4J0YA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((4r,5s)-2-amino-5-fluoro-4-methyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
379
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 379
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0yA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0yA02
4Q1WA 3PWMA 3UQRA 3NDXA 4ACUA 1CPIA 4Q1XA 2WEDA 5E5KA 1IIQA 1SP5A 1NPAA 1HTEA 5P1RA 4QJ2A 5OZZA 2BPXA 3SA4A 2WF2A 4Y5MA 1VIJA 3LIVA 2QNPA 2Q11A 4RVJA 1ZAPA 3KT2A 5P0HA 5P6OA 4L7HA 4GB2A 5P0WA 5P42A 4DV9A 5P3PA 5P5OA 2AOHA 5IVSA 3TPRA 5P7MA 5P4GA 3SM1A 5OZQA 1FFIC 4UPJA 3GGUA 5P8HA 5B18A 3LHGA 7UPJA 5IS4A 4RYGA 4OBZA 4ZSPA 2WF4A 5P6GA 3UFNA 4RLDA 2NMZA 3NXEA 5P0RA 1EEDP 3WB4A 3S8IA 4RROA 4WY1A 3VYDA 3AUPA 2OHTA 3PBDA 3SKGA 5OZ3A 1K6PA 3S43A 2B60A 1BDQA 5P8SA 2HPEA 4XKXA 4YCKA 4I0GA 5DGWA 3QRVA 5P3HA 1AVFA 4HLAA 1A30A 4CPWA 4Y3ZA 5P6CA 1EPRE 4DJPA 3QRMA 3EM4A 5P1DA 3BUGA 5COKA 5P0TA 4BFBA 5P5JA 1NH0A 1EBKC 5AH8A 2AOIA 1HEFE 3HAWA 2PSVA 4GJBA 3SAAA 5DR0A 5P0IA 5P0YA 3GI5A 3PEPA 5P2SA 3L5FA 5P79A 4Y4AA 2I4WA 1LYWB 3EKVA 2FXEA 1HVJA 2ZJHA 3ZOVA 2WJOA 2FIVA 3OU1B 1W5WA 4DI2A 3QN8A 2PK6A 5HD0A 5P59A 3U71A 3URJA 1BVEA 5P8CA 3UQXA 1MUIA 3L5EA 4RCEA 2JJJA 3NU3A 2IRZA 2WEAA 3D3TA 4WTUA 3EL5A 2OHSA 2QD8A 1PROA 1J71A 4EPJA 1K6VA 3CYWA 3OUCA 2BPYA 3VV7A 3SA3A 5P4NA 3UF3A 4JECA 3U7SA 3Q4BA 3LIZA 3VFAA 2ZYEA 3EL9A 1FMXA 3APRE 3K1WA 3QRSA 3S2OA 2XFIA 2FDDA 1ZJ7A 4LP9A 3BGBA 1VIKA 1HXBA 3SA8A 1EC1A 3ECGA 3VSWA 3WZ6A 4I10A 1XL2A 1EBYA 3SA9A 5P0VA 3K4VA 5P6PA 3K5GA 4HDPA 4B1EA 3TPPA 4Y48A 2O40A 1Q9PA 4J1FA 4FCOA 5OZ1A 4ZLSA 5P70A 1GVWA 5P0FA 3Q6YA 1KJ7A 5P8LA 2G69A 3NU4A 4I11A 2PH6A 1HSHA 2ZE1A 2QZXA 5P09A 5P0DA 1D4SA 5OZRA 4DJRA 1IZIA 4X2LA 3OU4A 5P1SA 1D4YA 1PSOE 