4IATA

Hew lysozyme by langmuir- blodgett modified vapour diffusion
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Laser - microdissection of protein crystals down to submicron dimensions
rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4iatA00
2MEEA 1RI8B 4HPIA 3FE0A 1GFKA 4NHTA 5LYMA 1LOZA 4G4CA 4J7VA 1B5XA 2LYMA 4N5RA 4H9EA 1C10A 2BQEA 1LMQA 1OUJA 2BAAA 1NQIA 4XN6A 3WVXA 1I1ZA 1KIPC 4GCBA 4QY9A 1LZYA 3A6BY 2Z12A 5I5QA 1HNLA 1LSGA 3TMXA 1G7JC 2BQNA 1LJ4A 4BADA 1SLYA 1LZ8A 5D5FA 3G3BB 1AM7A 3LYMA 1KXYA 2A7DA 3P64A 5LVGA 3A94A 4WLTA 4DD2A 4UWNA 2HU1A 1OQMA 2BQKA 2HEDA 3J4GA 1WQQA 3A3QA 1IY3A 4LYCA 1GF8A 4XYYA 3M18B 3WYHA 134LA 1JEFA 3WL2A 4Z3MA 4GLAA 1JKBA 1B7PA 3RT5X 4H9AA 3TXJA 5APEA 2LHMA 1LKSA 3EMSA 1IORA 1GPQC 1JSFA 4NSHA 4QDNA 5LYZA 4LZTA 5IHGA 2W1XA 3AGGG 1IOTA 1D0KA 4OWAA 5B07A 2BQCA 5LVJA 2PC2A 5B1FA 4W94A 1O23A 1HC0A 4NGIA 1CKGA 2HUBA 2CGIA 5A3EA 3AJNA 1B7SA 1KXXA 1CJ7A 1GBSA 1REMA 3LYZA 1LJFA 2BQBA 5KXTA 1YIKA 1E8LA 1HHLA 1NDMC 1LYZA 2XTHA 1CJ9A 4NHQA 4GCDA 4ETBA 1UIGA 4HJZA 5DM9A 5KKJA 4IASA 1VFBC 1GF3A 3AGHA 1IWYA 2FYCA 2B5ZA 4DD0A 5LA5A 4RLMA 1LSMA 4ET9A 1LJHA 1FBIX 3A3RX 4MCKA 2X0AA 2YBIA 1LTMA 4Z41A 2VB1A 3P66A 1VDQA 2D4JA 4GLVA 4RLNA 1LJ3A 1LMAA 1YL1X 5FHWA 3P4ZA 1IWVA 5F16A 1GXV2 2BQHA 2MEIA 4LT0A 2Y8PA 4NGZA 2C8PA 1XSFA 1BB6A 1D6QA 1IC7Y 1OUAA 1UC0A 2WARA 3TXBA 4ML7A 4NFVA 4DDAA 1OUCA 4LYZA 1OUGA 1IIZA 1LSNA 5B06A 1J1OY 1C45A 2YSSC 2DQJY 1IP6A 1HFXA 1LSBA 4LFXA 3A6CY 1LZ9A 1A2YC 3WU8A 4B49A 1GB9A 4YOPA 3BKVA 1JKCA 1CJ6A 1W6ZA 2W1LA 5APCA 2W1MA 2D4KA 1HEMA 1LSAA 1PZYA 3W6EA 1FLYA 6LYZA 5I4XA 207LA 4OWBA 1UIEA 2MECA 2ZNXY 4GCFA 1B5VA 2IFFY 3TXKA 4NGJA 2ZNWY 154LA 1YROA 5T3FA 1BWIA 5JENB 1RJCB 4YM8A 1JJ3A 5DN4A 5KKIA 4GCEA 4NWHA 5KXSA 2LZTA 4ETCA 1JTOL 4D9ZA 1A4VA 3OJPA 3A93A 1LZ4A 1SQ2L 2DQDY 1C46A 4H8ZA 4ETEA 5II3A 1NBYC 5KXLA 1IOSA 3RNXA 1YILA 4NY5A 3AGIA 4LFPA 3B6LA 2LYOA 3AB6A 3SP3A 2DQCY 2HEEA 1KIRC 4NEBA 3P68A 1H87A 4N1CC 4TUNA 4A7DA 4G4BA 1LZBA 1IP1A 2YBJA 3E3DA 1WQNA 3OK0A 1DQJC 1GXXA 1LMTA 