4IY5A

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and cx516 at 2.0 a resolution
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural analysis of the positive AMPA receptor modulators CX516 and Me-CX516 in complex with the GluA2 ligand-binding domain
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 88
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy5A02
1B7HA 3TODA 3TPAA 3H06B 3PUZE 3OOAA 5AA4B 2I6EA 1HSEA 4G4PA 3G3IA 2CZLA 1XVYA 3H6UA 1MY1A 3S9EA 3M3FA 2XXXA 2RINA 4H5FA 1TXFA 3MP8A 3C33A 3UORA 1CB6A 3TYHA 3TTMA 2DWAA 3E13X 5DTBA 1VE4A 4FAJA 3OMBA 1QJMA 3KSXA 1I6AA 1URGA 3MPKA 1Q35A 4IGRA 4LONB 5H8SA 4LATA 3V89B 3TTNA 4H0WA 4F18A 2I4CA 1SBPA 4NMYA 3T93B 3WAFA 3K1PA 3SESA 3VLUA 1A8FA 2V3QA 4H6DA 4EQ7A 2VD2A 3N5LA 5DVFA 3CVGA 5I59B 5F1QA 2DWHA 3FVKA 3BBRA 2B65A 3IJXB 4LP2B 4NTLA 2E1SA 2NWJA 3IOTA 1IXCA 1FQAA 3MVZA 3MC2A 3O29A 2I49A 1N7XA 4DCXA 1II5A 1A7LA 2FA7A 2W7YA 4ELOA 4OEUA 2Q8JA 2QS2A 4QHQA 1B1XA 2HAUA 5HM4B 1FQCA 5I2NB 1S9TA 3OSQA 2P1SA 3MP6A 1NFTA 1B0LA 3IL1B 4YKPA 3PPRA 3CRBA 1LFIA 3OO6A 2H25A 4ND9A 3S9NC 1HSJA 4UA8A 1PBPA 3U8QA 2UVJA 2ZMBA 2OBGA 4F2QA 3K6XA 2PYYA 3V8XB 4XKNA 4Q5TA 1J1NA 1T0KA 3PMXA 2ZNSA 1TWYA 4ELPA 4TLLB 3W15C 2NOOA 3RY3A 1NL5A 1UQWA 4GXAA 3TTRA 3RNNA 1H3DA 3S2VA 1D3KA 4IY6A 4JXIA 3MW0A 4PQJA 3UIFA 4R2FA 1B5HA 4FE8A 3GBBA 1M5BA 3K02A 3B6WA 4HCWA 4YB5A 4U4XA 4R2BA 1LAFE 3KSJA 2F6GA 1FW0A 4U22A 3TMGA 1MY4A 4GL0A 3QYTA 1Q1KA 4EF2A 4MF3A 3WAEA 2UVHA 4JDFA 2F97A 2HXWA 4EQBA 2REGA 2OK2A 3RQTA 4ZE8A 2RKMA 4NF5B 5J1DA 1SDXA 2DOJA 3LSXA 3VE1B 2XHDA 3RLFE 3A3CA 4ZEFA 2A5TA 5H8QB 4C0RA 4LUBA 3SEVA 2Q2AA 3Q25A 1MQJA 5ITOA 2RC8A 3G3GA 1CE2A 1DPEA 3IAZA 1H76A 1QKBA 1ZIUA 