4J2EA

Rb69 dna polymerase l415m ternary complex
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSMYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Alteration in the cavity size adjacent to the active site of RB69 DNA polymerase changes its conformational dynamics.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2eA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2eA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2eA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2eA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2eA03
1IKVA 3CFRA 3LP2A 4W5RA 4FLYA 4B9UA 1KTQA 3OYLA 1FXXA 2FBTA 3LP1A 4AHTA 4HUEA 1LWFA 4M45A 1JXBA 2HB5A 3P1GA 4OPJA 3O3GA 5HRRA 2X6SA 2OPSA 3OYIA 2F96A 1X9SA 3LP0A 3NGIA 2BANA 1IKXA 5CZ1A 3HPOA 3L3UA 3TARA 1UAXA 2AJQA 2HVIA 2Y1JA 3F73A 3D0PA 4Z4EA 4CJWA 1HYVA 3NDKA 3B6PA 2Z1GA 1LWEA 4DQSA 2IC3A 2R7YA 4O4GA 3AA2A 3HL8A 3KLEA 2YNFA 4B9TA 1RILA 3QINA 3VQBA 4CFAA 4FZYA 3RMBA 1LWCA 4CK1A 3KLGA 4BWMA 4CHQA 3HVRA 4E1MA 1NK4A 1VSLA 1QTMA 1WSFA 3O4QA 4FW2A 4CIEA 3PUFA 1VK0A 3ISNC 3NFAA 2G8HA 4IDKA 4OVLA 3FFIA 4CEBA 3OYJA 1NKEA 1VSMA 1VSHA 3K5NA 1KFSA 2P5OA 1CLQA 3IRXA 1QSSA 2RF2A 3V1QA 2O4IA 2HHQA 1NK0A 1HMVA 1WSHA 4DSEA 4DFPA 2OZMA 3WNHA 1RBSA 4DU4A 1RCHA 4C8KA 4FJ5A 4CJ3A 3SPYA 2YNHA 5HRSA 1ZBLA 4NCGA 2F8TA 1S1XA 2B5JA 2KFZA 3T3FA 4HVJA 3RRHA 2HVHA 4DQRA 1L3TA 3VQCA 4CJFA 3L2WA 4O44A 4J2EA 1BISA 3TI0A 3JSMA 4JS5A 4JRQA 4KB1A 5FRMA 2XRIA 3NAEA 3VQPA 3IG1A 4KKOA 1NK6A 3AVNA 1QSYA 3KK2A 5JS1A 2P1JA 4FVMA 4M3YA 2EHGA 1TK5A 3NBPA 1S1TA 4F8RA 3ZT1A 4CGJA 2E6LA 4W5TA 4Z4GA 4OKEA 2QXFA 4FLXA 1SV5A 4PUOA 4F3TA 3U6FA 2OYQA 1BIZA 1RBUA 1RNHA 3M8SA 1TV6A 4CEEA 4M3ZA 1NK9A 3BDPA 4BE2A 4CF2A 3C95A 1JLFA 2G8VA 2F8SA 