4IY5A

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and cx516 at 2.0 a resolution
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural analysis of the positive AMPA receptor modulators CX516 and Me-CX516 in complex with the GluA2 ligand-binding domain
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 88
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy5A02
4R9FA 1PDAA 3IK6B 2F6GA 3T9XB 1UIVA 2Z8EA 4R2FA 3TCGA 3VFJA 4OXVA 4R75A 3SKPA 4TLLB 5AA1A 1FQBA 4XXUA 3FXUA 1QJMA 3OO6A 2H9BA 1TFAA 2DXYA 3DP6A 3G3HA 1IIWA 3HSTA 3IO6A 3U94A 4LP2B 3RN8A 1B9JA 2A5TA 5DVFA 2H5YA 1DTGA 2IA4A 1MQIA 4IO5A 4O3CA 3MVWA 4G8HA 2RF1A 4ZE9A 2W7YA 3PUXE 1KWHA 5I59B 5LOMA 4DDDA 3B6WA 5CMBA 3LSLA 4E0WA 1H44A 4OFJA 3LSXA 5DVJA 4PFWA 4IO4A 2DXRA 3SEVA 1FQEA 4NE4A 3FJ7A 1N3WA 2Y84A 3PMXA 2I49A 4UA8A 1SI1A 4XKQA 2F5XA 3DLNA 3TTKA 3A09A 3UN6A 3VV5A 2OWTA 4KYSA 2FNCA 3T96B 3USDA 4QHQA 4G68B 4LQ5A 2FYIA 3FVGA 3ZSFA 1A8EA 2RC7A 4NF6B 2I3VA 1B0LA 4LONB 1DTZA 1JVYA 1N04A 3K01A 1MXZA 1MXWA 4OFLA 3GBBA 3FUZA 4DIGA 1S50A 3IAZA 3EHSA 1DPPA 3MP6A 1XT8A 1M5CA 4U4SA 3OO9A 4GOTA 3DP4A 2DS9A 1PBQA 1XOCA 2F6PA 3E13X 3MPLA 1MY3A 4MH5A 4ZDMA 2O7UA 3K6UA 1Q35A 3QK6A 3I3VA 4R74A 3T9VA 1B52A 1R1NA 4NWCA 3C36A 1Y3NA 2XXIA 3FV1A 3RTWB 5DEXB 2YJPA 3RGYA 4RJZA 1B7ZA 4ZEFA 1QKBA 2A5SA 3EHUA 1GR2A 2QS1A 5A5XA 1N7XA 2CMOA 4FEBA 2UXAA 4RY1A 1LLSA 1LGBC 2QS3A 4IO2A 3K6XA 2E0SA 1UQWA 3D4CA 3VXBA 3K4UA 1N0TA 4OETA 2Q2CA 4FJPA 3GBAA 2XD2A 1MM6A 4G8NA 3PPRA 2NWJA 3OEKA 3ILUB 2PYYA 5FHOA 1M5BA 2WKYA 4F1YA 4LZ5A 5F1QA 1SW4A 3KJ7A 4GXAA 4RYAA 2F35A 4XTCQ 4QFLA 3K0VA 1YAEA 3O28A 5I2NB 2OWSA 3RTFB 2XXTA 3TTRA 1LAFE 4BDQA 4I8CA 3B7DA 5B7DA 3U92A 4O3AA 2Q9TA 