4J1BA

X-ray structure of the adduct between hen egg white lysozyme and aziru (black crystal)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Interaction of Anticancer Ruthenium Compounds with Proteins: High-Resolution X-ray Structures and Raman Microscopy Studies of the Adduct between Hen Egg White Lysozyme and AziRu.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4j1bA00
132LA 1F10A 1W6ZA 3ATOA 1CNSA 3FI7A 3WUAA 1JKAA 1GFUA 1FLQA 1NHEA 3AGGG 1SLYA 5LYMA 5HMVA 1PZYA 2F2NA 3A34A 1C10A 1GFAA 1UIEA 5LAGA 1GB9A 1KIPC 3ZVQA 4ET8A 1GBZA 1IWVA 3TXDA 1CJ9A 1GF7A 1DQJC 4QY9A 1B5YA 1BWHA 3E3DA 2YBJA 4XJBA 4N1EI 4HTKA 1HEMA 1FKQA 1XGQC 4KXIA 3QNGA 1QDTA 4WM3A 4NGIA 1LMAA 2DQJY 1BWIA 2CWIA 4H9BA 4MSTA 1UIHA 1JHLA 1GDWA 2YBNA 3HBDA 4J1AA 4KT3A 4WL6A 2HEEA 4D9ZA 3G3AB 4GCEA 4J7VA 5KXOA 4GLVA 2BQFA 3P64A 2DQFC 4HJVA 4H9IA 3RZ4A 2D4KA 4OWEA 3W6BA 1BB7A 5E9RA 3EO5A 3AJNA 4DD2A 4ETBA 1WQPA 1OUAA 4HV2A 1P2CC 4LYZA 4FDYA 4HPEA 1JTOL 2LYZA 1HFYA 2D6BA 4ZEEA 4A7DA 5DLAA 1LSCA 3WUMA 5KY1A 194LA 1FN5A 4RW1A 4N1CC 2Z37A 1ZVHL 3A6CY 1UBZA 3WU7A 1ZVYB 4QEQA 1HEQA 4DC4A 1GFGA 1LYOA 4DDAA 4I8SA 2HTXA 2G4NA 2I25L 4N8ZA 4XJIA 2DKVA 2D4IA 1GB6A 1N4FA 4WO6A 1YKZX 1IORA 1GBYA 4ETAA 3AGIA 1V7TA 4NGVA 1GB3A 1GD6A 1UIBA 3QE8A 4OOTA 1FLYA 1VDSA 2F4GA 1GFKA 4H8YA 1WQOA 3N9EA 1EQEA 4PHIA 4W96A 5LIOA 4TUNA 4C3WA 5II3A 1BB4A 1LSFA 4KL7A 4PGJB 4RLNA 5L9JA 1NMMA 5I5QA 3WH1A 1IOSA 5ILCA 4NHIA 1ALCA 4DD1A 1TDYA 1LSPA 1LHIA 2YBHA 3WU8A 3WMKA 1AT6A 1LCNA 1UIFA 5L3HA 1V7SA 1JJ1A 4H1PA 3A93A 1CJ8A 1HMKA 2BLYA 4XADA 2HU3A 4NFVA 2C8OA 2Z38A 3IWRA 5DN4A 1GF0A 1GE4A 1JTPL 1UIAA 4LYBA 1BVXA 1LSMA 153LA 1GBWA 4PRQA 3D9AC 1REMA 2D91A 4H9HA 1WQQA 5L3IA 4WL7A 4NSJA 1LYSA 1RFPA 4XJHA 4CFPA 2BLXA 1LJJA 3B6LA 3TXFA 3WXTA 2EIZC 1HF4A 4DD7A 5KJ9A 1LYZA 3A92A 1IWZA 5A3EA 1LSAA 2BQMA 4XJFA 1XGTC 3HBEX 1IP1A 1GE2A 3WPKA 4R0FA 4H8XA 4DDCA 133LA 1LSGA 4NSGA 5C6IA 1LOZA 4G4CA 3TMXA 1DZBX 1REXA 3TMWA 1GDXA 4LYCA 3CQLA 4G49A 5B07A 3B72A 1RCMA 3A3QA 1TEWA 1UIDA 2XTHA 1BB6A 4IATA 3OK0A 2MEHA 1IP3A 1LHJA 4WLTA 