4J0VA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((4r,5r)-2-amino-5-fluoro-4-methyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
390
structure length
379
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 379
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0vA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0vA02
3UQWA 2NXDA 2G1NA 3HD8A 4CPQA 2G20A 5P3VA 5P3DA 1XL5A 5P4RA 4R8YA 1D4SA 4H3JA 2HS1A 4Y51A 3I6OA 3UQXA 4H3GA 4DQHA 1ZJ7A 3WB4A 5JFUA 4Y4JA 5P8UA 5I3YA 1HOSA 1T7KA 3LPJA 5P0EA 5P17A 5P71A 3FSMA 2R9BA 1ER8E 3KFRA 4EP2A 4Y4TA 3UDNA 3K5CA 4YHQA 4AA9A 4JPCA 5P0OA 1A8GA 2QI3A 1HEGE 4KUPA 2HB2A 4NJUA 2UY0A 9HVPA 3DV5A 3OK9A 3OXXA 5COKA 1KJ4A 2AOCA 5P6UA 1W5WA 3OU3A 5OZFA 3Q3TA 5P1LA 3ER3E 5P60A 1TSQA 5P4FA 1AIDA 3LPIA 4FCOA 4OBZA 4FSLA 4Y5PA 3QRMA 5P5WA 5BS4A 4Y4GA 1EPPE 2J9JA 4RLDA 2QD6A 2AZ9A 1GVWA 3CMSA 5P7PA 1HPOA 2PH8A 2AVQA 5P67A 3PSYA 5P6NA 5P7EA 4L7GA 5DQ4A 5P2ZA 5P37A 1EBWA 2QU3A 1QBTA 5P5XA 5P1IA 5P8TA 5P3GA 5P32A 2BKSA 3EKQA 4Y3HA 1SGZA 2R3WA 1DAZC 5P19A 4EXHA 4NJSA 2V11C 3H5BA 5P5DA 2VIEA 2QD7A 5P5ZA 4AMTA 5P47A 2O4PA 4TVGA 5P2NA 4RCEA 1HIHA 5P2TA 2WHHA 4Y3FA 4DQGA 2ZJNA 4DJWA 2OF0A 3LZSA 1BV9A 1N49A 3S2OA 3CYWA 1A8KA 3URJA 2IKUA 1BIMA 3KA2A 3D1XA 5B18A 4QJ2A 3MSKA 4ZSPA 4DUSA 4GJDA 1B6KA 3SPKA 1C6YA 5P33A 5HE4A 4I0DA 5KQFA 4DJQA 2A4FA 2QI0A 2VA6A 1NPWA 4LXMA 4Y4BA 4GJ6A 3SABA 4Y5GA 5P27A 1TCXA 1HVSA 3NWQA 4ZIPA 4DJVA 4YA8A 2I4QA 4Y38A 3BUHA 4F75A 5P6ZA 5P5EA 3K1WA 5P8PA 1UH8A 5P0RA 5P3JA 3HLOA 5P7LA 2AVSA 1QDMA 1FQ5A 2G69A 1SDUA 4FRJA 4UPJA 1EBKC 1Z1RA 1HVKA 1VIKA 4Y3GA 5P1GA 5P8LA 1BDRA 3AUPA 1FG8C 5P3RA 1MIQA 5AH7A 1FKNA 4K9HA 4FL8A 4OD9B 3VCMA 5P5UA 3VF3A 2G1OA 1WBMA 4L7JA 5P3MA 4RVJA 5P3OA 5OZKA 5P26A 5P44A 3KT5A 7UPJA 