4IY6A

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and me-cx516 at 1.72 a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Structural analysis of the positive AMPA receptor modulators CX516 and Me-CX516 in complex with the GluA2 ligand-binding domain
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 85
structure length 263
sequence length 263
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy6A02
2HAVA 1URSA 3VFJA 3UP9A 4R72A 4EQ9A 1SW1A 2DE2A 2PBWA 1QJMA 3ONMA 3FVKA 1GGGA 1LAXA 1RKMA 1N7XA 4YB6A 4G4PA 1S50A 1B2HA 2UVGA 2O84X 1POY1 5J1DA 1B0HA 1ZLQA 1B32A 3H7MA 3O28A 3TMGA 5CI5A 2QSXA 2XXRA 2UYEA 5B7DA 3FJGA 3MQ9A 1ZJLA 3L6HA 4POXA 1MQJA 4BDMA 2BJJX 1HSJA 3U94A 2ONRA 4IO2A 1UTHA 4DXCA 4GXAA 4OHNA 1Y3NA 4HCYA 4YICA 3N6UA 1B3LA 4OETA 4F3PA 5EHSA 5L9SA 1SQYA 1J1NA 2OJTA 2YPNA 1F9BA 2ANJA 1LFIA 4NMYA 3RT6B 3RGYA 3JV9A 2A5TA 4RJZA 4EUOA 3KN7A 3I6VA 4LQ2A 4PP0A 1JVXA 3KOSA 5L9MA 5CRYA 3HSTA 1Y4CA 3MJNA 4F3SA 3KEIA 5I57B 3CRBA 1MPDA 1XT8A 4O3BA 2F7BA 4Z0IA 3ILTB 3VDFA 2X26A 4PFUA 2QS3A 1VE4A 2W7YA 3DLNA 4JDFA 5LOMA 3OMBA 5AE4A 1N04A 2QS2A 4NF4A 4H6DA 4ESWA 3S4UA 1O7TA 2HXWA 4N07A 5TP9B 4MLQA 2Z22A 1WDNA 1NNPA 4GQOA 5I2KB 1R6ZA 3QAXA 4O3CA 1JEUA 3O6GA 4OFJA 3E13X 2IA4A 3U1OA 2WKYA 3K1PA 3MVWA 3H4ZA 3TPAA 4DLDA 3TCGA 4ESXA 4XXUA 3G7WA 3AXFA 2O7UA 4DDDA 4ELQA 1NL5A 3RUMA 4F29A 2DE3A 2Z23A 3SERA 3FXUA 3WAEA 1M5FA 1OVTA 1FW0A 3EQ1A 3EHTA 1A40A 1A8FA 2V3TA 4IY5A 1P1WA 2Y7PA 3C33A 3C35A 2VP1A 1B52A 1D9YA 3QUJA 4G68C 3Q28A 3M3LA 4R74A 4QFNA 3RNNA 4H5FA 4NWCA 1IXHA 3OOAA 3MPKA 2I48A 5B70A 2REJA 2I49A 3HCQA 5BUUA 4EDPA 3K1NA 4EF1A 1IIWA 3T93B 5HPQA 3K6VA 3KFMA 1LBBA 2ZYNA 4PQJA 4ZZEA 3DELB 1NH7A 3KSJA 2OCUA 2XX9A 4IY6A 2I3VA 1Y20A 5F1QA 1B3FA 5DVJA 2A5TB 3EN3A 2RF1A 2QL3A 4GVOA 4R6HA 2F6GA 2V3QA 1I69A 3TYHA 4YB5A 3D4CA 3K02A 3OSQA 4H0WA 1B4ZA 2Q8JA 3CSBA 2AL5A 1UIUA 1Y1ZA 4QFKA 4ZE9A 3W15C 3IB1A 3UIFA 2F97A 3BBRA 2QRYA 