4IY6A

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and me-cx516 at 1.72 a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural analysis of the positive AMPA receptor modulators CX516 and Me-CX516 in complex with the GluA2 ligand-binding domain
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 85
structure length 263
sequence length 263
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy6A02
2O7UA 3E9XA 3H3GA 3LSFB 4JWOA 3FUZA 3U8QA 1F9BA 3CFXA 4DE8A 2QJEA 1FTKA 1FTOA 3OEKA 3TTRA 3PPRA 3VLUA 3QUFA 3PUVE 4YKKA 2D5WA 3U72A 4Z7EA 1JNFA 1FW0A 1SW1A 1B1XA 1MPBA 3HHFA 1ELJA 3S9MC 3EQ1A 4G68B 2I0CA 4KCCA 4NF8A 2XHDA 4IGRA 1H43A 3K2DA 3TODA 4JSDA 4NF6B 1N7WA 1OQHA 1XS5A 2DXRA 4GOTA 3QUJA 3VXCA 5IKBA 4MLQA 4F18A 3B6WA 1S50A 4GIZA 4ZEIA 4HS7A 1OVTA 4X1BA 4DLDA 1Y3PA 1OIBA 4H6DA 4I9DA 1B52A 1B46A 4HW8A 2OJTA 1M5DA 4LVQA 5F7VA 2HAUA 2XX8A 5CMMA 2ZNSA 1A8FA 3PPPA 4PFWA 2Y7PA 1ANFA 5FHOA 2A5SA 4ESWA 4C1UA 1WODA 3FV1A 3C34A 4F39A 3D4GA 2O51A 2ZMBA 5FHNA 2I3WA 1EH3A 4JXIA 3I3VA 4OTEA 5ELVA 3KSJA 4NE4A 3USDA 2H9BA 1URGA 4NF5A 3QXMA 3VXBA 3K02A 1Y4CA 2Z8DA 4OERA 4U4SA 3VDFA 3CFZA 3ZS6A 1R9QA 2D3IA 3CSBA 4L17A 5DVFA 5EYFA 5H8FB 1EZPA 4HTGA 2DWIA 4WXJA 3TQLA 5L9OA 5BWJA 4O3AA 1LSTA 1MXXA 3THIA 4NF5B 2XXUA 1JEVA 2QS4A 4RY1A 3VVEA 5IAIA 3IR1A 1B9JA 4TQUQ 4R2FA 1USYH 1IXIA 1SI0A 1PBQA 3C35A 3U93A 2GHAA 2HFBA 4ESXA 3PPOA 4OFOA 5KCJA 2B3BA 2QL3A 5CMKA 2ZYKA 1LLSA 3DP6A 1JVXA 3UP9A 1JQFA 1B51A 1LAFE 1FQDA 1P1QA 1LFHA 3TEPA 4NWCA 3RT6B 3VV5A 3JYRA 3S2VA 1AMFA 4H65A 1B3FA 1MQJA 2OK2A 3PPQA 3DLNA 1MXUA 3GXAA 1RYXA 1EU8A 2ESNA 4N6PA 3K6WA 5DVIA 5DT6A 5CMBA 4BDMA 4BDOA 1A99A 3HO7A 3FVOA 2DE2A 2CMOA 4NTLA 3FGSA 3K1PA 3CG3A 4IB2A 