4QJ8A 5P8RA 1W6IA 4GJ9A 3U7SA 2NNKA 5P7ZA 5P8OA 5ISKA 5P3SA 2XYFA 4J55A 4PPHA 4Y3AA 4Y39A 2P3AA 3PI5A 4Y48A 5HDZA 5P76A 1IZHA 1FMBA 4B78A 5OYTA 2I0DA 5P2KA 5P59A 4YCYA 1AXAA 1EBYA 4OBGA 5P8GA 2AVOA 3TOGA 4B1DA 3O9BA 2JE4A 4M8XA 1D4HA 1K6PA 5HD0A 5DR3A 1YTHA 5I3VA 3S53A 2JYSA 4APEA 1B6MA 4ZPGA 5P43A 2O40A 3OUCA 4R5NA 5OZ3A 3UDRA 3U71A 3RSXA 1NSOA 2VIYA 5OYSA 3FNSA 5P4MA 1RL8A 4EQ0A 5CLMA 1MEUA 4FE6A 1K2BA 1G0VA 1HEFE 5P4EA 3QPJA 5P62A 4I0GA 1LS5A 1DMPA 3VLAA 4OC6B 3UFLA 2AIDA 1IVQA 5P34A 5P30A 4APRE 3CIDA 1MT9A 5P4XA 5P0JA 1JLDA 5P7JA 4R91A 4DQCA 1T7JA 5P2OA 3HAWA 1HVIA 5P4LA 2V00A 4FM6A 2HC0A 1PPKE 1HTFA 1Z1HA 4RZ1A 4J17A 5P0HA 4DJUA 2ANLA 1DW6C 2ZHTA 5P6LA 1APVE 1KJGA 5P53A 2HPFA 5P2HA 1EC2A 3KDBA 5P58A 4AA8A 3IAWA 5P4SA 1HPVA 4FAEA 4GZFA 2PYMA 2AOJA 5KAOA 5P0PA 3MWSA 5P2BA 4Y57A 1WBKA 3BUGA 4DJYA 5P2DA 5P07A 5KR0A 1YT9A 4Z4XA 5P2IA 3S7LA 1OD1A 4QGIA 4ZPFA 5P7WA 4EPJA 1A94A 2PQZA 4YD6A 4Y3NA 3RSVA 2P3DA 4QLHA 3KT2A 2V13A 5OZ1A 2QHZA 5C9BA 5IVQA 5P1OA 2IL2A 2RSPA 5P0XA 3PRSA 5P1EA 3GGXA 5P7SA 5OYRA 3ZPSA 4Q1NA 1TZSA 2BPYA 2CENA 5FIVA 5P5RA 5P6QA 3HVPA 5OZSA 5P1TA 3SM2A 5P4PA 5P7CA 3R1GB 5P6RA 2HB3A 5P4JA 1W5XA 1ODXA 4GB2A 1QS8A 3KMYA 3D20A 2OHNA 5P55A 5P6HA 5P1FA 5P4VA 1HTEA 5DR7A 1GVVA 4A6CA 1M0BA 1K6VA 3L58A 4GJ5A 4Q1YA 4D89A 3SO9A 4Y43A 1KJ7A 1DPJA 2FGVA 5P6PA 1NPAA 4DQBA 1ZPAA 4Y54A 3D1YA 4CPSA 5P5QA 5HVPA 3O9LB 1D4YA 5P2RA 1IDBA 3CKTA 2QHCA 4I11A 4HZTA 1F7AA 5P64A 2OHUA 3TKWA 5I3XA 3PHVA 5P66A 1XN2A 5P4ZA 4DQEA 4N00A 5P3NA 3B7VA 3EXOA 5P8NA 3QRVA 1APWE 3DV1A 3NDWA 4RROA 3NU5A 5OZ2A 3ZPTA 3SA9A 4BELA 4HDBA 4NJTA 3KMXA 4RYCA 3CKPA 1BDQA 5P5AA 1ENTE 2IDWA 3INDA 5P24A 3GI4A 4FIVA 1LF2A 3SACA 2IRZA 2VS2A 3PB5A 1EEDP 3Q4BA 1BILA 5OZQA 2FGUA 5ISJA 2V12C 5KQXA 3VFBA 4LBTA 