4J0TA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-ethoxy-pyridine-2-carboxylic acid [3-((r)-2-amino-5,5-difluoro-4-methyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
390
structure length
381
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGALASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 381
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0tA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0tA02
4B1EA 1LYBB 3EL1A 3APRE 3OU4B 3VG1A 5OZGA 2FNSA 1MT7A 3PWRA 3EC0A 1C70A 1GNOA 3T11A 2XYEA 2QD8A 3EXOA 3D3TA 3KYRA 2P3BB 3BRAA 4RROA 1FEJC 4ZSRA 4D88A 1DP5A 4H3IA 3L3AA 5AH7A 2ZHSA 3JVWA 1IZIA 5P8GA 2ER6E 5P2AA 1LS5A 3L5CA 5P0CA 3TPLA 4Y3SA 3PWWA 5SY3A 2ANLA 2OHRA 5P2XA 3LNKA 2B8LA 3UDMA 3S85A 4Y4EA 2IQGA 5P6LA 5P0MA 3D1YA 4LXKA 4R95A 2Q11A 2PSVA 1PSAA 4XX4A 4ZPFA 4Y4DA 1Z1HA 4L7JA 1FQ4A 4FS4A 4I0GA 2I4WA 2AOHA 2H6SA 4B0QA 5BS4A 4QJ2A 2AOIA 5P8KA 4Y4WA 3BC4A 2A4FA 5P49A 5P2TA 3MSKA 4J1HA 4X7IA 4BEKA 3D1ZA 4I0HA 5OYYA 4Y39A 5HDVA 5OZEA 3OHHA 1W51A 5ENKA 5OZBA 1ODWA 1BAIA 2IEOA 4L7GA 3MSJA 5P7MA 2UXZA 4Y3RA 3QVCA 3WSJA 1M43A 5F00A 3SFCA 5DQ2A 3VYEA 3U6AA 1GNNA 2QZKA 4B05A 1B5FA 4EQ0A 5P40A 2Z54A 5P2WA 5P8AA 2XYFA 5P74A 6APRE 4FE6A 5P76A 4GB2A 3ER5E 5P66A 3DJKA 2Q3KA 1OEWA 3VFBA 3TPPA 3KFRA 4A6CA 4D8CA 5OZLA 2Q64A 5P4UA 5P7WA 2QK5A 5P4NA 4Y53A 5HE4A 2HS2A 1NSOA 1ZTZA 4F73A 5P6WA 4ZSQA 5P1RA 1SP5A 5P7BA 4Z4XA 5P67A 4CPWA 5P5WA 3VV7A 2HM1A 5P2OA 5OYSA 4Y3HA 2UY0A 1G0VA 4I10A 4YOBA 4CPTA 3Q70A 5P0AA 1MESA 2NMYA 5COKA 3SA7A 5P8FA 3QS1A 3HAWA 4EHCA 5P38A 5OZTA 1LYAB 4IVSA 5P4RA 1HPVA 4OC6B 3ZPUA 2OHPA 3VEUA 5CONA 2BQVA 1EPLE 1HTFA 5P54A 5P02A 5P35A 1FLHA 4RGHA 2QI3A 4B00A 3WB4A 3PLDA 1GVTA 1PFZA 1EBWA 4WY6A 1F34A 2BPZA 1W50A 2BB9A 1FG6C 5P50A 2G22A 2VIZA 3INDA 3A2OA 3LPIA 5P6TA 3SA6A 3NU3A 5OZSA 5P61A 4Y5LA 5P45A 4MC2A 4R93A 1BXQA 5OZFA 5COPA 3UQXA 5P6KA 4Y3FA 3OY4A 5P41A 3KT2A 3T3CA 1Z1RA 1DW6C 3S56A 5P82A 3H0BA 4HDBA 3VF3A 3KA2A 5P0XA 5P30A 3VCMA 3OXXA 1FFFC 4RRSA 4QJ6A 