1B7LA 1EQ5A 1B5YA 2BLYA 2CDSA 2EKSC 1GFEA 2EPEA 4WM2A 2EIZC 5B05A 4XADA 1IC5Y 4H8XA 1GBZA 133LA 1I56A 1IP7A 2MEHA 1AT5A 1LHMA 1REXA 1ZMYL 3HFMY 5FSTA 1G7HC 5IDDA 5LVKA 5KJ9A 5KXNA 3GXKA 4X3BA 2ZYCA 135LA 1YAPA 4BAFA 3T36A 4HTNA 4HTKA 4NGYA 2G4NA 4ETDA 1GFTA 1XGTC 4N1EI 2HECA 4PPOA 1LZEA 1DPXA 1PS5A 1FLWA 1XGQC 4RDSA 4ZEEA 1JTTL 5EBHA 1B7MA 4QGZA 4OWEA 4E3UA 4BS7A 4GN5C 4NG1A 1JPOA 5E4PA 3WMKA 5C6LA 3WPJA 3LZTA 1HEPA 4PJ2C 1KIQC 4I0CA 4LT3A 1IX0A 1C43A 1HSXA 3HBHA 2ZQ4A 3LN2A 1LZCA 1FKVA 1N4FA 1WTMA 5B1GA 1GB0A 2LYZA 5LINA 3CSQA 2F30A 5LA8A 4H94A 2BQAA 2ZWBA 3AZ5A 4L41A 4NGWA 1LZ1A 4KPMA 4WM4A 4WL7A 4M4OA 3ZEKA 3TMWA 1QDTA 1V7SA 3CT5A 1Z55A 4DWXA 4YEOA 4R0FA 1JKDA 1GF6A 1LAAA 3EXDA 3ATNA 1LZTA 5KXPA 4CFPA 1QDRA 3MGWA 1GB2A 4FJRA 1TDYA 9LYZA 1HEWA 2Z2EA 3ZVQB 194LA 1RFPA 1GB5A 4M6DA 1LHLA 4J0LA 3WPLA 1HF4A 1TBYA 1XGPC 3B0OA 5KXZA 1WQMA 3W6AA 1QIOA 1YAQA 3IJVA 4YF2A 1NDGC 1LZGA 1IOQA 5HNLA 1HMKA 1LSYA 1GE3A 1GB3A 3W6CA 3N9CA 1I20A 4RW1A 1BVXA 1BB3A 1UA6Y 1LZDA 2HU3A 2MEDA 4LYMA 1AZFA 1GF0A 1QTEA 2DQHY 2W1YA 3QY4A 1CKFA 1LPIA 5C6JA 1F6SA 3TXDA 3LZ2A 1LMNA 5L3HA 3W3EA 1GBOA 2XBRA 3A8ZA 1OUDA 2GV0A 1LZRA 1DPWA 1NWGA 2Z19A 2Z39A 1ZV5L 4HJVA 4B4EA 1IWUA 5L9JA 3WUMA 4ET8A 4J1BA 1LHKA 2G4QA 2HEFA 5M1YA 4OOOA 3AZ7A 1OUBA 4H92A 1WTNA 5APDA 3HBEX 1GF7A 1HFZA 1LHHA 4AGAA 4MR1A 2BPUA 2ZIKA 3GXRA 3WU7A 2I26L 1GF5A 4XENA 2YBHA 1QTKA 4H9HA 4WG1A 2I25L 5APFA 1GFVA 2BLXA 1XEIA 3EBAB 3HBDA 4II8A 1LZNA 1B7OA 1FN5A 4WG7A 5I4WA 1G7IC 1UACY 5I54A 1JUGA 1J1XY 1ALCA 1FLUA 1GF4A 2AUBA 3J6KA 2NWDX 3WPKA 1BB5A 4DC4A 1OP9B 1GE0A 4LYBA 1LJIA 3N9AA 1B7NA 2FBBA 4OOTA 5KXWA 3LYOA 5KXRA 5L3IA 4UWVA 1YANA 1HENA 4NSJA 2YBMA 1IWXA 1B5UA 4XJFA 4XJBA 1DXJA 1BWHA 2BQDA 2YBLA 5K7OA 1WVVA 3TXGA 1DI4A 132LA 1JIYA 1EQ4A 1IEEA 2BQLA 2H9JA 3BKHA 1UUZC 3G3AB 4NHSA 2C8OA 3A91A 1YKYX 2LZ2A 1NBZC 2IHLA 4LT2A 1IR7A 4N0JA 4NG8A 7LYZA 1BVKC 1HEOA 1GE2A 4HV1A 4CJ2A 1UIDA 1VDSA 4TTDA 4WOAA 4Z98A 1VATA 2FBDA 3A67Y 2DKVA 5KXYA 1F6RA 3A90A 1WVUA 5D5CA 1HMLA 2HEAA 4WL6A 4DDBA 1LJJA 