4IBNA

Crystal structure of lc9-rnase h1, a type 1 rnase h with the type 2 active-site motif
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
SDIPTPLVAVYADESCLGNGREGENPGGAGVLVEYARPGGAGDIVRRDVWVSEPATTNNRMALRSVIEAFRAIGHKGTRFRVVFTTDSRYIVDGMTRWVHDWAQRGWKRKSGAIENLALWQEAVQAVNGHAVEWRWVRGHAGHAQNEYANHLAVTAAGGQTQSGGLVDSGYEEWAARVSTAASRMRLEPFPDAAAFRPSPALPVVAAGRPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of metagenome-derived LC9-RNase H1 with atypical DEDN active site motif
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase
source organism Uncultured organism
total genus 59
structure length 211
sequence length 211
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ibnA01
3L3UA 5DK5A 4CEDA 3SYZA 1RDCA 1SL2A 4H8KA 2ZD1A 3B6OA 4KB0A 2VWKA 2DFEA 3LALA 1S6QA 1IG9A 4FK2A 4DQPA 1S5JA 3PUFA 1RDAA 1SKSA 3HPHA 2LSNA 2HHXA 1QS4A 3F73A 1U04A 1VSIA 3QEPA 4HUFA 4NCAA 2WONA 2B5JA 1UA0A 4DS5A 5FROA 3V1QA 1NK6A 4DF4A 1NOYA 2O4IA 4N47A 1WAFA 2G8IA 1NK0A 4AHUA 2JGUA 1U48A 1BGXT 1BQMA 4CHQA 4CJ3A 4DWIA 2KZZA 4O55A 4O4GA 3I8DA 2X6SA 3L8BA 1J53A 4IKFA 4KHUA 4KO0A 2PYLA 1DTTA 1FKOA 5D3GA 4CJVA 1CXQA 3U6FA 3RRGA 4M3XA 1QE1A 4CJSA 3AVNA 1HJRA 4FZYA 3PO5A 1TK5A 3RMCA 4F3OA 1S1TA 3C6UA 4CK3A 3OYLA 5EU7A 4N41A 4FZZA 1ASVA 3RTVA 4EP5A 3OYBA 3LAMA 3MEEA 3H08A 3NF8A 1NK7A 3A2FA 1LWEA 4FZXC 4FVMA 1U45A 4ELVA 1C0TA 1Z25A 2DY4A 3PX0A 3VQBA 4FYDA 4F3TA 4RW9A 3NCIA 2RKIA 4FJ5A 4CGHA 5I42A 4BDPA 4FXDA 1XHXA 3SQ1A 1TL3A 4YNQA 2OPQA 1RCHA 4KV8A 1JLQA 4CJLA 4E19A 3ZSYA 4B9LA 2HHUA 4CIEA 3L2RA 2E4LA 1DLOA 1I39A 4F8RA 3ZT4A 4E7JA 3AA3A 4NYFA 1VK0A 1LAVA 3NE6A 2KFZA 1BCMA 3DLEA 4Y1CA 3SI6A 1NK8A 1YTAA 5CYQA 1BIUA 3LPTA 3V9ZA 1U49A 3V9XA 1XHZA 1HYZA 1BQNA 4HHTA 4KHYA 1ITGA 4OKJA 4KI6A 3OS0A 2Q3SA 4M45A 4DLGA 1S1UA 2BE2A 3AVJA 1IH7A 4Y1DA 1ASWA 1S9EA 1RT6A 3DLKA 2Z1JA 4FW2A 5KI6A 3SUNA 1WN7A 1A5XA 3TAGA 3AA4A 2GBZA 3KLEA 4CK1A 5J2PA 2G8KA 1K6YA 4B3OA 4N76A 2ETJA 2P51A 3WNHA 3AVMA 3VQ4A 3DM2A 3M8PA 2ATQA 