2CEMA 5P2LA 5P6BA 1HXBA 5P4WA 3C9XA 1APUE 4I0JA 1IIQA 3T6IA 4J0VA 3L38A 3BGCA 4R93A 5P74A 3GI5A 3VG1A 4K4RA 3RTMA 3EMYA 1EAGA 3GW5A 4HVPA 1BVEA 5P04A 2NNPA 3MXDA 5OZZA 3OQDA 4D85A 5P1RA 2ZHUA 4OD9A 1MERA 5P3EA 5APRE 3NDTA 1IZDA 5P2YA 2P4JA 3BXSA 5P39A 4R95A 3O9DA 2V16C 3ZLQA 5F00A 5P8JA 4J1KA 5DR1A 3QROA 3LZUA 5P5TA 4Y3DA 5P78A 1FGCC 4I1CA 4D88A 4Z2ZA 3Q5HA 5OZVA 4DJPA 4IVSA 3KM4A 2QU2A 3CIBA 5C9DA 1HHPA 5ENMA 1YM2A 2AOFA 5P6KA 2O4LA 3ZKIA 3LIQA 5P0SA 1C70A 3UQUA 3UTLA 4ZPEA 1DP5A 2WF2A 4XXSA 4FRKA 5KQYA 6APRE 1RV7A 1BAIA 3S45A 1ZSRA 1ZBGA 1ZPKA 3R0WA 3GI6A 5P11A 1B11A 5HE5A 2ZGAA 1NH0A 4MC1A 5P5FA 4FLGA 5KR2A 1ZLFA 2VNMA 3L5EA 4H3IA 5P7IA 2P3BA 4Y3YA 5P2WA 5P7BA 5P0GA 3PMUA 4L1AB 1LEEA 3OAGB 5P6VA 5ER2E 4OC6A 3DK1A 3PMYA 4WY1A 2WF3A 2QMPA 3EBZA 1FMXA 5P0DA 1LYBB 2OHLA 3IXKA 4PZXA 5OYWA 2VIJA 3PBZA 3CICA 4JECA 4DVFA 2AOHA 3LIZA 4Y3PA 3EL4A 2G21A 3D1ZA 5P1CA 3MSJA 3OTSA 5P0KA 1BWBA 3N4LA 4B72A 5P15A 5P8IA 3OQKA 5P38A 1KJHA 4Q1WA 4I12A 4ZSMA 1MRWA 1CZIE 4F76A 3PGIA 2JJJA 4Y50A 1HTGA 5P00A 3EL0A 2QD8A 3H0BA 3UHLA 2HPEA 5P5YA 2PMAA 2P8HA 5P7YA 3IA9A 5P46A 3OU4B 2BPZA 3U6AA 2I4VA 4QJ6A 4Y5BA 1Q9PA 2B42A 1AJXA 1Z8CA 4H1EA 3PWMA 5P73A 2HIZA 3TH9A 3ZPUA 5P28A 2FS4A 3JVWA 3S8IA 5P8CA 4EP3A 4Y35A 3WZ8A 1T6GA 3TOFA 5P4UA 1MUIA 2ZJIA 2QI4A 3EKTA 4Y3MA 1YM4A 2VJ7A 1FF0C 5P1HA 4OBHA 2PH6A 4PHVA 3OU1A 4GJ8A 5P84A 5P5BA 5IVRA 3UQRA 3PLLA 4LP9A 2QK5A 2I4WA 4I0HA 5OZPA 3ER5E 4YOAA 5OZGA 5IE1A 5P5PA 3TPRA 1K2CA 4MC6A 2ER7E 5DQCA 1E82E 1META 2I4DA 5P10A 3SLZA 3INHA 2AZCA 5P49A 3UQPA 4YDFA 4YD4A 1GNNA 3KN0A 3OHFA 3O9LA 3NDUA 4PZWA 3ZKQA 3NYGA 5P0CA 3KFSA 5OZEA 3I8WA 3OQFA 1GVXA 1FB7A 1RPIA 3I7EA 1TQFA 4R92A 3TTPA 2PK6A 3PWWA 1ZTZA 4Y56A 3OUAA 2B8LA 3O99A 5P7RA 1ZP8A 1MTRA 5OZYA 3UDJA 