4C3WA 1P2CC 1QUTA 3TMVA 4DT3A 4NGKA 4H90A 2G4PA 4W96A 3LYTA 4HP0A 1J1PY 2ZYPA 1ZVYB 1IO5A 1BQLY 1JISA 1YAOA 4KT3A 4NWEA 1QSAA 3RZ4A 1UIFA 1VAUA 3TXIA 2BQJA 4XJIA 8LYZA 1GEVA 3CSZA 4WM5A 1HEQA 2DQGY 1IP4A 2YDGA 1GEZA 1DI3A 1LYSA 4TX7A 1IVMA 1VDPA 5F81A 4LYOA 4NGOA 1OUIA 4RW2A 5E9RA 1HELA 1LMCA 1LMPA 3M3UA 1GFGA 1JTPL 1GWDA 4YEMA 4I8SA 4R6CA 1DI5A 1JKAA 5LAGA 1YKXX 1T3PA 2DQIY 3WH1A 4DDCA 3TXEA 1LKRA 1LYYA 5DN5A 1B7RA 4DD7A 4XJDA 3KAMA 1IR9A 5I4YA 1B7QA 3D9AC 1NKHA 4H9BA 1OUHA 3B0KA 4H9IA 5I53A 1D0LA 1RE2A 4B0DA 1QUSA 5KXXA 1XEJA 4H1PA 4ETAA 2Z18A 3AW7A 1TEWA 6LYTA 3F6ZA 1LCNA 4DD9A 2DQAA 4BAPA 4Z46A 1BB7A 1LYOA 1DKJA 1CJ8A 2BQOA 5LVHA 1LSEA 1GAZA 4G9SA 5FDJA 5DL9A 2MEBA 1G7LC 2H5ZA 1IP2A 4GN4A 1H6MA 4EMNA 1IWWA 2BQGA 4AXTA 1JWRA 4P2EA 3W6FA 3CSRA 1B0DA 4YENA 5ILCA 4WLYA 5FEKA 1JHLA 2CJLA 4H93A 2D6BA 5LIOA 2ZIJA 4B1AA 1GB7A 1WQPA 1QSWA 5LVIA 1UCOA 3IWRA 3W6BA 1GE4A 2HTXA 193LA 4WO9A 2DQFC 4GCCA 4ANRA 1BWJA 1LHJA 4NSIA 1YKZX 5HLLA 1CKHA 4HPEA 3AZ4A 1IC4Y 4OWCA 4WLXA 4XJGA 1IP5A 3FI7A 4N9RA 2MEAA 1GBXA 3CT1A 1LJEA 1IY4A 1TAYA 2F2NA 2F4AA 1GDWA 1GFRA 1GB6A 4WLDA 4WM3A 5F9UA 4G49A 4J1AA 1LZ6A 1FDLY 1LSCA 1LZAA 4CFOA 2D91A 2BQFA 3ZVQA 1GF9A 4HSFA 153LA 1RCMA 1EQEA 3IJUA 3A96A 3EO5A 1LSFA 5KY1A 1D9UA 2Q0MX 5KXOA 4O34A 1XFPL 5HMJA 1NF5A 1VEDA 4ZFPA 1F10A 3W6DA 4NGVA 4QEQA 1T6VL 1HERA 3K3TA 3VWOA 5LYTA 4CGEA 1OUEA 1WQRA 2H9KA 2HEBA 1YAMA 1IWZA 1GBYA 4IJ4A 5F14A 1YL0X 1NMMA 4DD1A 1MLCE 2D4IA 4GN3A 1ZVHL 3WXUA 1D0MA 3LHMA 1XGUC 3RU5A 4NGLA 3TXHA 1D6PA 1LZSA 1AT6A 4H9FA 3D3DA 5A3ZA 1LJKA 1BGIA 1JITA 4PRQA 3WU9A 1UIBA 1HFYA 2XBSA 1VDTA 4LGKA 3T6UA 4NIJA 1B2KA 1GAYA 2BQIA 1C7PA 2MEGA 1IWTA 1MELL 1QQYA 5KXKA 1GB8A 1GD6A 3P65A 4KL7A 5C6IA 2CWIA 4DD3A 2F4GA 3RW8A 2BQMA 4OWHA 1XGRC 208LA 4FDYA 1AKIA 4LYTA 1CKCA 5FELA 1LZ5A 3A92A 1UBZA 4NSGA 1KXWA 4MSTA 2I6ZA 2EQLA 3N9EA 4KXIA 1W08A 4TSBA 3CB7A 5KXMA 2DBTA 3AYQA 1XEKA 1F0WA 1IOCA 1LJNA 3TMUA 4DYGA 5IELA 1FLQA 3TXFA 4PGJB 4WM1A 4PRUA 1JJ1A 3WUNA 1B9OA 1GFAA 4WM6A 4TWSA 5FCPA 5ILFA 4H91A 1JJ0A 