4J1PA

X-ray crystal structure of bromodomain 2 of human brd2 in complex with rvx208 to 1.08 a resolution
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
114
structure length
111
Chain Sequence
b'SMGKLSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMAKLQVFERYAKMPD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title RVX-208, an Inducer of ApoA-I in Humans, Is a BET Bromodomain Antagonist.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain containing 2, isoform CRA_a
source organism Homo sapiens
molecule tags Signaling protein/inhibitor
total genus 44
structure length 111
sequence length 114
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4j1pA00
4UIUA 1EQFA 5ENGA 4WIVA 5EISA 4YAXA 2E7NA 5HJCA 4QYDA 3ONIA 4NRAA 5I86A 4TT4A 4QUUA 4N3WA 4NUEA 4QSUA 5E9MA 4IORA 2R0SA 5HELA 4NS5A 5DKHA 5EGUA 3UVDA 4ZW1A 5A5QA 3K2JA 5E74A 4LDFA 5EWCA 1E6IA 5DLZA 5AD2A 3UVWA 4O78A 5EU1A 4O72A 5FDZA 4QSPA 4J0SA 5DFBA 5DKDA 4LZRA 5EPRA 4QSVA 4O7FA 5HRXA 5DFDA 4UIWA 3S91A 3Q2EA 3S92A 3HMEA 5CPEA 5IIDA 2RS9B 4A9IA 2DVSA 4DONA 4NR4A 3U5JA 4A9LA 3LJWA 5CY9A 4PTBA 4MR3A 1X0JA 2YYNA 3IU5A 1ZS5A 4LZ2A 5FBXA 2YW5A 5CUAA 4O7BA 5I80A 5DFCA 4KCXA 3O35A 5F1HA 2YEMA 3DAIA 5LJ2A 3P1DA 4YABA 2WP1A 5EPSA 4HXNA 1JM4B 2DVQA 3MULA 5E9LA 5BT4A 3Q2FA 4PS5A 5EICA 5C87A 5EWVA 5D3TA 2L5EA 4QC1A 5E9KA 4XY9A 5FH8A 4QR4A 4CUSA 5F25A 5E7DA 4O70A 5EM3A 4QR3A 4NRBA 4HXKA 2G4AA 5ENEA 4F3IA 4OUFA 5ENHA 5ENBA 3U5KA 5EP7A 5I1QA 2DATA 5DYXA 5F63A 4IR6A 4XYAA 5DW1A 4QC3A 5D3JA 4UYDA 5D3HA 4Q0NA 3U5OA 4UYHA 4MEQA 4BW4A 3NXBA 5DLXA 5EA1A 4NXJA 4Z93A 5CTLA 2DWWA 4KV4A 4J0RA 4NUDA 5E3GA 5ACYA 3UVYA 4TS8A 4PCIA 4UYFA 4UYFB 5LKZA 5F2PA 5E9IA 2RFJA 5CQ6A 4NYXA 2LSPB 5BT5A 5FE2A 2L84A 2YEKA 4AKNA 5COIA 4TQNA 5L96A 5CU8A 4QSQA 5E3DA 5CUBA 4IR4A 5EPBA 5HFQA 5FE0A 4QSWA 4CUQA 