4IO6A

Crystal structure of the avglur1 ligand binding domain complex with methionine at 1.6 angstrom resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
248
structure length
243
Chain Sequence
GSARLKGITLRIGVIESVPFTIVANVINTTKLTGYVLDLIEYLRDKMGFVADVQLAPPNTSYTGLVLALANGDYDIAIGDITVTSARREIVAFSNSISDNSMRILMRKGTLIDGMDDLKNGKIPYNRIGIRIGTAGEDYYLREISGGSRNFYPLKSRQEMYDSLLAGIIDVSFMDIGTAEYVTNNIYCNLTLVGEDFDKSTFGIVTPKEWLYAKDLDVNILSLRETGILDNLKKKWFQTKACP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Adineta vaga
molecule keywords AvGluR1 ligand binding domain
total genus 78
structure length 243
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io6A02
2RINA 4LP2B 4F18A 4AB5A 4LZ7A 3VXCA 3RLFE 4FEBA 3LUYA 4H65A 1XVYA 2DSFA 3C34A 5CMCA 1JEUA 4YKIA 5I57A 3C31A 3A3CA 5ITOA 2QS2A 3B6WA 4LQ5A 1PB7A 2G93A 2ZXTA 1Q1KA 3HPIA 1BP5A 3VXBA 2HZKA 3G7WA 1SW2A 4GVOA 1PDAA 2A5SA 2OWSA 3VVFA 3M3LA 2O7IA 3TDJA 1B7ZA 1RYOA 4IGTA 1VFEA 4GWOA 4XKRA 3TTLA 2XX9A 3RTWB 3MP8A 2HAUA 4OXVA 5TPAB 3VLUA 3VVEA 3EQ1A 3TKDA 1UIUA 3PPPA 2DVZA 2FYIA 3U94A 2Z22A 1UTHB 1PBQA 3Q27A 4I9DA 4TLMB 3IL1B 4KPTA 1N04A 3OMBA 3W15C 1MS7A 3FXUA 1FQBA 3CG3A 4G8MA 1ANFA 3ILTB 4H5GA 4AQ4A 2D5WA 1B3HA 1SDXA 3PMVA 3CR9A 2PMSA 3N26A 3K00A 3PPOA 2R6GE 4LA9A 3TTKA 1VSOA 3Q25A 1KWHA 1WODA 3MWBA 3QUFA 1NKXA 1IIWA 1TWYA 5FHOA 4ELPA 1SQYA 3VVDA 4BDQA 1SW1A 5AA2D 1IQ7A 1JNFA 4XTCQ 4P0GA 1YAEA 4F31B 2Y7PA 1A99A 4QSEA 5ISUA 3VLVA 4ZEBA 4R6KA 3S4UA 5I59B 3BKIB 5DVJA 1LCTA 4NWCA 5FHMA 4DCXA 5TPAA 2FNCA 3GZGA 3UK4A 3IB2A 2OBGA 3WAFA 1IXCA 2PX1A 1RKMA 1UTHA 3P7IA 4FE8A 4R6YA 1BLFA 1MY2A 4ZEDA 3MVXA 4XKPA 2HZLA 2AL5A 3JYRA 2O68A 1OLCA 2VP1A 4G68C 3VV5A 4IO7A 3S9LC 2O1MA 4KR5A 5H8FB 2H9BA 3GBAA 4GF8A 4QSDA 1NL5A 2I3WA 3O66A 4HCYA 2IA4A 