5I42A 1RTJA 3S3NA 4FJGA 1NOZA 1B92A 2JLEA 3RR7A 4L8RB 5FROA 3T1AA 3QEIA 4GMJB 3DM2A 2WOMA 4KTQA 3AVMA 3V1RA 2G8FA 4DSLA 3RMCA 4DSIA 1S6QA 1WSEA 3P5JA 1TKDA 4CF8A 3OYBA 5SZTA 1RDCA 2XY8A 3KK1A 4E0DA 4KO0A 2X78A 3NF8A 4IG0A 1NOYA 4B9MA 1RT5A 1HYSA 4KPYA 5KGWA 4CJLA 1Q9YA 3SUNA 4DTUA 4KHNA 3VN5A 3NH1A 1KSPA 3QESA 1ZBHA 1S5JA 4FK4A 4CJUA 3AO1A 3SJJA 1S1UA 1TK8A 3B6OA 3PX6A 4CEAA 3ZT2A 1BL3A 3DRSA 5HRPA 1D8YA 3ZSYA 4BE1A 4E7LA 4Q5VA 4DFKA 4OLBA 4HHTA 1UWBA 1W0HA 3SZ2A 3SCXA 2XY5A 4ZHRA 4NCBA 4CHOA 3LPTA 1RBRA 4M3WA 3HVTA 3I0SA 3OYMA 1NK7A 3BGRA 4MFBA 1RT7A 3O4NA 1D9DA 1TL3A 3C6TA 3DLKA 3VQEA 4CJRA 2Y1IA 1NJYA 4FXDA 4C8MA 3TAPA 4DTNA 1A5WA 4OLAA 1SKWA 1DTTA 3ZSOA 4F4KA 4B8CA 3NCIA 4J2DA 1HQEA 3OY9A 2IS3A 4KV8A 3E01A 5CYQA 4N5SA 4KHWA 1ASWA 3CYMA 4E7KA 1J53A 3QEPA 1HPZA 2RPIA 3QEWA 3ALYA 5EU7A 5HBMA 4KAZA 4KREA 4I7FA 3LP3A 1Z25A 4FJXA 1LAWA 1LW2A 3L2RA 3OYKA 1HQUA 1L3SA 3D45A 2YKNA 3RTVA 1ZBIA 1HNVA 1T7PA 3WNGA 1IH7A 1O1WA 3DRRA 3KLHA 2QK9A 3HXMA 2A1SA 3L2QA 5C24A 5J2PA 1NKBA 3NE6A 2D5RA 4M3TA 3AVCA 4WE1A 4Y1DA 4RW4A 1KVAA 1D5AA 4BE0A 3AVGA 4I2QA 2VG7A 3TWHA 1U47A 1FKPA 3V1OA 1Y97A 1JLEA 4KFBA 2X74A 4CEOA 5C42A 3I0RA 1LW0A 2KFNA 4E1NA 4FK2A 4GVMA 4W5OA 5E41A 4KI4A 4DTPA 1ITGA 1VSJA 4W5QA 4BDYA 4FM0A 4ELVA 3VQ4A 4ID5A 3V9ZA 3LALA 3PX0A 1KLNA 4CFDA 1WNSA 3O3FA 1T8EA 3QLHA 5KI6A 4C8OA 1U48A 4CF1A 3AO2A 3DMJA 3VQ5A 3V4IA 3QEVA 4KTZA 2OA8A 4IG3A 4C8LA 3AVBA 1JKHA 3VQ6A 1N5YA 4CERA 2DTUA 4CJVA 1RT4A 4CF9A 1NK8A 4B08A 4DS4A 3VQ7A 5FRNA 1LAVA 4F2SA 1C1AA 4DLEA 5HP1A 1UA1A 4HCCA 4E3SA 4M3UA 4DMNA 4KHUA 3C94A 3V9UA 3TABA 4M3XA 2KQ2A 4CEZA 4ZTFA 4ICLA 4OGCA 1BHLA 1S9EA 3CM6A 4LSNA 1Q9XA 3ZT4A 4NYFA 2ITGA 3KKSA 3K58A 1SL2A 4FJMA 2BGGA 4DTXA 4FJ9A 3ASMA 