The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
203
|
structure length |
201
|
Chain Sequence |
GRFSRNLKDRLESNNYEEMELPPPTKGVIIPVVHTVESAPGEAFGSLLVIIPGAYPELLDPNQQVLSHFKNDTGCVWGIGEDIPFEGDDICYTALPLKEIKKDGNIVVEKVFAGPAMGPSQLGLSLLVNDIDKGVPRMVFTGEIANDEETIVPIGVDIKAIAAHEHGLPLVGCQPGVDEVVANTSLASHLIQSGALPVQKA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structures of Yellowtail Ascites Virus VP4 Protease: TRAPPING AN INTERNAL CLEAVAGE SITE TRANS ACYL-ENZYME COMPLEX IN A NATIVE SER/LYS DYAD ACTIVE SITE.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease
|
| source organism |
Yellowtail ascites virus
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| total genus |
50
|
| structure length |
201
|
| sequence length |
203
|
| chains with identical sequence |
E
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.115: Infectious pancreatic necrosis birnavirus Vp4 peptidase. |
| pdb deposition date | 2013-01-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | Ribosomal Protein S5; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3P06 A; 2PNL A; 4IZJ B; 4IZK B; 4IZJ D; 4IZK A; 2PNM A; 4IZJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DV3 E; 3PYG A; 3GCM A; 1N34 E; 4DR5 E; 1R6L A; 4DV0 I; 1IBL I; 2Q2E B; 2ZM6 I; 2DEI A; 1XMO E; 4FW9 A; 2CG9 A; 5BR8 I; 3K85 A; 2BM0 A; 4B3M I; 1H7U A; 4GKJ E; 4DPY A; 2UXB E; 1HNX E; 4MQY A; 4NXM I; 4NXN E; 2E1R A; 1XXE A; 4HY1 A; 4GKK I; 4DXL A; 3B4T A; 1NHI A; 3B8H A; 3LNU A; 1HNZ E; 4LF9 I; 2JEA B; 4DR4 I; 2PO2 B; 4P7A A; 4DV0 E; 1IBL E; 4IZK A; 4PRX A; 4IFD C; 2ZM6 E; 2Z5B B; 1E3P A; 2PNL A; 5DRR A; 1UDQ A; 4B3T I; 4B3M E; 5GMD A; 4DV1 I; 1XNR I; 4Z7Y A; 3PS1 A; 4NXM E; 1H74 A; 3JAM C; 1XMQ I; 4DUY I; 3GLL A; 4GKK E; 4JV5 I; 4IFD B; 2BR2 B; 4BA2 A; 2WNR B; 3PRY A; 2C37 B; 4YHH E; 4LF9 E; 1K47 A; 4DV4 I; 4DR4 E; 1D6T A; 4OO1 C; 3P76 A; 2UXD I; 2ZIT A; 2O1V A; 4GQU A; 1ZXM A; 4BA2 B; 