1XHYA 1POY1 4R75A 3CFXA 2Q8JA 3K6XA 1URSA 3S9NC 2QRYA 2F5XA 3M8UA 4G8NA 4JBZA 5CRYA 3O97A 1QW0A 4OFOA 4F3GA 4OENA 2DOJA 2HAVA 1M5CA 1MDQA 2H5YA 2ANJA 5KCJB 3MAMA 3UA8A 4C1UA 3G3FA 5EHSA 5I59A 3OO9A 4RYAA 3KJTA 2ONSA 1JETA 4YKJA 1BTJA 1Y4CA 3LSXA 4U1OA 1POTA 3PUVE 1O7TA 1R6ZA 5CMBA 3H06B 4THIA 4FIMA 3T66A 2F6GA 1MY0A 5EYFA 1M5FA 3FD3A 4BDOA 3C32A 4F29A 3I3VA 1A8EA 1FTMA 5DTBA 5H8FA 3HN0A 4KCCA 4GFRA 4QFNA 4OWDA 3SERA 3C4MA 2XX8A 2I48A 1J1NA 2FA7A 3JZJA 3RTFB 3TCFA 2ZYNA 2NWJA 3HV1A 3EHTA 2P0SA 3MBPA 3Q28A 1H44A 1NH7A 1HSLA 1USYH 1MQJA 3RNNA 3LSLA 2VOZA 5KCJA 5CMKA 1B05A 4POXA 1H76A 2Y7RA 3DP8A 3FGSA 2AL4A 4TLLB 1JVXA 2HFBA 3TEPA 2F7AA 3T9VA 1RYXA 4C1TA 3N6UA 1MXUA 4IY6A 3IAZA 4OETA 3SKPA 3L6HA 3E3KA 4HTGA 1B3FA 1IZ1A 4GL0A 5AA3A 5B7DA 5K2XA 4OMBA 3KSXA 5JEIA 2R9JA 5TU0A 4DXCA 4RPNA 5EHMA 1IEJA 4RA1A 1VE4A 1LAGE 3PD8A 3TPAA 1HSJA 2OZZA 1YPNA 1P1NA 4POWA 1Y3NA 1IUDA 1L5TA 4TOZA 1JEVA 3U72A 4PFUA 5DVFA 1DTGA 1O63A 4PFYA 1OIBA 5ICQA 4OESA 1P1QA 3PMXA 2REJA 1B1XA 3MZBA 1SVXB 2ZNSA 3IB0A 2VD2A 3CI8A 3MPKA 1US5A 4IO2A 3TCHA 4ZECA 4MBPA 2OWTA 3KFMA 3MP6A 3C35A 4X48A 5M2VA 4N6PA 4OEVA 3ECRA 4QHQA 4OHNA 2HQ0A 1NNTA 1I6AA 1AL3A 1LAXA 1LFIA 3TQLA 1M5BA 1Y20A 3UIFA 2XXYA 3K1PA 4JDFA 2DP8A 1FTOA 1IXGA 3OXNA 4I62A 4NEDA 3LSWA 1MQIA 2O1LA 1P99A 4JB7A 2UXAA 3TAJA 3OOAA 1QUKA 2V3UA 2ZMBA 4BDMA 4F3SA 2GRVA 4OERA 5FTIA 4YU0A 2HEUA 2F7CA 1EU8A 3RUMA 2F36A 2X26A 1PB9A 3UORA 5CM6A 1Y9UA 2YJPA 3O6HA 5F1QA 3N6TA 4BDNA 1TFAA 2V3QA 1OQGA 4UA8A 2Y7WA 3G3GA 3TYHA 5CC2A 1USYE 3SDFA 1A40A 1R9LA 2RF1A 3DELB 3KG2A 2Q9TA 3PMWA 4FECA 1LB9A 5JK4A 3OO6A 1OVTA 3MVZA 3B6TA 3FXQA 1A55A 1Y1MA 3RN8A 3OO8A 3TELA 3K6VA 1IXHA 1FQFA 2YLNA 5L9OA 1B3LA 4F3BA 1N84A 4ZEFA 3OSQA 3V83A 3TUSA 3CFZA 3OELA 3TFLA 4QRZA 