4IVTA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Virtual screening and structure-based discovery of indole acylguanidines as potent beta-secretase (BACE1) inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 375
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ivtA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ivtA02
3CKRA 3OXVA 3HVPA 5F01A 1XDHA 3ZPUA 1PPKE 3LIQA 5P6GA 2JJIA 1MT9A 5P41A 5P4MA 5OZLA 3UDKA 5COKA 2QP8A 1C6ZA 5P71A 4F75A 2PSUA 4DJPA 1W50A 5P6LA 4I1CA 4TVGA 3O9HA 5OZ1A 5P59A 6UPJA 3KDCA 3LITA 5P48A 4AA9A 5P2MA 4S1GA 1HPSA 5P4VA 2PSGA 3EBZA 5P0DA 2ZGAA 5P0JA 4FL8A 5P32A 4OBZA 2AZ9A 3KYRA 1ODXA 4DV9A 3MWSA 5P2OA 5P5DA 3Q6YA 5OZWA 5HU0A 5P2EA 5P3QA 3S43A 5KQYA 3UQRA 4K9HA 3LIYA 5KQXA 2I4QA 4B1EA 1YM2A 3VV6A 4QGIA 3WB4A 5P26A 1B5FB 5COPA 1AZ5A 3D1XA 4FS4A 3VF7A 3NDXA 4DJYA 2APRA 3G6ZA 2CEJA 3GI6A 1T7JA 4R95A 5P43A 4L7GA 5OZFA 3PSUA 4WY1A 3U71A 4U7QA 1GNOA 3WSJA 4DQFA 2G1NA 2WF1A 1EC2A 5P5UA 3OADA 3BVBA 3SA4A 2O4NA 2Q5KA 4NKKA 1E81E 1IZHA 3QS1A 3EL5A 4PHVA 2XYFA 5P57A 5P13A 5HDXA 3FV3A 1DIFA 2V00A 2HPEA 1EC1A 2IL2A 3S56A 4R8YA 2IQGA 2IS0A 5P5SA 4R93A 2ER6E 1D4SA 2BKSA 3QP0A 1MPPA 3UDMA 4CPTA 1WBMA 5P3CA 4CPUA 5P7IA 5P07A 2NNPA 5P1UA 4QLHA 2JJJA 5HDUA 5P0ZA 4J0TA 2BBBA 2QHZA 2ZYEA 5P4IA 4L1AA 5AHAA 1FQ6A 5P1GA 2XFKA 3IXOA 2R38A 3RVIA 5P6EA 5P65A 4L7JA 1HIHA 3JVYA 5HCOA 4Y3GA 2ZHTA 2ZDZA 4Q1XA 5P4BA 2RMPA 1QS8A 4Y4XA 4GZFA 3NYGA 5T4SA 2AOCA 1HSIA 4YD7A 2QI5A 4KE1A 1MERA 1K6CA 4Y4EA 5P72A 5P3AA 5P24A 5P63A 3H0BA 3RTMA 1WBKA 5P50A 4FRSA 5HE7A 3O9GA 3HD8A 3T6IA 1HBVA 4UPJA 3CICA 4BFBA 4Y5EA 5P7YA 5F00A 4EXHA 1FFIC 3QVCA 3ZKXA 4RVJA 4BFDA 4Y3TA 4K4RA 5AH8A 5P3KA 2QD7A 4F76A 3VLAA 3PB5A 1T3RA 5P6OA 1FB7A 4KUPA 5KQFA 1HTRB 1XE6A 5P2FA 1NPAA 3RSXA 5DQ1A 5P7RA 1ZLFA 5P6SA 5P4CA 4ZSPA 4Y5NA 2OHPA 1T6GA 3NUJA 2WEBA 5P0RA 4PZWA 5P5TA 1K6VA 5P62A 3S45A 4LHHA 3DCRA 3GI4A 4Y3ZA 3LPKA 4IVTA 3OUBA 3VLBA 5P86A 1T6EX 4LXKA 3VV8A 4CPXA 4DVFA 3EL1A 1NH0A 