4IORA

Crystal structure of the first bromodomain of brd4 in complex with dmso
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
b'SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Different orientations of low-molecular-weight fragments in the binding pocket of a BRD4 bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
source organism Homo sapiens
molecule tags Dna binding protein
total genus 45
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4iorA01
5ENCA 3UV4A 5I89A 3UVYA 5CZGA 4HXSA 5DW2A 3MULA 3G0JA 5C85A 2L84A 5LVQA 4DONA 2DKWA 5HFQA 4KV4A 5F1LA 5EQ1A 3JVMA 4XUBA 5L97A 4YBTA 4N4GA 5I7XA 5I7YA 4HBVA 5DKDA 4Z6IA 4CFLA 5A5QA 3UVWA 4X2IA 5D3PA 5FG4A 2WP1A 5CQAA 4UIUA 5HLSA 4NQMA 4QYDA 4OGIA 4YBMA 1F68A 5DYAA 4MEOA 5E73A 5COIA 4O77A 3MXFA 3P1DA 4UIXA 5L96A 4CL9A 4PY6A 5DYCA 4O71A 5ETBA 2I8NA 4CLBA 4A9HA 5FE4A 3MQMA 5DBMA 5EWVA 4TTEA 2YYNA 4NR4A 1E6IA 4Y03A 4QSQA 5E9KA 5CQ8A 5II1A 4YY4A 4MR3A 4NR6A 4UYDA 4QUTA 5CUDA 4A9KA 1X0JA 4O7BA 2NXBA 2OSSA 3P5OA 4HXLA 4A9NA 3UVXA 5JI8A 5CS8A 4NXJA 5FH7A 4KV1A 5E9VA 5FG6A 5EA1A 4HBYA 4BW3A 4YYDA 3MB3A 3Q2FA 5FE9A 5D0CA 5C87A 2H60A 5LKUA 4O7AA 5D3RA 3U5KA 5LKTA 4Z1QA 1WUGA 3AADA 1JSPB 3LQIA 3O34A 5EGUA 4QR5A 4YBSA 2DVVA 1N72A 4BW2A 4UITA 4XY9A 4IOOA 5FE0A 4UYEA 4HBXA 5ENEA 4UYFB 4N3WA 5IIDA 4MR5A 4UIVA 4A9FA 4YADA 5AD2A 4YYHA 4YY6A 5A7CA 4BW4A 2YEKA 4MEQA 4NQNA 5CY9A 5F61A 2FSAA 5D3LA 5A5RA 4CUQA 2DATA 5EWHA 4Z1SA 3JVJA 2E3KA 2YELA 3GG3A 4WHWA 2DVSA 5CQ4A 2MJVB 5TCMA 4ALHA 3MUKA 5CQTA 5CUBA 5FH8A 4BW1A 5A85A 4QR4A 2D82A 5F3AA 5E9YA 5HQ7A 4YYGA 5E9LA 5AMFA 5I1QA 5I80A 5FFWA 5FE3A 5DX4A 5HRVA 5LJ0A 4CUPA 4YC9A 4PTBA 4CURA 4ZC9A 5G4RA 3Q2EA 5I40A 5IG6A 4A9JA 5FE2A 3O36A 4O72A 4TZ8A 5L99A 5ENGA 4C66A 4O7FA 2DWWA 4TU6A 5H1VA 5IBNA 5FE7A 5CUCA 5CP5A 5ENHA 4CUUA 4MR4A 5D3HA 4BHWA 5H1UA 3QZSA 5A5PA 3O35A 4O75A 5FE6A 3S92A 5HRXA 3IU5A 4QZSA 4HXMA 3LQJA 5ETDA 4QYLA 5IGMA 4IOQA 4QEVA 4NUEA 2RNYA 4QC1A 5F1HA 4O76A 5AD3A 5FH6A 