4G4HA 3ATOA 4WMGA 1GBWA 1IR8A 2MEFA 1UIAA 3WUAA 2RSCA 1LSDA 2FYDA 4WO6A 3AW6A 4UWUA 1YQVY 5LXWA 1C08C 1CNSA 3QNGA 5AMYA 3WW5A 4ZIXA 2DQEY 1GFJA 4H8YA 4N8ZA 3ULRA 4NHPA 1GHLA 2YVBA 1LMOA 3WXTA 3CQLA 1JSEA 2Z2FA 3QE8A 3WVYA 4OW1A 1TCYA 1LHIA 1V7TA 2A7FA 1IP3A 2Z37A 3B0IA 4H9CA 1FKQA 1LJGA 4U3XB 4CHXA 5J7CA 1REZA 1CKDA 1GFUA 4PHIA 1REYA 3CT0A 1BHZA 4HJYA 4B4IA 1B5ZA 5HQ1A 2YBNA 4LT1A 3WULA 1GFHA 1HSWA 4NHIA 4B4JA 1GE1A 1LSPA 1OUFA 5F9XA 1LSZA 5LAFA 1DKKA 1DZBX 4HTQA 5HNCA 1EL1A 2XJWA 3B72A 4IATA 1UIHA 1INUA 4XJHA 5DLAA 2Z38A 2N5ZA 1G7MC 3AZ6A 4C5FA 4TSCA 1BB4A 4EOFA 1B5WA 1GDXA 2ZILA 1NHEA 3A34A 1UICA 4HV2A 5HMVA 3WW6A 1WQOA 2ZQ3A 3A95A 5B59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RI8B 4HPIA 1GFKA 1LOZA 4G4CA 1B5XA 4N5RA 1L22A 2BAAA 4XN6A 3DN1A 4GCBA 1LZ8A 3G3BB 3LYMA 4UWNA 128LA 3J4GA 195LA 134LA 3WL2A 1OYUA 4I7TA 1ZWNA 3C83A 3HT8A 1D0KA 1KY0A 3DN6A 3PDSA 2PC2A 4NGIA 1REMA 5KXTA 2RB0X 2XTHA 4ETBA 1D3FA 1UIGA 2RBPA 1P37A 1L02A 1GF3A 3AGHA 145LA 1IWYA 2FYCA 2B5ZA 1OVHA 3A3RX 3V2YA 4Z41A 210LA 4W53A 3P4ZA 138LA 3HH4A 4LT0A 2B6ZA 171LA 1BB6A 1D6QA 1IC7Y 2ANXA 2WARA 3TXBA 4ML7A 4NFVA 1LSNA 1J1OY 1C45A 3A6CY 1A2YC 2W1MA 2RBRA 2IGCA 1L50A 1FLYA 6LYZA 3JR6A 1UIEA 1B5VA 3TXKA 2ZNWY 1RJCB 102LA 1JJ3A 1L87A 1ZYTA 1L26A 4GCEA 5KXSA 3OJPA 3A93A 1LZ4A 1L36A 1L39A 3SBAA 5II3A 3RNXA 3AGIA 1QTDA 2LYOA 3SP3A 2DQCY 1L17A 1IP1A 3E3DA 4DJHA 3OK0A 1LI6A 1DQJC 1GXXA 2B75A 1B5YA 1PQIA 1GFEA 3G3XA 5B05A 1IC5Y 4ETCA 1LHMA 1QT5A 1ZMYL 5FSTA 5KXNA 4BAFA 3T36A 1GFTA 1LZEA 1QSQA 1JTTL 4QGZA 4E3UA 3WMKA 3WPJA 4PJ2C 168LA 1C43A 2A4TA 1L95A 2B7XA 3DNAA 3HBHA 4K5YA 5I14A 1L27A 2ZQ4A 3LN2A 1LZCA 1N4FA 1WTMA 146LA 1L97A 2BQAA 2ZWBA 1KS3A 199LA 4L41A 4W52A 4M4OA 4I7KA 3ZEKA 3TMWA 237LA 1JKDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MEE A;  1RI8 B;  4HPI A;  3FE0 A;  1GFK A;  4NHT A;  5LYM A;  1LOZ A;  4G4C A;  4J7V A;  1B5X A;  2LYM A;  4N5R A;  4H9E A;  1C10 A;  2BQE A;  1LMQ A;  1OUJ A;  2BAA A;  1NQI A;  4XN6 A;  3WVX A;  1I1Z A;  1KIP