4IY6A

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and me-cx516 at 1.72 a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
b'GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural analysis of the positive AMPA receptor modulators CX516 and Me-CX516 in complex with the GluA2 ligand-binding domain
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 85
structure length 263
sequence length 263
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy6A02
3G3FA 4GL8A 3HV1A 4N13A 1A7LA 4G68A 2XXPA 3VLWA 2NUVA 1D3KA 1YCJA 1B5HA 4ELPA 3P7IA 4YZZA 3SKPA 4EQ9A 5AA4B 3GZGA 3IX1A 5I57B 3O97A 1P1WA 1RYXA 4U4XA 4MF3A 4EXLA 5KZTA 1F9BA 4ZZEA 3HO7A 4YKJA 4PFUA 2DVZA 1JNFA 3FXRA 1OLCA 3I6VA 1IITA 3MW0A 1NFTA 3TMGA 3K02A 3T93B 2XXRA 1UQWA 4R6HA 3W15C 2HFBA 4KPTA 3MZ1A 2F6PA 4F2QA 1RYOA 1H44A 3FVNA 4OERA 4U23A 1P99A 3FXUA 2ZNTA 4OETA 4BDRA 2AYSA 1H45A 2XXVA 1QKAA 2HAUA 3PPPA 1LAHE 3U8QA 4LZ5A 4BDOA 3G7WA 3PPQA 4TQUQ 2V3TA 1N84A 4EUOA 4OQOA 2H98A 1IXCA 3FVOA 2OZZA 3KFMA 4F2OA 2F34A 1B1HA 5F7VA 3U94A 4ONYA 3QK6A 1ZKBA 3MZ9A 1MY0A 4EF1A 2KLFA 4ELQA 1S7YA 4LVQA 2REGA 4YU0A 4IO3A 3MP1A 3EHTA 3RLFE 4XKQA 2DVCA 3O2AA 2VP1A 1UIVA 1XVYA 4GQOA 4OFOA 3MWBA 3FGSA 2ANJA 2I48A 3M8UA 3MC2A 4YAHX 2B3BA 1KWHA 2I58A 1PEBA 3MJNA 4M1VA 2E1SA 1JETA 2HZKA 3OEMA 4AB5A 5ICQA 4MH5A 1OQHA 3CRBA 4ZEDA 1MXUA 1WVJA 2F7AA 1URSA 2ZYOA 5CRYA 4QF9A 4Z0IA 3A09A 4M4GA 5DT6A 4G8MA 1M5EA 4DIGA 5BWJA 2PT1A 5A5XB 4F1VA 3CFXA 4I9DA 4KR5A 3MP6A 4G68B 1B7UA 1LAFE 1O7TA 5CMCA 3IB0A 4RPOA 3S9NC 4O3AA 3CFZA 2GH9A 4F18A 4KD5A 1FCKA 2ZYNA 1FW0A 4KYEA 3R26A 1A8EA 2RCBA 3L6HA 1YPNA 3BKIB 3TDJA 1ZMGA 3C31A 1JVXA 2Q89A 3O29A 4KCCA 3VV5A 2DWJA 2REJA 1B1XA 4U1OA 1NNKA 2M8CA 4G77A 