4IY6A

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and me-cx516 at 1.72 a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural analysis of the positive AMPA receptor modulators CX516 and Me-CX516 in complex with the GluA2 ligand-binding domain
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 85
structure length 263
sequence length 263
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy6A02
3K4UA 1JW4A 2OJTA 1FCKA 3TTLA 2H9BA 2Y7RA 3IORA 4EXLA 4RK2A 2DWJA 3TZAA 3VVEA 1AOVA 1AIVA 3FXQA 1H76A 4FJPA 5JEIA 1B7HA 3M3KA 3RN8A 5I2KB 2AYSA 2DYXA 3Q25A 3KN8A 3IB1A 2ZNSA 3PU5A 4QSCA 3G3HA 5CMBA 2PVUA 4XKRA 5A5XB 1POY1 3OSRA 2E1SA 2O7IA 3IK6B 3S9LC 3EHSA 4F22A 1JNFA 3VXCA 1M5EA 1VE4A 3SEYA 1O63A 3FXRA 5H8SA 1DMBA 2VGQA 3PPPA 4C1UA 3HCQA 3UIFA 3TFLA 1N04A 3WAFA 3TUSA 1MXZA 3TCHA 4F2OA 3SEUA 2DOJA 2A5TB 3UP9A 4YB7A 3O66A 1A54A 3HHFA 2DS9A 5JTYB 4H67A 4F1UA 3MZ1A 4PP0A 4TQUQ 4KCCA 2ZNTA 4RPOA 3MP1A 4IO2A 2M8CA 3QXMA 1O64A 5AA2D 3SEVA 2ABHA 1QUJA 2GH9A 4RYAA 2F7AA 1MQIA 1NMUA 5AA4A 3N26A 4NE4A 4IGTA 1ANFA 3MUQA 4I1DA 1UTHB 5ICQA 2VOZA 3PUZE 4YZZA 1GV8A 1PDAA 1B51A 5LOMA 2F5XA 4EXKA 4PQJA 3EN3A 1Q35A 2PT1A 3C33A 4LZ8A 3TDJA 5B7DA 4ND9A 4RY1A 3FZVA 3MZ9A 2OLBA 4FECA 1PC3A 4G68B 4U22A 2ZMBA 5DTBA 2V3UA 1PBPA 3K1PA 4AQ4A 1MY3A 1D9VA 1LCFA 2B65A 5H8NB 1PB7A 2W7YA 4QSDA 3K6VA 2I58A 4E0XA 4UACA 3CIJA 3T96B 3TTMA 4OFLA 2I3WA 1I6AA 1USYE 3H4ZA 2OWSA 4YAHX 4R6HA 5IKBA 4NF6B 3O28A 3PD8A 1MM6A 3GXAA 4QFNA 1Z7ME 1Z7NE 2OBGA 2F8DA 3RLFE 3HN0A 4GXAA 4TLLB 1B6HA 2ALUA 1B46A 1ZJLA 3IL1B 1Y20A 2IEEA 5TPAA 4LUBA 3CI8A 2HEUA 2I48A 1MXXA 1B5JA 1ATGA 2OZZA 1T0KA 4MH5A 4NWDA 4O3BA 3OO8A 3H6WA 2V3TA 4P11A 4ZEKA 3SEXA 4ZE9A 2UYEA 5HPQA 