2ASIA 4YOBA 3OWNA 3Q4BA 3ZOVA 5P0PA 1BDRA 2WJOA 2WECA 4J0PA 5P0GA 5P18A 5P4UA 5AHBA 5P6PA 2B7FA 3NLSA 2V16C 3EMYA 5P5WA 4GJCA 3D3TA 3B80A 3MSJA 3B7VA 3ST5A 2IKUA 3ZKMA 3KF0A 3VEUA 2PK6A 2QNPA 3QBHA 2WEDA 4NJSA 5OZ8A 4ER2E 3D91A 1SGUA 1MT8A 4DJRA 4QJ6A 4JPEA 1LZQA 3PEPA 2VKMA 3PBDA 5P5BA 1RNEA 3SA7A 2OHNA 1HVJA 1FIVA 1FF0C 1W5YA 5P8TA 1G6LA 2G1YA 4ZPFA 1UPJA 3I6OA 2QI6A 3NUOA 4I0FA 3AIDA 3HAWA 5P11A 5P2NA 4DJVA 4DFGA 3HW1A 4RCFA 1A94A 2Z4OA 4FE6A 5HE4A 5P03A 2VIYA 5P8HA 1FMBA 1EBKC 1YTJA 1APVE 4Y36A 3O9AA 5P6NA 3INDA 2ZJMA 3ECGA 4WY6A 5KOSA 3R0WA 4I0ZA 4Y57A 4NJVA 2I4XA 5B18A 1QRPE 4J1EA 5P1OA 3FSMA 3UHLA 7UPJA 1CZIE 5P0KA 5OZ7A 4HE9A 3L5BA 4A6BA 2AVOA 3EKWA 4WTUA 5P1CA 4LBTA 3HVGA 5P54A 4EJ8A 5P1QA 5P3XA 5P7OA 1HVKA 1YTIA 3HAUA 2NTRA 2P3BB 4DQBA 4YD6A 3PMUA 2I0AA 5APRE 5P20A 2AVQA 3EKXA 4NPUA 3L38A 1UH9A 3NWQA 4I12A 4YBIA 2F3FA 5JG1A 5P8NA 3TPJA 1KJ7A 3VUCA 5P3FA 2H6SA 4QJ8A 4CP7A 3BUHA 1C70A 4YCYA 4J5JA 5P1JA 3QN8A 3KMXA 1MTRA 2WF0A 1EPRE 2BQVA 2AOIA 3ER5E 5OZIA 3KFRA 2WF4A 5P64A 3G70A 5OZNA 4HEGA 5ER2E 1EEDP 3MXDA 3TPLA 1GNMA 4Z4XA 5P7UA 4Y3AA 4CPSA 5OZ9A 2QU2A 3PLLA 5P7MA 3G72A 3T7QA 2QI3A 4RROA 3HZCA 5P3JA 2IDWA 3A2OA 1IIQA 3IVHA 1HVRA 1ZAPA 4Y4DA 5P7VA 4Y3JA 1B6PA 5OZMA 2AOJA 3R4BA 5P08A 4MC9A 3EC0A 2NPHA 1GVTA 5P5EA 3S85A 1HPVA 5P8FA 3Q3TA 3EKYA 3KT5A 5DR8A 1Z1HA 3KN0A 3TL9A 4Y5MA 4YE3A 5P8AA 3IXKA 2ZHUA 3KM4A 5JODA 3DUYA 4Y4WA 1FMUA 1LYWB 2G20A 5AH6A 1MIQA 1FGCC 3OAGB 3T3CA 4B0QA 4D85A 1MRWA 2MIPA 2QAKA 4RGHA 5P1ZA 5P1YA 3C9XA 3OQKA 1MUIA 4FIVA 3ZMGA 4CPWA 3O9CA 5FIVA 4B05A 5P09A 5P4OA 1HPOA 1VIJA 1ZJ7A 3UQWA 5P5LA 1BIMA 5P5KA 2AZ8A 1LYAA 1ZBGA 3PVKA 4TRWA 4U8WA 5P1FA 1Z1RA 2P3DA 5OZGA 5OZQA 5P6WA 3NXEA 1J71A 1ZPKA 1MVPA 1YX9A 5P8KA 5I3VA 1W5VA 3U7SA 2P4JA 2OAHA 1QDMA 5P8SA 5P6MA 5HD0A 5P5IA 5P3WA 5P7LA 3I2LA 5P0LA 5P67A 3O9LA 5P34A 1K6PA 4LXMA 1Z8CA 4AMTA 3KT2A 5P36A 5P66A 5P81A 5P83A 1TSQA 1MSMA 4XKXA 4Y3EA 1YTGA 5P73A 4RZ1A 2V12C 1D4HA 3BUFA 4Y4UA 1PPME 