4JDFA

Crystal structure of a potf mutant complexed with spermidine
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
b'QKTLHIYNWTEYIAPDTVANFEKETGIKVVYDVFDSNEVLEGKLMAGSTGFDLVVPSAYFLERQLTAGVFQPLDKSKLPEWKNLDPELLKLVAKHDPDNKFAMPYMWATTGIGYNVDKVKAVLGENAPVDSWDLILKPENLEKLKSCGVSFLDDPEEVFATVLNYLGKDPNSTKADDYTGPATDLLLKLRPNIRYFHSSQYINDLANGDICVAIGWAGSVWQASNRAKEAKNGVNVSFSIPKEGAMAWFDVFAMPADAKNKDEAYQFLNYLLRPDVVAHISDHVFYANANKAATPLVSAEVRENPGIYPPADVRAKLFTQKVQDPKIDRVRTRAWTKVKSG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Change in protein-ligand specificity through binding pocket grafting.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putrescine-binding periplasmic protein
source organism Escherichia coli
molecule tags Protein binding
total genus 122
structure length 341
sequence length 341
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jdfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jdfA02
2I4BA 2HCAA 5KDTA 5K2XA 3TTNA 3K6UA 4FORA 3JV9A 3C36A 4EXKA 1IUDA 1UTHA 4G68C 4TLLB 2F97A 2XHDA 2E1SA 3KJ7A 3KOTA 1MM6A 1B1XA 5JTYA 3EHTA 4R74A 1MG1A 3KN8A 1B3EA 2E0SA 2VD3A 5JK4A 2OBGA 3LBSA 2O6AA 4U4XA 4M4GA 3IR1A 5CC2A 3OELA 2H5YA 1LGBC 3P7IA 4OFLA 2I48A 4YB6A 4FE8A 5L8DA 4OFOA 5H8HA 4OYVA 3MC2A 3U94A 1SW2A 5ISUA 1AH5A 2OWTA 2LAOA 4IO3A 1F9BA 2F7AA 3MPKA 3VXCA 5J1DA 2PT1A 3VE1B 4RNSA 1BTJA 3E13X 3G3GA 4OQOA 1QULA 4RY1A 3B6TA 1IQ7A 4NF4B 2XXXA 2D3IA 4DXCA 2YLNA 4R6KA 5DVJA 2P0SA 3O6IA 4P11A 4E0XA 2DWJA 4GXSB 4LZ8A 4C1TA 1URSA 3H3GA 1ZU0A 2RCBA 1RYOA 4JWYA 2QMWA 4F1UA 2VP1A 2I3VA 1NKXA 3EHSA 4O3AA 4G77A 1VFEA 1MY2A 4LQ5A 4F2QA 2ONKE 1MXXA 2HZKA 1B5JA 3K2DA 2Z22A 4G8MA 4OERA 4F1VA 4RYAA 1Y1MA 4IGTA 3PD9A 3R7XA 3UP9A 1LB9A 1OVTA 4YKJA 2THIA 3MP6A 1JETA 4Z0IA 1QVSA 2REJA 1TT1A 2HFBA 1MQGA 3IOUA 1I69A 2ONRA 4F2OA 3BFTA 3TELA 1FCKA 3HSTA 3I5OA 4BDQA 3TMGA 1N3WA 1M5CA 4ND9A 1B46A 4OEVA 1IXCA 3CFXA 3G3HA 2PYYA 3FVKA 4BLAA 3HN0A 1CB6A 2P2AA 2F6GA 4BDMA 4NEDA 5M2VA 4X1DA 3M3FA 4YKKA 1IIWA 1WODA 2W7YA 1B32A 4F3SA 4OESA 3PUYE 2Y7KA 