4JDB | Genus

Total Genus 106

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	106
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Trypanosoma cruzi
publication title	Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with MII-5-005 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
total genus	106
structure length	313
sequence length	313
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2013-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	4jdbA02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4jdbA01

4WD0A 5EY5A 2F7FA 5CZ0A 4N6FA 2ZBTA 3TC6A 3I7QA 3FJ6A 1Z44A 2VOMA 2EHHA 3W74A 1A5BA 3L21A 4HHPA 4O54A 5D38A 3M44A 4LS2A 1QPNA 1FUYA 3NAVA 3SJ3A 2FPTA 4JTUA 2DJLA 5FEWA 3TUUA 3D0CA 2BLEA 5FF4A 4RKAA 1KTNA 3PSVA 2WPBA 1ZJIA 4CQ8A 3UXDA 2E09A 2QUTA 3PB2A 2ABAA 2V81A 4A22A 1LRNA 5F2MA 4AF0B 1W5PA 1AW1A 5BRBA 2ZCGA 3PF3A 4MYXA 4BF9A 3GX9A 1G4TA 4GXMA 5AB3A 5F1VA 2V2DA 4Z1CA 4FX7A 3S1UA 4Y6GA 1VLWA 4JTJA 2JKAA 4O0ZA 2X16A 5FF3A 5G2IA 1D3GA 3HGJA 4EF9A 3HG5A 4O11A 3TNOA 3S0CA 3R8RA 2X2GA 4WX2A 1TV7A 5HWMA 2JKEA 3JRKA 1IXNA 3OHIA 1T96A 2XN1A 3M7WA 4GBUA 3FIGA 5K4ZA 1DHPA 1JCYA 3U8GA 3RLVA 3NQCA 1DL3A 3AO0A 3KRZA 1Q6LA 3FYOA 3G0XA 4UTLA 4O17A 5L9FA 3W7DA 1HG3A 1EPXA 1OYAA 2G95A 2ALDA 3HJZA 4ORIA 5KMYA 1XDLA 1KW1A 1EP1A 3NM1A 4I7WA 1PVNA 1SQ7A 1VYSX 3LRMA 3GB6A 2WNZA 3MJYA 1EP3A 3VE7A 4BWLA 3ELFA 1KFLA 1OK4A 3IRDA 1QOPA 2VFHA 4RX0A 1AG1O 1B4EA 1GVFA 4S2CA 1KV5A 2PE4A 4BI7A 3RMJA 2BXVA 4HNVA 3NXFA 1YTEA 3FA5A 1B4KA 5K9DA 1MEHA 4O53A 1I2NA 2QDGA 2CLEA 4UFKA 3KRSA 2ISWA 3QJAA 4X2RA 2W6RA 3LHUA 1K8ZA 3BLIA 4EWND 3QH2A 2YSWA 1UJPA 3TU9A 1TYGA 4I7VA 3RK8A 3A22A 2W0UA 3CT7A 5AHLA 3F4WA 1AMKA 4O1CA 3O16A 4JTHA 3G24A 3HQ1A 3LLFA 1W37A 4UFHA 1YTKA 1H62A 1F05A 3DI0A 3L65A 3NQ6A 1XCFA 5F2LA 2QCCA 1OX4A 4JTGA 3N34A 2DZVA 1Z42A 2R94A 4OBTA 1TIMA 5D2TA 3P81A 5CKSA 4ML9A 5FEXA 1U5JA 1Q6OA 2RHGA 1L2UA 1QPOA 4NX5A 4KFOA 3HBLA 5EA9A 2A0NA 2ZZ2A 2YZRA 4H4IA 4Q32A 4Y8FA 1UUMA 