4CIGA 4CFBA 3NH0A 3KLHA 1BL3A 3RMDA 1T05A 1Q9XA 1VSLA 3NF6A 4WE1A 2XY7A 1WSGA 1SV5A 2I5JA 3KJVA 4KKOA 4OGCA 3E01A 1TV6A 3DLHA 4FJJA 2FBTA 4ZTFA 3L2VA 1BI4B 1A5VA 2EX3A 1C6VA 1YT3A 3HVRA 1S1VA 4OPKA 1NKEA 4F2SA 3P83D 3THVA 4CHZA 3JSMA 4M3UA 3K5MA 2RPIA 3AO1A 1TAQA 2HHVA 3ZCMA 4Z4HA 5SWMA 2Y1IA 4QCLA 4KHQA 3TAMA 2GV9A 2VG7A 1T7PA 3SUPA 1WSFA 1U47A 2F96A 3EYZA 4JRPA 1A5WA 1JXBA 5JS1A 4M42A 3OYKA 1L5UA 5HBMA 4C8LA 1T8EA 4CK2A 4FM2A 2YNFA 1SKRA 1BISA 1Y97A 4AHSA 2IDOA 4OKKA 4CJFA 1RILA 1EXQA 3KLFA 3SJJA 3G0ZA 4W5QA 3DLGA 2GUIA 1WSHA 2IAJA 3LANA 5J1EA 4KREA 4GMJB 3ZSOA 4E1MA 2D0AA 3LP1A 1RTIA 3SPYA 3VQ9A 1IKWA 2DFFA 1VRUA 3NHGA 3U3YA 4F4KA 4BE1A 2G8HA 4CJ5A 4KI4A 1J5OA 1C1BA 3RMAA 2HHTA 4O44A 3G10A 3VA3A 3PX4A 3OYJA 4B8AB 2KFNA 3DLBA 5KGXA 2Y1JA 1KTQA 3K59A 3HSTB 2X78A 4EZ9A 4QOZB 2ZQBA 3S3MA 4FCYA 2G8WA 1WSEA 1WNSA 4ZTJA 4IFVA 4QAGA 3K5NA 1XWLA 2YNGA 4CIFA 4XIUA 4DTPA 1ZBLA 4OLAA 4FK0A 3ZT2A 3OYHA 1C1CA 3O3FA 4CFCA 3AVLA 4DSKA 1GOBA 5JS2A 3NH1A 3IAYA 2QKBA 4W5TA 5C25A 2HHSA 2HB5A 2HNYA 2FBYA 2P1JA 3QNOA 1LAWA 1VSMA 1I3AA 3LDSA 4E0DA 4DSIA 2BDPA 4GW6A 4I2QA 4BWMA 1F21A 3CFOA 3ZSZA 4CJQA 1EKEA 3LAKA 1NKBA 4OPJA 3LZIA 3FFIA 4CJEA 3O3HA 5E41A 3SUQA 4E3SA 1ZBIA 2QXFA 4Q0BA 4IG0A 1SKWA 3CFRA 4FJLA 4NCBA 3F9KA 4CEZA 4FM1A 4KTWA 3HYFA 3CYMA 2D0CA 3TAFA 4DU4A 2BANA 1WSJA 2HNZA 3C94A 1CLQA 4KTQA 1LWFA 1O1WA 3DOKA 3DYAA 4Z4CA 4NCGA 3ZT3A 1RDBA 3AVGA 1QSYA 1KVCA 1GOAA 3DMJA 4R5PA 1SUQA 3OYNA 1VSKA 3HL8A 4Q5VA 3KK1A 3V4IA 2KQ2A 2W42A 4OJRA 4CJTA 1D8YA 3QEVA 2HVIA 5J2QA 3VQ6A 2XHBA 4B9MA 3DOLA 2BGGA 4CF9A 3AO3A 4JLHA 1NK9A 4CHPA 4JS4A 3SZ2A 1KCFA 2HNDA 2FC0A 2XY5A 3P5JA 4Z0UA 3VQ7A 4YFUA 4DSLA 4FK4A 4Z4IA 3AVCA 1IKVA 1KFDA 3KD5E 3OS2A 4CCHA 4H4MA 3MEGA 4FJKA 1ZBHA 4ID1A 3T1AA 1RBSA 1RBVA 4CEFA 3LPUA 5CZ2A 4CF8A 1LV5A 2PYJA 3MXIA 3SUOA 3HPOA 1X9SA 1TGOA 5HRNA 2YHBA 2ITGA 4E1NA 4M3WA 1YVUA 1JXEA 5J2NA 3WNGA 3AO2A 3LWLA 4GVMA 1KRPA 4E89A 3KD1E 4KFBA 3RR7A 3D45A 2OPRA 1RTHA 3K5LA 5J2MA 3HPGA 