4IORA

Crystal structure of the first bromodomain of brd4 in complex with dmso
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Different orientations of low-molecular-weight fragments in the binding pocket of a BRD4 bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4iorA01
5A5NA 5EICA 4HXMA 4A9JA 3O35A 4UYEA 4A9OA 2DVQA 2DVVA 3P5OA 2RI7A 3LQIA 5COIA 4ALHA 3SVFA 3RCWA 4RVRA 4J1PA 4IR6A 4YY6A 4HBXA 4QNSA 5C87A 4MENA 4YC9A 4CL9A 4TZ8A 5C85A 5FH8A 5L98A 4IR3A 5H1UA 4YYMA 4IOOA 4CFLA 5L96A 5A5SA 4NR5A 3U5OA 4O74A 4XYAA 4BW2A 4NRBA 5D26A 4HBYA 4NR7A 4NR4A 4UIVA 5JI8A 2RO1A 3O37A 4YATA 5F60A 5HLSA 4QR5A 2OUOA 3U5PA 4DONA 4N4GA 2L5EA 4Z6IA 5EWCA 5H1VA 2YEMA 5E9LA 2R0SA 4N4IA 2N9GA 5FG5A 5EWVA 4HBVA 5EGUA 4J0RA 3G0JA 4Z1SA 3UW9A 5I1QA 4LYWA 5DKDA 5ENJA 5A5RA 3MUKA 3U5LA 1EQFA 3MB4A 4QUUA 5CQTA 3JVMA 5E9VA 5CPEA 4MR4A 5ENGA 5CRZA 5L99A 4QBMA 5F2PA 4BJXA 4QEWA 2RFJA 5HJCA 5I7XA 3TLPA 5AD3A 4CUPA 5FE0A 5CQ6A 4YYGA 2RS9B 5D25A 2L84A 5HFRA 5HQ6A 2YELA 5A82A 4A9KA 5FE2A 2D9EA 5A5PA 2G4AA 5CU8A 4A9NA 5CUAA 4UYFA 5II1A 5E9IA 4O7BA 4C67A 5CZGA 3U5MA 5FE5A 4O75A 4QC3A 4MEOA 5IGKA 4PCIA 4LZ2A 4YADA 1WUGA 4NUCA 4X2IA 4KV4A 5EP7A 5F1HA 4TT6A 2MJVB 5KHMA 4O7CA 5EI4A 4ZQLA 4CUTA 5LKZA 4QEUA 4O72A 4QSSA 3MXFA 4QSXA 4LRGA 4YYNA 5IGMA 5DKCA 5DW1A 4QSQA 5HRVA 4QR3A 5D3RA 5LJ1A 3QZTA 4IOQA 3JVLA 4LDFA 5CUEA 4NRCA 5FE6A 2L85A 5D3NA 5EA1A 5E3GA 5D24A 4TT2A 5CFWA 5E0RA 4QC1A 2E7OA 5K29A 4HXPA 5KTXA 5DW2A 5IIDA 3HMHA 5A7CA 5ETDA 3P1CA 4XUAA 3UV4A 4WHUA 4UIYA 4KCXA 5HEMA 3O33A 5I7YA 5EWDA 4NR9A 3O36A 5G4RA 3P1EA 3P1FA 5CUCA 5F25A 4YH4A 3UVWA 3IU6A 4UIXA 5D3JA 4KV1A 5II2A 5J0DA 5AMFA 5KU3A 4O78A 5D3HA 1N72A 4O7AA 4NQMA 5DY7A 2R10A 4PKLA 4YBTA 4YYHA 4NXJA 2YW5A 5FH7A 4MR6A 5FG6A 