2YELA 5D3NA 4YATA 5FFYA 2OUOA 3JVMA 4UITA 2FSAA 5EWHA 4J3IA 3P5OA 2E3KA 3SVGA 4LYIA 5I29A 3O34A 4A9EA 5LVRA 5ENJA 5C89A 5A5SA 5FH6A 2DVRA 5KTXA 4XY8A 4UYGA 4QNSA 4HXMA 3P1FA 3UVXA 5DW2A 5I89A 4YBTA 4YBSA 5FG4A 5CP5A 3MUKA 4TZ8A 5L97A 3HMFA 5FE7A 2D82A 4O75A 3QZSA 4YYIA 4QSRA 2OO1A 2I7KA 5D7XA 5G4RA 4A9HA 2WP2A 3U5LA 4QB3A 4QEWA 4NQMA 4YBMA 5CUDA 4TT2A 4E96A 4YK0A 3MB4A 5CQ5A 3RCWA 4RVRA 4IR5A 5FB0A 5CQ4A 4QSTA 5FE8A 4BW2A 5IG6A 5AMFA 4OGIA 4YYDA 4MR4A 1WUMA 4YYKA 5CZGA 2MJVB 5EK9A 4J1PA 5HM0A 5LVQA 5HCLA 3QZTA 5F61A 5KO4A 5D26A 5FE6A 3UW9A 5FFVA 5JWMA 4A9FA 2E7OA 3LQJA 4NUCA 5IGMA 5A5PA 4YH3A 3AADA 5DYAA 5IGNA 4HXPA 5ENCA 5KTWA 1JSPB 4C67A 4QEVA 4ZC9A 4LRGA 4ZQLA 3MXFA 4HBXA 4QSSA 3ZYUA 4YY4A 3U5PA 5LJ0A 3TLPA 5A81A 5HQ7A 4C66A 5HQ6A 4LYSA 2I8NA 3DWYA 5II2A 5CQ3A 4ALGA 2R0VA 3LQHA 5A7CA 5F1LA 5EVAA 5CQAA 4BW3A 2F6NA 5FB1A 2GRCA 3P1CA 3IU6A 4O77A 3MQMA 4OGJA 4YYHA 4N4HA 5F5ZA 5HLSA 3O36A 4UIYA 3G0JA 4NR8A 5HENA 2DKWA 5D3RA 3UV4A 4O7CA 4QSXA 4TZ2A 2N9GA 5KHMA 5H1VA 3GG3A 5H1TA 4YH4A 4CUPA 4NR7A 4QEUA 4YC9A 4QUTA 4TT6A 5FH7A 5I88A 3D7CA 5TCMA 2RNYA 5KTUA 4MR5A 4QBMA 5LKXA 4HXLA 5D3LA 5CUGA 5C85A 4HXRA 2D9EA 3P1EA 2YDWA 4QYLA 5DBMA 5FE3A 3HMHA 5LKUA 4A9OA 2NXBA 4YYNA 4LC2A 4UIXA 5D0CA 2RNXA 4MENA 5F3AA 5A85A 4IOOA 2R10A 4CFLA 5HFRA 4N4IA 5EQ1A 5EV9A 4MEPA 3UV2A 4ALHA 3U5NA 4O76A 5ENFA 3JVKA 5ENIA 5EI4A 5DYUA 5DKCA 5F60A 2RNWA 4PKLA 5ETBA 4HBYA 5A5OA 3SVFA 2R0YA 5I83A 3AQAA 2RI7A 5ETDA 5D3PA 5E9VA 5LKTA 4O71A 4LR6A 5F36A 5AMEA 5L99A 4CFKA 4CURA 4YY6A 5CUCA 5FE4A 4A9MA 5DX4A 2H60A 5A82A 5L8UA 3G0LA 4BJXA 5CQ7A 3I3JA 4QZSA 4NR5A 5II1A 5FG6A 4NR6A 4X2IA 5IGLA 4PCEA 5I40A 2YQDA 4A9NA 5FG5A 5G4SA 5D24A 4Z1SA 4HXOA 5DYCA 4FLPA 5A5NA 4CLBA 3O33A 4Q0OA 5CGPA 5FE1A 4CL9A 5L8TA 5HRVA 4NRCA 3MB3A 4O74A 4UIVA 4LZSA 4WHWA 5IBNA 4A9KA 4QR5A 5JI8A 4HBWA 