2WKYA 5J1DA 5L9SA 2XXPA 4C0RA 3U93A 1GR2A 1Y4CA 3RPWA 4TOZA 2H98A 5F1QA 1S50A 3QYTA 3LSXA 2NOOA 3MZBA 4BLAA 2D5WA 3G3GA 2YJPA 1ZLQA 4ECFA 1D4NA 1HSJA 4MLQA 2F7BA 4Z0IA 3ECRA 5K2YA 3A3CA 1N0TA 5CC2A 5H8QA 2AL4A 1SI0A 4DCYA 2I0CA 3TTNA 3MVWA 1SI1A 4ESXA 4N13A 2DE4A 3U94A 2B3BA 3CG3A 4ZEDA 2ZYMA 3TODA 2GRVA 4Q0CA 3I3VA 4WKMA 3FATA 2XXXA 4H65A 4IY6A 3THIA 4NMYA 4MBPA 5CMMA 1B4HA 3H7MA 4IGRA 1H45A 4FEBA 2GHBA 4IY5A 4KHZE 2XHDA 2Q89A 2VD2A 3H6VA 4JB7A 2ZNUA 4JDFA 3KZGA 2ONRA 3KEIA 2NWJA 1R6ZA 5L9OA 3KGCA 4KI0E 4LATA 5I58A 1HSLA 4NF8A 5TP9B 1OIBA 1NL5A 1PEBA 4DXBA 4HW8A 1EZPA 1BIYA 1USYH 2DP8A 4YICA 5ICTA 4ZDMA 3K00A 3OSQA 3RT6B 3VLVA 2DSFA 1DPEA 1MXWA 2RF1A 4JWOA 4OYVA 2AIXA 1JW5A 3T9XB 5H8HA 4RA1A 1MY1A 2AL5A 1XVXA 4R6YA 4ZEIA 3TAJA 1JEUA 3TKDA 1JVXA 3I6VA 3BFTA 3DELB 1IQ7A 3Q29A 1D9YA 1IIWA 4U1ZA 1FQAA 1MM7A 4Z7EA 5AE4A 4EQ9A 3OOAA 1I6QA 1HSEA 4F3BA 2B3FA 5DVJA 4KYDA 3QIMA 4H0WA 1RYOA 3I5OA 4POWA 2PX1A 2ESNA 1B05A 5A5XA 4ESWA 3MAMA 3CRBA 1QJMA 1MDQA 4OZ9A 2F34A 4F3GA 3PUXE 4KD5A 4NF4B 3BKIB 4GLIA 4O3CA 1FTJA 3V8XB 3FJMA 3SKPA 3MW0A 2ZXTA 4P0GA 1LFGA 1JW1A 1TXFA 4N07A 4AB5A 4GL8A 3O97A 2A5TA 1P1NA 3FVKA 3DP6A 2RC9A 2RCAA 1R9QA 3FD3A 4YKKA 3LC8A 5F7VA 3MPLA 5I57B 3OD7A 1DPPA 4BDNA 1LSTA 3UORA 3LR1A 1B7UA 4EUOA 4GRKA 4F29A 2QMXA 3Q27A 3PUVE 2Z8FA 3DP8A 2Y7IA 2XD3A 3S9NC 5L9MA 1QULA 3FV1A 4DLDA 3M8UA 4WEPA 2ONSA 2X7QA 3OXNA 2HFBA 3FVNA 3MVYA 1XT8A 4QSEA 2XX7A 4NF5B 2UVJA 3OENA 2HQ0A 1NNKA 3O6IA 3SERA 1A7LA 3KSJA 3GZGA 3MVXA 4FORA 2Z23A 1BKAA 3S9MC 3F11A 5B70A 2XXQA 4G68A 2IA4A 3M3LA 3B6TA 3EHUA 3UGWA 4KYEA 4R73A 1B3FA 3GLBA 1URDA 1Y3PA 3W15C 2CZLA 5AA3A 1M5DA 3LSLA 1MRPA 1US5A 1Y4TA 2THIA 4LQ5A 4Q5TA 2O69A 3KG2A 2Z22A 