3CVGA 2ZYOA 2QS4A 4DLDA 3FASA 3SEVA 2GH9A 4R9FA 1MH3A 4KI0E 3K02A 3DLNA 4ELOA 1N7XA 2W7YA 3IO6A 2F97A 1MG1A 2I49A 4Q8RA 2DWIA 3U8QA 4R74A 1UQWA 3K4UA 4TQUQ 4G77A 5J1DA 1QJMA 1ZIUA 1US4A 3MW0A 1F9BA 1OQHA 4BDLA 5BUUA 4FORA 1PB8A 1HSEA 1B58A 1NNFA 2V25A 1M5DA 1FQCA 4U4XA 3MP1A 3H7MA 2E1SA 3KN7A 4H67A 1GTKA 4WEDA 4YKPA 4DCYA 1MDP1 1I6BA 2ZNUA 1AMFA 4YMBA 1AOVA 1O64A 4PFWA 4DDDA 1B2HA 2Y84A 3ILUB 1B5IA 2QMWA 4EXKA 3CIJA 2P2AA 2I58A 1D9YA 3OEMA 3G3IA 4H6DA 4OQOA 2ZYKA 1LFHA 3U92A 2XXQA 3FVGA 2XD3A 1II5A 3HCQA 4E0XA 3IB1A 1FTLA 3B6QA 2DWHA 3GXAA 1QUIA 3FV2A 4EDPA 4KYDA 3FZVA 3H4ZA 2VHAA 2OK2A 3TTRA 4NF8B 1QVSA 2Z8DA 4KFQA 4FAJA 2UYEA 3M3FA 4F3PA 3PPQA 3IOWA 4LQ2A 2RCAA 3SEYA 5I56B 3O9PA 5AA2B 1B3GA 1Y1ZA 3A09A 5CI5A 1SBPA 2CMOA 2DE4A 4R2BA 4JSOA 1MY4A 1AH5A 2BJJX 5ITPA 2M8CA 2XXPA 2QL3A 3IOUA 4IGRA 3EHSA 4JSDA 1N3WA 4LVQA 4F22A 1IITA 1NNKA 1XT8A 4FEDA 5DVIA 4WKMA 4O3CA 1B5JA 1QUJA 1VFDA 4HCWA 2Y7KA 5H8NB 5CBSA 5ICTA 4ZDMA 2XHDA 1LFGA 4BLAA 3MZ9A 2DXYA 4OVJA 5KZTA 1MY1A 2ONRA 4X1BA 4EF1A 2RCBA 4AB6A 1YCJA 3H03A 4RXLA 4NF8A 2DWJA 1NFTA 3D4CA 4RJZA 4PE5B 3DP6A 4ESWA 2I0CA 5B70A 3K1MA 3T22A 1GR2A 1UIVA 5I56A 3UP9A 4YAHX 5AA2A 4G4PA 4PETA 3OEKA 4OZ9A 4QFOA 3QSLA 2GFEA 4WXJA 4YZZA 3K0VA 3BFUA 2F8DA 2KLFA 2B65A 1MY3A 3K6WA 4DIGA 2Q2CA 4QFLA 2ZNTA 1TXFA 1B46A 3VDFA 2D21A 3PD9A 1B9JA 3CSGA 4XIGQ 2QMXA 3O6IA 4R2FA 4FJPA 1S9TA 4G2ZA 2F35A 2Q88A 1SYHA 2NOOA 1P1WA 3BFTA 1QULA 4HW8A 4H8IA 4Q0CA 3IX1A 2OJTA 5H8NA 4IO6A 5L9MA 1SW4A 4RPOA 1B52A 4QF9A 4GRKA 1WDNA 3C36A 2NVUB 1URDA 1MXXA 2ABHA 2HXWA 1N7WA 2H98A 3IOTA 4P11A 2AIXA 1H43A 2ALUA 1FW0A 1D4NA 4F2QA 4EUOA 3W9VA 3KEIA 2X7QA 4H1XA 1MQHA 2V84A 1OMPA 4Q5TA 1MQDA 3RY3A 4QFKA 3RT8A 4Q30B 1SW5A 1XVXA 3WAEA 1LAHE 3KOSA 4LZ5A 4F19A 