4ITHA

Crystal structure of rip1 kinase in complex with necrostatin-1 analog
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
287
structure length
247
Chain Sequence
NVIKMKSSDFLVSLAFHRTQGLMIMKTVNEALLEEAKMMNRLRHSRVVKLLGVIIEEGKYSLVMEYMEKGNLMHVLKAEMSTPLSVKGRIILEIIEGMAYLHGKGVIHKDLKPENILVDNDFHIKIADLGLASFKMWSKLGTLYYMAPEHLNDVNAKPTEKSDVYSFAVVLWAIFANKEPYENAIAEQQLIMAIKSGNRPDVDDITEYCPREIISLMKLCWEANPEARPTFPGIEEKFRPFYLSQLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis of RIP1 Inhibition by Necrostatins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 75
structure length 247
sequence length 287
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2013-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4ithA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4ithA01
3R2YA 4I6QA 1UKIA 2WPAA 1M14A 2X2MA 3TJDA 2C68A 4E93A 3SOAA 4FVRA 5ETCA 4AW0A 3KULB 5EM8A 5A4TA 4V0GB 4MWHA 2YDJA 4EH7A 4NM0A 2JIVA 3FMLA 3KREA 4DE4A 3C51A 3PA3A 4AA4A 4DTAA 5IQIA 4HW7A 2WTVA 5I3RA 4FTMA 4M84A 1JBPE 3C4CA 4F1OA 5FDXA 3WF8A 3MVMA 5IA2A 4CLJA 2XZSA 1V0PA 5CAVA 2YWPA 3ZRMA 2QI8A 5KKRB 3NR9A 4A07A 3DFCB 4MEDA 5LVOA 5B7VA 1J1BA 3POZA 5DT0A 3VAPA 4U41A 5ANDA 2JIUA 4EK6A 3I4BA 3E3PA 2B7AA 3MV5A 3FLNC 4C62A 3ZDUA 3PJCA 3GOPA 5A4CA 1HCLA 2BDJA 3ETAA 2E9PA 5HG7A 2WTJA 3I0OA 3BI6A 3ZM9A 2VTAA 3C0GA 4IJ9A 1YHSA 5AM7A 2W1GA 2YZAA 4IAYA 3QC9A 5IU2A 3QUDA 1OB3A 3RK5A 4C3RA 4FA2A 3PA4A 3COMA 5CSXA 5GJDA 4BWKA 4ZIMA 2J5FA 3DKCA 5L8KA 3KRXA 1YDSE 3UZTA 2BFXA 4TXCA 4FZFB 3RGFA 2WIPA 3AT2A 4O86A 3BWFA 5LMKA 4XNEA 3A7IA 5JKGA 4CMOA 4F6WA 3QD3A 2J51A 2XBAA 2FSTX 4P4CA 4S31A 2ZV2A 3T9TA 5IDNA 3RP9A 3KA0A 2XJ2A 4O7LA 2OJGA 4TNDA 1Y57A 1YKRA 4MXAA 5IQFA 3N4UA 1PXNA 3NYNA 5CU6A 2QR8A 4WA9A 4CFUA 4HVSA 3TACA 2OZAA 4FKIA 1PYXA 4FTLA 4KS8A 1OBGA 4ITJA 4J8MA 5DRBA 4AGDA 3S2PA 5CENA 5LCJA 3HRBA 4F0IA 2DYLA 2VRXA 3GC7A 3FHIA 2O3PA 1PHKA 3OOMA 2V7OA 1J7LA 3W33A 3PG3A 4OTGA 4RJ4A 4CQEA 3MESA 2QLUA 4H3PA 4JDKA 3FPQA 2W1CA 5EK7A 1OKYA 4AOTA 2CCIA 3KXZA 5EW3A 4L00A 4IAZA 4Z55A 3MWUA 