4J1EA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((4s,6s)-2-amino-4-fluoromethyl-6-trifluoromethyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
379
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 379
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1eA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1eA02
2ER0E 2PSVA 5DR3A 3S53A 3R1GB 3LINA 2QMGA 5P32A 1TW7A 5I3WA 1KJHA 2BPWA 5P7CA 2P3BA 3LIYA 4ZSQA 4DQHA 1LF2A 3LZUA 4J17A 3O9LB 4H3GA 3DUYA 4ZPEA 3O9DA 1W5YA 2OHNA 3R2FA 5P14A 3QRMA 2AOFA 4J0VA 5P4BA 4FGXA 5B18A 2QD6A 4D83A 3QBFA 5P3EA 4OBHA 3TL9A 3SABA 5OZ3A 8HVPA 5P5LA 5DGUA 1FQ7A 4Y44A 3IXKA 4Y47A 5P18A 1HEFE 1K1TA 1T7KA 4Y4ZA 5DQ1A 4EPJA 5P1EA 1YT9A 3OUAA 4HA5A 5P8QA 1D4SA 3ER3E 5P7UA 1MTBA 2WL0A 5P6EA 5P0GA 5P5NA 2QU2A 1EPPE 4DQFA 3INFA 4QJ8A 5P12A 1LYAA 4X2LA 2AZBA 4GJ6A 3EKXA 4WY6A 2ZHVA 4OBDA 1N49A 5OZYA 1K1UA 5OZUA 3FKTA 3NDTA 3APPA 1IDAA 1FEJC 3T7PA 1IVQA 5P73A 5P57A 1YTIA 5P4XA 3DCKA 3S7LA 1SH9A 3IN3A 2J9JA 3RU1A 5P8DA 2OAHA 4Z2ZA 1ENTE 4KUPA 5P7KA 5P06A 2P8HA 2R8NA 4NPUA 5P1NA 5P6QA 3ZOVA 4Y5BA 5P37A 5P27A 5P5HA 4YOAA 3OHFA 4Y4WA 5P8MA 5P7XA 4R95A 2NNKA 5AHAA 5P2UA 3PVKA 5P6VA 4B05A 4QJAA 5P04A 5OZNA 3UCBA 2QAKA 5P3BA 5DR7A 5P0OA 3SFCA 5P0KA 1SMEA 5P1ZA 3SPKA 5OYTA 1HVLA 2V0ZC 5I3VA 4GJ5A 5P46A 1BDQA 3BRAA 5E5KA 3OAGA 4ZSPA 5P4KA 5OZGA 5P6YA 1FQ6A 4M8YA 4HDFA 3TKWA 5P5ZA 5P7IA 2HS2A 4E43A 5P7SA 1SIPA 3C9XA 1HXWA 4Y51A 4EYRA 1APWE 1QRPE 1HHPA 2I0DA 1XE5A 5P5WA 3RSXA 5T4SA 5P2JA 2QZWA 1ZPAA 3KF0A 3G72A 5HDXA 1W51A 4IVSA 2Q11A 1NH0A 1DPJA 5P7GA 3SM2A 4YBIA 3NDUA 2BBBA 2RKGA 5OZ1A 5P03A 2AIDA 5AGZA 4D85A 2B7ZA 5OZ4A 4RROA 5P22A 2QI6A 1K6TA 4PYVA 1HRNA 3SA8A 3MSJA 3O9GA 4YBFA 5I70A 5P8TA 4DJYA 1SIVA 3UPJA 5P1DA 4WTUA 3VYFA 2AVQA 