4JB7A

1.42 angstrom resolution crystal structure of accessory colonization factor acfc (acfc) in complex with d-aspartic acid
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
233
structure length
233
Chain Sequence
ADVNLYGPGGPHVPLIKVAESFEKSQSKRVNITFGPQATWNDKAKKNADILFGASEHSALAIAEGHSERFSKFNIHPVFMREAIILVKKGNPKNIKGMADLLKPGIGIVVNDGAGVSNTSGTAVWEDSVGRMKNVEKLQAFRSNIHVFAPNSGSARKAFVDGEDIDAWITWVDWAIANPTIGDMVRMEDEYRIYRDFNVVLAKNPSSEAIDFFDYLTKSKDAEAIFQHYGWFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title 1.42 Angstrom resolution crystal structure of accessory colonization factor AcfC (acfC) in complex with D-aspartic acid
rcsb
molecule keywords Accessory colonization factor AcfC
molecule tags Cell invasion
source organism Vibrio cholerae o1
total genus 81
structure length 233
sequence length 233
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jb7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jb7A02
1H44A 1US5A 3PPOA 3R26A 5F7VA 1ZIUA 3EQ1A 2ZYMA 1ZMGA 4G68B 5FHMA 3SEVA 2Y7KA 1B5IA 3K1NA 3V83A 2O7UA 3TPAA 1RYXA 1HSLA 4JDFA 1Y9UA 2I49A 2UVIA 3KFMA 3MVZA 2P2AA 1FTLA 3OELA 1Z7NE 3EHTA 5CM6A 3D4CA 3L6HA 3VLWA 1N3WA 4KYSA 4KFQA 3VLVA 2THIA 3LBSA 1N0TA 2DXRA 1FQCA 4JBZA 2GFEA 3I5OA 3MPLA 2V93A 1POY1 5CRYA 3OO8A 2Z8DA 3PD8A 2OWTA 2I3WA 1B2HA 4PFTA 2Y7RA 4GLIA 2O1MA 4GFRA 1I69A 1NNPA 2I48A 1SQYA 4IGTA 4AQ4A 1JEVA 4M4GA 3FD3A 2UYEA 3VVDA 2RF1A 3V8XB 2E0SA 3K0VA 3UIFA 5ICTA 4U4XA 3EF7A 3RTFB 3GZGA 2DOJA 1MG1A 4I62A 3B6QA 5AA3A 4OWDA 1JVXA 2QS2A 1M5CA 3V5AA 1IXIA 3O6GA 1A55A 3SEWA 4E0WA 4R9GA 5FHNA 3QSLA 4F2OA 3ILTB 5ITOA 3RPWA 4JXIA 3E3KA 2D21A 4I9DA 4U2RA 2PX1A 4HW8A 2VOZA 5CBRA 4DE8A 4ZE8A 2BJJX 4XKRA 1LAFE 4WXJA 2RC8A 1JW5A 4NF4B 4OZ9A 2YLNA 4AB6A 5H8NB 3TKDA 2XHDA 5CMCA 4TLMB 4OFLA 4LATA 1FTMA 1BIYA 4O3AA 1B7ZA 