5P61A 3GGVA 3NU5A 3EM3A 5P8UA 3MXEA 5P7XA 5P44A 5P7HA 4I0DA 5P4XA 2AOHA 4TVHA 2XYEA 3OUDB 4OC6B 4DH6A 4I11A 3PLDA 2QZWA 4XX3A 4PEPA 2PWRA 5P47A 8HVPA 1XS7D 5P6HA 1EAGA 3PBZA 5DGWA 4Q1YA 5P0QA 3FNUA 3L59A 5P5XA 5P80A 5OZPA 4CPRA 5P2UA 3TKGA 4CKUA 2QHYA 3ZLQA 5BRYA 3LZVA 4A4QA 5P8RA 4DQGA 3APRE 4J1KA 5SXNA 5KR0A 1BBSA 4QJAA 5P8OA 4IVSA 4GB2A 3JW2A 2G26A 2HS2A 1U8GA 3NU3A 1HVHA 2RKFA 2F8GA 2QZXA 3OU4B 2F3EA 2RSPA 4YD3A 1KJ4A 2AVSA 3IN3A 3CIDA 5J25A 3L5EA 2ZJLA 3OHHA 1K2CA 1KJHA 4OD9B 5I3WA 1D4JA 5P0HA 1BXOA 5P2DA 5P5AA 5P30A 5P2YA 3ZKSA 2PC0A 5C9DA 3LPIA 3UDPA 3O9EA 2FXDA 3SA8A 3EL9A 5P8LA 3K5FA 5HDZA 5OYVA 2BPZA 3OXCA 5P7BA 4B1DA 2FGVA 5P55A 5P12A 3GI0A 4YA8A 1D4LA 4HA5A 5KAOA 2CENA 1LF4A 1EC3A 3OUAA 4HDFA 3BUGA 4Y3HA 5P7NA 1M0BA 5ER1E 5P89A 1ZSRA 3JVWA 3K4VA 3ZPTA 2QD6A 1QBRA 5ISJA 5P1PA 1MRXA 2G1RA 5P2RA 2IGXA 4PZXA 3TTPA 4FAEA 4JOOA 3EXOA 3O99A 4GJ8A 5P5YA 4ZSQA 4RCEA 5DR4A 3RTNA 2WHHA 5IVSA 2Q15A 2F3KA 2ER0E 2WL0A 4EXGA 3BVAA 5P7EA 3DM6A 4PYVA 3IA9A 4APEA 1FKNA 1G35A 4Z2ZA 2Z54A 5OZVA 1OEWA 4Y47A 5P3PA 4OBFA 1YG9A 3EL4A 1RPIA 5P02A 5P5NA 2VA7A 2RENA 5P60A 5P7WA 1HVCA 5P8IA 2QNNA 5DR0A 5P0BA 4Y51A 1AXAA 5P1NA 4I0GA 5P2HA 2HAHA 4CPQA 5P28A 4AUCA 2HB4A 1FFFC 5P7AA 2OHQA 1EBWA 3PSGA 2QMDA 3URIA 3GGUA 2WEAA 4KB9A 3EM6A 4RCDA 3PMYA 4GJ6A 4GYEA 5P69A 1IVQA 5OZDA 4HDPA 5P70A 5P4LA 5OZXA 2FMBA 3ZKQA 3EKQA 3CKTA 3U6AA 5P3TA 4HDBA 5P0YA 2CEMA 2QCIA 5P4HA 1TQFA 5P0CA 4Y4AA 2G94A 3OQDA 3AUPA 5P6UA 1G2KA 5P40A 3EKPA 2ZJIA 4Y3DA 1GNNA 2PH8A 1SMEA 5OYWA 5P5RA 1VIKA 2AZBA 4D8CA 1SGZA 1PROA 4NPTA 2FIVA 3DJKA 1FQXA 3KDDA 5P00A 2VIEA 2FNSA 5P5MA 4DQHA 4I0HA 5HVPA 2XFJA 4QJ9A 4Y5GA 4J0YA 1JLDA 3PI5A 5P19A 3UDNA 1W6HA 3OQFA 1MEUA 1W51A 2J9JA 3UDHA 1W5WA 4Y5AA 1BXQA 4DQEA 2NXMA 3S2OA 5OYRA 3INFA 4GJ7A 4FGXA 5OYTA 3OOTA 1YTHA 5DR7A 5P4SA 3VYDA 5BWYA 5P3GA 2NNKA 3SPKA 4Y6MA 1LS5A 5P1DA 4GJ5A 5P5QA 3HLOA 4FM8A 5IVQA 5P5CA 4EJDA 1HEGE 4Y53A 3OUCA 5P0SA 4GJ9A 4ZPEA 4FCOA 3SABA 2BPYA 4I10A 