4IO6A

Crystal structure of the avglur1 ligand binding domain complex with methionine at 1.6 angstrom resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
248
structure length
243
Chain Sequence
GSARLKGITLRIGVIESVPFTIVANVINTTKLTGYVLDLIEYLRDKMGFVADVQLAPPNTSYTGLVLALANGDYDIAIGDITVTSARREIVAFSNSISDNSMRILMRKGTLIDGMDDLKNGKIPYNRIGIRIGTAGEDYYLREISGGSRNFYPLKSRQEMYDSLLAGIIDVSFMDIGTAEYVTNNIYCNLTLVGEDFDKSTFGIVTPKEWLYAKDLDVNILSLRETGILDNLKKKWFQTKACP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AvGluR1 ligand binding domain
source organism Adineta vaga
molecule tags Membrane protein
total genus 78
structure length 243
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io6A02
3S4UA 3N6UA 4DIGA 3JZJA 4IY5A 4ELQA 2ZMBA 1GTKA 3HV1A 4RXLA 2I58A 2VHAA 4GVOA 3EPEA 1HSJA 3D4CA 2QS1A 2ZYMA 3OD7A 3KOSA 2HQ0A 1AMFA 4QFLA 4U21A 3SDFA 1OMPA 2F35A 3H6TA 2F6PA 3ECRA 1FTJA 4DLDA 1OQGA 1QKBA 3OSRA 1B3HA 4YKJA 3MPKA 1H45A 4PFYA 4QFOA 3TQLA 2XX8A 4ELRA 2VD2A 4KCCA 1B0LA 3PUVE 3OEMA 1LBCA 3K1NA 5H8NB 2ONKE 2QPQA 3IOVA 3UN6A 3ODBA 4XKPA 1H3DA 4GIZA 4IO5A 4NE4A 4U4XA 4BDMA 3OO6A 1H44A 3IR1A 3MP1A 5HBCA 3HO7A 1II5A 2QMXA 4EQBA 3PPOA 3USDA 4G68B 2AL4A 4X9TA 1NKXA 2A5SA 4ZEBA 1YPNA 4GXAA 4YKIA 1MXWA 3GBBA 1QJMA 4Q5TA 1VSOA 3Q29A 1UIVA 2F78A 3IAZA 2ZYNA 2B65A 1ZLQA 2V84A 4EDPA 3E3KA 1LFIA 3K4UA 3TEPA 3TFLA 2FA7A 5I58A 3W9VA 4ZEDA 3FVNA 4OFLA 1Y4CA 1MXXA 2RCBA 4X48A 1VFEA 3TTKA 1TFAA 2ZNTA 1JETA 4LVQA 3MVZA 4DZ1A 3QAXA 1PEBA 2ZNSA 4KD5A 4O3AA 2Q2AA 2YJPA 2QMWA 2VD3A 4LONB 2XD2A 1YAEA 1YCJA 1A7LA 1SW5A 2LAOA 3PPQA 4BDNA 1B7ZA 4NWCA 3FVKA 2NVUB 5DT6A 1MPBA 2O6AA 1MXUA 3ZS6A 4PFTA 3SEVA 1NH8A 4MF3A 1MM7A 1MS7A 3OO8A 1P1QA 1TT1A 1FTOA 4ELOA 3I6VA 3VXCA 3A3UA 3THIA 5H8QA 3T96B 4F18A 4RPNA 5A5XB 1SYHA 