The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
NLFVALYDFVASGDNTLSITKGEKLRVLGYNHNGEWCEAQTKNGQGWVPSNYITPVNS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the Abl-SH3 domain at pH5
rcsb |
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Tyrosine-protein kinase ABL1
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| total genus |
10
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| structure length |
58
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| sequence length |
58
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| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2013-03-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QWX X; 5IXB A; 4RTZ A; 1KIK A; 2FO0 A; 2O9V A; 2F2X A; 1H92 A; 2L0A A; 1B07 A; 2EYX A; 3REB B; 4RTU A; 2KT8 A; 3NHN A; 1PKT A; 1EFN A; 1M3C A; 2A37 A; 2EGE A; 2GTJ A; 2J05 A; 2EBP A; 2HCK A; 1LCK A; 1BU1 A; 4HCK A; 1FYN A; 2D1X A; 1ZUY A; 1FMK A; 1K1Z A; 2DX1 A; 1UGV A; 4AFS C; 2SRC A; 4RTV A; 2D0N A; 4OMN A; 2EGC A; 4AFZ C; 2H8H A; 3REA B; 3ULR B; 2EYY A; 3UA6 A; 4Z8A A; 1W1F A; 5L23 A; 3IQL A; 1UHF A; 2D8H A; 1X2Q A; 4DEY A; 2BTT A; 1T3L A; 1A0N B; 2W0Z A; 4AG1 C; 2PNI A; 4J9F A; 2CT3 A; 2HBW A; 3I9Q A; 4J9G A; 1MV3 A; 2K3B A; 2KXD A; 2KRN A; 1OOT A; 5GJW B; 4OMQ A; 1GL5 A; 1GCQ C; 2F2W A; 2L3S A; 3EG3 A; 2OAW A; 4J9B A; 2EPD A; 2JM8 A; 1GBQ A; 1QLY A; 2OI3 A; 1H8K A; 1X43 A; 2FPE A; 1X27 A; 2M0Y A; 1OPK A; 2C0T A; 1J3T A; 5I11 A; 1KFZ A; 2FRY A; 1I0C A; 2ED0 A; 2YUP A; 1S1N A; 4JJC A; 1SHF A; 2JS2 A; 1MV0 B; 3VS7 A; 1UG1 A; 2KRS A; 1YP5 A; 3VRZ A; 4Y92 A; 2HSP A; 5GJV B; 1G83 A; 4OMO A; 1ARK A; 1IO6 A; 2DL3 A; 1AEY A; 2GBQ A; 3FJ5 A; 2GGR A; 3PVQ A; 2JMA A; 2RQR A; 4JZ4 A; 4LNP A; 1M30 A; 2CUB A; 2KRM A; 4RTT A; 2KEA A; 2B86 A; 2LJ1 A; 4A63 B; 1PHT A; 1UJ0 A; 2EQI A; 1T3S A; 2DYB A; 2ROL A; 3EHR A; 4ORZ A; 4RTX A; 1H3H A; 3EGU A; 5IH2 A; 3H0F A; 2O31 A; 1QKW A; 1K76 A; 1K9A A; 1T0H A; 4CC4 B; 1UHC A; 1Y0M A; 2ABL A; 2RQT A; 2K9G A; 3SHW