3LP2A 2G8VA 3OVNA 3P1GA 1BHLA 3TWHA 4O5BA 4FLVA 1BI4A 3SPZA 1HNVA 1LW0A 4CJPA 2DTUA 4CESA 1NJXA 1J9AA 4KHSA 1HQUA 2O4GA 4DTOA 3QIOA 4JRQA 3RMBA 3OYDA 2F8TA 2B4JA 4C8MA 3AO5A 5DMRA 2G8UA 4ELTA 3KKSA 1VSFA 4DG1A 1R0AA 2HVHA 3KTQA 3V9SA 3ZT0A 1X9WA 2FBXA 3ITHA 1VSDA 3L2WA 2XY6A 4OLBA 2F8SA 4OKEA 4CF0A 1B92A 2QKKA 4HCBA 4J2EA 2JLEA 3PV8A 3EY1A 4DTJA 3AVFA 1RBUA 3V1RA 1C0UA 4LY7A 3VQ5A 1N5YA 1UOCA 5HLFA 4AHRA 3TAEA 4AH9A 4DU3A 4FJNA 3ALYA 5HRSA 1JKHA 4MQ3A 4AHTA 4JS5A 3IRXA 4CJUA 1L3SA 3ISNC 1D9FA 4HUGA 4NYNA 4E7IA 1RDDA 1RT7A 1S6PA 2VWJA 3T3FA 4HCCA 4BDZA 5HP1A 3OYFA 4J2AA 4Z4GA 3MECA 1XI1A 4IG3A 4CGDA 2KZMA 3I0SA 4OVLA 3O4NA 1L3VA 4EZ6A 4IBNA 1KFSA 4FJXA 3AVIA 4B9VA 4AHVA 3NFAA 4FJ7A 4DQRA 3HM9A 1NK5A 3L2QA 4PQUA 1W9HA 4PWDA 1TK8A 2IS3A 4AHCA 1VRTA 1RT5A 4BE0A 1JLAA 1VSHA 1LWCA 2E6MA 5HRRA 3LZJA 4DTSA 1C0MA 2QK9A 4CEAA 4E7KA 4FLXA 3HXMA 3ULDA 2HW3A 4FJ9A 3MEDA 4DTRA 4CGJA 3S3NA 3DLRA 1KVBA 1B9FA 2IGIA 1BIZA 2IOCA 4CF1A 3OY9A 4DFKA 1TVRA 1EETA 1JLBA 4KPYA 1X1PA 3V9WA 1TK0A 4DMNA 3KK3A 4TSXA 3TAPA 3HK2A 3S9HA 4PUOA 4B08A 3HP6A 1ZBUA 5CYMA 3O3GA 4HUEA 3K2PA 3VQPA 1JLGA 4CJWA 1ZBFA 3AVKA 4CJRA 3TABA 4CE9A 4DQSA 1X9MA 4B8CA 1JL2A 2IC3A 3WNFA 3SQ4A 3B6PA 3PX6A 1QHTA 3PO4A 3VQCA 1CZBA 1C1AA 4CFDA 3L2UA 4M3YA 3QERA 4EP4A 1HQEA 2OPSA 5CZ1A 1EP4A 1HMVA 3OS1A 3VA0A 3QEWA 3AA2A 1ZYQA 1N6QA 4B9NA 3QEXA 1RBTA 1SL0A 2YV0X 4CJKA 1TAUA 3TI0A 3ZSVA 4FLWA 2DFHA 4I2PA 4CHOA 3HVTA 1L3UA 2HHWA 2VG6A 2P5OA 3KKRA 2NUBA 1JLCA 1ASUA 3NGIA 1TKZA 2PZSA 1FKPA 1EX4A 2P5GA 3M8SA 1WAJA 4B9TA 4ICLA 3SCXA 3NAEA 4DTMA 1NKCA 4J2DA 1CZ9A 5HROA 3K58A 3RWUA 3AVAA 3L3VA 4CFAA 2YKMA 3U3GA 4C8NA 2PY5A 3VQDA 2FBVA 3AA5X 4UQGA 4ZHRA 4DFPA 3MXMA 3K5OA 1TL1A 2XRIA 4CERA 1RT4A 1REVA 4DF8A 4FJMA 4IFYA 4KHWA 5HRPA 1WSIA 2RF2A 1Q8IA 3QLHA 3M8RA 3ZT1A 1Q9YA 4W5OA 4CHNA 2OA8A 2OYQA 3TAQA 5C42A 2D5RA 1IO2A 3PY8A 2YNHA 4J2BA 3QINA 4PA1A 4HTUA 4DSEA 4ID5A 1TKDA 1UWBA 1RT3A 4O0JA 4CHYA 4G1QA 4LD0A 3AO4A 4MFBA 5KGWA 3I0RA 4N56A 5KRSA 