2QS4A 2OCUA 2H4IA 1ZMGA 1URSA 5FHMA 3KJTA 3GBBA 3IOVA 3C9HA 4JWYA 4DCXA 4KYSA 3MP6A 4NF6A 2I4CA 4ZZEA 5I84A 4K3FA 4DXUA 3HPIA 4XKPA 2X7PA 3U8QA 1B7ZA 1NFTA 1Q1KA 5HBCA 1B5HA 4PE5B 3SETA 4YKPA 4KPTA 4QFKA 3RNNA 2ONKE 5L8DA 1FQCA 2XD2A 2DVZA 4OTEA 1SYHA 1TT1A 1DTGA 2HZKA 4BDMA 4OHNA 2PMSA 3C35A 2QL3A 2Q8JA 3VE1B 1MQGA 2KLFA 3MJNA 4G8MA 3WAEA 3SDFA 5ITOA 4EQ7A 2DXRA 1XVYA 3VLUA 3IJOB 3QAXA 2H25A 4OFOA 4U2RA 2QS1A 1WODA 4F39A 2QS2A 3TYHA 4DE8A 1B0LA 1TFDA 3H6TA 1OQGA 4XTCQ 4G68C 1R9LA 3KN7A 4YMBA 5KDTB 2RINA 2O7UA 1J1NA 1M5FA 4XKNA 4IO7A 2XXIA 1IXHA 1IZ1A 5I56B 2I49A 1VR5A 2NXOA 2UXAA 1B52A 3H06B 1FTLA 1FQDA 1SVXB 4GOTA 4DXCA 3LSWA 2O1MA 3PPOA 5KCJB 3ZKLA 4YKIA 4ZECA 3E13X 2XX9A 2P1SA 2XXWA 2XXRA 3PGFA 1MDP1 3V5AA 4FIMA 1RKMA 3DM0A 4I9DA 1JETA 4OWDA 1LB9A 3TTKA 3R26A 4P0IA 3K6XA 5DYHA 5AA1A 1FTMA 5FHOA 2XXTA 1ZBMA 2DXYA 4U4XA 5AA4B 4MF3A 3ILUB 2RKMA 5TP9A 3N5LA 3MBPA 3FVGA 3TQLA 2F6PA 2ZYKA 1I6BA 4C1TA 1NH7A 3O6HA 4G8NA 1QKAA 3FJGA 3OO9A 1JVYA 1A40A 3H6UA 1LAXA 5CM6A 1QKBA 4KR5A 3A09A 4O3AA 4H6DA 1NKXA 1A8EA 4H8IA 4H1XA 1N84A 1OVBA 4DZ1A 1PB9A 1Y1ZA 3KN3A 5AA2B 3R7XA 4AB6A 1SYIA 1B9JA 1IXGA 4GL0A 3OO7A 4LZ7A 4YMAA 2P2AA 4IB2A 4BDRA 2DWHA 1MQDA 4ONYA 3K6UA 3FV2A 1Y1MA 5DEXA 4HTGA 5CMCA 1MPBA 1KWHA 3IO6A 4U4SA 4X1BA 4R72A 4TLMB 3TPAA 2QPQA 3CSBA 2QMWA 4WXJA 1MG1A 3TEPA 3V89B 2OWTA 2VP1A 4NF4A 3EQ1A 1MY4A 1XOCA 4ZEFA 1FW0A 1EU8A 1DTZA 3CVGA 1LBBA 3OEKA 2I3VA 3P7IA 3OMBA 1FQFA 4ZEBA 2E0SA 4RXLA 1FQEA 1WVJA 1A99A 5DVFA 3O9PA 4OENA 1XS5A 2DE2A 4EQBA 1B2HA 3KFMA 5I57A 3EHTA 4R2BA 3DP4A 3N6TA 2O6AA 5FTHA 4BDLA 3IOWA 2UVHA 4OEVA 3RGYA 1CB6A 1WDNA 4LQ2A 3UA8A 1YTVA 3ONMA 3Q26A 3MWBA 4Q8RA 1Y9UA 2XXHA 4OESA 4OMBA 3H3GA 5ISUA 5CI5A 