3VLUA 1Y3PA 3HPIA 3IORA 3WAFA 1LLSA 4FJPA 1IZ1A 2O69A 4NF4B 3TODA 3PUVE 3PU5A 4GOTA 1YAEA 3LR1A 3QIMA 1H45A 2DWIA 5EHMA 1ELJA 1B58A 5EYFA 5CMCA 4DIGA 1MRPA 1P1UA 1PB9A 1FTKA 2HCAA 1MPCA 4R6KA 2DYXA 2R71A 5I2NA 1AMFA 2B65A 1FTJA 1SW2A 4GXSB 4TLLB 1N7WA 3R7XA 5KDTA 2RC8A 4GL8A 2HEUA 1BLFA 2RCBA 4ONYA 2GHAA 3FV1A 3Q29A 1AIVA 3MP6A 2OLBA 4GD5A 3H03A 1B7UA 1B3EA 3KZGA 1B7HA 1M5CA 3FVOA 3PMWA 4C1TA 3T96B 2XXYA 3D4GA 3N5LA 2DXRA 1QW0A 3IAZA 3FXRA 5ITPA 3S9NC 1MDQA 2FYIA 3EHUA 3CI8A 4NF5A 3IJOB 4XKQA 3RN8A 3PPQA 4DXUA 3H06B 2VD2A 4FIMA 5ICTA 3O6IA 1M5EA 1D9VA 3QK6A 2R9JA 5I59A 3BFTA 4JSDA 3U72A 4U23A 1DTGA 3U92A 4X9TA 5ELVA 4R6YA 4MH5A 1T0KA 3H6TA 2RINA 4X1BA 5AA4A 1MXVA 1ZKBA 3R6UA 4F31B 4POWA 2PT2A 1BKAA 4EQBA 1A54A 5I57A 4UA8A 3Q25A 3PPPA 1B1HA 1DOTA 1HSEA 3TZAA 2PVUA 3ZSFA 1NNKA 4LATA 4G68A 1JW1A 2NXOA 3T9VA 1VFDA 1B3GA 3HHGA 1SW5A 3BKIB 1GTKA 3SEVA 4HW8A 4DXBA 1B40A 3VE1B 3CFXA 2E0SA 4C1UA 1BIYA 1B5JA 1MPBA 1MQHA 2F34A 3GZGA 2I0CA 1RYOA 2ONSA 5I2KA 1DTZA 1URGA 4QF9A 2F78A 4ELOA 3UORA 2ZYKA 4XKRA 5I2NB 3UGWA 4PETA 2ZNSA 3S9MC 1D3KA 4JWXA 4LQ5A 2Y7KA 2HFBA 1L5TA 1EZOA 4C0RA 3CIJA 1IITA 2PMSA 3M3KA 5KDTB 2XXHA 4OXVA 3M8UA 4FEDA 3G3FA 2H4IA 4Q8RA 4F1YA 2H25A 3U8QA 3OXNA 3W9WA 2VD3A 5AA1A 4H5GA 3QUFA 2Q88A 1JW5A 4F22A 2D3IA 3OEKA 1Y9UA 2RKMA 2XXUA 3JYRA 1IXIA 3UA8A 3LC8A 4IO5A 1SYIA 3O97A 3PV0E 2XX7A 3G3IA 4U22A 4QHQA 1B46A 4RPOA 2VOZA 2F35A 4BDQA 3O29A 3CG1A 1PC3A 5I56A 3FVNA 1MXUA 4ZECA 1EH3A 1QKBA 4XIGQ 1WVJA 2M8CA 4NF5B 1OLCA 2Y84A 2I4BA 2VGQA 4LZ8A 4RK2A 4KI0E 2DVZA 4Q5TA 4FECA 5ITOA 1MY1A 3K6UA 4PFYA 1VR5A 5I59B 2O68A 3MC2A 4F3GA 3KGCA 1LAGE 1H76A 4I62A 2P0SA 1NKXA 4JWOA 3HO7A 3TTMA 3O2AA 4GF8A 1MS7A 5AA4B 2DOJA 2UVHA 3QSLA 4P0IA 3MVYA 1FCKA 4O3AA 1XOCA 1JW4A 3I3VA 4ZS9A 4DCYA 2GFEA 4G2ZA 1B9JA 1DPEA 4G8NA 4Q30B 2XXXA 3FD3A 2H5YA 4RXLA 4TOZA 4MLVA 1Y4TA 1MH3A 4E0XA 5BWJA 1B05A 5H8FA 3FV2A 1MQDA 1MQGA 3IJXB 4RY1A 2DWHA 4G68B 