4IO7A

Crystal structure of the avglur1 ligand binding domain complex with phenylalanine at 1.9 angstrom resolution
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
248
structure length
244
Chain Sequence
GSARLKGITLRIGVIESVPFTIVANVIRNTTKLTGYVLDLIEYLRDKMGFVADVQLAPPNTSYTGLVLALANGDYDIAIGDITVTSARREIVAFSNSISDNSMRILMRKGTLIDGMDDLKNGKIPYNRIGIRIGTAGEDYYLREISGGSRNFYPLKSRQEMYDSLLAGIIDVSFMDIGTAEYVTNNIYCNLTLVGEDFDKSTFGIVTPKEWLYAKDLDVNILSLRETGILDNLKKKWFQTKACP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AvGluR1 ligand binding domain
molecule tags Membrane protein
source organism Adineta vaga
total genus 76
structure length 244
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io7A02
4IO5A 4BDRA 1B3FA 2H25A 2H4IA 3K1NA 2I4CA 4XIGQ 5I58A 1ZBMA 1L5TA 2Z22A 3V89B 1Q35A 4K3FA 3T66A 2F35A 3MJNA 4JXIA 2B3BA 2V84A 1LAXA 4YICA 5DEXA 1SW1A 3D4GA 4BDOA 5H8HA 4MLVA 4AB5A 4F3PA 1VR5A 5ELVA 2HZKA 4X1BA 3CR9A 4M1VA 3T9UA 1GR2A 1GGGA 1TFAA 3OO7A 3K00A 4ZEFA 3IAZA 4LZ7A 1EU8A 1A7LA 2ANJA 3VVDA 1URGA 1SDXA 3TEPA 4NF4A 4OEVA 4YZZA 3KEIA 4BDLA 1QKAA 4ZEIA 5L9MA 3LBSA 4YAHX 1YCJA 1WODA 2V3QA 2QS1A 4ISUA 3HO7A 2OCUA 3KSXA 1B0LA 4ZDMA 3FUZA 3O6IA 1MG1A 3LSLA 2ZNSA 2UVHA 4QFNA 1JEUA 2DWAA 3QXMA 2FA7A 5FHNA 1SI1A 3W9WA 4DCXA 2AL4A 5L9SA 1UTBB 1YTVA 1IEJA 2QS3A 4GIZA 2VOZA 1SW2A 2V25A 3C31A 2Z8FA 1B1HA 1Y1MA 1QULA 5AA2A 3HPIA 3SEYA 3PPQA 3IB0A 3GBBA 1MPBA 3GLBA 4GQOA 4EQBA 2UYEA 4YKKA 4RPOA 3PPNA 1FTLA 4R72A 1P1OA 2XXTA 3TTNA 4RPNA 2RCBA 2QSXA 3SEUA 1AOVA 2DE2A 2Y7WA 3TTKA 4GL8A 4LZ5A 3K6XA 5H8QB 1ZJLA 3IOWA 3K0VA 3HSTA 2W7YA 3E13X 2DSFA 1LB8A 1N3XA 1Z7ME 5ICTA 4R6HA 5CMBA 1VFEA 2QPQA 4R6YA 1S9TA 4PETA 1US5A 3EQ1A 2VD2A 4N13A 2Q2CA 1TFDA 1Z7NE 1MY2A 2DYXA 3H6UA 3V8XB 3KBRA 1M5FA 3VXBA 1B58A 