4IR3A 5DFBA 5HJCA 4NR5A 4QUUA 5CUEA 5HQ6A 4O74A 4A9OA 5D26A 5L98A 5EPSA 5E9MA 5HEMA 4YK0A 4CFKA 2RNWA 3U5PA 5EWDA 5H1TA 5EICA 3DAIA 5LKZA 5BT5A 2GRCA 4XUAA 5D3NA 4QSVA 3UW9A 5E3GA 5F62A 4ALGA 3HMEA 3LJWA 4NYVA 4O7EA 4NUDA 5FE8A 5CQ6A 5LJ1A 4FLPA 5EV9A 3U5MA 5ENFA 4QSRA 5LKXA 4LR6A 2E7NA 3U5LA 5DY7A 5II2A 4ZQLA 4WHUA 5K29A 4LC2A 4KCXA 2R0YA 4LYIA 3DWYA 2OO1A 5A5NA 5EWWA 4ZW1A 5D24A 5BT4A 2YW5A 4HXKA 5KU3A 2F6NA 2YQDA 5LVRA 5EPRA 4YYNA 5CTLA 5E0RA 5C89A 4J0RA 2DVRA 4OUFA 5FDZA 3FKMX 5BT3A 3IU6A 5EK9A 4HXNA 5C4QA 1WUMA 4LZRA 4MENA 5CQ5A 2R0SA 5E9IA 4YH3A 5AMEA 5E74A 5FBXA 3RCWA 5D25A 3U5OA 4A9MA 5IGNA 5F60A 3ONIA 3D7CA 4YYJA 2WP2A 4YYIA 5EVAA 5FE1A 4LRGA 3P1EA 4WIVA 4HBWA 4UIWA 4A9LA 3QZTA 3NXBA 4YYMA 5C7NA 5IGLA 5CU8A 4HXPA 3UV5A 4LZ2A 3LXJA 4LZSA 4YYKA 5DFCA 5A82A 5FB0A 3I3JA 4QC3A 4LYSA 4LYWA 5CRMA 4QSXA 3S91A 3U5NA 2R0VA 2I7KA 5F5ZA 4CUSA 5KHMA 4E96A 2F6JA 4J3IA 4NRCA 4CUTA 3O37A 3UVDA 3HMHA 4J1PA 5EPBA 4XYAA 5FB1A 5HCLA 2D9EA 4QY4A 4TZ2A 2N9GA 4NR9A 2RNXA 4N4HA 5DKHA 4Q0OA 5DFDA 3SVGA 5CFWA 5EWCA 5J0DA 5JWMA 5F2PA 3QZVA 5HELA 4PS5A 4UIYA 4QSWA 5CUGA 2OUOA 5ENBA 4NYXA 5ENIA 4NUCA 5H85A 2R10A 4OGJA 5D3SA 5FE5A 4J0SA 3AQAA 5D3JA 4MR6A 5LUUA 2RS9B 4QSUA 4UYFA 1ZS5A 4UYGA 4TS8A 4Z6HA 4QR3A 5DYXA 3K2JA 4IR4A 5F36A 3HMFA 5D7XA 4YAXA 3TLPA 4UYHA 5EM3A 4QEUA 3O33A 5DLXA 4QBMA 5D3TA 2LSPB 5E3DA 3JVKA 1EQFA 4QEWA 3G0LA 4O70A 5A5OA 5EI4A 5A5SA 4NR8A 4NRAA 4NYWA 4F3IA 4C67A 5FG5A 5I86A 5KTXA 2RO1A 5HRWA 2RFJA 5ACYA 4N4FA 5E7DA 4QSTA 3P1CA 2KTBB 4TYLA 4NRBA 5CPEA 4TT6A 3JVLA 5CQ3A 3SVHA 4XY8A 3MB4A 4TT2A 4YATA 4YABA 4TU4A 5F63A 4PCEA 2YEMA 4YH4A 5A81A 4BJXA 5IGKA 5DLZA 5EP7A 1JM4B 3U5JA 5CUAA 4QB3A 4NR7A 4IR5A 5TB6A 4LDFA 4UIZA 2RI7A 5EU1A 5DW1A 5HM0A 5CRZA 5HQ5A 5I88A 3UV2A 2YDWA 5EISA 5KTWA 5G4SA 5C8GA 3ZYUA 4QSPA 4Z93A 4A9IA 5KO4A 4IORA 5DYUA 2DVQA 5F25A 4A9EA 4RVRA 4GPJA 4PCIA 5KTUA 4QSSA 4AKNA 5L8TA 5DKCA 5I83A 3LQHA 4NS5A 5FFYA 5L8UA 3P1FA 5I29A 3SVFA 5LJ2A 4MEPA 5CQ7A 4Q0NA 5FFVA 4O7CA 4TT4A 5CGPA 2E7OA 5HFRA 5ENJA 4PKLA 4HXOA 2L85A 5A83A 4N4IA 4QNSA 2G4AA 4HXRA 4IR6A 4TQNA 4O78A 5HENA 2L5EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ENCA 3UV4A 5I89A 3UVYA 5CZGA 4HXSA 5DW2A 3MULA 3G0JA 4AKHA 5C85A 2L84A 5LVQA 4DONA 2DKWA 5HFQA 4KV4A 5F1LA 5EQ1A 3JVMA 4XUBA 5L97A 4YBTA 4N4GA 5I7XA 5I7YA 4HBVA 5DKDA 4Z6IA 4CFLA 5A5QA 3UVWA 4X2IA 5D3PA 5FG4A 2WP1A 5CQAA 4UIUA 5HLSA 4NQMA 4QYDA 4OGIA 4YBMA 1F68A 5DYAA 4MEOA 5E73A 5COIA 4O77A 3MXFA 3P1DA 4UIXA 5L96A 4CL9A 4PY6A 5DYCA 4O71A 5ETBA 2I8NA 4CLBA 4A9HA 5FE4A 3MQMA 5DBMA 5EWVA 4TTEA 2YYNA 4NR4A 1E6IA 4Y03A 4QSQA 5E9KA 5CQ8A 5II1A 4YY4A 4MR3A 4NR6A 4UYDA 4QUTA 5CUDA 4A9KA 1X0JA 4O7BA 2NXBA 2OSSA 3P5OA 4HXLA 4A9NA 3UVXA 5JI8A 5CS8A 1PUOA 4NXJA 5FH7A 4KV1A 5E9VA 5FG6A 5EA1A 4HBYA 4BW3A 4YYDA 3MB3A 3Q2FA 5FE9A 5D0CA 5C87A 4AKGA 2H60A 5LKUA 4O7AA 5D3RA 3U5KA 5LKTA 4Z1QA 1WUGA 3AADA 1JSPB 3LQIA 3O34A 5EGUA 4QR5A 4YBSA 2DVVA 1N72A 4BW2A 4UITA 4XY9A 4IOOA 5FE0A 4UYEA 4HBXA 5ENEA 4UYFB 4N3WA 5IIDA 4MR5A 4UIVA 4A9FA 4YADA 5AD2A 4YYHA 4YY6A 5A7CA 4BW4A 2YEKA 4MEQA 4NQNA 5CY9A 5F61A 2FSAA 5D3LA 5A5RA 4CUQA 2DATA 5EWHA 4Z1SA 3JVJA 2E3KA 2YELA 3GG3A 4WHWA 2DVSA 5CQ4A 2MJVB 5TCMA 4ALHA 3MUKA 5CQTA 5CUBA 5FH8A 4BW1A 5A85A 4QR4A 2D82A 5F3AA 5E9YA 5HQ7A 4YYGA 5E9LA 5AMFA 5I1QA 5I80A 5FFWA 5FE3A 5DX4A 5HRVA 5LJ0A 4CUPA 4YC9A 4PTBA 4CURA 4ZC9A 5G4RA 3Q2EA 5I40A 5IG6A 4A9JA 5FE2A 3O36A 4O72A 4TZ8A 5L99A 5ENGA 4C66A 4O7FA 2DWWA 4TU6A 5H1VA 5IBNA 5FE7A 5CUCA 5CP5A 5ENHA 4CUUA 4MR4A 5D3HA 4BHWA 5H1UA 3QZSA 5A5PA 3O35A 4O75A 5FE6A 3S92A 5HRXA 2EJNA 3IU5A 4QZSA 4HXMA 3LQJA 5ETDA 4QYLA 5IGMA 4IOQA 4QEVA 1ZKRA 4NUEA 2RNYA 4QC1A 5F1HA 4O76A 5AD3A 5FH6A 4IR3A 5DFBA 5HJCA 4NR5A 4QUUA 5CUEA 5HQ6A 4O74A 4A9OA 5D26A 5L98A 5EPSA 5E9MA 5HEMA 4YK0A 4CFKA 2RNWA 3U5PA 5EWDA 5H1TA 5EICA 3DAIA 5LKZA 5BT5A 2GRCA 4XUAA 5D3NA 4QSVA 3UW9A 5E3GA 5F62A 4ALGA 3HMEA 3LJWA 4NYVA 4O7EA 4NUDA 5FE8A 4AKIA 5CQ6A 5LJ1A 4FLPA 5EV9A 3U5MA 5ENFA 