4IY6A

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and me-cx516 at 1.72 a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor 2
publication title Structural analysis of the positive AMPA receptor modulators CX516 and Me-CX516 in complex with the GluA2 ligand-binding domain
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 85
structure length 263
sequence length 263
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy6A02
1FQEA 2X26A 1B5JA 1MPDA 2NWJA 3C34A 4AB6A 3U1OA 4FEDA 4GRKA 4DXUA 3Q25A 4MBPA 2M8CA 3TPAA 3T96B 4FJPA 3BFUA 3IJOB 1QKAA 1URDA 4O3CA 5M2VA 3UN6A 1UTHB 4LP2B 2DWJA 2Z8DA 1N0TA 2QJEA 4NE4A 4DIGA 4IO3A 2UVIA 2VOZA 1UTBB 2DXYA 5K2XA 4XKRA 3MP1A 1GTKA 3B6QA 3TDJA 4GVOA 2OK2A 4ZZAA 4BDQA 3H3GA 1RYOA 1VFEA 5FHMA 5A5XB 1H45A 5B70A 3CVGA 2THIA 2O68A 1S7YA 1FQFA 4G77A 4RK2A 3RGYA 1A8EA 2DE4A 4ESXA 5CMKA 1JW1A 3W15C 3UORA 4UACA 2QPQA 2V93A 4F31B 5ICQA 1KWHA 2R9JA 3K1MA 1A7LA 3VXCA 5DVIA 1NH7A 1M5DA 4KYSA 3V5AA 2Z22A 1DOTA 5I84A 2UYEA 3SEVA 3QSLA 1PB8A 4YMAA 2Y7PA 3UA8A 4IO2A 1MG1A 3LSFB 1HSEA 3H06B 2HFBA 3CFXA 3SEXA 3KJ7A 3G7WA 2DSFA 2YJPA 4H8IA 1SYHA 3M3KA 5I59A 1R6ZA 4NEDA 1I69A 4DDDA 4NF4B 4ECFA 4I9DA 5AA3A 5AE4A 2HQ0A 2RC7A 4YKPA 4IO5A 5TP9A 2F7BA 4LUBA 4U4XA 3QXMA 5IAIA 4RA1A 4Z0IA 4R9FA 4P0IA 4ELRA 2DVZA 1EZOA 2HZLA 4F3GA 4KCCA 4KYEA 1MXZA 1ZKBA 4IGRA 3OOAA 2Y7WA 1IXCA 3CSBA 4QSEA 1MY4A 3O9PA 1XS5A 2UVGA 4PE5B 3HHFA 1RYXA 4PFWA 2DWAA 3ILUB 4JB7A 3GBAA 3PU5A 3H4ZA 1TT1A 3Q29A 4OXVA 3MVWA 4ZEIA 3KG2A 5AA2B 3UGWA 3OSQA 5HPQA 4JWOA 1BTJA 1M5BA 4H5FA 2E0SA 4GFRA 1L5TA 4F2QA 3R7XA 1NL5A 1II5A 3O29A 5AA4A 2ONKE 5J1DA 3CIJA 3S9EA 3G3KA 4IO4A 2UXAA 3TCGA 3BKIB 3R6UA 5JEIA 2AYSA 4G2ZA 2AIXA 4GF8A 1N7WA 