4J1CA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((s)-2-amino-5,5-difluoro-4-fluoromethyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
390
structure length
371
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 371
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1cA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1cA02
4FRKA 5P36A 2ZYEA 5OZVA 2HIZA 1GVXA 3PWMA 5IE1A 1G35A 2XYFA 3O9DA 1FB7A 3OU1A 4NJVA 3NDUA 2P3AA 1MT8A 3D3TA 1HVCA 2G21A 3WB5A 3OADB 3PB5A 3PSUA 4LXMA 8HVPA 5P4QA 3OU4A 3LIVA 2BPYA 1UH8A 5P6TA 1GKTA 1ZSRA 3H5BA 4I0JA 3IAWA 3ZKQA 4ER1E 4Y45A 3IXOA 1EPRE 3D20A 5HU0A 4RVIA 3NDXA 3OY4A 5DQ5A 4X7IA 2O40A 4Y5GA 5P32A 4OBKA 4Y3JA 2IENA 2FMBA 2Z4OA 3L5CA 4DQHA 1HIIA 3DV5A 1FQ5A 4EP2A 1GVVA 5P7BA 1DW6C 2AIDA 1TW7A 1SMEA 5P7GA 4Z4XA 3OQKA 5OYZA 3OADA 1TQFA 3UPJA 1FG8C 2IKUA 5P0FA 4Y3PA 2R5QA 5P79A 4RCEA 5P3DA 3NUJA 1W5XA 4B70A 1XE5A 5P7LA 1B6KA 1YX9A 3WSJA 4D88A 3CICA 4DJXA 1LZQA 5ISKA 5P0VA 1FGCC 3FV3A 3LIQA 2J9KA 4XX3A 1EC1A 3O9IA 4U7VA 4Y4TA 2ER0E 5FIVA 1IZIA 1ER8E 1TCWA 4RVXA 5P5WA 4DQBA 5J25A 5P45A 4AMTA 1PPLE 4PHVA 3HVPA 1HTFA 5AH6A 2QI6A 1QDMA 3RTMA 2AQUA 2WF1A 2QI4A 2G20A 4QLHA 1HTRB 4Y43A 4I0FA 3NWQA 3AIDA 1HRNA 4APEA 3VV8A 1BDLA 2PYNA 4A6BA 2FNSA 5P1IA 4FRIA 5HDXA 1AM5A 3FX5A 5P7UA 3T7QA 3IA9A 2QNQA 1FKNA 5P0RA 3SA5A 3L59A 4JP9A 3LZUA 5E5KA 4Y56A 1E80E 5OZ2A 3BGBA 3EL1A 4NPTA 1ODYA 5HE7A 2IKOA 3LPJA 3QBFA 5P6RA 5P1NA 3FNUA 3ZMGA 1LS5A 4JOOA 5KQZA 3U71A 4Y4AA 3KMYA 1FQXA 3JVWA 2NXLA 5P57A 1HBVA 3KFPA 1CMSA 5P7PA 2XYEA 1FMXA 3QRSA 5P6GA 4EXHA 4EP3A 4B1DA 2WHHA 2P3BA 1HPSA 5P5XA 1YTHA 5P4IA 4Y5NA 5KR2A 2BKTA 5P4SA 4ER4E 2QMGA 4NJSA 4QJ7A 4HVPA 5P4WA 1KZKA 4NPUA 4I12A 4AA8A 4IVTA 1M43A 3SLZA 2HM1A 1A94A 3EM4A 1M0BA 1A8GA 5P8TA 4GJ5A 5P8QA 4AUCA 5P15A 5P8JA 2IQGA 5P80A 2AOHA 5P1FA 3INHA 3MSKA 3TPPA 1VIKA 3WZ7A 2PK5A 3NR6A 4Q1NA 5OZUA 2AOIA 3S54A 5HU1A 4ZEAA 1PSOE 3QPJA 4YE3A 3MXDA 5P89A 2HS1A 1UH9A 2VNNA 3TH9A 4A6CA 5BS4A 5P1LA 