5P75A 1FMUA 3NLSA 2IRZA 3SA4A 3K5DA 3UDMA 5OYZA 1YM4A 2ZE1A 3GI6A 5P6LA 3LZVA 3K5FA 1FGCC 5P0QA 2NXDA 4Y5EA 2WECA 5P6HA 2O4LA 3PBZA 7UPJA 4D8CA 5P52A 3BHEA 5P01A 4TRYA 3WB5A 2H6TA 5P2NA 4Q1YA 3ZKSA 5P8SA 5P8LA 2V13A 3NWQA 5P8FA 4FLGA 5P3SA 2OHKA 2OHSA 4Y39A 3UFLA 4NJUA 5P7BA 4FSLA 4OC6B 1FQXA 5P8NA 5DR4A 1BDRA 4GYEA 2XFKA 2P3AA 5P0NA 1FMXA 1ER8E 4YD4A 5F01A 3DCRA 6UPJA 3EL9A 3M9FA 2HB2A 1FMBA 5P5RA 3SKFA 5OZOA 5SY3A 4DPFA 5P2EA 1EC2A 2F80A 5OZEA 5P2VA 1F7AA 2JE4A 5P7OA 4DQBA 2QNPA 4DQCA 5P5KA 5HCTA 5OZSA 5SY2A 1B6PA 2VIYA 2SAMA 5P87A 1SMRA 4MC2A 1C70A 4FM6A 3PEPA 4I0JA 3SA6A 5OZTA 3ZLQA 1K6CA 4AA8A 2O4NA 2IKOA 4YDGA 4Y37A 2ER6E 4MC9A 3IA9A 2WF4A 3I7EA 5P70A 1EPQE 2I0AA 5P24A 3DV5A 1MSMA 4ZSRA 3OUCA 3PJ6A 4YDFA 3O9CA 5OZ9A 5P50A 3DM6A 4L7HA 5P1YA 3NUJA 2OF0A 2AOIA 2FIVA 3T7QA 3ZKGA 1QBSA 4ZSMA 1C6ZA 4J0PA 3DV1A 5ISJA 2OHUA 3IN4A 1HVHA 4Y38A 3Q5HA 1BAIA 7HVPA 5P6BA 5OYQA 5P2LA 2WEDA 2F3EA 1PSAA 3TPJA 4Y5CA 4B70A 1HSIA 3UQUA 2V12C 4I1CA 5KQYA 4K9HA 5P6JA 2OHLA 2QP8A 3VFAA 2AOHA 2NR6A 1M43A 3VYDA 1FQ8A 3PBDA 1QDMA 1TQFA 4BFDA 4U8WA 5OZ5A 5P10A 5P1OA 6FIVA 4CP7A 5AH6A 2P3BB 4JPCA 3OU1B 5P00A 4ZIPA 2VIJA 4JECA 4ACUA 3EM4A 4IVTA 3H5BA 2HB3A 2G26A 3LIQA 4Y4TA 2Q15A 5P0WA 3HLOA 1A8KA 4YA8A 4I11A 2R5QA 5P4QA 5OYWA 2ZJJA 1K2BA 3KMYA 3URLA 3BGCA 4LXAA 3TNEA 3OQDA 5P4AA 1W5VA 1A30A 1HOSA 5SZ9A 2QU3A 5P72A 4CPUA 5P3PA 4R5NA 5P2SA 3IXJA 1XS7D 1T7IA 2QI3A 4QGIA 3D91A 2IENA 5P48A 3EL1A 5DQCA 3PB5A 3O9HA 5COOA 5P1CA 4GB2A 1M0BA 2P3DA 1HSHA 4YHQA 5P2WA 3VV6A 5P2DA 2BPVA 2F3FA 3QIHA 5OZAA 1E5OE 3IGBA 2VS2A 4EP3A 1W5WA 1D4HA 1EAGA 2I4UA 1BWBA 5P7LA 2B42A 4DJPA 2FXDA 4U7QA 3D1XA 2QD8A 5DQ5A 5OZIA 3VEUA 3OXWA 5P2QA 1GNOA 5P17A 5P49A 5P1IA 1W6IA 3PSYA 5OYUA 5P3IA 1EPOE 1MVPA 3NU4A 5P5UA 