4JDFA

Crystal structure of a potf mutant complexed with spermidine
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
QKTLHIYNWTEYIAPDTVANFEKETGIKVVYDVFDSNEVLEGKLMAGSTGFDLVVPSAYFLERQLTAGVFQPLDKSKLPEWKNLDPELLKLVAKHDPDNKFAMPYMWATTGIGYNVDKVKAVLGENAPVDSWDLILKPENLEKLKSCGVSFLDDPEEVFATVLNYLGKDPNSTKADDYTGPATDLLLKLRPNIRYFHSSQYINDLANGDICVAIGWAGSVWQASNRAKEAKNGVNVSFSIPKEGAMAWFDVFAMPADAKNKDEAYQFLNYLLRPDVVAHISDHVFYANANKAATPLVSAEVRENPGIYPPADVRAKLFTQKVQDPKIDRVRTRAWTKVKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Change in protein-ligand specificity through binding pocket grafting.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Escherichia coli
molecule keywords Putrescine-binding periplasmic protein
total genus 122
structure length 341
sequence length 341
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jdfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jdfA02
1MQDA 1ZKBA 1ZU0A 1ANFA 3O9PA 3VLUA 5L9MA 3K01A 3PMVA 3K0VA 1USYH 3U1OA 1O7TA 2I58A 1M5FA 2V3UA 4OENA 2QMXA 2ONSA 3MBPA 1MPBA 3TCFA 5FHMA 3MVWA 4NF4B 3DP8A 4O3CA 3MVZA 3OD7A 1WDNA 4FAJA 2UXAA 1ZJLA 5I56B 1HSEA 2E1SA 4X48A 1RYXA 2QS1A 3CFZA 4LZ5A 4U23A 2OCUA 4IO4A 3EHSA 1M5DA 2O84X 1XVXA 1B1HA 5L8DA 5I84A 2QSXA 2QS3A 2XXHA 3K6XA 4HCWA 1M5BA 2W7YA 3FZVA 1VSOA 4LONB 2XD3A 3SESA 2ABHA 2F35A 2Z22A 2O7UA 3PPNA 4JB7A 2F6GA 2F7BA 3KZGA 2DWIA 5ITOA 5TP9A 1MXVA 4QFNA 1J1NA 2YJPA 5FHNA 3BKIB 4G68A 5H8SA 3H6VA 2B65A 3HV1A 1MPDA 2V3TA 4H8JA 4Z7EA 2DXRA 4BDLA 4ZEBA 3G3GA 4EXLA 2ZXTA 4U2RA 4DXUA 4QSEA 1IIWA 1LFGA 2Y7IA 3IB1A 4QFKA 4GXAA 4C1TA 3OOAA 3FGSA 2O7IA 1YAEA 4ZE9A 1Z7NE 4QF9A 2OBGA 4PFUA 1A8FA 4YKJA 2Z23A 1SYIA 4RA1A 4ZS9A 3LUYA 4WEDA 3G3KA 4POXA 2DWHA 1PB8A 4X1DA 5H8HA 3Q26A 4G8NA 1XVYA 2XXYA 3HSTA 3LR1A 4LQ2A 3UA8A 1VFEA 4F3GA 1VE4A 1ZMGA 4NTLA 