5I53A 1JSFA 1HFXA 4AGAA 1YAQA 4LT1A 2ZNXY 4LYMA 4NWEA 4HPIA 1I1ZA 1C7PA 2Q0MX 1IOTA 1TBYA 2MECA 1B7RA 1LZEA 2MEEA 5EBHA 4LT3A 3WXUA 1GFVA 3AW7A 1LHKA 2XBSA 4PPOA 3W6DA 2F4AA 4R6CA 1LYYA 4QDNA 4WG7A 4B4EA 3TXJA 1BHZA 1B7MA 3CT0A 1GB8A 1D0MA 3SP3A 5HQ1A 2BAAA 2DQEY 1LMTA 3G3BB 3WULA 1H87A 1KIQC 2MEIA 4TSBA 1RI8B 1NBYC 1LJEA 1LJHA 1XFPL 4GCFA 4X3BA 1B5VA 4LYTA 1G7LC 5KXSA 4YEOA 1JIYA 1JJ0A 1GHLA 1OUDA 4CJ2A 5KXRA 1HHLA 1G7MC 5F9UA 4CFOA 2ZIKA 5LINA 1D9UA 1LZ6A 1B2KA 1BWJA 1LMQA 1LZGA 2X0AA 1GPQC 4HTNA 4XYYA 5FELA 4M6DA 3ZVQB 1J1XY 1LJNA 3W6AA 5C6JA 1DI3A 1IO5A 3F6ZA 4XJDA 1LMNA 5LVHA 2A7FA 3IJUA 3WL2A 2W1MA 5T3FA 3A3RX 1JUGA 1GWDA 4NWHA 2LZTA 3AZ7A 1LHLA 1GB5A 4OWBA 1IWUA 2VB1A 2CDSA 4NGLA 1JKDA 2F30A 4ETEA 1B5WA 1GAYA 3WYHA 1LZTA 1B7PA 5KXLA 4GCCA 2DQGY 2LZ2A 1IOQA 1GE3A 1LZBA 1HSWA 2LHMA 1IIZA 4UWNA 1GF4A 2HECA 1AM7A 2PC2A 2ZILA 1FLWA 1GB0A 4DT3A 2H9KA 5HNCA 1VATA 2A7DA 4WOAA 1REYA 1DI4A 2DQCY 3TXHA 4BAFA 5FEKA 1UICA 1VDPA 2ZWBA 3WPJA 4DD0A 1LMCA 1UUZC 3ZEKA 5DN5A 4HSFA 1YAOA 1IEEA 4WLXA 1IR9A 1TAYA 1LJ3A 2H5ZA 2ZIJA 4J1BA 3W6EA 3CSQA 1OUHA 4DYGA 1YL1X 4EMNA 5KXNA 9LYZA 1IP5A 1MLCE 2Z18A 4HJZA 1QIOA 5APDA 1LKRA 1NDGC 1QSWA 1QTKA 3MGWA 5D5FA 5AMYA 2DQHY 5HNLA 1UC0A 4P2EA 4AXTA 4NHTA 3TXKA 2FYCA 5LYTA 2ZYCA 2Z39A 1LZCA 2MEAA 1IP6A 2AUBA 3TXIA 3CSZA 4WM1A 1NDMC 1OUFA 4B1AA 5IELA 4PRUA 1GF5A 1FKVA 4NIJA 5B06A 1IP4A 1KXWA 5KXMA 3EMSA 5APEA 2GV0A 4CHXA 1T3PA 4LYOA 1RE2A 1HEWA 4LT2A 5HMJA 3D3DA 1LKSA 1GE0A 2YDGA 3AW6A 2HU1A 1GF9A 2XJWA 1HC0A 1EQ4A 3GXKA 4XN6A 1HNLA 1OUCA 3IJVA 1HELA 4H9CA 3A90A 207LA 5IHGA 1GBOA 1XSFA 3EBAB 135LA 1IY4A 4OW1A 6LYTA 1LTMA 5JENB 3A91A 1JITA 4LT0A 1I56A 1GF3A 3A94A 1LPIA 1LSBA 1A2YC 1SQ2L 2FYDA 1LZAA 4LZTA 2I6ZA 4CGEA 3WW5A 1OP9B 5D5CA 4N5RA 5APCA 4GCDA 1LZRA 1QQYA 4H9FA 3A6BY 1LHMA 4NY5A 1OUJA 1BQLY 3FE0A 2BQEA 4GN4A 1C46A 3HBHA 4RW2A 4BS7A 2DQIY 5E4PA 5LA8A 4H91A 5FDJA 1UCOA 1CKFA 4GN5C 4NEBA 1IOCA 4WMGA 1IWTA 1IWYA 1Z55A 2BQBA 3AZ4A 4NG8A 3LYZA 1GF8A 2WARA 5J7CA 3RW8A 4DD9A 3WU9A 1UIGA 4DDBA 1J1OY 2MEDA 1GEZA 5F14A 3W6FA 1EL1A 