2R7YA 4ELUA 4FM0A 3QEIA 4CF2A 1HYSA 1U4BA 4N5SA 1W0HA 4BDYA 2VG5A 4B9SA 3LP3A 4FLUA 1B9DA 1HNIA 4M3RA 3SQ2A 1KLNA 2KTQA 1VSEA 3SQ0A 3CM6A 1GOCA 3CFPA 3ZSXA 3ASMA 3NF9A 5FDLA 1HYVA 3BDPA 2E6LA 2KW4A 4OGEA 4E7LA 1UAXA 1T03A 1XC9A 4Z4FA 4RW4A 1KLMA 1RT1A 3NBPA 1RT2A 4IDKA 4DFJA 4W5NA 3QO9A 3DRRA 3T19A 3VN5A 3ZSRA 1QQCA 4BACA 3OYEA 4DU1A 2Z1IA 4CGFA 1HRHA 4KTZA 1G15A 2B6AA 4DTXA 4M3TA 4LSLA 3HJFA 3AVBA 4CEOA 4F2RA 3ZSWA 2OZSA 4L8RB 4H4OA 3DI6A 1L3TA 3SV4A 3RR8A 4K8XA 3IS9A 4DLEA 1BCOA 1RNHA 3OJUA 3QETA 1QSSA 4KB1A 1NK4A 4CECA 1RBRA 3SV3A 1NJZA 4RG8A 4DQIA 4B9UA 3OYIA 2Z1GA 4I9LA 3MAQA 3D0PA 4CEQA 4DQQA 3OJSA 3V81A 4KAZA 1S1WA 1KSPA 3TANA 5K14A 1HPZA 3LP0A 2HHQA 3VQEA 4DSFA 3S3OA 3CQ8A 4DFMA 1D9DA 2OZMA 1FXXA 3V9UA 4RW6A 5SZTA 4FJIA 2X6NA 1RTDA 3HO1A 2WOMA 1FK9A 3OYAA 3NF7A 3OYGA 2XO7A 3OYMA 4PY5A 3C6TA 3O4QA 2YKNA 2Z1HA 1IKYA 1JLFA 4FJHA 4I9QA 2OPPA 2EHGA 4FLTA 5FRMA 3NH2A 3KK2A 4RW8A 3VQ8A 4AILC 3V6DA 3KLGA 3HT3A 3QNNA 4LSNA 4M41A 4CEBA 1KVAA 1NJYA 3NGYA 4K8ZA 4Z4EA 2YHAA 2YNIA 2RN2A 3DRSA 4CGGA 3KLIA 1TKTA 1S9GA 4BWJA 2HMIA 2AJQA 4KRFA 2XY8A 3NDKA 5I3UA 1D5AA 3AVHA 3UIQA 1CXUA 1IKXA 1WLJA 3CM5A 4DTNA 3TARA 1QTMA 4FJGA 1TKXA 3LWMA 3IG1A 1S1XA 1Z26A 5CY4A 4FLYA 3RRHA 4C8KA 4RW7A 1QSLA 3VQAA 3BGRA 5T7BA 2A1RA 4FJ8A 1JL1A 1LW2A 4DTUA 4FLZA 3MXJA 4KHNA 1YTUA 1JLEA 2X74A 3DRPA 1VSJA 3HP9A 3TR8A 3K57A 1SL1A 4LH5A 3M8QA 4FW1A 1NOZA 1DTQA 4CJ4A 3JYTA 4CEEA 1J54A 2G8FA 3NGZA 4W5RA 3SNNA 4HVJA 3QESA 1UA1A 1RTJA 4I7FA 1MU2A 4C8OA 4DSJA 2ZE2A 3KIOA 5C24A 3CG7A 3QIPA 3V1OA 3OYCA 4DS4A 3AV9A 3C95A 5FRNA 4O0IA 4LH4A 4CGIA 1NJWA 2D0BA 4E7HA 4M3ZA 3WNEA 3VQQA 2A1SA 5KTQA 4BE2A 5KRTA 3EZ5A 3ZSQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NLXA 3B6OA 4H8KA 4NB4A 3CCJN 1S6QA 4BRFA 5KQDA 3NVKA 2QWPA 2O8CA 3OHRA 2ZM6K 3BF1A 4FWOA 4BRIA 4HUFA 4NCAA 3V1QA 3D7EO 5AQHA 4N47A 1YF5L 4DV1K 4FWMA 1U48A 4DWIA 2OTJN 3R1XA 4BRDA 3A5LC 1J53A 4IKFA 4KHUA 1FKOA 5D3GA 4A5AA 2NRXA 5M1NA 2FLOA 1YVNA 2P9SB 