4JECA

Joint neutron and x-ray structure of per-deuterated hiv-1 protease in complex with clinical inhibitor amprenavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Joint X-ray/Neutron Crystallographic Study of HIV-1 Protease with Clinical Inhibitor Amprenavir: Insights for Drug Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jecA00
3S8IA 4OBGA 4APEA 5P10A 2Q5KA 5P7GA 1YX9A 5P5BA 5COOA 5P6GA 4Y5NA 3IVHA 2P4JA 4H3JA 2ER9E 4YD6A 4FSLA 4PZXA 5P35A 1GVWA 4QJ6A 4F73A 1KJHA 3VCMA 5P64A 5P67A 5P5RA 3ZKMA 5OZKA 4A4QA 5P4OA 5P7NA 3TH9A 2F81A 3EL4A 4M8YA 4RCEA 4DJRA 3PRSA 2AQUA 4Z4XA 5P6LA 2OHNA 1UH9A 1HPOA 2V0ZC 4FCOA 3PWRA 5P17A 3QROA 5P8DA 3L5DA 3R2FA 3NXEA 5KOSA 4YDGA 5P27A 4J17A 4L7GA 4Z2ZA 1D4HA 5OZ2A 4Q1NA 2ER0E 2P3DA 4Y5MA 3S7MA 2JYSA 1E80E 3S56A 5P05A 1HVSA 1A9MA 4LXMA 3OQDA 4FRKA 4NPUA 2R3TA 1A30A 3CIDA 4Q1XA 2QMPA 4GMIA 4I10A 2PSUA 5J25A 5C9DA 3VUCA 3VLBA 3EKWA 1Z1RA 5P2EA 5KQFA 5P6FA 2QAKA 3PVKA 4MC9A 5P3CA 4LC7A 1W5WA 3OXVA 5P44A 3C9XA 4OBJA 5P4MA 3INHA 5P73A 2G69A 5P69A 4EWOA 4Q1WA 1UH8A 2I4XA 3MSLA 4YCTA 3VEUA 4DQHA 2HPEA 3O9LB 2QZKA 5P1UA 3ER3E 3L58A 2OHRA 4Y53A 2BKTA 3UTLA 3BVBA 5DQCA 1BIMA 2B60A 3IN3A 5P8NA 4B00A 3NDUA 5OZBA 1D4SA 3N4LA 5P1IA 3LITA 3JW2A 3ER5E 4FRSA 5P5WA 5P0AA 5P1GA 5DR7A 5COPA 5P65A 3BXRA 4CKUA 5P1NA 2I4QA 3I2LA 4OBFA 3UQRA 4Y56A 4J1CA 4CP7A 4RRNA 5P5JA 2V10C 3GGXA 2AZ9A 2OAHA 5DQ5A 5P3ZA 1LF4A 1MT8A 5P8RA 1W6IA 1SMRA 2FIVA 1FMBA 2IKOA 5P5CA 4QJAA 5P09A 5P2YA 4WY1A 5P2ZA 5P0KA 4EJKA 2J9JB 3RU1A 1FFFC 1G2KA 1MESA 3EKTA 1NPAA 5P61A 4OBKA 5P07A 4DJYA 5P6TA 3SM1A 4Y4ZA 3HZCA 5OZLA 2ER7E 5P77A 2AOGA 1B6LA 5P2DA 5P75A 5OZZA 4Y3WA 3Q4BA 4GZFA 1FB7A 2FLEA 4U7VA 3VYFA 5SY3A 3LZYA 5P87A 3EL0A 2QZXA 3UDQA 5P4YA 4Y3HA 5P1AA 1RL8A 4DJPA 5P7PA 