3AVIA 4CGHA 1WSGA 4RW6A 4CGFA 1U49A 3SUPA 4AH9A 4FJIA 3TAEA 3VA3A 5HLFA 1QQCA 2HHXA 4FZXC 3AO4A 4M41A 3QNOA 2YV0X 3L3VA 4CJPA 4ZTJA 3PV8A 3RRGA 3RR8A 1HRHA 2HHUA 3PO5A 3HO1A 4RG8A 2YKMA 4KB0A 3CFPA 1YT3A 1XHZA 3OYAA 2D0AA 2DFFA 4YNQA 4KI6A 3V9WA 1XI1A 4DQIA 2VG5A 2HHWA 3SUQA 2D0BA 2HNZA 4OKJA 4CE9A 2JGUA 1RTHA 3OVNA 3NGYA 1YTUA 2B4JA 4CFBA 1GOBA 5SWMA 4TSXA 3HYFA 4BACA 3TR8A 2IDOA 4E7IA 2YHBA 3DLGA 3IS9A 1B9FA 1JL1A 4BWJA 4CCHA 2HW3A 2KW4A 3OYCA 3SI6A 2G8IA 3HT3A 3I8DA 3SPZA 3DLBA 1L5UA 3AVHA 3NGZA 4AHUA 1QS4A 4JRPA 1FK9A 2Q3SA 3OJUA 4HUGA 3LWMA 4DSFA 2KZMA 1YVUA 1KVBA 1QE1A 3T19A 4RW9A 4B9LA 4FJ8A 2GBZA 3K5OA 1CZBA 3LAKA 3AA5X 3THVA 3DRPA 1SUQA 1BCOA 3C6UA 4AHCA 4EP5A 5J1EA 3TAMA 3MXMA 3MECA 1JLAA 4Y1CA 4W5NA 1IG9A 1S6PA 4CF0A 2HMIA 4FJNA 1RT2A 3ZSWA 1JLQA 1C6VA 2G8UA 1GOCA 4GW6A 3DLRA 1SL1A 4H4MA 3M8RA 1J5OA 4E89A 4H4OA 1HNIA 2IGIA 3EY1A 1VSDA 5I3UA 4JLHA 4CHYA 5KTQA 3V9SA 1X9MA 3SV3A 4DU3A 4CIFA 5J2QA 1NK5A 3ZT0A 1ASVA 2HNYA 4FJKA 3HSTB 2A1RA 4CHNA 4HTUA 3L2VA 1ZBUA 1TAQA 3NF7A 4YFUA 5J2MA 4M3RA 1EETA 1EXQA 3RWUA 3OJSA 3KD1E 4FZZA 1F21A 4Z4FA 4N47A 3MXIA 1D9FA 4B9VA 1JXEA 5D3GA 3ULDA 3AA3A 1X1PA 4AILC 3SQ2A 1DTQA 4FK0A 4K8XA 1T05A 4FJJA 1IKYA 4E7HA 1MU2A 3V81A 3TAGA 2HHSA 4HUFA 3OYDA 2B6AA 2PYLA 1RDDA 5KRTA 5CY4A 1CXQA 2Z1HA 3DLHA 4G1QA 3CG7A 3PY8A 3F9KA 1EP4A 3TANA 1WSJA 3CFOA 1EKEA 4DSJA 1TAUA 2YNIA 1TKXA 4LY7A 4PA1A 4RW7A 4CJQA 3HM9A 1TVRA 1XWLA 4CFCA 1TK0A 3HPHA 2O4GA 4KTWA 3EZ5A 3QIPA 3AVJA 3V6DA 2X6NA 2P5GA 4LH5A 4O0JA 3VQDA 3VQ8A 3OYFA 1RT3A 2FBYA 4Z4IA 1QSLA 5CYMA 2IOCA 3V9XA 4Q0BA 3K2PA 3LAMA 3OS0A 2I5JA 3KD5E 3K5LA 3K5MA 2Z1JA 2OPPA 3HP9A 4FM2A 3MEDA 3JYTA 4FCYA 1UOCA 3QIOA 2GUIA 2RN2A 1BI4B 3AVKA 4IBNA 4CEDA 4N41A 4DTSA 3U3GA 