3T66A 1MH4A 2PX1A 4U1OA 1S7YA 3RPWA 4G2ZA 5EHMA 2F34A 1B7UA 3KG2A 3MBPA 2QS3A 1DOTA 1P1OA 2Z8EA 3GXAA 3C35A 2I3WA 2REGA 3O66A 1H44A 4ESWA 4ELOA 3L6HA 1YPNA 3IO6A 4ZEFA 4ZEIA 4R6HA 1DPPA 4IO7A 1MY0A 4XKQA 1MQDA 4R6YA 1P1NA 1B4ZA 1US4A 3SERA 5AA2B 3BKIB 3C4MA 4ZE9A 2X7PA 1S9TA 1XHYA 3AXFA 4FATA 1GGGA 4MH5A 5I56B 3IAZA 3DLNA 4GWOA 1P1QA 3U1OA 3OSRA 5BWJA 5ICQA 1MY3A 4AB6A 1HSEA 4BDLA 1PB8A 2F7CA 4JB7A 4KYSA 3TFLA 4ZEKA 3TQLA 3PUZE 2IA4A 1Z7NE 4TQUQ 2OCUA 3S9MC 3CSBA 4U22A 3A3UA 2R9JA 4PP0A 1YTVA 4C0RA 3K00A 4WKMA 2Q2CA 2O7UA 3N94A 3SEYA 3TYHA 3TTLA 1LCTA 3QXMA 3K1PA 4RA1A 5ITPA 3PMWA 4TLMB 2DE2A 3E4RA 3MUQA 1P99A 4WEDA 1LCFA 3CIJA 4YU0A 2H4IA 4EQBA 4RXLA 4F39A 2KLFA 4ZEDA 4EXLA 5TPAB 4OENA 1XS5A 5I2NB 4ESXA 3VXBA 5CMMA 4G8NA 2A5SA 5I56A 1N84A 4JDFA 5ICTA 2I6EA 5I59A 3KEIA 2DWAA 3MW0A 4OMBA 4KPTA 4F3GA 3B7DA 4C1UA 3DM0A 2XXRA 1ELJA 2PVUA 3PU5A 4UA8A 4WXJA 4DE8A 2R6GE 3BBRA 4H8IA 4DZ1A 4XKRA 2HAVA 1FQCA 2OLBA 3PUVE 5AE4A 4E0WA 3FD3A 1DPEA 1USYH 4GXAA 3V89B 4ZZAA 2QRYA 3I6VA 4R73A 1N7XA 3FJ7A 1LBCA 2XX8A 3RN8A 5KDTB 3PMVA 3W9WA 1R9LA 3OD7A 2UVIA 3QAXA 1FQAA 2QS2A 1LAGE 3SETA 1UTHB 1VFDA 4GD5A 3RTWB 3OOAA 4H67A 4KHZE 4IO4A 1QUKA 5LOMA 1LAXA 3G3JA 1B2HA 3W15C 3C34A 1MQHA 3S9EA 4OWDA 1DTGA 3TCHA 3UA8A 3HHGA 3E3KA 3KGCA 4POWA 1SQYA 1JEUA 1GTKA 3MZ9A 4XKNA 1I6BA 4QHQA 3O29A 2AL4A 1NNFA 4QFKA 5H8HB 2H99A 4QSEA 2XXPA 4LONB 4F22A 2Q89A 3ECRA 4NWDA 1ZIUA 3FATA 4NF6A 2XX9A 3MZBA 4FAJA 4OETA 1VE4A 4I8CA 2M8CA 3CFZA 3IX1A 4YICA 3O97A 3FZVA 3IJXB 3QSLA 3H6VA 2RF1A 3DP8A 4RJZA 3FVNA 4HTGA 3O28A 5EHSA 1QJMA 1MXZA 4OXVA 3K01A 3PMXA 1EH3A 2B3BA 3H4ZA 3K6XA 4LP2B 1NMUA 4QFNA 4KI0E 2I49A 4H8JA 4P0IA 2UVGA 3ZSFA 5H8NB 3KFMA 4PQJA 1MY1A 3FXUA 3LSXA 2RCAA 2GHAA 3PV0E 2CZLA 4X9TA 5F7VA 5HPQA 4NF5A 3VVEA 4IGRA 2GFEA 1H43A 4EUOA 1Y4TA 4QF9A 2DYXA 4THIA 1URGA 4YKIA 1ZBMA 3T9XB 3TODA 4LQ2A 5CMKA 2GRVA 2VD2A 3CR9A 2Z23A 3UORA 3V5AA 4MLQA 2ZYKA 3HV1A 3G3KA 3VLWA 1EZPA 4YB5A 3VV5A 3QIMA 1Y20A 2Z8DA 1OLCA 4BDNA 4F31B 3RT6B 4F29A 3C33A 4R72A 1JQFA 3PD8A 