2V84A 4LP2B 1DSNA 4LA9A 4F1VA 3TMGA 1LB8A 3ODBA 2ZYNA 4OERA 4MFIA 4NF5A 3BFUA 1P1QA 4G77A 2RC8A 5I2KA 1L5TA 1H44A 1BP5A 1AMFA 2GFEA 3IB2A 4HCWA 1S9TA 4JSDA 4F3PA 2QRYA 1LBCA 4U21A 5H8QB 4FATA 4ZS9A 2Z8EA 3RTWB 4OXVA 3S9EA 5I59B 3DLNA 3G3IA 1OVTA 1SW2A 1US4A 1LAFE 2V25A 3K02A 2R9JA 3VVFA 4F1YA 3G3KA 3B7DA 3PMVA 5ELVA 4G2ZA 1BLFA 4F31B 4M4GA 1EH3A 5FHNA 5BUUA 2FNCA 1NNTA 2QSXA 4GVOA 1FQBA 1GVCA 1LAHE 1IITA 5DT6A 2H5YA 1MY2A 5JTYA 5I2NB 3C34A 1AH5A 3RTFB 2F7CA 3D4CA 5FTIA 2Y84A 3KOSA 5EHMA 4RK9A 1XC1A 5I58B 1CE2A 1ZTYA 5CBSA 3USDA 1N76A 4KQPA 1NH8A 3HV1A 3RQTA 3K01A 1UTHA 2V93A 3K1NA 2RCBA 3IX1A 4JBZA 4JSOA 5EHSA 4Q30B 3RY3A 3HO7A 1B4ZA 3FUZA 2DWIA 3TQWA 4XIGQ 4WEDA 4KFQA 2D21A 3G3JA 2Y7WA 1MS7A 4RJZA 1B1HA 3CSGA 4GXSB 3PPRA 1A8FA 3IJXB 1P1UA 3PV0E 1LGBC 3V83A 1IUDA 1LCTA 5H8NA 5KDTA 3LUYA 3PD9A 3ZSFA 3MQ9A 1IEJA 3ZS6A 4L17A 4BDQA 5I56A 1YCJA 1UTBB 4XKQA 1ZIUA 5IAIA 3B6QA 4LVQA 1ZU0A 1MXVA 1SW5A 3ZKKA 5KCJA 3U92A 2QJEA 1DOTA 5CMKA 1MY0A 3PPNA 2O68A 3PMXA 3S2VA 3U1OA 3MVZA 3M3FA 1B3EA 2DWAA 1NNFA 3C36A 2DQVA 3K6WA 3FIRA 4U1OA 1H43A 4OFJA 4M1VA 3T66A 4H8JA 4FEDA 4F3SA 3SEWA 1OLAA 1PBQA 3UN6A 5KZTA 4GIZA 3MC2A 2OK2A 3LSFB 5H8FB 1JQFA 2Y7PA 1MXYA 4IO5A 3T22A 4GFRA 4ELOA 4X48A 1UIUA 4DDDA 2F36A 4I62A 1FTOA 4YU0A 4ZE8A 4FAJA 1B3HA 1AL3A 3L6HA 3A3UA 1O7TA 2UVIA 2REJA 4PFWA 1EZOA 4H5FA 3KJ7A 4X9TA 3T93B 1P99A 4R2FA 5AA2A 3GBAA 1UQWA 3RT8A 3FGSA 3O2AA 1F9BA 4F2QA 3PPQA 4HCYA 3RUMA 1B3GA 1ELJA 1N3XA 2HXWA 1B0HA 3T9VA 4GQOA 3N6UA 1MQHA 4NEDA 3KOTA 1TFAA 3HSTA 5HM4B 2F6GA 5DVIA 3CFZA 1N7XA 3FJ7A 4N6PA 3VLWA 4XXUA 4NWCA 3UK4A 1MPCA 2I4BA 4I8CA 4PFTA 4QFOA 2UVGA 4F19A 3CG1A 1FTKA 1ZKBA 2R6GE 2Y7KA 1M5BA 3TCGA 1UIVA 4PFYA 3G3FA 3TELA 