The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| total genus |
33
|
| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI5 O; 4DR2 O; 4DV3 O; 4JI3 O; 4DV2 O; 4JI8 O; 1D2D A; 1XNQ O; 3J80 N; 4B3T O; 1G1X B; 2VQE O; 4OPH A; 4DV4 O; 3R66 A; 1X59 A; 4JI2 O; 3J7A U; 3M8A A; 4DR3 O; 4DV1 O; 1I94 O; 2UUA O; 4LF7 O; 3T1Y O; 4KHP O; 5A2Q N; 2LW7 A; 2JRI A; 4JI0 O; 4DR1 O; 2N74 A; 2UUC O; 2UU9 O; 5LMU O; 5H5N A; 1IBK O; 1AIL A; 4JV5 O; 4X65 O; 2UXD O; 2ZKO A; 1AB3 A; 2UUB O; 5BY1 A; 4JI4 O; 4YHH O; 3T1H O; 2E5L O; 1KUQ A; 3O65 A; 4NXN O; 3JAM N; 1YZB A; 2DOS A; 2ZM6 O; 4B3R O; 4DR5 O; 1IBM O; 5LMN O; 1NS1 A; 4DUY O; 3OTO O; 4JI6 O; 4DR4 O; 1N34 O; 1N33 O; 3RT3 C; 4X62 O; 1XNR O; 4X64 O; 4LF4 O; 2UXB O; 3SDL A; 4DV6 O; 5BR8 O; 4DV7 O; 4AQY O; 1R1B A; 4DV0 O; 1HR0 O; 1IBL O; 4YY3 O; 4NXM O; 1DK1 A; 4GKJ O; 4LF8 O; 4JI7 O; 4LF6 O; 1A32 A; 4DUZ O; 4DV5 O; 2HHH O; 4LFA O; 5IT9 N; 1FYJ A; 4JYA O; 4K0K O; 4JI1 O; 4X66 O; 1N36 O; 3J81 N; 4A5U B; 4LFB O; 5FLX N; 1HNX O; 1FJG O; 1N32 O; 2UXC O; 1XMQ O; 1HNW O; 4LFC O; 4DR6 O; 4LF9 O; 2VQF O; 2FKX A; 2AGA A; 2DJV A; 5IWA O; 4B3S O; 4DR7 O; 4OX9 O; 4OPA A; 5LL6 Y; 2F4V O; 1F7Y A; 3F5T A; 1R6T A; 1XEQ A; 4B3M O; 5BXZ A; 1XMO O; 4LF5 O; 1FKA O; 1J5E O; 1HNZ O; 2Z0A A; 4GKK O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WF9 V; 2Y0I A; 2KB1 A; 5LHH A; 3RVY A; 3ZIA G; 2FYU H; 4PEL A; 4DV4 O; 1EN4 A; 3S3X A; 4P2Z A; 5EBL C; 4DR3 O; 1F51 A; 3SYQ A; 1SZT A; 1VEW A; 4GUN A; 1H38 A; 4DR2 B; 3CD6 V; 1HDJ A; 4X1K B; 5H5N A; 3RYH B; 3K58 A; 4X65 O; 2UXD O; 3GVM A; 2VQE B; 4ABM A; 4J10 A; 2ZR3 A; 5EC1 C; 4DV1 B; 4GX5 A; 2JS5 A; 3RYI B; 3W7X A; 1EN6 A; 3CCS V; 4B3R O; 4AHC A; 4MVM A; 2P6J A; 4YJ2 B; 2UU9 B; 1K9M W; 4I5S A; 4CH6 A; 4CBC A; 2A79 B; 4N23 A; 3UT5 B; 1N33 O; 1VIB A; 3THO A; 1VQP V; 3OGI B; 1QBZ A; 2EJR A; 1NJI W; 4DV6 O; 4DV7 O; 3LNN A; 5EBW C; 5GTH Z; 1F23 A; 