4PWDA 1TL1A 1KRPA 4PQUA 3QO9A 3NH0A 4DSKA 3LWLA 3QNNA 3VQAA 1DLOA 3RMDA 4UQGA 4JS4A 3L2UA 3AO3A 1I3AA 3WNFA 1N6QA 2XO7A 1TKTA 1RT1A 4CJSA 4KRFA 1J54A 4RW8A 1TKZA 3LANA 4B3OA 1FKOA 1CXUA 3HP6A 1ASUA 1JLBA 4DTJA 3OYNA 4IKFA 3K59A 1VSIA 4DF4A 4QAGA 4H8KA 3AA4A 3UIQA 4I2PA 1C0TA 3AV9A 4OPKA 1YTAA 1EX4A 2OPQA 2FBXA 2DFEA 1TGOA 1KFDA 4BDZA 2DY4A 1LV5A 1KLMA 2KTQA 4J2AA 3ZCMA 2VG6A 4XIUA 4Z0UA 5KGXA 3AVAA 4DTOA 1BQNA 2PYJA 1B9DA 3LZIA 3G0ZA 2PZSA 1WAJA 1S1VA 4EZ9A 1JL2A 1SKRA 1REVA 4CK3A 3MXJA 4CJTA 1NJXA 3EYZA 1ZBFA 4F3OA 1RDBA 1VSEA 3DOKA 3S9HA 3ZSQA 1Q8IA 3PX4A 3SUOA 4E7JA 4KHYA 3L8BA 1VRUA 1VSFA 4ELTA 5J2NA 4FM1A 1S9GA 3NF6A 3VA0A 1VRTA 3KLIA 1C0MA 4K8ZA 4C8NA 2FC0A 4AHRA 4I9LA 3OYHA 2ZD1A 1NJZA 4B9NA 4FJ7A 3H08A 2HHVA 2RKIA 1NJWA 4IFYA 4CGIA 3LZJA 2E4LA 1KCFA 1BIUA 3SQ0A 4FJLA 1GOAA 3M8PA 3TAQA 4B9SA 1VSKA 4OGEA 1K6YA 1RBTA 4M42A 3ZSRA 1RTDA 1WSIA 4QCLA 2ATQA 1Z26A 1RT6A 3VQ9A 4DTRA 2D0CA 1R0AA 3KKRA 5T7BA 4I9QA 4NCAA 2VWJA 4FYDA 4EP4A 4CECA 3SQ1A 3LPUA 4LD0A 2W42A 4ELUA 1JLGA 2BE2A 1NKCA 4CHZA 4O0IA 4CGDA 4CJ5A 3SYZA 3NHGA 4DQQA 3KLFA 3MAQA 1BGXT 2Z1IA 3S3OA 3K57A 5DK5A 4CEFA 2YNGA 4CGGA 3MEGA 4CK2A 4FJHA 1IO2A 2HNDA 1W9HA 2E6MA 5CZ2A 3O3HA 4DWIA 1KVCA 3QETA 4DU1A 4KHQA 4DFJA 4B8AB 3QERA 4N56A 3MEEA 4DS5A 1SKSA 3DOLA 4CJ4A 4PY5A 1RDAA 3SV4A 4LSLA 1WAFA 3P83D 2G8KA 3KK3A 2XHBA 3WNEA 3LDSA 4FLUA 4AHVA 4CEQA 3NH2A 3OS1A 5HROA 3DI6A 5FDLA 1CZ9A 1RTIA 2VWKA 3VQQA 5JS2A 2HHTA 1UA0A 3NF9A 2IAJA 1X9WA 5DMRA 2ETJA 4MQ3A 4FLTA 1XC9A 4DFMA 4Z4CA 2FBVA 3S3MA 1U4BA 4N76A 4CJKA 2ZQBA 1T03A 4IFVA 3ITHA 3KJVA 3ZSVA 2QKBA 3CQ8A 3DLEA 3AVFA 4CIGA 1BQMA 2EX3A 2LSNA 4FLZA 3IAYA 4ID1A 4DQPA 1ZYQA 3KTQA 4FLWA 3M8QA 4AHSA 3HK2A 4LH4A 2XY6A 2GV9A 1RBVA 1U04A 2XY7A 