2BV3 A; 5L3J A; 1FKA E; 1NZ0 A; 1N33 E; 4LFA I; 4B3T E; 4DV1 E; 2F4V I; 1J5E E; 4IFD F; 5FWK A; 1XMQ E; 4DUY E; 4JI8 I; 4DV2 E; 3K1J A; 2PO0 B; 4JV5 E; 5ELW A; 3M85 G; 2HHH I; 1IBK I; 3T1Y I; 5IT9 Q; 1EI1 A; 4JI4 I; 2OI2 A; 2Z5C B; 4DV4 E; 1Z59 A; 3P3E A; 4DR6 I; 4MU0 A; 1ZM4 A; 1U2R A; 4X66 I; 2NPF A; 4MU3 A; 4DPW A; 2C38 B; 4LF7 I; 5DNX A; 1H72 C; 1B62 A; 4JI0 I; 2JE6 A; 2J7K A; 2AJ4 A; 2PO1 A; 2IOP A; 1UDS A; 4DPT A; 4WUB A; 4MU4 A; 5K36 A; 2A2C A; 4HXZ A; 4LFA E; 2HFU A; 2JEB B; 2BM1 A; 1XHK A; 5DRQ A; 1N0V C; 5IWA E; 2O1W A; 4UT4 A; 2NN6 C; 1FWL A; 1RHY A; 4JI8 E; 2UXC I; 4LCF A; 2CVE A; 4DPU A; 3KRN A; 2HHH E; 5K36 E; 3M7N D; 1IBK E; 4LCH A; 3T1Y E; 1Y4U A; 4JI4 E; 4U3D A; 4DR1 I; 1OYS A; 4LF5 I; 4DR6 E; 3CDI A; 4X66 E; 3ZZU A; 4DV5 E; 2C39 A; 5LMN I; 1BKN A; 2NN6 B; 1FJG E; 4LF7 E; 2WW4 A; 2JT2 A; 3OTO I; 2IOQ A; 4DPX A; 3GME A; 4JI0 E; 4LOM A; 3D4J A; 5JEA A; 2WP8 B; 3PYD A; 2PNM A; 4DR7 I; 2BA0 G; 2J65 A; 4RPF A; 1R6M A; 3H4L A; 2UXC E; 1Z0E A; 3WU3 A; 2HK2 A; 3PYE A; 4B3S I; 4JI7 I; 5JEA E; 5C0X A; 3M6A A; 4N3O A; 3ZKB A; 1FI4 A; 1FNM A; 2NN6 F; 4DR1 E; 1Z0B A; 1HR0 I; 1Y5Y A; 4LF5 E; 5A2Q C; 4BA1 A; 1KKH A; 1MX0 A; 4J3D A; 4Z7C A; 5LMN E; 4JI5 E; 2UUB E; 2IER A; 3CWV A; 4OX9 I; 3OTO E; 4OZE A; 5C0X E; 5DNL A; 1IBM I; 5BR8 E; 3JAM Q; 3DD6 A; 4DV7 I; 4DR7 E; 4KHP I; 2GQ0 A; 3NZK A; 1RRE A; 2BA1 D; 2R3V A; 2O1T A; 5GME A; 1KTV A; 1VIS A; 4HYM A; 5DRO A; 1H73 A; 4HAC A; 4IZK B; 1NHH A; 4JI7 E; 1ZM2 A; 4B3S E; 1PKP A; 4FW5 A; 3V5R A; 1Z0C A; 1HR0 E; 4QNK A; 2V2Q A; 1WUU A; 2VF3 A; 2IES A; 4USK A; 1Z0V A; 4XTJ A; 5FLX Q; 4LFC I; 4OX9 E; 3PS3 A; 3HJC A; 2DEJ A; 1IBM E; 3J81 C; 4WUC A; 4HAC B; 3WU4 A; 1HNW I; 1ZXN A; 5FLX C; 2GO4 A; 4DR3 I; 1B63 A; 3J80 Q; 4DV7 E; 1XNQ I; 3F0N A; 4ZVI A; 1XNR E; 1ZM3 A; 4JI2 I; 2PNZ A; 4U3B A; 4AQY I; 3J80 C; 4OO1 A; 1PVG A; 4X64 I; 1N32 I; 3QT8 A; 4FW6 A; 4JI1 I; 1MU5 A; 1S4E A; 4AIM A; 3ZKD A; 2V2Z