2R6GE 3IOVA 1PBPA 2ZNTA 4GVOA 5CC2A 5J1DA 1KWHA 3PMWA 1OQGA 3LSLA 4RJZA 1MRPA 2XX7A 4IO3A 4ZDMA 1TXFA 3G7WA 3FV2A 4XKQA 1B3LA 3MVXA 4O3BA 2X7QA 3N26A 2D21A 3T9UA 4G8NA 3IOTA 2XXWA 1N3XA 2YJPA 1A7LA 3CR9A 3KN3A 3MAMA 4FECA 4GLIA 4LA9A 4WKMA 1UIVA 1YCJA 2B65A 4FORA 4Z0IA 1AOVA 1JW4A 1SVXB 4JB7A 3SEWA 3RT8A 3V89B 2OLBA 2VOZA 4PFYA 2REJA 4MLVA 1PB8A 2Y84A 3DELB 4ZEFA 4RNSA 5AA2D 1JW1A 1B7UA 3KEIA 4K3FA 1US4A 1SYHA 1XC1A 3BFTA 1B7ZA 3E13X 5EHMA 3MBPA 1HSEA 3H6VA 4U4XA 2GRVA 3LC8A 4BLAA 4JWYA 4OFJA 4RPNA 2DWHA 2P0SA 3HPIA 1BLFA 3W9WA 1DTGA 4EQ9A 1B1HA 3O66A 3UA8A 1II5A 2V25A 1LGBC 3IOUA 1IXHA 2F35A 1Y20A 4NF8B 2HZKA 3QK6A 5I56A 3ZKKA 1ZIUA 2I58A 3FZVA 3KOSA 3LSXA 1MDQA 4F2QA 1GV8A 4R72A 3FVKA 3FJGA 3KBRA 3O6HA 4GWOA 4OMBA 3N6UA 5CBSA 1IZ1A 3H06B 3CIJA 3TELA 3SDFA 4RYAA 4XXUA 3E4RA 2DWAA 4F1VA 4TLMB 4F31B 3FD3A 4GRKA 4QSCA 5DTBA 1GVCA 3C36A 3I6VA 3OMBA 5H8QB 1SBPA 2HXWA 4PQJA 4Q5TA 1XT8A 2F5XA 5KDTA 1B58A 2KLFA 4LZ7A 1LCFA 5I57B 5EHSA 1ZTYA 3IOWA 4H0WA 5I84A 4R6YA 5JTYA 2H25A 1Y9UA 2I6EA 4ZS9A 3H03A 3MJNA 3WAFA 3LBSA 2CZLA 3ILUB 1L5TA 5H8QA 4LZ8A 1P1NA 4LQ2A 2Y7WA 1ZLQA 5HM4B 1D9VA 2UVJA 3EPEA 5H8FA 4GQOA 3H7MA 3S9LC 3ONMA 2G29A 1XVYA 4OWDA 4U1ZA 4THIA 4GXAA 2QS2A 3O28A 4ZEBA 3E3KA 3IX1A 4E0WA 1DTZA 1MY2A 1POY1 2B3FA 2YLNA 3O6GA 4JDFA 1MY1A 3MVYA 5AA2B 1NL5A 2OWTA 4I1DA 4KFQA 4KQPA 3SETA 3OEMA 1AIVA 2OBGA 3CFLA 3RLFE 2O68A 3EHUA 1MH3A 2VD3A 1S9TA 5F1QA 2PMSA 4C0RA 3IJXB 2I48A 5K2XA 3N5LA 4HCYA 3G3JA 5KDTB 3PUYE 2HAVA 2DE3A 4R75A 2ONRA 3HV1A 1JW5A 1M5EA 2XXTA 3HN0A 3I5OA 3MZ1A 3KN7A 4IO2A 4U1OA 3RN8A 3SEVA 3UN6A 4U23A 1O7TA 2LAOA 3G3GA 1JEUA 4FJPA 2Y7RA 3S9EA 4F3BA 3DP4A 2AL4A 3HSTA 4P0IA 3C31A 1ZBMA 4DXUA 5CM6A 5H8SA 