4J3IA

X-ray crystal structure of bromodomain complex to 1.24 a resolution
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title RVX-208, an Inducer of ApoA-I in Humans, Is a BET Bromodomain Antagonist.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Signaling protein/inhibitor
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4j3iA01
4NXJA 5FE7A 5ENIA 4ALHA 4X2IA 4QZSA 4LYSA 5TCMA 3UVYA 5DKCA 5CUAA 3GG3A 5ENHA 5H85A 5H1TA 4QR4A 4NR6A 3S91A 5F61A 4NYXA 2RNYA 5D25A 4WIVA 2GRCA 5EPBA 5IGNA 5JI8A 3U5PA 3G0JA 5CQ3A 3FKMX 5ENEA 2OSSA 3P5OA 3MQMA 5FB1A 5ENCA 5L97A 2DKWA 5K29A 5FE6A 4A9EA 5DBMA 4A9HA 5C7NA 5BT5A 5EGUA 5C87A 4N3WA 3UVXA 4IOOA 3Q2FA 4TU6A 5CY9A 4J3IA 4QSSA 5HEMA 5E0RA 4QNSA 4HXLA 4O72A 4HXNA 5DX4A 5CUBA 5LJ1A 5I7YA 5CFWA 5FE1A 4BW3A 4KV4A 4NR5A 5EQ1A 5I83A 5A5SA 4QSWA 5HQ7A 1JSPB 4LZRA 4UIVA 4C66A 4UIUA 5EISA 3TLPA 5CP5A 5CQ6A 3O35A 4HXSA 3MXFA 4Z6HA 4TZ8A 5E3GA 5HFQA 1ZS5A 4QR5A 4QUTA 4Z1SA 1JM4B 2I8NA 4YBMA 4YYIA 2L5EA 5HJCA 5I88A 5G4SA 5A5QA 5CU8A 5JWMA 4O7AA 3IU5A 2F6JA 5F60A 3P1CA 5EWVA 5DLZA 5EU1A 5FFVA 5D3HA 5EP7A 5EWHA 3UV5A 2D9EA 2KTBB 3HMFA 5LUUA 5I86A 5H1VA 2R10A 4YY6A 1F68A 5D3SA 4NRCA 5EA1A 5C8GA 5A5PA 5BT4A 5F5ZA 3DAIA 5A5NA 4NUDA 5II2A 2DVSA 2R0YA 4C67A 2NXBA 5F62A 5HFRA 4UYDA 3LQHA 4IOQA 5ENFA 3MULA 2RO1A 4Q0NA 1X0JA 1WUMA 4PS5A 3AQAA 4QC1A 5L96A 5FBXA 5EWDA 4O77A 4O75A 4MEOA 5DW1A 4LZSA 5IIDA 5D26A 5KU3A 5FG6A 4TTEA 5LJ2A 4IR5A 5DKDA 3S92A 5TB6A 4IORA 5FFYA 5CUEA 2MJVB 4KV1A 5EWCA 4NR4A 3JVMA 4NQNA 5DW2A 4Z1QA 3UVWA 4MR6A 3LQIA 5DLXA 5A82A 4TT6A 4YY4A 2LSPB 4YYDA 3P1EA 4J0SA 4CFKA 5D3JA 2OO1A 5IGLA 4UITA 4BJXA 5II1A 5A83A 4BHWA 4MEQA 5I29A 5LKZA 5E7DA 4IR6A 4YADA 4CUUA 4UYGA 5F36A 4Y03A 3SVFA 4QSTA 2R0SA 5C4QA 4YYJA 3QZTA 3D7CA 3JVLA 