3ODBA 1SVXB 4Q0CA 1II5A 3R6UA 2D21A 3P7IA 1LBCA 3KOSA 3DP4A 3PD8A 1LBBA 3A3CA 5F7VA 1UQWA 3PUXE 3TTKA 2O69A 2O68A 2Z8DA 3K6VA 2HCAA 3EN3A 1B3HA 4OETA 3ILTB 3KN3A 3CSBA 2RC8A 5CMBA 4GWOA 1B0LA 3K1MA 3TCGA 4DXBA 1US5A 3L6HA 3Q25A 1LAGE 3I5OA 2VOZA 3A09A 2PX1A 4C0RA 3U92A 2OWTA 4KYDA 5HM4B 1JW4A 1XC1A 1B2HA 4EF1A 4R6KA 1QJMA 5DVIA 4LQ5A 3VVFA 3HHGA 2AL4A 5DYHA 1OMPA 1N04A 1NH8A 4H0WA 2DWAA 4YMBA 3LSLA 5M2VA 1OVTA 5ICQA 4EXKA 1XT8A 3Q28A 4NE4A 4G8MA 4JWXA 4M4GA 5F1QA 5CC2A 1ATGA 2DS9A 3UN6A 2RKMA 3FVKA 2HFBA 2HAVA 4HCYA 4I8CA 2YLNA 1PB9A 5B7DA 2DSFA 1OIBA 3IOTA 4HS7A 3KJ7A 4GXSB 4F3SA 2Y7WA 2GHAA 1Y1ZA 3TYHA 1JETA 1DOTA 3VV5A 3N26A 1L5TA 3TDJA 1B52A 2QPQA 1H45A 4ONYA 1P1QA 2HZLA 3QSLA 2NOOA 1AH5A 1HSJA 1QW0A 3KGCA 3FASA 1O64A 5I2NB 4U21A 2UYFA 4AB5A 5HPQA 1QVSA 1Y3NA 5JTYA 4LZ8A 4F3BA 3IAZA 3MVYA 1LB8A 4JWOA 4LUBA 1LLSA 4FORA 4GVOA 3EQ1A 4ELOA 5CBSA 3B6TA 2AIXA 1Y4TA 1JVYA 3T66A 2Y7PA 1FTLA 3TCHA 3CFXA 2I4BA 2ZYMA 3IJXB 4F31B 2Q2CA 2Z8EA 1DTZA 3TKDA 2FA7A 1QUIA 4KPTA 4BDMA 4IGTA 3KOTA 4QFPA 1MDP1 2I49A 1VFDA 4MFIA 4XIGQ 4G68C 2Q88A 4BDRA 3MPLA 4XTCQ 3EHTA 4M1VA 1AMFA 3C4MA 3CSGA 4GIZA 4F19A 4IB2A 3TAJA 1MG1A 3TFLA 3SEXA 4MLQA 5AA4A 5DTBA 1ZIUA 3C36A 3T9HB 4F18A 1QUJA 3G3FA 3U8QA 2XX8A 1MY0A 5H8QA 3E13X 3RPWA 3O6IA 1N76A 2A5TB 2WKYA 3S4UA 1UTBA 2G29A 4DCYA 3UP9A 4YICA 2DVZA 1GR2A 3EHUA 3S9EA 2V25A 3KSXA 3O66A 2XXRA 3FVGA 1P1OA 5H8QB 2ZNTA 2FYIA 1FQDA 4JXIA 2RCAA 2VHAA 5BWJA 5CRYA 3C33A 1TFDA 1SBPA 1IZ1A 3PPQA 4N13A 4GFRA 2F7CA 5IAIA 4G8HA 5ELVA 1MQHA 1R6ZA 4TLLB 1BTJA 3PU5A 1DMBA 3FD3A 1MDQA 1B58A 5I59A 5I57B 4QHQA 1ELJA 4Q5TA 3DELB 3C31A 1XOCA 2F8DA 1PBPA 1JEUA 1MXUA 4GQOA 5K2XA 4RK9A 2GFEA 3VVDA 1B7HA 3WAEA 1EZ9A 4H5GA 5I59B 3LSFB 4IO2A 4XKQA 1LFIA 4NWDA 4N6PA 4IO7A 3QAXA 2A5SA 3LSWA 1I6QA 3FV1A 3KN8A 1WODA 