1VGAA 1CI1A 4AHOA 2V30A 2WQPA 3W85A 2VFIA 3HGRA 4MY1A 4JIQA 2NUWA 4NQ1A 1T99A 3IIVA 3UZJA 1V5XA 1SFJA 4DEFA 3M5XA 3TV8A 2YW4A 5HULA 4QAIA 3M9YA 4C1KA 3PBUA 2JBMA 2E6AA 1LYXA 1RQHA 4DBDA 1LZOA 4ZVJA 2E5DA 4JYEA 4BFAA 2X1SA 2G5WA 1YXDA 1OX5A 3JR2A 1J4EA 3M41A 4OV9A 4H3DA 4D2JA 3RF9A 4O14A 3WJYA 2F84A 1ZAJA 1MXSA 5TBOA 4IXXA 3BARA 3N2XA 4LT9A 3W2UA 1HL2A 3HPSA 3F4NA 1N8FA 2HSAA 1H1ZA 3BV4A 4LRTA 3QSRA 3DI1A 4K6AA 1SUXA 4AF0A 1G7UA 4UTWC 4ADUA 4UFJA 1VHNA 2C1HA 5A8GA 4IMEA 2ZZ3A 2JK2A 3F03K 3W3OA 1AL7A 1S5VA 4A29A 1AL8A 5LNUA 2ZRWA 3QPYA 5K9CA 1KM3A 3TQKA 1R2TA 1LOQA 1A5AA 1GTEA 1ZENA 3R13A 3C6CA 3P80A 2V0TA 2VEIA 4WZHA 5K7JA 1TRIA 3NPVA 2CWNA 3W7GA 3O05A 4EIVA 4XKYB 4ONVA 3NOEA 5LNSA 3GDTA 4OGZA 2QAFA 1MSSA 1ICPA 2NUXA 3NQ2A 3UYCA 2CZEA 4ADSA 3WJWA 3W71A 3IVSA 3W7JA 3W1UA 3LCLA 1JULA 1OF8A 4NZJA 4UUIA 3STEA 2GVGA 4MOZA 4AEOA 3PUEA 1X1OA 3QMTA 5LHEA 5H91A 2E1DA 3IV3A 3TXZA 4UMBA 3LTPA 3PUDA 4LVFA 1X6UA 3DFNA 4ALDA 1OFAA 2A6NA 3QMSA 2VELA 5LHFA 1OYBA 3M1ZA 4PA8A 1G69A 5D2XA 2CFFA 3IGSA 1PL9A 3DFQA 2NX3A 2E5CA 5BOOA 1TTJA 5K4XA 1TTIA 1VS1A 3HG2A 3OG3A 2YFOA 5TQLA 3R2GA 2AGKA 5FEZA 5IBXA 3T44A 3C0JA 4UR8A 2ZFAA 2RDTA 3GXTA 4DF0A 3W2MA 3UWZA 4MZ8A 2GQAA 4RCXA 3W7QA 4E2BA 4MLJA 4UTIA 3QC3A 3T78A 3L9CA 3A23A 1O4UA 4B5NA 3G1VA 4NZFA 5C2XA 4RZ6A 5DCBA 3MP5A 5HINA 3M0ZA 1IXPA 3W7MA 4LV9A 2RDWA 4WOZA 4NNBA 3TK7A 3GLCA 4CQ9A 4ZMGA 2WNNA 3WJZA 1A50A 1IF2A 3N9SA 2XN0A 2R8WA 5DLCA 3EX4A 4IWWA 4O4WA 4O19A 1KM4A 2ZTKA 1VR6A 2ISVA 4LUIA 2J9XA 2QCMA 3W7NA 5AYZA 3TAOA 6ALDA 4AVFA 2A85A 3KRUA 2OT1A 4TMBA 1M6JA 2FFCA 1HUVA 2DZUA 1K7EA 1W3NA 1JUBA 2TYSA 3FKKA 3P8IA 4O1BA 1MEWA 3R12A 1H1YA 2P1FA 2CLIA 3GXPA 4N9DA 4UC5A 4IQLA 3VKJA 3G18A 4HPJA 3O6DA 3QPZA 3SFKA 3EB2A 2DZWA 1VH7A 5I3IA 3NM3A 3MP4A 1NF7A 3B04A 5LGZA 3O63A 1IIHA 2YCEA 1EA0A 3E49A 3IVUA 1RR2A 3W87A 3W7PA 2CZ5A 3L0GA 5BNKA 3DU0A 1H50A 3CC1A 3LHYA 1G6CA 3TW7A 3NL5A 5HJLA 2ZRYA 2GOUA 3RU6A 4DF2A 2H90A 4JX4A 4TO8A 1GVQA 2NZLA 3I68A 3EWBX 