4BW4A 4YYMA 4PCEA 4NUCA 5CRMA 5DYXA 5F3AA 3AADA 4NRAA 5ENGA 4WHUA 4UYHA 3ONIA 3U5NA 4QR3A 5ACYA 5DFCA 3LXJA 4BW2A 4OUFA 5E9IA 5ETDA 5DYCA 3UW9A 4A9FA 4LC2A 4LR6A 5HQ6A 4TT2A 5CS8A 4NR8A 4XY9A 5F25A 4LYIA 5FE2A 3MB4A 4O7CA 2YELA 4NYWA 4O7FA 5COIA 4MEPA 2L84A 4DONA 5C89A 4TU4A 3ZYUA 5A7CA 4NR7A 4QSPA 5CQ8A 3RCWA 4CUPA 5F2PA 5E9LA 4RVRA 4O70A 4O74A 4WHWA 2WP2A 4A9KA 5D7XA 2FSAA 5HLSA 5BT3A 5J0DA 5CQ5A 2DVQA 4TZ2A 5I40A 5CQ7A 4YK0A 5F63A 3P1FA 5LVRA 4TS8A 2E7NA 3U5LA 4O76A 5KTXA 3O34A 3QZVA 1EQFA 4HXRA 5L8TA 5E9KA 4CUSA 4MR3A 5EVAA 4TQNA 4A9JA 4YBSA 4QSXA 3UV4A 5FE5A 5FE8A 4CURA 5FH6A 3QZSA 5FE9A 4QBMA 3SVHA 5DYAA 4J1PA 3HMHA 4PCIA 5D24A 5CUDA 5FE0A 4CUQA 3UVDA 4QEUA 5D3PA 4OGJA 4LYWA 5LKTA 2RI7A 5KO4A 4CLBA 5HQ5A 4HXKA 3DWYA 3NXBA 5DFDA 4QY4A 5HRVA 5C85A 2L85A 4FLPA 5A5OA 5FH8A 4UIYA 5LJ0A 5A81A 3I3JA 3U5OA 5CTLA 5E9MA 3LQJA 5FG5A 5D3LA 5AD3A 4UIWA 4A9NA 5DKHA 5I89A 5KTUA 4YABA 2YEKA 5KTWA 3O37A 5L98A 4NQMA 5D0CA 5CQAA 3O36A 2RNXA 4XUAA 5LVQA 2RS9B 3K2JA 5HELA 3G0LA 5L99A 5FB0A 4YAXA 4NR9A 5A5RA 4YH3A 5E9VA 4QYDA 3LJWA 5AMFA 4XUBA 5LKUA 3P1DA 4QYLA 4YC9A 4MR4A 5HRWA 4HBWA 5EICA 4UYFA 4UYEA 4KCXA 5EI4A 5AMEA 4CFLA 2N9GA 4J0RA 4UYFB 5E73A 4NYVA 4O7EA 5EWWA 4Q0OA 4O7BA 2WP1A 4N4FA 5EM3A 4PKLA 5G4RA 4HBVA 5D3RA 3MUKA 4QSQA 4YATA 5HENA 2DWWA 5ENBA 5CQ4A 4ALGA 4NUEA 4TYLA 3Q2EA 4LZ2A 4IR4A 4N4HA 5EK9A 3SVGA 4BW1A 4QSVA 4YYKA 4YYNA 5L8UA 4QUUA 2OUOA 5ETBA 5EPSA 5E9YA 4MR5A 5CZGA 5EV9A 5FDZA 4HBYA 5FG4A 5I80A 4NS5A 2I7KA 2RNWA 4HXOA 4LDFA 3UV2A 4CUTA 4E96A 4HXPA 4UIXA 2RFJA 4QC3A 5H1UA 4Z93A 2YYNA 1E6IA 4YH4A 4QEVA 2YEMA 3MB3A 4QSRA 5HRXA 4HBXA 5IBNA 4A9MA 4AKNA 4IR3A 4TT4A 4QEWA 5CUGA 5I7XA 2G4AA 5E3DA 4ZW1A 5D3NA 3U5JA 5LKXA 3U5MA 4XY8A 2YW5A 5DYUA 5CGPA 5FE4A 5HCLA 4A9LA 