2Q2CA 3KFMA 5L8DA 5TPAA 1SW1A 5H8NA 4XKPA 4GLIA 1B3GA 4KD5A 2DWIA 4WEDA 5KDTB 1USYH 2RKMA 4JWYA 3K2DA 1OVTA 1SYIA 3G3GA 1FW0A 1MY2A 1MH3A 3VVFA 1WODA 1D9VA 4RJZA 2OZZA 2F97A 2XXYA 4OTEA 2F6PA 3U72A 1MXVA 1LLSA 4GOTA 4I8CA 3R26A 1F9BA 3MW0A 4U1OA 4Q0CA 1PBQA 4PFUA 3TCFA 2H99A 1H44A 4R74A 1EH3A 3OEKA 4LZ8A 4OFJA 1M5EA 3FJ7A 3PGFA 5DTBA 2FYIA 1VSOA 3MZBA 5EHSA 1PBPA 1H3DA 1Y20A 5KCJB 3OO8A 1ZLQA 4JSDA 2HZKA 4NF6A 2RINA 4OHNA 3MVYA 5CRYA 2H98A 3KN8A 4NF8A 3OXNA 3IK6B 3K0VA 3MP6A 4ZEDA 4YKIA 1H76A 4G68A 4LQ5A 1Y4TA 3HSTA 1MPBA 1MXUA 1LB8A 3MP8A 1SD3A 4YB7A 5H8QA 3ZSFA 3M3FA 5EYFA 1OMPA 5CMBA 4OEVA 2P0SA 4G8HA 4E0XA 1NFTA 3G3JA 4M4GA 1N84A 1ZJLA 4KYDA 2ZNUA 3EN3A 2Y7RA 4H65A 2HAUA 3T66A 3N6UA 2Y7IA 3BFTA 3CSGA 1NKXA 5CI5A 3RPWA 2DXRA 3W9VA 2V3QA 3THIA 2ZYMA 3SEUA 5HM4B 4ELOA 3PPQA 2O51A 5CM6A 4IB2A 1LBBA 3KZGA 3OENA 1BKAA 1ZU0A 2B3BA 3V89B 3TQLA 4PETA 3TEPA 2PBWA 2PT2A 3SEYA 5JTYA 4QRZA 1FTJA 2VD2A 5DEXB 3FASA 4F18A 2ZNTA 1ANFA 3PUXE 1OQGA 4P11A 4ZECA 1US5A 3M3LA 3IB1A 2D3IA 3ZKKA 3O97A 2Q89A 4ZE9A 3IX1A 4RK9A 1SW5A 3UP9A 4YB6A 3RNNA 1JW5A 3H6WA 3OMBA 1MH4A 1CB6A 4QFKA 1B40A 4ELQA 2F5XA 2ESNA 3H6VA 3TODA 4Q8RA 3MJNA 5CMCA 3VE1B 5H8FA 4C1TA 1MY1A 3B7DA 2Q88A 3D4GA 1MQHA 3VFJA 3H7MA 2VHAA 1UTHA 4KHZE 2ANJA 1N04A 2PMSA 3LSLA 1ATGA 1LCFA 1DPPA 3KSJA 3FXRA 3PPRA 4OZ9A 1UTBA 3ZS6A 3C35A 4F1YA 4C1UA 1IQ7A 4ZZEA 2DVCA 5K2YA 3FVGA 4ND9A 3DELB 1LAFE 4YAHX 4WEPA 2XXUA 4LONB 1GR2A 3MVXA 3GZGA 1LSTA 4YZZA 3IAZA 1BIYA 4POWA 2H25A 2D5WA 5I58B 4KR5A 4U1ZA 3HCQA 1AL3A 1I6QA 3K02A 2A5TB 4EXLA 1MS7A 4GXAA 4Q5TA 1EZ9A 1RKMA 5KZTA 2XXPA 2I4CA 3SDFA 3TZAA 3I3VA 2WKYA 1JETA 5DT6A 3MQ9A 4GD5A 4I62A 1Z7ME 1JQFA 2REGA 1QUJA 1CE2A 4H6DA 2I4BA 2YLNA 