2I4XA 6FIVA 3ZOVA 1EC0A 1Z1HA 3UDKA 2J9JB 4LP9A 4I1CA 5P8CA 1C6ZA 2QZLA 4DPFA 1GNOA 1UPJA 3O9LB 2NXDA 3PCZA 1K6TA 1B6LA 1QBUA 3BVAA 2ZDZA 4F76A 4Y50A 5OZLA 1T7KA 5P47A 2ZHUA 4DJYA 4R93A 4LC7A 2FDPA 2V12C 1ZPKA 5OYXA 4YHQA 2UPJA 2QI1A 3ZKNA 5P6AA 3SA4A 5P1EA 3DCRA 3LIXA 3EKTA 3ZPUA 1JLDA 3OK9A 2G1OA 2ZJIA 3O9GA 5OZ0A 3TOGA 5P3GA 3K5CA 4I0IA 1MTRA 5P86A 3OU3A 3Q6YA 4YCYA 2PMAA 1DP5A 2FNTA 1C70A 5P12A 2OHSA 4L7JA 5C9BA 4GJDA 1XL5A 1Z8CA 3B80A 3UQXA 1IDAA 2J9JA 1DPJA 3EKVA 5P2MA 3OXWA 4A4QA 5P64A 3R2FA 4F74A 1SDVA 3OUDA 2ZJJA 3D1YA 4J1EA 4OBDA 3O9FA 2P83A 4Y3EA 4FM7A 2VIYA 5P5VA 4Y3SA 3OTSA 2VJ6A 3UDJA 4MC2A 1E81E 2WEDA 4Y39A 5P09A 2NMZA 3VF5A 5OZTA 5SY3A 1K2CA 3DK1A 1IDBA 4CPTA 4FSLA 9HVPA 5P7NA 4WY6A 2FDDA 5OYRA 3OWNA 2P8HA 1EAGA 3NUOA 5P7JA 4Y4WA 1MIQA 4FGXA 5P6ZA 1D4KA 5I3XA 1RPIA 3K5FA 2VA7A 5P0OA 5JFPA 5P5UA 1GNNA 1T7IA 2PSUA 3GW5A 2UXZA 3OXVA 4CPXA 5SZ9A 1FQ4A 3GGXA 2V00A 5P3HA 5P72A 4FLGA 4PPHA 1OEWA 3BRAA 4Y35A 1MEUA 2G22A 1HVIA 1FIVA 4H3FA 3LIZA 1ZJ7A 4EWOA 3LPIA 4PEPA 5P3QA 3T3CA 4D85A 4HDPA 1ZLFA 5P7FA 2WF0A 2FXDA 5P5IA 5P3IA 5COOA 2QHZA 3APPA 1A9MA 1LYBB 5OZPA 2OHPA 1LEEA 5P3UA 3WB4A 4GJ7A 5P40A 4F73A 4ZSRA 3H0BA 3PWRA 1QBSA 5P5KA 5P5RA 2JXRA 5P5AA 5P3SA 3HVGA 5P08A 1ZAPA 2AODA 1IVPA 2ANLA 4EHCA 5P1JA 3L5FA 3VF3A 2QI3A 4L1AB 4J1CA 6UPJA 2ZHRA 2HC0A 5P4TA 4RCDA 2P3CA 5P20A 3PJ6A 5DQCA 5OZYA 3D91A 5P5ZA 1AJVA 4FCOA 2PC0A 1N49A 1BWBA 2ER7E 3MXEA 1BDRA 2PSVA 1LYBA 5P3OA 2RMPA 2JE4A 3TKWA 4I0DA 3R4BA 4K9HA 2AOCA 2NMYA 4DQGA 1GNMA 3SAAA 5P2NA 1MSMA 3IN3A 3VV6A 5P2EA 4L1AA 5P2GA 3GI4A 3O9CA 1K6PA 2IGYA 3EC0A 5P8UA 1F34A 2RKFA 1PROA 1A30A 5P25A 3RTHA 5P13A 5P71A 3TPJA 2B60A 1MESA 3AUPA 5P14A 5HDVA 1M4HA 2QAKA 4HEGA 1SIVA 7UPJA 1HTEA 2V16C 3O9BA 1XN3A 5P5TA 3SA7A 3UTLA 2IEOA 1LYWA 1RQ9A 2Q55A 5P0DA 4S1GA 3CKRA 2VS2A 3OHFA 4OBHA 5AH7A 5DR4A 2HAHA 3EXOA 5P2RA 2RKGA 4EYRA 2HPFA 4Y4JA 2QU3A 2IL2A 4WY1A 2ZJNA 4I0EA 1TZSA 4QJAA 5P3TA 5P4PA 5KQFA 3UDNA 1PSAA 3FIVA 1T6EX 