1WZYA 4JT3A 2OGVA 4HGLA 4FTKA 5D12A 4BCKA 4F09A 4FT7A 2C3KA 2UW7A 3HMPA 4ZTHA 4EORA 1PXJA 3C7QA 3DNEA 5IH4A 3TJCA 3N4VA 2BMCA 5LVLA 2XIZA 4IZYA 4QMMA 4AW2A 4BTJA 5A4EA 3RWQA 3FL5A 1FVRA 4CCUA 1W0XC 3LAUA 2BZKB 5JQ8A 2O2UA 4AZFA 5JFXA 5HVKA 2OJFE 4XG7A 4CTCA 2GNIA 3ANQA 3E3BX 3ZYAA 5CQUA 4BZNA 4GFGA 4E73A 3E8CA 3ZLSA 4ERKA 2E9NA 5EKOA 4LRJA 3FI8A 5CXZA 1CDKA 3KMUA 3MS9A 4YTIA 3AGMA 1IRKA 2GNJA 2ZOQA 4AAAA 3SVVA 3R1SA 4FTRA 3ACKA 5GZ9A 3GB2A 4ACMA 5CU3A 4DFBA 2NP8A 3SXFA 1UU7A 5TT7A 1HOWA 1UNLA 1SM2A 3CQWA 4PDPA 4ZAUA 3VUMA 5KKRC 2W96B 3U54A 4RX8A 3BYMA 3PUPA 2C30A 4PTEA 2XRUA 3LJ0A 4JG7A 4BCIA 4TL0A 1Q41A 2X8EA 5T3QA 3WZJA 2WFYA 4RPVA 4FC0A 3D15A 1BL7A 3P9JA 4FEUA 4FSMA 5IQAA 5H9BA 5CASA 1Q8UA 3HV3A 3OHTA 2BRMA 3DAEA 3F5XA 3CQEA 3PY3A 4RIWB 4RGJA 5AADA 2PPQA 1W83A 4B6LA 4EH5A 4IAFA 3A2CA 3LFEA 4EUUA 5HX8A 1NA7A 5FXRA 2PUPA 1ZMUA 3W10A 4BB4A 5M57A 3JR1A 4ANLA 3H4JA 1WBVA 4XCUA 5E8SA 5AUUA 3HNGA 5CAUA 1NXKA 5KO1A 5DR6A 4C7TA 4RJ5A 3FLYA 1GJOA 1U46A 3ZLYA 1M2RA 2XNNA 3BYUA 4IANA 4PTCA 4BICA 3MY1A 2BTRA 4K0YA 2W9FB 2F49A 4WNKA 3LXPA 5EI6A 4U80A 2EXMA 4HVGA 4O7TA 2VWIA 2CGVA 4G31A 4KIPA 4GL9A 4IB3A 5ETAA 3O7LB 3FV8A 2XNPA 3JYAA 3MFRA 4QYEA 1M2PA 5FD2A 4A9YA 4YURA 2P33A 5HU3A 4PQNA 4QP8A 3REPA 1CKIA 1DI9A 3LCSA 3ORPA 1YQJA 1UNGA 4K6ZA 4RA4A 2ACXA 5BVFA 5IPJA 4HYHA 3PDTA 1KV1A 1O6YA 4IWDA 3RPRA 2G2IA 5I5ZA 4IZ7A 4RX5A 4BDEA 3HLLA 4GKIA 4TTHB 4APPA 4YU2A 5J9LA 3UNZA 3FI2A 3E5AA 4YGAA 3ULIA 4S2ZA 4D4YA 3WI6A 3IG7A 2IVVA 3R2BA 2PSQA 5E8ZA 3R7VA 4FGBA 2UW4A 3NNVA 4ZSLA 5GHVA 5CF8A 2HW7A 4OTIA 3S3IA 4BTMA 1H07A 5HVYA 4Q2AA 2E9VA 3GGFA 3OCBA 3AC8A 2J0JA 2F57A 2X7FA 4JQEA 4KBKA 1Z5MA 1QPDA 4IFCA 4RT7A 4NZWB 3BQCA 4D1SA 2XH5A 4YJQA 2OLCA 1VZOA 3FMKA 5AFVA 1YI3A 1PYEA 3DJ5A 4EOSA 3UVPA 4EJ7A 4AGWA 4JG8A 5HG9A 1AD5A 4JRNA 4X6RA 4GVJA 3U55A 3U9NA 2E9OA 3PJ3A 1YWVA 1B39A 4G6LA 3OT8A 1Y8GA 3IECA 3QX2A 4BGQA 4C4HA 4M8TA 4C36A 2QOHA 2YCSA 3DXPA 2BPMA 1Q3DA 1DAWA 4GYIA 4UMRA 2PWLA 3O50A 4DG3E 2HZIA 4AQCA 4BHZA 1FQ1B 5AAEA 5TOZA 2XMYA 2XJ0A 4FUXA 2HY0A 