The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
|
sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
NLFVALYDFVASGDNTLSITKGEKLRVLGYNHNGEWCEAQTKNGQGWVPSNYITPVNS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the Abl-SH3 domain at pH5
rcsb |
| molecule keywords |
Tyrosine-protein kinase ABL1
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Transferase
|
| total genus |
10
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2013-03-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2D8H A; 2LP5 A; 1E6H A; 4LNP A; 1KFZ A; 4RTU A; 2DVJ A; 3RNJ A; 2O31 A; 1BK2 A; 2JM9 A; 3NGP A; 2L2P A; 4RTZ A; 1IO6 A; 1X2K A; 1PKT A; 1M30 A; 1WXU A; 1OOT A; 1NYG A; 4AG1 C; 1T3S A; 1NEB A; 1OPK A; 1QKX A; 1TG0 A; 2L3Q A; 3REB B; 2IIM A; 1AWO A; 2KBT A; 1WDX A; 2A37 A; 4LE9 A; 1T0H A; 3QWY A; 2B86 A; 4LN2 A; 3NMZ C; 1JU5 C; 4AFQ C; 1B3Q A; 2VVK A; 1TUD A; 2EYX A; 1X6G A; 1EFN A; 1RLQ C; 2JM8 A; 1GCQ A; 2H8H A; 1UG1 A; 4CC7 A; 1ZUU A; 3H0H A; 1ZX6 A; 1JEG A; 1NLP C; 3M0P A; 1CKB A; 1ARK A; 2ABL A; 1W6X A; 1NG2 A; 1ABQ A; 1S1N A; 1PNJ A; 1AZG B; 2ED1 A; 1WFW A; 1NEG A; 1UJY A; 1SRM A; 2DRK A; 2ED0 A; 4DEY A; 2J6K A; 2EKH A; 3VS1 A; 1KSW A; 1WXB A; 2EGA A; 2RQR A; 2JMA A; 1I07 A; 1TUC A; 2GBQ A; 2DIL A; 2AKL A; 3H41 A; 3VS5 A; 1SHF A; 1QWE A; 2FO0 A; 1GBR A; 5I22 A; 2SRC A; 3I5R A; 1M3C A; 3EG1 A; 2EVR A; 3TSW A; 2K7A A; 1H3H A; 2EYW A; 4J9F A; 2KXD A; 2PTK A; 3UF4 A; 1NM7 A; 2RQU A; 1QKW A; 2KYM A; 4X1V A; 2AZV A; 1AWX A; 2JS0 A; 2M0Y A; 3RBB B; 2D0N A; 1ZBJ A; 4OMO A; 2DLP A; 2VWF A; 2O2O A; 2CSI A; 1HD3 A; 1X27 A; 4DEX A; 1W70 A; 2LQW A; 4J9H A; 2AKK A; 1SSH A; 2HSP A; 2YUO A; 3GBQ A; 1G83 A; 1H8K A; 1BBZ A; 2CSQ A; 3CQT A; 2DL3 A; 1SRL A; 1Y0M A; 2PZ1 A; 1Z9Q A; 2J6F A; 4Z8A A; 4J9E A; 2GTJ A; 2CRE A; 3U23 A; 5GJV B; 