3MJNA 5KDTB 3K1MA 4KFQA 4O3BA 4F31B 4R6YA 2DWIA 1RKMA 2A5TA 3IORA 1I6AA 4HW8A 1PB7A 3SETA 3T22A 4KR5A 4DDDA 4QSEA 3VV5A 3L6HA 4OXVA 4KPTA 4MH5A 2RCAA 1XHYA 4JWOA 1IXHA 3IJXB 1B3LA 4FEBA 4PP0A 1N3WA 3N6TA 1B5HA 2I4BA 2I49A 5IAIA 1AH5A 4H6DA 5KZTA 3G3KA 1B2HA 3TMGA 1LB8A 1ZIUA 1MPCA 1IIWA 4P0IA 3QYTA 4JBZA 4IO6A 1FQEA 3MQ9A 5B7DA 1D9YA 4G4PA 4TLMB 3SERA 1N0TA 4OENA 2WKYA 3FVOA 3IL1B 1MQHA 2OBGA 3VDFA 4MFIA 3JYRA 5F1QA 3MC2A 5M2VA 1MY0A 1B7UA 3CFZA 3G3IA 4R75A 4ESXA 1NNFA 1DTZA 3G3FA 3C33A 4ZEKA 2XHDA 3S9MC 1MQGA 1B4HA 4NF8B 3JV9A 3BBRA 2Y84A 1JQFA 4LQ2A 1P1WA 2DOJA 1MH3A 1B32A 4ELPA 3RNNA 1UTHB 2R9JA 4UACA 4ECFA 3PPNA 2ANJA 3TZAA 3TTMA 2PX1A 4FE8A 3GXAA 1XC1A 3SKPA 1SI1A 2UVIA 2O7IA 3SEWA 3FGSA 3KG2A 5I2NB 4R2FA 5CI5A 4G68C 3OENA 3K2DA 4IY6A 4XKNA 4F3PA 1JVXA 3MW0A 1XVXA 3W9WA 1GVCA 2DP8A 4Z0IA 2D3IA 1EH3A 3PUYE 4H0WA 2P2AA 2F5XA 3BFTA 1B58A 4L17A 4XXUA 4ND9A 1IEJA 3IB1A 5I2KB 1POTA 2PT1A 3B6TA 1JEUA 4KI0E 4GLIA 1QW0A 3AXFA 3OO7A 3HHGA 4ZECA 2G29A 3VVDA 4U4SA 2DWJA 2Q88A 5I59B 4MBPA 2P1SA 1US5A 5FTHA 3C35A 5HPQA 4R74A 4X1BA 3KSJA 1D4NA 2UYFA 3Q27A 2Z23A 1LFHA 2OWTA 5ISUA 2DVZA 2DXRA 2D21A 1IXGA 1SW2A 3BKIB 4WEPA 1FCKA 4U23A 4WEDA 2D5WA 1NFTA 1IITA 1MG1A 4KYDA 3O29A 3FASA 3G3GA 4NWDA 1D9VA 4OYVA 2I4CA 3TTLA 2HXWA 5DEXB 1IUDA 1B9JA 4Q30B 5H8NA 2ABHA 4YAHX 2UVGA 4LUBA 2BJJX 3O6HA 4RK2A 4F2QA 1OLCA 1DPEA 4QF9A 5BWJA 4LZ7A 3OSQA 3IX1A 2I3WA 5EHMA 5AA4B 3V89B 4G68A 3PD8A 3IOUA 4HCWA 5IKBA 5L8DA 1PB9A 3Q28A 5TPAA 4NF6A 1BIYA 3KN8A 2XXHA 4MLQA 2XX9A 3DP8A 4O3CA 5AA2B 1YTVA 1UIUA 4QHQA 1CE2A 4ZS9A 1B3GA 3FD3A 1N7WA 4WXJA 5TP9B 2NXOA 3FJGA 3FVGA 4RY1A 2O1MA 2RKMA 3B6QA 2NOOA 2Z8EA 3HCQA 5ITOA 2Y7WA 1Y20A 4LQ5A 2B3BA 2I0BA 4G8MA 4OZ9A 3HHFA 4XTCQ 3MZBA 4G8HA 3O6IA 3G7WA 1Y4TA 4YMAA 