4YB5A 2D3IA 2DXRA 2DWAA 1OVBA 3JV9A 1UTBB 4DZ1A 3RGYA 4JWXA 4YICA 2H99A 3V5AA 3CSBA 3O2AA 3R7XA 4JWOA 3SETA 3I6VA 4LUBA 1FQEA 4ZEIA 1ZBMA 2I0BA 2P1SA 1VR5A 4MH5A 3TODA 4YMAA 2PYYA 3O28A 4YKKA 4NF6B 3PU5A 3MZ1A 4RK9A 1B1HA 2UVHA 3PUXE 1H45A 4ONYA 1SD3A 4U4SA 4KD5A 4H0WA 2DVCA 1LB8A 2O7UA 3GLBA 3PPRA 1JW5A 4F1VA 3PPNA 3PGFA 3ZKLA 3H6UA 5DEXB 4U22A 4IO3A 4RK2A 2VGQA 1B51A 1Y4TA 4OEUA 3MUQA 2IEEA 4IO4A 4GXSB 3ODBA 4F1UA 5A5XB 1LBBA 1ZKBA 5FTHA 3TCGA 4LONB 3EN3A 4KQPA 4RY1A 2Y7IA 2DE3A 4OFJA 3F11A 2A5TB 3IK6B 4XXUA 1UTBA 2WKYA 2G29A 4M1VA 1OLAA 5IKBA 3QAXA 1Q35A 2NXOA 1BIYA 1R1NA 4NF4B 1MM6A 1D3KA 3KJ7A 2QS1A 4ZS9A 5H8QB 1A7LA 1JW1A 3BBRA 4NF6A 4XKNA 1Y3QA 4Z0IA 4NTLA 3IORA 1BKAA 3FXRA 3H6WA 3FJ7A 4R9GA 3V8XB 3QIMA 1LSTA 1B5HA 1I6QA 2RC7A 3G3JA 4G8HA 3H6TA 5DEXA 2QPQA 4QSCA 1A54A 2XXXA 3DP4A 3EF7A 2XXWA 3FJGA 2Z8EA 1Z7ME 4NMYA 2I3VA 2XXRA 3VE1B 3FVKA 3U93A 2RC9A 2THIA 5DYHA 1SYIA 4X1DA 5A5XA 4MLVA 3FV1A 1WVJA 4KYEA 4ND9A 2PT1A 1MRPA 3D4GA 2O84X 4ELRA 2GHAA 2ESNA 3QUJA 2YPNA 3R6UA 1NH8A 3CFLA 1PC3A 2A5TA 4ELQA 3RQTA 3SESA 3E13X 4Z7EA 1DTZA 4JWYA 4BDRA 1FTKA 2UVIA 1MQGA 3IOVA 1PEBA 3KGCA 3FVOA 5AE4A 1LBCA 2F78A 4GQOA 5DT6A 4NF4A 4N07A 5H8QA 1SI0A 3MC2A 2XXHA 3T9UA 3M3KA 4ECFA 4DXUA 3E9XA 3GBBA 3SEXA 4IY5A 3C33A 3PV0E 2R71A 5JTYB 5AA4B 3QK6A 3KBRA 4L17A 4EXLA 4C0RA 3PUZE 1DMBA 4EF2A 5BWJA 3PUWE 3CG1A 4U23A 1DPPA 1B4ZA 2PT2A 3EPEA 1DPEA 4NE4A 1MXZA 3IJXB 5I84A 4WEPA 4R72A 2ZYMA 2QJEA 2QSXA 4MLQA 4OYVA 3PUYE 3B7DA 3HHGA 3FVNA 1MH4A 4U1ZA 2RC8A 1JW4A 4ZZAA 4NWDA 5I2NB 1MXVA 3T9XB 3N94A 1MXWA 3KN3A 3IJOB 3MJNA 4GLIA 4RNSA 5I58B 3HSTA 3OO7A 2UVGA 4MFIA 2UYFA 1R9QA 1SI1A 4DXBA 2I6EA 3TTNA 4GXAA 2Z23A 2DS9A 2F6PA 1H3DA 3KZGA 3CRBA 3SEUA 3G3KA 1MXYA 1N0TA 2X7PA 2I4BA 2REGA 5JTYA 