4OQOA 5DT6A 3H6WA 2ONSA 3W15C 3CFZA 1LFGA 4GL0A 5TP9B 2OJTA 4ECFA 3BFUA 2GHAA 5H8NB 1FTOA 4F3SA 4P0IA 3DELB 2GHBA 2LAOA 4GF8A 3O29A 5I2KB 4ZEDA 4YB5A 1JETA 5KZTA 2XXQA 1EZ9A 1I6AA 2DOJA 3K02A 1ZJLA 5FTHA 1XS5A 3RT6B 1ZBMA 5AA4B 3M3LA 3IOTA 3RNNA 4NF8B 4PFUA 1IXIA 4PQJA 3TEPA 2HZKA 5CMKA 1EU8A 4EDPA 3VDFA 4NF4A 2UYEA 2GFEA 2F78A 2Q8JA 1ZTYA 1MXXA 1SDXA 4Z7EA 3TTLA 4OENA 4XKNA 2RKMA 3KJTA 3TDJA 1II5A 4RA1A 3T66A 1OQGA 4YKIA 1A99A 3O2AA 2DWIA 3B6QA 3JV9A 3CSBA 1SD3A 1B3LA 2DQVA 1SVXB 2QS2A 1Z7ME 3KSXA 2V25A 1LBBA 3KEIA 1DOTA 4OEVA 2O7IA 4IGTA 1P1OA 3CG1A 1PEBA 2R9JA 3RLFE 4H65A 3DP8A 3QSLA 1YTVA 3U8QA 4ISUA 2UVHA 3TTMA 4U21A 4F2QA 4NF5A 4G4PA 4R6HA 3C33A 4BLAA 5JTYA 3GLBA 5H8FA 4GL8A 3CR9A 4ELQA 2HAVA 3W9VA 1FCKA 2Y7KA 2XD3A 1LAXA 4PFTA 2QS4A 2DVZA 5I56B 2RINA 2XHDA 2FA7A 1AL3A 1UTHA 3KN7A 4KD5A 5EHSA 4DCXA 4N13A 4KYDA 4QFKA 2H4IA 1P1UA 3WAFA 4YKPA 2HEUA 5KDTB 3K1MA 4F3BA 4GIZA 5F7VA 3BKIB 1EZPA 2NUVA 4QSCA 4FORA 3O9PA 3MJNA 3F11A 3HHFA 2QJEA 4YB6A 4DLDA 4DXBA 3VLWA 5TPAA 1WDNA 2QSXA 1JVXA 3A3CA 2I0CA 3FJMA 1S7YA 3Q26A 2I0BA 4ZEIA 4IB2A 2UYFA 5AA2A 2Y7RA 3OD7A 1MY0A 3A3UA 3G3FA 4ZS9A 5I58A 1P99A 3H4ZA 1ZLQA 4G77A 2I6EA 1AIVA 1MQGA 3N94A 1URSA 4JWYA 1FTJA 1VE4A 4DXCA 1OVBA 4IO7A 4GLIA 4G2ZA 4R9GA 5FHMA 1SW5A 4BDOA 5I57B 1UIUA 4R73A 1BP5A 1M5DA 4QRZA 2E1SA 4GFRA 5CBRA 1MPCA 4RK2A 3UP9A 3ZKLA 4YKJA 5IKBA 1ZKBA 4RXLA 2B3FA 3IB0A 4BDNA 2DVCA 1O64A 1USYH 2IEEA 5CMMA 2NVUB 2OCUA 2GH9A 1VR5A 1ZIUA 3UK4A 4I62A 3MZ9A 3OSRA 3MW0A 4LUBA 5CMCA 3S9EA 3TODA 3CSGA 2RCBA 4TLMB 1QW0A 2PX1A 4HW8A 4RPNA 3ODBA 1MDQA 1NNTA 2DWAA 3VVFA 2XXUA 4F18A 1FQFA 2P1SA 2P2AA 3KOSA 4H5GA 4KHZE 2HQ0A 4THIA 4Q8RA 3HN0A 3QUJA 3IR1A 3FATA 3UA8A 2Y7IA 