3IOVA 1N04A 3OMBA 5KCJB 1FQEA 2QS4A 4IO4A 5CBSA 4R2BA 2DVCA 2DWHA 2OJTA 4F22A 3Q26A 2ZXTA 1NNFA 3Q25A 4QFPA 1B5IA 1DTZA 4R2FA 4KYSA 2IEEA 4OMBA 4KCCA 3CVGA 3OSQA 1ZLQA 4PP0A 5A5XB 1MPDA 3PUZE 5HPQA 1T0KA 1A8FA 1POY1 2YPNA 1MXXA 3LSWA 3R7XA 2XXQA 3B6QA 4XKRA 1YPNA 1OLAA 1B6HA 3FASA 4ZZAA 1D4NA 1VFDA 4Q8RA 3G3KA 4PQJA 2XXVA 2XHDA 1LFHA 3PMWA 1HSEA 4H6DA 3SDFA 2RCAA 2ZMBA 3IOUA 1EZOA 1XOCA 5CMMA 5JTYA 1N84A 3CIJA 2B3FA 1LAHE 2F8DA 4C1UA 3ZSFA 3IORA 3E9XA 2I6EA 3UN6A 3U94A 2XXYA 3JV9A 1JNFA 3D4CA 4NWCA 2F7AA 3EPEA 4O3BA 1N3WA 4C0RA 4IO7A 5K2XA 4XKNA 2F6GA 2UVIA 2DXYA 3USDA 2HAUA 3FJMA 4N07A 4GLIA 3C34A 5I2NB 3S9NC 1NNTA 2P1SA 4DLDA 3R6UA 5H8NB 4G68A 4YB5A 2VGQA 4HCWA 3UORA 3OELA 3LSXA 1ZMGA 3CFXA 2QS2A 4LQ5A 2QJEA 2ZYNA 3M3FA 4MBPA 3U72A 2A5TA 4PFUA 3FGSA 3T9HB 5IKBA 3G7WA 2HAVA 1Q1KA 1MQIA 3B7DA 3TQLA 4Q0CA 3U92A 3KN8A 5CC2A 3OO8A 4OTEA 4MFIA 1MXYA 4PFWA 1LBCA 2Q88A 2Q2AA 5I57B 3M8UA 1D9YA 3MC2A 4EQ7A 1Y20A 5H8FA 4PFTA 1SYIA 3MBPA 3C36A 2Z8DA 1ELJA 3TQWA 3ZKLA 2DE4A 4EQ9A 4JBZA 3DP8A 2BJJX 1MM6A 1B3EA 2PBWA 4JWOA 4HS7A 2Y84A 1NH8A 4NEDA 4QSDA 2ONSA 2DQVA 4FEBA 5KCJA 1PC3A 4YKIA 5FHMA 2AL5A 1AMFA 3MVXA 5AE4A 3QYTA 4EXKA 1OVBA 1I6BA 4LP2B 1H44A 2P0SA 4DXCA 4R6KA 1EZPA 3P7IA 3G3IA 4DE8A 2OLBA 3BFTA 3JYRA 1ANFA 3UIFA 4ZE9A 4FECA 5TPAB 3PUVE 4M4GA 2Q8JA 2O1MA 1IXIA 2HQ0A 3TTMA 3TCHA 4H8IA 1NNKA 3M3KA 4ESWA 5I2KB 4G68C 1FQAA 5ITPA 1UIUA 3SETA 1QUJA 4KR5A 4I9DA 1URSA 1LAFE 1PEBA 1MXWA 3C32A 2VHAA 1PB8A 3FVGA 3O9PA 4OFOA 1S7YA 4ESXA 4H1XA 2YLNA 3KN3A 1DPPA 1B2HA 3T9VA 3KFMA 1MXVA 2G29A 4G8MA 4RA1A 2R71A 1MPCA 5IAIA 5B7DA 3O66A 4KPTA 4RYAA 5H8SA 2DE3A 5BWJA 1MQGA 3MQ9A 3FVKA 4GD5A 4EDPA 4F3GA 1R6ZA 4QSEA 3EN3A 1MRPA 3E4RA 1F9BA 3N5LA 4NF5B 2DXRA 1MM7A 1LSTA 3R26A 1MY3A 1QKBA 2B65A 