1A99A 2ESNA 4MLVA 3T9XB 4KR5A 1FTOA 2UVGA 4GLIA 2P1SA 3IOWA 1B7ZA 2Q89A 2DP8A 2H4IA 4ZEKA 1Z7ME 1IXIA 4F2OA 1R9LA 4XKNA 1UIUA 3PPOA 3JYRA 3TPAA 3KFMA 3G7WA 2V84A 1MPCA 4RXLA 5JEIA 3KBRA 2ANJA 1A55A 3CRBA 2I3VA 3H6UA 4OEVA 3TUSA 2KLFA 1FQBA 4QRZA 4K3FA 1MM7A 1AIVA 1B46A 5AA2A 4NWCA 3RTWB 4XKPA 4BDNA 3K1NA 1BIYA 2RCBA 1JW1A 2AYSA 3C35A 1SI1A 3VLVA 4OEUA 2OZZA 3C34A 1N3XA 1LAXA 4H65A 4YB5A 3CG3A 3OSQA 2XXIA 4U4SA 5DEXA 1GGGA 5A5XA 3FUZA 3LC8A 3H4ZA 3RT6B 3UK4A 3PUWE 1MH3A 3T9VA 3FJMA 3KN7A 1B7UA 1GV8A 1Y3PA 4NF6A 3MQ9A 5TP9B 3TTRA 1LCFA 4OTEA 1S9TA 1A8EA 2ONRA 3O6GA 2THIA 1B5IA 3UORA 1N0TA 4G68B 1I6AA 3OO7A 1NNKA 4OFJA 1LSTA 3JV9A 5KCJA 2XXUA 3V89B 1B3GA 2R71A 3R7XA 1QKBA 4RY1A 1A7LA 4R72A 1SYHA 5DVJA 4H5FA 5H8FA 4OFOA 1B0HA 3GBAA 2QRYA 4IY6A 1HSLA 5KDTA 1SW4A 4KD5A 1N7XA 4AQ4A 3S2VA 3MAMA 1O63A 1MY3A 4YZZA 1D4NA 1NMUA 1FTMA 1LB9A 4F39A 3K2DA 5H8HB 5ISUA 1F9BA 3PPRA 2Q8JA 3O29A 5KDTB 2NWJA 4I9DA 2M8CA 3FJGA 4JDFA 4R74A 5TPAA 3JZJA 2DE4A 4R6HA 1A54A 1MXZA 3QUJA 3AXFA 4ZEIA 5AE4A 2DOJA 4H8IA 4F1YA 3M3FA 3IX1A 2XX9A 1N84A 5I2KA 1B05A 4LA9A 2X26A 2ONKE 2RINA 4FECA 3ECRA 4KHZE 2DE2A 4EQ7A 5CMKA 3K1PA 1SI0A 3ZSFA 2F34A 3DM0A 4MH5A 1H3DA 2PBWA 4GD5A 3RGYA 4ELQA 4F2QA 3G3IA 3K00A 5H8NA 2I4CA 2X7PA 1D9YA 3Q29A 4QSCA 3LSXA 5JK4A 2HXWA 3EPEA 2GRVA 4NF8A 3O6HA 3CG1A 4OHNA 4ELRA 5I58A 1URGA 1FQCA 4YKKA 1A40A 2PT2A 5H8NB 3RQTA 2H9BA 3FXUA 2VD2A 4OESA 4OQOA 1IITA 2DYXA 3MZ9A 3RNNA 2XXQA 5CMMA 1BP5A 3G3HA 1S7YA 1RKMA 4U1OA 1URDA 4JSDA 3PMWA 4R2FA 3N94A 4TQUQ 2I0CA 4YAHX 2PYYA 4RPOA 5FTIA 4JSOA 1Q35A 2F78A 4WEPA 1AOVA 4ZEDA 5EYFA 1TT1A 3FXRA 3SEWA 3ZKKA 1B3EA 4RK2A 2Q9TA 3SETA 1FCKA 3TQLA 4QSDA 1FW0A 2XXPA 4POWA 3S9NC 2OLBA 3GBBA 2XXWA 4LATA 1Y1MA 3IR1A 4P11A 3PD9A 4U22A 3ZS6A 4KFQA 3OEKA 3FVNA 1P1WA 2OWSA 4HW8A 4O3BA 1SW2A 4ZECA 