1YPNA 3U92A 3KFMA 1A40A 1QKBA 3MZBA 1LAHE 3C32A 1MS7A 2DE4A 4H5GA 3VVDA 2Y7KA 3TCGA 3HCQA 4G68C 4EF2A 3MP8A 4LP2B 1MPCA 1Z7NE 1LB9A 4IO5A 3IORA 1VSOA 2M8CA 3K6VA 3KOTA 1CE2A 3EN3A 2R71A 4H1XA 3F11A 4F3SA 2ABHA 1P1OA 3QSLA 4KYSA 2H99A 4JBZA 3VE1B 3EHSA 1FCKA 3FVNA 3PD8A 3OENA 4AQ4A 2XX9A 4BDLA 1MY3A 3O97A 5JEIA 4YMAA 4QFNA 5BUUA 1H44A 4GF8A 3OXNA 2IA4A 4LQ5A 4TOZA 1B0LA 4DIGA 3OD7A 1NFTA 2IEEA 4H8JA 4R9FA 4DZ1A 4IY5A 4QSEA 2WKYA 1MXYA 1MDP1 2NOOA 2O1MA 4IY6A 3IAZA 1QUKA 1VR5A 3K1MA 1IXCA 1I6QA 4FIMA 2A5TB 5DEXA 2RC8A 3RGYA 1FTLA 1B2HA 2QS1A 5H8HA 3QAXA 4QFPA 3VVFA 5I59B 4UACA 4G8MA 2RF1A 2Z22A 1TT1A 2P2AA 4POXA 4NF4B 1UTBA 4N07A 4ONYA 1QULA 2UYEA 4MH5A 2F97A 2V84A 4YU0A 3TYHA 3S9NC 1MH4A 2H5YA 4IO7A 4ND9A 4E0XA 1US5A 3RQTA 1R6ZA 1S7YA 4NF6A 5I56B 4IO4A 2AIXA 2XXQA 2THIA 3LUYA 3MWBA 2F7CA 2Y7IA 1BIYA 2RC7A 1SI1A 4G2ZA 4G4PA 4OEVA 2ZNUA 4N13A 4F22A 3DP8A 1PC3A 3PD9A 4R73A 1DSNA 1Z7ME 2H98A 2ZYNA 1B5JA 1PEBA 2Q8JA 4F19A 5I2NA 4ZZAA 4P11A 4EUOA 3AXFA 4RK2A 2DVZA 4EDPA 1IQ7A 1MM7A 3K6UA 4IO6A 3ZKLA 4JSOA 4KPTA 3OO7A 4H8IA 3CRBA 1UTHB 3G3FA 4QHQA 4ZE8A 1M5FA 5TPAA 3SERA 3TTLA 4BDQA 3T66A 5A5XB 2UVIA 4XKRA 3SEUA 1B5IA 1PDAA 1UTBB 5I2NB 4YKJA 1URSA 2PX1A 1MY0A 1DMBA 3FATA 3H6UA 4PE5B 4R6KA 3PUZE 2VHAA 1N84A 2O84X 2YPNA 3ODBA 3R26A 5TPAB 2NVUB 3W9VA 1NH7A 1ZMGA 2XXPA 3L6GA 1ZJLA 2DSFA 3MQ9A 4FEDA 1FQFA 4YZZA 3SEYA 2QS3A 3TZAA 3LSWA 1N7XA 3FXUA 4OHNA 1DPEA 4I62A 4AB5A 4BDNA 2GH9A 3CG1A 2UVHA 5AA4A 1CB6A 4PETA 3DM0A 3RTFB 3T9VA 4I8CA 3B7DA 3U1OA 4DXCA 2E0SA 1BP5A 1NNFA 3TFLA 3G3KA 1N04A 4GD5A 3VLWA 2Z8FA 4KYEA 1UTHA 3CSGA 3O9PA 4OQOA 1VFEA 4RK9A 4YB6A 5ITOA 2F34A 4QFLA 3TCHA 1IITA 2F6GA 2QSXA 4EQ7A 4ZECA 1QUIA 2Z8EA 1J1NA 1FQEA 