4IOTA

High-resolution structure of triosephosphate isomerase from e. coli
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
MRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEMYIDMAKREAEGSHIMLGAQNVDLNLSGAFTGETSAAMLKDIGAQYIIIGHSERRTYHKESDELIAKKFAVLKEQGLTPVLCIGETEAENEAGKTEEVCARQIDAVLKTQGAAAFEGAVIAYEPVWAIGTGKSATPAQAQAVHKFIRDHIAKVDANIAEQVIIQYGGSVNASNAAELFAQPDIDGALVGGASLKADAFAVIVKAAEAAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Triosephosphate isomerase is a common crystallization contaminant of soluble His-tagged proteins produced in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
total genus 94
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2013-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4iotA00
2ISSA 1ZENA 3L0NA 3TSMA 2X30A 1YXDA 4FB7A 2V2HA 2OCZA 5CZSA 4GRSA 4ADTA 4IMEA 4XZ9A 3P82A 1YYAA 5LKYA 3HPSA 2QCHA 1WBHA 1UUMA 4RZ6A 1H7RA 1TREA 3NVTA 3ABQA 1F76A 3IVTA 4O1CA 1CI1A 3SR7A 1FCUA 3DHDA 1I8JA 4JTFA 3H54A 3F4WA 3WJSA 4YXGA 3UNDA 3W07A 3W73A 1H7OA 3WJZA 1W3TA 3TMLA 3CEPA 4UMCA 2ZRZA 2HMCA 2QCGA 3PB2A 4WOQA 3WK0A 1M7PA 1W0MA 5EA9A 3N14A 4IXHA 1SUXA 5LNRA 1FDZA 4LU0A 1JULA 3UWVA 3OBKA 1JUKA 5SWUA 5BNKA 1GPWA 3C52A 1OX5A 5DCDA 1Q45A 4IMDA 2DJXA 5D2YA 2WPBA 4QNEA 4XTDA 4C1KA 4FNPA 3RLUA 1TJRA 2I1OA 4R34A 1BTMA 4S1FA 3MI6A 5AHIA 2ABBA 4DO5A 4M6VA 2Y7EA 3TCEA 4UFIA 1LBLA 1R47A 4GXMA 4WQ6A 3NO5A 5HJLA 4GUHA 1IIHA 4LC8A 4NVTA 1OYBA 4K36A 3DENA 3GZ3A 4RXFA 4YWIA 4H6KA 3LTYA 1OABA 3E02A 3E9AA 2Y61A 4X3ZA 2OT1A 4K37A 4MFDA 2RDUA 3KAOA 1P5BA 1QDSA 5I3GA 4WXZA 3UY8A 3SSJA 3QRHA 4IJBA 1DBTA 2ISWA 4FNRA 3S0CA 1T8XA 3EB2A 5D37A 3MBFA 3EX1A 3S5ZA 1JCYA 2P1FA 4HPXA 4LC6A 1RVGA 3MHFA 4XUGA 1KFJA 1RZMA 2RHGA 4O1DA 3M7WA 3C3NA 2QUVA 4NXSA 1U5JA 4UFJA 3W1PA 4AHPA 2ZYFA 3G22A 3MMTA 5A5WA 2WV8A 1I2PA 1W31A 1ZJIA 1EWDA 1TRIA 3EWXA 