4YB5A 3SEUA 1XC1A 4FATA 2V3UA 1EZ9A 4E0WA 1MRPA 4YMAA 3K1PA 3V8XB 4G2ZA 4R6KA 1VFEA 3GLBA 1M5FA 3G3JA 4ZEKA 5IKBA 1PB8A 1NH7A 2FA7A 3M3FA 3PUXE 2O68A 3RNNA 1Y3NA 1GVCA 4BLAA 1IQ7A 4OESA 2AIXA 4XTCQ 2A5TB 4K3FA 5H8NA 5K2XA 4IY6A 3ILTB 4R9FA 3ZKKA 1B7HA 4HCYA 1FQEA 4DXUA 1EH3A 4Q5TA 4O3BA 3HPIA 5I2NB 3FVGA 2ZNUA 5CM6A 4QHQA 3BFUA 5ITPA 5AA3A 2PVUA 3RN8A 3K2DA 4GVOA 5LOMA 3MVWA 1NL5A 3IORA 4KCDA 1QULA 3UIFA 3KJ7A 2R71A 4L17A 3QIMA 1A8FA 3SDFA 4DZ1A 1GV8A 3TTKA 1AOVA 4IO6A 1CB6A 1FQDA 3D4CA 5BUUA 2V84A 4H8JA 4RNSA 1IXGA 1IEJA 4JBZA 1PB7A 2Y7KA 3IK6B 1A55A 3WAFA 4JDFA 3IO4A 1H43A 2CMOA 1M5CA 3DP6A 2XX7A 1L5TA 4NF5A 4THIA 3C35A 5AE4A 3VVDA 1I6BA 1OIBA 4AB6A 1IZ1A 3PPNA 1Y4TA 1HSEA 4RJZA 3CFLA 3H4ZA 1JW5A 4GXAA 2XXYA 2AL5A 5B70A 2QRYA 3O6IA 1B51A 2YLNA 2GHBA 2RC9A 5JEIA 1R9QA 3GXAA 4LZ8A 4F3BA 5CC2A 3FZVA 2VHAA 3IOUA 3LSXA 3KN8A 5ISUA 3ECRA 2I4CA 4YICA 3FVKA 3OENA 4DXCA 4U21A 4YB7A 3PUWE 4H65A 3H6VA 3H6TA 2DWHA 5CI5A 3PD8A 2I4BA 3S9LC 1EZOA 3M3LA 5I56A 1MXYA 3C36A 2O51A 3A3CA 4IGTA 4HS7A 4DLDA 5I58A 3L6GA 4ZZAA 3WAEA 4P0IA 4GFRA 5HBCA 1SI1A 3TTLA 3IJOB 2VGQA 4ZECA 2W7YA 3KOTA 1PBQA 1SW4A 2F97A 3EN3A 3VE1B 1USYE 2HQ0A 2Q2AA 3PPOA 5H8NB 3OSQA 4JSOA 2DE2A 4KI0E 4RK9A 4HTGA 3EF7A 3LR1A 2X26A 1H76A 1MY3A 3RQTA 5TP9A 3IAZA 2XXIA 1Y3PA 4ZS9A 3PMXA 4N07A 1ZLQA 4YKIA 1B3GA 5KCJA 4ZEFA 1AL3A 5JTYA 3Q25A 1MS7A 2RCAA 4GOTA 3H3GA 2XXWA 3MQ9A 2XD2A 3TELA 4DCXA 4KYDA 3W9VA 1O64A 2ZYMA 3MAMA 4QRZA 4WEPA 4H8IA 3SEYA 2RINA 5DEXA 3TTRA 3CIJA 1FTKA 4BDNA 4U4SA 3KJTA 4DXBA 2OBGA 3RTFB 4C1TA 5ICTA 2D3IA 4NWDA 5CMKA 3SESA 4PFYA 4F3PA 3FJGA 3B6WA 4NWCA 1Y1MA 4QSEA 4F31B 1URDA 4KQPA 2OK2A 3S9EA 4RPNA 4EF2A 4XXUA 1B9JA 1D4NA 3LC8A 4MLVA 1LCFA 3LSFB 4GF8A 1XVXA 