1NPWA 5E5JA 5P6NA 4Y3DA 1K6TA 5OZ7A 5P7UA 5P22A 1XS7D 2JYSA 1FMUA 3OQDA 3UDNA 5OYTA 4JPEA 4H3IA 5P5GA 4YD6A 3SPKA 4RRNA 1SIPA 5HVPA 5I3XA 1IVPA 5P05A 4DQGA 4K9HA 2R43A 2ZJKA 2G21A 3VUCA 2A1EA 5P7QA 3UQUA 3BVBA 1OEXA 3BRAA 1KJGA 3LIQA 5P3SA 5OZKA 1GVTA 1FGCC 5P58A 2P8HA 1B6JA 4J55A 3QROA 3VSXA 4OBHA 3LIYA 2OHLA 4Y6MA 5P7ZA 4RZ1A 5P64A 3GI6A 3GGVA 3HVGA 1QBSA 3OQFA 5P7YA 5KQZA 2AQUA 5OZAA 3EM6A 5SZ9A 2VKMA 1KZKA 4I1CA 5P80A 5P5ZA 5KR8A 2VA6A 3NDWA 3BC4A 3D1ZA 4GJ7A 4I8ZA 5P65A 5P5WA 4QJ9A 4Y4WA 1RV7A 3UCBA 2P3DA 3WZ8A 3G6ZA 2F3FA 3IVIA 2BKTA 1MPPA 4B1DA 2WL0A 3LZUA 1B6KA 6UPJA 4YDFA 5JODA 2BPZA 5P5YA 5OZTA 3KMYA 5P6LA 1TCXA 1SDVA 4KE1A 1HPSA 3ER5E 3UPJA 4R5NA 3LIXA 3OOTA 3DV5A 4R8YA 4DFGA 4GJ9A 2OF0A 1ODWA 4Y41A 4KE0A 3PRSA 1RQ9A 1CMSA 3PM4A 1EC3A 5P08A 5DR4A 5HDZA 1MTRA 5P41A 4IVTA 1HTGA 5P68A 5P1OA 5ISKA 2HAHA 1DW6C 5P4RA 3MXEA 4F74A 2Q63A 5EZXA 4Y4BA 4Y3JA 3OADB 5I70A 5P2JA 4ZPGA 3M9FA 1K6CA 3FNTA 5P12A 3SO9A 5P0LA 1AJXA 2QI7A 5P1HA 3O9EA 3GW5A 3BGCA 2QI1A 3EMYA 4Y50A 4DJWA 3O9BA 5P24A 5P6UA 1HPOA 3EL0A 1ODYA 3ZKXA 2BKSA 3L5DA 2IQGA 3JVWA 6APRE 3BHEA 4R93A 3KT5A 3S85A 3HBOA 5P6HA 5P7LA 3OGPA 3G72A 2QNNA 5P4MA 1MT9A 3KFNA 5OZOA 1RL8A 2WHHA 4I0JA 4Y3FA 3R2FA 1ZLFA 5I3YA 2BPVA 1B6MA 2AZ8A 3C9XA 3PLLA 5P3GA 5P3VA 5OYRA 1EPLE 3R0YA 4ZPFA 3NDTA 5P86A 5OZUA 3ZPTA 4MC9A 5AH9A 1BWAA 3FKTA 4HE9A 1LYBB 2AVSA 5P2MA 1D4HA 5COPA 5C9FA 4NJTA 3OAGA 4Y5PA 3PSGA 3TNEA 2WEBA 4RCFA 1UPJA 3O9FA 1K2CA 2P3BA 3KFPA 4H3GA 5P1IA 4DH6A 5P7TA 4F73A 2BBBA 4RVXA 1FQ8A 5OYUA 1BVGA 1YT9A 2ER6E 2QI5A 3PGIA 4LHHA 5P4LA 4Y3PA 2QZWA 3T7QA 1E81E 3EC0A 5OZ9A 1WBMA 5P3MA 4Y39A 2Q15A 2O4NA 5JFUA 2AOCA 2HB2A 5P57A 4DJXA 4XX4A 4Y3TA 5P7HA 4J17A 2VJ7A 4CKUA 5P2UA 4Y4XA 2NPHA 5P4DA 3JW2A 1FLHA 2QI3A 2G27A 