2P83A 3SA9A 1B6KA 5P46A 2OF0A 5P3VA 3NLSA 3KFPA 4Y3WA 1FGCC 1C6YA 2ZJNA 4Y3DA 2QZXA 1FKNA 1KJHA 1K1UA 1W5YA 1XL2A 4YBFA 3DUYA 4DJYA 4FIVA 4Y4UA 4NJVA 4RVJA 3GW5A 4LL3A 3BXRA 4PYVA 2QZWA 3T7PA 5P7XA 3QRMA 3UDYA 5E5JA 2Z4OA 5P0UA 2Q5KA 5P4YA 4HA5A 2ER7E 2FLEA 2O4NA 3R1GB 5P8OA 1J71A 2PH8A 2AVOA 2ZHRA 5P8IA 5P3GA 5P6NA 5P5VA 4DJQA 7UPJA 5IS4A 5OYVA 1BV7A 5P0KA 2F8GA 5OZ4A 3VUCA 5P3IA 5P7AA 1RL8A 2XFIA 4RYGA 1BXOA 5P7SA 1K6VA 1UH9A 1BDQA 1IDAA 1EC2A 1XE6A 2RENA 4R91A 1KJFA 5HE7A 5P3YA 4A4QA 5OZCA 3TTPA 2NNKA 4APEA 2QCIA 1DIFA 4Y5EA 2G27A 5P28A 1AIDA 2OHQA 5OZ0A 3S43B 1K1TA 4OBFA 1MPPA 2O4SA 2IDWA 2QNQA 1FB7A 5P4ZA 1IIQA 3CICA 3UPJA 4I12A 4Y4TA 3EKYA 5I3WA 1MT8A 3M9FA 4LP9A 5P3QA 5P2DA 3KT5A 1F7AA 2VA7A 3DV5A 2F81A 4DJVA 3DM6A 4LXMA 4ZE6A 2RMPA 3D1XA 3OXCA 1BVGA 5JFPA 4Y36A 1CZIE 1A30A 2AVQA 3I6OA 1U8GA 2QU2A 4PZXA 5P6RA 4M8XA 2PSUA 3OXVA 4RCEA 4HZTA 5IVSA 5P2SA 1EC0A 3EMYA 1D4IA 1HVSA 1NPWA 4XX3A 5P23A 1IZEA 5P69A 2VNMA 1HXWA 5P68A 3TL9A 5P39A 3WB5A 5P7TA 2AOCA 5F01A 5DQCA 1EBYA 5P8PA 5P3EA 3KDBA 5P2UA 4XKXA 2VJ6A 2BBBA 5P7IA 4BELA 1PROA 2B7ZA 4GJ9A 3HDKA 4Y3PA 1HSGA 3ZKQA 2VIYA 1AJXA 4Y45A 3QROA 5P2GA 5P5SA 2QD7A 5P3HA 1ODXA 5P57A 5P0TA 2HB3A 3SABA 3GI6A 3QBFA 3UHLA 5P8LA 2HC0A 3O9HA 3PCWA 5IVTA 3SKFA 4QJ7A 3T7XA 4EYRA 2VIJA 3MWSA 3QI1A 2SAMA 5P20A 2Q63A 3S8IA 4QLHA 4K4QA 1YTIA 2QHYA 5P0YA 3O9LA 5EZZA 3FKTA 4NPUA 4I0JA 2G24A 4DJUA 4ER1E 5P3AA 1LEEA 1VIJA 2F3FA 1OD1A 4S1GA 5P0FA 4EJDA 3AIDA 1XE5A 3K5DA 1FMBA 2PH6A 1HWRA 2BKSA 2I4DA 4HDFA 2O4KA 5P3PA 4DPIA 5P2KA 2WJOA 1KJ4A 2ZHVA 1QS8A 1HVHA 5P3MA 3HD8A 4K9HA 1HPSA 1CPIA 1HXBA 2NPHA 1MRXA 2QAKA 1UH8A 5I3YA 2ZJIA 2B8VA 3G70A 4Y3LA 4YDFA 4RRNA 5P04A 5ISKA 4PPHA 5KQYA 1SDUA 1GVVA 5P4PA 3UDNA 3NDXA 3UQPA 3QRVA 5OYZA 3CMSA 1D4JA 3NUJA 3LIQA 3QAAA 3ST5A 5T4SA 4ACUA 1NH0A 4I8ZA 1SH9A 1BV9A 3KN0A 5P5UA 3IGBA 3PBDA 2V00A 5P8TA 1DAZC 3RVIA 3O99A 5P8JA 1IZDA 2FGVA 3PMUA 3UFNA 4Y4AA 3OOZA 3FNTA 3PBZA 3GGUA 1ENTE 2PYMA 5OZ3A 4LHHA 3IAWA 3KDDA 2PYNA 1LYWA 2FIVA 