5EYFA 3HHGA 4KPTA 4F22A 4ZE8A 1UTBB 2O51A 2ESNA 2XXYA 1NKXA 3PV0E 4OESA 4YICA 4JSOA 2HAUA 3ZS6A 2HCAA 3C35A 4Z0IA 3KG2A 4OZ9A 3MZ1A 3MC2A 3MVXA 2XXRA 3K6VA 5H8QA 2H99A 1MXUA 1FTKA 3TCFA 1D3KA 1R6ZA 5J1DA 2D3IA 1D9VA 3SDFA 1CB6A 1I6BA 3OO7A 3KN8A 1OVTA 3SEUA 3IOWA 2BJJX 1DMBA 1BLFA 1LAHE 3FJGA 3MWBA 4WEPA 4ONYA 2Q2AA 4KYEA 5CBSA 2O1LA 4IY6A 5ICTA 1Y9UA 2ZNUA 3G3JA 3G7WA 3S4UA 3U72A 4OMBA 3PMWA 3IORA 1PB8A 3O6GA 3E9XA 3TCHA 1H43A 1A54A 1O7TA 3I5OA 5AE4A 3QIMA 4Q0CA 4YU0A 5BUUA 3BFTA 3Q27A 3RPWA 3PUWE 4NWDA 5ITPA 4RPOA 1P1QA 1JW4A 4RNSA 1JNFA 3G3IA 3FVKA 2QMXA 3EPEA 4XKPA 2YPNA 2AYSA 4PFYA 4YB7A 4EUOA 5ELVA 1ZU0A 2F7AA 4L17A 4KFQA 2I58A 1FTLA 1M5EA 4JSDA 3S9MC 3G3KA 3PPQA 3OELA 4LA9A 3HCQA 2A5TB 3KZGA 1LSTA 3M3FA 5H8HB 1POTA 3ILTB 4F29A 3TZAA 3E3KA 3FVOA 2YLNA 3VLVA 3THIA 4U23A 3SERA 4YKKA 2I4CA 2R6GE 3HPIA 4F1VA 2DWJA 2ONRA 1LFIA 3T9HB 4GVOA 4QSDA 2RC9A 1MY4A 4QFPA 2P0SA 3CRBA 4ZZAA 2XX7A 3TUSA 2OBGA 1LCFA 2QRYA 4P0GA 2ZMBA 3PPOA 4F19A 1B0HA 1H76A 1IEJA 3C31A 4JBZA 3IB1A 2QL3A 4NMYA 1DSNA 1B7HA 1OMPA 3H03A 1FQDA 3VVDA 1SYHA 4X1DA 4R6KA 3TQWA 1B40A 5FTIA 1MRPA 3UORA 3PD9A 4PETA 3V5AA 1SW2A 2F97A 4EXKA 1IXHA 4EF2A 3D4GA 1RYOA 5AA3A 1OQHA 4RK9A 4JB7A 2XXXA 3W9WA 1N76A 1NFTA 1QKAA 3K1PA 1VFDA 3JZJA 1MS7A 5KCJA 1Y20A 3O97A 1ZMGA 2DSFA 1FTMA 2I48A 1J1NA 2V84A 4TQUQ 4FATA 4GRKA 3RY3A 1XVXA 1AOVA 1B4ZA 1H3DA 3MBPA 3VXCA 2V3TA 1VFEA 2QMWA 2UVIA 1HSEA 4IGRA 1R9QA 1B6HA 1MQHA 4KCDA 1OLAA 1PB9A 3LSWA 3N6TA 4MBPA 2NOOA 1LBCA 5K2YA 3I6VA 1OIBA 4R6YA 3T22A 4BDRA 3MZBA 1P1NA 4EXLA 1NMUA 2D5WA 3QUFA 2ANJA 4AQ4A 1WVJA 2V3QA 4GXSB 4AB6A 3PPPA 2I4BA 3CG3A 4YZZA 5AA2D 5A5XB 3SEWA 3Q25A 1B58A 3IO4A 3QYTA 1USYE 4P11A 5L8DA 3OO8A 