1KD1 W; 3N2G A; 3LSU A; 4LBE C; 4NXM O; 2KQX A; 3K9S A; 3LSQ A; 4DV5 B; 4NTY A; 5CA1 B; 4LF8 O; 4DV5 O; 2OCH A; 3B77 A; 4TV8 B; 5F2V O; 4JI1 O; 3HKB B; 1D5A A; 4GX0 A; 4K35 A; 1EM1 A; 1ZSP A; 4X64 B; 5FLX N; 2B5U A; 4NTW A; 5B1O A; 5JH7 B; 3BY6 A; 1IBL B; 3UO2 A; 1PP9 H; 3P3P A; 3CSX A; 3JAT B; 1OJH A; 2X7R B; 4GYC B; 1Q90 D; 3CB2 A; 4LF6 B; 1TGO A; 5LP6 C; 2E74 B; 1VQN V; 3FAV A; 1EBO A; 1B6Q A; 4DV3 B; 1AI4 A; 3E8B A; 2WLH A; 2IBZ H; 4JYC A; 4GKK O; 2Q73 A; 4TWK A; 2PZS A; 4DV3 O; 4JZ2 A; 1S77 D; 2CTQ A; 2XAQ A; 1MSD A; 3G80 A; 3J80 N; 3QTC A; 2PF4 E; 5KUM A; 1UPG A; 2JEU A; 1VF5 B; 2JJ1 G; 4C7U A; 3HKC B; 4CH3 A; 3T1Y B; 3JAR B; 5B3S B; 4LCU C; 5B1B C; 3ZCC A; 1KB9 F; 3T1Y O; 5GW7 A; 5EC2 C; 4OXS A; 4I9W A; 2A7W A; 1XHZ A; 3OEE G; 5KHI A; 5J2T B; 1XNQ B; 4JAU A; 5IYB O; 1WPB A; 3T4Z A; 2DQ3 A; 1AB3 A; 1SQV H; 1YXB A; 3DGE A; 5CB4 B; 3ZHT A; 4UCS A; 3FX7 A; 3AG3 B; 4I9Q A; 3B40 A; 1WPX A; 2R9I A; 5EK0 A; 4DR5 O; 4BW5 A; 1SKV A; 4FFK A; 1SA0 A; 1IZ3 A; 2KSD A; 4KP4 A; 5LMU B; 1W59 A; 4RUF A; 1FS0 G; 3T2M A; 4TV9 A; 1BE3 H; 2JGD A; 4MVQ A; 2CGN A; 2OCC C; 4LP8 A; 4YHH B; 2CTP A; 4W4L A; 2HEP A; 2XAH A; 4FLU A; 1K33 A; 1ENV A; 5BR8 O; 4EFB A; 5EIB C; 2GUZ B; 4D7S A; 3ZRW B; 4FFB B; 1YJW V; 1GN6 A; 4JI6 B; 2Q4P A; 2WA4 A; 2AW9 A; 3CCR V; 1N36 O; 2H94 A; 3CE2 A; 4D7T A; 5LHG A; 4XDJ A; 4DR6 B; 1NT2 B; 2DYR B; 1HNX O; 1Q8I A; 3ETG A; 2Y48 A; 3OMA B; 2OWO A; 1VQ5 V; 4DR6 O; 5KHG A; 1WB8 A; 1AR1 B; 4I50 B; 4B3S O; 3CC4 V; 1SRY A; 2JIZ G; 3JAS B; 3IC9 A; 3FKS G; 4JYA B; 4TQF A; 5BXZ A; 2Q7G A; 3OAA G; 3SJC C; 1MMM A; 2BE3 A; 1N0N A; 3MD0 A; 3SYP A; 2XAJ A; 3WB1 A; 5EIB D; 4JGS A; 5EYP B; 3RYC A; 3T4D A; 3ZHV A; 3KG2 A; 4JI0 B; 4B3M B; 4LF7 O; 2Q7H A; 1G4Y B; 4JI0 O; 2GTS A; 1NTK H; 4PJ0 Z; 2E76 B; 4X20 B; 1BL8 A; 5FPO A; 1SQX H; 3VQW A; 5KX5 B; 4CS4 A; 3IFX A; 3CS5 A; 4BAY A; 3DC6 A; 1HW7 A; 3K03 A; 1KU9 A; 3ZHU