4OBZB 5P2LA 4Y41A 3OK9A 1LF2A 1HOSA 1B6KA 2A1EA 2Q54A 5P88A 4Y5LA 1B6MA 4EWOA 2H6TA 2AOFA 4FM6A 5P3UA 5P1RA 5OZJA 3D20A 1PSNA 3S43B 2FGUA 5P6QA 4JPCA 1ODWA 1HIVA 2QZKA 3SFCA 1BV9A 3OU1A 2AZCA 1HHPA 5P3EA 5P85A 5P0WA 4J0ZA 3TKWA 2BPWA 2F80A 3IGBA 5OYZA 1META 5OZOA 3UCBA 4OBHA 3M9FA 1A9MA 2BPVA 5P52A 5P56A 1SDTA 3MSKA 5P7DA 1ME6A 5P2VA 3QPJA 5IS4A 3BXSA 3S7LA 5C9BA 2QHCA 5KOQA 5OYSA 3OADB 1EC0A 3LZSA 3ZL7A 2QU3A 2V0ZC 5IE1A 1C6YA 1KJFA 2WF2A 3CYWA 2R8NA 4EPJA 5DR3A 5P8EA 3S54A 1BWAA 2WKZA 2AODA 5P5ZA 3SA6A 4FSLA 2ANLA 5UPJA 2QI4A 2Q3KA 4GJBA 1D4IA 1NSOA 5P2WA 3DK1A 3PCWA 1T7KA 5OZKA 5P3MA 5P4QA 4GIDA 2G69A 3K4VC 2VA5A 3PHVA 1HVLA 5P6XA 1HWRA 2ER9E 4I0JA 3S53A 1K6TA 1A8GA 3SO9A 2UXZA 5P1EA 4HZTA 1CMSA 2JE4A 4Y50A 5P5GA 1EPQE 5P8VA 3SKGA 2G1OA 3VF3A 4L1AB 2I1AA 4Y3NA 1ODYA 5P46A 3LZYA 4M8YA 3O9IA 3FNSA 2R5PA 3VFAA 3SA9A 2G1SA 4B78A 2I4VA 1T7IA 1K1TA 6FIVA 5P3IA 5HTZA 4J17A 5OZZA 1LEEA 2G24A 3KFNA 1SP5A 4EYRA 5AHCA 2VIJA 5IVTA 5ISKA 3D1ZA 4J54A 4RLDA 5SY3A 4Y3YA 4LC7A 5P0UA 1EBZA 5DR1A 2IGYA 5P1HA 1HRNA 4Y3PA 3N3IA 4Y3FA 1APUE 4LP9A 5P6KA 3SA5A 4Y4GA 4ZLSA 1B5FA 2QK5A 1F7AA 5P22A 4LAPA 2O4LA 2HS1A 1XN2A 1IZIA 1DP5A 5P1KA 3EKTA 4Y4TA 1SH9A 5P7JA 5P5JA 4Y5CA 5P4YA 3FX5A 4MC2A 3BC4A 4Y3RA 3NXNA 2XFIA 4Y5BA 5P8GA 5P0EA 3OQAA 2VJ6A 1LV1A 1SIPA 2RKGA 3VYFA 1BDLA 2JXRA 4D83A 3VFBA 2P8HA 2FXEA 3UQUA 4OBDA 2OHKA 4EHCA 2OHMA 5OZ3A 4Y4ZA 1FG6C 3QRMA 1BDQA 5COOA 3DCKA 4ZIPA 5P4PA 3TOFA 1GKTA 3QBFA 1BWBA 5P35A 2QI7A 2ZJHA 3DV1A 5P31A 5EZZA 2I4UA 5HE5A 3K5GA 2A4FA 3BHEA 3MSLA 1TW7A 1DPJA 4B1CA 1NPWA 3GGAA 1YT9A 3UQXA 1EPNE 3QI1A 3O9BA 4YD4A 4ACUA 1RL8A 2Q63A 5KQZA 3LZUA 4Z22A 1IZDA 3WZ8A 5P1AA 4D89A 1EBYA 1D4YA 4AA8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CKR A;  3OXV A;  3HVP A;  5F01 A;  1XDH A;  3ZPU A;  1PPK E;  3LIQ A;  5P6G A;  2JJI A;  1MT9 A;  5P41 A;  5P4M A;  5OZL A;  3UDK A;  5COK A;  2QP8 A;  1C6Z A;  5P71 A;  4F75 A;  2PSU A;  4DJP A;  1W50 A;  5P6L A;  4I1C