4RRNA 4Y44A 4DV9A 4L7GA 2BPVA 3FNSA 2BB9A 3JW2A 3RVIA 1HEGE 1ZBGA 5P2QA 3URJA 2AVOA 2MIPA 5P42A 3SFCA 4U7QA 4B78A 3Q4BA 1AAQA 5COKA 3SM1A 5P24A 5P8KA 3NDTA 1RV7A 5DGWA 3HZCA 2V0ZC 5P4BA 5ENKA 5P01A 5P4MA 2ZJLA 2ZE1A 3EL4A 4LBTA 5P7AA 5P2XA 5P2FA 3N3IA 4Y47A 2AVMA 1T6GA 1HTGA 3R1GB 1ENTE 1W6HA 3T7PA 3EL5A 3I25A 3OAGB 3S8IA 4R95A 1SGUA 5P5EA 1MUIA 5P8LA 3TL9A 5OZOA 2G1YA 5P3ZA 2AOJA 5OYWA 3SA3A 1GVTA 4EXGA 3EL0A 5P33A 5P6WA 2F81A 4AA9A 2I0DA 3VFBA 3OQFA 4FM6A 4GJ9A 7HVPA 1BILA 1EEDP 3L3AA 1LF2A 2SAMA 1BBSA 3KMXA 5F01A 5P4NA 2I4VA 3VSWA 5OZ3A 1NPAA 5IVTA 3QRVA 1BV7A 5P4DA 1FQ8A 2OHLA 4GB2A 5OZHA 4DUSA 3R0WA 5P58A 5P81A 5P4FA 3SKFA 3T6IA 4I8WA 2PWCA 2WF3A 5AHAA 3L5BA 4J0ZA 4DJRA 3OAGA 2QD8A 2QHYA 5F00A 3QBHA 4Y5BA 1A8KA 3CYWA 5P5GA 3ZL7A 4Z2ZA 5P7YA 2ZJKA 4FAFA 5P8EA 5OZIA 5P82A 4R8YA 5OZFA 4TVGA 2OHMA 1E5OE 1MSNA 2I4DA 5IVQA 5P6FA 5KQYA 3U7SA 4ZE6A 2O4KA 3QRMA 5HE5A 3LZVA 5P8SA 5P0QA 5OZCA 2I4UA 1VIJA 1HWRA 3PEPA 2QMDA 4Y4DA 4Y3MA 4ER2E 5P4JA 5CONA 4Z50A 3INEA 1HVKA 3BGCA 3VLBA 4Q1WA 1OHRA 4DQFA 3IXKA 4YDGA 2XFIA 5AGZA 3VCMA 5P02A 3VSXA 3ZLQA 5P7SA 4Y3HA 5P7IA 2AZ8A 4GJAA 5P30A 1BVEA 1HHPA 4J5JA 5P0EA 2P3BB 1SMRA 3S43B 3TOFA 5DQ2A 6APRE 5P6DA 4Y5EA 5P7RA 3GGUA 5P5JA 5P0UA 3UQRA 5ER2E 5AH8A 5P3BA 3RU1A 3UF3A 1SDUA 5P6JA 4RCFA 5P0JA 2I4WA 4GJ6A 5I3WA 2RENA 4K8SA 4D89A 3UDMA 5OZMA 3BUGA 3CIBA 3SQFA 5P1VA 5OZ4A 4FRSA 3UFNA 1IIQA 4Y3GA 1SDTA 4KUPA 2ZGAA 5P38A 4J0YA 2F3EA 5P4GA 4GMIA 2G27A 2NPHA 3A2OA 3VYEA 4DJVA 3OGPA 4FSEA 4Y5LA 4Y5MA 4Y3QA 1IVQA 5P4RA 1FF0C 4Q1YA 3S43A 4EQJA 4HZTA 3RTNA 1NSOA 4RGHA 4Y36A 1QBRA 2P3DA 2FGVA 1EPLE 3GI5A 3PLDA 5P1GA 2P4JA 4RLDA 4Y53A 4Y57A 1K1TA 5P28A 5P78A 1D4LA 5P34A 4X2LA 5P1KA 3VLAA 4L6BA 5P5FA 1XE6A 5P4XA 1IZEA 5P26A 3G72A 1NPWA 3PMUA 5P5YA 2Z54A 3TPLA 1D4JA 3JVYA 4CPWA 5UPJA 5CLMA 1MPPA 3KFNA 1FLHA 4CPUA 2OHNA 4YOAA 5P1ZA 5P55A 2BPZA 1NH0A 5AHCA 5P68A 1TCXA 4Y58A 1EPOE 5P46A 5OZGA 3PRSA 5P4YA 4RVJA 1W5WA 3LIYA 4B1CA 3IGBA 5P4LA 3OUDB 2Q63A 