4J0PA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((s)-2-amino-4-methyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
390
structure length
376
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title beta-Secretase (BACE1) inhibitors with high in vivo efficacy suitable for clinical evaluation in Alzheimer's disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 376
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0pA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0pA02
4Y5AA 5OYWA 1YM4A 5P2CA 5P0JA 5P1UA 4GJAA 4LL3A 2FDPA 5P6ZA 3BXRA 5P6DA 2OHLA 5P5ZA 5P7OA 1ZAPA 1IVQA 1W5YA 9HVPA 5P70A 1RQ9A 4Y38A 1HSHA 3NUOA 5P0FA 5OZ8A 3GGVA 5IS4A 1HTGA 4EJDA 3FKTA 3QVCA 1APUE 2G94A 2BPYA 3WB5A 3ZKNA 1ZLFA 4Y58A 1LYWB 1AXAA 2J9JA 4X7IA 4Y6MA 5J25A 1IDAA 2QHCA 2IDWA 4ZPEA 1UH7A 3PGIA 2QMFA 5P2FA 3UDNA 3VEUA 1FG6C 4LBTA 4RYCA 1QBUA 3IAWA 5P3EA 1FF0C 3LZUA 5P65A 3MXEA 4B00A 2BPZA 4Y44A 2SAMA 5P5AA 3EC0A 1C6ZA 2NNPA 3ZPTA 4QGIA 3S43A 4PYVA 2ZJNA 2ER6E 2QU2A 3L5FA 5P85A 4Y4TA 5P2HA 5P8OA 2PSVA 3Q6YA 1UH8A 4Y3XA 5P7PA 1SIVA 4Y48A 3NXEA 5HCTA 1M0BA 3PM4A 4GJ8A 1RNEA 1OHRA 1SH9A 2ZJJA 3PB5A 4FRSA 4Y3YA 3L5CA 1W51A 3KM4A 5P1FA 4DPIA 3G72A 3EMYA 3QBHA 3KMYA 3QIHA 5OZXA 2IKOA 2G1NA 2Q55A 4I0FA 4FCOA 1FQ5A 5P0ZA 1FMXA 4J1IA 5E5KA 2QI5A 2BKSA 5HU1A 4EJKA 3HLOA 3CKTA 2AODA 5KOQA 4Q1WA 1LYAB 4DQGA 5DGUA 1C6YA 4Y3AA 3TTPA 5P5NA 4Y39A 2AZ9A 1FB7A 1MSNA 3T3CA 1D4SA 1META 2FNTA 5OZPA 1MT9A 4H1EA 4Y3QA 4DQEA 3CKRA 5P1TA 1A94A 5BWYA 2PSUA 7HVPA 5P32A 1LV1A 1NPVA 2P3AA 5P26A 3OXWA 1LEEA 3I6OA 4Y53A 4QJ7A 3KDBA 3OHFA 5P63A 1K6PA 5P4HA 3BC4A 3KMXA 5P3TA 1HSGA 1G35A 4TVHA 3SACA 3CMSA 2CEMA 1D4KA 3DCRA 1JLDA 2I0DA 5P5RA 3OUDA 1XN2A 1AZ5A 3LPIA 4B70A 5P8NA 2OHNA 4GJCA 1HVLA 5OZ2A 5P0RA 5T4SA 4DFGA 3DJKA 5JFUA 