2O6AA 3MWBA 3WAFA 2O51A 1Y3QA 2XD2A 4YMAA 4IO6A 4DCXA 4ZDMA 2UVHA 3S9LC 5JTYB 3MUQA 3BBRA 1IUDA 5BUUA 3TZAA 2ZYNA 3KG2A 4FE8A 3KEIA 5DVFA 3FV2A 4I1DA 1I69A 3MZ1A 3PUYE 4BDOA 4XKRA 4XXUA 2VGQA 1POY1 2PMSA 5ICTA 4C1UA 1Y9UA 2VD3A 4YB7A 3OO6A 4NF5A 4KQPA 4E0XA 1B5HA 2IEEA 1UIVA 2P0SA 1MY2A 4PE5B 2GHBA 1OLAA 4F1VA 1MQIA 4X1BA 1S50A 3SEVA 2XXVA 5AA4B 3TELA 3RUMA 1ZTYA 3OSRA 1OVBA 4ESWA 3H7MA 3W15C 2HEUA 1IQ7A 4EQBA 1MQJA 3D4CA 4ND9A 1UTBB 1YTVA 3SERA 1LAHE 1P1UA 4ZZAA 1FTJA 3Q27A 2I0BA 4NEDA 3W9WA 1JEVA 3MP6A 2R9JA 4ELPA 1OLCA 1WVJA 2H99A 5AA1A 4IGRA 4OYVA 2DVCA 2HZKA 4EQ9A 4F3PA 4JBZA 3TQWA 2Y84A 1PBQA 5IKBA 2QJEA 1EH3A 2CZLA 4R9GA 4DLDA 3IORA 3DLNA 5LOMA 1IEJA 3C9HA 4I62A 3VXCA 3PGFA 4RNSA 3A3UA 2E0SA 3N5LA 2YPNA 2BJJX 5FHOA 5EHSA 4QFOA 3S9MC 2HQ0A 1CE2A 3T96B 2UVJA 3PPPA 4AB6A 4QFLA 2QL3A 3TODA 3TTNA 3TEPA 4DIGA 2VP1A 1I6BA 4NMYA 4YKIA 1LGBC 3PUZE 2NXOA 4GRKA 3QYTA 3MPKA 4KYSA 5B70A 3QUFA 4OERA 2P2AA 4HTGA 4BDQA 1IXCA 3B6WA 4NF4A 1SW1A 1M5CA 2R6GE 3H6TA 3OELA 5I56A 1SQYA 3MP1A 2Y7RA 1PEBA 3FVOA 3G3JA 3VVEA 4BLAA 1BKAA 1FQFA 3N6UA 3I3VA 1POTA 4ECFA 4OFLA 1QULA 2I6EA 3B7DA 1YPNA 1NH7A 1NNPA 1JQFA 3GXAA 5HBCA 1DPEA 4PFYA 4G77A 4GL0A 3FJ7A 1JNFA 1B51A 3TMGA 2ZNUA 3MVXA 3TTMA 3ILUB 3T93B 4RYAA 5DT6A 4FJPA 1QUKA 4H1XA 5J1DA 5AA2B 2DXYA 4E0WA 1PC3A 2DE3A 3M8UA 2OJTA 3IJOB 4G2ZA 2H5YA 3O2AA 3SEUA 4LP2B 4U1ZA 3BFTA 4G4PA 1MH4A 1NNFA 1LAFE 5DEXB 4U4XA 3QIMA 3U94A 3MC2A 5A5XB 3MJNA 4PP0A 4P0IA 3IOVA 5AA2D 4NF6B 3E3KA 1NKXA 1XHYA 4KCCA 3VFJA 4F1UA 1B3FA 3RTFB 4EUOA 3QXMA 1XS5A 4IO5A 2XXTA 3K4UA 4R6YA 1N3WA 4LZ7A 4PETA 4TLMB 3RT8A 3FATA 2FNCA 3KSJA 5KCJB 3H03A 4Q8RA 1EZPA 4R73A 3RY3A 3HCQA 1T0KA 4UACA 1MXXA 5H8FB 3IOUA 4JWYA 1JW5A 3O28A 3CFLA 3HN0A 2D5WA 2RC7A 5FTHA 4WXJA 3IL1B 1LFHA 4YB6A 3VDFA 3BFUA 3GZGA 3O97A 1R9QA 