2QJEA 5ITOA 4F19A 3DLNA 1I69A 2XX9A 3DP4A 1B3HA 3EPEA 2NXOA 3TAJA 2NOOA 3E9XA 2PT2A 3ONMA 5H8QA 2E0SA 4F3SA 3TKDA 3RUMA 1Y20A 3K6WA 5FHMA 3IOVA 1FQFA 5J1DA 1XT8A 2Z8EA 2UXAA 2OJTA 3E4RA 3QUFA 5EHSA 3D4GA 1LAXA 2DWIA 1MXZA 1LB8A 4TLLB 4Q30B 3C34A 1B4HA 4FJPA 3FUZA 4LZ7A 3KSJA 1B0LA 4KYSA 1FTLA 4FIMA 3KEIA 3O28A 1MQJA 4H5GA 1QW0A 4JWOA 1TFAA 5I56B 2O7UA 2XD3A 3PUZE 3T9UA 4G68C 3H6WA 2XXXA 4MLQA 3N5LA 1LFGA 3RT8A 2NWJA 4R73A 3QAXA 2AL4A 4NF6A 4ZE9A 1J1NA 4NE4A 1A40A 1LSTA 3FD3A 3OMBA 3OO7A 3OXNA 3VVEA 5HM4B 1LCTA 4HCWA 5KDTA 3QYTA 1QUJA 4DDDA 1XS5A 1I6AA 3IO6A 2F8DA 2ONKE 2QS1A 3G3IA 3C4MA 1MM6A 3IOTA 4NF4B 1MH3A 3JV9A 3LBSA 1B6HA 4XKPA 2F7CA 1BLFA 1ZU0A 1VFDA 3DP8A 3MBPA 3KBRA 3S4UA 1B40A 1GGGA 1P1NA 3TCHA 1POY1 4JWYA 2PMSA 1H3DA 5CMMA 3SEVA 1B3FA 4NMYA 3T22A 1AIVA 1B4ZA 2UYEA 4EQBA 2P1SA 4ZEIA 1P1UA 1R6ZA 4NEDA 3Q26A 1USYH 5I2KA 1LFIA 4UACA 3T96B 4AQ4A 2H99A 3ZSFA 1DMBA 4IB2A 5H8FA 4FORA 2O84X 2Y7RA 2F78A 4QSCA 4I62A 4ZEBA 3MVYA 1SQYA 5FTHA 4R74A 1HSJA 3DM0A 2X7PA 3PPRA 3CG1A 4QFOA 3K1MA 1XHYA 2VD2A 2XXTA 4H67A 4LONB 4G4PA 1D9YA 5H8QB 2F5XA 2Q8JA 2DP8A 5AA2A 3MVZA 4R2BA 3SEWA 1T0KA 4P11A 3C32A 3ODBA 1ZJLA 3E13X 4POWA 3B7DA 4LQ2A 4DE8A 2GRVA 3RT6B 3KZGA 4FECA 1UIUA 2GHAA 2DYXA 2ONSA 5IAIA 1TT1A 5I59A 1TXFA 3KG2A 3UA8A 3ILUB 1IXHA 4PQJA 4QSDA 3TEPA 4KFQA 1VR5A 1B5JA 2R9JA 3HHFA 3T9VA 4ELOA 3UORA 4PP0A 3IR1A 2I0CA 3V5AA 4F29A 3G3GA 5F1QA 4NTLA 1LFHA 1JW1A 2O7IA 3TZAA 1TWYA 4OVJA 2G29A 5L9MA 3MPLA 4NF6B 3TQLA 3OO9A 2Q88A 3VVFA 1VSOA 5H8HA 4F22A 4ZE8A 1GR2A 5I84A 3H03A 2PBWA 3MZBA 2DSFA 4YB6A 3TPAA 5KDTB 2XXUA 2WKYA 4G8NA 2Z22A 3H7MA 1MG1A 2Z8DA 3N94A 4H5FA 2I49A 3K00A 3OSRA 4LATA 4FE8A 1ZIUA 2OWTA 4OYVA 1Q35A 4IO7A 1B5IA 1VE4A 