4ZEIA 4QSDA 4GD5A 4NF5B 1SYIA 4TLLB 5BUUA 2UXAA 3MVYA 1VE4A 3RQTA 3PD9A 4EUOA 3KZGA 2UVJA 3PV0E 1B46A 1IZ1A 3M3KA 3PPPA 1LSTA 3U1OA 2V93A 3ZKKA 4F2OA 4IO7A 1EU8A 2V3TA 4ZZAA 4DCYA 2XXRA 3SESA 3CIJA 1HSLA 4FIMA 5CMCA 1MY1A 2DWAA 5I84A 4LATA 2H25A 1FTMA 4JSOA 2DE4A 3TCHA 1SW4A 4F3BA 3RPWA 2H4IA 3CFXA 4OQOA 3KJ7A 1MXVA 4C1TA 2XD3A 1SI0A 2B3FA 2FYIA 3OELA 1DTGA 4YB5A 4QFKA 4H8IA 4R72A 3MP6A 1B4ZA 3LSWA 4XKRA 4YKPA 1H76A 1SQYA 2O68A 3T93B 1FTLA 3IB2A 4F39A 2R71A 1RYXA 3TTRA 1PBQA 1FQBA 2FNCA 1B5JA 1LAFE 3C36A 4LP2B 5DVFA 3EHTA 5H8HA 3FIRA 1ELJA 1VFDA 4FJPA 4EXKA 4RYAA 5L9MA 3N94A 1XOCA 3R26A 4OFJA 4LZ5A 1B7HA 3LSLA 4JWYA 2H9BA 1FQCA 2H98A 4U1ZA 1OLAA 4YKKA 4NF8A 3RTFB 4R6HA 1A8EA 1Y3QA 3BFUA 1QUIA 3U94A 4ZZEA 3SEXA 3H6UA 1P1NA 1MPDA 1DPPA 2QS3A 3ILUB 3KEIA 1ATGA 1M5EA 1TWYA 1B3FA 1B3EA 3TCFA 3TELA 1MQDA 4JDFA 1O7TA 2HAVA 4F3SA 2F8DA 4YMBA 3TTNA 3C31A 1A40A 3P7IA 3UIFA 1Y3NA 3KJTA 3MWBA 4GRKA 4GXSB 2E0SA 4Q0CA 1Z7NE 5B70A 3FUZA 1BTJA 1SVXB 2R6GE 3EF7A 2AIXA 4ZE9A 1LAGE 3VLWA 4ZEFA 5JK4A 3RT6B 4IGTA 3VE1B 1QULA 5DVIA 3VLUA 5JEIA 2OWSA 1S9TA 2V3QA 3VVEA 5HM4B 3RT8A 3S9NC 1B5IA 1FQDA 4G77A 4HTGA 2H5YA 2Q2CA 1FQAA 1R1NA 3C9HA 3R7XA 4R73A 1MDP1 2DE3A 3RLFE 3QK6A 1HSEA 4ISUA 3C32A 1QVSA 3GZGA 4N13A 3PUWE 2HCAA 1FQFA 3K00A 3D4GA 1T0KA 2QRYA 3UP9A 3KBRA 2RF1A 1MXYA 2HZKA 3EHUA 5I58B 3QXMA 1I6BA 1P1OA 2GFEA 1IXCA 2V3UA 2F7BA 4NF4A 1ZTYA 5CBSA 3MBPA 2HFBA 4KYSA 4K3FA 4FATA 5I56B 3K1PA 1I69A 4M1VA 4KYEA 5DTBA 1MM6A 4XIGQ 1MQJA 4PFUA 2RC9A 2H99A 3IOWA 4OTEA 5J1DA 2RINA 3MVWA 2XXTA 1B52A 5AA4A 3V83A 4AB6A 5KCJB 5CMMA 4R9GA 3FATA 5ITPA 5L9SA 3MAMA 5FTIA 2Q8JA 3U93A 3K0VA 4E0WA 3VFJA 1NL5A 5AA2A 3W15C 2KLFA 3MPLA 4H5GA 4OHNA 2PBWA 3B6WA 3IOTA 2G93A 1ANFA 3S9LC 5ICTA 3PMXA 5DYHA 5CBRA 