1C0UA 3SQ4A 3HPGA 1U45A 1WLJA 4O5BA 4BDPA 3AO5A 4DLGA 1G15A 1SL0A 4O55A 4KHSA 2NUBA 3AVLA 3HJFA 1S1WA 3KIOA 3QEXA 3TAFA 2DFHA 2YHAA 3OYEA 1JLCA 1BI4A 5KRSA 3CM5A 2QKKA 4DF8A 4QOZB 1XHXA 4DTMA 2BDPA 1A5VA 5C25A 4CESA 3A2FA 4J2BA 1I39A 4OJRA 1C1CA 2G8WA 1BCMA 3G10A 1L3UA 1QHTA 2ZE2A 4NYNA 4FW1A 2OPRA 2OZSA 1C1BA 2WONA 3U3YA 4OKKA 4HCBA 4R5PA 3RMAA 4EZ6A 4CJEA 3ZSZA 1J9AA 1HJRA 1L3VA 1IKWA 4CHPA 4F2RA 2KZZA 2P51A 4Z4HA 3SNNA 1A5XA 3DYAA 5K14A 1WN7A 3OS2A 2PY5A 5HRNA 4E19A 3OYGA 3ZSXA 3PO4A 4DG1A 4FLVA 1HYZA 3ZT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3HSCA 1HQUA 1BUPA 3D45A 3BP8A 3WNGA 1O1WA 3ULEA 3KLHA 3HXMA 2A1SA 3AAPA 4I2QA 3TTFA 1U47A 3V1OA 4A5BA 1JLEA 2VQEK 4CEOA 2YHWA 3I0RA 1YI2N 1BU6O 3O1BA 3GG4A 4FK2A 1T6CA 2GELA 3D2EB 4DTPA 3O9SA 2VYPA 2HSTA 3VQ4A 4M7XA 4K41A 3V9ZA 1VQ4N 1WNSA 4CF1A 4CD1A 1S72N 4C8LA 2OA8A 3GDQA 4BGAA 2Q2RA 4H5TA 4FO0A 2HOEA 3R1XA 4YOUA 4F2SA 3EZWA 4DLEA 5HP1A 2YI1A 4HCCA 4M3UA 3CJ1A 4KHUA 4M3XA 3FZFA 4CEZA 2Q0UA 4QNCA 4CW7B 1BHLA 1S9EA 3CM6A 4BC3A 1Q9XA 3K58A 4IOCL 2ITGA 2IVPA 3KKSA 4FJMA 3ASMA 4CGHA 3AGRA 4NLBA 1N36K 3A5MC 1U49A 3SUPA 5HLFA 2VCPA 2RE2A 1LOTB 2HHXA 4M41A 4CJPA 3RR8A 2HHUA 2PBDA 2YKMA 3MWPA 2D0AA 3IMXA 4EYWA 4OKJA 3H3NO 4CE9A 4BACA 3HYFA 2J4RA 3Q7BA 4WFAL 2P9UA 1KAYA 2HW3A 2KW4A 1N34K 1ESVA 3HT3A 3QFPA 3D2FB 3AVHA 3NGZA 4JRPA 3OJUA 2KZMA 4E1JA 3PLAA 4FJ8A 2GBZA 1CZBA 3LAKA 4AHCA 3TAMA 4W5NA 5AZJA 2HMIA 4FJNA 1RT2A 3HRGA 2G8UA 3WXIA 4GW6A 1J5OA 4H4MA 3C6NB 3O08A 4MDAA 4E89A 3M8RA 2IGIA 4CHYA 3V9SA 1X9MA 3SV3A 4DU3A 5J2QA 1BWFO 5EOYA 1YJNN 1ASVA 4I6MB 3HSTB 4HTUA 3L2VA 2O8BA 2NRZA 4YFUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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