C;  4GCB A;  4QY9 A;  1LZY A;  3A6B Y;  2Z12 A;  5I5Q A;  1HNL A;  1LSG A;  3TMX A;  1G7J C;  2BQN A;  1LJ4 A;  4BAD A;  1SLY A;  1LZ8 A;  5D5F A;  3G3B B;  1AM7 A;  3LYM A;  1KXY A;  2A7D A;  3P64 A;  5LVG A;  3A94 A;  4WLT A;  4DD2 A;  4UWN A;  2HU1 A;  1OQM A;  2BQK A;  2HED A;  3J4G A;  1WQQ A;  3A3Q A;  1IY3 A;  4LYC A;  1GF8 A;  4XYY A;  3M18 B;  3WYH A;  134L A;  1JEF A;  3WL2 A;  4Z3M A;  4GLA A;  1JKB A;  1B7P A;  3RT5 X;  4H9A A;  3TXJ A;  5APE A;  2LHM A;  1LKS A;  3EMS A;  1IOR A;  1GPQ C;  1JSF A;  4NSH A;  4QDN A;  5LYZ A;  4LZT A;  5IHG A;  2W1X A;  3AGG G;  1IOT A;  1D0K A;  4OWA A;  5B07 A;  2BQC A;  5LVJ A;  2PC2 A;  5B1F A;  4W94 A;  1O23 A;  1HC0 A;  4NGI A;  1CKG A;  2HUB A;  2CGI A;  5A3E A;  3AJN A;  1B7S A;  1KXX A;  1CJ7 A;  1GBS A;  1REM A;  3LYZ A;  1LJF A; 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 1CKC A;  5FEL A;  1LZ5 A;  3A92 A;  1UBZ A;  4NSG A;  1KXW A;  4MST A;  2I6Z A;  2EQL A;  3N9E A;  4KXI A;  1W08 A;  4TSB A;  3CB7 A;  5KXM A;  2DBT A;  3AYQ A;  1XEK A;  1F0W A;  1IOC A;  1LJN A;  3TMU A;  4DYG A;  5IEL A;  1FLQ A;  3TXF A;  4PGJ B;  4WM1 A;  4PRU A;  1JJ1 A;  3WUN A;  1B9O A;  1GFA A;  4WM6 A;  4TWS A;  5FCP A;  5ILF A;  4H91 A;  1JJ0 A;  4G4H A;  3ATO A;  4WMG A;  1GBW A;  1IR8 A;  2MEF A;  1UIA A;  3WUA A;  2RSC A;  1LSD A;  2FYD A;  4WO6 A;  3AW6 A;  4UWU A;  1YQV Y;  5LXW A;  1C08 C;  1CNS A;  3QNG A;  5AMY A;  3WW5 A;  4ZIX A;  2DQE Y;  1GFJ A;  4H8Y A;  4N8Z A;  3ULR A;  4NHP A;  1GHL A;  2YVB A;  1LMO A;  3WXT A;  3CQL A;  1JSE A;  2Z2F A;  3QE8 A;  3WVY A;  4OW1 A;  1TCY A;  1LHI A;  1V7T A;  2A7F A;  1IP3 A;  2Z37 A;  3B0I A;  4H9C A;  1FKQ A;  1LJG A;  4U3X B;  4CHX A;  5J7C A;  1REZ A;  1CKD A;  1GFU A;  4PHI A;  1REY A;  3CT0 A;  1BHZ A;  4HJY A;  4B4I A;  1B5Z A;  5HQ1 A;  2YBN A;  4LT1 A;  3WUL A;  1GFH A;  1HSW A;  4NHI A;  4B4J A;  1GE1 A;  1LSP A;  1OUF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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