3L58A 3RTMA 3S45A 5P4TA 5P7RA 2QD6A 2QMGA 1QBRA 5P78A 1TSQA 4U7VA 4EJDA 4OC6A 1EAGA 2R5QA 3UFLA 4BEKA 4FIVA 5P4PA 1GNOA 5OZBA 3QS1A 1HOSA 4CP7A 4TRYA 1W50A 4A6CA 5P2LA 4Y47A 4Y9WA 4YD4A 3KYRA 3D91A 5P5PA 5P67A 1WKRA 4YA8A 8HVPA 1SGZA 1HTRB 1FG8C 3PMUA 1NPVA 4HEGA 5P3NA 2I0AA 5OZWA 2AVVA 4CPQA 5P1LA 5P1UA 3UQPA 1ME6A 1LYAB 4PHVA 3UDMA 5KR0A 9HVPA 2V0ZC 3T6IA 5P4AA 4DJQA 2JE4A 3NU5A 4ACXA 3AIDA 2P83A 4Y36A 3O9IA 1Z1HA 3MSLA 2V16C 3L5BA 2VNNA 2Q5KA 2ZJJA 3UDJA 5P53A 5P4ZA 3IAWA 1AAQA 1MT7A 4DQCA 2IS0A 5P8UA 5OZYA 3JVYA 4MC2A 3TOFA 5P5QA 4J5JA 4Q1NA 1KJFA 4EWOA 1G2KA 1IZHA 1W5XA 1BV9A 4DPFA 3KFRA 1GVXA 4Y56A 5OZCA 5J25A 4DQFA 4YD3A 2ZJMA 3WZ7A 2HM1A 3LITA 5P8MA 2AODA 2FDPA 5P6TA 3EXOA 3IGBA 1G0VA 5P8JA 3WSJA 4FRSA 1PPME 1APUE 1MSNA 1K1UA 4I12A 3QPJA 4OBZB 5P84A 1M4HA 1EC0A 2G24A 3INHA 2QHZA 4FM6A 2J9KA 2XYEA 5P3DA 5JFPA 4PZXA 4F75A 4NJSA 3OK9A 4Y4TA 3S43B 5P43A 3PI0A 2AVOA 5P56A 2F8GA 2J9JA 5OYYA 1KJHA 5P6XA 2OHQA 2P4JA 3SLZA 3KDBA 5P1XA 4Y43A 3LPIA 2WF3A 5P7OA 5KQFA 3DOXA 5P0MA 1D4LA 4Z22A 7HVPA 3EKYA 5P30A 1QBTA 2HC0A 3ZKMA 4J1HA 3IN4A 5P4XA 2Z4OA 5P5TA 3OXXA 3CKRA 5P37A 2CEJA 5P6JA 2FGUA 4NJVA 4Y44A 3R1GB 5ISJA 2P3CA 2V11C 5OZLA 5P2WA 4QJ6A 3INDA 4I0EA 4BFDA 4H3FA 1B11A 4L6BA 3L3AA 4AMTA 4ZSMA 3O9AA 1T6GA 3SFCA 5P4HA 4FRIA 1HHPA 3NXNA 3UHLA 3QVIA 3APPA 3OUDA 3NWXA 3SA6A 5P1ZA 5P38A 1HIHA 2UY0A 5P5AA 1T7KA 3SACA 1SMRA 1GVUA 2QI4A 3RSVA 3Q70A 5DQ5A 3OHHA 1UH8A 1ZSFA 1DPJA 4B78A 5P8FA 5KR1A 5AHCA 5P7KA 4LL3A 5P4OA 1FMBA 5APRE 3CYXA 4EJ8A 4YHQA 4LXKA 5BRYA 1C6XA 5OZXA 4JOOA 4Z2ZA 5P8AA 5DR3A 3EM3A 3QBHA 2QCIA 3T7PA 4TRWA 5P83A 2QZKA 4ZSRA 4HDBA 1RNEA 5AHAA 4I0IA 3VLBA 3ZKIA 2NTRA 4CPXA 5DR8A 5PEPA 5P0KA 4WY6A 5P3CA 5P4EA 2PH8A 5OZSA 2FS4A 5P1VA 3VEUA 3BXSA 2HS1A 3BUFA 