4F2OA 3TKDA 1MM7A 2F36A 3OEMA 5I59A 2X7PA 1B7UA 3SESA 3IL1B 3ZKKA 3M8UA 3PMVA 4OERA 2D21A 1XVYA 4BDLA 1JEVA 2I3WA 2O68A 2GRVA 5HM4B 1QUIA 2Y7PA 1Y3QA 2ZYOA 3PD8A 1GVCA 4I9DA 1LB9A 2X7QA 4ESXA 1POY1 2HFBA 4N07A 3EHTA 3OOAA 3V83A 3EQ1A 1MPBA 4G8MA 1SQYA 5CRYA 4OTEA 4QFOA 3PU5A 3AXFA 4FECA 4LQ2A 1Y1MA 3PGFA 5ICQA 4DXUA 1NNKA 4G68A 5I84A 2O69A 3QXMA 4K3FA 3TTNA 4NF6A 5H8SA 1NH7A 2Z23A 5B70A 1RYXA 2PT1A 4H67A 4NEDA 1TWYA 3C34A 1B1HA 1A7LA 1MQDA 1FQCA 3MAMA 4KR5A 2Z22A 3RUMA 3LC8A 3OENA 2H98A 1B51A 4JWOA 1JW5A 1B5JA 1O63A 3N5LA 3SEYA 4G68C 1I69A 4U1ZA 1ATGA 1D4NA 1MY1A 4H6DA 2ZNSA 4PE5B 4EF1A 1URGA 3TMGA 4Q30B 3K00A 1EH3A 1PC3A 1NNFA 4KCCA 4OFOA 4NF4B 2RC8A 1A40A 2ZYMA 1Y1ZA 5DEXA 1MH4A 1Y4TA 1EZOA 1US5A 4ND9A 2CZLA 2DP8A 2NXOA 2XXHA 3HV1A 3KSJA 3UGWA 1H45A 1IXCA 3KOTA 1SBPA 3V8XB 1A55A 2UVGA 4H1XA 3OMBA 1AH5A 3Q29A 2VD3A 3T93B 1JQFA 3H6TA 3FVNA 4WEDA 4AB5A 3LSFB 4IO3A 1Y3PA 1HSLA 1IITA 2V93A 3O6IA 2XXVA 3LR1A 1B46A 3GZGA 5H8HA 3RT8A 5FHNA 3TYHA 2OK2A 1MDP1 1FW0A 2O84X 1QUJA 4IY5A 1SYIA 1PB7A 1ELJA 2F7BA 1A8FA 1NL5A 1R9LA 4NF5B 1QULA 5L9MA 5JTYB 4H5FA 5H8FB 2ZXTA 5I2NA 4EQ9A 2M8CA 2AL5A 2G29A 4ELRA 4WXJA 4BDMA 5K2XA 4ZEBA 3H6VA 1B3HA 1UTHB 3O6HA 3Q28A 4ZECA 3TFLA 5CC2A 3LBSA 2PMSA 3FXQA 2XX9A 3FIRA 3TQLA 5TP9A 3K6WA 4ESWA 5H8NA 2F34A 3PUYE 4OYVA 1NNPA 3U93A 4GQOA 2REJA 3BBRA 1IUDA 3UIFA 4FAJA 4R72A 5I2KA 1AMFA 3EN3A 3FGSA 5TPAB 1HSJA 3K2DA 1QVSA 5AA4A 2DYXA 3IJOB 4NF8A 2ONKE 3SEXA 1B3GA 5AA2B 1B3FA 3FXRA 1BTJA 5I58B 1Z7NE 4MLVA 3SETA 1B05A 1P1WA 3PPNA 1MY2A 2ZNTA 1VSOA 1SI0A 4GWOA 4XIGQ 2VD2A 2Q88A 2Z8DA 4X48A 1LFHA 2O6AA 3U1OA 3DM0A 4MLQA 1LCTA 3VLUA 4H8IA 2G93A 2QPQA 1T0KA 3ECRA 1TFDA 3EF7A 2ZYKA 5DYHA 4OVJA 4ELPA 