1QKBA 4MBPA 5AA1A 1N7WA 1GTKA 3PV0E 2I0BA 1B7ZA 2F36A 2Y7WA 2ESNA 4ESWA 1JEUA 5DYHA 3CSGA 4O3CA 1S50A 1RKMA 4GD5A 3SEXA 3S9MC 1UTBA 3I3VA 1OQGA 1QVSA 4ECFA 4OMBA 3HCQA 1FTOA 3CI8A 4QFNA 4X1DA 2RF1A 5M2VA 2O1LA 4XKRA 2LAOA 1A99A 3FASA 4U22A 1AMFA 3U1OA 4ND9A 3I5OA 5CMBA 1ZBMA 3CSBA 3FJMA 4OFJA 2Q9TA 2V93A 4H1XA 2QSXA 1N76A 1URGA 3IB1A 3B6QA 1Y1ZA 3RY3A 2Y7IA 3JZJA 3M3KA 1MPDA 2BJJX 1NNTA 2THIA 1B46A 3N6TA 4WKMA 3IB2A 5H8FB 5L9SA 1HSLA 1Y3QA 5FHOA 3USDA 5TU0A 3T9HB 1B32A 1SW5A 2YPNA 2HCAA 1JW4A 3DELB 1MY2A 4TLMB 1SD3A 1PB9A 1WDNA 3TYHA 2QS3A 1TFDA 4TOZA 3SETA 1B05A 1US4A 4Q8RA 4Q0CA 2ZMBA 4F1YA 4ESXA 2DXYA 5AA2B 3BFTA 3O6GA 3OO8A 3IOWA 1PC3A 2H5YA 3TFLA 3KN3A 4OHNA 1MXXA 1JEVA 3CG3A 2QS2A 2OWSA 4JSDA 5FTIA 2DE4A 3VFJA 4IY5A 5I59B 4GXSB 4H6DA 1Q1KA 4X9TA 5A5XA 3RGYA 1IUDA 3PMVA 3FV1A 3R6UA 3E3KA 2RC8A 3JYRA 3TTNA 1US5A 3EHUA 1Y4CA 3SERA 4R9GA 1POTA 2YJPA 4OTEA 1FTJA 1P1OA 3EQ1A 1MQGA 4OENA 4R72A 1XOCA 4MFIA 2XHDA 1I6QA 2I6EA 2Q2CA 3V83A 5H8HB 4XIGQ 2DWAA 3UK4A 2B65A 4NF5B 3ZKLA 1SVXB 2HEUA 4F1UA 2I3VA 3U72A 3LSLA 2X7QA 1SBPA 2P2AA 3FJ7A 1DSNA 3VDFA 3K6UA 2O1MA 2G93A 3BBRA 1B52A 1SYHA 3T66A 3GBAA 4FAJA 4C0RA 1O63A 1UTBB 3Q28A 4H0WA 3LSWA 4DCYA 2HXWA 3VXCA 3F11A 5FHNA 4OFLA 4ELRA 3RPWA 1LAGE 2A5TA 4BDQA 2HZLA 1DTZA 1MM7A 4LA9A 2DOJA 3O66A 4PFWA 1N7XA 4QFKA 2ZXTA 3TODA 3KGCA 3W9WA 4X1BA 2Z8FA 3K1NA 3KOSA 2O6AA 3QXMA 5I2NA 2ALUA 1BIYA 1ELJA 4IO4A 5H8SA 1MQHA 4U1ZA 2I3WA 3K6VA 1AH5A 3HHGA 3GBBA 1QJMA 4GL0A 3UN6A 4JB7A 3O9PA 5DVJA 2OLBA 5I58B 1SDXA 1FQCA 2QPQA 1LBCA 4LUBA 4BDLA 4IO5A 4U2RA 3UGWA 1MH4A 1MXVA 2VD3A 4EDPA 1LLSA 1SI0A 2R6GE 1Z7ME 1OVBA 4QFPA 3HN0A 4R75A 5EHMA 5TPAA 4WEDA 2D21A 1II5A 2XXHA 4XKNA 3K01A 2PX1A 4P0GA 2ZYKA 1B2HA 