3CG3A 4ZEKA 1BLFA 3PGFA 2I0BA 2RKMA 2XXPA 2PMSA 2R9JA 3CSGA 4XKPA 1BKAA 5ICQA 1UIVA 4G4PA 1LLSA 2I48A 3N94A 4AQ4A 4FEDA 4FAJA 4OEUA 1D3KA 2QL3A 1YAEA 2O7IA 3BKIB 3K1PA 4ZS9A 5I57A 3S4UA 2RC9A 3IX1A 3QUFA 5ITOA 4ONYA 3VVEA 5B70A 3A3UA 2F36A 1USYE 3TYHA 3MPKA 3TPAA 1M5DA 4XKQA 5EHMA 1LAGE 3Q27A 1ZKBA 1PB7A 3VV5A 3TCFA 1Y4CA 1H76A 1DOTA 1I69A 2AIXA 4KFQA 1GVCA 1USYH 4FIMA 4KYEA 3KN7A 3PPOA 1B52A 3ZKKA 2WKYA 2CMOA 1OVTA 5I56B 1POTA 5EYFA 1IXCA 1A54A 3CI8A 1D9VA 3C33A 2H9BA 2DWJA 4MLQA 3KG2A 4ELQA 4GXSB 4X9TA 2FYIA 3DLNA 4R73A 5KDTA 4QFKA 3FIRA 3A3CA 2R6GE 1JVXA 2VP1A 2XXRA 5KZTA 3RT6B 5AA4B 1B7ZA 1NNPA 3VE1B 4LZ8A 1OQGA 1PDAA 2X7PA 4BDMA 4GXAA 2XXWA 3TTLA 5J1DA 3KJTA 3U93A 3CFLA 3VDFA 2V93A 4BDQA 4LONB 1LFIA 4JWXA 4OQOA 4OESA 4PFYA 1M5BA 1I6QA 2V3UA 4JWYA 1P99A 2ZNUA 3SEVA 3QSLA 2Y7RA 3TUSA 1SI0A 1N76A 5EHSA 3MAMA 4F1VA 3TFLA 1XHYA 2THIA 3PPRA 3H6TA 4U4SA 3GXAA 4THIA 3H06B 1JETA 3L6HA 3Q28A 4I8CA 1US4A 3HHFA 2DWIA 3O97A 1TXFA 2OK2A 5BUUA 4DXBA 3ODBA 1JQFA 1MY4A 5I59B 2HXWA 4NE4A 4GF8A 5DYHA 4NF6B 2XD2A 1DPEA 3PUXE 3IR1A 1UTHB 3TKDA 2F97A 1N7XA 1Y3QA 2RINA 4KQPA 4O3AA 1Y9UA 3MP8A 1RYOA 5FTHA 1JEVA 2XX7A 3KJ7A 2I49A 3F11A 4ND9A 1NFTA 1PBQA 4ZEBA 4KD5A 1LGBC 2XX8A 3I5OA 3S9MC 4X48A 4DDDA 1HSLA 2X26A 3OXNA 1R9LA 4Z7EA 1PB9A 2NUVA 1XT8A 3CSBA 3HCQA 4GFRA 4G2ZA 3FXUA 3DP4A 2F5XA 3IO6A 1RKMA 5I58B 2D5WA 3T9XB 3O6GA 1MQHA 1P1WA 1UTBA 1B05A 4UACA 1SYHA 5DEXB 1MDQA 1AH5A 4IO6A 3G3JA 3QK6A 5H8HB 4YU0A 3PMXA 3VVFA 2PT1A 4NTLA 4C1TA 3K1MA 3FXQA 1OMPA 4GL0A 1NH7A 1CB6A 4F19A 1TWYA 3EHSA 4QF9A 2F7CA 4IY5A 1XS5A 4ZEDA 4U22A 4FORA 4F39A 4KHZE 2D3IA 3RLFE 1QUIA 3MP1A 1B0HA 1ZTYA 1IIWA 1A55A 5H8QA 4NF4B 2OBGA 5ISUA 3N6UA 1SD3A 1SBPA 4IO2A 4EXLA 3OD7A 3QAXA 4HCYA 3OENA 1M5EA 2GFEA 1AIVA 4LUBA 