3IR1A 3T9UA 1XOCA 4F39A 4FORA 4DDDA 4MLQA 1JVYA 5AE4A 3G3FA 2AL4A 3H7MA 4U1ZA 1SYIA 1FTLA 3IX1A 5H8NA 4GRKA 2O7UA 2DWJA 2F7AA 2ONKE 1XS5A 4BLAA 2IEEA 3PPQA 2I3WA 1P1OA 4QSEA 2FYIA 1BKAA 3N6TA 1RKMA 1TT1A 2GHBA 1SQYA 2Q89A 4YKIA 2XXQA 3E9XA 5TU0A 5AA4A 4IO3A 3O6GA 3UP9A 4PFWA 1I6BA 3OO8A 1IITA 4QSCA 2ESNA 1QKAA 2PMSA 4OFLA 4G8HA 1PB8A 2QPQA 3KN3A 4LQ2A 2O1LA 5L8DA 4GFRA 4YMBA 2V3TA 3K1NA 5I84A 4ELRA 2A5SA 4FEDA 2I48A 5AA2D 2XXVA 1B40A 1GGGA 2RCAA 2P2AA 2XD3A 4E0XA 4GQOA 3PUYE 1BLFA 4FIMA 1POTA 1UTHB 3VXBA 3D4CA 3CG3A 1QUKA 2F7BA 4G8MA 2QMWA 2Z8DA 3G3HA 1MG1A 3GXAA 4XXUA 3KOTA 2Y7WA 3T9VA 3DP4A 3CSGA 2ZXTA 1R1NA 1IXGA 4QFKA 2D21A 2THIA 1O63A 4RNSA 5LOMA 2XXTA 3KOSA 3VLVA 4XIGQ 1ZKBA 5I2NA 3MJNA 1ZU0A 2DYXA 4X48A 3KJTA 3IOVA 3PUWE 4BDRA 3VFJA 4QFLA 2DVCA 5DVIA 4O3BA 4R6HA 3MZBA 3O6HA 1SW1A 2X26A 3H4ZA 1QUJA 4AQ4A 1B9JA 2X7QA 1B4ZA 2XX7A 3R6UA 2RC9A 3OO7A 4N13A 3AXFA 1MY3A 1MQHA 2F6PA 3DLNA 4KYEA 1I69A 4G8NA 1OMPA 5TP9A 3QUJA 3I5OA 2G93A 3PPPA 3QXMA 4YKJA 3S4UA 3N6UA 1TFAA 4LVQA 3MQ9A 1IIWA 4ZEKA 4IGTA 3K01A 5B70A 2PBWA 4M4GA 3RPWA 1NNTA 2RF1A 1A99A 5DYHA 1MXYA 2I0CA 4Q0CA 2A5TB 3OEMA 1XHYA 1JVXA 3Q29A 4E0WA 1MXXA 4H8IA 2V3UA 3HV1A 4XKRA 4XTCQ 1P1WA 3FUZA 3TCFA 2XXUA 3IJOB 3CIJA 5JEIA 2DS9A 1D4NA 4GWOA 4PFYA 1A54A 2XXIA 1OVBA 2RCBA 1B7ZA 3HCQA 3A3UA 4BDNA 1Y9UA 3H03A 2QJEA 1LB8A 3MAMA 3C36A 3OENA 5H8QA 1B46A 1B32A 3VDFA 2F34A 1FTOA 2O6AA 1NH7A 5HBCA 3RTFB 3W9VA 2VHAA 3V5AA 2HEUA 5K2XA 5HPQA 4F1YA 2QS3A 3CFZA 1B0HA 1R9QA 1B3GA 4RY1A 2DXRA 4EF1A 1R6ZA 2RC7A 5AA2A 3DELB 4TLMB 3JYRA 4DXCA 1WVJA 2HCAA 4X1DA 1MRPA 2GH9A 4F3SA 5DVJA 2PVUA 2XXPA 3HO7A 4ZDMA 2DQVA 3CFXA 1WDNA 1PBQA 4POWA 2ABHA 1VFEA 4KCCA 3BKIB 5EHSA 5L9SA 