A; 2J06 A; 2K2M A; 2DVJ A; 4EIK A; 2CUD A; 1ABO A; 4HVV A; 4GLM A; 1U06 A; 1U5S A; 2DF6 A; 4RTW A; 3UAT A; 1GCP A; 2DJQ A; 3THK A; 2RPN A; 1Z9Q A; 3GBQ A; 4AFU C; 1GCQ A; 3C0C A; 1E6G A; 2GNC A; 1AOJ A; 2CSI A; 1WLP B; 1X6B A; 1WI7 A; 2LJ0 A; 5FWC A; 2K79 A; 2CSQ A; 1NLP C; 4FSS A; 4ESR A; 5IXF A; 2HDA A; 2AZS A; 4CC3 A; 2FEI A; 5EC7 A; 2YUQ A; 1NEB A; 4AFQ C; 1AD5 A; 4J9E A; 2IIM A; 2RQU A; 1Y57 A; 2KNB B; 2OJ2 A; 4ZNX A; 1SEM A; 3M0R A; 4OML A; 1XOV A; 2BZX A; 2LMJ A; 1YNZ A; 4K11 A; 4X1V A; 4WCI A; 4F17 A; 4J9C A; 5ECA A; 1KJW A; 2DRK A; 1ZLM A; 1K0X A; 4J9I A; 2EKH A; 5HCK A; 3M0S A; 3PE0 A; 2EYW A; 2X3X D; 3RNJ A; 2DLP A; 4E6R A; 2LZ6 B; 1PNJ A; 3TSW A; 4F14 A; 2MOX A; 1AWX A; 1X2K A; 3VS6 A; 1Z9Z A; 5IHK A; 1BK2 A; 1YCS B; 2ED1 A; 2I0N A; 1G2B A; 4JPB W; 2AK5 A; 1UE9 A; 2CDT A; 4D8K A; 1GBR A; 1QKX A; 3A98 A; 1NM7 A; 2ROT A; 5FW9 A; 2FPF A; 4J9D A; 1WDX A; 2YDL A; 1K4U S; 1CKB A; 2J6O A; 1OEB A; 1SSH A; 4RTY A; 1ZSG A; 1AWW A; 4GBQ A; 4HVW A; 3H0I A; 4R0K A; 3VS0 A; 1VA7 A; 1BBZ A; 1K0S A; 1WXT A; 2DL8 A; 2DL7 A; 1NEG A; 2G6F X; 2YUO A; 2RN8 A; 1JXM A; 2J7I A; 1QCF A; 2W10 A; 1ABQ A; 2J6K A; 2L3P A; 1AWO A; 2CT4 A; 1BB9 A; 2LP5 A; 1X69 A; 1HJD A; 1SRM A; 1UFF A; 2CRE A; 1AVZ C; 1PRL C; 1YWP A; 1WIE A; 2KGT A; 2KR3 A; 1JQQ A; 1CKA A; 3EG0 A; 1CSK A; 2EW3 A; 2DE0 X; 3NPF A; 2O9S A; 1W70 A; 1UDL A; 3H41 A; 4KRT A; 2LCS A; 1MUZ A; 1JEG A; 2PTK A; 3H0H A; 2JT4 A; 1X6G A; 5IHI A; 1ZBJ A; 5IHN A; 2RMO A; 1B3Q A; 2QDL A; 4RUG A; 1PKS A; 2V1R A; 3M0T A; 1NLO C; 3UF4 A; 1HSQ A; 2RF0 A; 4JJB A; 1VYV A; 1WXB A; 3O5Z A; 2YUN A; 2LX7 A; 2LJ3 A; 2DA9 A; 2FPD A; 1W6X A; 2XMF A; 1RLP C; 2RQW A; 2DBM A; 3UA7 A; 4OMP A; 1HD3 A; 1GFC A; 1VYT A; 4IIM A; 2KYB A; 1YN8 A; 1E7O A; 4LN2 A; 1AWJ A; 3NGP A; 2VWF A; 2ESW A; 4Z89 A; 4LUE A; 1JU5 C; 2MCN A; 1WFW A; 1RUW A; 2L3Q A; 2K6D A; 2SEM A; 3I35 A; 1TUC A; 1SHG A; 3U23 A; 1WYX A; 2LQN A; 2DL4 A; 1UJY A; 1AZE A; 3EG2 A; 2GTO A; 2ECZ A; 3PVL A; 2DL5 A; 4AG2 C; 2L2P A; 