3CHVA 2X1UA 3BW3A 4X3ZA 3FFSA 3A9IA 2B4GA 2C16A 3CEPA 3BW2A 4LVBA 3G1FA 1OJXA 2B7OA 3LLDA 2BWGA 4RZ5A 1FDYA 4QM1A 1GQNA 1NAL1 1G4PA 1W8SA 1F73A 3UXAA 4PL2A 7TIMA 4XKYA 4GFSA 1VYPX 3PG8A 1SW3A 1TQXA 2BX7A 4O52A 4RR4A 1P0NA 4RV8A 3DKJA 1EWDA 3L5AA 3W22A 3BK0A 3GR7A 1EWEA 1XUZA 5BMWA 3MBFA 2YX0A 2WSRA 4KFPA 1TJRA 4YCPA 4NX0A 3W7IA 3PBVA 4P2VA 1WBHA 1PHWA 3EKLA 5F4SA 5KINA 2EF9A 5U4NA 3EX3A 1RVGA 3GNDA 5G2WA 1XM3A 1TQJA 4TR9A 5AHNA 1PE1A 1Y0EA 4IOTA 3WK1A 2GUUA 1QPRA 3WFAA 1R2SA 4FNSA 2OCZA 4KWWA 5F1UA 3IGXA 2P10A 3BPWA 3L66A 3O07A 5CG7A 2A7NA 5U7SA 3NZRA 5CZSA 2YDAA 3W1PA 1K8YA 2WNQA 1SO3A 1FDJA 3PC0A 4IJBA 1H7NA 1G4EA 4MIMA 5HWJA 1H7RA 1N7KA 2Z6IA 3W1TA 1SU5A 4W9TA 4YMZA 3PY2A 5CSRA 1SR9A 5LSMA 4GC4A 4ORMA 2CLMA 3N14A 2C3ZA 4MY9A 4NJHA 4MUZA 4HT3A 4NJIA 4JTIA 4O10A 5HUOA 5D02A 1FCUA 1LTDA 4UMCA 5I3HA 3W83A 2QCEA 5FEPA 6TIMA 1DVJA 4XUGA 3L67A 2B0MA 3N19B 4JTSA 3W2LA 3I65A 3KAOA 3TIMA 4HKPA 2A21A 1SZGA 1WA3A 2V82A 2ZRXA 1SFLA 3PAJA 4PCFA 4QJ1A 4WOQA 3W1AA 2R14A 3SSJA 3P61A 2W79A 1BEUA 2Y61A 2AQWA 2E77A 1YPIA 1BWLA 5L6UA 3LHWA 4O28A 3HOJA 2EGZA 3G1XA 3TQVA 2CZDA 5K9XA 1TPFA 4OQVA 2J9ZA 3QW3A 1K3UA 5FI8A 1T0OA 1VPXA 3LDVA 1RD5A 3SW6A 4ZQOA 1W31A 5LKYA 2FTPA 3A21A 4EOUA 4BI6A 2HS8A 5HR6A 3TMLA 1TSIA 2RKXA 3NQVA 3GAYA 3PR2A 4LC8A 4M19A 4AWTA 1JCMP 4JN6A 3TC7A 3GIYA 3MO7A 3W2KA 4WUIA 1BTMA 2VKZG 1LOSA 4HIBA 3LERA 3W1XA 5AFDA 1H61A 4JR5A 1OFEA 4RXFA 1B57A 2GPTA 2FLIA 5H2ZA 3IEBA 1N55A 1F5ZA 3THQA 3M47A 2I9EA 1EP2A 2JKPA 4Y96A 3G0UA 3CIXA 3KVMA 3N73A 1NSJA 3GDKA 1HO4A 5FF0A 4UFMA 5BMXA 2Z6JA 2O7QA 4A3UA 2B7QA 3S1VA 4OV4A 1R30A 1Q6QA 4JXCA 4K36A 4UTKA 4ZL1A 3HPZA 1SZNA 1X7FA 3KHJA 1P1XA 2OT0A 4L4MA 4FXRA 3HO8A 3LHVA 5KSWA 4NXSA 2PCQA 5D2VA 1HFBA 2VFGA 3LGEA 2QCNA 1LLWA 1FXQA 3B06A 3GR8A 3PVFA 1DV7A 3OIXA 1KBJA 4K7YA 3I6RA 4AAJA 3RNDA 4LTSA 3DHFA 3C56A 3W9ZA 1GVRA 1KFJA 1H7OA 4N4PA 3NEVA 3W84A 4O1AA 1I4NA 1PHQA 3IGUA 3HG4A 3ATZA 2A5HA 3HF3A 1XBVA 5D04C 4O57A 2GVLA 1S3HA 1JQVA 3DAQA 3O1NA 