3IOUA 3B6QA 5M2VA 3C34A 3TELA 3VV5A 2HZKA 2ANJA 3TTLA 1LFHA 3PGFA 2NUVA 1URSA 3VVFA 1US5A 1FQBA 3TCGA 5F7VA 4DLDA 3PPOA 1GR2A 4EXLA 3FXUA 1SD3A 4IB2A 2O1MA 4Q8RA 3ECRA 2KLFA 2Q2CA 4R73A 4JSOA 2AL5A 3IB2A 3RUMA 1DMBA 1UTHA 2DP8A 3OELA 1XT8A 4KYDA 2ALUA 3C9HA 1YTVA 1OQGA 5ITPA 3B6TA 3R7XA 5KDTA 3ILTB 4KHZE 2F36A 3LC8A 2H4IA 4OETA 4BDQA 2F5XA 4KQPA 4LA9A 1LBCA 3IB0A 4AB6A 1EZPA 5DEXB 3M3LA 1P1NA 4MFIA 1OLAA 5TP9B 3EHSA 2O84X 2I3VA 3SEUA 1IEJA 1Y4TA 2DE4A 3TTKA 1OQHA 1Y1MA 2AIXA 4L17A 2HAVA 3T96B 4U21A 4ZEBA 4OXVA 1QW0A 2F35A 3Q27A 4H65A 2UYFA 1H45A 2ZYMA 1QULA 1USYE 1VSOA 4YMAA 3KEIA 4FEBA 4DCYA 4GOTA 4F29A 2V84A 3LSFB 4TOZA 1P99A 4YB7A 4YU0A 1N76A 2DXYA 4P0GA 1A8EA 1PC3A 4QFPA 3TQWA 4U1OA 4QF9A 3O2AA 4ZEDA 2AYSA 4RA1A 1MDP1 1JEVA 3FGSA 1P1QA 4O3CA 1AL3A 4LQ5A 4P0IA 1A40A 4OENA 2O68A 2I4BA 3H6TA 3IORA 3TZAA 3GLBA 1YCJA 1ZTYA 4X9TA 4KD5A 1NMUA 4K3FA 2YLNA 3QAXA 2M8CA 3W9WA 2OLBA 3QSLA 1N3WA 5AA2B 3FXRA 4G77A 2Y7PA 2VD3A 3PD8A 3ZKLA 4OHNA 1JNFA 3TUSA 3M8UA 3N26A 2QL3A 4G68C 1LAHE 4LZ7A 1MH4A 2ONRA 3LSLA 1JQFA 3S9LC 2ZYOA 4AB5A 1VR5A 1KWHA 1JEUA 4IY5A 1F9BA 4NE4A 4ZEIA 5L9MA 1NKXA 3HPIA 1Y20A 1LBBA 2O51A 4KR5A 4EQ9A 5IAIA 5TPAA 3U94A 2I0BA 1FCKA 1B05A 2Z22A 1B3LA 1WODA 3MPLA 4IO6A 4JWYA 2Y7IA 4I9DA 2F7CA 4NF6A 3KG2A 2DE3A 3L6GA 4OWDA 1MXZA 3PUVE 4KCDA 1MXVA 2DVZA 3S9MC 3DP8A 1UIVA 1FQEA 2IA4A 1IZ1A 3O6IA 5CMKA 4OFOA 3VVDA 3FVGA 2R6GE 4F3GA 3IOWA 5CM6A 3CG1A 4ESXA 1ATGA 1RYXA 1XVXA 4FATA 5KDTB 5CRYA 2D5WA 3JV9A 3JZJA 1BTJA 4ZZEA 2F8DA 1LFGA 5FHMA 4XKPA 1H43A 1URDA 1JETA 2OCUA 4HW8A 3K2DA 3D4GA 4G68A 1Y4CA 2B3BA 4OERA 1AH5A 4Z7EA 4OESA 1B3FA 4R75A 1B5JA 5I58B 1SI0A 3MUQA 1A55A 3EQ1A 2GHAA 1MQGA 1AIVA 1RYOA 1SW2A 