1ELJA 2XXUA 4R73A 3RPWA 2ONKE 3SEWA 5AA4A 1B7HA 4EQBA 3C9HA 4IB2A 1GVCA 3I5OA 4F1YA 1LCFA 4NF5B 3TZAA 2Q2AA 5ELVA 2UVJA 3L6GA 2O51A 4QFPA 4OTEA 4X9TA 1LAFE 3U1OA 3UGWA 5AA1A 3VLWA 5K2YA 3V89B 2NUVA 3TMGA 3VFJA 4LZ8A 1IXIA 1URGA 2XX7A 2OCUA 1N3XA 5I2NA 1QKBA 4EQ9A 3QXMA 3R26A 4DE8A 5I58A 4O3BA 3S9MC 3ZSFA 4O3AA 2DE2A 2GHBA 4XKQA 5H8HB 1YTVA 2F7BA 1XS5A 3QYTA 3TQWA 3ZKKA 1MPDA 1MM7A 4PFTA 1D9VA 5KDTB 4E0WA 1B0HA 4F2OA 2LAOA 3G3HA 1ZLQA 3W9WA 3FUZA 1ZU0A 3ZS6A 4ZZEA 2DQVA 3MPLA 5TP9B 3T93B 4FATA 5HBCA 1XC1A 4NF5A 2Q89A 2B3BA 3E4RA 5LOMA 4HS7A 4GOTA 1CB6A 1FQDA 4G68B 1EH3A 3OENA 3N5LA 3S9EA 3LR1A 1S7YA 3S2VA 4YB7A 3USDA 4KHZE 3IR1A 4EQ7A 2V93A 1JVYA 1XOCA 3IO4A 3KOTA 2VD3A 5F7VA 2B3FA 3ONMA 1Y3PA 3EHUA 2O6AA 3Q26A 3LC8A 3K1NA 1B6HA 5H8HA 3T9HB 4P0IA 1B40A 2Z8FA 5FHNA 3MQ9A 2RKMA 5KDTA 3O29A 5CMMA 3Q29A 4ZEKA 3HHFA 5HPQA 2PVUA 4I8CA 1B7UA 2F34A 1GGGA 4H5FA 1GV8A 5H8SA 1TT1A 3HO7A 2XXIA 2DYXA 4I1DA 1P1OA 5TP9A 3T96B 1FQAA 4F39A 3O6GA 4IO5A 4K3FA 1QKAA 1MPCA 3LBSA 3LSFB 4PQJA 4KYSA 3FJMA 3MVWA 4LATA 1TFDA 3KN8A 4G68A 1MPBA 3FIRA 1DOTA 1LGBC 3K6UA 3RT6B 4KCDA 2I4CA 4GL8A 1A8FA 1NNPA 4PP0A 3MVYA 2HCAA 5I2KB 2H25A 2H4IA 3H6VA 1ZMGA 3OD7A 1B4HA 5IAIA 4H8JA 1CE2A 1NMUA 1ZTYA 3K2DA 3UN6A 3OSRA 1B32A 2V3TA 3H3GA 1B0LA 1EZOA 1EZ9A 5L9SA 1B3EA 1PBPA 5CBRA 4M4GA 4U2RA 1EZPA 3FATA 4YB6A 4U21A 1I69A 5I57B 2OLBA 1Z7NE 3TTMA 3DM0A 4UACA 2E0SA 2XXTA 4MF3A 4JXIA 4GIZA 1FTJA 3KSJA 1JQFA 5HM4B 2XD2A 1ZJLA 2O69A 4ZE8A 2AYSA 5L8DA 4ZE9A 1FCKA 1DSNA 2QS3A 4ESXA 3K01A 1ATGA 2XXVA 3THIA 4R6HA 1S50A 4GD5A 1N76A 1P1UA 1AIVA 1T0KA 1LLSA 3A3UA 2PBWA 4N13A 4ISUA 3AXFA 5I2KA 2CZLA 1M5EA 4OFLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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