4A9OA 5FFWA 4YYHA 3HMEA 5FE3A 4PY6A 4GPJA 1N72A 4HXMA 5IGKA 5F1HA 4F3IA 3JVKA 4A9IA 2F6NA 2E7OA 2H60A 5HM0A 3IU6A 4UIZA 3U5KA 5ENJA 5A85A 5AD2A 2YDWA 5IG6A 4YYGA 5CRZA 4XYAA 4QSUA 5D3TA 5I1QA 3O33A 1WUGA 5E74A 4CL9A 4LRGA 2DATA 5EPRA 5FH7A 5DFBA 4ZC9A 4PTBA 4QB3A 4Z6IA 4O78A 4OGIA 4O71A 4N4IA 5DY7A 2D82A 5CUCA 5IGMA 2YQDA 2DVVA 4MENA 2DVRA 4N4GA 5CQTA 4YBTA 5CPEA 2R0VA 2E3KA 5KHMA 5F1LA 4NRBA 4ZQLA 3JVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NXJA 5FE7A 5ENIA 4ALHA 4X2IA 4QZSA 4LYSA 5TCMA 3UVYA 5DKCA 5CUAA 3GG3A 5ENHA 5H85A 5H1TA 4QR4A 4NR6A 3S91A 5F61A 4NYXA 2RNYA 5D25A 4WIVA 2GRCA 5EPBA 5IGNA 5JI8A 3U5PA 3G0JA 5CQ3A 3FKMX 5ENEA 2OSSA 3P5OA 3MQMA 5FB1A 5ENCA 5L97A 2DKWA 5K29A 5FE6A 4A9EA 5DBMA 4A9HA 5C7NA 5BT5A 5EGUA 5C87A 4N3WA 3UVXA 3VKGA 4IOOA 3Q2FA 4TU6A 5CY9A 4J3IA 4QSSA 5HEMA 5E0RA 4QNSA 4HXLA 4O72A 4HXNA 5DX4A 5CUBA 5LJ1A 5I7YA 5CFWA 5FE1A 4BW3A 4KV4A 4NR5A 5EQ1A 5I83A 5A5SA 4QSWA 5HQ7A 1JSPB 4LZRA 4UIVA 4C66A 4UIUA 5EISA 3TLPA 5CP5A 5CQ6A 3O35A 4HXSA 3MXFA 4Z6HA 4TZ8A 5E3GA 5HFQA 1ZS5A 4QR5A 4QUTA 4Z1SA 1JM4B 2I8NA 4YBMA 4YYIA 2L5EA 5HJCA 5I88A 5G4SA 5A5QA 5CU8A 5JWMA 4O7AA 3IU5A 2F6JA 5F60A 3P1CA 5EWVA 5DLZA 5EU1A 5FFVA 5D3HA 5EP7A 5EWHA 3UV5A 2D9EA 2KTBB 3HMFA 5LUUA 5I86A 5H1VA 2R10A 4YY6A 1F68A 5D3SA 4NRCA 5EA1A 5C8GA 5A5PA 5BT4A 5F5ZA 3DAIA 5A5NA 4NUDA 5II2A 2DVSA 2R0YA 4C67A 2NXBA 5F62A 5HFRA 4UYDA 3LQHA 4IOQA 5ENFA 3MULA 2RO1A 4Q0NA 1X0JA 1WUMA 4PS5A 3AQAA 4QC1A 5L96A 5FBXA 5EWDA 4O77A 4O75A 4MEOA 5DW1A 1PUOA 4LZSA 5D26A 5IIDA 5KU3A 5FG6A 4TTEA 5LJ2A 4IR5A 5DKDA 3S92A 5TB6A 4IORA 5FFYA 5CUEA 2MJVB 4KV1A 5EWCA 3VKHA 4NR4A 3JVMA 4NQNA 5DW2A 4Z1QA 3UVWA 4MR6A 3LQIA 5DLXA 5A82A 4TT6A 4YY4A 2LSPB 4YYDA 3P1EA 4J0SA 4CFKA 3D1DA 5D3JA 2OO1A 5IGLA 4UITA 