1CB6A 5I84A 4XKPA 3M3FA 1GR2A 1N3XA 1S9TA 1UIVA 2DE4A 3VXCA 2ZYMA 3T22A 3T9XB 2QMXA 1MQIA 3KN3A 3GLBA 5FTHA 4GFRA 5AA2D 3ZKLA 1YPNA 2DVCA 4ZDMA 1OQHA 3OD7A 4KCDA 4U1ZA 1B7ZA 5JTYA 3Q27A 4ZEIA 1MM7A 3VVFA 5CBRA 3MVXA 1LAHE 2QS1A 1A99A 1ZMGA 3K01A 3K00A 4U1OA 4R73A 3SEYA 4IO6A 2DSFA 3SESA 4OEUA 3K6WA 4KYSA 3EHSA 3IB0A 3B6WA 1JVYA 3EF7A 1R1NA 3R26A 1EZ9A 2HQ0A 1LB8A 3L6GA 4KCCA 3E9XA 2O6AA 4OFLA 2Z8FA 3PGFA 2NOOA 1ATGA 1WODA 1JNFA 5HM4B 5CMKA 4PE5B 2YJPA 3RY3A 4MBPA 5I56B 4KYDA 4RYAA 3IOVA 4NF6A 1YTVA 4GLIA 4BDOA 4KQPA 4BLAA 2QJEA 1MY0A 2UVIA 3ECRA 1B5IA 5FTIA 2Z8EA 2XX8A 4IO7A 2XD2A 5L9OA 3CFLA 2ZMBA 4BDRA 3DP6A 3S9LC 1MY4A 3TTKA 4FATA 4X1DA 1QULA 3TTRA 4JXIA 3LSXA 1OVBA 5DVFA 2OBGA 2I58A 1MXWA 5DVIA 4F19A 2H98A 1FTLA 1AOVA 5AA2B 4NWDA 1USYE 3OENA 4HTGA 1NMUA 3VV5A 3BFUA 2G29A 3KSXA 4GIZA 3KJTA 5H8FB 2THIA 2NUVA 3MBPA 4AB5A 2ABHA 4LZ5A 5H8HA 3LBSA 1UTBA 3FZVA 3F11A 2XXIA 3CVGA 4R75A 1CE2A 1MY2A 1B6HA 3TQLA 5H8NB 1I6BA 4H1XA 3IX1A 3TELA 3E3KA 5ISUA 4EXKA 2R6GE 5CMBA 1PBQA 1ZBMA 5H8QA 4MF3A 3TCHA 4ZEFA 3RTFB 2AYSA 4Z7EA 2ZXTA 1NH8A 2FNCA 1O63A 3TDJA 1N76A 4KR5A 5JTYB 1MXZA 3VVEA 3LUYA 3KBRA 4YKJA 1TT1A 1R9QA 4OTEA 1SDXA 3PMVA 1DPPA 3Q26A 3O6HA 3T66A 2A5SA 2X7QA 4H8JA 3G3HA 5DEXA 4ZEKA 4QSDA 4I8CA 2UXAA 2F7CA 3OO8A 1D4NA 2DP8A 3OO7A 3IO6A 1BP5A 1QUKA 1OQGA 4EXLA 3S2VA 3A3CA 4OERA 3MW0A 1IEJA 3EPEA 3C32A 2O51A 1JETA 4G77A 2DWAA 3DM0A 3VVDA 1XHYA 3UN6A 3SEXA 4LVQA 4DCXA 1TFDA 1TXFA 5CC2A 3GXAA 3N94A 1FQDA 2F5XA 1ZU0A 4NF6B 5FHMA 4OVJA 4WEPA 4F18A 4G8MA 3RQTA 2B3FA 1MXYA 4RNSA 3V5AA 3SEUA 1XC1A 1Y3QA 2ESNA 3PD8A 5TU0A 4F1VA 4M1VA 1IXGA 3IB2A 2G93A 1I6QA 4RPNA 4NE4A 2I0BA 1Q35A 1LCFA 1MM6A 1MH4A 4IO4A 2DS9A 4F2QA 3SEWA 3FASA 4XKNA 5ICQA 2NWJA 2KLFA 5I58B 2Q2AA 3A09A 1P99A 3PPOA 5H8HB 1Y1MA 2F8DA 3CR9A 1Z7ME 1UTBB 3V83A 1US4A 4TQUQ 2LAOA 2QPQA 1GVCA 4ISUA 4QFPA 3GBBA 2H9BA 1LAFE 3C31A 1LSTA 4JB7A 4PFTA 1PDAA 4ZZAA 5H8QB 4R2BA 