5EYWA 1RQHA 1SW7A 3P60A 2FTPA 1D3HA 4MPQA 3G24A 1B4KA 1EEPA 3KVJA 3O07A 3ZWSA 3QZEA 3MW7A 4Y9AA 3EWWA 3LB0A 1AK5A 3GNDA 3WJYA 1GG1A 4I7UA 4DEFA 3BW3A 3S1UA 5FF2A 2ZRUA 3QF0A 2OZ0A 3W7GA 1TTPA 3R5EA 2NXIA 1SZGA 1H63A 1TPH1 3R89A 1VC4A 3PC0A 4HNNA 2ZZ2A 3O05A 3P81A 4HNVA 4XWUA 1JJKA 4IX0A 2WKJA 2Y89A 1LP6A 2YFNA 3CEUA 2BLEA 1Y0EA 1FCBA 3B0PA 3S8HA 4CCEA 2YR1A 2RH9A 2YYTA 4QNWA 4JYEA 2B7QA 1S3HA 1EUAA 2H8XA 4RXGA 2NWRA 1SO4A 1XUZA 3VI2A 3S1XA 2WSYA 3NDOA 1LTDA 1Q6QA 4JTIA 3NZ1A 4Y8FA 3NZRA 3BARA 1TPC1 3KVMA 4RR4A 2A7RA 4WY0F 1E51A 2E5CA 3V75A 2YZRA 4A29A 5HMSA 4GUIA 1WX0A 3LRLA 2ZZ7A 4IX2A 2Z1BA 4E38A 5DY3A 2OMAA 3M41A 1QPQA 3ATZA 1JCLA 4Z1BA 5F2IA 1ME9A 3QSRA 4WD0A 3S1WA 1TPWA 1C29A 3GR7A 4UC5A 3TH6A 5EPDA 2I14A 3UPBA 3N19B 2ZRWA 3HPXA 5D09A 4N4QA 3LBCA 3PBWA 1VHCA 1TRDA 4HSNA 4AEOA 3LCFA 2QJHA 2PURA 4LRTA 1ZALA 5K3VA 3G3MA 4AXKA 2NXHA 5D38A 3HIJA 1JQVA 1JRBA 5G2IA 2KZHA 3L0GA 5LHFA 1ZCOA 2J9YA 2V0TA 1YXYA 1QO2A 2Z0IA 2ZRYA 3DHFA 3LLDA 2H3DA 3QQ0A 2NV1A 3DFNA 3JS3A 4Q4KA 4M5PA 1K7EA 1WA3A 2DZWA 2QCNA 1HTIA 3UXDA 1LOLA 4NNBA 4JX4A 5BOOA 1KFCA 3S9YA 4HSOA 2V2DA 4O0ZA 3TC7A 3W7HA 1H60A 1XUUA 4OGZA 4BWLA 3H53A 1PCKA 3GDLA 3ABSA 3G3DA 4N9DA 2WNNA 4TMBA 4WJEA 1FWRA 3KRUA 1WOBA 4LV4A 5D33A 2EAWA 3W70A 3A23A 3RF9A 5G1TA 3TFXA 4OE7A 2WSRA 2DORA 1G6CA 1YADA 2A21A 3OIXA 3HG2A 1HO1A 1IXPA 3N73A 3NG3A 5CPOA 1N8FA 2JGYA 3W88A 5D2WA 3IGXA 3JRKA 4MIMA 2ZQ0A 3W2KA 4UFLA 3S5YA 4N9EA 3N9SA 5K4XA 1TTJA 3HF3A 3QC3A 2YXGA 3STFA 5T26A 4ONVA 4E0CA 3FS2A 4DPQA 1OHLA 1A5CA 3MYOA 1QNVA 3AO0A 1EP3A 4MY8A 3MP5A 1G7VA 2W6RA 2E5DA 4Q32A 2QCLA 4CQ9A 1D9EA 4RK8A 4JGDA 5AHMA 5HWNA 1JVNA 4AH7A 3PBVA 1IIGA 5D03A 3OG3A 4NT0A 1TV8A 2C14A 1KLZA 4O17A 1TIMA 5L9FA 1JQXA 4UFHA 3KOFA 3W7DA 1LRTA 3A21A 2J9ZA 1IF2A 2Q8ZA 4UIOA 3M16A 4TU1A 1WOAA 1GWJA 2FPVA 2PRMA 2A4AA 5DBTA 1DKWA 2ZA2A 3FLUA 