1IEJA 1QVSA 1HSJA 2PMSA 1IXGA 1F9BA 3A3CA 3MPKA 2AYSA 1IQ7A 3T9VA 1A8EA 3N6TA 3MP8A 4PFUA 1D9VA 4F18A 3O9PA 1B0LA 3MC2A 1XT8A 1OQGA 2B3BA 4NWDA 3UA8A 2HFBA 3IOUA 4YICA 5I2NA 4KYEA 3C32A 2RCBA 1OMPA 1R9LA 1SYHA 3FZVA 3FJGA 2QS4A 3GLBA 1XC1A 3C36A 4GVOA 1PB7A 4L17A 5KZTA 4X1DA 1P1WA 4FECA 2D3IA 1UTHA 3USDA 1URSA 3S2VA 3H06B 1B1XA 1ZJLA 3D4GA 3OO7A 4MBPA 1SBPA 4R74A 3O28A 3MZ9A 4LQ2A 4YKPA 4YU0A 1B6HA 1B5HA 1FCKA 3PMWA 2NOOA 1Y3PA 4LP2B 1IIWA 2KLFA 3K4UA 1ZU0A 4JWXA 4G77A 3SETA 5DVFA 3RLFE 1USYH 1B32A 3IOTA 2Y7IA 5DTBA 4HCYA 4LVQA 1MXWA 3C31A 1H76A 1O63A 3MW0A 2M8CA 4P0IA 3RY3A 2I4CA 2LAOA 1SW5A 2ANJA 4YKIA 3MUQA 4BDLA 3IR1A 1JW4A 3FVKA 4PFYA 4N07A 3KN7A 1B7UA 3DP4A 4RNSA 1NMUA 2DE3A 5H8HA 1I6BA 4EXLA 3VLUA 3Q28A 1MXVA 1LCFA 5FTHA 1FQBA 4F3BA 4FIMA 3RT6B 3RUMA 1UQWA 2ONRA 4JB7A 2F7AA 5I58A 4GIZA 1WODA 2YPNA 3DLNA 3KOSA 3H4ZA 2R71A 4QFLA 3TTKA 4DCYA 1LBCA 1N3XA 2ZXTA 1MY1A 2RKMA 4YMAA 1MQDA 1TWYA 2ONKE 1IITA 1DSNA 4R2FA 3L6GA 3KSXA 2F35A 2OLBA 4XTCQ 4RK2A 1XHYA 3HCQA 2XXPA 3T22A 4ISUA 2A5SA 2F7CA 3MP1A 4ND9A 2DXYA 4JWYA 1FTOA 3C4MA 3KEIA 4HCWA 1MQIA 2RINA 1P1OA 1SW1A 3F11A 3TELA 1Y20A 4ZECA 2DWHA 2AIXA 2DQVA 4ZEBA 3PU5A 1B3HA 3VFJA 2H25A 2XXYA 4MFIA 5DVJA 3THIA 4XKQA 2IA4A 1B40A 4NE4A 3VVFA 3N26A 4O3BA 1LB9A 1MH3A 1N7WA 1POTA 4OERA 3A09A 1B4HA 1SW2A 3TQWA 4LQ5A 4RJZA 4GD5A 3CI8A 2XXHA 1LAGE 3OD7A 4R6KA 3MZ1A 4XIGQ 1GV8A 3EHSA 4H0WA 2UXAA 4NF5A 5H8FA 4EF2A 2OCUA 4TOZA 3C9HA 3K1MA 5L9MA 5B70A 4IY6A 3QYTA 4GOTA 2UVGA 3CG1A 2YJPA 3MP6A 1MXZA 3FUZA 3DELB 2UYFA 3FGSA 3LR1A 4NF5B 1LSTA 5H8FB 1CB6A 2P1SA 2DE2A 1LFIA 4H1XA 4X1BA 4R6HA 4POWA 2Q9TA 5FTIA 3TEPA 2GHBA 2RC9A 3KG2A 5AA2D 4XKPA 3W15C 1OQHA 1QUKA 2XX9A 3G3KA 1T0KA 5F1QA 2H5YA 1BTJA 5DT6A 3VVEA 2D5WA 2XXXA 4G68A 4C1UA 3S9EA 4BLAA 3M3LA 3SESA 4UA8A 2ZNUA 3G3GA 1S9TA 