3TVT A; 2L0A A; 2O9S A; 2MCN A; 1GL5 A; 1HSQ A; 4M4Z A; 3C0C A; 1VYU A; 2J6O A; 1ZUK A; 2JW4 A; 2MIO A; 3M0Q A; 2FRY A; 2YT6 A; 4IIO A; 2XMF A; 2YSQ A; 2AK5 A; 2LJ3 A; 1GCP A; 2RPN A; 1JO8 A; 2GNC A; 5I11 A; 2HEQ A; 2KEA A; 2O9V A; 5IHN A; 3THK A; 2DYB A; 5ECA A; 2CH4 W; 2X3X D; 2F2X A; 1H92 A; 4HVW A; 2KGT A; 2LX7 A; 3PVQ A; 2DL8 A; 1GBQ A; 2OJ2 A; 2L3P A; 2BTT A; 1LCK A; 1UEC A; 1X69 A; 2AZS A; 4AFZ C; 1M3B A; 4RTX A; 1SPK A; 2C0I A; 3VS6 A; 4CC4 B; 4EIK A; 2HBW A; 2YUP A; 1A0N B; 4J9B A; 4WCI A; 1K9A A; 1CSK A; 1RUW A; 2CT3 A; 1J3T A; 3EHQ A; 1K4U S; 2CT4 A; 1Z9Z A; 3VS4 A; 2RQT A; 1MV3 A; 1M27 C; 4Z88 A; 2C0O A; 4JZ3 A; 1RLP C; 2JXB A; 4F16 A; 1K0S A; 3ZL7 C; 2EYY A; 2DBK A; 4RUG A; 3PVL A; 4ZNX A; 2ROT A; 1U06 A; 3VRZ A; 1K1Z A; 2GTO A; 5L23 A; 4KRT A; 3I35 A; 4OMQ A; 2EW3 A; 3IQL A; 1B07 A; 1BU1 A; 2DBM A; 1QLY A; 4OMN A; 4HXJ A; 1M8M A; 2J7I A; 5HCK A; 2KRO A; 1X2Q A; 3LH5 A; 3EHR A; 1AVZ C; 1Y57 A; 2D1X A; 1AD5 A; 4QT7 A; 1V1C A; 1JQQ A; 2M51 A; 1BB9 A; 2JT4 A; 5IHK A; 1AZE A; 2G6F X; 2ESW A; 5FW9 A; 1UFF A; 2DRM A; 2FPD A; 5EC7 A; 2A08 A; 4JJB A; 2KE9 A; 2J05 A; 2DMO A; 1X6B A; 2DL7 A; 2K79 A; 1GCQ C; 2L3S A; 3EGU A; 2RQW A; 2SEM A; 3M0R A; 2LMJ A; 4GBQ A; 1ZSG A; 1T3L A; 1E6G A; 3UAT A; 4JPB W; 1GFD A; 2F2W A; 4JZ4 A; 4F14 A; 1GFC A; 4HVU A; 2RF0 A; 5IXB A; 1AOJ A; 2JMC A; 1GRI A; 4AFS C; 4OMM A; 1CKA A; 2JTE A; 2W10 A; 3R6N A; 1AWJ A; 1JXM A; 4FSS A; 4E6R A; 4RTY A; 1AWW A; 3I9Q A; 2FPE A; 3NHN A; 1I1J A; 2DE0 X; 2LJ0 A; 1PHT A; 5IHI A; 3REA B; 4AG2 C; 2K9G A; 2KRN A; 2ENM A; 2BZX A; 2VKN A; 4RTV A; 2DJQ A; 2KRM A; 2KR3 A; 2NUZ A; 4JJD A; 1I0C A; 2FRW A; 2YDL A; 1PRL C; 4LUD A; 2MOX A; 2JS2 A; 4D8K A; 2LQN A; 2P4R A; 1WIE A; 3SHW A; 2K2M A; 1UHF A; 2FPF A; 1AEY A; 2YUN A; 2I0N A; 5FWB A; 1KJW A; 2EYZ A; 3JV3 A; 