2RG5A 3BU6A 4G6OA 5A14A 1GAGA 2BRGA 4E5BA 1JSTA 3OBGA 3QD2B 3DTWA 1L8TA 4AN9A 3LLAA 2C5XA 1KE5A 4P2KA 2XKEA 4NJ3A 2YDIA 3ZC5A 5FM2A 4DBXA 4X6QC 3ALOA 3VS5A 4J7BA 3HMNA 4M7IA 1OL5A 2QU5A 3DA6A 5LMKC 5AX3A 3UOJA 5AM6A 3QQKA 1QPJA 3EZVA 5DI1A 5I9ZA 1KUTA 3PXQA 4XHKB 4TNBA 4O96A 3IO7A 2R7BA 5IQEA 3LQ5A 3ERKA 3O7LD 3BBWA 5JK3A 4YPSA 4FKRA 4YJTA 4CCBA 4NCTA 5CALA 3COKA 5LWMA 5J87A 3AXWA 3C4EA 3LJ1A 4LG4A 4BBMA 2GTMA 4K1BA 5E90A 4IX4A 4W4YA 3ZXTA 3CLYA 4L7SA 3D5VA 3QQGA 4O7NA 3D83A 4ZTQA 4M66A 3PJ8A 2A0CX 3DDPA 3KF7A 5EW8A 1PMEA 2UW9A 5CNOA 2BRHA 2W4KA 4PRJA 3R1QA 4X2GA 2FSMX 4JOAA 2WTCA 1F5QA 3PJ1A 4XBRA 3TKUA 4LGGA 4Q5HA 4XOYA 1WBNA 3HP5A 3O8UA 4FL2A 4MTAA 4V05A 4CD0A 3UDBA 1M2QA 1M7QA 3WZEA 3AC2A 2CMWA 2Q0BA 3ROCA 4PDOA 3CTHA 1VYWA 4DINA 2VO3A 2ZV9A 4E26A 3P7BA 3ODZX 3F5UA 1H1SA 1OPJA 4O91A 3EYHA 5DRDA 3UODA 3ZO4A 1W7HA 5D41A 4ZK5A 2ONLA 3QALE 5AUWA 4DEAA 3CY2A 4W8DA 3UVQA 3RALA 1QPEA 1ZWSA 3EQDA 4RVMA 2YA9A 4LYNA 3NDMA 3RMFA 2ERKA 2Y0AA 5BUJA 5KMMA 3VRYA 4J71A 3VUDA 1PXIA 4WG5A 3EFWA 3NCZA 3KKVA 2QO2A 4KBAA 2CN8A 2FO0A 1B38A 3RJCA 3LFDA 3TV4A 2C6TA 3VULA 1ZZ2A 4QYHA 4JAJA 4GG7A 2R3LA 4AT5A 3VS6A 4YZMA 5C27A 2GQSA 3PIZA 4H3QA 4NK9A 3UIXA 4DEHA 4WBBB 2W5HA 3VBYA 1ND4A 3EJ1A 2I0VA 3COHA 5AUYA 3V8TA 5LVPA 4FKVA 4HYIA 4X2NA 3G9NA 2JC6A 1RQQA 3LW0A 4LQMA 1H1WA 3E8DA 2W9ZB 5TF9A 4RX7A 3R83A 3RBWA 3MW1A 1SNXA 4K18A 5DT4A 4GKHA 4I5PA 1CTPE 5EQPA 3KVWA 5EYKA 3BYOA 3UIBA 3DBDA 4I4FA 3F2NA 4M14A 3IPHA 1OL6A 2V7AA 5AV2A 3RAKA 2H9VA 5F9EA 3PVWA 1H24A 3NW5A 3QKKA 2QOBA 3EH9A 3V5TA 2QG7A 1Q5KA 5EYDA 5J5TA 2FGIA 3SGCA 4MBJA 2QOFA 4TWPA 5FP6A 3I7BA 4FYOA 4C02A 4UXQA 3KL8A 5HNGA 1ZLTA 2BKKA 4CFNA 2EB3A 2BCJA 3PIXA 2WMTA 4G5JA 2WNTA 3NIZA 4F0GA 3BHTA 2JKOA 4KABA 1XH5A 3U4UA 4BDAA 5CF6A 5AJQA 4FUYA 3R9HA 3ZO3A 4ZZNA 1Q8TA 1GOLA 2WTKC 1G5SA 3HV7A 1H28A 4MD7E 2ZYBA 2ITPA 4IADA 3KK8A 3KK9A 3AD5A 1PMNA 3EQPA 3I0QA 3KRJA 3OXZA 2BILB 3Q2MA 4OT5A 2C0OA 2OWBA 5H2UA 3W18A 2ITOA 3PZHA 3JVSA 4FKSA 4DGOA 1V0OA 4GJ2A 3VUHA 3A8WA 2R3QA 2XJ1A 4AU8A 1Q8ZA 4JLCA 4MD8E 3D7TB 