5H8NA 1MH3A 1GVCA 3TCGA 1ATGA 1SYHA 3OENA 3A09A 1I6QA 2F6PA 1DSNA 1WVJA 4PFTA 5DEXA 2VOZA 2V25A 1URDA 3HO7A 4GVOA 3C9HA 3GBAA 1MPDA 3DP6A 4N6PA 4K3FA 2GHBA 4GFRA 1MQJA 1Y3NA 4X48A 5FHNA 5I57A 5IAIA 3TPAA 2YJPA 1GV8A 3VLUA 5CMBA 1QUIA 1M5FA 1LFGA 3IB1A 1VR5A 3GBBA 1USYE 4DIGA 2VGQA 4FECA 1Z7ME 2V3TA 1EZOA 1I6AA 3A3CA 4F18A 4O3BA 1LAFE 3UGWA 2XXYA 3SEVA 3Q26A 4OEUA 3KBRA 4R9GA 4ZEBA 3IORA 1B7HA 4ZECA 3H6WA 5B70A 5CM6A 3DELB 4ZZEA 3LUYA 4I62A 4RPNA 1B52A 4EF1A 4YZZA 3FV2A 1DMBA 4R9FA 1BP5A 3THIA 4MF3A 1IXGA 2XXWA 3MP1A 2AL5A 2ALUA 2V3UA 1PB9A 2RC7A 2Y7PA 4Q5TA 5FHOA 1PBPA 1FQEA 3ONMA 1SI1A 1XVXA 3ILTB 2O69A 3RNNA 2I0BA 3Q25A 4G8HA 4NE4A 3IL1B 1LFIA 2R71A 2VHAA 1JW1A 1B9JA 3K6WA 4P0GA 3TAJA 5AA2D 5I59B 2UVHA 2DWHA 2O7IA 3H06B 3R26A 1MDQA 4XTCQ 1JW5A 2XD3A 1JW4A 3QK6A 1A7LA 2RINA 1TFDA 4RPOA 4N13A 4Q8RA 1N7WA 1LBBA 2PMSA 1B7ZA 4H1XA 3Q29A 1IXHA 2XXTA 4LZ7A 1D9VA 2QS4A 1T0KA 1Y3QA 3V8XB 4I9DA 2ONSA 2UYFA 2OZZA 1TWYA 2DWIA 4ZDMA 1PEBA 3BFUA 3N5LA 3S4UA 4JSDA 1PBQA 3JZJA 4FIMA 3UN6A 3FJGA 4U4SA 1UTBA 2DQVA 4YKPA 3QUFA 1Y4CA 1ZTYA 1D4NA 1B3HA 4IB2A 3ILUB 4HCWA 2Z8FA 1J1NA 5HM4B 1KWHA 3FVGA 3G7WA 2ZNSA 1FTMA 4N07A 1Y3PA 3T9UA 2H9BA 1MPBA 3OO6A 3VDFA 5ELVA 4R2FA 1Y1ZA 2F5XA 4ONYA 2XD2A 1EU8A 2XXQA 3SEXA 1OVBA 1XVYA 3SESA 3S9LC 3K1MA 2ESNA 1A99A 1B3LA 3B6QA 1NNTA 1US5A 4LA9A 1UIVA 3EPEA 4LVQA 1JVXA 3SDFA 3T9VA 3RLFE 4I1DA 1ANFA 1YCJA 4GL0A 1SW5A 2QS1A 2V84A 1SBPA 1OQGA 5FTHA 1MY4A 5EYFA 4ZS9A 5L9OA 4KFQA 1BLFA 4ECFA 2O1MA 4OFJA 1AOVA 4NF6B 2NVUB 4JWOA 1GR2A 2V3QA 3CVGA 2AYSA 4PETA 3W9VA 1N04A 1FTLA 1B05A 3PUWE 2GH9A 3TEPA 3MAMA 4ELRA 3IB2A 3TZAA 1NNPA 1POY1 3SKPA 1QUJA 1ZLQA 2F8DA 2DSFA 5KCJA 1LLSA 5TP9A 4IO2A 1A8FA 3H03A 2DE4A 2F7BA 4Q0CA 5ITOA 2QSXA 3USDA 2HEUA 5H8QA 5K2YA 1SYIA 1B58A 1Q1KA 3G3FA 4KYEA 3LC8A 1D3KA 1OIBA 5CBSA 1RKMA 1A55A 2XXVA 4F3BA 1LSTA 3KJTA 3OEKA 3PPNA 5A5XB 4BDRA 3ODBA 4EQ7A 2FNCA 4NF5B 5L9SA 1B4HA 3CRBA 3M8UA 2QL3A 1O64A 1B3FA 2UYEA 2NWJA 2G93A 3LSWA 3EF7A 4PFYA 3UIFA 1YAEA 1H76A 3T9HB 5CMCA 5TU0A 1B0HA 