1MQHA 5ITPA 3U94A 4Q8RA 4MBPA 5CMCA 1IIWA 1TFDA 1ZU0A 3T22A 1B3HA 2XD2A 2HZLA 1Y3QA 3MW0A 3TAJA 3UORA 1SW4A 5B7DA 1XVXA 1IEJA 1EZOA 1Y4TA 2I0BA 4PP0A 2QPQA 4EQBA 1NNTA 4G77A 3M3LA 5AA4B 1N76A 3C4MA 4RPOA 1SW5A 2FNCA 2OCUA 2Q2CA 3OO6A 2DOJA 4OXVA 1MXVA 1P99A 1XOCA 1R9LA 3EHTA 2HQ0A 4FATA 2X7PA 3JV9A 2XXVA 5K2YA 1O63A 2Q89A 1SW2A 4WEPA 3T9HB 2XXYA 4OESA 1PB7A 4OEUA 2NXOA 1I69A 1LB8A 4AB6A 1NMUA 1JETA 5AA1A 1FTJA 2VP1A 3D4CA 2V93A 1SYIA 4KD5A 4MFIA 3VLVA 1NNKA 1MQGA 3T93B 2RINA 4OVJA 1B32A 5KZTA 1NKXA 4LUBA 4DDDA 1OMPA 3KJTA 3LR1A 1TFAA 1FQAA 2AYSA 3R6UA 1IXGA 2A5TA 3KJ7A 4H67A 3IJOB 2OZZA 3IB1A 5DEXB 3S4UA 1D3KA 5TP9B 3PMXA 1FQCA 3IB2A 4XIGQ 3RUMA 2O6AA 4OFLA 4ELRA 3FVGA 3JZJA 1LCTA 2ZYMA 4YKPA 3V8XB 5H8NB 4R2BA 4U21A 3TTNA 3KG2A 2RC9A 5LOMA 3TPAA 3W15C 2REGA 4F3PA 4ELOA 3UK4A 1OVBA 1OLCA 1LAGE 2ALUA 2F6PA 1MXWA 4QSDA 4ZEDA 3M8UA 4X1DA 4M4GA 4OENA 1LBBA 1MQDA 1H45A 1VE4A 5I2KA 1A55A 4ZEKA 1GGGA 2XD3A 5DYHA 1H76A 3HHGA 4IGTA 2DQVA 4NWDA 4ZE9A 3A3UA 1B5HA 3IO6A 2ONSA 3MPLA 2RCBA 3BBRA 3K4UA 3N6TA 5TU0A 5KCJB 4QFOA 4NMYA 1B4ZA 3SKPA 4ELPA 4FAJA 2UYFA 1PB9A 3FXQA 1Q35A 1XHYA 3GLBA 5I2KB 2ZXTA 2NUVA 4LATA 4KI0E 3GBBA 4FE8A 4GL0A 4OETA 1P1UA 4Q0CA 2XXRA 3TQWA 1UIUA 3BFUA 3TTMA 4GL8A 3VFJA 5JK4A 4XKNA 2X26A 1BKAA 4RXLA 5JTYB 1YAEA 5AA3A 3K1NA 3B6QA 3V5AA 3FJMA 1GTKA 2F7BA 1A54A 3O6IA 1M5CA 2F78A 1R1NA 2FA7A 3CI8A 3FASA 4BDRA 1ZKBA 2QMXA 1N0TA 1LBCA 1SQYA 5AA2A 3QYTA 2PT2A 3MUQA 4F2OA 4UA8A 4KCDA 2F36A 3GBAA 3MC2A 3V83A 1QKAA 2I4CA 4F1YA 1M5BA 3GZGA 3IK6B 1FTMA 3K0VA 4R74A 3T96B 2F8DA 2UXAA 1MPDA 5CRYA 1URDA 5L9MA 2AL5A 2Q88A 3ZSFA 3C9HA 5ICQA 3MPKA 4DXBA 3M3KA 2G93A 3FJ7A 1FQBA 4R6HA 3RPWA 2FYIA 3Q25A 4X9TA 4QFKA 4U22A 1AH5A 