A; 4IIJ B; 5CBG A; 1CPY A; 3HKD B; 3D8C A; 1HP8 A; 2GBO A; 3K5M A; 1I5X A; 2HLD G; 1K4C C; 4P30 A; 2X6A A; 2PY5 A; 3T1H B; 2E5L B; 1V55 B; 5BMV B; 4TUY A; 1VQ4 V; 2AZ0 A; 2WLI B; 4JTA B; 2CUG A; 1AP6 A; 1MA1 A; 4H37 A; 4DXW A; 1FXV A; 3ABK B; 4JYB A; 2Q0A A; 1JOY A; 4X62 B; 4QPK A; 4WFE A; 5B3S C; 1IXM A; 3SPC A; 3E22 A; 1FJG O; 4LNU B; 3CC7 V; 5IWA B; 2YIC A; 2OIE A; 2Z5U A; 3CJH A; 4GKJ B; 5IWA O; 2ZDI C; 5CMU A; 5JQG A; 3K0G A; 2HFE C; 1Y4M A; 5K1X A; 1R3L C; 1OCZ B; 1X4T A; 4W4K A; 3SJA C; 1IVS A; 2QJ1 A; 4X8A A; 3JAW B; 1PNL A; 3AG3 C; 2Q7E A; 4X89 A; 5JVD A; 2CE4 A; 4PHZ A; 4JAV A; 2YID A; 1AP5 A; 5JJN B; 1D2D A; 5LHI A; 1QVG U; 4NR1 A; 3MHS C; 3WB2 A; 1X59 A; 3DSQ A; 2ZE5 A; 2ZT9 B; 3UO3 A; 4HNA B; 3B8M A; 1DF5 A; 3LDC A; 1NH2 B; 3NXS A; 2MW2 B; 5EZY A; 2ARH A; 5J2U A; 4U7O A; 3FB6 C; 4IHJ B; 1SS3 A; 1CP9 A; 2EX3 A; 3K57 A; 2WA3 A; 4ZIB A; 3SGI A; 1SC5 B; 5KA6 A; 2YIB A; 3M99 B; 4JI2 B; 3O65 A; 3ZMS A; 2R9A A; 2XAS A; 4DUY B; 3CRC A; 3CRQ A; 2DYR C; 2JJ2 G; 2DMX A; 4DUY O; 1P49 A; 1YJ9 V; 4JV5 B; 4MTO A; 4P9P A; 5FNV A; 3JD0 A; 2GV9 A; 5C93 A; 1KEC A; 4JI4 B; 1VQM V; 1E1R G; 3UKM A; 3BEH A; 1FXK C; 2XOK G; 4H0L B; 4OGQ B; 4CZZ A; 5B1A B; 1TUB B; 2CK3 G; 4Z2W A; 3QO8 A; 4I55 B; 4JYY A; 5LA6 B; 1AI5 A; 2DWE C; 4AI8 A; 1A32 A; 4I4T B; 3ICX A; 1FYJ A; 4WBN A; 5C8Y B; 3BRC A; 1RM1 B; 5JCO A; 4GT1 A; 2EIM C; 2ZQM A; 1K4D C; 4GX2 A; 4Q6G A; 1BGY H; 2IJJ A; 4DV0 B; 1XMQ O; 1Q3E A; 3TK1 A; 4I0X B; 1R3J C; 4MVZ A; 1PNK A; 2YXH A; 2FL4 A; 4YXW G; 1YDX A; 4WFH A; 2D2C B; 2VS0 A; 1NTM H; 2HR3 A; 4PA4 A; 4MW3 A; 1FFT B; 2Z0A A; 1O9G A; 3VQX A; 2L35 A; 4DV2 O; 2P7T C; 1Q5O A; 4U7N A; 4DK1 A; 4LFC B; 4L87 A; 4UV8 A; 1LUV A; 2PTM A; 3ZX6 A; 1FPO A; 1D5N A; 2PUS A; 2M6Y A; 4J11 A; 3K5L A; 2A0L A; 4L8J A; 4LWS A; 1ZL8 A; 1XBL A; 5IDJ A; 1SER A; 3U10 A; 2HKO A; 1MOF A; 1V55 C; 2QE7 G; 4J9Y B; 1GO3 F; 1FAF A; 4F4L A; 