4E43A 1EBZA 3CYXA 3K5FA 3O9LA 3S45A 4CPTA 2VA6A 5P0TA 2FGUA 1K2BA 5IVQA 2NXMA 7UPJA 4HVPA 5OYVA 2QI0A 5P33A 4Y4JA 2IS0A 3S7LA 5P0MA 1FQ6A 5P39A 5P7HA 5P8VA 2BPZA 1HEFE 1D4JA 1DP5A 5DR3A 3VYDA 4B72A 2Q3KA 7HVPA 3L5EA 5P18A 4J1EA 4DQGA 5P0HA 4XX4A 1AJXA 1FQ7A 3NLSA 4GJAA 3SA8A 2ZJJA 1TSQA 2AOIA 5P3UA 3H0BA 5P3JA 2WEAA 3SA7A 4B77A 3KFPA 3KFRA 1HIHA 1SP5A 2J9JA 4FIVA 5P1MA 1PSOE 3SKFA 3KDBA 2ASIA 5P16A 5P1HA 4EXGA 1VIKA 3IXOA 3T6IA 4QJ9A 2ZJKA 4OBHA 4FAEA 3OUCA 4NJSA 4QJ8A 5JG1A 3OTSA 5DR4A 2OHLA 3T3CA 4CPXA 2H6SA 3NXNA 1VIJA 1SDVA 3EM4A 3O9BA 5PEPA 2FNTA 5OYRA 5P6HA 3EM6A 3DUYA 3QRMA 4RZ1A 4Y47A 5CLMA 2RMPA 3DOXA 4JP9A 5P80A 3U7SA 5KQYA 4H1EA 3T11A 5P5HA 3APPA 5P3GA 3LZSA 1LYBB 3NDWA 4YE3A 2QI7A 5TOLA 1AZ5A 3PMYA 3WZ7A 5P2XA 4CPSA 1LV1A 5P3LA 3IXJA 3PI5A 4N00A 3KFSA 5KQXA 2WEZA 3RTMA 1EC3A 4GYEA 4F75A 1Z8CA 4J5JA 3ZPTA 5P6WA 3SLZA 2G1SA 4AMTA 1C6ZA 5P88A 1LYWA 3QIHA 5P34A 5P4CA 4EP3A 1GVUA 4PEPA 3LZVA 1META 2RENA 4J54A 1BXOA 3UFNA 1BWBA 5P8HA 5E5JA 4ACXA 1FKNA 1ENTE 4BELA 2VKMA 4YD5A 2FGVA 3NR6A 5OYXA 5P23A 5P3DA 4LP9A 5P3QA 3BXSA 2AVSA 2QD8A 1QRPE 2PQZA 4Y3JA 2APRA 1PPME 4Y3ZA 5P72A 5ENMA 1MTBA 2NNKA 3GGVA 5P7TA 3Q3TA 4DV9A 5P7EA 3G72A 2I4DA 3BRAA 4ZSRA 2MIPA 4DJXA 2BBBA 4JPEA 3CKPA 3HLOA 5P2WA 1LYBA 1FG6C 3S54A 5P52A 5JFUA 1HXWA 5P14A 3FNSA 3QI1A 4B0QA 1J71A 1YTJA 2Q64A 5P3SA 5P3RA 1XN2A 4TRZA 4EYRA 3KN0A 5HE7A 1HSIA 1ZTZA 3NU9A 4Y5GA 5P2AA 5P1ZA 3ZOVA 1BVEA 3IXKA 4HE9A 5P2KA 1ZBGA 1T7KA 5I70A 4HZTA 3IAWA 3LIQA 5P2VA 5P6EA 3I6OA 5P2HA 3QVCA 1Q9PA 3ZKQA 2QMFA 5P54A 2AZCA 1B11A 3FKTA 4DJWA 3GGAA 2G94A 1PSNA 5P4TA 2IKUA 1ODYA 3PHVA 1MRWA 1IZIA 1IZHA 5P0EA 4JOOA 5HTZA 1WBMA 4RGHA 3VSXA 1BVGA 1ME6A 4Y3RA 1APUE 2QZWA 2CEJA 5P7IA 5OYYA 4B1EA 4I0DA 2I0DA 4S1GA 5P1CA 3CMSA 5P7CA 