3FIRA 2ZNUA 4NEDA 3PMXA 4ELRA 3CSGA 1EU8A 3MVZA 3N6TA 3HHFA 5JK4A 2F36A 1I6AA 3LSFB 3TUSA 2DQVA 1TFAA 1Z7NE 4U4SA 4ELPA 4F3BA 5FHOA 4EF2A 4IB2A 5DEXB 3T9UA 2Z8DA 5TPAB 3IL1B 4DZ1A 4KPTA 3KJ7A 1PB8A 4OYVA 1OIBA 1QKAA 5K2YA 4U4XA 4WKMA 3VLWA 3K1MA 4Q0CA 4QSEA 3P7IA 1AH5A 3RLFE 5DTBA 3GBAA 3IO4A 5AA3A 2GHBA 2OZZA 4FEBA 3QYTA 2XXTA 3W9VA 4OZ9A 4RA1A 4KYEA 3PUWE 4MFIA 3USDA 3TTNA 2XXPA 1GV8A 2REGA 4I9DA 1XVYA 3UK4A 1LFGA 3B6TA 1AL3A 4F39A 1O64A 4ND9A 3TTLA 4JBZA 4YKIA 1JEVA 2RC7A 4LP2B 4LZ7A 3C34A 3THIA 3LSWA 2X7PA 1MDP1 1QVSA 4UACA 3A3UA 1BTJA 4RK9A 5CMMA 1B51A 3TQWA 3FATA 2Q9TA 3IOWA 5AA2A 1POTA 2XXWA 3H3GA 4LA9A 5FHNA 1ZTYA 3PUZE 2V84A 3TKDA 1P1QA 1P1NA 3ZS6A 1URDA 4ZEDA 4LONB 1B0LA 1HSLA 2QS4A 4ZEBA 1A55A 4K3FA 4H8IA 3V89B 4AQ4A 1II5A 3TAJA 1M5DA 4NTLA 3S9EA 5H8NA 3OEMA 1H44A 4ECFA 1MG1A 2D5WA 1QUIA 4R2FA 1H3DA 5KCJA 2O7IA 2OWTA 1H43A 5K2XA 2CZLA 1R9LA 3MZ9A 3V8XB 1NNTA 2GH9A 3SKPA 2P1SA 4OEVA 3HV1A 4XTCQ 2F6PA 1VFEA 3CFZA 4FAJA 2AL4A 1FTMA 3SETA 1SVXB 1ANFA 4YMBA 2IEEA 4OESA 3TCFA 2PX1A 1FQAA 4HS7A 4BDNA 3SDFA 4M4GA 4U21A 2OK2A 2UVJA 3N26A 3IOTA 3U93A 4WEDA 2V93A 4OQOA 4HCWA 2AIXA 3MP1A 3MUQA 1B4HA 2H99A 1US5A 1KWHA 1LCTA 2PT1A 2CMOA 1UQWA 2V25A 4YAHX 2Y7WA 4QSCA 2Y7IA 3MWBA 4I1DA 3FGSA 4QFLA 3C36A 3H6UA 5A5XA 4E0WA 5L8DA 1RYXA 3K6XA 5DYHA 3QXMA 1S7YA 4DE8A 1N0TA 3ZKKA 1UTHB 1NFTA 5H8SA 3PPRA 4R9GA 1IQ7A 1B3HA 3T9HB 3RTWB 3MPLA 4ZE8A 4KFQA 1SBPA 4NF8A 3MZBA 3JZJA 4YKKA 4IO3A 2V3UA 5IAIA 1JQFA 1IXCA 4YU0A 1LBCA 2PYYA 4FORA 2I4CA 3TFLA 3H6VA 3CG3A 1SW4A 4OENA 4LUBA 2GRVA 3E4RA 3MAMA 5I58A 5M2VA 4YB7A 1FQFA 1B1XA 2HZKA 4X48A 2HZLA 3PPNA 4R9FA 3LSLA 4L17A 1Q1KA 4BDLA 1XVXA 2XXVA 3K2DA 4QRZA 2RC9A 2P2AA 3OSRA 3TEPA 5KCJB 1PBPA 1VSOA 3HN0A 1PEBA 3C9HA 4JSOA 2ONKE 1M5BA 2QMWA 2E1SA 3RT8A 2YLNA 4WXJA 1LGBC 4OFOA 2ZYOA 3O9PA 4GL0A 3VLVA 1SYHA 5CM6A 3DP8A 2ALUA 4U2RA 3DP4A 4GRKA 5HBCA 4P11A 3H6WA 1FQEA 4F2OA 5CBSA 3OO6A 1ZIUA 1FQCA 