2I8NA 2KTBB 5DBMA 4XY8A 3JVJA 3O34A 4HBWA 4PCEA 4F3IA 2YQDA 5HM0A 4PTBA 4NUEA 5DKHA 3MULA 5L8TA 5CQ3A 5DYUA 4TS8A 5HFQA 4LYSA 5I89A 4CUSA 5CUGA 4N4HA 4YAXA 3HMFA 5F3AA 4NS5A 5DX4A 5E9KA 5LUUA 4QEVA 5FFWA 4YABA 5EVAA 5L97A 4YK0A 4A9EA 4NR6A 4TQNA 3AQAA 5KTWA 5E73A 3D7CA 5F61A 2GRCA 3HMEA 4C66A 3I3JA 5FDZA 4MR3A 4LR6A 5G4SA 4HXSA 1F68A 5EV9A 4PY6A 5BT3A 5CQ7A 5HCLA 5AMEA 5HQ5A 5FB0A 5LKXA 5LKTA 4J0SA 5EWWA 2H60A 2OSSA 4O7FA 4YH3A 3DWYA 2DKWA 4QSWA 4CFKA 5FE4A 4QSUA 3UVYA 5D3SA 4QZSA 2LSPB 5DYCA 5FFVA 5ACYA 3SVHA 4MR5A 2RNYA 4O77A 5C4QA 5EU1A 4AKNA 3U5NA 4NRAA 5FE8A 4IORA 5CQAA 5KO4A 4N4FA 4CURA 3AADA 5CTLA 4HXLA 1WUMA 4Z1QA 4UYDA 5A5OA 5I88A 4BW1A 4TU6A 5EQ1A 2WP2A 1X0JA 5TCMA 5TB6A 5I40A 3MQMA 4Z93A 4HXRA 2FSAA 2D82A 4ZW1A 5F1LA 5HELA 5ENIA 5CUBA 4O71A 3UV5A 5DFBA 5IGLA 5A81A 4BW4A 5ENCA 4YYDA 5L8UA 5H1TA 5F36A 2DVRA 4NQNA 5D3TA 5IG6A 4HXKA 5ENFA 5CQ8A 4QYLA 3U5JA 4LZSA 5HENA 5EPBA 2F6NA 5HRWA 5EISA 4ALGA 5ENHA 4A9FA 4WHWA 5E7DA 4NYWA 3UVDA 4Y03A 2YYNA 5KTUA 4TYLA 4UITA 4O7EA 4NUDA 2YEKA 5FH6A 5A83A 3K2JA 3G0LA 5LKUA 1E6IA 4XY9A 4CUQA 5E74A 4A9HA 3NXBA 3IU5A 5CP5A 3Q2EA 5DLXA 4UIZA 5I83A 3U5KA 4XUBA 5CS8A 4QSRA 5LJ0A 4CUUA 4J3IA 5I86A 1JSPB 5LVRA 5BT4A 5LJ2A 4QSPA 4GPJA 4UYFB 5DFDA 5DYAA 4A9IA 4YY4A 5AD2A 5EM3A 4MEPA 3MB3A 5FE9A 4YYKA 4LC2A 4O70A 5FE1A 4YBMA 3GG3A 4LYIA 5CRMA 2OO1A 4TT4A 3LQHA 5EWHA 4HXOA 3P1DA 5BT5A 4Q0OA 5CQ4A 4LZRA 5CY9A 5IGNA 3UV2A 5JWMA 3UVXA 4YYJA 5D7XA 2E7NA 4WIVA 2YDWA 5EK9A 4BW3A 3QZVA 4E96A 5E9YA 4UIUA 5A5QA 3DAIA 3S92A 4BHWA 5I29A 5ENEA 4UYGA 4ZC9A 5D0CA 4TU4A 3LQJA 5ETBA 4HXNA 4QSVA 2RNXA 3Q2FA 4Q0NA 5I80A 4MEQA 5E3DA 4QR4A 5FBXA 4O76A 4QUTA 2F6JA 4TZ2A 2R0VA 4QYDA 3QZSA 5ENBA 5CGPA 5C89A 4YYIA 1ZS5A 5CQ5A 4IR4A 5D3PA 5DLZA 4QSTA 