2I0AA 1IZEA 3PSYA 5F00A 2ZHSA 2HB2A 5OZGA 5P6UA 3HAWA 3O9IA 5P89A 4Y9WA 1PSAA 5P6PA 4J0PA 3OU1B 4RVJA 5P3PA 4A6CA 1APWE 1D4KA 1TZSA 1FFIC 2I1AA 5P8EA 3NUOA 3PCZA 2UY0A 4PPHA 1PROA 5P82A 4GB2A 5P60A 1APVE 1DPJA 5P3KA 4X7IA 5P0BA 2O4PA 3H5BA 3OQ7A 3OGPA 4RYGA 3KYRA 5P3BA 5P1OA 2HPFA 4HEGA 5P8MA 4FE6A 5P5MA 2F3KA 2G24A 5CONA 2P3BB 2FDPA 2R9BA 4Y3LA 5P01A 1D4YA 5OZYA 1HHPA 3KT2A 3VG1A 5KR1A 5P3WA 3OY4A 4D88A 1FF0C 2I4VA 5P0IA 5P0YA 3FNTA 5P1YA 3PCWA 4FRIA 5P6MA 1ZSFA 5OZ9A 4PYVA 4Y4GA 5P2JA 4EPJA 3FIVA 3EKQA 3FSMA 5OZMA 5AH8A 2ZDZA 1MT9A 1UPJA 2Q54A 4ER1E 2J9KA 3S2OA 2P3AA 2QI4A 5P5OA 3EM3A 4Y5EA 5P68A 5P6NA 3UDHA 5P0NA 1HSGA 1ODWA 1XN3A 4FSEA 4Y45A 2B8LA 5DGUA 1XE5A 2JXRA 4R95A 4J55A 3OU1A 5P81A 3DCRA 2VJ9A 4R92A 2AVMA 4Y36A 1SDTA 2HC0A 4DUSA 5P1PA 2V12C 3D91A 3UQUA 1ZJ7A 5P7YA 2IGYA 1QBTA 3FNUA 5SY2A 5SXNA 2WF1A 5P1SA 5P7WA 2Z54A 5F01A 2VIJA 2IDWA 4LL3A 1W6HA 4ZSMA 3ZKNA 5P1KA 1MEUA 4QJ7A 3OWNA 5P37A 4H3GA 3BGBA 1ZP8A 2A4FA 2P3BA 4U8WA 2WHHA 1QBSA 3ZL7A 1HPSA 3QPJA 3A2OA 4J1FA 3LIYA 1T6GA 5P46A 4F76A 1ZPKA 4AZYA 3LIZA 3OAGB 2OHMA 5P25A 5P5QA 6APRE 3K5CA 4YD3A 5IS4A 5P84A 4R91A 1MPPA 2QZLA 3TNEA 1HSHA 2HM1A 5P3OA 3AUPA 5DR8A 4J0YA 1FEJC 4Y38A 4FAFA 1GNNA 5P5VA 4M8XA 3PEPA 4YOAA 5P7ZA 1KJ4A 2QU2A 4HA5A 4Y4EA 1EC1A 5P30A 5P7LA 3S43B 1YM2A 1IVQA 5P0ZA 1PFZA 1SGZA 2OF0A 2Z4OA 5OZRA 3QRVA 4DH6A 2Q11A 3BGCA 3VV6A 4OBDA 4BFDA 4OC6B 4Y35A 5IVSA 2ZHUA 2VA5A 4LHHA 1PPKE 2F3EA 3TPRA 3O9EA 5OZUA 2PYMA 2NNPA 1KJ7A 4Y5KA 2O40A 3ZMGA 3BUHA 2I4UA 5OZ8A 4R5NA 2P8HA 5P7BA 3VSWA 3SO9A 4UPJA 1EAGA 5OZDA 1G0VA 5P41A 5P6CA 1FQ8A 1HVLA 5P55A 4Y37A 5P6BA 5P0PA 5P4LA 3KA2A 4LXKA 2OHQA 3BUGA 3OAGA 1IVPA 1FGCC 1UH7A 2WJOA 5P31A 5P5TA 4Y4TA 5I3VA 4J1IA 1T6EX 2ZHVA 3OUBA 2CENA 3NYGA 1TCWA 5HDXA 