4IWVA 4JI3K 4F3OA 3OYLA 2A6AA 3ZX3A 2OCEA 5EU7A 4N41A 5AZIA 3RTVA 1JCFA 3LAMA 4DUYK 1I94K 5AQOA 3PX0A 4FYDA 2HF4A 2Q0UA 3HSCA 3NCIA 5I42A 1OVQA 4B1YB 3SQ1A 1TL3A 4IOCL 3FFKB 4BC2A 3O9RA 1DLOA 1I39A 1P90A 4E7JA 3NE6A 2KFZA 3DLEA 4Y1CA 1Z6RA 4OPAA 1HYZA 4M45A 1S1UA 2O8BA 4B1UB 1ASWA 1RT6A 3HM8A 2Z1JA 4DV7K 1ZBSA 5KPTA 2ZGZA 1K8KA 3AA4A 3HOTA 3CJ9A 3KLEA 5J2PA 3VF4A 3VTHA 3WNHA 3VQ4A 3GL1A 4CIGA 4Z94A 4GV9A 1QVGM 3NF6A 2UUBK 3VGLA 1TV6A 3DJCA 2FBTA 3I8BA 5F2RA 3L2VA 3THYB 1A5VA 3TPQA 3RSEB 3U8XA 4A2BA 4GV3A 4DV6K 3CCLN 3THVA 4M3UA 1VQ8N 2GWKA 4JI8K 1NG9A 4KHQA 2W40A 3CCUN 2F96A 1NGDA 4JRPA 1A5WA 4M42A 4CK2A 3MK6A 3MN6A 3PSFA 3R9PA 1NM1A 5DM6L 2VGNA 3KLFA 4W5QA 3LANA 4E1MA 3A5OC 3LP1A 3WQTA 3M3ZA 2DFFA 3U3YA 1DT9A 3AAPA 5LJVA 4BE1A 2NZTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CEA A;  4DR6 K;  3HXM A;  3ULD A;  2HW3 A;  4FJ9 A;  4CGJ A;  3S3N A;  2IGI A;  1TVR A;  4H0P A;  2WTU A;  3HK2 A;  4B08 A;  3EEQ A;  4BVP A;  3O3G A;  5C15 A;  1JLG A;  4CJW A;  1ZBF A;  3AVK A;  4DQS A;  2NRT A;  1RGI A;  1JL2 A;  3PX6 A;  3B6P A;  1C1A A;  3QER A;  1EP4 A;  1ZYQ A;  4O8K A;  2I7P A;  3P4I A;  4I2P A;  1Q81 O;  2VG6 A;  3A0I X;  3KKR A;  1ASU A;  4DV4 K;  5A2Q O;  2YHW A;  5AQP A;  2IVN A;  2ITM A;  1GLJ O;  3SCX A;  1NKC A;  4JV5 K;  4MO5 A;  3K58 A;  3AVA A;  3L3V A;  4CFA A;  3U3G A;  2D0P A;  2XRI A;  4KHW A;  1RT4 A;  3AGK A;  4FJM A;  4IFY A;  3NVM A;  1VQ5 N;  4B3T K;  1WSI A;  2ZF5 O;  1Q8I A;  2OTL N;  3TAQ A;  5C42 A;  1IO2 A;  2YNH A;  4MO4 A;  3QIN A;  4DSE A;  3FZK A;  1UWB A;  4G1Q A;  4LD0 A;  4ELU A;  4MFB A;  4FM0 A;  4LC9 B;  1U4B A;  4OX9 K;  5AQR A;  4JN4 A;  4XH5 A;  1KLN A;  3ZSX A;  3ASM A;  5FDL A;  4BRK A;  3OBW A;  4OGE A;  4JNE A;  3HRG A;  1XC9 A;  1RT1 A;  2IIR A;  3NBP A;  4BRQ A;  3ZSR A;  3VN5 A;  4CGF A;  4QS9 A;  2B6A A;  3UKR B;  4DTX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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