2QI6A 2QMDA 1WBKA 4YBFA 4Y3HA 3NYGA 2I4QA 3OU3A 5P0QA 4I8WA 2WECA 5P1PA 3S53A 1C6YA 3OU4B 5P2EA 2I4DA 5P4FA 3LZVA 3CKPA 3IVHA 4Y3YA 4ZE6A 5P2CA 3VFBA 3KFSA 3RVIA 5P4WA 1MIQA 4HZTA 1LZQA 5P5CA 1APVE 5P82A 1MVPA 5P16A 3GI0A 3O9GA 2FGVA 4EQJA 5P6VA 1TCWA 3PSYA 2BPWA 5P0XA 2AOGA 3UTLA 4DUSA 3K5DA 5P8GA 3GI4A 2PQZA 5P89A 4A6BA 4U8WA 5P0JA 5P7EA 5P17A 3L38A 2F81A 1W5YA 5DQ1A 3NLSA 5P18A 4PYVA 2JXRA 1FIVA 2R38A 4FSEA 5ENKA 5HU0A 5P33A 3H0BA 5P7AA 1IZEA 5HDVA 3OXWA 4FSLA 5P5EA 2OAHA 1ZSRA 3T3CA 3BUHA 1IVQA 5P8IA 2NMYA 5P8RA 4DJVA 5P63A 1EBWA 2CEMA 4RCDA 5P3WA 3VCMA 4YOAA 5P2BA 1UH7A 5P7JA 4D88A 2P3AA 1BIMA 4YOBA 2BQVA 3S56A 4J0YA 1QRPE 2NXMA 2PWRA 3DK1A 1FB7A 3INEA 4LAPA 1W6HA 1HTFA 2G94A 5P6ZA 4KUPA 2ZDZA 1HSIA 4JPCA 1FKNA 5EZZA 3CICA 1D4IA 4L1AA 5DQCA 3RTNA 1HSGA 2PYNA 3I8WA 3LNKA 1F34A 3UDHA 4GIDA 5P02A 2FNTA 4B72A 1T6EX 3O9LA 4LXAA 2AOFA 1HIVA 5P49A 2QU2A 5ER2E 4BELA 2QI0A 2VIJA 5IVTA 3QBFA 5P5RA 2ZHTA 3PHVA 1SMEA 3I2LA 3NU9A 4PPHA 4XX3A 4YDGA 5P1CA 1AIDA 1EBZA 4FE6A 2SAMA 3ZL7A 5P2VA 2O4LA 3T7XA 5P62A 3IXOA 1HVHA 1YM4A 1KJ4A 5P26A 5P2YA 3RTHA 1FFFC 4Y4JA 1Z1RA 1BWBA 5P48A 5COOA 4COEA 3HW1A 3O9CA 4Y54A 4I0ZA 5P44A 4FAFA 1W5VA 5IVRA 4YD7A 4J54A 4GYEA 3TPJA 2ZJIA 4OBDA 2ZHRA 4QJAA 5P25A 3TLHA 2EWYA 4Y58A 4DQHA 2V12C 5P3YA 1E80E 4ZIPA 3VG1A 5P71A 1D4JA 3F9QA 1TW7A 5P35A 4F76A 4J0ZA 1FG6C 5I3VA 1C6ZA 1TSUA 4FGXA 5OZIA 1K1TA 2PMAA 3TPLA 5T4SA 1F7AA 1OD1A 5P03A 4OD9A 2G20A 1HVIA 5P28A 4K4PA 3MXDA 5OYXA 4APRE 5P1BA 2VNMA 1UH9A 3OXCA 5DR1A 1A8KA 1G35A 2QMFA 4OBGA 5HTZA 1QS8A 5P0PA 2AIDA 2ZHSA 5P7CA 5P8EA 4MC1A 2RMPA 4J0PA 3OADA 5OYWA 1PSAA 4GZFA 5P3ZA 5P73A 1IZDA 3GGXA 3SQFA 1AXAA 4B70A 5P2RA 2G22A 3QAAA 4TVHA 5P6BA 5P88A 4B05A 5P19A 3OAGB 3NR6A 5OZ6A 4Z4XA 1ZBGA 2QAKA 