3GK0A 3MP4A 2AAMA 3LERA 3R13A 1W3NA 4MFEA 2I9EA 5IBXC 4CQAA 3P67A 3RMJA 2CLIA 3P74A 2X16A 3SECA 5KINA 1FUYA 4E2DA 1IXOA 1FBAA 3UZ5A 5CPLA 4MVAA 1YLVA 4Z08A 3BG5A 1X1ZA 4ORIA 5F2LA 1Z48A 2HSAA 3QYQA 2A0NA 2GPTA 3EXTA 1P0KA 2HS8A 3YPIA 3DH7A 1S5TA 5AC8A 3OVPA 4HKPA 1OX6A 4MYXA 3MWAA 3M47A 3NQ6A 1DOSA 1ICQA 2CLEA 4NJIA 3GDTA 4I7VA 4FNTA 2A5HA 1H61A 4O11A 4UUIA 1W8SA 3CTLA 4S2BA 4A3UA 4EOUA 5K2ZA 5D04C 3CIWA 1MSSA 4DF0A 1Q3NA 1XC4A 5G2HA 2QR6A 3MO7A 1TO3A 4HN4A 3LOTA 1T96A 1OYCA 2A85A 4HT3A 1JCMP 2VC6A 1A5SA 4IXXA 5K7JA 1EP1A 2VXNA 1I2QA 2W79A 3CQ0A 3NL6A 5AN7A 4NJHA 4UR7A 3KRSA 2Z6IA 3L0KA 4FNUA 4X9SA 5FF7A 5BW6A 3L21A 4RKAA 5HWJA 3HGOA 4O16A 1KFKA 3HG4A 3M9YA 4LRSA 3T55A 3PBUA 5F2MA 3P5YA 5AYXA 4LVBA 1SZEA 2IQTA 2ZTKA 3G1SA 4P2VA 2VKZG 4PA8A 4TR9A 2Q3OA 4O13A 3NQ8A 1TPUA 1QOPA 4Z1CA 4A21A 2QCDA 1NAL1 1KV5A 3SJ3A 1X6UA 4BI5A 1GTHA 1O94A 1I2NA 1RR2A 3MHUA 4UFKA 4XBSA 1G4SA 2VFIA 4GWEA 3P80A 3GKFA 4JDYA 1KA9F 1OX4A 5CZTA 3IGUA 2ZZ4A 2ZDRA 1YPFA 1FCQA 3NGJA 4LTSA 2VFEA 3ELFA 3MUXA 1H7WA 2NX1A 5AB3A 3W7NA 1FX6A 4JX6A 3IIOA 1XFBA 3VNDA 3DI1A 3L68A 3TMQA 3I7SA 5I3KA 3LRKA 1EA0A 1OG0A 3STEA 1W1ZA 3TSBA 1GVQA 3UD6A 1LOQA 3W7PA 3NQ7A 3W7MA 3CB8A 3TSDA 1GVSA 4JNMA 3PVFA 2J9XA 3QPYA 1WAUA 3HB9A 5G2WA 1OFAA 5KTLA 1PHQA 2FQIA 4K8HA 3ZR4A 4UTLA 1R2RA 1RPXA 1Z41A 2JK2A 3M43A 2PRHA 2FJKA 1G4EA 1ML1A 1F6KA 1WV2A 3LHYA 1K03A 3R2GA 5EY5A 2FB2A 1YDOA 3W23A 3W7RA 5E93A 1M5WA 3HO8A 4E2BA 1ME7A 3NPXA 1PCWA 1SQ7A 2RFGA 4OT7A 4PC8A 2JKPA 3PAJA 2CLFA 3LCLA 4AWSA 3WK3A 2BXVA 2G5WA 2W0UA 3C2VA 1ZAIA 3PSVA 1TCDA 1XBYA 1G4PA 4ZVJA 2ZZ5A 3NL5A 1W5PA 1AMKA 2QDHA 3BLEA 1UASA 4KFOA 4ZMGA 4RZ5A 3EXSA 2BX7A 1B4EA 1SO6A 3FKKA 2VELA 3NAVA 3JR2A 2ABAA 3GYEA 3HBLA 3G1YA 3P62A 5TQLA 1QOQA 3DKLA 4P61A 3NL3A 1NSJA 1SR9A 1RD5A 5FEXA 4N9BA 3O1NA 1PS9A 3CC1A 1L2UA 3LRMA 3LCWA 4IWWA 5CKSA 1K02A 