1XS7D 5KR8A 4EPJA 1MVPA 5P5PA 3IN3A 4RVXA 4Z22A 5P0DA 5P53A 4Y5AA 5P1YA 5P5NA 4APRE 1MT9A 5OZ5A 4Y4GA 5P8NA 4DUSA 4Y35A 3LZVA 5HCOA 1LZQA 3S7LA 4NPTA 5P0QA 4K4PA 1EPQE 5OYWA 3IN4A 1N49A 3GI0A 4Y4JA 4YCKA 2JE4A 5DQ4A 2I0DA 5OZAA 3VYDA 5OZUA 4Y5KA 2VA6A 5DR3A 5KAOA 4B78A 5P32A 5P4CA 4J0VA 3MXEA 4NKKA 3EKXA 5P4XA 5OZVA 3ZKMA 2V10C 4YDGA 5OZNA 5P60A 3OUAA 1B5FB 3C9XA 5P7PA 5ENMA 5OZJA 3O9DA 4OBZA 3PSGA 3UFLA 4YCTA 4D89A 5IVRA 3EM4A 1K6PA 4Y4BA 1SIPA 5P3CA 3S45A 3B80A 4Q1YA 5P5QA 1UH7A 5DGUA 3SA5A 1HVKA 3ZL7A 3CIDA 5P62A 5P1KA 3Q3TA 2ZJHA 3FV3A 4EQJA 5P1ZA 4GYEA 5DPZA 3IXKA 5SZ9A 1HTGA 5ISJA 3I8WA 1RQ9A 2G1SA 3ZKIA 5P4KA 4D83A 4LXAA 4DV9A 4Y4XA 4Y4ZA 4Y57A 5P1GA 1OEXA 4Y43A 5P7OA 3OQ7A 2VJ9A 1E81E 4TRWA 3LITA 1IBQA 3O9GA 5P77A 5P47A 1APTE 3EBZA 1EPPE 2WF4A 5P1OA 5P2QA 3SA3A 5B18A 3BGBA 5P0OA 5KQXA 5ER2E 4HEGA 1QBSA 3UQRA 3S53A 3OGQA 2BJUA 2IS0A 2VA5A 5P7CA 5SY2A 3I7EA 2PK6A 4Y3TA 5I3VA 5P1XA 3HLOA 3RTMA 5TOLA 3QP0A 4JP9A 2I1AA 2P4JA 3FSMA 3EKPA 2ASIA 5P0IA 1BWAA 4QGIA 1GKTA 2ZJLA 3R4BA 4CPXA 4GJBA 5P33A 4HDPA 3PCZA 5P0PA 1LV1A 3EM6A 5P08A 4I0DA 4QJAA 4ZEAA 5OZ2A 1GVUA 5OYQA 1YTJA 5P4TA 4J17A 3T7QA 2B7FA 2QI4A 3OTYA 4TRYA 1BDLA 4RCFA 3UF3A 4Y3JA 5P7YA 2QMDA 5OZWA 3SKGA 2R3WA 5P89A 2XFKA 4AMTA 3FX5A 1SIVA 4XXSA 4KUPA 1HPXA 1ZP8A 5DQ1A 5P4LA 1APVE 4U7VA 4Y3GA 3VV6A 4DJXA 6UPJA 5P4HA 5P1UA 2IRZA 3HVPA 4NJSA 1BWBA 1T6EX 1A9MA 2WF0A 4Y3EA 5P1SA 5OZIA 2ZE1A 2ZJKA 1PPME 1K2CA 1FG8C 2BKTA 3IVIA 3OUDA 1M0BA 2APRA 2CEJA 3GGXA 1TQFA 5SXNA 1G2KA 4M8YA 5P3KA 1AJVA 1FFIC 2OHSA 4H1EA 4Y47A 3EL0A 4LBTA 2FMBA 3PM4A 4D85A 4OD9A 1YTHA 4I0IA 1META 3D91A 3SQFA 3QIHA 4U7QA 1XL5A 5P73A 3SO9A 5HU1A 5P6UA 4JPEA 1GNMA 5P0EA 5P3BA 5P8SA 3O9BA 2J9KA 4I8WA 3BUFA 3R2FA 3FNSA 4EP2A 5JFUA 4RZ1A 4YE3A 3S2OA 5P7JA 4Y3MA 1HTRB 5P2IA 3BXSA 1KJGA 1TCXA 1K6CA 1XN2A 5P84A 2VNNA 4GJCA 5P37A 2Q54A 3PGIA 2NTRA 5P17A 3O9AA 4J0PA 5P52A 5P6DA 4I11A 1RNEA 4DFGA 2AZCA 1HSHA 1ZPKA 5DR1A 1HEGE 1FQ6A 3PSYA 3PB5A 2WEZA 3NDUA 3H5BA 4ZPGA 4K4RA 5PEPA 