2VHAA 5TU0A 4ZDMA 3W9VA 2REGA 3H7MA 5HBCA 1Z7ME 4GL0A 3K2DA 2Y84A 4GXSB 3KOTA 3BBRA 4Q5TA 4NF6A 4WEDA 3H6TA 1PBPA 4RXLA 2QSXA 4PFWA 4EQ7A 1NL5A 4H65A 1QJMA 1I6AA 4WKMA 2QRYA 3CFXA 5H8SA 3EHUA 3EPEA 5L8DA 3R6UA 5K2XA 1SI1A 3ZS6A 3HN0A 3G3HA 3S9LC 3H03A 3IL1B 4R2BA 2FYIA 4OETA 4NF6B 1OLAA 2RC7A 3IK6B 1B0HA 4OVJA 5ITPA 1II5A 1TT1A 2ZNTA 3I6VA 4H67A 1O64A 1SVXB 1XOCA 1MS7A 1JVYA 1VE4A 3IOWA 1B7HA 1VR5A 4KYDA 1URGA 3C35A 1EH3A 3CFZA 3MWBA 1OIBA 3IB0A 3TFLA 4NMYA 2O6AA 3OEKA 1ZLQA 3HPIA 1A99A 3IOVA 4H6DA 5I57B 1H3DA 2VD3A 3K6XA 3TDJA 2AL4A 4O3CA 2XXQA 2FA7A 1WDNA 3CSBA 1Y1ZA 3FXRA 3TZAA 4H5FA 4NF4A 4NF8B 1AIVA 2H99A 1GVCA 5H8NA 3JZJA 2A5TA 1NNTA 2O68A 1WVJA 1JETA 4ESXA 3FJ7A 1J1NA 2O51A 4U23A 1GTKA 5AA2A 2F97A 4YKKA 3C34A 4P0GA 4RPNA 2X26A 4R75A 3Q27A 2NXOA 1MXYA 1IXHA 2XXTA 2ZMBA 2F7BA 3N94A 4FJPA 2Y7WA 2A5TB 4F3SA 3HSTA 2DSFA 2ESNA 3T9XB 5AE4A 3IJXB 4ZEIA 2I0BA 3T96B 2PYYA 5AA2B 2H4IA 1UIVA 3PGFA 4AB5A 3T66A 1NKXA 3UN6A 2CZLA 2V3TA 2PT1A 1LLSA 3R7XA 4RYAA 3KJ7A 3IX1A 2ONSA 1B52A 1MH4A 2W7YA 3K6WA 1UTBB 2Z8EA 3LSXA 2REJA 2V25A 3S4UA 2ABHA 1Y4CA 1KWHA 4IO6A 1OVTA 1QKAA 3CR9A 3TMGA 4U22A 3PPQA 1Y3NA 4THIA 3KSJA 3TQLA 1XVXA 4C1TA 1EU8A 1QUIA 1B5JA 4RY1A 2FNCA 3CG3A 5TP9B 3QXMA 4F1VA 3PPNA 3IAZA 4EF1A 4RK9A 1BLFA 3K1PA 2UVJA 2XXUA 1R9QA 3AXFA 2I0CA 4F29A 3FVNA 3PUZE 3RTWB 3U1OA 1A7LA 5M2VA 1DOTA 4N13A 1MRPA 1ANFA 1DTGA 4H8IA 1YAEA 1EZOA 2XD3A 1RYOA 3H6VA 3QAXA 4K3FA 4LZ5A 2V3UA 4ELPA 1B1HA 2Z22A 2H9BA 3KZGA 1P1UA 2OBGA 4DCXA 5I84A 3QUFA 2HAVA 2Q88A 2NWJA 4GL8A 2QPQA 4WEPA 1FTKA 3PUYE 3U72A 5AA1A 1IXCA 3IB1A 3UORA 2GHAA 3QUJA 1B4ZA 3K02A 1MDP1 1PEBA 2XXVA 4G8NA 5IAIA 4R73A 3SEYA 3O66A 3MBPA 3SDFA 3G3FA 2I3VA 5J1DA 5H8QA 3MQ9A 3TCFA 1NNFA 2DP8A 1P1QA 4OMBA 4DXUA 1QULA 4YMBA 1R6ZA 3RNNA 4QFNA 4IO4A 4LZ7A 2G93A 3IJOB 4MLQA 3LSWA 