5AE4A 3H03A 2O51A 3K6WA 2UVHA 2XXQA 4BDQA 3U72A 3CVGA 4DE8A 3PGFA 2Z8FA 1LGBC 3B7DA 2Y7KA 4GL0A 3ZSFA 3U8QA 2V25A 3KN7A 3ONMA 2XXXA 4LA9A 4GWOA 1ZKBA 3PMVA 2F34A 3A09A 1JNFA 5FHMA 3PU5A 4FECA 2VOZA 4H8JA 4THIA 2ZYKA 1LAHE 3IO6A 1QKAA 1B0HA 4I9DA 4H67A 2HEUA 2PT2A 2REGA 1Y9UA 2GRVA 3KSXA 1P1UA 2QL3A 1AIVA 3SEYA 1UQWA 2O84X 4R6KA 1A99A 2YLNA 1JW1A 3T9UA 2CMOA 1O63A 3OO9A 3OXNA 2Z22A 3DP6A 2F36A 1LCFA 1A8FA 3PUXE 4YB7A 3N5LA 1USYE 3O28A 4I1DA 4MLVA 4RA1A 1MY3A 1TFDA 2P0SA 3C34A 3GBAA 3CSGA 4XKQA 1GV8A 5AA1A 2ONRA 3C4MA 2IEEA 3DM0A 1B51A 3FXQA 4DXBA 5FHOA 5K2YA 1ZU0A 3FJMA 4OEUA 5H8SA 4ZE8A 3ZKLA 3R6UA 4YZZA 1JW5A 2XXYA 4G2ZA 3FV1A 2OJTA 4ESWA 3H6WA 3RGYA 3UORA 1URSA 4GF8A 1PC3A 5CRYA 5H8FB 1BKAA 3O9PA 1LB9A 2I48A 1Y3PA 3QUFA 4U1OA 5I57B 3KN3A 4JB7A 1DMBA 1Q1KA 4EQ9A 2XXWA 4HCYA 5EYFA 3RTWB 5EHSA 1UTBB 1WVJA 3PUZE 3IO4A 1AL3A 1SDXA 1J1NA 1XT8A 2PVUA 2XX7A 3V8XB 1P99A 1Z7ME 2Y7RA 3TCGA 3A3CA 1MXZA 3K6UA 2DXYA 4OEVA 3Q25A 3EHSA 1MY4A 2VGQA 5FHNA 4C1UA 1B6HA 3M3FA 2F97A 1F9BA 3M8UA 1B40A 4OMBA 5A5XA 4TQUQ 3CG3A 3UK4A 5KDTA 1MQIA 3G3JA 3K01A 1R6ZA 4DXCA 4TOZA 3EQ1A 4AQ4A 4M4GA 3DLNA 1WDNA 2I3VA 1VR5A 1GGGA 2PMSA 3IK6B 1LBBA 4EF2A 1S50A 4N6PA 3ILTB 3FJ7A 1L5TA 4RNSA 5L9OA 4OERA 1I6QA 2ONSA 3O6GA 2X7QA 1R9LA 3DELB 4OVJA 2ALUA 4QFNA 1RYOA 3K6VA 5CMKA 4IO3A 2QSXA 1BP5A 1USYH 1IXIA 1A55A 1QUJA 2I0CA 2OK2A 1Y1ZA 1M5BA 5TPAB 1URGA 4H5FA 4NF6B 1N84A 5JTYB 1GR2A 4NEDA 3LR1A 3GLBA 3E4RA 4R2BA 4EXLA 4G8NA 3LC8A 2ZNUA 1NNKA 4ONYA 4KCDA 2XXUA 4EQ7A 2XXPA 4JSDA 2QS2A 2IA4A 3RUMA 4PE5B 2OZZA 1Y1MA 4YICA 2DWHA 3WAEA 2I6EA 3TPAA 4E0XA 3LUYA 3TYHA 3T9HB 3VVFA 5I56A 3H06B 4F19A 3CRBA 3RY3A 4KQPA 1UTHA 1B05A 2QJEA 2THIA 3T9VA 3O66A 2Y7IA 2VP1A 2M8CA 2HZLA 4JXIA 4P0GA 2Z8DA 1OVBA 2ZXTA 5KCJA 3F11A 