4QRZA 2DVCA 1PB8A 4IO3A 5M2VA 3TTRA 4IO6A 3CR9A 2ANJA 4DIGA 3VDFA 2G93A 3IB0A 2DE3A 2O1LA 3G7WA 4GWOA 2PBWA 2Q2CA 3FVOA 3CFXA 4NTLA 2G29A 4ELRA 1P1OA 2F97A 1OMPA 3VV5A 4QFLA 4ELQA 3PMWA 2VD3A 3OEMA 4MLVA 4F18A 3HHGA 1SW4A 1B32A 1MH3A 2XXVA 1LFHA 5JK4A 4QHQA 1XHYA 2O51A 1POTA 4QFPA 2A5SA 3QUJA 2NUVA 3R6UA 2H99A 4GF8A 3PUYE 1B40A 1OLCA 3ILTB 3JV9A 4RPNA 1MQJA 3E4RA 5I59A 2GHAA 4UA8A 3CFLA 2I6EA 3D4GA 2HCAA 1QUIA 1SQYA 3L6GA 1R1NA 2Q2AA 4FE8A 5K2XA 3QK6A 2Z8DA 3T9UA 3QSLA 1MPDA 2XX8A 4THIA 2HAVA 3SESA 1VFDA 4R74A 5TPAB 3C31A 5TU0A 3IR1A 3E9XA 5I2NA 1QUKA 3JZJA 3AXFA 5EYFA 1SW1A 1NNPA 3K0VA 1BTJA 2LAOA 4G4PA 2I0BA 1II5A 3EPEA 3IOUA 5ITPA 3MP8A 4R6KA 2QS3A 4BDOA 2P0SA 4X1DA 3OELA 4ZZAA 5CBRA 1YPNA 4JXIA 1YAEA 1EZ9A 2UYFA 3N94A 1MH4A 3OO6A 4ISUA 2F78A 4U23A 4G8HA 1IXIA 2O84X 3PUWE 4YKJA 4ELPA 2V3QA 4LONB 3MPKA 4OQOA 4LZ5A 4RNSA 1MXUA 1Y3NA 3T9HB 4EF2A 2REGA 4OVJA 4YB6A 3IOTA 1GGGA 2ZYOA 3K1MA 3K2DA 2D3IA 1TWYA 2PT2A 2Q9TA 3IAZA 3O29A 4JWXA 3JYRA 2YPNA 3S4UA 2RC7A 3O6GA 4R75A 2XXUA 4QF9A 5DEXB 1QVSA 4OETA 1VSOA 1H3DA 1B3LA 1Y3QA 2Q88A 5BWJA 1B5IA 1GTKA 4R9FA 1QW0A 1URGA 1UTBA 2F35A 4PETA 3FASA 3VXBA 2R71A 3BBRA 2NVUB 1SDXA 2PYYA 3Q28A 4PFUA 1A55A 2VHAA 2FYIA 3C4MA 3TCFA 1RYXA 3LBSA 2CMOA 1B1XA 1I69A 2YLNA 1N7WA 4YB5A 4HS7A 3W9WA 3H03A 1LLSA 4NF8B 3KSXA 1OQHA 4EDPA 4KCDA 2FA7A 1VFEA 4GD5A 3FXUA 1LAGE 2XXYA 1S7YA 3U72A 4OEUA 3C32A 5CRYA 1N3WA 3KBRA 3QUFA 4IO4A 4POXA 1LFIA 4H5GA 3VVDA 1P1WA 1D3KA 3EF7A 1JEVA 3W9VA 5H8HB 3IO4A 4E0WA 2X26A 2HZLA 4R9GA 4EF1A 3B6WA 1IXCA 1M5CA 3VFJA 2HAUA 2BJJX 1B58A 3E3KA 5H8FA 1SD3A 1SBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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