2DE2A 3S2VA 4GD5A 1LAGE 4TOZA 5EHMA 4FIMA 3O66A 2VGQA 4YMBA 3GXAA 3FZVA 1WODA 4DCYA 4H8JA 3M3KA 3E4RA 3CFXA 3FV2A 3MP8A 4X1BA 1MQJA 4LVQA 5ISUA 5L9SA 3VE1B 2Y7WA 2ALUA 4F1UA 4XKRA 3RQTA 2B65A 2PT2A 2RCAA 4LZ7A 1BIYA 2X26A 5BWJA 1B2HA 2UVJA 1B32A 3B6TA 3MVYA 5IAIA 2KLFA 1MH3A 1B1XA 2O1MA 3G3GA 4MFIA 2VP1A 4WKMA 3T9UA 3V89B 4DE8A 3L6HA 2DE3A 4YAHX 5I56A 3H3GA 4LZ8A 2V3UA 1XC1A 1S9TA 3PUZE 5JEIA 3FASA 4IO6A 1BKAA 5KDTA 1Q1KA 3MPKA 5CM6A 3MQ9A 5JK4A 1N7WA 2ZYNA 4FEDA 4ZZEA 3PUVE 1N3XA 1GV8A 4U1OA 2Z8FA 3S9NC 2PBWA 4HS7A 1JEUA 3IOVA 4JDFA 1NH8A 4MF3A 1LB8A 2Q89A 1URDA 4ZEKA 3QAXA 1B4HA 5HPQA 4POWA 1IZ1A 4O3BA 3KN3A 3TELA 4LATA 1MXVA 3FD3A 1MPDA 3L6GA 3VVEA 4OWDA 5H8QB 1PBPA 1CE2A 3MUQA 5CI5A 5DVIA 4FE8A 5TU0A 1B5HA 2F8DA 5L9OA 4QFNA 3WAEA 3S9LC 2OLBA 3KBRA 5I57A 3JYRA 1FQAA 4C0RA 2DE4A 3OXNA 1MXYA 3CI8A 2PVUA 1MG1A 3P7IA 4NTLA 3CVGA 4U4XA 2AL4A 4F39A 2REGA 3R26A 1L5TA 2VHAA 1I6QA 4EQBA 3R6UA 2F7CA 3K1NA 4X9TA 4M1VA 3TAJA 3LUYA 1B5IA 2THIA 1M5FA 3IB2A 3C9HA 4U22A 1GTKA 1TXFA 3C32A 4JWXA 4C1UA 3N26A 4OEUA 3R7XA 1DPEA 4I1DA 1IQ7A 3IOUA 4Q5TA 4KI0E 5M2VA 3CIJA 4F3PA 4H0WA 3CFLA 3MVZA 4JXIA 1RKMA 3H7MA 3MP1A 3KFMA 2DWHA 3KGCA 1B3EA 4C1TA 1QUKA 4POXA 4EQ7A 1UTBA 3IJXB 1D9YA 4DZ1A 3H06B 4N6PA 1JW1A 4ELOA 4KQPA 2HZLA 2AIXA 2VOZA 5HBCA 2XXPA 4HTGA 2XXWA 4UACA 1US4A 1SW1A 1N84A 3HO7A 4QF9A 3C4MA 5ITOA 1YCJA 3N6UA 4PP0A 1GGGA 4F31B 4OHNA 4HCWA 1ANFA 2XX8A 4HCYA 4YMAA 3TPAA 3IX1A 4QSEA 1TT1A 4U2RA 5DTBA 1Y4CA 5KCJB 1F9BA 3H6UA 3OSQA 4M4GA 3ONMA 2R71A 4F3GA 2B3BA 1YPNA 1XHYA 4E0XA 2H25A 1OLCA 2ABHA 4R2BA 2HXWA 1IXGA 2OZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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