1K1TA 4XXSA 2PMAA 5OZPA 4YOBA 1MTRA 1A94A 5P7SA 2BPXA 2AZBA 4I0GA 3INDA 3OOZA 5P50A 1SBGA 4TVHA 5P1RA 1YM4A 3S43A 5P3XA 4DVFA 5AH6A 4I0EA 4Y4WA 5OZQA 4FM8A 4FLGA 1B6KA 3PMUA 5P0VA 5P62A 2BB9A 4Y3QA 5P1DA 1HXBA 4OC6A 5HE4A 3D1XA 2FXEA 4Q5MA 3EL9A 5OZ7A 1ODXA 4ZE6A 2ZGAA 1BV9A 3LNKA 3VF5A 1HVKA 1K6VA 3UQPA 2NXDA 1E5OE 3CIBA 2HB4A 4Y3YA 5P8LA 4I0FA 3BHEA 2AOEA 2AVQA 3RTNA 1DMPA 4X2LA 1LYWB 4RVXA 3T7QA 2Q63A 4Y44A 3CKTA 3LPJA 2WL0A 4EJDA 1F34A 1XE6A 5P6XA 3EKPA 1T7JA 5ISKA 2VIEA 3OHHA 5COKA 5I3WA 1FQXA 4ZPGA 1SH9A 3S85A 3WZ8A 3ECGA 4BEKA 3KDCA 4GJ8A 1RV7A 5P4IA 3U6AA 4A6BA 2OHTA 3O9DA 3Q5HA 4LAPA 5P22A 2AZ8A 5P8KA 4AA8A 4TRYA 4B05A 4QJ2A 5P83A 5P0CA 5P8FA 3UDRA 2WKZA 3OQFA 3RSVA 1FQ4A 1GVTA 5P7UA 4MC2A 1WKRA 5P3TA 3OUAA 4Y3NA 5P7AA 1BBSA 1T3RA 1EPME 3I8WA 4CPUA 4DQBA 3GI4A 5OZ5A 2O4KA 3LHGA 5OYSA 5P7XA 3VF7A 2HB3A 1HPVA 5P19A 3F9QA 2ZHTA 5P5GA 4EP2A 4HDPA 1OHRA 3K5GA 5P5AA 3K5DA 4Y5LA 3WB5A 1DAZC 5P2LA 5P0XA 4Y51A 3T7XA 4I0ZA 4GJBA 3NWXA 1YTHA 4NJVA 4MC6A 5P5NA 2R5QA 1C70A 5AHAA 4H3FA 4I1CA 5P28A 1W5VA 4QLHA 5BRYA 3SPKA 3VF3A 1QDMA 3TOGA 5BS4A 4KE0A 5OZEA 2ZJIA 4Y4BA 1C6YA 2OHSA 2WF4A 4Y5AA 3IA9A 4B78A 2WF0A 2XFIA 4ZLSA 3VYEA 2R38A 1TW7A 1RNEA 5P8BA 3KDDA 5P0OA 3O9HA 3TPLA 3R4BA 3L5FA 3NUJA 2G1YA 4FM7A 5P49A 3LIXA 3PWWA 4APRE 2QNQA 4J1KA 2PWRA 5P3VA 2BQVA 5OYZA 5P58A 3ST5A 5DQ1A 3K1WA 3PGIA 1M43A 4Z22A 5P8JA 2G1OA 5P6ZA 1HVHA 3B7VA 4WY6A 4K4PA 5P3MA 4DQCA 2B7FA 5P6RA 4EXHA 5OZVA 2G26A 2B8VA 2PH6A 3G6ZA 4ZIPA 5ENKA 2BKSA 5OZFA 5P1QA 4Y3SA 1ZAPA 1MVPA 4Z50A 5P0QA 3URIA 2AIDA 2IENA 4WTUA 3AIDA 3OTYA 4TRWA 1DW6C 3HDKA 2V16C 3LINA 3I25A 5OZ0A 3CKRA 5P2TA 5P4XA 3R0YA 5P7FA 5P4ZA 3DK1A 3SABA 4K4RA 5OYQA 2ZYEA 3TTPA 5P4NA 2AOJA 3PBDA 5P59A 1B6JA 1IIQA 2QK5A 1LYAB 2XYFA 5P8CA 1HVRA 