4YHQA 4BELA 4HA5A 4Y41A 1YTGA 5P66A 2AVQA 1TZSA 4I0JA 3NDTA 3BUHA 3CIDA 2XYFA 3LINA 3ZLQA 4A6CA 3UDJA 1RPIA 5P7GA 4FRIA 5P8AA 3HAWA 1LYAA 4DH6A 5P50A 1U8GA 2OF0A 2I4WA 5P25A 4QJ8A 5P20A 5P1JA 2P3DA 3NYGA 4I0ZA 5HCOA 3U6AA 3Q5HA 3KA2A 2NMYA 1J71A 4CPUA 3LITA 4NJSA 5P3XA 1RV7A 1HIIA 1BDLA 3HVGA 2G20A 5P83A 5P2QA 3LZSA 1ENTE 3FV3A 5P3HA 5P8RA 5P7RA 2AOCA 1ODYA 5P48A 3VV7A 2CEJA 5HVPA 4B1CA 1CMSA 4U7QA 2WECA 4D88A 2QMPA 4EPJA 3OADB 5P6YA 3UQWA 3FX5A 2Q54A 4RRNA 3VV6A 5FIVA 4Y5MA 5DR1A 4NPUA 4Z22A 3GGAA 2OHTA 1Z1HA 4EP2A 5P8GA 3BVBA 2AZBA 4RGHA 1APTE 3EKPA 3I8WA 4DQFA 4FAEA 5P8SA 5EZXA 5P0OA 5OZKA 3NDXA 3VLAA 5P3GA 5P33A 2VJ9A 2ZJMA 3OTYA 3L5DA 2I0AA 2QD7A 4YBIA 3Q4BA 3URJA 3IXKA 2QI0A 4YE3A 5P3AA 2UPJA 3GI6A 5P0NA 3NU9A 2PK5A 5P6WA 3D1ZA 4I0EA 4YCKA 2QI4A 3EKXA 2V16C 4H3GA 5P28A 5P2VA 1EPLE 4PZXA 3PMUA 4FRKA 1DW6C 1W50A 3ER3E 3L5EA 5P1IA 3L3AA 4ZPGA 4KUPA 2WF2A 4RZ1A 5P3UA 1T7KA 5OZTA 1W6HA 2QZWA 4YDFA 4Y45A 4NPTA 1Q9PA 5P6QA 2VIYA 2IL2A 5P5TA 5P4PA 1ME6A 5P06A 2ZE1A 3QI1A 2I4UA 5BS4A 4J0YA 4LXMA 4QJ9A 3GGUA 4J1HA 3OQDA 4MC9A 4OBKA 1DAZC 2FIVA 5P7TA 1GNMA 2AOHA 4DPFA 5AHAA 1G6LA 3OOZA 4MC6A 1EPNE 3HW1A 5SZ9A 4AMTA 1APWE 5P43A 4YD5A 5OZ7A 4DJVA 4RCEA 2XFJA 5DR3A 3LIYA 3BGBA 2AOFA 5P6FA 5P0XA 1QBRA 4RLDA 3VYEA 4I0HA 3PCWA 3NU3A 4I10A 5P76A 5HD0A 2PYMA 5P1BA 4CMSA 4Y3EA 5P4CA 4B77A 4FAFA 1SIPA 4ZSRA 3R0YA 3KDCA 3RTNA 3UQPA 5P4AA 4HDFA 2Q15A 1Z1RA 5P4GA 2QZXA 2R43A 3R4BA 1K1TA 1M4HA 2P4JA 1D4JA 4RCDA 5APRE 1SGZA 2O4KA 3WSJA 5OZVA 1QDMA 3S7LA 3K1WA 5P40A 3OGQA 1W5VA 2AZ8A 1HIVA 4Y3TA 3BGCA 3IGBA 5P4TA 2IQGA 3EM6A 4AZYA 2G1SA 3QP0A 1LYBB 5P24A 4KB9A 3O9GA 1BIMA 3PCZA 3OHHA 1EBYA 4H3FA 2WEDA 3VCMA 3OXVA 5P52A 4Y3LA 5P61A 3VG1A 3KDDA 5P08A 2R9BA 1TW7A 3VFAA 4DJYA 2VA5A 1IVPA 2HS2A 5P41A 3NDUA 2V0ZC 2I4VA 4I0DA 