3MVWA 4YKKA 5BWJA 3KGCA 3OO9A 3L6HA 5I2KA 1Z7NE 3FV2A 2XXYA 2QS4A 4GL8A 4H1XA 3IO6A 1EZ9A 4WEDA 3SEXA 3H6WA 5DEXA 1FQDA 4MH5A 3Q28A 4C1UA 2Y7RA 1B2HA 3EHUA 3BFTA 4WXJA 3ZKKA 3A09A 3M3KA 2H98A 1LCFA 1B52A 3RT8A 1O64A 4FECA 3KN7A 4EUOA 1MXUA 4JWOA 3ZS6A 4U23A 1P1UA 1OIBA 5K2YA 3TEPA 3PV0E 4WKMA 2R71A 4N07A 2QMXA 3MP1A 4HTGA 3LR1A 5EHMA 1S50A 1D9VA 1ANFA 1SYHA 1UIUA 4EDPA 3O97A 5CI5A 4JBZA 1LCTA 4GLIA 3UGWA 3E4RA 4GF8A 1JW1A 1SI1A 1FQFA 5CMBA 4ECFA 3K00A 4H5GA 2GRVA 1LLSA 1S7YA 5ICTA 2NXOA 3EPEA 2Y7KA 3H3GA 5AA1A 4LZ8A 1N0TA 4RYAA 3TDJA 4PFUA 1DTZA 4ONYA 2XXRA 3UN6A 1POY1 2Q9TA 1FTMA 4HCYA 1MPBA 4ZS9A 3KFMA 3C31A 4XKQA 1M5CA 4QFOA 3RGYA 2DSFA 1MXWA 1BIYA 1GVCA 1LSTA 1DOTA 5FHNA 5TPAB 4PP0A 1Y1ZA 3FVOA 4GD5A 2YJPA 1HSLA 3EN3A 3K6UA 5CMMA 4NF6B 4PETA 5ELVA 2OWTA 2H9BA 1Y3NA 2XX9A 2H5YA 4ZZAA 4O3AA 2UVGA 3KZGA 5I56A 2BJJX 1UTBA 5ICQA 4ZECA 2OZZA 5JTYA 2I58A 1JW5A 3CI8A 5H8FB 2HFBA 1I6QA 2ZNUA 4Z0IA 2ZYNA 3SETA 3FXQA 2OJTA 3PMWA 4R9GA 1M5FA 3KN8A 3FIRA 4RK9A 3SKPA 3H6VA 1ZLQA 5IKBA 1MS7A 1YAEA 3FVNA 1B6HA 4ESWA 2XD2A 1B3HA 3ZSFA 1D9YA 4G68B 4X1BA 2FNCA 1L5TA 4I1DA 4KPTA 3MVYA 4NWDA 3RN8A 1B7UA 1MDQA 2G29A 2P0SA 1QUIA 2Z8FA 4U4SA 2QS1A 4GVOA 1MQDA 3EHTA 4QFNA 1LAGE 2O7IA 4DXUA 4MBPA 1OVTA 3K6WA 3MVXA 3FJ7A 2PT1A 4OTEA 5EYFA 2Z8EA 3TCHA 4ISUA 3K0VA 3CR9A 3K4UA 5I2KB 3VXCA 4F22A 5H8HA 1LB9A 4QRZA 1MM6A 4UACA 3U93A 5CBSA 2F78A 1XC1A 3G3KA 1O7TA 4OYVA 1ZMGA 2Q88A 1M5DA 2XX8A 3FASA 1DTGA 2ZNTA 2QSXA 1NNKA 3LSWA 3GBAA 4MLVA 4OZ9A 5I58A 3C32A 4POXA 1IXIA 1QVSA 5A5XB 5KCJA 4U2RA 1VFDA 4YAHX 2B3FA 4PE5B 4P11A 4NF4A 2QRYA 2GFEA 3V83A 4N6PA 4KFQA 3K1MA 4GXSB 3QUFA 2WKYA 4KI0E 1GTKA 3KBRA 4F3BA 3UA8A 3USDA 4OEVA 1MY0A 3OD7A 5I57A 