1QCF A; 1MV0 B; 4CC3 A; 3VRY A; 1WA7 A; 2F2V A; 1YP5 A; 4AFU C; 2KRS A; 4Z89 A; 1SEM A; 1PKS A; 1FYN A; 1OPL A; 1OEB A; 4Y92 A; 1W1F A; 1RI9 A; 3H0I A; 1SHG A; 1UTI A; 4RTT A; 4A63 B; 2O88 A; 1UJ0 A; 5GJW B; 3H0F A; 1G2B A; 1WYX A; 2OAW A; 3SEM A; 2EQI A; 4OML A; 2LNH B; 1KIK A; 2LCS A; 4IIM A; 2GQI A; 1YN8 A; 2OI3 A; 2D8J A; 2QDL A; 1U5S A; 3ULR B; 3VS2 A; 1FMK A; 1VYV A; 1XOV A; 2KT8 A; 3PE0 A; 4GLM A; 4JJC A; 2BZY A; 3QWX X; 2EGE A; 2FG0 A; 2K6D A; 1E7O A; 2W0Z A; 5IH2 A; 3A98 A; 3M0T A; 1N5Z A; 4J9I A; 2DA9 A; 1YWP A; 2EPD A; 3FJ5 A; 4J9C A; 2LJ1 A; 1YWO A; 2CH4 A; 2LZ6 B; 1UHC A; 3UA6 A; 2E5K A; 1K0X A; 2A36 A; 1U3O A; 2RN8 A; 2EBP A; 1JXO A; 1WLP B; 4ESR A; 2KT1 A; 1UDL A; 4J9G A; 2HCK A; 2NWM A; 3I5S A; 4OMP A; 4J9D A; 3VS7 A; 2RNA A; 3TSZ A; 1ABO A; 2KNB B; 2BZ8 A; 2C0T A; 3EG3 A; 2DNU A; 5FWC A; 4D8D A; 2FEI A; 1WI7 A; 2DM1 A; 1NYF A; 3EG2 A; 1ZUY A; 2ECZ A; 2GGR A; 1WXT A; 3O5Z A; 1UE9 A; 1OV3 A; 3VS0 A; 1QWF A; 3M0S A; 4HCK A; 1WX6 A; 1PWT A; 4RTW A; 4F17 A; 1VYT A; 1X43 A; 2X3W D; 2RMO A; 2CUD A; 1NLO C; 3M0U A; 1YCS B; 4ORZ A; 2J06 A; 3KFV A; 3EG0 A; 4HVV A; 4R0K A; 2DL5 A; 3UA7 A; 3VS3 A; 4LUE A; 2HDA A; 2CDT A; 2ROL A; 2DL4 A; 2KYB A; 4CC2 A; 1HJD A; 1VA7 A; 3NPF A; 1K76 A; 1UUE A; 2KXC A; 2V1Q A; 5IXF A; 2RQV A; 2K3B A; 1T0J A; 2A28 A; 2PNI A; 1M3A A; 2V1R A; 2YUQ A; 1ZLM A; 2EGC A; 1MUZ A; 1PRM C; 1UGV A; 2DX1 A; 4K11 A; 1YNZ A; 2CUB A; 2DF6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2V8K A; 3J7A F; 2LP5 A; 4J83 A; 2QQB A; 3JCM f; 1KQS P; 5GMK e; 3PIP A; 4E47 A; 2O31 A; 1BK2 A; 3NGP A; 1VQK Q; 3RUX A; 2L2P A; 2KSS A; 1H64 1; 1OOT A; 1YJN T; 4C8Q E; 2LQ8 A; 1OPK A; 4IUR A; 4FT4 A; 1K73 U; 1B34 A; 1AT1 B; 2A37 A; 3SWN C; 5AYF A; 1Q7Y C; 2B86 A; 2MI6 A; 3F70 A; 4JUV A; 3NMZ C; 2AT1 B; 1K8A R; 1XNI A; 