2KE9 A; 1PWT A; 2NWM A; 2A36 A; 1NG2 A; 4IIO A; 2JS0 A; 2HEQ A; 1UEC A; 4HXJ A; 3I5S A; 2KRO A; 2MIO A; 3TSZ A; 4LE9 A; 1U3O A; 2DIL A; 3EG1 A; 1M8M A; 2D8J A; 2X3W D; 1UUE A; 1NYF A; 4D8D A; 3ZL7 C; 2VKN A; 2BZY A; 3VS2 A; 4OMM A; 2BZ8 A; 3JV3 A; 4JZ3 A; 1GRI A; 2DMO A; 2KXC A; 1M3B A; 2JMC A; 2DRM A; 2E5K A; 3TVT A; 3VS3 A; 2A28 A; 1WA7 A; 2JXB A; 2CH4 W; 2RQV A; 2AZV A; 2EYZ A; 2O88 A; 2LNH B; 3VS1 A; 2NUZ A; 2KT1 A; 2KYM A; 4QT7 A; 1RLQ C; 2DM1 A; 2J6F A; 1GFD A; 2C0I A; 3RBB B; 2LQW A; 2JW4 A; 2O2O A; 1QWE A; 2DNU A; 1RI9 A; 1TUD A; 4HVU A; 1OV3 A; 3M0P A; 1QWF A; 3QWY A; 1N5Z A; 5I22 A; 1V1C A; 2K7A A; 1UTI A; 1I1J A; 1M27 C; 2V1Q A; 1E6H A; 1I07 A; 4Z88 A; 3SEM A; 1TG0 A; 1VYU A; 2F2V A; 3CQT A; 2FG0 A; 2RNA A; 2EVR A; 2DBK A; 3LH5 A; 3VS5 A; 3KFV A; 2PZ1 A; 3I5R A; 2P4R A; 2M51 A; 2C0O A; 1OPL A; 4J9H A; 5FWB A; 1T0J A; 2JTE A; 2ENM A; 1SRL A; 2CH4 A; 2FRW A; 1NYG A; 4F16 A; 4JJD A; 1JO8 A; 1WX6 A; 1PRM C; 3VRY A; 2A08 A; 3VS4 A; 4CC7 A; 4DEX A; 1AZG B; 1YWO A; 4M4Z A; 1M3A A; 2EGA A; 4LUD A; 3M0Q A; 2GQI A; 3M0U A; 1KSW A; 1ZUK A; 2VVK A; 1ZX6 A; 2JM9 A; 2YT6 A; 4CC2 A; 2AKL A; 3R6N A; 3NMZ C; 1JXO A; 2KBT A; 3EHQ A; 2AKK A; 2YSQ A; 1WXU A; 1ZUU A; 1SPK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KIK A; 2DXB A; 4EMK B; 2F2X A; 2Y90 A; 1YJW T; 1TOV A; 4NL2 A; 1BCM A; 1H92 A; 3P8B B; 2E6N A; 3REB B; 2QEX Q; 2PVD B; 2NUP A; 3RMQ A; 2J05 A; 5GAO q; 2O01 E; 2CGH A; 2EBP A; 3EG9 A; 3OYA A; 5KH6 A; 3PMT A; 1VQ9 Q; 4RCC A; 1K1Z A; 3M56 A; 5I21 A; 3GNF B; 4AFS C; 4BUG A; 4RTV A; 2D0N A; 3HRU A; 1ZA1 B; 1WGS A; 4X34 A; 1VQ6 A; 3REA B; 3J80 E; 3GLX A; 4X9C A; 4C8Q C; 4DA4 A; 3URG A; 5L23 A; 3JCM c; 3IQL A; 1UHF A; 5GMK e; 2DTI A; 5C0M A; 3I56 T; 4L59 A; 2LCC A; 2M02 A; 1S72 A; 2LRQ A; 4BD3 A; 4M7D F; 1A0N B; 1R8O B; 2HBW A; 5FU7 B; 2K3B A; 2K5F A; 3C94 A; 5I2S A; 1OOT A; 2ZPF B; 3EG3 A; 2OAW A; 2HQE A; 1QLY A; 3HRS A; 4DBH A; 4J6Y A; 4KGZ B; 1X27 A; 2RK2 A; 2PVG B; 5I11 A; 2FRY A; 2XD0 A; 1SHF A; 