A;  4TVG A;  3O9H A;  5OZ1 A;  5P59 A;  6UPJ A;  3KDC A;  3LIT A;  5P48 A;  4AA9 A;  5P2M A;  4S1G A;  1HPS A;  5P4V A;  2PSG A;  3EBZ A;  5P0D A;  2ZGA A;  5P0J A;  4FL8 A;  5P32 A;  4OBZ A;  2AZ9 A;  3KYR A;  1ODX A;  4DV9 A;  3MWS A;  5P2O A;  5P5D A;  3Q6Y A;  5OZW A;  5HU0 A;  5P2E A;  5P3Q A;  3S43 A;  5KQY A;  3UQR A;  4K9H A;  3LIY A;  5KQX A;  2I4Q A;  4B1E A;  1YM2 A;  3VV6 A;  4QGI A;  3WB4 A;  5P26 A;  1B5F B;  5COP A;  1AZ5 A;  3D1X A;  4FS4 A;  3VF7 A;  3NDX A;  4DJY A;  2APR A;  3G6Z A;  2CEJ A;  3GI6 A;  1T7J A;  4R95 A;  5P43 A;  4L7G A;  5OZF A;  3PSU A;  4WY1 A;  3U71 A;  4U7Q A;  1GNO A;  3WSJ A;  4DQF A;  2G1N A;  2WF1 A;  1EC2 A;  5P5U A;  3OAD A;  3BVB A;  3SA4 A;  2O4N A;  2Q5K A;  4NKK A;  1E81 E;  1IZH A;  3QS1 A;  3EL5 A;  4PHV A;  2XYF A;  5P57 A;  5P13 A;  5HDX A;  3FV3 A;  1DIF A;  2V00 A;  2HPE A;  1EC1 A;  2IL2 A;  3S56 A;  4R8Y A;  2IQG A;  2IS0 A;  5P5S A;  4R93 A;  2ER6 E;  1D4S A;  2BKS A;  3QP0 A;  1MPP A;  3UDM A;  4CPT A;  1WBM A;  5P3C A;  4CPU A;  5P7I A;  5P07 A;  2NNP A;  5P1U A;  4QLH A;  2JJJ A;  5HDU A;  5P0Z A;  4J0T A;  2BBB A;  2QHZ A;  2ZYE A;  5P4I A;  4L1A A;  5AHA A;  1FQ6 A;  5P1G A;  2XFK A;  3IXO A;  2R38 A;  3RVI A;  5P6E A;  5P65 A;  4L7J A;  1HIH A;  3JVY A;  5HCO A;  4Y3G A;  2ZHT A;  2ZDZ A;  4Q1X A;  5P4B A;  2RMP A;  1QS8 A;  4Y4X A;  4GZF A;  3NYG A;  5T4S A;  2AOC A;  1HSI A;  4YD7 A;  2QI5 A;  4KE1 A;  1MER A;  1K6C A;  4Y4E A;  5P72 A;  5P3A A;  5P24 A;  5P63 A;  3H0B A;  3RTM A;  1WBK A;  5P50 A;  4FRS A;  5HE7 A;  3O9G A;  3HD8 A;  3T6I A;  1HBV A;  4UPJ A;  3CIC A;  4BFB A;  4Y5E A;  5P7Y A;  5F00 A;  4EXH A;  1FFI C;  3QVC A;  3ZKX A;  4RVJ A;  4BFD A;  4Y3T A;  4K4R A;  5AH8 A;  5P3K A;  2QD7 A;  4F76 A;  3VLA A;  3PB5 A;  1T3R A;  5P6O A;  1FB7 A;  4KUP A;  5KQF A;  1HTR B;  1XE6 A;  5P2F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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