2BJJX 2O1MA 4PFTA 1PDAA 2G29A 3RLFE 3IB0A 1B4HA 3K6VA 4DLDA 4G8MA 1BLFA 1B7ZA 3T9UA 2CZLA 1ZIUA 3E13X 4MLQA 4NWCA 3SKPA 3HO7A 4YB5A 1Y9UA 5FTHA 4LZ7A 2DE3A 2OWTA 5H8SA 4NF4A 1B52A 4F2OA 1B51A 5BUUA 2O6AA 1B3FA 1Y3PA 4GL8A 4FORA 3TTRA 2O1LA 1P1UA 3FVKA 4R73A 1EU8A 2NOOA 1T0KA 1SQYA 3IO6A 5HBCA 3RTWB 4IO6A 3VVEA 3MZ9A 3PD8A 3K1PA 2PX1A 1VE4A 5DYHA 3L6HA 4LQ2A 1SBPA 2GFEA 1LB9A 3FV1A 1P1WA 1PC3A 1WVJA 3ECRA 4R2FA 4HTGA 5I2KA 4KCDA 4N6PA 1JVXA 3K4UA 1OLAA 3Q28A 2REJA 3IO4A 5AA2A 2DYXA 4RY1A 3A09A 3S9MC 1MXYA 1OLCA 4U4SA 3PV0E 3PMXA 1MDQA 2PVUA 3IOVA 4MF3A 1D3KA 5TP9B 3VV5A 3Q26A 1B7UA 4R6HA 2W7YA 4F3SA 1A99A 3PUVE 1S50A 1B3LA 1YPNA 3DP6A 2I49A 2H9BA 1QULA 2E1SA 1MY0A 3ZKLA 1MM6A 2RC8A 3C9HA 3RTFB 5KDTA 3O6GA 1EZPA 1DTGA 2OBGA 4RPNA 3E3KA 3ODBA 3S2VA 5FHOA 4EF2A 1Z7NE 5H8HB 4EF1A 3V83A 4HW8A 4N07A 1J1NA 2F6GA 4OETA 3ONMA 1B4ZA 3DLNA 4PP0A 3FUZA 3EF7A 4MFIA 1B9JA 3N6TA 4IY6A 2I6EA 3MPKA 3KGCA 1TFAA 3GLBA 4NWDA 3D4CA 4FIMA 4ZE8A 1LAHE 3T9HB 1POY1 4F19A 4BLAA 3A3CA 4I1DA 5AA4B 1BP5A 3S9NC 2VP1A 1QW0A 1SDXA 1N7XA 2ZNSA 2O7IA 3KOTA 3FGSA 2VGQA 5FHNA 1TXFA 1LFGA 3VLUA 5TPAB 3QAXA 1JW4A 3LUYA 2I0BA 1VR5A 4RPOA 2XXHA 5ITPA 3KEIA 4P0GA 4EQ7A 4YKKA 4HCWA 3DM0A 1TFDA 4U22A 4POXA 3VDFA 5ITOA 5I2NA 5L9MA 3HHGA 1IXIA 4THIA 1B0LA 4M1VA 3S9LC 4ZEFA 2XXQA 4FECA 3I6VA 3QUJA 1URSA 3C33A 2PT1A 3O28A 2ALUA 2PYYA 2RCAA 3FV2A 4OERA 3MBPA 4R9GA 2X7PA 2GRVA 3RN8A 1B2HA 5F1QA 3TTKA 5L9SA 3FVOA 2R71A 1NNTA 2QS2A 1XVYA 3IL1B 1N3XA 3HN0A 1SI1A 5I57A 1SW4A 2NUVA 2FA7A 3LBSA 5CMMA 4YMBA 3EHUA 3SERA 4DCXA 1D9YA 4FE8A 2P1SA 4BDRA 2QS3A 3FXUA 1O64A 3TKDA 5EHMA 3GBBA 1B3EA 5DEXA 5I56A 4R2BA 1B6HA 2ZYKA 4U2RA 3KSXA 4G68B 4H0WA 1B05A 3K6WA 1MXWA 1P1NA 2X7QA 1IEJA 