3S54A 3IN3A 5P6JA 3SLZA 2WEAA 4JOOA 4D85A 1XE5A 3NWQA 3T11A 2R5PA 4R93A 2RKGA 3PWRA 2AOIA 4Q5MA 1AM5A 3ZPSA 4IVTA 1ZTZA 3SKGA 3BRAA 2NMZA 5OZBA 3LIVA 1KZKA 2QNPA 5P3DA 1HPVA 4RCFA 1K2CA 5P6VA 5P3IA 4F76A 4GIDA 1HVKA 5BRYA 3DV1A 3UQUA 3T7PA 7UPJA 5AH6A 3TH9A 4L7HA 6APRE 5P2RA 2J9JB 5P1OA 4EQJA 2BPWA 5P0IA 5P3VA 1EBWA 1E82E 5P5UA 4I0GA 2RMPA 1LYBA 4FGXA 5P09A 5P2ZA 4D89A 5P6PA 3S53A 2G27A 5P4IA 3EKWA 1HHPA 2QAKA 5P88A 3SM2A 2AVSA 1HSIA 2WEBA 3SFCA 4L1AA 5P87A 1DP5A 1IZHA 1MESA 1KJ7A 4Y9WA 3TPLA 4Y4JA 3G6ZA 3S43B 4I8ZA 5P64A 2O40A 5P6BA 2F3EA 4D83A 2Q5KA 1LF2A 5P60A 3QBFA 3TOHA 3FSMA 4GJ7A 5OZ6A 2VJ7A 4Y5LA 2A4FA 3C9XA 5P42A 2PH8A 4PHVA 3QROA 2HIZA 4M8YA 1MT8A 5P0AA 5P7NA 4GJ9A 1XE6A 2NXDA 1LZQA 2PWCA 3SM1A 5IVQA 5P5WA 1QBSA 4J1CA 3SO9A 5IVRA 5P0HA 3EL4A 1E5OE 1OD1A 2PMAA 3L59A 4OD9A 1EBZA 1HEGE 5OYQA 1PSOE 4FM8A 3HZCA 3UDQA 1MT7A 2HB2A 3FNTA 4Y4AA 4YA8A 6UPJA 5P3MA 1T7IA 3OU4A 5P0BA 4Y4EA 2G24A 5P3LA 4Y3NA 5P2EA 3TPJA 4FRJA 1PPLE 4HE9A 3I2LA 1YM2A 5P3QA 4QLHA 5P0MA 3B80A 3SPKA 4J0PA 5P5IA 2UXZA 2XFKA 5P5CA 5DQ4A 3EKYA 5C9FA 4RROA 4ZEAA 1HVCA 5P04A 5P68A 5OYVA 1FMUA 3UQRA 1GNNA 5P2TA 3PLLA 4UPJA 1EPOE 4ER2E 5TOLA 5P8FA 2HPFA 5ENKA 5P72A 4XX4A 4GJ6A 2QP8A 2QI6A 3GGXA 5P15A 3OUDB 4K8SA 2P3CA 2QD6A 2ZHTA 4Y5KA 5P6CA 5IE1A 1BV7A 5P53A 3SA7A 3NLSA 3UDHA 2OHKA 3UDKA 2WF3A 5P69A 3OTSA 3K4VC 5HDZA 1TCXA 1HTFA 1CZIE 5P8UA 4Y4GA 1B11A 1GKTA 3TL9A 1T3RA 5P5FA 5OZOA 1BDQA 4OC6A 2V11C 3IN4A 4A4QA 1ZP8A 5P2WA 2J9KA 5AHCA 1FFFC 1XL2A 2BBBA 3H5BA 1K6TA 1AJVA 2NPHA 3CYWA 5C9DA 5HU0A 1MSMA 3NWXA 3LIZA 2IGXA 2O4SA 3INEA 1FEJC 2AVVA 2F81A 5P46A 2NXMA 5P8PA 3VF5A 5HDXA 3I7EA 2HPEA 5P6UA 3KYRA 5P0WA 4U8WA 3EM3A 5P39A 2O4PA 4NJTA 4ZSMA 2AOGA 5P56A 2QI3A 1ZSFA 3UF3A 5KR8A 3ZL7A 4DV9A 3DM6A 4B0QA 5OYUA 2F80A 4Y3MA 4Y3GA 