4BJXA 5II1A 5A83A 4BHWA 4MEQA 5I29A 5LKZA 5E7DA 4IR6A 4YADA 4CUUA 4UYGA 5F36A 4Y03A 3SVFA 4QSTA 2R0SA 5C4QA 4YYJA 3QZTA 3D7CA 3JVLA 4BW4A 4YYMA 4PCEA 4NUCA 5CRMA 5DYXA 5F3AA 3AADA 4NRAA 2EJNA 5ENGA 4WHUA 4UYHA 3ONIA 3U5NA 4QR3A 5ACYA 5DFCA 3LXJA 4BW2A 4OUFA 5E9IA 5ETDA 5DYCA 3UW9A 4A9FA 4LC2A 4LR6A 5HQ6A 4TT2A 5CS8A 4NR8A 4XY9A 5F25A 4LYIA 5FE2A 3MB4A 4O7CA 2YELA 4NYWA 4O7FA 5COIA 4MEPA 2L84A 4DONA 5C89A 4TU4A 3ZYUA 5A7CA 4NR7A 4QSPA 5CQ8A 3RCWA 4CUPA 5F2PA 5E9LA 4RVRA 4O70A 4O74A 4WHWA 2WP2A 4A9KA 2FSAA 5D7XA 5HLSA 4AI6A 5BT3A 5J0DA 5CQ5A 2DVQA 4TZ2A 5I40A 5CQ7A 4YK0A 5F63A 3P1FA 5LVRA 4TS8A 2E7NA 3U5LA 4O76A 5KTXA 3O34A 3QZVA 1EQFA 4HXRA 5L8TA 5E9KA 4CUSA 4MR3A 5EVAA 4TQNA 4A9JA 4AKIA 4YBSA 4QSXA 3UV4A 5FE5A 5FE8A 4CURA 5FH6A 3QZSA 5FE9A 4QBMA 3SVHA 5DYAA 4J1PA 3HMHA 4PCIA 5D24A 5CUDA 5FE0A 4CUQA 3UVDA 4QEUA 5D3PA 4OGJA 4LYWA 5LKTA 2RI7A 5KO4A 4CLBA 5HQ5A 4HXKA 3DWYA 3NXBA 5DFDA 4QY4A 5HRVA 5C85A 2L85A 4FLPA 5A5OA 5FH8A 4UIYA 5LJ0A 5A81A 3I3JA 3U5OA 5CTLA 5E9MA 3LQJA 5FG5A 5D3LA 5AD3A 4UIWA 4A9NA 5DKHA 5I89A 5KTUA 4YABA 2YEKA 5KTWA 3O37A 5L98A 4NQMA 5D0CA 5CQAA 3O36A 2RNXA 4XUAA 5LVQA 2RS9B 3K2JA 5HELA 3G0LA 5L99A 5FB0A 4YAXA 4NR9A 5A5RA 4AKHA 4YH3A 5E9VA 4QYDA 3LJWA 5AMFA 4XUBA 4AKGA 5LKUA 3P1DA 4QYLA 4YC9A 4MR4A 5HRWA 4HBWA 1ZKRA 5EICA 4UYFA 4UYEA 4KCXA 5EI4A 5AMEA 4CFLA 2N9GA 4J0RA 4UYFB 5E73A 4NYVA 4O7EA 5EWWA 4Q0OA 4O7BA 2WP1A 4N4FA 5EM3A 4PKLA 5G4RA 4HBVA 5D3RA 3MUKA 4QSQA 4YATA 5HENA 2DWWA 5ENBA 5CQ4A 4ALGA 4NUEA 4TYLA 3Q2EA 4LZ2A 4IR4A 4N4HA 5EK9A 3SVGA 4BW1A 4QSVA 4YYKA 4YYNA 5L8UA 4QUUA 2OUOA 5ETBA 5EPSA 5E9YA 4MR5A 5CZGA 5EV9A 5FDZA 4HBYA 5FG4A 5I80A 4NS5A 2I7KA 2RNWA 4HXOA 4LDFA 3UV2A 4CUTA 3D1BA 4E96A 4HXPA 4UIXA 2RFJA 4QC3A 5H1UA 4Z93A 2YYNA 1E6IA 4YH4A 