4NF8A 5TP9B 5CBSA 4BDMA 3MP8A 1MPCA 5DVFA 1M5DA 1DPPA 1UTHA 3FXQA 4R2FA 5KCJB 1OLAA 4F3GA 5JTYB 1MQIA 2FYIA 1BKAA 3QUJA 1N3WA 2H25A 2VOZA 3FATA 3FV2A 2DE3A 3PUYE 5L8DA 1OMPA 2DQVA 2QL3A 2Z23A 5DEXB 3V89B 1MPBA 2V3QA 1NH8A 4LP2B 1MDQA 1Y9UA 2NVUB 4JXIA 3U93A 3TCGA 1LGBC 4POXA 1MQDA 4KHZE 4Z7EA 2Y84A 1M5BA 3K6XA 3LUYA 1A54A 4IGRA 4RA1A 2RC7A 1N0TA 1ANFA 2XXQA 4FEDA 3ZS6A 2A5SA 4UA8A 1QUKA 1JQFA 1MY1A 1EZPA 2Y7PA 3UP9A 3AXFA 3A3UA 3KSXA 3MPKA 1DPEA 3C9HA 2IEEA 3THIA 2OCUA 4X48A 4RXLA 1ATGA 2O69A 4YMBA 1ZTYA 2F7BA 5ELVA 3R7XA 3HSTA 4GIZA 1WODA 1N3XA 3PUVE 4IO2A 3OO6A 4GWOA 4OXVA 1B58A 2HAVA 4R6YA 3Q29A 4I1DA 1MXWA 1D9VA 2QMXA 5K2YA 4RYAA 2H9BA 1NNFA 2D5WA 5JK4A 3TQWA 2ONRA 1FQBA 3H06B 5HPQA 3CVGA 2P0SA 5DVIA 2ZNSA 3PD9A 4G8HA 4GLIA 2B3FA 5AA4A 2ABHA 3VLVA 1FQAA 2DS9A 4WXJA 5I57A 1NMUA 1YAEA 1PBPA 1LBBA 3RTWB 4EQ7A 3G3KA 1EU8A 1JVYA 3T9XB 4ZDMA 5TPAB 3U92A 3OELA 5CBRA 2H4IA 3B6TA 3PMWA 4I8CA 5EYFA 3Q27A 3MVXA 1NNPA 4C1UA 4YKKA 4RY1A 2CZLA 1SW2A 1BTJA 5DTBA 3EHSA 4PE5B 4NF8B 2UVGA 4OWDA 3S2VA 3PU5A 3K4UA 1PDAA 1UTHB 5L9OA 3OEKA 1B3EA 3FIRA 3PGFA 1NKXA 2IA4A 1CE2A 1DTGA 4OEUA 1SYIA 3CR9A 1N04A 4E0XA 3TTMA 2UYFA 2UVHA 4GRKA 1B3LA 5I2KB 2DXRA 2F6GA 4FEBA 1B0HA 4OEVA 3TCFA 2XX8A 5AA2D 3N26A 1IXIA 1BP5A 3O6HA 2QS4A 1LB9A 2UVIA 4HW8A 3KN7A 1OVTA 1QUIA 1YTVA 3VXBA 1R9LA 4F39A 1MY4A 4RK2A 3VLUA 2QMWA 3H6UA 1SW1A 4YKPA 3G3HA 3OOAA 1FTMA 2UVJA 3K0VA 2V25A 4PETA 4JWXA 4PFTA 3IL1B 3N6UA 3MUQA 2RKMA 1MDP1 3TUSA 2PYYA 4LQ5A 1P1QA 4OZ9A 1S9TA 3IJXB 3QSLA 1R1NA 4EXKA 2F35A 3C33A 2GFEA 4ISUA 1IIWA 4N6PA 4NF4A 1DOTA 4QFLA 1Z7NE 2FNCA 5B7DA 3OD7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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