1SGZA 5P8RA 2R8NA 3L5FA 1UPJA 3DK1A 5P7VA 4TVGA 2P3DA 2ZDZA 3BVAA 2QMPA 4FM7A 3K1WA 1ZLFA 1YT9A 2Q55A 5P5JA 5KR1A 5P1FA 4FRJA 5P87A 2IKOA 3HVGA 5HDXA 5KQFA 3L58A 3KDCA 4FRKA 1A8KA 1YTGA 5P1PA 4BFDA 1QBUA 2OHUA 5P01A 5P5OA 1HPOA 3I2LA 4Y44A 4J5JA 1W6IA 3O9FA 4DPFA 5P59A 3EL9A 5EZXA 5P2CA 4L6BA 1AZ5A 3QVIA 3BUGA 1DPJA 1HVJA 3O9CA 5P25A 5P75A 4CPRA 5P05A 2BPXA 4PHVA 1AXAA 2WEDA 2JJJA 3LIVA 1MERA 2ZGAA 4N00A 3WZ8A 2AOJA 1APUE 5P5MA 1YM4A 2PWCA 3INFA 2QI7A 3PWMA 2NNPA 8HVPA 3O9IA 3Q4BA 4GIDA 5P18A 1NPAA 3LZUA 5P6FA 4L1AA 4X2LA 4JECA 3R0WA 5P0GA 5P7UA 4PEPA 3TLHA 1W6HA 3NYGA 3OU1A 5OZ9A 2QI5A 2IGYA 5P58A 5P34A 3IXOA 4Y38A 2RKFA 5P1BA 3TH9A 1EBZA 4DJRA 1KJ7A 6FIVA 2AQUA 4FRIA 5P8HA 1FMXA 2P8HA 5P7KA 5P27A 4OBDA 3O9LB 3ZKGA 5P42A 5P6MA 2VIEA 3OADA 5HCTA 5P5ZA 3INEA 5P29A 4QJ9A 2PSGA 5OYXA 4AUCA 3GGAA 4FM8A 4CKUA 2G1NA 3OUCA 5P4IA 5P4GA 3AUPA 5P4MA 3JW2A 1HTEA 5P65A 5P0ZA 4F76A 1SMRA 5BRYA 2EWYA 4RCDA 5P6SA 1IDBA 3APPA 3EKVA 5P24A 1SBGA 4WY1A 5OYUA 3GI5A 3EL5A 2RKGA 2HAHA 1BVEA 5P11A 5P12A 5P1EA 2PMAA 1WBKA 3OQAA 2HB4A 5ER1E 2R5PA 3PSUA 5P7EA 3D20A 4L7HA 2OHMA 4YOAA 4OBKA 5I3XA 5DR8A 4DJWA 4YD7A 5AHBA 1A8GA 1LF2A 4A6BA 2G26A 2Q15A 3QRSA 4Y3ZA 5P09A 3I25A 1LF3A 5P26A 5P43A 5P1HA 5P56A 5DR0A 5P8DA 3CKPA 1IVQA 1B11A 5I70A 2AZBA 1EPRE 2VJ7A 1YG9A 1LYWB 3NU4A 2PC0A 4DQFA 1GVXA 5IVQA 5P4OA 4OBJA 4GMIA 5P5YA 1FF0C 1B6PA 5P5CA 5P1JA 2FDDA 1GVWA 2F80A 1E82E 5P7LA 5P0VA 1AVFA 4J0YA 5P14A 4H3FA 3LIXA 3O9EA 5P2BA 5P6QA 5HE5A 2QHZA 5OZDA 1YX9A 4CP7A 3SLZA 2AVVA 5P8UA 3DCKA 2QI0A 1HOSA 1FIVA 3PHVA 5P55A 5P3DA 5P79A 4OBZB 2OHTA 2B60A 3F9QA 4YBIA 3UDPA 5P51A 3LZYA 3IVHA 1BIMA 5P3XA 3KFNA 3LPKA 3EL4A 4J55A 4TRZA 5P4FA 2NXDA 3OAGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B1E A;  1LYB B;  3EL1 A;  3APR E;  3OU4 B;  3VG1 A;  5OZG A;  2FNS A;  1MT7 A;  3PWR A;  3EC0 A;  1C70 A;  1GNO A;  3T11 A;  2XYE A;  2QD8 A;  3EXO A;  3D3T A;  3KYR A;  2P3B B;  3BRA A;  4RRO A;  1FEJ C;  4ZSR A;  4D88 A;  1DP5 A;  4H3I A;  