5AA4A 4MLVA 1HSLA 3MQ9A 4LUBA 2NXOA 4U1ZA 4Q30B 4H65A 4U23A 1MRPA 4EQ9A 3M3LA 3VVFA 4L17A 1LAHE 5CRYA 1A54A 4GF8A 1IXIA 4H0WA 4NMYA 1MDP1 5FTIA 3U92A 1SI0A 3WAEA 1SDXA 4OHNA 3T22A 3L6GA 2DVCA 3SEWA 2F78A 3KOSA 5H8FA 4NTLA 5FHMA 1FQDA 3LSFB 3Q27A 3MVYA 4U21A 4GIZA 3EN3A 4PE5B 5KZTA 2O68A 3IOTA 5I2KA 3TCFA 3ZS6A 3OMBA 5A5XA 3H6TA 1EZ9A 1FQBA 3I3VA 5DEXB 3U93A 4XIGQ 1R9QA 4KQPA 4QFLA 2X7QA 4U2RA 3G3IA 1MQIA 3D4GA 1Y9UA 1PC3A 2DOJA 5L9MA 1ZMGA 2FYIA 4DCYA 2ABHA 1S50A 5I57B 1NH7A 3ZKKA 3KZGA 2BJJX 3RUMA 1MM7A 3VVDA 2HAUA 4KCDA 3FV1A 3PPQA 1LB8A 5IKBA 3TDJA 1LFHA 1JEVA 1NNKA 3FUZA 4YB7A 5I58A 3EHUA 1II5A 1WDNA 2PBWA 4TOZA 3N6UA 3OEMA 1CE2A 2I58A 3MPLA 1NH8A 3OSQA 2I0CA 4G4PA 1MXYA 2RKMA 4H5FA 4NF8A 4KD5A 2F36A 3E9XA 1H45A 3F11A 1N76A 4DCXA 2Y84A 5DVIA 1IITA 3MVXA 2Q9TA 3O9PA 4GL8A 2P1SA 1PDAA 4OTEA 3QYTA 4RK2A 2F35A 3B6WA 2ZYOA 1MPCA 3H6UA 4F3PA 3CFLA 3CSGA 1XT8A 2UXAA 2FA7A 3V83A 4OVJA 4HS7A 1FW0A 1FTJA 2HXWA 2CMOA 1VSOA 4HCYA 3R6UA 3CG1A 3CG3A 4YAHX 2NUVA 5AA3A 1BKAA 2B3FA 4G68B 1N3XA 3MVWA 3EQ1A 4MBPA 4ISUA 2QMXA 1NFTA 1B3GA 1R6ZA 2I4CA 1L5TA 3RT8A 1TXFA 3K6VA 1B6HA 3O6GA 3OO9A 3GLBA 1N0TA 1SW4A 2ZYMA 1AMFA 3FJMA 1P1UA 1B40A 4ZE8A 3FXQA 1R1NA 3TQWA 1O63A 2RC8A 4NF4A 4POXA 1H3DA 1MXWA 3KSJA 1SD3A 1FTOA 4DDDA 3PPPA 5DTBA 5CBRA 3T96B 2H98A 3PUXE 1UTBB 1NL5A 4WEPA 2DS9A 2XXHA 1UIUA 3VFJA 3IOWA 4KYDA 3HPIA 2HQ0A 4H6DA 1FQFA 4IO6A 2V93A 1B1HA 2Q88A 3S2VA 1MS7A 4G68A 2OJTA 4DXUA 2H25A 2DE3A 1QKBA 5I84A 4IO5A 3KSXA 2ZMBA 3OO7A 3WAFA 3DP4A 3MP8A 4FJPA 4GRKA 2UVJA 3FXRA 1FTKA 2A5TB 2O1LA 1ZKBA 2AIXA 3MVZA 1XOCA 4JBZA 2G29A 1MXVA 1QW0A 3PPOA 2OK2A 4JXIA 4DLDA 3N26A 1HSJA 4XKPA 1IEJA 1IZ1A 3FVOA 5F1QA 3OXNA 1M5DA 4GQOA 3IB0A 3LSLA 1B5HA 4ELPA 4MFIA 4NWCA 2Y7RA 4XXUA 2ZYNA 3H7MA 2YPNA 2IEEA 1M5EA 2XXIA 5DVFA 2DVZA 5KCJB 2X26A 3PPRA 5TP9B 5HBCA 4AB5A 2O51A 3GZGA 3IK6B 1OQHA 3CI8A 1JNFA 1AL3A 5H8QB 5JEIA 3IOVA 4BDOA 3D4CA 4EDPA 3K0VA 3TKDA 4KCCA 1A40A 1SVXB 2ZNTA 5AA2A 2PT2A 4GOTA 3FASA 3SEUA 2WKYA 3K4UA 4F19A 3K02A 2Q2AA 1P1WA 4QSDA 