2QUUA 3B4UA 3W2UA 3W83A 1VH7A 5D2XA 2GQ9A 1Q6LA 1AL7A 1YTKA 3W7EA 4EWND 2CWNA 2ISVA 3A5FA 3F4NA 4AMAA 1TV7A 4GJ1A 2QCMA 3ABOA 3R12A 1EWEA 2JKEA 2Y85A 4NNAA 1KTNA 1TPEA 3TAOA 3W1RA 4UR8A 3M1ZA 4GUJA 1BEUA 5BMXA 3N2MA 4XTIA 1KM5A 1XKYA 4JTTA 3M6YA 4U4MA 3BLFA 4BFAA 1GJPA 2C3ZA 2QCEA 2DU2A 5TIMA 1IGSA 4O50A 4JYFA 3BV4A 5I3JA 4DXVA 5A8GA 4QISA 1GYNA 3LX9A 3STCA 4H3DA 3G8EA 4BR1A 4LUJA 4M19A 3VE7A 1KV8A 4OV9A 1H7XA 1QO5A 2VOMA 1QWGA 4CCDA 4UTWA 4O18A 1TYGA 1UB3A 2FPYA 3TKFA 5E1QA 3NEVA 2H6RA 3G18A 2XN2A 1HFBA 1R30A 2BSLA 1O60A 4CCCA 3HMJG 3EKLA 3PF3A 4YLWA 3GNNA 1FQ0A 3EWZA 4QIUA 3EX6A 3Q58A 5FF3A 3DU0A 1QAPA 2YPIA 3UWUA 1KM0A 2NZLA 1ICSA 1F2JA 1X8FA 4UFMA 3TV8A 3W7IA 3WJWA 3PM6A 5BRBA 3G0UA 4QJ1A 3GIYA 4LVGA 3HGJA 3LXAA 3IEBA 1EIXA 1ADOA 3SY5A 5C55A 2B7NA 4YCOA 1A5BA 4FNSA 4ZL1A 5H91A 2EPHA 2ZRXA 2YYUA 2LLEA 3GDRA 3P5ZA 3RK8A 4QSHA 4FEZA 4IPIA 4UTTA 3BK0A 1EPXA 4DBDA 2R14A 4RJEA 1FDJA 1NEYA 1XI3A 1DORA 3PWAA 4MLJA 4O53A 4H4IA 5TBOA 3W1XA 2TPSA 1GOXA 4GBUA 5C54A 2RKXA 3NQ2A 1MEHA 3C61A 3NPWA 2R94A 3C6CA 2NUWA 3I6RA 5AHEA 1SO3A 1SFJA 3LBMA 2Y7DA 3A9IA 2A6LA 4QAIA 4K7YA 2CW6A 4NJJA 3WJXA 3C8FA 1XDLA 3FYOA 4IUOA 3TDFA 3E96A 1A5AA 3ZFHA 3STGA 2C6QA 3Q2DA 1KFLA 3M5YA 5KITA 3C2EA 3BW4A 5KSWA 1VR6A 3W1TA 3T4CA 4JS3A 2J27A 5ABTA 1JUEA 2QCFA 4MJZA 3THAA 4A2SA 4DF2A 2A1YA 2DZXA 3LCIA 4U28A 4FX8A 1NVMA 4ML9A 4JDBA 4AB4A 3O16A 3W84A 5HNRA 4NNCA 3RFAA 3W1UA 5C2XA 1L9WA 1QR7A 2VFGA 5HUPA 3A24A 3K30A 3QM3A 1GG0A 1P0NA 3CU2A 1MZHA 3OA3A 1JRCA 4JIQA 3MYPA 3P8IA 5CSRA 3LXBA 1KM3A 1OK6A 2PC4A 4KWWA 4MY9A 3RNDA 4Z1AA 1KFEA 1JR1A 3C4UA 3C56A 1TTIA 3FJ6A 1I2RA 3A22A 1QPRA 2HTMA 2VENA 2Y88A 1KTCA 2X1RA 1L6SA 5FF0A 4N9CA 3C2RA 5HULA 1WDWA 4ZQNA 1F7BA 1S5VA 2VFHA 3FOKA 2BZNA 4JR5A 3S5OA 4O28A 2ZFAA 4CLMA 5CZJA 4OBTA 1L6YA 3W1MA 1PHWA 3LXCA 2V5BA 1AW5A 2WOQA 2EF9A 3BPWA 2OJPA 