3L2U A; 1N8R U; 1SKU B; 4BY6 C; 1YP5 A; 3VRZ A; 3CD6 Q; 3VUB A; 2HSP A; 1VUB A; 1ARK A; 4BE2 A; 2MI6 A; 5GAN 3; 2GBQ A; 1M1F A; 2JMA A; 4JZ4 A; 1K8A U; 5CR2 A; 4J83 A; 4QW2 A; 2KEA A; 2B86 A; 2E12 A; 1UJ0 A; 2MF2 A; 3EHR A; 3SB2 A; 4KUL A; 5KCH A; 3H0F A; 4BE0 A; 2R5A A; 2E1H A; 1K76 A; 2QQS A; 1KK7 A; 2DTO A; 4CC4 B; 3EFO A; 1IRX A; 1Y0M A; 3L2Q A; 3CCE T; 2ABL A; 1OX9 A; 2J06 A; 2EKO A; 2EAY A; 2KY9 A; 2QDY B; 3G4S Q; 4M7A F; 4HVV A; 3G7Z A; 2RJD A; 4JRQ A; 3CCU T; 3EFS A; 2BKD N; 3QJ6 A; 3GBQ A; 4AFU C; 1RAA B; 1UB4 A; 2GNC A; 1AOJ A; 2CSI A; 1MMG A; 2VGM A; 4XTZ A; 3JCM b; 3M57 A; 3CCV T; 4J6X A; 5M9O A; 3TEE A; 1Q86 U; 2D0Q B; 2K79 A; 1VQP T; 3I55 A; 4ZGE B; 3I55 T; 1KQ2 A; 5A0L A; 4IUR A; 1X6O A; 2CS7 A; 2JZ2 A; 4F7U B; 1K73 R; 3BY7 A; 5AT1 B; 4JRP A; 5CQY A; 4J9E A; 2IIM A; 2RQU A; 1B34 B; 1Y57 A; 1QVG P; 4M7D G; 2LQK A; 4QQG A; 1QQJ A; 1TH7 A; 5DLO A; 4MDX A; 2BZX A; 1P92 A; 2LMJ A; 2F5T X; 4X1V A; 3CC2 T; 4WCI A; 3QZ9 B; 2EJ9 A; 1KJW A; 2DRK A; 4C8Q D; 1ZLM A; 2QAS A; 3H8Z A; 2E70 A; 1YJW Q; 3X24 B; 1Y96 B; 3RNJ A; 4C5G A; 2K3X A; 1LJO A; 4E7Z A; 4F14 A; 2MOX A; 2I0N A; 1G3Y A; 2OTL A; 4EMH A; 3CBP A; 1VQL T; 4D8K A; 2ROT A; 1M2O A; 4M77 F; 3MEA A; 4PFO A; 3VKI A; 1XJW B; 1AWW A; 4HVW A; 3H0I A; 1BKB A; 3VS0 A; 1M2V B; 2DFU A; 1BBZ A; 2G6F X; 5A0D A; 1VQ8 A; 2YUO A; 2RN8 A; 2IVW A; 2YHT A; 2W10 A; 3M4Y A; 1ABQ A; 4MZM A; 3I56 Q; 1KHI A; 1HJD A; 2HZY A; 1PRL C; 1RAI B; 5IN1 A; 1YWP A; 1WIE A; 1YHQ Q; 5KYW A; 1WZO A; 2KR3 A; 2PQW A; 4WTO B; 1CKA A; 2JNG A; 4Y91 A; 3OB9 A; 5LJ5 g; 1YI2 T; 4M7A G; 2DE0 X; 4MMK A; 3LGL A; 4KUI A; 1Q82 U; 1UDL A; 2LCS A; 3O8V A; 2PTK A; 5J39 A; 1X75 C; 5IHI A; 4A4H A; 5LJ5 j; 5LJ5 f; 2I2L A; 4QQ6 A; 1PG5 B; 2DKG A; 1AHJ B; 1B3Q A; 4FM4 B; 4C0F A; 4QVC A; 2V1R A; 4DBF A; 4QVD A; 2RJE A; 5GAN 6; 4JDS A; 1PM3 A; 3UF4 A; 4XAX B; 3O5Z A; 4R56 A; 1G5V A; 3C95 A; 2HQX A; 2H3E B; 1VQN T; 2RI2 A; 1W6X A; 2X4W A; 4LD9 K; 4XQ3 A; 4C92 C; 3H6Z A; 2RQW A; 2OX7 A; 2FYK A; 4ELZ C; 