3G3HA 1FQCA 3QIMA 3B6TA 4R9FA 1B3GA 2I4BA 1MH4A 4EF1A 1FTJA 4OENA 4AB6A 2HZLA 2ALUA 2I58A 2Q9TA 1B5HA 1O63A 2O51A 3OEMA 4H5GA 3TDJA 2UVJA 4GOTA 2O84X 3CG1A 3DP6A 1B7UA 4RY1A 1OQHA 4YMAA 5A5XA 2O68A 5AA2B 1B46A 3RT8A 4U2RA 5HM4B 2V3TA 3K2DA 1S50A 3LC8A 5I84A 1SQYA 4ELPA 4DIGA 3RUMA 4IY6A 2REGA 3B6WA 3KZGA 4JSOA 1JW5A 1FTOA 4U1ZA 3PD9A 2LAOA 4KCDA 2Q89A 1B4ZA 4IGRA 4G8HA 3TTRA 3RPWA 1OLCA 3IO4A 3Q29A 1XVXA 3VLVA 4Z0IA 1VE4A 1MDP1 1MQDA 1B3HA 4F1YA 3L6GA 4OVJA 3TCGA 3A09A 3MP6A 4R9GA 1A8EA 2FNCA 1B32A 2OWSA 4YKJA 4QFOA 2ZYMA 5CM6A 3G3FA 2OWTA 1ZU0A 5DVFA 4RXLA 1N0TA 4ECFA 1EZ9A 4OFLA 1O7TA 1FW0A 3VFJA 1SW4A 3FV1A 3HHGA 4OZ9A 3BBRA 5DTBA 4JB7A 1QW0A 1LCFA 4KI0E 4RK2A 5DVIA 3U1OA 2F78A 1EH3A 2P2AA 1DMBA 4JDFA 4H65A 1JVYA 5I2NA 1HSJA 4F2OA 4MF3A 4YB7A 4IGTA 1MXZA 1MQJA 3G3GA 1MY0A 5H8NA 1B51A 1LCTA 4OETA 4FATA 4POXA 4HTGA 1GV8A 4UA8A 1Y4TA 3KOTA 1LFGA 1FQFA 4QSCA 3KOSA 3JZJA 1MS7A 4F29A 4ZECA 3K6WA 3I3VA 4YB6A 4O3CA 3N26A 2A5SA 5M2VA 2PVUA 4X1DA 4FJPA 2NVUB 1MH3A 4G8NA 4XXUA 2CZLA 3FVNA 4E0XA 4P0GA 1ZIUA 3PV0E 4N6PA 2E0SA 3THIA 5TP9B 5TU0A 3W15C 4G77A 1H3DA 2DOJA 4LVQA 4PE5B 3DELB 5JK4A 5JTYB 5F1QA 3U8QA 3RN8A 2Y7PA 1IZ1A 4OERA 4DCYA 3MVWA 1B9JA 3IJXB 1Y3PA 4OYVA 4LATA 3MVZA 4R74A 3UP9A 3PD8A 1FQDA 3O28A 2E1SA 1R9QA 4I1DA 3AXFA 1Y3NA 3K6UA 3MZBA 2ESNA 1DSNA 3H6WA 3WAEA 4GWOA 3C9HA 3LR1A 3FXRA 2UXAA 1NMUA 1B1XA 4RNSA 1XVYA 4G68B 4HW8A 4E0WA 1IQ7A 5AA3A 2X7QA 3FVOA 3T93B 2XXXA 3CFZA 3OO6A 2H99A 3O6HA 1QVSA 1H45A 3ILTB 4H8JA 3T96B 3H4ZA 2XD3A 2DP8A 2A5TB 4P11A 2G93A 3PUWE 5TPAA 4ZZEA 3TAJA 1IXHA 2UVGA 1CE2A 3RTWB 3H7MA 3TELA 1WDNA 4YMBA 5I2KA 1II5A 3SESA 3GZGA 1LBBA 1B4HA 3MUQA 3RQTA 1O64A 4LA9A 1A40A 2XX9A 4ELOA 1IUDA 2RC7A 1TT1A 3PMVA 4KYDA 5FHOA 1B40A 4QFLA 5H8FB 3VXCA 2D21A 