3OO8A 4PFUA 3IO4A 3HCQA 2XXUA 2Y7IA 2DXYA 5CI5A 1JVYA 3KN3A 4M1VA 3Q28A 4R75A 3S9NC 1POTA 3RTFB 2A5TA 2XX7A 1A8EA 4R2BA 3O6HA 2B65A 3U72A 3MJNA 2NOOA 4GLIA 3IJOB 1ZJLA 4QFOA 3O2AA 3K1NA 3TTKA 5AA4B 3JYRA 3U8QA 2Q8JA 5BUUA 1DTZA 3C32A 4PFWA 2D21A 3T93B 4IY5A 4EF2A 4O3CA 4QRZA 1TFAA 4HW8A 1QKAA 4QSCA 3QUJA 3RGYA 4YMAA 3UK4A 1PB7A 2QPQA 4OZ9A 5H8FB 3RQTA 2DP8A 5TPAA 3MZ1A 2O84X 4QFPA 1D9YA 5DYHA 3C31A 3M3KA 1RYXA 4FEBA 5I2NA 5I2KB 3FIRA 1AIVA 3RY3A 2D5WA 1MXUA 4X1BA 1B51A 4FEDA 2QJEA 1M5BA 3ZKLA 5JTYB 3LR1A 1XC1A 4UACA 1OMPA 2HZLA 5B7DA 1B0LA 3TTRA 1O7TA 3KN7A 3N6TA 4ELQA 4H5GA 1B5IA 3MWBA 3TTMA 1OLAA 4YMBA 2RC9A 4KR5A 1SW1A 2ZXTA 5AA1A 4JWXA 5DT6A 2DXRA 4DXBA 5I58B 4Z7EA 1BIYA 4IY6A 4AQ4A 5H8SA 3HHFA 4JSOA 3PGFA 2ZNUA 4F1YA 2OWSA 4LZ5A 4LATA 2Y7WA 1UQWA 3FGSA 1Q35A 3TUSA 4RK9A 4NF8B 3VLVA 2ANJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I4BA 2HCAA 4G61A 5KDTA 5K2XA 3TTNA 1NV4A 3K6UA 4FORA 4PFBA 3JV9A 3C36A 4EXKA 1IUDA 2WYPA 1UTHA 1IMDA 4G68C 4TLLB 2F97A 2F3DA 2XHDA 2E1SA 3KJ7A 3KOTA 1DCUA 1MM6A 1B1XA 1LBWA 2OWZA 5JTYA 3EHTA 4R74A 1RDYA 1MG1A 3KN8A 1NV2A 1B3EA 2E0SA 1QGXA 2FIEA 2VD3A 5JK4A 2OBGA 1FPDA 3LBSA 2O6AA 4U4XA 4M4GA 3IR1A 5CC2A 3OELA 2H5YA 1LGBC 3P7IA 4NAPA 4OFLA 2I48A 4YB6A 4FE8A 5L8DA 4OFOA 5H8HA 4OYVA 3MC2A 4XF5A 3U94A 1SW2A 1AWBA 5ISUA 1AH5A 2OWTA 2LAOA 4IO3A 1F9BA 2F7AA 3MPKA 3VXCA 5J1DA 2PT1A 3VE1B 4RNSA 3E79A 4NQ8A 4PAIA 1BTJA 4MMPA 3E13X 3G3GA 4OQOA 4RY1A 1QULA 3B6TA 1IQ7A 3KBZA 4NF4B 4N81A 1KA0A 2XXXA 2D3IA 4DXCA 2YLNA 4R6KA 5DVJA 2P0SA 3O6IA 4P11A 4E0XA 2DWJA 4GXSB 4LZ8A 4C1TA 1URSA 2VPOA 3H3GA 1ZU0A 2RCBA 2ZZVA 1RYOA 4JWYA 2QMWA 4F1UA 2VP1A 2I3VA 4DI3D 1NKXA 3EHSA 4O3AA 4G77A 2GQ1A 1VFEA 1MY2A 4LQ5A 1BK4A 4F2QA 2ONKE 1MXXA 2HZKA 1B5JA 3K2DA 5F24A 2Z22A 4G8MA 4OERA 4F1VA 4RYAA 1Y1MA 4IGTA 3PD9A 3R7XA 3UP9A 1LB9A 1OVTA 4YKJA 1FBCA 2THIA 1NV1A 3MP6A 1JETA 4Z0IA 1QVSA 2REJA 1TT1A 2HFBA 1MQGA 3IOUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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