1YPNA 3O66A 3FJGA 3IK6B 3TKDA 3N94A 5JK4A 1JW4A 1MPDA 2XXHA 3TQLA 1B3EA 4NEDA 3G3JA 1GV8A 3LBSA 5DT6A 3FD3A 2D3IA 4NF8A 2CMOA 2DE2A 4WEPA 2PX1A 4DXBA 1PDAA 1R9LA 2O69A 3IO4A 4THIA 1PEBA 3FATA 3SERA 1NH8A 5FTIA 3ODBA 5ISUA 2NVUB 3F11A 4BDLA 4KYSA 5I56B 1TFDA 1ZBMA 4IO7A 1UTBB 3MZ1A 5JTYB 3VLWA 1N3XA 2UYEA 3OEKA 1ELJA 3UK4A 4R9FA 4PFTA 4R74A 4BDMA 3Q26A 3MBPA 2XXWA 3O28A 3RTWB 4NWCA 4DIGA 5AA3A 3T9HB 3PD9A 4OMBA 4R72A 2LAOA 2OWSA 1M5EA 1SVXB 3VVEA 4OVJA 2E0SA 1DSNA 3ONMA 4ZE9A 3U92A 4ELQA 4YICA 3T22A 3T66A 3ILUB 4C1TA 4M1VA 3DP6A 4F1UA 4LZ5A 4F31B 5H8FA 4JSDA 4TQUQ 4IO2A 3HHGA 2R9JA 3PPNA 3RT6B 1Y3QA 1EU8A 3T9XB 2V93A 1MY2A 2REJA 5H8HB 4OFJA 1N04A 4QSDA 3LUYA 5I59A 2PT2A 3THIA 1B1HA 4RK2A 3OSRA 1IUDA 3BFUA 3G7WA 3R26A 3PU5A 1PB9A 1N84A 2Y84A 1Z7ME 2VP1A 1N7WA 1EZOA 2HQ0A 1USYH 3HSTA 5FTHA 1OLCA 3DM0A 2ZYKA 3KJ7A 1FTKA 1US4A 1IXHA 5KCJB 3B7DA 2UVIA 4EXKA 1AMFA 1MM7A 1PB7A 1EH3A 4NF4B 3CFLA 3SDFA 3TAJA 3MWBA 3SEYA 3U72A 3I6VA 2YPNA 1H44A 4GIZA 4G2ZA 3SEWA 4IO5A 4R6YA 4Q30B 3FJMA 5L9OA 4HS7A 5KZTA 3E3KA 2X7PA 1Y3PA 5I57B 4RPOA 4H8JA 2H99A 3P7IA 5BUUA 3U1OA 3FV1A 2HZLA 4JB7A 1ZJLA 3QK6A 5CC2A 5B7DA 4JWXA 5A5XA 4DZ1A 3PUXE 4R6KA 4F1VA 1NNPA 4I8CA 3MZ9A 5CMCA 1B4HA 1DPPA 3C4MA 2ONSA 1B51A 3OXNA 2Z23A 3C35A 4NF8B 2V25A 1BP5A 1IQ7A 4BDOA 4IO4A 2DWIA 1NNFA 3QIMA 4RPNA 3GZGA 3O9PA 1LAXA 3CSBA 1SW4A 2VGQA 1B58A 3I3VA 3K6VA 4YB6A 4F19A 4H67A 3FZVA 1MQIA 1MH3A 1SW5A 3HN0A 2VOZA 4I62A 4YZZA 4F2OA 4OQOA 4RJZA 1LGBC 2UXAA 4F3PA 3PMVA 1AOVA 3IB1A 4RXLA 5H8NB 1MPCA 4DE8A 4FJPA 3TFLA 4NF5A 5FHOA 1FTJA 1B5IA 3HHFA 3EF7A 5CBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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