2I49A 2I3VA 1DPPA 1B0HA 2RCAA 3PU5A 3B6TA 3PUXE 3H6WA 2VGQA 3MP1A 3MZ9A 4F3GA 5B70A 5H8NA 3M3FA 3G3HA 2DWJA 4EF1A 3H4ZA 1I6AA 5I58A 4ISUA 3IB0A 4OYVA 4RA1A 3FXRA 3P7IA 3OSRA 4Q30B 2BJJX 4EXKA 4DCYA 3ILTB 1TWYA 4M1VA 3RY3A 4KHZE 2O69A 5L8DA 3UGWA 4ELQA 4DCXA 3OOAA 1I6BA 1N3WA 1DOTA 3RTWB 1MG1A 1GR2A 3TTKA 3A09A 1HSJA 1USYE 2V3TA 4FEBA 5FTIA 1WDNA 1MQIA 1MY4A 4HCWA 5HBCA 5I59A 4XTCQ 2R9JA 2XXXA 1ATGA 4NF4A 5I57A 1MM6A 4XKPA 1D4NA 3G3IA 1B7HA 1OLAA 4POWA 2HCAA 3UIFA 1LFGA 5FHMA 2F7AA 1SD3A 2ONKE 2RKMA 3OSQA 2ZYOA 4F1UA 3TKDA 4QRZA 5CI5A 1B05A 4YKIA 1Y1MA 4OZ9A 2DP8A 5L9SA 4PFTA 4EXLA 3BKIB 3KN8A 2Q9TA 3EF7A 2GFEA 1D9YA 4LONB 4P0GA 4YMBA 4YAHX 1AL3A 1NH8A 2PT1A 5TP9A 3Q26A 1A8EA 3RNNA 2DYXA 3K6XA 2W7YA 2PBWA 3Q28A 1B40A 3QIMA 4WEDA 1B3EA 1O64A 1H3DA 4GFRA 4YB7A 2Q2AA 4GXSB 4F29A 2VD2A 4G68A 1Y3NA 5A5XA 4KR5A 1NNPA 4KYDA 3A3CA 4JWXA 1QUJA 3ECRA 5AE4A 3TUSA 3MVZA 3O2AA 3O29A 5M2VA 1LFIA 1SDXA 3IL1B 3R7XA 4R9GA 3MP6A 5I58B 2PYYA 4PFUA 4ZZEA 3TDJA 3SEXA 2XXIA 2Z23A 2DS9A 1RYOA 1P1WA 1QJMA 3KSXA 3PPNA 4ECFA 1QVSA 3TCFA 4X48A 4YB5A 3WAEA 1Y1ZA 2V3QA 2O7IA 1IUDA 1MXZA 1B3GA 3PV0E 3T9XB 3PGFA 5ICTA 4LZ5A 5DVJA 1WVJA 2XXHA 4NEDA 2DXYA 2QRYA 3K00A 3OO9A 5CBRA 2GHBA 4MF3A 5ISUA 3PMVA 1T0KA 2OWSA 3FIRA 2H4IA 1B6HA 3Q29A 3MVWA 2DVCA 1HSLA 2E1SA 1LAXA 1POTA 1QW0A 3H6TA 1EZ9A 3IO4A 3KGCA 2O1LA 3C33A 3L6HA 3KZGA 1B4HA 1YTVA 4H5FA 1Q1KA 4O3CA 4C1TA 4TLLB 4U2RA 5HPQA 2P1SA 2V3UA 2PVUA 1BTJA 1UQWA 2I4BA 4YICA 2UVGA 4QF9A 2ANJA 3CVGA 1JVYA 2NWJA 2HEUA 3TMGA 1RKMA 3K01A 3OELA 3OO8A 5H8HB 2QMWA 3N94A 3PUWE 4G8HA 3SESA 1VFDA 5FTHA 3Q27A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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