5C7NA 3UV5A 3LXJA 5BT3A 4NR9A 4Z6IA 5CFWA 3QZVA 2F6JA 5C8GA 4XUAA 5LJ1A 4LYWA 5FE5A 3U5MA 4XUBA 5E0RA 5CS8A 5K29A 2KTBB 5D25A 5H85A 4TTEA 4Y03A 3JVJA 4O7EA 4CUUA 4YYJA 5A83A 4YYMA 4BHWA 5HQ5A 5LUUA 4GPJA 5F62A 4YYGA 3SVHA 5AD3A 5A5RA 5HEMA 4YADA 3LQIA 4NYWA 4Z1QA 4HBVA 4Z6HA 1N72A 2RO1A 5FE9A 3O37A 5J0DA 4TU4A 5CQTA 5HRWA 4IR3A 4N4FA 5EWWA 4UIZA 5CQ8A 5C4QA 4N4GA 4NQNA 4UYEA 4QY4A 4TU6A 4MR6A 1F68A 4A9JA 4BW1A 5E73A 5TB6A 3FKMX 4WHUA 5CRZA 5KU3A 5L98A 5E9YA 2L85A 5FFWA 4NYVA 5EWDA 4CUTA 3JVLA 5DY7A 4HXSA 5CUEA 5I7YA 4IOQA 4O7AA 4TYLA 5I7XA 4KV1A 5D3SA 5H1UA 1WUGA 2DVVA 4PY6A 5CRMA 4MEOA 5IGKA 2OSSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UIUA 1EQFA 5ENGA 4WIVA 5EISA 4AI6A 4YAXA 2E7NA 5HJCA 4QYDA 3ONIA 4NRAA 1PUOA 5I86A 4TT4A 4QUUA 4N3WA 4NUEA 4QSUA 5E9MA 4IORA 2R0SA 5HELA 4NS5A 5DKHA 5EGUA 3UVDA 4ZW1A 3VKGA 5A5QA 3K2JA 5E74A 4LDFA 5EWCA 1E6IA 5DLZA 5AD2A 3UVWA 4AKIA 4O78A 5EU1A 4O72A 5FDZA 4QSPA 4J0SA 5DFBA 5DKDA 4LZRA 5EPRA 4QSVA 4O7FA 5HRXA 5DFDA 4UIWA 3S91A 3Q2EA 3S92A 3HMEA 5CPEA 5IIDA 2RS9B 4A9IA 2DVSA 4DONA 4NR4A 3U5JA 4A9LA 3LJWA 5CY9A 4PTBA 4MR3A 1X0JA 2YYNA 3IU5A 1ZS5A 4LZ2A 5FBXA 2YW5A 5CUAA 4O7BA 5I80A 5DFCA 4KCXA 3O35A 5F1HA 2YEMA 3DAIA 5LJ2A 3P1DA 4YABA 2WP1A 5EPSA 4HXNA 1JM4B 2DVQA 3MULA 5E9LA 5BT4A 3Q2FA 4PS5A 5EICA 5C87A 5EWVA 5D3TA 2L5EA 4QC1A 5E9KA 4XY9A 5FH8A 2EJNA 4QR4A 4CUSA 5F25A 5E7DA 4O70A 5EM3A 4QR3A 4NRBA 4HXKA 2G4AA 5ENEA 4F3IA 4OUFA 5ENHA 5ENBA 3U5KA 5EP7A 5I1QA 2DATA 5DYXA 5F63A 4IR6A 4XYAA 5DW1A 4QC3A 5D3JA 4UYDA 5D3HA 4Q0NA 3U5OA 4UYHA 4MEQA 4BW4A 3NXBA 5DLXA 5EA1A 4NXJA 4Z93A 5CTLA 2DWWA 4KV4A 4J0RA 4NUDA 5E3GA 5ACYA 3UVYA 4TS8A 4PCIA 4UYFA 4UYFB 5LKZA 5F2PA 5E9IA 2RFJA 5CQ6A 4NYXA 2LSPB 5BT5A 5FE2A 2L84A 2YEKA 4AKNA 5COIA 4TQNA 5L96A 5CU8A 4QSQA 5E3DA 5CUBA 4IR4A 5EPBA 5HFQA 5FE0A 4AKGA 4QSWA 