3N4LA 5P4MA 5P05A 3O9BA 1T3RA 4YCYA 4GZFA 5P8GA 1RNEA 1UPJA 2QNQA 4OC6A 5P4UA 5OZVA 4Y4AA 4YCTA 1NSOA 5P3HA 5P7RA 5P80A 5P82A 2JXRA 4J5JA 4B72A 5P5SA 5P28A 2VIEA 1K2CA 3ZPUA 5P1BA 4I0GA 1HVKA 1FB7A 2AZ9A 4U7VA 1GNMA 3SQFA 1LYBB 2HM1A 2PSUA 4J0TA 5P51A 4CKUA 5P6FA 4Y5PA 2BJUA 5P5YA 5P0VA 4HZTA 3TOFA 3EC0A 3NWXA 3EL5A 5P2BA 5P34A 3OXCA 1HPOA 3GGAA 3S8IA 4AZYA 4OBZB 5P16A 2O40A 3PI5A 3TPLA 3L5DA 2I4QA 3RTHA 5P2HA 2APRA 2HB4A 4WY1A 4Y50A 4Y35A 1F34A 4DJUA 5P69A 2P3CA 3A2OA 1APTE 4D89A 3S45A 2G20A 3DJKA 2RENA 5BS4A 5P76A 1IZIA 5P7ZA 2PWRA 3PWRA 4FRSA 4XKXA 5P6WA 5P6MA 5P5PA 4OBFA 5P3JA 1BXQA 5P8KA 5OZHA 5P4FA 5P8HA 3K4VA 4Y4XA 5SXNA 5P0XA 4M8XA 6APRE 3OK9A 5P7QA 2I4XA 2OHPA 5P3WA 5P1VA 5HU1A 3UDHA 4Y48A 1EEDP 4PEPA 1OHRA 5P2KA 4J1IA 3VF3A 5P5CA 4DJXA 5IVQA 2AVVA 3EM3A 5P8CA 4B77A 5P7NA 4GIDA 2Q3KA 3SKGA 4B1DA 4ACXA 5ER1E 5OZKA 2ZJHA 3KMXA 5HU0A 2ZHTA 3CIDA 5P0SA 3CIBA 5P3LA 1DMPA 3PSUA 1YG9A 3OU1A 3BXSA 2CEMA 2WJOA 5P0MA 4R92A 3ZKIA 4GJ8A 4A6BA 5P4NA 2QHYA 5JG1A 5P8PA 4BFBA 5P0TA 3UDNA 1BV7A 1PPME 2IKUA 5P3ZA 5P3NA 3O99A 5P74A 2G21A 3GGVA 3KT2A 5P58A 3QP0A 2VIZA 4DJWA 1SDTA 4MC1A 5KQZA 1BDLA 4ZLSA 2H6SA 2AQUA 3Q70A 4Q5MA 1ZJ7A 5P8JA 4DV9A 1WBMA 1FG6C 2HPFA 2VNNA 3WZ7A 4GMIA 3DOXA 4ER2E 4HE9A 3QVCA 3IXOA 5P8VA 4LXMA 2IQGA 4J0YA 5OZZA 3VSXA 2F8GA 2P83A 5OZJA 2QHZA 5P23A 5HVPA 2Q54A 5P4PA 1MUIA 5P11A 4DPIA 3RSVA 2G1RA 4ZPFA 2AOJA 2QZKA 4Y3RA 3S43B 1AJXA 1D4KA 3G6ZA 3L38A 5OZRA 2FGUA 1K6VA 1PROA 3CKPA 2PWCA 3O9AA 1APVE 5ER2E 1FQ5A 1A8GA 2ZYEA 1SGUA 4RZ1A 4Y4UA 5P6IA 3R4BA 4HVPA 5HDUA 5P1TA 1MRWA 3HAUA 4B78A 1SDVA 5P0HA 1LZQA 5P3FA 1XN3A 5J25A 3NR6A 3S54A 3QRVA 1G2KA 1HTEA 4YD5A 2J9KA 1QBUA 2BPXA 2PYMA 3T11A 4Y3MA 2QI7A 5OZMA 3HZCA 4Z4XA 1LYBA 2FDPA 2PK6A 3WZ8A 1BV9A 1ODYA 4PZXA 