4QEVA 2YEMA 3MB3A 4QSRA 5HRXA 4HBXA 5IBNA 4A9MA 4AKNA 4IR3A 4TT4A 4QEWA 5CUGA 5I7XA 2G4AA 5E3DA 4ZW1A 5D3NA 3U5JA 5LKXA 3U5MA 4XY8A 2YW5A 5DYUA 5CGPA 5FE4A 5HCLA 4A9LA 4A9OA 5FFWA 4YYHA 3HMEA 5FE3A 3ERRA 4PY6A 4GPJA 1N72A 4HXMA 5IGKA 5F1HA 4F3IA 3JVKA 4A9IA 2F6NA 2E7OA 2H60A 5HM0A 3IU6A 4UIZA 3U5KA 5ENJA 5A85A 5AD2A 2YDWA 5IG6A 4YYGA 5CRZA 4XYAA 4QSUA 5D3TA 5I1QA 3O33A 1WUGA 5E74A 4CL9A 4LRGA 2DATA 5EPRA 5FH7A 5DFBA 4ZC9A 4PTBA 4QB3A 4Z6IA 4O78A 4OGIA 4O71A 4N4IA 5DY7A 2D82A 5CUCA 5IGMA 2YQDA 2DVVA 4MENA 2DVRA 4N4GA 5CQTA 4YBTA 5CPEA 2R0VA 2E3KA 5KHMA 5F1LA 4NRBA 4ZQLA 3JVJA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 4NXJ A;  5FE7 A;  5ENI A;  4ALH A;  4X2I A;  4QZS A;  4LYS A;  5TCM A;  3UVY A;  5DKC A;  5CUA A;  3GG3 A;  5ENH A;  5H85 A;  5H1T A;  4QR4 A;  4NR6 A;  3S91 A;  5F61 A;  4NYX A;  2RNY A;  5D25 A;  4WIV A;  2GRC A;  5EPB A;  5IGN A;  5JI8 A;  3U5P A;  3G0J A;  5CQ3 A;  3FKM X;  5ENE A;  2OSS A;  3P5O A;  3MQM A;  5FB1 A;  5ENC A;  5L97 A;  2DKW A;  5K29 A;  5FE6 A;  4A9E A;  5DBM A;  4A9H A;  5C7N A;  5BT5 A;  5EGU A;  5C87 A;  4N3W A;  3UVX A;  4IOO A;  3Q2F A;  4TU6 A;  5CY9 A;  4J3I A;  4QSS A;  5HEM A;  5E0R A;  4QNS A;  4HXL A;  4O72 A;  4HXN A;  5DX4 A;  5CUB A;  5LJ1 A;  5I7Y A;  5CFW A;  5FE1 A;  4BW3 A;  4KV4 A;  4NR5 A;  5EQ1 A;  5I83 A;  5A5S A;  4QSW A;  5HQ7 A;  1JSP B;  4LZR A;  4UIV A;  4C66 A;  4UIU A;  5EIS A;  3TLP A;  5CP5 A;  5CQ6 A;  3O35 A;  4HXS A;  3MXF A;  4Z6H A;  4TZ8 A;  5E3G A;  5HFQ A;  1ZS5 A;  4QR5 A;  4QUT A;  4Z1S A;  1JM4 B;  2I8N A;  4YBM A;  4YYI A;  2L5E A;  5HJC A;  5I88 A;  5G4S A;  5A5Q A;  5CU8 A;  5JWM A;  4O7A A;  3IU5 A;  2F6J A;  5F60 A;  3P1C A; 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