4XTCQ 4EXKA 1MQDA 2XXIA 3L6GA 3FIRA 3IR1A 5AA2D 3VVDA 4X1BA 1B46A 1XT8A 4AB5A 4ELPA 3K01A 3PPPA 4HS7A 2HXWA 3TYHA 1UQWA 3H6UA 4IGTA 4R6YA 2F8DA 5DVFA 1M5FA 1B1XA 3KN7A 4JDFA 3QK6A 3TTLA 2ABHA 1QUKA 2DWHA 3KOSA 4OEUA 3HPIA 4Q30B 3PPNA 4OMBA 1HSJA 4X1DA 3OD7A 4LA9A 2V3UA 2XXWA 4BDLA 3N94A 1A55A 4U23A 3OO9A 4GWOA 3MAMA 1QUIA 4G8NA 5L9OA 4MLVA 1MM7A 3SETA 4ONYA 1SVXB 3OO6A 1ZBMA 1B5IA 5B7DA 3JYRA 3PMVA 1P99A 4L17A 1GVCA 3S4UA 3WAFA 4H5GA 3OEMA 4XXUA 4LZ5A 1YCJA 3TFLA 3TCHA 1FTLA 1IIWA 1JEUA 3K00A 1S9TA 1MY3A 1FTKA 2F7CA 1WDNA 1R9LA 1JNFA 4N13A 1Q1KA 3MVZA 3KJTA 5I58A 4G4PA 4JSOA 2QRYA 5FTIA 2A5TA 3OO7A 1DPEA 2R6GE 2Q8JA 3IJXB 1XVXA 1QJMA 2RCBA 4NF5B 5A5XA 3TUSA 2H4IA 5CBSA 1QVSA 3SEWA 4QSDA 1MDP1 3FATA 2XXXA 4QFNA 3QIMA 3CI8A 1Y4CA 1POTA 4DXBA 4DE8A 2Z23A 3AXFA 3RT6B 3UIFA 3E4RA 2XX8A 4OVJA 3O66A 1Y3QA 1NNFA 1IZ1A 2HEUA 3UK4A 4KQPA 1B1HA 3WAEA 3RY3A 4WKMA 2I0CA 3A3UA 2ZYOA 1XC1A 2AL5A 3C36A 3IOUA 4DXCA 1OIBA 2F36A 1B0HA 4WXJA 4TOZA 4XKNA 2XHDA 3F11A 3LC8A 4ZEKA 4DZ1A 1NNKA 2GHBA 3EQ1A 3EHSA 3JZJA 4GIZA 1H43A 3MC2A 4GQOA 4YICA 3KBRA 2I3WA 1A40A 2H5YA 2V84A 1FQCA 2B65A 3MWBA 5ELVA 1DTZA 1USYE 4F29A 1MQGA 4RYAA 3USDA 3RT8A 3I5OA 2P2AA 1A8FA 2V25A 1ZMGA 1SI0A 2DE2A 3CFLA 4QFLA 3MPLA 4EUOA 4MH5A 4RNSA 3E9XA 4EQ9A 1UIVA 3JV9A 2D21A 3PUYE 3CR9A 3CG1A 3H03A 1TWYA 1LBCA 3B6TA 4QFPA 1GV8A 3C4MA 4HCYA 4OYVA 1OVBA 4BDNA 2A5SA 1LGBC 1B5HA 3QUFA 4OESA 3G3HA 1DSNA 3G3FA 2DP8A 1R9QA 3ILTB 1B32A 5I59B 3N5LA 2OCUA 3TQWA 2QMXA 3P7IA 4OWDA 2XXVA 3O2AA 2F78A 4TQUQ 4YU0A 4F1UA 1XHYA 4QHQA 3RUMA 5TU0A 4PFYA 1LCTA 2V3TA 4QFOA 4YKJA 3G3IA 3C31A 5H8HA 4PQJA 1US4A 3RQTA 2Z8EA 2B3FA 5F7VA 4JWXA 3U92A 4ZDMA 4ESWA 2DOJA 5I2KB 2FNCA 4C0RA 1FTMA 4JBZA 3IOWA 