2VJ9A 5P3TA 5KR1A 5IS4A 4YBIA 5P7FA 3WSJA 3QRSA 5P4TA 5P41A 1BV7A 2OHSA 3QBFA 2VJ6A 3OGQA 1GKTA 4MC9A 3K5FA 3BUFA 3N3IA 4GIDA 1QBSA 5P80A 1PPLE 2QI5A 5P5MA 4FGXA 5P8HA 4Y4EA 2XYEA 5P2CA 2BKTA 5OYZA 3RU1A 3HVGA 3CYXA 4K4PA 5OZJA 1IZEA 4EJLA 1HSIA 2J9KA 2B60A 2V0ZC 3BHEA 4YD5A 1D4KA 3B80A 2IGYA 5P48A 5P5JA 2OHRA 3OOTA 3QAAA 3PEPA 2OHKA 3S56A 3TOHA 3ZKSA 4ER1E 1SIPA 5P7NA 4GYEA 5P5OA 3ZMGA 3TLHA 1FQ6A 1VIJA 3ZL7A 3EKVA 3EL9A 4Y3WA 1EPOE 2Z54A 5AH6A 4E43A 3T7XA 4QJAA 5OYVA 2G27A 2APRA 1TW7A 5P4YA 3OXCA 5P2MA 3GGVA 4Y4WA 4Y4UA 2AVMA 5OZ4A 3UCBA 1XS7D 5ER1E 5OZHA 5BWYA 5P08A 4KE0A 2ZYEA 2FDEA 5HDVA 1K1UA 2R5PA 5P1NA 2AOIA 2VIZA 3KFPA 1FFIC 3D91A 3NXNA 5P0NA 3TNEA 4Y4XA 1OEWA 5P4BA 3OWNA 1MVPA 5KOQA 1YG9A 3OTYA 3I25A 5P4HA 1MESA 5P7QA 3KFNA 4ZSRA 1FQ4A 5P0ZA 2QMFA 3QVIA 5P8QA 5JFPA 5OZUA 4LXKA 3QN8A 5COPA 1MT7A 3UPJA 3PLDA 4CPUA 1LF4A 4L1AA 3FV3A 4RGHA 3OAGA 1EPLE 3DJKA 2QNQA 2R38A 5P2EA 5P7DA 4U7VA 3ZKMA 1IDAA 4HE9A 1M43A 4J1IA 5P1XA 2AQUA 4RVIA 3LINA 3FX5A 5HCOA 1IBQA 4I10A 4WY6A 3FNUA 1QRPE 2IGXA 4GMIA 2PYNA 5P12A 3RTHA 5P57A 5SY2A 5P01A 4J1HA 4FRIA 2Z4OA 5P50A 3ST5A 5P6FA 2IENA 1SBGA 2AVVA 4CPWA 5OZ9A 5DQ5A 5P7VA 1ZSFA 8HVPA 1GVTA 3LPKA 3UDYA 2Q55A 4EWOA 4J0PA 2WL0A 4Y6MA 2XFKA 5P1WA 3NUJA 3T3CA 3OQ7A 4DJXA 3AIDA 3NLSA 3T7QA 1EC1A 5P63A 2G1RA 1G6LA 5P3ZA 1BWAA 1HWRA 4GJAA 5P25A 3WZ7A 2HB4A 5DR8A 4CPXA 4J0YA 1XE5A 2OHQA 2WECA 2ZHSA 3SKGA 4OBJA 2FXEA 1W5VA 3ZKNA 1SIVA 2R8NA 2PSVA 4Y3SA 3PVKA 2XFJA 4TRYA 4X2LA 5P03A 1GNMA 3GI0A 1YTJA 5P5VA 5P2QA 3UF3A 4K4QA 5P8SA 2ZDZA 5IVSA 5P31A 4ZE6A 3BC4A 2QNPA 4IVTA 1T7IA 3TPJA 4J5JA 2QI6A 2AZBA 4YBFA 2O4SA 4I0ZA 1FLHA 3JVYA 5P2VA 4A4QA 2G1YA 5DQ2A 3DCKA 5P83A 2HAHA 2Q63A 5P4CA 5OZLA 5UPJA 4Q5MA 2G26A 2G94A 4B1CA 5P22A 1J71A 5P75A 3KDCA 