2ZKO A; 5BY1 A; 2QM4 A; 3ABK C; 3JAK B; 5FL7 G; 1KUQ A; 4ZOL A; 4WFF A; 3OMI B; 1YEW A; 1IBM O; 3OTO B; 1BHB A; 2H8P C; 4B7E A; 3OTO O; 3CXH F; 2W6I G; 5CA3 A; 3RN4 A; 1ZAU A; 2AHZ A; 5DEC A; 4JAA A; 1OCZ C; 4FZ0 A; 4ZHQ B; 3AG4 B; 2ZNJ A; 3G67 A; 3CMA V; 5LMN B; 3LUT B; 3ML0 A; 3NR7 A; 2Y4T A; 2GTA A; 3H9V A; 5H6R A; 1MZF A; 3X2Q B; 1ROP A; 4H33 A; 3HKE B; 1YF2 A; 1LR1 A; 1WJZ A; 1MAB G; 3P32 A; 5B1B B; 3AEI A; 4YJ3 B; 4NYK A; 4Q20 A; 2RQ6 A; 1KMI Z; 3QNE A; 2PYL A; 2AGA A; 4O4H A; 1GN4 A; 1ZLZ A; 1H8E G; 5FPR A; 1NVP D; 1GRJ A; 2YIB D; 1JQ0 A; 3EHB B; 3OUF A; 2GDS A; 4JI8 O; 5KMG A; 2IH3 C; 4DYL A; 1VF6 C; 3CX5 F; 2EUL A; 4U3J A; 4OX9 B; 5IYC O; 3VOU A; 2OCC B; 2WWW A; 4KHP O; 2OTL V; 1Q7Y W; 1FFX A; 2ADQ B; 1S5L Z; 1IBK B; 2QM7 A; 2KG7 A; 5B1A C; 2VWK A; 1SQB H; 1IBK O; 2CTR A; 3ASO C; 3K06 A; 4DV4 B; 5CBF A; 1AR5 A; 1NH2 D; 2OTJ V; 4FM2 A; 4DR3 B; 1RM1 C; 1YZB A; 4HBN A; 1M57 B; 3CCU V; 3C3S A; 3OT7 A; 3N2G B; 1XUQ A; 5L3C A; 4R6Z A; 2QKC A; 2RMK B; 1RPO A; 2DWD C; 3ZRV A; 4X65 B; 2UXD B; 1KP3 A; 3BCC H; 2B9Z A; 4LF4 O; 2VRZ A; 3L74 H; 3CRA A; 4B3R B; 4FLW A; 5IYD O; 1HWY A; 1UFI A; 4IL6 Z; 4J7K A; 2BOB C; 2DN9 A; 2EIN B; 4O4L A; 5L3B A; 2YXY A; 3L70 H; 1N33 B; 5IT9 N; 3OR6 C; 3JAL B; 3FAV B; 5IJ0 A; 3E86 A; 5KHH A; 3VBB A; 1K73 W; 1GN2 A; 4DV6 B; 4WFA V; 4DV7 B; 4F6R A; 4DRX A; 1S5H C; 2EJ7 A; 1YHQ V; 4NXM B; 3E8G A; 2F4V B; 2DJV A; 4LC1 A; 4J80 A; 1AJN A; 4LF8 B; 1O9H A; 1QHT A; 2F4V O; 4EFE A; 1PD3 A; 3ZED A; 4JI1 B; 1AR4 A; 2WAM A; 3MAQ A; 3ASN B; 3CWB H; 1FKA O; 2X6B A; 5H6Q A; 4ZI7 A; 1L0N H; 3OW2 U; 4GZR B; 4B3T B; 4PA6 A; 3L9D A; 4B3T O; 4HYO A; 4MVU A; 2CAZ C; 4U3F H; 4JPR A; 1Y74 A; 4CH5 A; 2EZO A; 1JPX A; 5A2Q N; 3RBZ A; 3ETD A; 2QGN A; 1SA0 B; 3ZS8 C; 4GKK B; 3AG4 C; 1AIL A; 3BAB A; 3HR0 A; 3U11 A; 3K79 A; 1XL4 A; 2EIJ B; 4N21 A; 1XOU A; 4Z1V A; 1THZ A; 3X2Q C; 2ZE8 A; 5D5P A; 1Q43 A; 4IYI