5TPAA 2XD3A 3KN8A 4TLMB 1XS5A 2O1LA 5DT6A 1FTOA 1N84A 3MZ1A 3C4MA 1LFHA 4F1UA 3FJMA 2NVUB 1MXXA 2I6EA 1N3WA 2FA7A 4N13A 4OWDA 2D21A 4OMBA 3MP8A 4N6PA 5A5XB 3K4UA 3IOUA 2RCAA 2DXYA 2I3WA 1SI1A 3VXBA 3O66A 1TWYA 1SD3A 3ILUB 2B3BA 4IGTA 5IKBA 2XXQA 3IR1A 4NF8B 2VHAA 3G3KA 2Q89A 1IUDA 3K0VA 3OO9A 2XHDA 4G8HA 1MY3A 2O1MA 1FQBA 3KG2A 4IGRA 3G3GA 4KD5A 1A8EA 4H67A 1OMPA 3RPWA 3ODBA 3FUZA 1EZPA 1OLAA 4JWYA 3PD9A 1B5HA 1A7LA 5KZTA 1YCJA 2OWSA 1DSNA 4H65A 2UYFA 3KOTA 3IK6B 2F7AA 4PFWA 3PUYE 1P1OA 4YZZA 4THIA 2Y7RA 3FVGA 4YKPA 4YMAA 1NNFA 2DWJA 5JEIA 3FXQA 1USYH 4GWOA 3G3JA 2HAUA 4AB6A 1QUJA 1SI0A 3OELA 2Q2CA 4QFOA 1PB7A 3I5OA 5TP9A 1LB9A 4P0GA 1DMBA 3B6QA 2ZNTA 3FJ7A 4FE8A 4EQ7A 3B7DA 3PUXE 4KHZE 5F7VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1FPLA 3H4ZA 3TPAA 4DLDA 2PCRA 3TCGA 4ESXA 4XXUA 2KR0A 3G7WA 3AXFA 2O7UA 4DDDA 4ELQA 1NL5A 3RUMA 4F29A 2FIEA 2DE3A 2Z23A 4AS4A 3SERA 3FXUA 3WAEA 1M5FA 1OVTA 3SZPA 1FW0A 3EQ1A 3EHTA 1A40A 1A8FA 2V3TA 4IY5A 1P1WA 2Y7PA 3C33A 3C35A 4O7MA 2VPOA 2VP1A 1YXIA 1B52A 1D9YA 3QUJA 4G68C 3Q28A 3M3LA 4N81A 4P47A 4R74A 4QFNA 3RNNA 4H5FA 4NWCA 1IXHA 3OOAA 3MPKA 2XWKA 2I48A 5B70A 2REJA 2I49A 3HCQA 5BUUA 4EDPA 3K1NA 4EF1A 4GWUA 5FBPA 3B50A 1IIWA 3T93B 5HPQA 3K6VA 3KFMA 1LBBA 2ZYNA 4PQJA 1FPJA 4ZZEA 3DELB 1NH7A 3KSJA 1FTAA 2OCUA 2XX9A 4IY6A 1FPIA 2I3VA 1Y20A 5F1QA 1B3FA 5DVJA 3RPLB 2A5TB 3EN3A 2RF1A 2QL3A 4XF5A 2Y5LA 4GVOA 4R6HA 1IMCA 4N6KA 2F6GA 2V3QA 1I69A 3TYHA 2WYKA 4OVRA 4YB5A 3D4CA 3K02A 3OSQA 4H0WA 1B4ZA 2Q8JA 3CSBA 2AL5A 1UIUA 1NV2A 1Y1ZA 1FPDA 4QFKA 4ZE9A 3W15C 3IB1A 3UIFA 2F97A 2CZHA 3BBRA 2QRYA 3VLUA 1Y3PA 3HPIA 3IORA 3WAFA 1LLSA 4FJPA 1IZ1A 2O69A 4NF4B 2GQ1A 3TODA 3PUVE 3PU5A 4GOTA 1YAEA 3LR1A 3QIMA 1H45A 2DWIA 5EHMA 1ELJA 1B58A 5EYFA 5CMCA 4DIGA 1MRPA 1P1UA 1PB9A 2V4CA 1FTKA 4PC9A 3U65A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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