5GAN d; 3CCM T; 1K9M U; 4M7D A; 4B6M A; 1VQK A; 4IIM A; 1NJI U; 3VV0 A; 1YN8 A; 1E7O A; 2ESW A; 2R58 A; 1YBY A; 3GIB A; 4LUE A; 4BE1 A; 1WFW A; 4EDU A; 1NBE B; 1TUC A; 2CYZ B; 1SHG A; 3U23 A; 3OYC A; 3JCM J; 2LQN A; 2CP6 A; 3EH1 A; 1LPL A; 2GTO A; 3EAE A; 3CCU Q; 2FZG B; 4M77 G; 1UEB A; 2QI2 A; 2NWM A; 2X35 A; 3PFS A; 2DEQ A; 4XU1 A; 4IIO A; 3CCV Q; 1UEC A; 1VQP Q; 1ZQ1 A; 4C8Q B; 2F5K A; 4XTV A; 3H9N A; 4M75 G; 2DIL A; 3M5A A; 2D8J A; 1KD1 R; 1UUE A; 1OUL A; 4Q5W A; 1W4S A; 3JB9 H; 1GRI A; 4GLK A; 2E5K A; 1K8A R; 3CC2 Q; 2KSS A; 2EWN A; 4PJM A; 2LQ8 A; 2A28 A; 3OBY A; 5DM7 R; 3AHU A; 4PFZ A; 2B8A A; 1M8V A; 4M75 D; 1WA7 A; 2CH4 W; 2AZV A; 2EYZ A; 3LYI A; 7AT1 B; 4DBQ A; 1VQ7 A; 2GFU A; 2NUZ A; 3S3M A; 2KT1 A; 4QT7 A; 2Y4Y A; 1TS9 A; 2J6F A; 3EGD A; 4VUB A; 4FYX B; 1K73 U; 4OB2 B; 1YJN Q; 1VQL Q; 1OV3 A; 3M0P A; 4C0G A; 4LDX A; 3PMI A; 1N9R A; 1N9S A; 2RD1 A; 1BIB A; 4BY6 B; 4N0A C; 1XNI A; 1YCY A; 2K7A A; 1M90 U; 1D0Z A; 2HSE B; 1E6H A; 4Z88 A; 3SEM A; 5GAN 8; 4M78 C; 1KC8 R; 4J8O A; 1I81 A; 1QVF S; 2WAC A; 2CZ0 B; 3QUI A; 3I5R A; 3RKW A; 1IHV A; 1T0J A; 2JTE A; 2E5Q A; 3CPW A; 2QEX T; 1KHC A; 1JO8 A; 2A08 A; 4X9D A; 3MEU A; 4M4Z A; 2EGA A; 4LUD A; 2BIV A; 2E10 A; 1D1C A; 1IB8 A; 3M0U A; 1VQ9 A; 1ZUK A; 3JCM V; 1YI2 Q; 2GCX A; 2VVK A; 5HY6 A; 1MMA A; 3LWI A; 2AKL A; 4C92 D; 3R6N A; 3LGF A; 3ZFJ A; 1OX8 A; 3NMZ C; 4FW2 A; 2AKK A; 2WSF E; 5LJ3 g; 2VYT A; 1TSF A; 3G71 T; 1G8X A; 4M77 A; 1NE8 A; 3BW1 A; 3NTK A; 2L0A A; 1B07 A; 2QTX A; 1N8R R; 3UT1 A; 4F7U F; 3RKY A; 2EYX A; 5LJ3 j; 5LJ3 f; 2KT8 A; 3TCJ A; 1PKT A; 4BI4 A; 2EGE A; 3QPH A; 2GTJ A; 2EQJ A; 1BIA A; 1PSE A; 1ZBX A; 1VQN Q; 2NUT B; 1BU1 A; 3A8L B; 2JJ9 A; 4C92 E; 3D7S B; 2D1X A; 4RG2 A; 3M59 A; 4KGV B; 2SRC A; 4OMN A; 4PLL A; 3CCM Q; 3DLL A; 3BE3 A; 5HK0 A; 4AFZ C; 3A5Z B; 1G3S A; 3NFC A; 3ULR B; 2R5M A; 5GAM h; 4Z8A A; 4PJJ A; 1Y7X A; 1WHH A; 4ZGD B; 2HBP A; 2K5L A; 2X9H A; 4DEY A; 2DIG A; 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