5P0YA 1C6XA 2QI7A 5P6CA 2G24A 5I3WA 2FNSA 1LZQA 1D4IA 5P6YA 3NWXA 3OADB 3DCRA 3HBOA 4OBKA 2Q15A 5OZCA 5P69A 5I70A 1HSGA 3EKPA 3FKTA 1LYWB 3O9FA 2OHTA 3OXVA 4JPEA 5F01A 5P2GA 3ZKXA 3O9HA 2AOEA 1ODYA 4Y3XA 3LHGA 3EM4A 2OAHA 4GJ7A 3O9EA 4YD3A 2JXRA 2BPVA 1SDTA 3OQAA 4KE1A 1B6LA 1SGUA 4KB9A 3URIA 5P0UA 5P68A 2QAKA 5P5NA 2VNNA 4J1EA 3TKGA 5P8BA 5P18A 4HEGA 4L7HA 5OZAA 4Y37A 5P3BA 1BDLA 2I1AA 5P85A 2WEBA 1APTE 4DV9A 4Z50A 3SQFA 2NTRA 4FS4A 3ECGA 2FDPA 3OY4A 4YCKA 5P6GA 1PFZA 2NPHA 1AAQA 5P16A 4Y47A 1C6ZA 4CKUA 2G1SA 5P54A 1OHRA 2F80A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UQW A;  2NXD A;  2G1N A;  3HD8 A;  4CPQ A;  2G20 A;  5P3V A;  5P3D A;  1XL5 A;  5P4R A;  4R8Y A;  1D4S A;  4H3J A;  2HS1 A;  4Y51 A;  3I6O A;  3UQX A;  4H3G A;  4DQH A;  1ZJ7 A;  3WB4 A;  5JFU A;  4Y4J A;  5P8U A;  5I3Y A;  1HOS A;  1T7K A;  3LPJ A;  5P0E A;  5P17 A;  5P71 A;  3FSM A;  2R9B A;  1ER8 E;  3KFR A;  4EP2 A;  4Y4T A;  3UDN A;  3K5C A;  4YHQ A;  4AA9 A;  4JPC A;  5P0O A;  1A8G A;  2QI3 A;  1HEG E;  4KUP A;  2HB2 A;  4NJU A;  2UY0 A;  9HVP A;  3DV5 A;  3OK9 A;  3OXX A;  5COK A;  1KJ4 A;  2AOC A;  5P6U A;  1W5W A;  3OU3 A;  5OZF A;  3Q3T A;  5P1L A;  3ER3 E;  5P60 A;  1TSQ A;  5P4F A;  1AID A;  3LPI A;  4FCO A;  4OBZ A;  4FSL A;  4Y5P A;  3QRM A;  5P5W A;  5BS4 A;  4Y4G A;  1EPP E;  2J9J A;  4RLD A;  2QD6 A;  2AZ9 A;  1GVW A;  3CMS A;  5P7P A;  1HPO A;  2PH8 A;  2AVQ A;  5P67 A;  3PSY A;  5P6N A;  5P7E A;  4L7G A;  5DQ4 A;  5P2Z A;  5P37 A;  1EBW A;  2QU3 A;  1QBT A;  5P5X A;  5P1I A;  5P8T A;  5P3G A;  5P32 A;  2BKS A;  3EKQ A;  4Y3H A;  1SGZ A;  2R3W A;  1DAZ C;  5P19 A;  4EXH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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