5P8PA 3FNSA 1B5FA 1CZIE 1FQXA 2B8LA 2P3BB 4FL8A 4CPUA 2IENA 3VLAA 5P5VA 3NUOA 4MC6A 5P01A 3PCWA 5P1AA 2IGYA 1A94A 4GJCA 3TH9A 4Y4EA 5P1NA 3UQWA 5P8DA 5P6WA 4NKKA 3OGQA 5JG1A 4OBFA 5F00A 1PPKE 2QNQA 4TVGA 2F3EA 4LXMA 3QP0A 2NXDA 5P1EA 3OHFA 5P6QA 1MERA 4L7GA 5CLMA 4QJ8A 4NPUA 4CPTA 3SM2A 2AVMA 5P2NA 1MRWA 5DGUA 5OYQA 4OBJA 3PWWA 3FV3A 5P0AA 2XYFA 1JLDA 3EKTA 5P3UA 4Y4UA 4OC6B 3LPKA 4J1IA 4B0QA 4TRZA 1XDHA 3IXKA 3KM4A 3O9HA 4NPTA 4Y5NA 4Y3MA 4I0HA 5P3AA 2VIEA 3K5FA 3K5CA 4J1EA 2VA5A 3FIVA 4IVSA 1QBUA 5HE7A 1ZTZA 3FNUA 5P55A 3HDKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q1W A;  3PWM A;  3UQR A;  3NDX A;  4ACU A;  1CPI A;  4Q1X A;  2WED A;  5E5K A;  1IIQ A;  1SP5 A;  1NPA A;  1HTE A;  5P1R A;  4QJ2 A;  5OZZ A;  2BPX A;  3SA4 A;  2WF2 A;  4Y5M A;  1VIJ A;  3LIV A;  2QNP A;  2Q11 A;  4RVJ A;  1ZAP A;  3KT2 A;  5P0H A;  5P6O A;  4L7H A;  4GB2 A;  5P0W A;  5P42 A;  4DV9 A;  5P3P A;  5P5O A;  2AOH A;  5IVS A;  3TPR A;  5P7M A;  5P4G A;  3SM1 A;  5OZQ A;  1FFI C;  4UPJ A;  3GGU A;  5P8H A;  5B18 A;  3LHG A;  7UPJ A;  5IS4 A;  4RYG A;  4OBZ A;  4ZSP A;  2WF4 A;  5P6G A;  3UFN A;  4RLD A;  2NMZ A;  3NXE A;  5P0R A;  1EED P;  3WB4 A;  3S8I A;  4RRO A;  4WY1 A;  3VYD A;  3AUP A;  2OHT A;  3PBD A;  3SKG A;  5OZ3 A;  1K6P A;  3S43 A;  2B60 A;  1BDQ A;  5P8S A;  2HPE A;  4XKX A;  4YCK A;  4I0G A;  5DGW A;  3QRV A;  5P3H A;  1AVF A;  4HLA A;  1A30 A;  4CPW A;  4Y3Z A;  5P6C A;  1EPR E;  4DJP A;  3QRM A;  3EM4 A;  5P1D A;  3BUG A;  5COK A;  5P0T A;  4BFB A;  5P5J A;  1NH0 A;  1EBK C;  5AH8 A;  2AOI A;  1HEF E;  3HAW A;  2PSV A;  4GJB A;  3SAA A;  5DR0 A;  5P0I A;  5P0Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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