1GF6A 1IC4Y 2EQLA 4XENA 5KXZA 1E8LA 1GB7A 5M1YA 4DWXA 1LJKA 4B4IA 8LYZA 1DPWA 2H9JA 1JKBA 4B0DA 1MELL 2YSSC 3J6KA 1HEOA 5LVGA 1KIRC 5KKIA 3TMUA 3WVYA 2C8PA 5APFA 3LYMA 4PJ2C 1O23A 1CJ6A 5KXKA 1LJ4A 1CKCA 2MEGA 2Z2FA 2HEDA 1REZA 2FBBA 5B59A 4HJYA 1YKYX 2RSCA 1CJ7A 1C08C 3LYOA 4H9EA 1G7IC 2W1XA 4ZIXA 4WLDA 1LZSA 1F6SA 3TXGA 1IWWA 2HEAA 1QUTA 2LYOA 2YBLA 1AZFA 1LZ4A 2G4PA 2YBMA 3N9AA 4Z98A 5FSTA 1LMPA 1QUSA 1NF5A 4GCBA 1HSXA 1HEPA 2B5ZA 3AB6A 4WM2A 5DL9A 1OUEA 3N9CA 3W6CA 4XJGA 1B5XA 3B0IA 1UA6Y 1CKGA 1HENA 1LSZA 3AYQA 3AZ6A 1LZ8A 3P4ZA 1GXV2 4M4OA 1G7HC 2EKSC 1WTMA 1W08A 4II8A 1T6VL 4OOOA 3B0OA 4WLYA 2BQCA 4WM6A 1LSNA 4MCKA 3M3UA 4YOPA 3ULRA 3T36A 1XEIA 1G7JC 2CJLA 4ETCA 3P68A 2IHLA 1OQMA 4UWVA 1YAMA 1LJGA 1JEFA 4Z41A 4G9SA 2BQDA 1ZV5L 3K3TA 4ETDA 3P66A 2HEBA 4B49A 4OWCA 208LA 1VAUA 1TCYA 1JJ3A 3LYTA 1IY3A 1YILA 3EXDA 4U3XB 193LA 5DM9A 5LVIA 2N5ZA 2BQJA 2BQOA 1NBZC 1KXXA 5LA5A 3A67Y 1GFTA 1J1PY 1LZ5A 2ZYPA 1OUIA 2MEBA 1LSDA 3HFMY 5B05A 1GB2A 2BQNA 3A8ZA 2W1YA 1YROA 1IR8A 2BQLA 2XBRA 3TXEA 4ANRA 1GFEA 1GBSA 1GE1A 4KPMA 4H9AA 5F81A 1GAZA 2BQAA 1XEKA 1YL0X 1YQVY 1DKKA 1FLUA 1GXXA 1YAPA 5K7OA 1PS5A 1BGIA 4WM4A 1A4VA 1B7SA 3CSRA 2ZQ4A 4GLAA 4Z46A 5I4WA 5LVJA 1IR7A 1QDRA 5KKJA 1F6RA 1CKDA 1KXYA 4TSCA 1D6QA 1DI5A 4NHQA 4NSIA 4WO9A 1LSYA 3LZ2A 1IC7Y 1C45A 1LZ9A 4L41A 4NGZA 1WTNA 4B4JA 1I20A 2HEFA 2HUBA 1B7NA 3A95A 2Z2EA 1JISA 2D4JA 1H6MA 2BQKA 1XGRC 1B5ZA 3LZTA 3RNXA 5A3ZA 3CT1A 4MR1A 2DBTA 154LA 4NGYA 5HLLA 3BKHA 3T6UA 4ML7A 4G4BA 3WPLA 1LMOA 2Z19A 4LFXA 1WQNA 1DKJA 1IX0A 6LYZA 2Z12A 1QTEA 5F16A 5KXYA 4I0CA 1GEVA 1IP2A 1VEDA 7LYZA 1XEJA 1WVVA 2MEFA 4NHPA 1XGUC 4NGWA 4Z3MA 4OWHA 2Y8PA 5LAFA 3WW6A 4HV1A 3WVXA 1GFHA 4NGOA 2BQGA 2YVBA 3CB7A 5LYZA 4IASA 4NGJA 1LZDA 1FBIX 2ZNWY 1VDQA 5B1FA 3P65A 1NKHA 1D6PA 1IC5Y 1QSAA 3J4GA 4H8ZA 5FHWA 4WM5A 3GXRA 1JPOA 1B7QA 1NQIA 5KXXA 4TTDA 4QGZA 1F0WA 3B0KA 4YENA 5I4XA 1FDLY 3M18B 4NSHA 1JSEA 3LN2A 4ET9A 1B5UA 4YEMA 1BVKC 1HERA 1EQ5A 2BQIA 1CKHA 1DXJA 5LVKA 1AT5A 4E3UA 3RT5X 4LFPA 4BADA 3AZ5A 2CGIA 4EOFA 3OJPA 5I4YA 4NGKA 1IVMA 