A; 4MU1 A; 3WU6 A; 3LTO A; 4URL A; 4DV6 I; 4MYT A; 3QT6 A; 2UXD E; 1N36 I; 4LFC E; 4ED4 A; 4LPF A; 1UDO A; 1I94 I; 1YH8 A; 4B3R I; 4K0K I; 1N0U A; 1HNW E; 4DR3 E; 2F1D A; 4YY3 I; 3GON A; 1XNQ E; 3WU5 A; 5K36 C; 1NHJ A; 1ZM9 A; 4LF6 I; 2F4V E; 4JI2 E; 5K36 D; 4JG4 A; 2EFG A; 4AQY E; 1Z5B A; 4EMD A; 3QT5 A; 1USV A; 4P52 A; 1N32 E; 2JE6 B; 2PO1 B; 4JI1 E; 1Y6Z A; 2O1U A; 5K36 B; 2VQE I; 1Z5A A; 1Z0W A; 3L7Z A; 4DV6 E; 2UUA I; 4LFB I; 1PIE A; 4DU7 A; 1N36 E; 4I3H A; 2UXB I; 1I94 E; 4NXN I; 4B3R E; 4K0K E; 2E5L I; 4FW7 A; 4LF4 I; 4ISA A; 1YHC A; 4JI3 I; 4DR2 I; 4YY3 E; 2VQF I; 4FW4 A; 3HUL A; 5JEA D; 3L7Z B; 1A6F A; 4X62 I; 2C39 B; 1OJ4 A; 4IS9 A; 2VES A; 1Z5C A; 5K36 F; 2Z5E A; 5A2Q Q; 1FWK A; 4DUZ I; 3HKM A; 5C0X C; 5JEA B; 4FWG A; 5C0X D; 4UTG A; 2VQE E; 5LL6 R; 2AE8 A; 2UUA E; 3Q6M A; 4LFB E; 2JEA A; 3V2U C; 3ZZ0 A; 1Y4S A; 2PO2 A; 3M7N G; 2R42 A; 2E5L E; 1USU A; 2X36 A; 4FW3 A; 3P3G A; 5C0X B; 4LF4 E; 3B82 A; 4M1K A; 4JI3 E; 1ELO A; 4DR2 E; 1Z0T A; 2VQF E; 4MYU A; 2O3Z A; 5LMU I; 4BA1 B; 4AM3 A; 2Z5B A; 1VI7 A; 4YHH I; 4X62 E; 4IZJ A; 5EKW A; 3H1C A; 5JEA F; 2V34 A; 4PU9 A; 4MDT A; 4IZJ D; 4AID A; 1UDN A; 4DUZ E; 2HKE A; 1P42 A; 4IFD A; 2BR2 A; 2WNR A; 1Z0G A; 2C37 A; 3Q6N A; 3T1H I; 4IFD D; 4OKG A; 3J81 Q; 1N33 I; 5C0X F; 3M85 D; 4IZJ B; 1KIJ A; 1J5E I; 1RR9 A; 2LJP A; 1KVK A; 3UHM A; 4IFD E; 4DV2 I; 1S16 A; 4LF8 I; 4KHP E; 5LMU E; 2UUC I; 1H7S A; 1UEK A; 3U1Y A; 2XEX A; 4JI6 I; 3B78 A; 4JYA I; 4X65 I; 3J7A M; 4OO1 D; 3K17 A; 4DU8 A; 2PO0 A; 3ZM7 A; 1DAR A; 2V2V A; 4LCG A; 3U1K A; 1MG7 A; 4KQV A; 2BA1 G; 1HK7 A; 3T1H E; 3CDJ A; 2PNZ B; 4OO1 E; 3Q1Q A; 2Z5C A; 2HFS A; 4OO1 B; 1E3H A; 1Y60 A; 5EL9 A; 2A2D A; 4NBQ A; 4FWD A; 5IWA I; 2C38 A; 1QZR A; 3LPS A; 4USM A; 4LF8 E; 2ZBK B; 3QT7 A; 2UUC E; 4PRV A; 2CGE A; 4QNJ A; 2UU9 I; 4R1F A; 4FWH A; 2JEB A; 4JI6 E; 4JYA E; 2V8P A; 4X65 E; 4DV5 I; 4X64 E; 5IT9 C; 5DRP A; 1FJG I; 2BA0 D; 4DV3 I; 1N34 