1QVG S; 3CCR T; 4E2F B; 1YI2 A; 1M8V A; 1GCQ A; 5IAY A; 1NBE B; 1VQ4 Q; 3EH1 A; 4C92 A; 4BE2 A; 4CC7 A; 4DBF A; 3OW2 A; 5LJ3 f; 1QVF S; 5I21 A; 3M56 A; 3OYJ A; 1NJI C; 2HL3 A; 4IUU A; 2ABL A; 1W6X A; 4FCY A; 1NG2 A; 1ABQ A; 3S3N A; 1SRM A; 1TS9 A; 4KH1 B; 2EKH A; 4LXC A; 4PLI A; 3L2Q A; 1I07 A; 3I55 T; 4E7L A; 3DB3 A; 1KG1 A; 3H41 A; 4JLI A; 3CC7 A; 1SHF A; 3MP8 A; 1GBR A; 3G4S T; 1YI2 T; 2QAZ A; 3QYG B; 2EVR A; 3QDF A; 4A54 A; 3EG9 B; 4J9F A; 2KXD A; 3UF4 A; 2QEX A; 3CC4 Q; 2COY A; 2RK2 A; 3QDR B; 4M78 C; 1SG5 A; 3A8H B; 4ELZ C; 3C4S A; 3CXC S; 3RBB B; 2VWF A; 3I55 Q; 2K5L A; 4HCZ A; 3CCE A; 2ZPE B; 1Q7Y U; 4FYW B; 4DBR A; 3G4S Q; 1KQS A; 4QVC A; 2XI9 A; 2QGG A; 2CSQ A; 3WVD B; 1I8F A; 1RAE B; 4Z8A A; 3HHT B; 2X4J A; 2ZAE A; 1WJS A; 5HK0 A; 3U23 A; 3CPW P; 4M4Z A; 1XQH A; 3OYE A; 3EGD B; 1QQJ A; 5GAM e; 1NJI U; 3M0Q A; 2YT6 A; 2XMF A; 3OYN A; 2GF7 A; 4CI0 C; 2LJ3 A; 1Q81 R; 2EKO A; 1GCP A; 2FZC B; 5J26 A; 2RPN A; 3OS1 A; 2DZC A; 3H6Z A; 3QII A; 4EMG A; 3OYY A; 2HEQ A; 4KT0 E; 2DTO A; 5AT1 B; 3CCE T; 5IHN A; 1KD1 C; 4M7D F; 2DYB A; 5M9O A; 2FHD A; 2RA2 A; 4RMO A; 3D7S B; 4M7A A; 1Q82 C; 3NTH A; 5GAN 2; 4DOW A; 1WZO A; 5CAI A; 2OJ2 A; 2KQW A; 4C8Q A; 4XTV A; 4AFZ C; 3CC2 A; 4C5G A; 4XU3 A; 3E1S A; 3G6E T; 5CO7 A; 2R57 A; 1VQ6 A; 2VGN A; 1A0N B; 4N4H A; 2CZ1 B; 2ZPG B; 1MMN A; 2CP6 A; 2HKN A; 3OB9 A; 1RUW A; 3Q1J A; 1R8O B; 1FMV A; 1Z9Z A; 4C5E A; 3EH2 A; 4MDW A; 4Z88 A; 4QVD A; 1NE8 A; 3HRS A; 2YRD A; 1N8R C; 1RLP C; 2JXB A; 3X26 B; 4F16 A; 4XTY A; 1IGQ A; 3A5Z B; 3PVL A; 2PUK B; 3LW5 E; 3OYF A; 3L2Z A; 2K57 A; 4F7U F; 3CC2 T; 1K73 R; 3JCM c; 4M75 A; 3QZ5 B; 2X9H A; 3URG A; 1VQ6 T; 4OVA A; 5HCK A; 2KRO A; 1X2Q A; 3EHR A; 1F1B B; 2OTJ Q; 3MET A; 2D1X A; 1AD5 A; 2ZPH B; 4M7D D; 1M2V A; 2GQV A; 2M51 A; 1KD1 U; 3CBM A; 1AZE A; 