4QSRA 5LKXA 4LR6A 2E7NA 3U5LA 5DY7A 5II2A 4ZQLA 4WHUA 5K29A 4LC2A 4KCXA 2R0YA 4LYIA 3DWYA 2OO1A 5A5NA 5EWWA 4ZW1A 5D24A 5BT4A 2YW5A 4HXKA 5KU3A 2F6NA 2YQDA 5LVRA 5EPRA 4YYNA 5CTLA 5E0RA 5C89A 4J0RA 2DVRA 4OUFA 5FDZA 3FKMX 5BT3A 3IU6A 5EK9A 4HXNA 5C4QA 1WUMA 4LZRA 4MENA 5CQ5A 2R0SA 5E9IA 4YH3A 5AMEA 5E74A 5FBXA 3RCWA 5D25A 3U5OA 3D1BA 4A9MA 5IGNA 5F60A 3ONIA 3D7CA 4YYJA 2WP2A 4YYIA 5EVAA 5FE1A 4LRGA 3P1EA 4WIVA 4HBWA 3VKGA 4UIWA 4A9LA 3QZTA 3NXBA 4YYMA 5C7NA 5IGLA 5CU8A 4HXPA 3UV5A 4LZ2A 3LXJA 4LZSA 4YYKA 5DFCA 5A82A 5FB0A 3I3JA 4QC3A 4LYSA 4LYWA 5CRMA 4QSXA 3S91A 3U5NA 2R0VA 2I7KA 5F5ZA 4CUSA 5KHMA 4E96A 2F6JA 4J3IA 4NRCA 4CUTA 3O37A 3UVDA 3HMHA 4J1PA 5EPBA 4XYAA 5FB1A 4AI6A 5HCLA 2D9EA 4QY4A 4TZ2A 2N9GA 4NR9A 2RNXA 4N4HA 5DKHA 4Q0OA 5DFDA 3SVGA 5CFWA 5EWCA 5J0DA 5JWMA 5F2PA 3QZVA 5HELA 4PS5A 4UIYA 4QSWA 5CUGA 2OUOA 5ENBA 4NYXA 5ENIA 4NUCA 5H85A 2R10A 4OGJA 5D3SA 5FE5A 4J0SA 3AQAA 5D3JA 4MR6A 5LUUA 2RS9B 4QSUA 4UYFA 3D1DA 1ZS5A 4UYGA 4TS8A 4Z6HA 4QR3A 5DYXA 3K2JA 4IR4A 5F36A 3HMFA 5D7XA 3VKHA 4YAXA 3TLPA 4UYHA 5EM3A 4QEUA 3O33A 5DLXA 4QBMA 5D3TA 2LSPB 5E3DA 3JVKA 1EQFA 4QEWA 3G0LA 4O70A 5A5OA 5EI4A 5A5SA 4NR8A 4NRAA 4NYWA 4F3IA 4C67A 5FG5A 5I86A 5KTXA 2RO1A 5HRWA 2RFJA 5ACYA 4N4FA 5E7DA 4QSTA 3P1CA 2KTBB 4TYLA 4NRBA 5CPEA 4TT6A 3JVLA 5CQ3A 3SVHA 4XY8A 3MB4A 4TT2A 4YATA 4YABA 4TU4A 5F63A 4PCEA 2YEMA 4YH4A 5A81A 4BJXA 5IGKA 5DLZA 5EP7A 1JM4B 3U5JA 5CUAA 4QB3A 4NR7A 4IR5A 5TB6A 3ERRA 4LDFA 4UIZA 2RI7A 5EU1A 5DW1A 5HM0A 5CRZA 5HQ5A 5I88A 3UV2A 2YDWA 5EISA 5KTWA 5G4SA 5C8GA 3ZYUA 4QSPA 4Z93A 4A9IA 5KO4A 4IORA 5DYUA 2DVQA 5F25A 4A9EA 4RVRA 4GPJA 4PCIA 5KTUA 4QSSA 4AKNA 5L8TA 5DKCA 5I83A 3LQHA 4NS5A 5FFYA 5L8UA 3P1FA 5I29A 3SVFA 5LJ2A 4MEPA 5CQ7A 4Q0NA 5FFVA 4O7CA 4TT4A 5CGPA 2E7OA 5HFRA 5ENJA 4PKLA 4HXOA 2L85A 5A83A 4N4IA 4QNSA 2G4AA 4HXRA 4IR6A 4TQNA 4O78A 5HENA 2L5EA
chains in the Genus database with same CATH topology
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