4CUQA 2YELA 5D3NA 4YATA 5FFYA 2OUOA 3JVMA 4UITA 2FSAA 5EWHA 4J3IA 3P5OA 2E3KA 3SVGA 4LYIA 5I29A 3O34A 4A9EA 5LVRA 5ENJA 5C89A 5A5SA 5FH6A 2DVRA 5KTXA 4XY8A 4UYGA 4QNSA 4HXMA 3P1FA 3UVXA 5DW2A 5I89A 4YBTA 4YBSA 5FG4A 5CP5A 3MUKA 4TZ8A 5L97A 3HMFA 5FE7A 2D82A 4O75A 3QZSA 4YYIA 4QSRA 2OO1A 2I7KA 5D7XA 5G4RA 4A9HA 2WP2A 3U5LA 4QB3A 4QEWA 4NQMA 4YBMA 5CUDA 4TT2A 4E96A 4AKHA 4YK0A 3MB4A 5CQ5A 3RCWA 4RVRA 4IR5A 5FB0A 5CQ4A 4QSTA 5FE8A 4BW2A 5IG6A 5AMFA 4OGIA 4YYDA 4MR4A 1WUMA 4YYKA 5CZGA 2MJVB 5EK9A 4J1PA 5HM0A 5LVQA 5HCLA 3QZTA 5F61A 5KO4A 5D26A 5FE6A 3UW9A 5FFVA 5JWMA 4A9FA 2E7OA 3LQJA 4NUCA 5IGMA 5A5PA 4YH3A 3AADA 5DYAA 5IGNA 4HXPA 5ENCA 5KTWA 1JSPB 4C67A 3D1DA 4QEVA 4ZC9A 4LRGA 4ZQLA 3MXFA 4HBXA 4QSSA 3ZYUA 4YY4A 3U5PA 5LJ0A 3TLPA 5A81A 5HQ7A 4C66A 5HQ6A 4LYSA 2I8NA 3DWYA 5II2A 5CQ3A 4ALGA 2R0VA 3LQHA 5A7CA 5F1LA 5EVAA 5CQAA 4BW3A 2F6NA 1ZKRA 5FB1A 2GRCA 3P1CA 3IU6A 4O77A 3MQMA 4OGJA 4YYHA 4N4HA 5F5ZA 5HLSA 3O36A 4UIYA 3G0JA 4NR8A 5HENA 2DKWA 5D3RA 3UV4A 4O7CA 4QSXA 4TZ2A 2N9GA 5KHMA 5H1VA 3GG3A 5H1TA 4YH4A 4CUPA 4NR7A 4QEUA 4YC9A 4QUTA 4TT6A 5FH7A 5I88A 3D7CA 5TCMA 2RNYA 5KTUA 4MR5A 4QBMA 5LKXA 3VKHA 4HXLA 5D3LA 5CUGA 5C85A 4HXRA 2D9EA 3P1EA 2YDWA 4QYLA 5DBMA 5FE3A 3HMHA 5LKUA 3ERRA 4A9OA 2NXBA 4YYNA 4LC2A 4UIXA 5D0CA 2RNXA 4MENA 5F3AA 5A85A 4IOOA 2R10A 4CFLA 5HFRA 4N4IA 5EQ1A 5EV9A 4MEPA 3UV2A 4ALHA 3U5NA 4O76A 5ENFA 3JVKA 5ENIA 5EI4A 5DYUA 5DKCA 5F60A 2RNWA 4PKLA 5ETBA 4HBYA 5A5OA 3SVFA 2R0YA 5I83A 3AQAA 2RI7A 5ETDA 5D3PA 5E9VA 5LKTA 4O71A 4LR6A 5F36A 5AMEA 5L99A 4CFKA 4CURA 4YY6A 5CUCA 5FE4A 4A9MA 5DX4A 2H60A 5A82A 5L8UA 3G0LA 4BJXA 3D1BA 5CQ7A 3I3JA 4QZSA 4NR5A 5II1A 5FG6A 4NR6A 4X2IA 5IGLA 4PCEA 5I40A 2YQDA 4A9NA 5FG5A 5G4SA 5D24A 4Z1SA 4HXOA 5DYCA 4FLPA 5A5NA 4CLBA 3O33A 4Q0OA 5CGPA 5FE1A 4CL9A 5L8TA 5HRVA 4NRCA 3MB3A 4O74A 