3ZKGA 4CPRA 1T6EX 2G21A 2G26A 2AQUA 1C70A 3K5GA 5OZSA 5P0EA 3PSGA 1OEXA 4KE1A 5P1CA 4H3IA 1KJFA 2QZKA 4N00A 3QN8A 4YD6A 3JW2A 5OZHA 3LPKA 1YTIA 5P30A 3WB4A 3M9FA 3RVIA 4FS4A 3INFA 1BWBA 1FGCC 5OYYA 2QI1A 3OQ7A 5P4UA 2HB4A 5P3OA 2VIEA 3OUBA 1LF3A 4HEGA 1D4YA 5P4OA 1EPRE 1SDVA 5P49A 3NXNA 2F3FA 5P02A 1BXOA 4RVXA 1KJGA 2BJUA 2QMGA 2WL0A 1ZJ7A 1DIFA 4H3JA 3FNSA 2QZLA 3R2FA 4DQCA 4Y3SA 3O9AA 2QNQA 5P7WA 3RU1A 3NU4A 5OZRA 5OZIA 1B6LA 4Y54A 5P6NA 5P0QA 4QJ2A 4Y36A 3KFNA 3SA3A 5P17A 1FIVA 4K4QA 1PPKE 1HEFE 1HTRB 5P38A 2WF4A 5UPJA 4I0IA 4J17A 4J1KA 2BB9A 4TVGA 3BUGA 3HBOA 3OGPA 3OQKA 4PEPA 4GB2A 3SABA 4K4PA 4Z2ZA 3RSXA 1C6XA 2MIPA 2NNKA 2FGVA 2OHSA 4DQHA 2OHUA 1SMEA 1ZPAA 3NSHA 1EC0A 1FFIC 4DJUA 5P7XA 3L5BA 5P2LA 5P7DA 5P4RA 2Q3KA 1EAGA 1B6KA 3NUJA 1EC3A 4YOBA 3DV5A 3OQAA 1SDUA 4FLGA 5P7IA 2B42A 4OBGA 2ZDZA 4M8XA 1APVE 4DUSA 8HVPA 1XS7D 3UFNA 5P4NA 4WY6A 1K1UA 4EXGA 5DQ2A 5DR7A 3CIBA 4J0TA 1HPSA 4Q1XA 5P3KA 1XDHA 5AHBA 5E5JA 5P1XA 3VF3A 1MIQA 2BPVA 3O99A 5IVSA 5OZNA 3PMYA 4GYEA 5AH9A 1MUIA 1HVHA 1SDTA 2P8HA 5P35A 5CONA 5P2OA 4Y50A 2P3BA 4OBDA 5P0CA 5P1WA 1F34A 4Y5EA 2AIDA 5P2NA 2QCIA 2VIZA 2I4QA 5ISJA 2ZHUA 2V12C 2NXLA 5OZEA 5KQYA 4BEKA 2QMDA 5JG1A 5P7HA 1VIJA 5P29A 5OZZA 4OBFA 4APEA 5P2IA 5P7QA 4RVJA 4HDBA 3ZKXA 1MRXA 3EKVA 1AJXA 1A9MA 4ER4E 4Y3ZA 2BPXA 2ZHSA 3FNUA 1K6CA 3R1GB 4GZFA 3PEPA 1NPWA 2VNMA 5JODA 5P4LA 5P3NA 1N49A 4RYGA 4R95A 4EXHA 1ODWA 3PSUA 3VFBA 4OBJA 1IZIA 3D3TA 4I8WA 2HM1A 3K5CA 2ER7E 4AA8A 4BFDA 1BVEA 2V00A 4Y5BA 5P80A 1LS5A 4GJDA 3ZKIA 4Y47A 5COOA 3L58A 1EC2A 5I3VA 5C9BA 1FLHA 3SA9A 4DJXA 4YD3A 4DJOA 5P7EA 5P0UA 1IZEA 2V10C 2A1EA 4GJBA 2BKTA 5P5HA 2G69A 3KT2A 3BUFA 4YBFA 5P18A 2AZCA 1YT9A 3VYFA 4Y5CA 4B72A 5HE4A 3IA9A 3O9LA 5P47A 5P8HA 4L6BA 1HOSA 3U71A 4CPQA 4Y4ZA 5P8BA 5P8TA 3UFLA 3PBZA 