3PHVA 4Y48A 1EPME 5AH9A 3PCWA 5HVPA 2QI7A 1ZTZA 3CMSA 5P4OA 1TSQA 4YD4A 3MSJA 3VUCA 1YG9A 3APRE 1APVE 5P10A 5P4ZA 3TKGA 5P73A 3EL9A 4LAPA 3ZKMA 2Q54A 1BVGA 3NXEA 5P6SA 5P0IA 1K1UA 3OOZA 3K4VC 5P8NA 2F80A 3NU3A 4ZSPA 4U8WA 3EKPA 3PBZA 4Y4BA 5APRE 4J0PA 1EBKC 5P05A 1QS8A 1D4HA 2V11C 5P0SA 5P5HA 3FKTA 3KDCA 5P8BA 4ACXA 5P0PA 5P1YA 3S7LA 1RNEA 1BDQA 4Y4EA 1MTBA 1W51A 1FG6C 1G6LA 5P3JA 5P6QA 5KOQA 4ZPGA 3TOHA 1LV1A 4XKXA 5HDUA 2PH8A 5P3VA 3LINA 1U8GA 3OQ7A 5P0YA 5P31A 3VV7A 4M8YA 4I8ZA 3L58A 2FS4A 4Y51A 5P44A 4B1EA 3IVHA 5P6CA 3LHGA 5P85A 2IDWA 2APRA 3GGVA 3SABA 4QJ9A 1HIHA 3PSYA 2VIJA 5P6PA 1APWE 3KA2A 5OZDA 3UFLA 2I0AA 5P61A 3ZKGA 2Q11A 4YA8A 5P1AA 1W5VA 4GZFA 5IVSA 2Q5KA 5OZBA 5P70A 5P75A 4Y38A 5P1QA 5P2OA 5P66A 5P8MA 1BV9A 1KJGA 4Y4GA 3DV1A 5HCTA 5P54A 3SM2A 5P2AA 4Y5PA 5P4HA 1EPNE 5C9DA 3KDBA 1B5FB 1HSGA 1LF4A 4LL3A 4Q1XA 2R3TA 5DQ1A 2FGUA 5P87A 4YDFA 3MWSA 4EJKA 3OUCA 4Y3DA 4OBFA 3DOXA 4J1HA 4DVFA 3O9AA 5P49A 3OUBA 2HB4A 4KE0A 5P7TA 5SXNA 3PVKA 4GIDA 5OZWA 5P0MA 5P0WA 4Y6MA 1EBZA 2WECA 5ISJA 3UDHA 3LNKA 5P29A 4F75A 5P2LA 5P56A 2B7FA 3IVIA 1F7AA 5HD0A 3ER3E 1KJHA 5DQ4A 5OZAA 3G6ZA 5P35A 4EJLA 1SIPA 1NPVA 2VJ9A 5OZQA 5P8GA 5P0TA 4ZPFA 5HCOA 1D4IA 1B5FA 3QN8A 2XFJA 4HLAA 5OZXA 3TPRA 5P6IA 2OHTA 1DAZC 4PYVA 5P8PA 3GGAA 2H6SA 2ZHSA 5P7OA 4UPJA 5P5LA 2ZHTA 4OBJA 2OHUA 3NDWA 1LYWB 3CIDA 5OZ7A 5P03A 1HVHA 3QVCA 4Y5AA 1GVUA 2FDEA 4DQEA 4Y3YA 4DI2A 2IRZA 4Y3AA 5P7WA 5PEPA 4DPIA 2CEMA 5P8VA 3INFA 3LZYA 5P4KA 3U6AA 1B11A 4DQCA 5P7MA 3UDPA 1RL8A 3OXCA 5DR3A 5P43A 3WZ6A 2O4NA 5P3FA 5OZ9A 2R3WA 2AZCA 3DCKA 5P6LA 4LHHA 5KQXA 4YD6A 4Q5MA 1BXOA 3UDRA 5P1MA 1ME6A 5DR8A 2WJOA 2FLEA 3T11A 4CPRA 3VG1A 1MRWA 3OHHA 1AJXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FRK A;  5P36 A;  2ZYE A;  5OZV A;  2HIZ A;  1GVX A;  3PWM A;  5IE1 A;  1G35 A;  2XYF A;  3O9D A;  1FB7 A;  3OU1 A;  4NJV A;  3NDU A;  2P3A A;  1MT8 A;  3D3T A;  1HVC A;  2G21 A;  3WB5 A;  3OAD B;  3PB5 A;  3PSU A;  4LXM