2ESW A; 2DRM A; 2E1H A; 3L2V A; 3CXC P; 5KCH A; 4JJB A; 1Q82 U; 1KC8 R; 2J05 A; 2E10 A; 1VQM A; 4ZN3 A; 4BI4 A; 1IGU A; 3CCS A; 2LTO A; 3CMA Q; 5J3B A; 4OGE A; 4GBQ A; 1EX4 A; 2RH2 A; 5FLX E; 1T3L A; 2I2L A; 3CME T; 4JZ4 A; 2RJD A; 5HY6 A; 4JS5 A; 2RF0 A; 1G3T A; 2DKG A; 1AOJ A; 5IXB A; 2JMC A; 3CCL A; 4QQG A; 1K9M R; 4UC4 A; 2JTE A; 2W10 A; 4FSS A; 5C6S A; 5DM7 R; 4RTY A; 1AWW A; 3M54 A; 3NHN A; 4J6Y A; 4A53 A; 2DE0 X; 3REA B; 1YIJ A; 1N8R U; 4PJO D; 2ENM A; 2BZX A; 2RI2 A; 4RTV A; 4OB2 B; 1I0C A; 2FRW A; 3CCS T; 2YDL A; 3L1A A; 2MOX A; 2JS2 A; 4RCB A; 3EFO A; 3CCJ Q; 1WHK A; 3CME Q; 1WIE A; 1QVF A; 2QA4 A; 1UHF A; 3SFM A; 4WF2 A; 2FPF A; 2CS7 A; 4II1 A; 4BY6 B; 5KE2 A; 2HZY A; 4CC3 A; 3X25 B; 5GAM f; 2HBP A; 3CCL T; 1WA7 A; 1JJ2 P; 2KRS A; 3OYG A; 3QZ9 B; 4Y92 A; 1RI9 A; 3HRT A; 2XKO C; 4A63 B; 4E7H A; 4JDS A; 3L2U A; 1PD1 A; 1SKU B; 1OX9 A; 3S3M A; 3LWI A; 2QDY B; 2OAW A; 4OML A; 2LNH B; 1UGR B; 4C8Q G; 1K8A C; 4L59 A; 2EQJ A; 2XDD A; 2GQI A; 1VIF A; 3QKJ A; 1IXD A; 2OI3 A; 5KYY A; 3OMC A; 1VYV A; 1XOV A; 2KT8 A; 4EMK A; 4PJO E; 2EGE A; 1Y96 B; 1D0Z A; 3CXC A; 1AHJ B; 1YHQ Q; 2CP7 A; 2HQE A; 2W0Z A; 3A98 A; 1YWP A; 4Z02 A; 2YXY A; 4XK8 E; 4M7D C; 4J9C A; 3X24 B; 2LJ1 A; 5CIU A; 2LZ6 B; 2RD1 A; 3ZBD A; 2VGM A; 4A4E A; 3BW1 A; 1WHH A; 2A36 A; 5KYW B; 1U3O A; 2RN8 A; 1ZSZ B; 1JXO A; 4BY6 C; 4BUG A; 1WNL A; 4J9G A; 2LVM A; 1YIT A; 1YJW A; 4O6J A; 4FYX B; 1VQO A; 2ZPF B; 1KQ1 A; 5D7U A; 4IUV A; 4BE0 A; 2QK0 A; 4FW1 A; 2KNB B; 3EG3 A; 4D8D A; 4FSX A; 1NYF A; 1ZUY A; 1QCO A; 5GAN e; 4OF1 A; 1UGS B; 1UE9 A; 2E64 A; 3VS0 A; 4KGV B; 1R0B G; 2DIQ A; 2RMO A; 1YCS B; 3H8Z A; 5KYU B; 1RAA B; 2NUT A; 2DL5 A; 3OQ5 A; 4YTL A; 3VS3 A; 1K8A U; 2DTI A; 1YFN A; 1YIT T; 2CDT A; 4NOY A; 1RL2 A; 2KYB A; 1VQO T; 2CZ7 B; 3NPF A; 2DET A; 4XTZ A; 3V7C A; 4ZTJ A; 5IXF A; 2HNI A; 1T0J A; 1M3A A; 1MUZ A; 1PRM C; 2DX1 A; 1KQS S; 2DF6 A; 1X01 A; 3DLL A; 1VQN A; 4M77 D; 1Q81 C; 4LNP A; 2DVJ A; 3HFN A; 2O4X B; 2EAY A; 2DEU A; 1WXU A; 1M30 A; 5A2Q E; 3ME9 A; 1NEB A; 3OYD A; 2MPX C; 1TG0 A; 4DQ2 A; 2IIM A; 2E5Q A; 2MAM A; 4XTX A; 1T0H A; 4C92 E; 3QWY A; 3OBW A; 3MPU B; 1OU8 A; 2VVK A; 2XK0 A; 2EYX A; 1WHJ A; 1RLQ C; 1Y07 A; 2H8H A; 1MNE A; 5GAO p; 1VQ7 Q; 4QQ6 A; 1VQN T; 5CKB A; 1JBM A; 4RKU E; 4RG2 A; 4ATO A; 2E12 A; 1NLP C; 4MZP A; 3M0P A; 1CKB A; 1TTH B; 1S72 A; 3FJP A; 4BI3 A; 3E2U A; 1S1N A; 1AZG B; 2FYK A; 4PJO A; 2DRK A; 2KMT A; 4DEY A; 2J6K A; 3I56 A; 3JB9 H; 4C0F A; 4M77 E; 1TUG B; 1WQW A; 3MCA B; 1KQ2 A; 2JMA A; 2AKL A; 4PFZ A; 2FO0 A; 3PT9 A; 5I22 A; 2SRC A; 1RAF B; 2HMA A; 1OU9 A; 3ASK A; 2YHT A; 3EG1 A; 2OTL Q; 1Q81 U; 1H3H A; 4MMK A; 4QKU A; 3OYI A; 5LJ5 e; 1VQL T; 2AZV A; 4A4F A; 4V2S A; 5FU7 C; 2DFU A; 1ZBJ A; 3JCM h; 2O2O A; 3ZEH A; 2IPO B; 4BI8 B; 4M78 D; 2L89 A; 1KC8 C; 3G71 T; 5J39 A; 2YUO A; 3C12 A; 3GBQ A; 3QSU A; 4N4I A; 5GAN d; 1TH7 A; 3CQT A; 2JTF A; 5GAN 7; 2EQU A; 2PZ1 A; 1Z9Q A; 3JCM d; 1M4Z A; 4LD6 A; 3CPW S; 4J9E A; 2DEQ A; 5GJV B; 1VQL Q; 2HQH A; 3HSB A; 2MCN A; 1HSQ A; 1RAD B; 1VYU A; 5CKF A; 1BKB A; 1K9M C; 2JW4 A; 2MIO A; 5GAN f; 4IIO A; 4NS5 A; 1BYM A; 5KYX B; 5LJ3 j; 3SDZ A; 1JO8 A; 3G71 Q; 4PJM A; 2GNC A; 4DBH A; 5I11 A; 5LJ3 h; 1OZ3 A; 1BIA A; 4M7A E; 2KEA A; 1QMC A; 2O9V A; 1BCM A; 1R0C B; 1D0X A; 3TU4 K; 2X3X D; 4ZTF A; 1OI1 A; 1H92 A; 3OYA A; 1M1K R; 2KGT A; 2LX7 A; 1TXQ A; 3OSV A; 5LJ3 d; 3UDC A; 1GBQ A; 2BTT A; 1LCK A; 1UEC A; 4FIB A; 3MEW A; 4C8Q B; 4C5I A; 4EIK A; 2HBW A; 3V8L A; 1YBY A; 4KUD K; 4J9B A; 4Q5W A; 1UB4 A; 2CKK A; 4BDZ A; 1K9A A; 4ME7 A; 3GNG A; 1YJN Q; 1K4U S; 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