3TNEA 2PWRA 5P23A 2B60A 4Y3HA 4ZSQA 5P36A 1KJHA 5OZ9A 4L1AB 5F00A 3UDMA 5OZ0A 5OYSA 2FLEA 5P7AA 5AH8A 3I25A 4Y4WA 3S45A 5OZDA 3S7MA 5P3CA 4Q1YA 1UPJA 5KQXA 3OQFA 3DUYA 3UCBA 2PK6A 3PWWA 5P7MA 2G22A 3NDWA 3TKGA 3CICA 3D91A 3RSVA 3B7VA 4TRZA 4Y3WA 5P2YA 2Q63A 1AAQA 3QRVA 5OZFA 3ST5A 2R38A 2AOJA 3PJ6A 4B1DA 2FS4A 4MC2A 2XYEA 3KF0A 2FDDA 5P4YA 4ZIPA 4CPXA 1HXWA 5P84A 1HTEA 3PSYA 4L7GA 5P45A 3PI0A 5P7JA 1BDRA 4OD9B 5P5JA 1FQ4A 4CP7A 1NSOA 2BQVA 5PEPA 2WHHA 1W5XA 1K2BA 5P71A 1HBVA 3OU4B 5DR8A 3TOGA 5AH7A 2Z54A 1IBQA 5OYRA 5P78A 4DJQA 5OYTA 5P5XA 3S56A 1PSNA 5P1YA 3EKTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5A A;  5OYW A;  1YM4 A;  5P2C A;  5P0J A;  5P1U A;  4GJA A;  4LL3 A;  2FDP A;  5P6Z A;  3BXR A;  5P6D A;  2OHL A;  5P5Z A;  5P7O A;  1ZAP A;  1IVQ A;  1W5Y A;  9HVP A;  5P70 A;  1RQ9 A;  4Y38 A;  1HSH A;  3NUO A;  5P0F A;  5OZ8 A;  3GGV A;  5IS4 A;  1HTG A;  4EJD A;  3FKT A;  3QVC A;  1APU E;  2G94 A;  2BPY A;  3WB5 A;  3ZKN A;  1ZLF A;  4Y58 A;  1LYW B;  1AXA A;  2J9J A;  4X7I A;  4Y6M A;  5J25 A;  1IDA A;  2QHC A;  2IDW A;  4ZPE A;  1UH7 A;  3PGI A;  2QMF A;  5P2F A;  3UDN A;  3VEU A;  1FG6 C;  4LBT A;  4RYC A;  1QBU A;  3IAW A;  5P3E A;  1FF0 C;  3LZU A;  5P65 A;  3MXE A;  4B00 A;  2BPZ A;  4Y44 A;  2SAM A;  5P5A A;  3EC0 A;  1C6Z A;  2NNP A;  3ZPT A;  4QGI A;  3S43 A;  4PYV A;  2ZJN A;  2ER6 E;  2QU2 A;  3L5F A;  5P85 A;  4Y4T A;  5P2H A;  5P8O A;  2PSV A;  3Q6Y A;  1UH8 A;  4Y3X A;  5P7P A;  1SIV A;  4Y48 A;  3NXE A;  5HCT A;  1M0B A;  3PM4 A;  4GJ8 A;  1RNE A;  1OHR A;  1SH9 A;  2ZJJ A;  3PB5 A;  4FRS A;  4Y3Y A;  3L5C A;  1W51 A;  3KM4 A;  5P1F A;  4DPI A;  3G72 A;  3EMY A;  3QBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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