3HV1A 2REJA 1NKXA 3OSRA 2YJPA 4I62A 3BFUA 3TMGA 1BIYA 2XXUA 3I6VA 1B3LA 4POWA 5CMKA 2H98A 3K01A 2QRYA 1WVJA 3O29A 2NWJA 2AYSA 3TODA 1JW4A 1H43A 3V83A 2IA4A 2GRVA 2O1LA 4XTCQ 3K6VA 2RC8A 1LB9A 2ONRA 3PU5A 4TQUQ 4U4XA 4GRKA 2OZZA 2PX1A 2O69A 3VLUA 4NF5A 3S2VA 3LSFB 3IL1B 4IB2A 3H03A 4L17A 1FQBA 2Z23A 3H3GA 1P1NA 1ATGA 5CMCA 5HBCA 4OXVA 3EHTA 2O7UA 3FZVA 1FCKA 1P1UA 1Y1ZA 4F18A 3S9LC 1NL5A 2Y7IA 4R75A 3ILUB 1XC1A 3EHUA 3RY3A 4DXUA 3RNNA 2M8CA 2ZNTA 3DM0A 2I3WA 4OHNA 3FJ7A 1QJMA 5AA1A 4RJZA 5K2YA 3SEXA 1BTJA 3H6VA 5L9OA 2I0CA 3IJOB 5TP9A 3RTFB 1MY1A 3V5AA 1URDA 4IO3A 2ABHA 3GBAA 2QMXA 1KWHA 3MZ1A 3K02A 2DS9A 4NF8B 4Q5TA 3KGCA 1FTMA 3OEKA 3VLWA 3IOTA 3FD3A 3W9VA 2UYFA 4ELRA 1RYXA 3O2AA 3TZAA 4DZ1A 3ECRA 1I6AA 5F7VA 3KSJA 3WAFA 2PYYA 4F3SA 4WEPA 4QHQA 2XXHA 1IXGA 3HN0A 4F3BA 2NXOA 3FJGA 4NWDA 3MZ9A 4QRZA 4RK9A 1VSOA 4WXJA 1PBPA 1SW5A 4YKPA 4JSDA 2KLFA 4LQ2A 5L8DA 3IB2A 1B5JA 2ONKE 2RF1A 2I3VA 5I56A 2Z8EA 5CRYA 4P0IA 3CRBA 3K4UA 2VD3A 3UK4A 3EF7A 3PPPA 4H0WA 1B7HA 2F6PA 3PUYE 4F1UA 5DVJA 5AA4A 1OIBA 1BP5A 3C35A 4WEDA 1SVXB 4BLAA 3ONMA 1QUKA 3FV2A 4U1OA 1DTGA 4TOZA 3MWBA 4Q30B 3FATA 3E3KA 2HCAA 1N7WA 2GHBA 5LOMA 3SERA 2GH9A 1FTKA 3MPLA 4OFJA 3OOAA 3QUJA 2F34A 2ZYKA 2PT2A 3UA8A 4FE8A 2H5YA 4F2QA 3M3LA 3IB1A 2QMWA 1A99A 4GVOA 4ZE8A 3SEWA 5AA2D 2XXIA 3SKPA 4EUOA 4EF2A 4NMYA 5I59A 2DVZA 4NF6A 4BDNA 4U21A 1AL3A 2HEUA 1GTKA 2Y7KA 5FTIA 1R1NA 1P1QA 1UTHA 3RGYA 3S9EA 4OWDA 4TLLB 3ZS6A 3T22A 1M5CA 4WKMA 1JW1A 3LUYA 2ZYOA 1UQWA 2GHAA 5KDTB 3MW0A 3C4MA 5DT6A 2HFBA 3IK6B 4U23A 4F31B 3UGWA 4H5FA 1J1NA 4MH5A 1IITA 4TLMB 3OO9A 3MVYA 2O6AA 3N6TA 2F7BA 5CI5A 4NF8A 1MXUA 2NOOA 5CBRA 5JEIA 4H67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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