4L45A 2J7TA 3QCXA 4FSNA 2QOKA 4ERWA 4YO6A 4K77A 2IO6A 4L52A 3OXTA 4D0XA 5ACKA 3MN3A 3WE4A 4F63A 3PSBA 4UXLA 5DVRA 2W4JA 2W17A 5L2WA 5L4QA 4FR4A 3QLFA 3QCYA 2X2KA 4JR3A 4C3FA 5I9UA 3LMIA 2NPQA 4GU6A 4W4VA 4BIBA 3VUKA 4WNMA 3ORMA 1UU3A 3AC1A 2QCSA 3UZRA 3K3IA 4GUEA 3NUAA 4AF3A 5GJGA 3TNPC 3HV5A 3QTSA 3UG2A 4BKZA 4GFOA 4GK3A 1JPAA 3ELJA 5K5XA 5M51A 4E3CA 2GSFA 2HW6A 3AMBA 4NFMA 3E88A 4XV2A 3ZFXA 4TWOA 2WTDA 4NJDA 3OF0A 4E6QA 2WELA 2JKMA 4FK3A 1BLXA 4NH1A 3HGKA 5DG5A 2YN8A 4G9RA 2R64A 1ZOHA 2BAKA 2C47A 1YXXA 2UW6A 3IGOA 3PWYA 4C2VA 5CEOA 3ODYX 1NT2A 3U4WA 4YJSA 5C4LA 5IQHA 5CT0A 4P90A 2CCHA 1A06A 5HIBA 5AWMA 2WEIA 3U6IA 2A27A 1KE6A 2IN6A 5HE2A 3TNIA 2FA2A 2JGZA 2R3IA 3EWHA 4ZTNA 4O0TA 5IA5A 4EJNA 5EOBA 3ZSHA 5IA4A 2IZSA 1SNUA 2OIDA 2WQBA 3HA8A 4O81A 4U9AA 4GS6A 4OTQA 1LEZA 3LMHA 2R2PA 3U51A 2G01A 2XVDA 5EG3A 3MI9A 2YAKA 3CS9A 4D2RA 5I9WA 4ZOGA 4C35A 5IISA 4IE9A 2XK3A 4B8MA 4NL0A 4QP2A 4DEBA 5DPVA 1XBBA 5HO7A 1Q3WA 4PNIA 4BR3A 4ALUA 4GK2A 2QNJA 4NCTC 4FZDB 4LMNA 4OTPA 1H01A 1OPLA 4WUNA 3RAHA 1ZYJA 2CKEA 3RHXA 2VTTA 3WYXA 4D4SA 3VC4A 4DG2E 2CSNA 2WQMA 2YJRA 4LL5A 3S95A 4HCUA 1ZZLA 3DU8A 1FGKA 4QMLA 4M97A 4NW6A 2HZ0A 4M69B 4E5WA 2QOQA 3HZTA 2R3PA 4WG4A 1EH4A 4USFA 4FF8A 4JIKA 5AIRA 3RCDA 5KMJA 4QMUA 1SVEA 4HPUE 5AR4A 2X6DA 4XYFA 4JBOA 2HYYA 1PMUA 2VTHA 4IVAA 2OXXA 4KKGA 5EQYA 2ZJWA 4BCOA 4Y72A 5FXQA 1OVEA 3MH1A 3GU6A 3IW5A 1XJDA 3TZ8A 4BRXA 4BCHA 3QQJA 2F7EE 3LCDA 4OBOA 5M4CA 3UGCA 3R9DA 4CEGA 2JD5A 3NYOA 4D1ZA 4JBVA 1SZMA 4IAKA 3BQRA 5L2SA 2F2CB 2ONLC 5E91A 2YM8A 5FBOA 2YERA 3W55A 3F82A 3QRKA 1UU8A 2WMQA 2O0UA 3E64A 3THBA 2UW5A 3VS4A 3LVPA 5E8WA 5K0XA 2VWUA 3Q3BA 1W84A 2PMLX 4FTIA 1OL2A 3GXLA 3IW7A 3VHEA 4CYJA 3OFMA 3KCFA 4G3DA 5HE3A 4H1JA 3ZZEA 2ITNA 1H1QA 2YM5A 1MQ4A 2XEZA 3LFCA 2OH0E 4IB5A 3FY2A 2UUEA 4B9DA 3GENA 4FEWA 5HE0A 1REKA 3FWQA 2WB8A 2VWYA 3I5NA 3OCGA 4BDFA 4U44A 4QRCA 2F4JA 3KC3A 4YBKA 4QMOA 4TYJA 1H00A 3MFSA 1YI4A 5CZHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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