1C43A 4RDSA 1JKCA 4H92A 1BB5A 1LZYA 3VWOA 1AKIA 3RU5A 4O34A 2LYMA 1XGPC 1LHHA 4H93A 4DD3A 1OUGA 3A96A 3QY4A 1WQMA 3BKVA 4GN3A 4HP0A 1VDTA 4N0JA 5LXWA 1LJFA 1LZ1A 2YBIA 4H90A 1LJIA 5C6LA 1UACY 2FBDA 1HFZA 1VFBC 4OWAA 4H94A 3TMVA 4G4HA 2BQHA 1B0DA 1JTTL 4N9RA 4W94A 2IFFY 1B7LA 4J0LA 4HTQA 4UWUA 4ZFPA 1D0LA 1OUBA 2EPEA 1B9OA 4TX7A 4IJ4A 1JWRA 2W1LA 5KXPA 1YIKA 3TXBA 4BAPA 2NWDX 3WUNA 1DPXA 2ZQ3A 2G4QA 4FJRA 4C5FA 1YKXX 1RJCB 5I54A 2BPUA 1D0KA 1ZMYL 2DQDY 4RLMA 4LGKA 1B7OA 1IWXA 1YANA 2I26L 3AGHA 3KAMA 1GFJA 1WQRA 5F9XA 3W3EA 4NG1A 5IDDA 1LZNA 3CT5A 4NHSA 1INUA 1WVUA 1NWGA 134LA 4YF2A 5KXWA 1GBXA 2DQAA 4TWSA 4WG1A 1BB3A 5KXTA 3ATNA 1LAAA 5B1GA 1GFRA 1LSEA 1HMLA 4YM8A 5FCPA 1IP7A 3LHMA 5ILFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
132LA 3OE6A 1W6ZA 3ATOA 1FLQA 2F2NA 1C10A 5LAGA 1GB9A 1KIPC 4ET8A 1GBZA 1IWVA 3TXDA 1DQJC 1L48A 3E3DA 2Z6BA 4HTKA 3QNGA 1LMAA 4H9BA 1L82A 4MSTA 1UIHA 1GDWA 2HEEA 4D9ZA 5KXOA 1CU3A 235LA 4I7OA 1WQPA 4FDYA 131LA 1ZYTA 2LYZA 4A7DA 5DLAA 3WUMA 194LA 192LA 2Z37A 110LA 1CUPA 1HEQA 4I8SA 123LA 2G4NA 4W54A 4ETAA 1CV5A 1FLYA 1G07A 2F4GA 4H8YA 3N9EA 1EQEA 5LIOA 140LA 3FA0A 5II3A 2OU9A 4GBRB 4EKQA 3HU9A 1IOSA 2RBSA 4ARJA 1UIFA 1LCNA 161LA 5L3HA 1JJ1A 2RB0X 4ARLA 1L39A 1LW9A 1P46A 1GF0A 1LSMA 3D9AC 4WL7A 1LYSA 5KJ9A 166LA 2HUKA 5A3EA 1LSAA 4XJFA 1GE2A 4EPFA 3TMXA 1T8GA 1DZBX 1C60A 1REXA 3TMWA 4G49A 5B07A 1QTHA 4WLTA 206LA 172LA 1HFXA 4AGAA 2Q0MX 1IOTA 1B7RA 1LZEA 3WXUA 3AW7A 1L94A 1LHKA 3W6DA 1P2RA 1LMTA 3G3BB 1H87A 2MEIA 1CV1A 1LI2A 4X3BA 1B5VA 5KXRA 1G7MC 180LA 4S0WA 3ZVQB 1LJNA 1DI3A 3HDEA 1IO5A 1LMNA 3IJUA 1JUGA 1GWDA 1LHLA 4OWBA 1IWUA 1B5WA 1C65A 1LZTA 1B7PA 1GE3A 2LHMA 1IIZA 1AM7A 2PC2A 2H9KA 1VATA 1REYA 1DI4A 1L29A 3VW7A 2ZWBA 3NYAA 1DYCA 3WPJA 1XEPA 5DN5A 4HSFA 4W58A 1TAYA 3CDOA 1L50A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 132L A;  1F10 A;  1W6Z A;  3ATO A;  1CNS A;  3FI7 A;  3WUA A;  1JKA A;  1GFU A;  1FLQ A;  1NHE A;  3AGG G;  1SLY A;  5LYM A;  5HMV A;  1PZY A;  2F2N A;  3A34 A;  1C10 A;  1GFA A;  1UIE