3L3A A;  5AH7 A;  2ZHS A;  3JVW A;  1IZI A;  5P8G A;  2ER6 E;  5P2A A;  1LS5 A;  3L5C A;  5P0C A;  3TPL A;  4Y3S A;  3PWW A;  5SY3 A;  2ANL A;  2OHR A;  5P2X A;  3LNK A;  2B8L A;  3UDM A;  3S85 A;  4Y4E A;  2IQG A;  5P6L A;  5P0M A;  3D1Y A;  4LXK A;  4R95 A;  2Q11 A;  2PSV A;  1PSA A;  4XX4 A;  4ZPF A;  4Y4D A;  1Z1H A;  4L7J A;  1FQ4 A;  4FS4 A;  4I0G A;  2I4W A;  2AOH A;  2H6S A;  4B0Q A;  5BS4 A;  4QJ2 A;  2AOI A;  5P8K A;  4Y4W A;  3BC4 A;  2A4F A;  5P49 A;  5P2T A;  3MSK A;  4J1H A;  4X7I A;  4BEK A;  3D1Z A;  4I0H A;  5OYY A;  4Y39 A;  5HDV A;  5OZE A;  3OHH A;  1W51 A;  5ENK A;  5OZB A;  1ODW A;  1BAI A;  2IEO A;  4L7G A;  3MSJ A;  5P7M A;  2UXZ A;  4Y3R A;  3QVC A;  3WSJ A;  1M43 A;  5F00 A;  3SFC A;  5DQ2 A;  3VYE A;  3U6A A;  1GNN A;  2QZK A; 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 1ENT E;  2PYM A;  5OZ3 A;  4LHH A;  3IAW A;  3KDD A;  2PYN A;  1LYW A;  2FIV A;  1XS7 D;  5KR8 A;  4EPJ A;  1MVP A;  5P5P A;  3IN3 A;  4RVX A;  4Z22 A;  5P0D A;  5P53 A;  4Y5A A;  5P1Y A;  5P5N A;  4APR E;  1MT9 A;  5OZ5 A;  4Y4G A;  5P8N A;  4DUS A;  4Y35 A;  3LZV A;  5HCO A;  1LZQ A;  3S7L A;  4NPT A;  5P0Q A;  4K4P A;  1EPQ E;  5OYW A;  3IN4 A;  1N49 A;  3GI0 A;  4Y4J A;  4YCK A;  2JE4 A;  5DQ4 A;  2I0D A;  5OZA A;  3VYD A;  5OZU A;  4Y5K A;  2VA6 A;  5DR3 A;  5KAO A;  4B78 A;  5P32 A;  5P4C A;  4J0V A;  3MXE A;  4NKK A;  3EKX A;  5P4X A;  5OZV A;  3ZKM A;  2V10 C;  4YDG A;  5OZN A;  5P60 A;  3OUA A;  1B5F B;  3C9X A;  5P7P A;  5ENM A;  5OZJ A;  3O9D A;  4OBZ A;  3PSG A;  3UFL A;  4YCT A;  4D89 A;  5IVR A;  3EM4 A;  1K6P A;  4Y4B A;  1SIP A;  5P3C A;  3S45 A;  3B80 A;  4Q1Y A;  5P5Q A;  1UH7 A;  5DGU A;  3SA5 A;  1HVK A;  3ZL7 A;  3CID A;  5P62 A;  5P1K A;  3Q3T A;  2ZJH A;  3FV3 A;  4EQJ A;  5P1Z A;  4GYE A;  5DPZ A;  3IXK A;  5SZ9 A;  1HTG A;  5ISJ A;  3I8W A;  1RQ9 A;  2G1S A;  3ZKI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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