A; 3IJ4 A; 4O2B A; 1WB7 A; 2XTA A; 2F1M A; 3K08 A; 4R8C A; 3ZRX A; 1B04 A; 3K3W A; 1YIJ V; 4JF3 A; 1I5Y A; 1L1F A; 2N05 A; 4FLZ A; 4FLT A; 4IYH A; 4MS2 A; 3RYF A; 2LGW A; 1SF9 A; 3H1J H; 1VQK V; 4DR5 B; 3JYC A; 2AZ2 A; 2DW4 A; 4FPP A; 4TV8 A; 3D3Q A; 1PV0 A; 3JSL A; 4DUZ O; 1NR1 A; 1GAX A; 1AJP A; 4FVM A; 4A5U B; 5JH7 A; 5ITZ A; 1OCR B; 1V54 B; 4UCR A; 3PJS K; 5BR8 B; 1N32 O; 3JAT A; 1QU7 A; 2GHY A; 4CC6 A; 1R6K A; 3D36 A; 3ZHR A; 1PM9 A; 2X0L A; 3F5T A; 1R6T A; 3ETQ A; 1N36 B; 4FK5 C; 2QSA A; 1J5E O; 1UJW B; 4WCE V; 1HNX B; 4JI5 O; 1M57 C; 2NLJ C; 3CRM A; 2Y4U A; 4MSW C; 2PI5 A; 3JAR A; 3SJQ C; 3K5N A; 1SQP H; 4B3S B; 1W2B U; 2F93 B; 2HG5 C; 1H2S B; 2UUA O; 2E75 B; 5TIS Z; 1K7D A; 2Q5Z A; 5GON A; 4DR1 O; 1FXK B; 3AG1 B; 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3H1H H; 4UCV A; 3K0D A; 1OCR C; 1V54 C; 2L6L A; 2P06 A; 3HKD A; 2O57 A; 4DR4 O; 1XNR B; 3MHH C; 2QTS A; 2Q67 A; 4MVS A; 1BSM A; 1XNR O; 3WFV A; 3ZN1 A; 2DE0 X; 2YDE A; 2WLI A; 2NR5 A; 4AQY O; 3G6E V; 3JSN A; 1DGS A; 4DO2 A; 3CCE V; 2GSM B; 2YXL A; 1MG1 A; 1DTO A; 2HJF C; 1GMG A; 1IXB A; 1LNQ A; 3J81 N; 5LOV B; 4EB6 B; 2ZE7 A; 2A3Q A; 2LFR A; 2Q6A A; 5CA0 A; 3CCJ V; 1XL6 A; 1GM7 A; 5HFM A; 3RGB A; 3AG1 C; 3APQ A; 4R50 A; 1M4U A; 4RQF A; 3ASO B; 3BPZ A; 2MK3 A; 3Q4H A; 1J95 A; 2IJH A; 3L73 H; 2V7Q G; 4LF5 O; 2Q8V A; 3AG7 A; 1B3Q A; 4QE9 A; 1K5Q A; 5LXT A; 1RSO A; 4FJC C; 1H2K A; 1VQL V; 1TVK A; 4UCT A; 3C90 A; 1BT8 A; 4JI3 O; 3A8T A; 3SPH A; 2XAF A; 1VQ9 V; 3KCY A; 1XMQ B; 3K59 A; 1Y67 A; 1L0L H; 3P30 A; 4AIL C; 1VQ8 V; 3LDE A; 3E89 A; 1GM8 A; 1M5I A; 2UXX A; 3A0B Z; 2RJZ A; 1BHA A; 5KAF Z; 4HNA A; 1FD9 A; 2YS8 A; 5GTI Z; 2RNB A; 2UUC B; 2LW7 A; 4WFG A; 2EIK B; 2UUC O; 1M90 W; 4RO2 A; 4DV2 B; 3BVO A; 2WLL B; 3ABM C; 5LYJ A; 1QCE A; 1JVM A; 1ZWI C; 3U0Z A; 1P7G A; 1NZ6 A; 3M7M X; 1BQ0 A; 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