1EPQE 3K4VA 1LEEA 1E81E 2G22A 3EMYA 4FL8A 5P20A 4J0TA 5KQZA 5P4VA 5P63A 4I0IA 3PLLA 3HVGA 3LZUA 5KAOA 5KOQA 1M0BA 4Y50A 4GJCA 1NH0A 2QI3A 3PM4A 4HDFA 3EXOA 4F74A 5P6AA 5P0RA 1OEXA 2OHPA 1AVFA 1EPOE 3PBZA 1A8GA 5P4BA 2B7ZA 1NSOA 1APTE 5P5EA 5OZWA 3GGUA 4DJQA 2BPWA 5OZ1A 4NJUA 1HEGE 1W50A 3L3AA 5DPZA 1NPWA 2ANLA 5P4QA 5OYUA 1LZQA 1DIFA 3WSJA 1HTEA 1LF3A 3OXCA 4Y5PA 2UPJA 3LIVA 5P0UA 3OXXA 3UHLA 4U7QA 2BJUA 3MSKA 3UQWA 3DM6A 4L6BA 5FIVA 1XL2A 3B80A 5OZ3A 5AH9A 5P7RA 5OZJA 3INEA 3UDNA 3APRE 2Q15A 3UDJA 3EKVA 3MSJA 4Y3GA 1CZIE 4RYCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S8I A;  4OBG A;  4APE A;  5P10 A;  2Q5K A;  5P7G A;  1YX9 A;  5P5B A;  5COO A;  5P6G A;  4Y5N A;  3IVH A;  2P4J A;  4H3J A;  2ER9 E;  4YD6 A;  4FSL A;  4PZX A;  5P35 A;  1GVW A;  4QJ6 A;  4F73 A;  1KJH A;  3VCM A;  5P64 A;  5P67 A;  5P5R A;  3ZKM A;  5OZK A;  4A4Q A;  5P4O A;  5P7N A;  3TH9 A;  2F81 A;  3EL4 A;  4M8Y A;  4RCE A;  4DJR A;  3PRS A;  2AQU A;  4Z4X A;  5P6L A;  2OHN A;  1UH9 A;  1HPO A;  2V0Z C;  4FCO A;  3PWR A;  5P17 A;  3QRO A;  5P8D A;  3L5D A;  3R2F A;  3NXE A;  5KOS A;  4YDG A;  5P27 A;  4J17 A;  4L7G A;  4Z2Z A;  1D4H A;  5OZ2 A;  4Q1N A;  2ER0 E;  2P3D A;  4Y5M A;  3S7M A;  2JYS A;  1E80 E;  3S56 A;  5P05 A;  1HVS A;  1A9M A;  4LXM A;  3OQD A;  4FRK A;  4NPU A;  2R3T A;  1A30 A;  3CID A;  4Q1X A;  2QMP A;  4GMI A;  4I10 A;  2PSU A;  5J25 A;  5C9D A;  3VUC A;  3VLB A;  3EKW A;  1Z1R A;  5P2E A;  5KQF A;  5P6F A;  2QAK A;  3PVK A;  4MC9 A;  5P3C A;  4LC7 A;  1W5W A;  3OXV A;  5P44 A;  3C9X A;  4OBJ A;  5P4M A;  3INH A;  5P73 A;  2G69 A;  5P69 A;  4EWO A;  4Q1W A;  1UH8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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