P6RA 4R95A 5F00A 4ACUA 4J0PA 1B6PA 2FXEA 3S2OA 3GGXA 5P7TA 5P3PA 5JFPA 1ZAPA 5P8BA 1UH8A 4Y4WA 5P0ZA 1B6LA 2HC0A 5P83A 2HAHA 4FM8A 4ZEAA 1D4JA 3VFAA 4Y3LA 4Y45A 5OZYA 3GI6A 1HRNA 1VIJA 1GVTA 3JVWA 3R1GB 3LHGA 4EJDA 4EPJA 3SA5A 5P20A 4R93A 2NXLA 4ZSQA 3DK1A 5P0IA 1TZSA 4I0JA 4Y47A 4Y6MA 1XN2A 4AMTA 2OHLA 5P12A 2P3AA 4OBZB 5P7PA 3VLAA 4ER1E 1UPJA 3HAWA 5P6PA 5P37A 5P64A 4I0ZA 1K1TA 4GJCA 4D89A 5P8RA 5DR3A 2AODA 2ASIA 3KYRA 5P4JA 4M8XA 3SA6A 2ZJHA 4CPTA 3PJ6A 4K8SA 4Q1XA 4RVJA 5P58A 3S85A 3O9HA 5P38A 5P4TA 1ME6A 4YHQA 1IVQA 3S43A 3NDWA 3KN0A 1W6HA 5P18A 4I8WA 5P1PA 3NUOA 3RSXA 3D1ZA 5F01A 3S7LA 5P8AA 2QI7A 5SZ9A 1XE5A 1YX9A 2XYEA 2FLEA 4Y3RA 5P8NA 3UQXA 3R0YA 4DJWA 4MC6A 1YM2A 1LF3A 2NNPA 2PK6A 4Z50A 3TOHA 1HTFA 4K9HA 2VJ6A 1PPME 5IVQA 3MSJA 2VIYA 2VIJA 5P47A 2QZWA 1MTBA 4Y43A 3SKFA 5P1ZA 2QK5A 1G2KA 5P6TA 5P69A 5ER1E 5P8PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HU1 A;  3S45 A;  1UH7 A;  5P3V A;  3EL0 A;  3HVP A;  5P4A A;  5P1Q A;  2Q63 A;  4RRO A;  5P6X A;  5P0U A;  1C6Y A;  3OAG B;  3UDN A;  3CID A;  1PSA A;  4QJA A;  1BDL A;  5P6E A;  1SGU A;  4LXM A;  1ZJ7 A;  3I25 A;  4Y5E A;  1IIQ A;  1B5F A;  2UY0 A;  3UDM A;  3EKP A;  1BDR A;  5P5N A;  4H3J A;  5P70 A;  3SAB A;  5P8V A;  5I3V A;  5P4M A;  2ZJJ A;  3ZPS A;  1LYB A;  1MT8 A;  3HZC A;  1YTJ A;  2HM1 A;  3NDT A;  5P6V A;  4Y5A A;  3EMY A;  2FS4 A;  1HXW A;  4RGH A;  1DW6 C;  4Y3Z A;  2QI3 A;  5P57 A;  5P79 A;  4FAF A;  1GVX A;  4Y4U A;  5P6M A;  3CYW A;  5P0F A;  5OZ4 A;  1SGZ A;  3K5D A;  4QJ9 A;  1MSN A;  5P46 A;  4GJ8 A;  4NKK A;  2QMF A;  4AUC A;  1BVE A;  2B7F A;  5UPJ A;  5P84 A;  4DJX A;  5P28 A;  1E80 E;  5OYQ A;  1BV7 A;  1BIL A;  1QBS A;  5FIV A;  4F73 A;  3VSW A;  4CPX A;  2PSU A;  4Y3Y A;  3RTM A;  3NU4 A;  3ZL7 A;  5DQ4 A;  3L5C A;  2IQG A;  3IAW A;  2P8H A;  5OZ3 A;  3QP0 A;  5P7Y A;  2IS0 A;  1EPL E;  3GI5 A;  4YCY A;  3FV3 A;  5P48 A;  5P2V A;  4Y9W A;  4DQB A;  4IVT A;  5P7J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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