1QMLA 1B57A 4WUIA 2XN0A 1GYLA 1B9BA 5K9DA 3KRZA 3DKJA 3KX6A 3IIXA 2VEKA 1KBJA 3IV3A 4LUIA 3TAKA 4N4PA 1BWKA 2DZPA 5LNUA 2ZCGA 3TROA 2RDTA 1OFEA 3W7JA 2V9DA 3QMRA 1L6WA 3UWZA 2J6XA 3GX9A 1G69A 3NQEA 1FXPA 4AWUA 3OVRA 1CW2A 5F1UA 5D2VA 5LNVA 4LY8A 4UMBA 4XBKA 5AFDA 3LHUA 2QJIA 1THFD 3QW3A 1GVOA 4GUGA 5CPMA 4ALDA 1ZHAA 1DV7A 1OJXA 1YPIA 2BWGA 1K8ZA 3W2MA 4TX9A 4JX5A 2B7OA 3LI1A 5LHEA 4JY8A 3PB0A 1FWTA 1RQBA 3QW4B 2Q8LA 1OFDA 2GQ8A 4LW7A 2V8ZA 3EWYA 1SPQA 1KM1A 2XN1A 4UTWC 4MLRA 3PUEA 3UQNA 3HPZA 3EWBX 4JD4A 5U4NA 3W86A 1TJPA 2V2CA 2O7SA 3NOEA 1QCWA 3FYPA 4GE8A 3UXAA 3O6DA 3G1XA 5LSMA 5HINA 4JTSA 2PE4A 1Q6OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4S3J A;  2G41 A;  3LPP A;  3R7M A;  4XZ9 A;  1RCO B;  5E9X A;  3SY8 A;  4RZ6 A;  4HU8 A;  2W4X A;  3SCS A;  3SR7 A;  1LG1 A;  1MUC A;  3DHD A;  1I8J A;  5HAT A;  2C1I A;  4JTF A;  4RNJ A;  4YXG A;  1MW0 A;  1XIM A;  2JF6 A;  3WUG A;  1W3T A;  3TML A;  3TYC A;  4P7O A;  4UMC A;  4JKK A;  4NI8 A;  4RE2 A;  2VDH A;  5D9O A;  3MMD A;  1W0M A;  3N14 A;  1FDZ A;  4EXB A;  1JUL A;  3OBK A;  2VQU A;  3ID7 A;  3UPM A;  1E40 A;  3QY7 A;  4IFO A;  5C9Z A;  1GVE A;  4RNF A;  4CN6 A;  1ZL1 A;  3R58 A;  4QNE A;  4C1K A;  2I9U A;  1TJR A;  5A6A A;  1Q6C A;  4M6V A;  3CAK A;  3NO5 A;  1A5M C;  1E4I A;  3FEQ A;  3V36 A;  3VD9 A;  3F5J A;  4RXF A;  2OKT A;  4YWI A;  4PBF A;  2WB5 A;  4CQB A;  4DJF C;  1XD0 A;  1OAB A;  2V68 A;  3E9A A;  2Y61 A;  3GHT A;  2OT1 A;  3IUH A;  3GU2 A;  2RDU A;  4UR9 A;  1HJS A;  1P5B A;  5LIW X;  3VDG A;  4M3P A;  3SSJ A;  1WNO A;  2PTY A;  3MBF A;  4LF2 A;  1Q7Q A;  3S5Z A;  3N1A A;  4RDV A;  2P1F A;  4LC6 A;  1RZM A;  4RNH A;  4C6Q A;  4F0H A;  3PPF A;  1ONE A;  2ZYF A;  3KCL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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