3H6WA 3SKPA 4Z7EA 1IUDA 4F19A 2DS9A 1FW0A 1B3GA 5H8QB 3MVYA 2Q8JA 4QFOA 4HS7A 4ZEKA 4ONYA 4R6YA 1IZ1A 2F6PA 2I4BA 4PP0A 3M3KA 4ESWA 2X7PA 2OZZA 2F8DA 2ZYKA 4G2ZA 4U1OA 3T9HB 1JNFA 3MVWA 4F31B 3M8UA 4M1VA 3U94A 4KPTA 2CMOA 4OQOA 1HSEA 5CMKA 3B6TA 2O1LA 3FJMA 3UGWA 2DE4A 1B3EA 4FAJA 4FORA 1ZKBA 4QSCA 1CE2A 1B58A 4ZZAA 1MM6A 4Q0CA 3ILUB 1YCJA 3QK6A 5DEXA 5A5XB 4GQOA 3W9WA 1MQJA 3FV1A 3CRBA 3PUVE 4MLVA 1Y4TA 4TLLB 3OO9A 2B65A 1MXXA 2HXWA 2VGQA 4XKNA 5DEXB 5AA4A 2Q89A 3S9NC 1MDQA 3P7IA 3G7WA 2XXWA 1USYE 2NUVA 4LUBA 2F5XA 4QSDA 1I6QA 4YKJA 3PPPA 4KHZE 3ZSFA 3G3IA 2QJEA 1UIUA 4MF3A 3O6IA 1LAXA 1PDAA 3DM0A 3SERA 4OENA 4ELRA 2HCAA 3FIRA 5AA4B 4LONB 4F39A 4EXKA 2PBWA 2F6GA 4IO2A 2O84X 3U92A 4OXVA 3KJTA 3TTLA 1B05A 1FTJA 1MXUA 2OK2A 4OFJA 5I2KB 1N76A 4OTEA 1A8FA 4JWOA 2XXRA 3U93A 3TAJA 1OVBA 3OEMA 3TTMA 3LUYA 3O97A 4Q30B 3TTNA 3K01A 4G68C 2GH9A 4UACA 4LA9A 2V3QA 3ZKKA 3PMVA 4GXAA 2ALUA 3O2AA 4N6PA 1NNKA 3PUXE 4ELQA 5I56B 1LB8A 4GRKA 5KCJB 1TFDA 3LSLA 4IO5A 1SI0A 1FQEA 4DXCA 3UK4A 3FATA 4Z0IA 2ZYOA 2HEUA 2DVCA 2V84A 2R9JA 4PQJA 3I3VA 4P11A 2HAUA 3GBAA 1SDXA 5I57A 5EHMA 4KI0E 1L5TA 3PPRA 5ISUA 4U21A 3PV0E 2HZKA 4QFKA 1MM7A 5EYFA 3C33A 1FQDA 1S7YA 4PETA 2QL3A 1SW4A 3VE1B 3OENA 5HM4B 3H3GA 3RN8A 4BDOA 5EHSA 1SYIA 4NF8A 3U8QA 3DP8A 2QMWA 5IKBA 1Y1MA 1SD3A 2AL5A 3GBBA 5BUUA 1MY3A 3Q25A 1DMBA 1BP5A 3CIJA 3VDFA 1MQGA 4F22A 3M3FA 1M5DA 4NEDA 3RQTA 1VFDA 5CI5A 3IO4A 4QF9A 1H43A 1B9JA 3CVGA 1LGBC 3KN8A 3VXCA 1B51A 3N5LA 4MH5A 2F36A 3ONMA 1JQFA 2QS3A 3MZBA 4PE5B 3WAFA 3S9MC 1XS5A 5JEIA 4FEDA 4ZS9A 1M5EA 3K6VA 1Y3QA 1D3KA 5FHOA 2RCAA 4G4PA 5ELVA 1MPCA 1UTBA 4EUOA 3LSFB 4EQBA 1TXFA 4R72A 3RGYA 3K00A 4I1DA 2UVHA 3E9XA 3FV2A 1NFTA 4OEUA 1B46A 3H6UA 4F1YA 5K2YA 1EZPA 2ZYNA 5TP9A 3OSRA 3TODA 3OO6A 2PT2A 1US4A 1NH8A 3CSGA 3K6UA 3VXBA 4POXA 2O69A 