4UIVA 4LZSA 4WHWA 5IBNA 4A9KA 4QR5A 5JI8A 4HBWA 5C7NA 3UV5A 3LXJA 5BT3A 4NR9A 4Z6IA 5CFWA 3QZVA 2F6JA 5C8GA 4XUAA 5LJ1A 4LYWA 5FE5A 3U5MA 4XUBA 5E0RA 5CS8A 5K29A 2KTBB 5D25A 5H85A 4TTEA 4Y03A 3JVJA 4O7EA 4CUUA 4YYJA 5A83A 4YYMA 4BHWA 5HQ5A 5LUUA 4GPJA 5F62A 4YYGA 3SVHA 5AD3A 5A5RA 5HEMA 4YADA 3LQIA 4NYWA 4Z1QA 4HBVA 4Z6HA 1N72A 2RO1A 5FE9A 3O37A 5J0DA 4TU4A 5CQTA 5HRWA 4IR3A 4N4FA 5EWWA 4UIZA 5CQ8A 5C4QA 4N4GA 4NQNA 4UYEA 4QY4A 4TU6A 4MR6A 1F68A 4A9JA 4BW1A 5E73A 5TB6A 3FKMX 4WHUA 5CRZA 5KU3A 5L98A 5E9YA 2L85A 5FFWA 4NYVA 5EWDA 4CUTA 3JVLA 5DY7A 4HXSA 5CUEA 5I7YA 4IOQA 4O7AA 4TYLA 5I7XA 4KV1A 5D3SA 5H1UA 1WUGA 2DVVA 4PY6A 5CRMA 4MEOA 5IGKA 2OSSA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UIU A;  1EQF A;  5ENG A;  4WIV A;  5EIS A;  4YAX A;  2E7N A;  5HJC A;  4QYD A;  3ONI A;  4NRA A;  5I86 A;  4TT4 A;  4QUU A;  4N3W A;  4NUE A;  4QSU A;  5E9M A;  4IOR A;  2R0S A;  5HEL A;  4NS5 A;  5DKH A;  5EGU A;  3UVD A;  4ZW1 A;  5A5Q A;  3K2J A;  5E74 A;  4LDF A;  5EWC A;  1E6I A;  5DLZ A;  5AD2 A;  3UVW A;  4O78 A;  5EU1 A;  4O72 A;  5FDZ A;  4QSP A;  4J0S A;  5DFB A;  5DKD A;  4LZR A;  5EPR A;  4QSV A;  4O7F A;  5HRX A;  5DFD A;  4UIW A;  3S91 A;  3Q2E A;  3S92 A;  3HME A;  5CPE A;  5IID A;  2RS9 B;  4A9I A;  2DVS A;  4DON A;  4NR4 A;  3U5J A;  4A9L A;  3LJW A;  5CY9 A;  4PTB A;  4MR3 A;  1X0J A;  2YYN A;  3IU5 A;  1ZS5 A;  4LZ2 A;  5FBX A;  2YW5 A;  5CUA A;  4O7B A;  5I80 A;  5DFC A;  4KCX A;  3O35 A;  5F1H A;  2YEM A;  3DAI A;  5LJ2 A;  3P1D A;  4YAB A;  2WP1 A;  5EPS A;  4HXN A;  1JM4 B;  2DVQ A;  3MUL A;  5E9L A;  5BT4 A;  3Q2F A;  4PS5 A;  5EIC A;  5C87 A;  5EWV A;  5D3T A;  2L5E A;  4QC1 A;  5E9K A;  4XY9 A;  5FH8 A;  4QR4 A;  4CUS A;  5F25 A;  5E7D A;  4O70 A;  5EM3 A;  4QR3 A; 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