I; 3ZZT A; 4DR5 I; 1OYR A; 4OO1 F; 1XMO I; 3P3C A; 4GKJ I; 3PYF A; 2HKJ A; 3J7A G; 1HNX I; 2NN6 A; 3P06 A; 1OYP A; 4WUD A; 4FN5 A; 2NN6 D; 5JEA C; 2X7I A; 2HK3 A; 2CZ9 A; 4LF6 E; 2GO3 A; 2GS8 A; 1HNZ I; 2WP8 A; 2UU9 E; 1EA6 A; 2NN6 E; 4JI5 I; 3PS2 A; 2UUB I; #chains in the Genus database with same CATH homology 4DV3 E; 3PYG A; 1N34 E; 4DR5 E; 4DV0 I; 1IBL I; 2Q2E B; 2ZM6 I; 2DEI A; 1XMO E; 4FW9 A; 2CG9 A; 5BR8 I; 3K85 A; 2BM0 A; 4B3M I; 1H7U A; 4GKJ E; 4DPY A; 2UXB E; 1HNX E; 4NXM I; 4NXN E; 2E1R A; 4HY1 A; 4GKK I; 4DXL A; 1NHI A; 3B8H A; 3LNU A; 1HNZ E; 4LF9 I; 4DR4 I; 4P7A A; 4DV0 E; 1IBL E; 4IZK A; 4PRX A; 2ZM6 E; 2Z5B B; 2PNL A; 4B3T I; 4B3M E; 5GMD A; 4DV1 I; 1XNR I; 4Z7Y A; 4NXM E; 1H74 A; 3JAM C; 1XMQ I; 4DUY I; 4GKK E; 4JV5 I; 3PRY A; 4YHH E; 4LF9 E; 1K47 A; 4DV4 I; 4DR4 E; 1D6T A; 2UXD I; 2ZIT A; 2O1V A; 1ZXM A; 2BV3 A; 5L3J A; 1FKA E; 1NZ0 A; 1N33 E; 4LFA I; 4B3T E; 4DV1 E; 2F4V I; 1J5E E; 5FWK A; 1XMQ E; 4DUY E; 4JI8 I; 4DV2 E; 3K1J A; 4JV5 E; 2HHH I; 1IBK I; 3T1Y I; 5IT9 Q; 1EI1 A; 4JI4 I; 2OI2 A; 2Z5C B; 4DV4 E; 1Z59 A; 4DR6 I; 1ZM4 A; 1U2R A; 4X66 I; 2NPF A; 4DPW A; 4LF7 I; 1H72 C; 1B62 A; 4JI0 I; 2J7K A; 2AJ4 A; 2IOP A; 4DPT A; 4WUB A; 2A2C A; 4HXZ A; 4LFA E; 2HFU A; 2BM1 A; 1XHK A; 1N0V C; 5IWA E; 2O1W A; 4UT4 A; 1FWL A; 4JI8 E; 2UXC I; 4DPU A; 2HHH E; 1IBK E; 3T1Y E; 1Y4U A; 4JI4 E; 4DR1 I; 4LF5 I; 4DR6 E; 4X66 E; 3ZZU A; 4DV5 E; 5LMN I; 1BKN A; 1FJG E; 4LF7 E; 2WW4 A; 3OTO I; 2IOQ A; 4DPX A; 4JI0 E; 3D4J A; 3PYD A; 2PNM A; 4DR7 I; 4RPF A; 3H4L A; 2UXC E; 1Z0E A; 3WU3 A; 2HK2 A; 3PYE A; 4B3S I; 4JI7 I; 3M6A A; 4N3O A; 3ZKB A; 1FI4 A; 1FNM A; 4DR1 E; 1Z0B A; 1HR0 I; 4LF5 E; 5A2Q C; 1KKH A; 1MX0 A; 4Z7C A; 4JI5 E; 5LMN E; 2UUB E; 3CWV A; 4OX9 I; 3OTO E; 1IBM I; 5BR8 E; 3JAM Q; 4DV7 I; 4DR7 E; 4KHP I; 2GQ0 A; 1RRE A; 2R3V A; 2O1T A; 5GME A; 1KTV A; 1VIS A; 4HYM A; 1H73 A; 4HAC A; 4IZK B; 1NHH A; 4JI7 E; 1ZM2 A; 4B3S E; 