A;  8HVP A;  5P4Q A;  3OU4 A;  3LIV A;  2BPY A;  1UH8 A;  5P6T A;  1GKT A;  1ZSR A;  3H5B A;  4I0J A;  3IAW A;  3ZKQ A;  4ER1 E;  4Y45 A;  3IXO A;  1EPR E;  3D20 A;  5HU0 A;  4RVI A;  3NDX A;  3OY4 A;  5DQ5 A;  4X7I A;  2O40 A;  4Y5G A;  5P32 A;  4OBK A;  4Y3J A;  2IEN A;  2FMB A;  2Z4O A;  3L5C A;  4DQH A;  1HII A;  3DV5 A;  1FQ5 A;  4EP2 A;  1GVV A;  5P7B A;  1DW6 C;  2AID A;  1TW7 A;  1SME A;  5P7G A;  4Z4X A;  3OQK A;  5OYZ A;  3OAD A;  1TQF A;  3UPJ A;  1FG8 C;  2IKU A;  5P0F A;  4Y3P A;  2R5Q A;  5P79 A;  4RCE A;  5P3D A;  3NUJ A;  1W5X A;  4B70 A;  1XE5 A;  5P7L A;  1B6K A;  1YX9 A;  3WSJ A;  4D88 A;  3CIC A;  4DJX A;  1LZQ A;  5ISK A;  5P0V A;  1FGC C;  3FV3 A;  3LIQ A;  2J9K A;  4XX3 A;  1EC1 A;  3O9I A;  4U7V A;  4Y4T A;  2ER0 E;  5FIV A;  1IZI A;  1ER8 E;  1TCW A;  4RVX A;  5P5W A;  4DQB A;  5J25 A;  5P45 A;  4AMT A;  1PPL E;  4PHV A;  3HVP A;  1HTF A;  5AH6 A;  2QI6 A;  1QDM A;  3RTM A;  2AQU A;  2WF1 A;  2QI4 A;  2G20 A;  4QLH A;  1HTR B;  4Y43 A;  4I0F A;  3NWQ A;  3AID A;  1HRN A;  4APE A;  3VV8 A;  1BDL A;  2PYN A;  4A6B A;  2FNS A;  5P1I A;  4FRI A;  5HDX A;  1AM5 A;  3FX5 A;  5P7U A;  3T7Q A;  3IA9 A;  2QNQ A;  1FKN A;  5P0R A;  3SA5 A;  3L59 A;  4JP9 A;  3LZU A;  5E5K A;  4Y56 A;  1E80 E;  5OZ2 A;  3BGB A;  3EL1 A;  4NPT A;  1ODY A;  5HE7 A;  2IKO A;  3LPJ A;  3QBF A;  5P6R A;  5P1N A;  3FNU A;  3ZMG A;  1LS5 A;  4JOO A;  5KQZ A;  3U71 A;  4Y4A A;  3KMY A;  1FQX A;  3JVW A;  2NXL A;  5P57 A;  1HBV A;  3KFP A;  1CMS A;  5P7P A;  2XYE A;  1FMX A;  3QRS A;  5P6G A;  4EXH A;  4EP3 A;  4B1D A;  2WHH A;  2P3B A;  1HPS A;  5P5X A;  1YTH A;  5P4I A;  4Y5N A;  5KR2 A;  2BKT A;  5P4S A;  4ER4 E;  2QMG A;  4NJS A;  4QJ7 A;  4HVP A;  5P4W A;  1KZK A;  4NPU A;  4I12 A;  4AA8 A;  4IVT A;  1M43 A;  3SLZ A;  2HM1 A;  1A94 A;  3EM4 A;  1M0B A;  1A8G A;  5P8T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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