4PS5A 3LXJA 5E9MA 5FE3A 5FG4A 5F62A 5H85A 5HQ7A 5LVQA 4TTEA 4NYXA 5DFCA 3SVGA 2DWWA 3LJWA 5D3LA 5F63A 4NR8A 4NYVA 4YBSA 4A9LA 3S91A 3JVKA 2WP1A 4UIWA 4OGJA 2DVSA 2NXBA 5FFYA 5FE7A 5CUDA 3ONIA 4CLBA 2DATA 5DYXA 4IR5A 4OUFA 1JM4B 5HRXA 3ZYUA 4UYHA 2RNWA 4Z6HA 5EPRA 5C7NA 3FKMX 2I7KA 2R0YA 5A85A 4FLPA 5FB1A 5EPSA 4A9MA 2E3KA 4N3WA 4OGIA 4QB3A 4QY4A 5F5ZA 5C8GA 5IBNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A5NA 5EICA 4HXMA 4A9JA 3O35A 4UYEA 4A9OA 2DVQA 2DVVA 3P5OA 2RI7A 3LQIA 5COIA 4ALHA 3SVFA 3RCWA 4RVRA 4J1PA 4IR6A 4YY6A 4HBXA 4QNSA 5C87A 4MENA 4YC9A 4CL9A 4TZ8A 5C85A 5FH8A 5L98A 4IR3A 5H1UA 4YYMA 4IOOA 4CFLA 5L96A 5A5SA 4NR5A 3U5OA 4O74A 4XYAA 4BW2A 4NRBA 5D26A 4HBYA 4NR7A 4NR4A 4UIVA 5JI8A 2RO1A 3O37A 4YATA 5F60A 5HLSA 4QR5A 2OUOA 3U5PA 4DONA 4N4GA 2L5EA 4Z6IA 5EWCA 5H1VA 2YEMA 5E9LA 2R0SA 4N4IA 2N9GA 5FG5A 5EWVA 4HBVA 5EGUA 4J0RA 3G0JA 4Z1SA 3UW9A 5I1QA 4LYWA 5DKDA 5ENJA 5A5RA 3MUKA 3U5LA 1EQFA 3MB4A 4QUUA 5CQTA 3JVMA 5E9VA 5CPEA 4MR4A 5ENGA 5CRZA 5L99A 4QBMA 5F2PA 4BJXA 4QEWA 2RFJA 5HJCA 5I7XA 3TLPA 5AD3A 4CUPA 5FE0A 5CQ6A 4YYGA 2RS9B 5D25A 4AKHA 2L84A 5HFRA 5HQ6A 2YELA 5A82A 4A9KA 5FE2A 2D9EA 5A5PA 2G4AA 5CU8A 4A9NA 5CUAA 4UYFA 5II1A 5E9IA 4O7BA 4C67A 5CZGA 3U5MA 5FE5A 4O75A 4QC3A 4MEOA 5IGKA 4PCIA 4LZ2A 4YADA 1WUGA 4NUCA 4X2IA 2EJNA 4KV4A 5EP7A 5F1HA 4TT6A 2MJVB 5KHMA 4O7CA 5EI4A 4ZQLA 4CUTA 5LKZA 4QEUA 4O72A 4QSSA 3MXFA 4QSXA 4LRGA 4YYNA 5IGMA 5DKCA 5DW1A 4QSQA 5HRVA 4QR3A 4AKIA 5D3RA 5LJ1A 3QZTA 4IOQA 3JVLA 4LDFA 5CUEA 4NRCA 5FE6A 1ZKRA 2L85A 5D3NA 5EA1A 5E3GA 5D24A 4TT2A 5CFWA 5E0RA 4QC1A 2E7OA 5K29A 3ERRA 4HXPA 5KTXA 5DW2A 5IIDA 3HMHA 5A7CA 5ETDA 3P1CA 4XUAA 3UV4A 4WHUA 4UIYA 4KCXA 5HEMA 3O33A 5I7YA 5EWDA 4NR9A 3O36A 5G4RA 3P1EA 3P1FA 