3CMSA 4OBZA 1AIDA 5P2IA 4YOBA 3R0YA 2ASIA 4I0DA 2HS1A 5HE4A 3INEA 3L5CA 4NKKA 4YD7A 5P07A 5OZBA 3VFBA 3T3CA 4Y3PA 3UQXA 2WF3A 2O4KA 5FIVA 3L5BA 3QAAA 4Y5MA 1VIKA 2PYNA 4Y5NA 3ST5A 3LIZA 1A94A 3DK1A 4AUCA 3URJA 1GKTA 1BXOA 2IGXA 3BUFA 5P30A 3QROA 2UY0A 1K6PA 1MESA 4Y3FA 5P71A 3GW5A 1HPXA 1KJFA 3TOGA 4A4QA 2BPZA 3KM4A 4Y56A 4FM8A 1VIJA 4Y57A 3UDJA 5OYXA 5P1JA 5P25A 3VG1A 3MSKA 4ER1E 3U7SA 1META 3VSWA 4Q1NA 5P2TA 3LPIA 2ZJIA 4F75A 3KFSA 1HWRA 5P4YA 2QNNA 1MT9A 2FDEA 1AM5A 2BKTA 1C6YA 5KQFA 3FNUA 1HVRA 3S56A 4RRNA 4APEA 4FSEA 1LYWB 4GJDA 5P1GA 2FMBA 3G70A 4Y3SA 5ENKA 1HVIA 5OZCA 2VKMA 1ZLFA 3PHVA 1A9MA 4Y3HA 2IS0A 3MXDA 4Y3EA 5P4VA 3CKTA 3ER5E 1IZDA 5P6UA 3ZKQA 1ME6A 3PMYA 3OGPA 4Y5LA 3TPRA 1XL2A 3FIVA 3EM6A 4S1GA 1Z8CA 5APRE 4K8SA 3EKYA 1EC1A 4XX3A 4QJ6A 2ZDZA 5P5QA 2PMAA 4CPRA 3MWSA 4XXSA 5OZ7A 1HPVA 1UH7A 5JFPA 5BWYA 2QHCA 1UH9A 4Y41A 2NMYA 2UPJA 1GNNA 5P0ZA 5P33A 4B00A 4EXGA 1XL5A 5P6DA 5P3VA 4ZE6A 5AHCA 5P1KA 5P44A 5P63A 4Y5KA 3LPJA 3SO9A 3S43A 4Y3YA 1XDHA 3L58A 3LIVA 1HBVA 4I0HA 4YD6A 5P5TA 4J0ZA 5P3RA 3TOHA 3KFNA 5P2GA 1TSQA 2ZHSA 2FXEA 5BRYA 2AZ8A 3IVIA 3PCZA 4CPWA 5ENMA 4R8YA 3URIA 3INDA 5P40A 4I0IA 5P4DA 4Y5GA 4LHHA 1WBKA 4J1KA 1TSUA 1W6HA 5HTZA 4EQJA 1BVGA 4J1FA 2IEOA 5P39A 3PLLA 4Y3AA 3T7XA 3FX5A 5P4IA 3ZKXA 2QI4A 4JP9A 3UFNA 1EPME 3UHLA 1ZTZA 2G1OA 4Y5AA 5P3XA 4RCFA 4EWOA 1YTJA 1MT8A 3QPJA 1YTHA 4OBJA 4BEKA 3K4VC 1ODWA 3PM4A 4RRSA 5P1AA 4JOOA 4FRJA 3OQAA 2Q64A 5TOLA 2ER9E 5OYRA 1HPSA 5P7YA 1B11A 2BKSA 4UPJA 5OZ0A 3RTMA 1MEUA 3BVBA 5C9FA 4JPEA 3NUOA 2WKZA 1YM2A 5P6ZA 3ZKNA 3Q6YA 3SACA 5F00A 5P29A 4B1CA 2PSGA 2VJ6A 5P60A 1G0VA 4DJOA 3ZL7A 5OZQA 4LAPA 1B6KA 2O4PA 1ZBGA 5P54A 4A6CA 3U6AA 2QCIA 1M4HA 1PFZA 2I4DA 5P1XA 1HVCA 3OU3A 3PCWA 2QMDA 5OZDA 5P85A 3EKQA 