1M5EA 1CB6A 2ZMBA 1VR5A 3IB2A 2NVUB 3OMBA 4R2BA 2PVUA 4FATA 5TPAB 1GVCA 4ISUA 2DQVA 3OEMA 4ESXA 3I6VA 2X7QA 1Y4CA 1PB7A 1H44A 1NL5A 5I2KB 1QKAA 3FIRA 3K6UA 3H3GA 4ZE8A 1SD3A 2UYEA 3MW0A 1NFTA 4Q30B 4H6DA 1P1NA 1FQAA 2I3WA 5AA3A 3R26A 2F6PA 3CVGA 4R75A 2NUVA 3ZKLA 3T22A 3U93A 4LVQA 4MF3A 3USDA 2I48A 1SW5A 3ONMA 1BLFA 3SEYA 1B5JA 4RJZA 4NF8B 4TOZA 4GL8A 1KWHA 5I58B 1MXYA 2V93A 1TFAA 3C32A 4O3AA 3UGWA 4IY5A 1OQGA 1DPPA 4UA8A 1JVXA 1IXHA 2REGA 3IK6B 4P0GA 2QS2A 4Z0IA 2Z8FA 4OZ9A 2XHDA 3F11A 1TWYA 3OO9A 4L17A 3M3LA 4OXVA 1ZBMA 2XX7A 1DSNA 3RLFE 3H6WA 2H98A 3M3KA 3HO7A 5CMCA 1YCJA 5I2NA 1MS7A 2V3QA 2QS4A 4PQJA 1PDAA 1TXFA 3K02A 1H76A 2O1MA 1NNTA 3K6WA 1EZOA 1UTHA 3H06B 3IB0A 3CR9A 4DDDA 2O1LA 2B3FA 3MP8A 3PV0E 2ZNSA 1B1XA 1B4ZA 4PFTA 3IO4A 3U72A 4MBPA 4X9TA 1DTGA 3PUVE 3HPIA 2AL5A 1B6HA 3OENA 1US4A 1UTHB 5ITPA 1OQHA 1LCTA 4FEDA 3SDFA 1AL3A 1FTKA 2ALUA 2F7AA 3B6QA 3EF7A 4OMBA 1URSA 4GOTA 3N6TA 3QK6A 5EHMA 2RF1A 3V5AA 2QMWA 2ZYKA 1P99A 4N07A 3SKPA 5KZTA 3PMXA 2DWJA 1IXGA 3UIFA 3E9XA 5L9SA 4ZZEA 5K2YA 1EU8A 3CIJA 1D3KA 3CI8A 2OK2A 3OO8A 3KJTA 3VE1B 4PFWA 2A5TA 1GTKA 2IA4A 2D3IA 4DXCA 4F29A 4WKMA 4EF2A 1SDXA 5CI5A 2GH9A 2CMOA 1FQEA 3E4RA 4DE8A 2REJA 3D4GA 4R9FA 4OVJA 4NF5B 5CM6A 1ZLQA 2UVIA 4RPNA 2RC9A 4H67A 1B3LA 2PT1A 4F22A 3T9UA 3V83A 1B40A 4YKPA 4EDPA 4OWDA 3RN8A 3DP6A 2Y7KA 5I57A 4FIMA 3THIA 3L6GA 5CBRA 3VXBA 1Y20A 3GLBA 4THIA 4KI0E 1RYOA 1B4HA 3VLWA 2F97A 3V8XB 4FEBA 2G93A 3HHFA 1MRPA 1MY4A 2XXXA 1MQGA 2Q2AA 4KYEA 3W9VA 3OXNA 1D9VA 2HAUA 2F5XA 2LAOA 1H43A 3LBSA 1Q1KA 2F36A 5L9OA 4KCDA 3FXQA 5TU0A 2B3BA 2H25A 4ZEFA 3TTLA 1MXWA 3MZBA 4GF8A 4DZ1A 2ZYOA 1N7WA 1USYE 4YU0A 1B32A 1B9JA 1R1NA 1MY1A 4IO3A 1MM6A 3IO6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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