2CMOA 2ZMBA 3OELA 1B3HA 1B58A 2UVJA 1AH5A 1N3WA 1N76A 4EQBA 1UIUA 3VLVA 2UYFA 5ICTA 2F7AA 4H67A 5JK4A 1IXHA 1P1OA 2AL4A 1MQIA 3PMWA 1AMFA 1Y3NA 1PB7A 3K1NA 1ZTYA 3CFZA 2DQVA 4OFLA 3PUZE 1XOCA 3VLWA 3T9VA 3TELA 4LATA 4OFOA 4QSCA 1QKBA 4R75A 5ISUA 2Y7KA 2YPNA 3B6WA 2LAOA 1URGA 2GH9A 2KLFA 5H8NB 4F22A 4GXSB 5KCJA 2OWSA 1NNPA 4KPTA 1Y1ZA 4R6KA 2QS1A 5BWJA 3DP8A 1FQBA 2OJTA 4IO7A 4FATA 1MXXA 4OQOA 3T22A 1IITA 3IOTA 2GHAA 2QS4A 2RF1A 1I6BA 3O6HA 2Z8FA 2Q2AA 2O69A 2VD3A 1LAGE 4R72A 4X48A 2F34A 5AA1A 4NMYA 1AIVA 4LVQA 2RC9A 1NMUA 3VXBA 3KN3A 4AQ4A 2Q9TA 4K3FA 2NVUB 1Y1MA 3U93A 2F35A 4F1VA 2I3VA 3W9WA 2OLBA 3EHTA 3K6UA 1ELJA 3HV1A 3TTMA 4FAJA 2XD2A 3CRBA 1MQJA 4F3PA 5I2NB 3V8XB 1LFIA 1PB9A 1LFHA 2HCAA 1MRPA 1VFDA 4NTLA 3IORA 4F3BA 1YAEA 4GL0A 1YTVA 2QMWA 4ZS9A 3FJGA 4UA8A 5LOMA 2ONSA 3EPEA 2XX7A 4NF6B 1FCKA 4NF8B 3SESA 3LSXA 4X9TA 3QYTA 1MPCA 4ZEBA 1I6AA 3DP4A 3CG3A 1JVYA 3MUQA 1IUDA 4OENA 3Q27A 3OSRA 5H8QB 4JXIA 2XXRA 1AOVA 4BDOA 4QF9A 5I57B 3LSWA 2IEEA 2ONRA 2QSXA 4O3AA 1LAXA 2UVHA 1FQAA 2XXTA 4Z7EA 3TTNA 2IA4A 2O84X 4KI0E 2O7UA 1HSLA 3H6TA 1B7HA 1FQDA 3K6XA 4TLLB 5I56B 1FTOA 2I48A 3LR1A 3BBRA 1D4NA 4H1XA 1IXGA 5IKBA 3FZVA 3U94A 1P1QA 4F39A 4IY5A 1DMBA 1GGGA 3N26A 5CBRA 4O3BA 5JTYB 3MZ1A 3IB2A 5CC2A 3T9XB 1M5CA 3TAJA 2G93A 1SW2A 4BDMA 1JEVA 2I58A 3PPOA 3FVNA 3PD9A 2XX9A 4U21A 3U8QA 4DCYA 1PEBA 4RXLA 2HAVA 3PUWE 3TMGA 1NH8A 2QL3A 4TLMB 4XIGQ 1Q35A 3C32A 1O63A 4FEBA 4E0WA 4NF5A 1R1NA 2DS9A 5DVJA 2Y84A 1O7TA 3O6IA 2NXOA 2XD3A 4XKQA 3T93B 2ZYNA 4H8JA 3FD3A 3GXAA 4EDPA 1A54A 3FJMA 4KFQA 3M8UA 4ISUA 2ZXTA 1OQHA 4G68C 5H8FB 3FXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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