5P0IA 2VNMA 5DQ4A 3GI0A 3QBHA 4H3JA 1XE6A 5KAOA 1HVJA 1LV1A 5AH7A 2Q55A 4Y3JA 3K5CA 2AOGA 3TLHA 2XYEA 4Y3XA 4Y36A 5P78A 4MC6A 4Y3DA 1FF0C 2XYFA 1QS8A 3UTLA 3ZKMA 5KR0A 4J1EA 3NU9A 1LYWA 3ECGA 5P1QA 3ZPSA 3JVYA 3OQKA 4FRIA 5P6OA 4EJDA 5P4ZA 1EC3A 4NJSA 5P38A 2ANLA 2R43A 4PZWA 4DQGA 1IZHA 2QMPA 1G6LA 1RQ9A 4L6BA 4RCEA 1BIMA 5P0PA 3BC4A 5P7WA 5P1MA 2QK5A 5P4GA 2ER7E 1LF4A 3QI1A 5P64A 4DJVA 5P0BA 5P0DA 4TRWA 2QMFA 5P1UA 2I1AA 5DR1A 2G1YA 5P31A 1TZSA 3BVAA 4K4PA 5P7HA 1AAQA 1MTRA 4EP2A 1AVFA 2G1SA 2JYSA 4Y43A 4HEGA 2HAHA 1LEEA 4YE3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ER0 E;  2PSV A;  5DR3 A;  3S53 A;  3R1G B;  3LIN A;  2QMG A;  5P32 A;  1TW7 A;  5I3W A;  1KJH A;  2BPW A;  5P7C A;  2P3B A;  3LIY A;  4ZSQ A;  4DQH A;  1LF2 A;  3LZU A;  4J17 A;  3O9L B;  4H3G A;  3DUY A;  4ZPE A;  3O9D A;  1W5Y A;  2OHN A;  3R2F A;  5P14 A;  3QRM A;  2AOF A;  4J0V A;  5P4B A;  4FGX A;  5B18 A;  2QD6 A;  4D83 A;  3QBF A;  5P3E A;  4OBH A;  3TL9 A;  3SAB A;  5OZ3 A;  8HVP A;  5P5L A;  5DGU A;  1FQ7 A;  4Y44 A;  3IXK A;  4Y47 A;  5P18 A;  1HEF E;  1K1T A;  1T7K A;  4Y4Z A;  5DQ1 A;  4EPJ A;  5P1E A;  1YT9 A;  3OUA A;  4HA5 A;  5P8Q A;  1D4S A;  3ER3 E;  5P7U A;  1MTB A;  2WL0 A;  5P6E A;  5P0G A;  5P5N A;  2QU2 A;  1EPP E;  4DQF A;  3INF A;  4QJ8 A;  5P12 A;  1LYA A;  4X2L A;  2AZB A;  4GJ6 A;  3EKX A;  4WY6 A;  2ZHV A;  4OBD A;  1N49 A;  5OZY A;  1K1U A;  5OZU A;  3FKT A;  3NDT A;  3APP A;  1IDA A;  1FEJ C;  3T7P A;  1IVQ A;  5P73 A;  5P57 A;  1YTI A;  5P4X A;  3DCK A;  3S7L A;  1SH9 A;  3IN3 A;  2J9J A;  3RU1 A;  5P8D A;  2OAH A;  4Z2Z A;  1ENT E;  4KUP A;  5P7K A;  5P06 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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