4RK9A 5CC2A 2Q9TA 4WKMA 2OCUA 2AL5A 3LSFB 1POY1 5I2NA 4RPOA 3TUSA 2F7CA 5CM6A 3HSTA 3K6XA 2QS4A 3IB0A 2RC8A 2XXIA 4Q8RA 3N26A 1MDQA 5K2XA 3FZVA 2O7UA 2ESNA 5I2KA 5ICQA 1O64A 1PDAA 2DQVA 4POXA 4OESA 4FAJA 5ELVA 2W7YA 4PQJA 4U22A 5AA3A 2DYXA 3CR9A 4IO2A 5I59A 1SW1A 1N3XA 1FW0A 3E13X 1N04A 5F7VA 4Z7EA 1URDA 2RC7A 2DE2A 2YPNA 1JEVA 2O69A 3H3GA 4BLAA 4C0RA 4X1DA 3T66A 4GOTA 2X7PA 1XVYA 2PYYA 2X26A 3OOAA 2F7AA 3TAJA 2AYSA 2NWJA 3QUJA 5DEXA 2DS9A 1EZ9A 2O1LA 3IJOB 4HS7A 5H8HB 4FORA 1N7XA 3LBSA 4KHZE 3K02A 5TU0A 3MVXA 1R9QA 1XS5A 2ZYOA 1DOTA 2E1SA 4EF1A 1CB6A 3VXBA 3MZ1A 3V5AA 2Y7PA 4BDOA 2GHBA 3I3VA 2F6GA 2GHAA 1M5DA 5CMBA 2UYEA 4F1VA 1US4A 4POWA 4IGRA 1EZOA 3M3LA 1WODA 3MUQA 4BDRA 3I5OA 4GQOA 4LZ8A 3EN3A 1IQ7A 3G3HA 1S7YA 4NTLA 1OVTA 3CSBA 3SEUA 4ZDMA 1SBPA 5H8QB 1NNTA 4F22A 1A54A 3MZ9A 1N76A 5TP9A 2DSFA 4DCXA 3QIMA 5H8FA 1NNPA 2A5TB 4IO4A 3FXUA 2DVCA 3OEKA 5I57A 1PB8A 1H43A 4PETA 3FXRA 1OQHA 1AOVA 3UGWA 4AB5A 2GH9A 4GL8A 3CG1A 3E9XA 3TKDA 2CZLA 3PPRA 1PBPA 1ZJLA 1UTBA 2HAUA 3TDJA 3CI8A 5DVJA 1MRPA 3O2AA 1B1XA 5LOMA 4IB2A 4YB6A 1KWHA 3L6GA 4PFWA 4BDLA 4NF5A 4I8CA 1JW4A 3PMWA 4JWXA 3FV2A 1LLSA 4F3GA 4NMYA 2Q89A 1EZPA 3MP8A 4UA8A 3HN0A 3WAFA 4OETA 4P11A 1MH4A 1LCTA 1FTKA 4F1YA 1D3KA 1LAXA 3UA8A 4H1XA 1M5FA 3U92A 1BLFA 1OIBA 4F29A 4H65A 3H6VA 1B1HA 5AA2D 3O97A 3CFLA 1JVYA 4QSCA 2XXVA 4QFPA 1DSNA 3KFMA 4R9FA 4NF4B 1Q35A 1LFGA 3Q26A 3S2VA 3RN8A 2REJA 3KGCA 4OFOA 3H7MA 4RJZA 4FEDA 3HPIA 3OMBA 4U2RA 3KOTA 1SD3A 2NUVA 1NH7A 4N07A 3H4ZA 1ZMGA 2OLBA 1MY2A 3VLVA 1QUKA 1TXFA 4F1UA 4GFRA 3DP4A 4YU0A 3LSXA 4DXUA 4QRZA 5JTYA 1NMUA 4I62A 3T9XB 3TODA 1M5CA 3QSLA 4OWDA 3S9EA 1ZBMA 3TQWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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