3GXAA 4I8CA 4QHQA 1DPEA 1NH7A 3B7DA 1R1NA 3TUSA 2DWJA 5BWJA 2B3FA 2R6GE 4QRZA 4C0RA 4G8HA 3OSQA 4Q8RA 3FASA 1TFAA 4ECFA 2QS1A 1XVYA 5LOMA 4R9FA 1A54A 3N6UA 4NTLA 2DYXA 1QW0A 3PD9A 4IB2A 4TQUQ 2E1SA 2HZLA 1PB8A 2XX8A 4FEBA 3KBRA 5I2NB 4GF8A 4E0XA 4X9TA 1S50A 3WAEA 4YB6A 3O6HA 4H5GA 1AL3A 2OWSA 3LC8A 4XXUA 3ECRA 1PB9A 3Q26A 1UTHB 4OFOA 5CC2A 1PBQA 1O7TA 3E13X 1BKAA 1DPPA 1OLCA 2F34A 2GRVA 5B7DA 1LCTA 1QUJA 2PVUA 1B3LA 4OESA 5JTYA 1ZBMA 4KQPA 1LBBA 1MPBA 3T9UA 4RPOA 3EN3A 4QFPA 1AOVA 2HQ0A 3T93B 1PC3A 1GGGA 4EDPA 4OEVA 2NVUB 3TCGA 4BDMA 2QMXA 3MAMA 5JTYB 2G29A 4ZEFA 3UP9A 5DVIA 1AMFA 5L9OA 4YB5A 4LZ8A 3BFUA 2Y7PA 3BKIB 4ZE9A 3QIMA 3E4RA 3IB2A 3OXNA 4IY5A 2O7IA 4EQ9A 1ZTYA 5H8HB 4X48A 3BFTA 5CMBA 4FATA 3JYRA 4KCDA 4DZ1A 1Q35A 4OHNA 1P99A 4YB7A 3MJNA 1MY4A 3V89B 4KD5A 5JK4A 2XX7A 1M5BA 2VD2A 4YAHX 3CFLA 1MPDA 4F2QA 5I58B 4RA1A 4F3PA 4DIGA 1H45A 3O29A 4FE8A 4DXBA 1FQAA 2IEEA 4F1UA 2P0SA 1ELJA 5A5XA 2Q2AA 3HHFA 1D9YA 3SEXA 3DP6A 2DWAA 4NWCA 3TYHA 1MQHA 2ZNSA 3VV5A 1N84A 2XD2A 4F3GA 1QKBA 3ZKLA 5DYHA 5TPAA 1URDA 3TTRA 1AH5A 1MY0A 4BDRA 2I58A 4ELOA 4ZEDA 3PMXA 3PUWE 3FXQA 5CMMA 2Q2CA 3IORA 1MY2A 3RT8A 2XXIA 5I59A 5HPQA 4IO3A 4JSOA 3HHGA 2VP1A 3FVOA 1DTZA 5TPAB 3G3JA 1M5FA 5ICQA 4BDQA 2H98A 4DDDA 3A3UA 1JW1A 1B3FA 5L9SA 2OJTA 3HO7A 4IGRA 3FVGA 3MVXA 1LFHA 1LFGA 4U1ZA 3IO6A 1N7XA 1GR2A 5I59B 1EZ9A 1JEUA 1LAHE 3B6WA 2WKYA 4G8MA 2DWIA 2DVZA 5I2KA 1P1NA 1D4NA 3HV1A 4IO7A 3JV9A 4KR5A 4OYVA 3KGCA 4BDNA 3OOAA 4QSEA 2X7QA 4ZZEA 1YPNA 4H8JA 5KDTA 5CBSA 1VSOA 4YZZA 3TCHA 3KN3A 2Z23A 1VFEA 1ATGA 1A40A 3FXUA 1FQFA 3ODBA 2F78A 2I6EA 3OMBA 4DLDA 4GWOA 3SEUA 2Z8FA 5I56A 1YTVA 5KCJA 4HTGA 5KDTB 1RKMA 4KCCA 1N04A 3Q29A 4JSDA 1Q1KA 4U4SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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