A;  5LAG A;  1GB9 A;  1KIP C;  3ZVQ A;  4ET8 A;  1GBZ A;  1IWV A;  3TXD A;  1CJ9 A;  1GF7 A;  1DQJ C;  4QY9 A;  1B5Y A;  1BWH A;  3E3D A;  2YBJ A;  4XJB A;  4N1E I;  4HTK A;  1HEM A;  1FKQ A;  1XGQ C;  4KXI A;  3QNG A;  1QDT A;  4WM3 A;  4NGI A;  1LMA A;  2DQJ Y;  1BWI A;  2CWI A;  4H9B A;  4MST A;  1UIH A;  1JHL A;  1GDW A;  2YBN A;  3HBD A;  4J1A A;  4KT3 A;  4WL6 A;  2HEE A;  4D9Z A;  3G3A B;  4GCE A;  4J7V A;  5KXO A;  4GLV A;  2BQF A;  3P64 A;  2DQF C;  4HJV A;  4H9I A;  3RZ4 A;  2D4K A;  4OWE A;  3W6B A;  1BB7 A;  5E9R A;  3EO5 A;  3AJN A;  4DD2 A;  4ETB A;  1WQP A;  1OUA A;  4HV2 A;  1P2C C;  4LYZ A;  4FDY A;  4HPE A;  1JTO L;  2LYZ A;  1HFY A;  2D6B A;  4ZEE A;  4A7D A;  5DLA A;  1LSC A;  3WUM A;  5KY1 A;  194L A;  1FN5 A;  4RW1 A;  4N1C C;  2Z37 A;  1ZVH L;  3A6C Y;  1UBZ A;  3WU7 A;  1ZVY B;  4QEQ A; 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 4QGZ A;  1F0W A;  3B0K A;  4YEN A;  5I4X A;  1FDL Y;  3M18 B;  4NSH A;  1JSE A;  3LN2 A;  4ET9 A;  1B5U A;  4YEM A;  1BVK C;  1HER A;  1EQ5 A;  2BQI A;  1CKH A;  1DXJ A;  5LVK A;  1AT5 A;  4E3U A;  3RT5 X;  4LFP A;  4BAD A;  3AZ5 A;  2CGI A;  4EOF A;  3OJP A;  5I4Y A;  4NGK A;  1IVM A;  1C43 A;  4RDS A;  1JKC A;  4H92 A;  1BB5 A;  1LZY A;  3VWO A;  1AKI A;  3RU5 A;  4O34 A;  2LYM A;  1XGP C;  1LHH A;  4H93 A;  4DD3 A;  1OUG A;  3A96 A;  3QY4 A;  1WQM A;  3BKV A;  4GN3 A;  4HP0 A;  1VDT A;  4N0J A;  5LXW A;  1LJF A;  1LZ1 A;  2YBI A;  4H90 A;  1LJI A;  5C6L A;  1UAC Y;  2FBD A;  1HFZ A;  1VFB C;  4OWA A;  4H94 A;  3TMV A;  4G4H A;  2BQH A;  1B0D A;  1JTT L;  4N9R A;  4W94 A;  2IFF Y;  1B7L A;  4J0L A;  4HTQ A;  4UWU A;  4ZFP A;  1D0L A;  1OUB A;  2EPE A;  1B9O A;  4TX7 A;  4IJ4 A;  1JWR A;  2W1L A;  5KXP A;  1YIK A;  3TXB A;  4BAP A;  2NWD X;  3WUN A;  1DPX A;  2ZQ3 A;  2G4Q A;  4FJR A;  4C5F A;  1YKX X;  1RJC B;  5I54 A;  2BPU A;  1D0K A;  1ZMY L;  2DQD Y;  4RLM A;  4LGK A;  1B7O A;  1IWX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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