5CUCA 5F25A 4YH4A 3UVWA 3IU6A 4UIXA 5D3JA 4KV1A 5II2A 5J0DA 5AMFA 5KU3A 4O78A 5D3HA 1N72A 4O7AA 4NQMA 5DY7A 2R10A 4PKLA 4YBTA 4YYHA 4NXJA 2YW5A 5FH7A 4MR6A 5FG6A 2I8NA 2KTBB 5DBMA 4XY8A 3JVJA 3O34A 4HBWA 4PCEA 4F3IA 4AKGA 2YQDA 5HM0A 4PTBA 4NUEA 5DKHA 3MULA 5L8TA 5CQ3A 5DYUA 4TS8A 5HFQA 4LYSA 5I89A 4CUSA 5CUGA 4N4HA 4YAXA 3HMFA 5F3AA 4NS5A 5DX4A 5E9KA 5LUUA 4QEVA 5FFWA 4YABA 5EVAA 5L97A 4YK0A 3D1BA 4A9EA 4NR6A 4TQNA 3AQAA 5KTWA 5E73A 3D7CA 5F61A 2GRCA 3HMEA 4C66A 3I3JA 5FDZA 4MR3A 4LR6A 5G4SA 4HXSA 1F68A 5EV9A 4PY6A 5BT3A 5CQ7A 5HCLA 5AMEA 5HQ5A 5FB0A 5LKXA 5LKTA 4J0SA 5EWWA 2H60A 2OSSA 4O7FA 4YH3A 3DWYA 2DKWA 4QSWA 1PUOA 4CFKA 5FE4A 4QSUA 3UVYA 5D3SA 4QZSA 2LSPB 5DYCA 5FFVA 5ACYA 3SVHA 4MR5A 2RNYA 4O77A 5C4QA 5EU1A 4AKNA 3U5NA 4NRAA 5FE8A 4IORA 5CQAA 5KO4A 4N4FA 4CURA 3AADA 5CTLA 4HXLA 1WUMA 4Z1QA 4UYDA 5A5OA 5I88A 4BW1A 4TU6A 5EQ1A 2WP2A 1X0JA 5TCMA 5TB6A 5I40A 3MQMA 4Z93A 4HXRA 2FSAA 2D82A 4ZW1A 5F1LA 5HELA 5ENIA 5CUBA 4O71A 3UV5A 5DFBA 5IGLA 5A81A 4BW4A 5ENCA 4YYDA 5L8UA 5H1TA 5F36A 2DVRA 4NQNA 5D3TA 5IG6A 4HXKA 5ENFA 5CQ8A 4QYLA 3U5JA 4LZSA 5HENA 3VKGA 5EPBA 2F6NA 5HRWA 5EISA 4ALGA 5ENHA 4A9FA 4WHWA 5E7DA 4NYWA 3UVDA 4Y03A 2YYNA 5KTUA 4TYLA 4UITA 4O7EA 4NUDA 2YEKA 5FH6A 5A83A 3K2JA 3G0LA 5LKUA 1E6IA 4XY9A 4CUQA 5E74A 4A9HA 3NXBA 3IU5A 5CP5A 3Q2EA 5DLXA 4UIZA 5I83A 3U5KA 4XUBA 5CS8A 4QSRA 5LJ0A 4CUUA 4J3IA 5I86A 1JSPB 5LVRA 4AI6A 5BT4A 5LJ2A 4QSPA 4GPJA 4UYFB 5DFDA 5DYAA 4A9IA 4YY4A 5AD2A 5EM3A 4MEPA 3MB3A 5FE9A 4YYKA 4LC2A 4O70A 5FE1A 4YBMA 3GG3A 4LYIA 5CRMA 2OO1A 4TT4A 3LQHA 5EWHA 4HXOA 3P1DA 5BT5A 4Q0OA 5CQ4A 4LZRA 5CY9A 5IGNA 3UV2A 5JWMA 3UVXA 4YYJA 5D7XA 2E7NA 4WIVA 2YDWA 5EK9A 4BW3A 3QZVA 4E96A 5E9YA 4UIUA 5A5QA 3DAIA 3S92A 4BHWA 5I29A 5ENEA 4UYGA 