1PKP A; 3V5R A; 1Z0C A; 1HR0 E; 2V2Q A; 1WUU A; 2VF3 A; 4USK A; 1Z0V A; 4XTJ A; 5FLX Q; 4LFC I; 4OX9 E; 3HJC A; 2DEJ A; 1IBM E; 3J81 C; 4WUC A; 4HAC B; 3WU4 A; 1HNW I; 1ZXN A; 5FLX C; 4DR3 I; 1B63 A; 3J80 Q; 4DV7 E; 1XNQ I; 3F0N A; 4ZVI A; 1XNR E; 1ZM3 A; 4JI2 I; 4AQY I; 3J80 C; 1PVG A; 4X64 I; 1N32 I; 3QT8 A; 4JI1 I; 1MU5 A; 1S4E A; 3ZKD A; 2V2Z A; 3WU6 A; 3LTO A; 4URL A; 4DV6 I; 4MYT A; 3QT6 A; 2UXD E; 1N36 I; 4LFC E; 4ED4 A; 1I94 I; 4B3R I; 4K0K I; 1N0U A; 1HNW E; 4DR3 E; 4YY3 I; 3GON A; 1XNQ E; 3WU5 A; 1NHJ A; 1ZM9 A; 4LF6 I; 2F4V E; 4JI2 E; 4JG4 A; 2EFG A; 4AQY E; 1Z5B A; 4EMD A; 3QT5 A; 1USV A; 4P52 A; 1N32 E; 4JI1 E; 1Y6Z A; 2O1U A; 2VQE I; 1Z5A A; 1Z0W A; 4DV6 E; 2UUA I; 4LFB I; 1PIE A; 4DU7 A; 1N36 E; 4I3H A; 2UXB I; 1I94 E; 4NXN I; 4B3R E; 4K0K E; 2E5L I; 4LF4 I; 4JI3 I; 4DR2 I; 4YY3 E; 2VQF I; 3HUL A; 1A6F A; 4X62 I; 1OJ4 A; 1Z5C A; 2Z5E A; 5A2Q Q; 1FWK A; 4DUZ I; 4FWG A; 4UTG A; 2VQE E; 5LL6 R; 2UUA E; 3Q6M A; 4LFB E; 3V2U C; 3ZZ0 A; 1Y4S A; 2R42 A; 2E5L E; 1USU A; 2X36 A; 4LF4 E; 3B82 A; 4M1K A; 4JI3 E; 1ELO A; 4DR2 E; 1Z0T A; 2VQF E; 4MYU A; 5LMU I; 2Z5B A; 4YHH I; 4X62 E; 4IZJ A; 2V34 A; 4PU9 A; 4IZJ D; 4DUZ E; 2HKE A; 1Z0G A; 3Q6N A; 3T1H I; 3J81 Q; 1N33 I; 4IZJ B; 1KIJ A; 1J5E I; 1RR9 A; 2LJP A; 1KVK A; 4DV2 I; 1S16 A; 4LF8 I; 4KHP E; 5LMU E; 2UUC I; 1H7S A; 1UEK A; 2XEX A; 4JI6 I; 3B78 A; 4JYA I; 4X65 I; 3J7A M; 3K17 A; 4DU8 A; 3ZM7 A; 1DAR A; 2V2V A; 1MG7 A; 4KQV A; 1HK7 A; 3T1H E; 3Q1Q A; 2Z5C A; 2HFS A; 2A2D A; 4FWD A; 5IWA I; 1QZR A; 3LPS A; 4USM A; 4LF8 E; 2ZBK B; 3QT7 A; 2UUC E; 4PRV A; 2CGE A; 2UU9 I; 4R1F A; 4FWH A; 4JI6 E; 4JYA E; 2V8P A; 4X65 E; 4DV5 I; 4X64 E; 5IT9 C; 1FJG I; 4DV3 I; 1N34 I; 3ZZT A; 4DR5 I; 1XMO I; 4GKJ I; 3PYF A; 2HKJ A; 3J7A G; 1HNX I; 3P06 A; 4WUD A; 4FN5 A; 2X7I A; 2HK3 A; 2CZ9 A; 4LF6 E; 2GS8 A; 1HNZ I; 2UU9 E; 1EA6 A; 4JI5 I; 2UUB I;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