4JX5A 1OHLA 4K7VA 1H7WA 4AHQA 3UY8A 1RV8A 3A24A 3L0KA 3I7SA 3GZ3A 1FBAA 2A6LA 1IGSA 4NJKA 4NT0A 2QUVA 2WV8A 4FEZA 5FESA 4PFMA 3LCGA 2ZZ6A 3O6YX 2XN2A 4JTLA 3KFTA 4AB4A 4DF1A 3W1LA 3ZR4A 4LC6A 4FX6M 3IVTA 3IIOA 2C19A 4DQWA 3C2OA 3N9RA 2PRHA 3DHDA 1KM1A 2WKJA 1GG0A 3UWUA 4CCEA 3NR0A 4FNRA 1WYIA 4AHPA 1ZHAA 3TDFA 4K8EA 1W3IA 5DELA 4O12A 4GJ1A 3EKZA 1LBLA 1SPQA 3LCHA 4YL2A 5CZTA 4E38A 2RH9A 4LVDA 2X1RA 4P61A 5G1YA 2PRMA 2ZA3A 2V2HA 2A1YA 2DZTA 2VFEA 3AJXA 4NXKA 1LM1A 3E9AA 4Y90A 4N02A 5A5WA 5KITA 4NJJA 4HNUA 3DZ1A 3HGSA 3TJXA 2PURA 4UTUA 1Q3NA 3W1RA 4FHAA 1XL9A 1XC4A 3W7KA 2Y85A 2J27A 3PULA 1Z41A 1TPB1 2I1OA 2ZZ1A 4TIMA 4BR1A 1GWJA 3LCWA 3C8FA 3LXBA 2Z0IA 4TX9A 3CLMA 5D37A 1WOBA 2VEKA 1UASA 5FF7A 4LUJA 3NL3A 4MZ1A 2HS6A 1TV8A 2E6YA 1MEIA 1SSGA 4JEQA 1WDWA 4RXGA 1VCFA 1BWKA 4GWEA 5HMSA 1FWNA 2WSYA 1R2RA 3BVJA 3CB8A 1RPXA 5E93A 1W56A 2CLOA 3M5YA 2QCLA 4QSHA 3DXIA 5CSSA 1W3TA 1QR7A 2GQ9A 3MW7A 3UWVA 3P5ZA 4R33A 4MZYA 3EXTA 2DZSA 3TJLA 1I2OA 4TU1A 1S5WA 2QJGA 3ZFHA 3Q58A 2NX9A 3C61A 2ZDRA 3K30A 4HN4A 3MWAA 4O13A 2QF7A 1GYNA 3P74A 4QQ3A 2NWRA 3CEUA 3SGZA 3FOKA 2ATSA 1NF0A 1Q6RA 4FX8A 2OX1A 3QFEA 3S9YA 1DKWA 3FKRA 5SWUA 2GQ8A 1W5MA 8TIMA 3GK0A 4XTIA 3NG3A 4RK8A 1WBJA 1ME9A 3QF0A 4DO6A 4Z08A 3ABOA 1GT8A 4AWUA 4PEKA 4O15A 1ZY9A 2FDSA 3SIZA 3G1SA 3O8AA 1XFBA 2ZA1A 1O60A 5C5YA 3NQDA 4Q33A 1YDVA 3SY5A 2H3DA 1F2JA 4J9JA 3INPA 3BG5A 4I7UA 2ZTJA 4PODA 2Y62A 4ICNA 2BSLA 3STGA 3EEGA 4K39A 4LNYA 5DXXA 3W73A 2HTMA 4M6VA 4MJZA 1BKSA 3W76A 1A53A 3LX9A 4UNKA 3LTSA 4UR7A 3QMRA 4MKNA 4HSOA 3EWYA 5HR7A 2Q8ZA 3LCFA 2C14A 3CWNA 1P4CA 3L5MA 3P84A 1KBIA 1ADOA 4R7JA 4I9AA 1K7XA 4GUGA 2UV8G 4Q4KA 1LRQA 5I3GA 4KWVA 3HMJG 3W75A 2GVJA 1JUEA 4NUWA 1C9DA 1PCKA 1JCJA 4K38A 5C6MA 4MFEA 4N6EA 2OMAA 1FCQA 1TPH1 1G67A 2DZXA 3LV5A 5E0KA 5KTLA 4WY0B 1WOAA 4XBSA 1GVSA 2GJLA 2WJZA 3NQFA 3IIPA 1MO0A 2OZ0A 3W6YA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4JDBA

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