4ZC9A 5D0CA 4TU4A 3LQJA 5ETBA 4HXNA 4QSVA 2RNXA 3Q2FA 4Q0NA 5I80A 4MEQA 5E3DA 4QR4A 3D1DA 5FBXA 4O76A 4QUTA 2F6JA 4TZ2A 2R0VA 4QYDA 3QZSA 5ENBA 5CGPA 5C89A 4YYIA 1ZS5A 5CQ5A 4IR4A 5D3PA 5DLZA 4QSTA 4PS5A 3LXJA 5E9MA 5FE3A 5FG4A 5F62A 5H85A 3VKHA 5HQ7A 5LVQA 4TTEA 4NYXA 5DFCA 3SVGA 2DWWA 3LJWA 5D3LA 5F63A 4NR8A 4NYVA 4YBSA 4A9LA 3S91A 3JVKA 2WP1A 4UIWA 4OGJA 2DVSA 2NXBA 5FFYA 5FE7A 5CUDA 3ONIA 4CLBA 2DATA 5DYXA 4IR5A 4OUFA 1JM4B 5HRXA 3ZYUA 4UYHA 2RNWA 4Z6HA 5EPRA 5C7NA 3FKMX 2I7KA 2R0YA 5A85A 4FLPA 5FB1A 5EPSA 4A9MA 2E3KA 4N3WA 4OGIA 4QB3A 4QY4A 5F5ZA 5C8GA 5IBNA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5A5N A;  5EIC A;  4HXM A;  4A9J A;  3O35 A;  4UYE A;  4A9O A;  2DVQ A;  2DVV A;  3P5O A;  2RI7 A;  3LQI A;  5COI A;  4ALH A;  3SVF A;  3RCW A;  4RVR A;  4J1P A;  4IR6 A;  4YY6 A;  4HBX A;  4QNS A;  5C87 A;  4MEN A;  4YC9 A;  4CL9 A;  4TZ8 A;  5C85 A;  5FH8 A;  5L98 A;  4IR3 A;  5H1U A;  4YYM A;  4IOO A;  4CFL A;  5L96 A;  5A5S A;  4NR5 A;  3U5O A;  4O74 A;  4XYA A;  4BW2 A;  4NRB A;  5D26 A;  4HBY A;  4NR7 A;  4NR4 A;  4UIV A;  5JI8 A;  2RO1 A;  3O37 A;  4YAT A;  5F60 A;  5HLS A;  4QR5 A;  2OUO A;  3U5P A;  4DON A;  4N4G A;  2L5E A;  4Z6I A;  5EWC A;  5H1V A;  2YEM A;  5E9L A;  2R0S A;  4N4I A;  2N9G A;  5FG5 A;  5EWV A;  4HBV A;  5EGU A;  4J0R A;  3G0J A;  4Z1S A;  3UW9 A;  5I1Q A;  4LYW A;  5DKD A;  5ENJ A;  5A5R A;  3MUK A;  3U5L A;  1EQF A;  3MB4 A;  4QUU A;  5CQT A;  3JVM A;  5E9V A;  5CPE A;  4MR4 A;  5ENG A;  5CRZ A;  5L99 A;  4QBM A;  5F2P A;  4BJX A;  4QEW A;  2RFJ A;  5HJC A;  5I7X A;  3TLP A;  5AD3 A;  4CUP A;  5FE0 A;  5CQ6 A;  4YYG A;  2RS9 B;  5D25 A;  2L84 A;  5HFR A;  5HQ6 A; 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