4JKAA

Open and closed forms of r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound co ion
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 66
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkaA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkaA01
4JKAA 4JKEA 4JK9A 4JKHA 3E9PA 3SBTA 3ENBA 3SBGA 3E9LA 4ILGB 4JKGB 4JKFA 4JK7A 4ILJA 3E66A 4JKDA 4JKBA 3E9OA 4JK8A 4ILHA 4JKCA 4JKGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B6PA 1ST7A 3BF3A 3CC2N 4A57A 4WFNL 2HNDA 3TTDA 4HTUA 4LFBK 3OYKA 2OZSA 4DU3A 1ZYQA 4M3XA 1QHTA 3I0SA 4E7IA 5F2RA 2R82A 4IJAA 4CJWA 4MDAA 4DR2K 4CVNE 2HF3A 1L3SA 2NRXA 3WXIA 3ZSVA 1WAJA 4ZTJA 3B8AX 3HSTB 4B9LA 3HVRA 1KAZA 1X9MA 4CEDA 1HYSA 3TAGA 2P9KB 4CZKA 4CHNA 3SNNA 2O4IA 3FLCO 4FPBA 3P38A 3ZCMA 3PIOL 3CQXA 3ID6A 5AQKA 3MCPA 4JI0K 3OY9A 1XI1A 5AQXA 1S6PA 4FL9A 1C0UA 3OTOK 3BGRA 3TWHA 2NNWA 3IKMA 4K0KK 3NGYA 2DFFA 2VCPA 2J0KA 3S3OA 4A62A 3TAQA 3QO9A 4DHYA 2IAJA 1U48A 4MO5A 4WQ4A 5HL7L 2JLEA 4K25A 3AVJA 3NAEA 4LC9B 1SL2A 2QK9A 2HBMA 3M8QA 2FF3B 1VBGA 4OGEA 4BDYA 4AQYK 1KD1O 3HRGA 1WN7A 2YI1A 5KGXA 1D8YA 3G9WA 4CEFA 1DTTA 3OYNA 3OYDA 1TL1A 3LZIA 2FDQA 2ITGA 3V4IA 2GX9A 4KREA 3FFIA 3VGKA 1HYVA 2KW4A 3H45C 3K58A 2KZMA 3QBXA 3SK3A 3R8EA 4CJPA 5I9EB 1D9DA 3E9PA 4E89A 1G99A 2V51B 4DU4A 1CZAN 3CFPA 1SKSA 3VERA 2G8UA 1YXQA 3BZKA 5BRFA 2FBXA 3VQEA 1HBKA 5AQWA 2UU9K 2UUBK 1NKEA 2UXCK 1LW0A 1X3NA 2F96A 2P1JA 3P5JA 3LPUA 3DXKB 4FLTA 3CYMA 3F9KA 4KB1A 4M3TA 3VPZA 3CCEN 1IBMK 3Q7BA 5BRDA 4I2QA 4YDUA 1TK8A 3KLFA 3AU4A 4CEBA 1UWBA 5J2NA 1NGDA 3TAEA 1GLAG 1BA0A 2HBJA 3O5BA 4DSIA 2E5LK 4FWKA 1NK8A 4MO4A 3WNEA 2G8KA 3OHRA 1DKGD 2AEHA 4BRLA 4RW8A 4M63C 5MLCQ 1RBTA 3ZSXA 4AHCA 2E8AA 2VWBA 4IXCA 3VTIA 1EO1A 3DM2A 1BU6O 4OKJA 4CBWA 3WXKA 4X65K 3OS0A 3A5NC 4FWSA 3OBYA 4RTFD 4BRIA 1IG8A 4I7FA 3D0PA 2OPSA 3DXKA 4FJKA 2P9LB 2XY5A 2YV0X 4BE2A 2ABDA 2HNZA 4CJ5A 3NBPA 3KWGA 2Q0RA 3E9LA 4CK3A 4ISFA 2F7TA 3QEIA 4CHOA 3SUPA 4BWMA 3L4QA 1HPZA 1CLQA 1WBBA 3VQQA 3AA5X 3HTVA 3VETA 4JKBA 5JVLA 5C15A 5F1XA 4KB0A 2Z1GA 3SCXA 4FSVA 1YJ9N 5CY4A 2ATQA 5SZTA 3U9ZA 4KAZA 3TI0A 3V6DA 2YHXA 3ZSOA 1TYQB 4DTJA 2GBZA 1P90A 1NGAA 3L0QA 2FSKA 5LMNK 2P9LA 3VEVA 4WF9L 3SUQA 3AY9A 3OA9A 3T1HK 4IWVA 1Z25A 3UB5A 2HBKA 2P51A 3OYAA 1QSLA 3RMBA 3QESA 1WSFA 5ELZA 4ID1A 5BPLA 2G8VA 1U47A 2HMIA 3IDHA 3HZ6A 4G1QA 5T7BA 1WSHA 3LP2A 1S1TA 2UUAK 2IVNA 1TYQA 3PSIA 4CZEA 2YHWA 4A2BA 1VBHA 2QTDA 3SUOA 4DFJA 3D2FB 1J53A 5AQIA 4WCEL 4OJRA 1I94K 1OVQA 2QXFA 2ZGZA 4KHWA 3TAMA 4HWIA 3O9SA 1VQ9N 1SQKA 2W41A 3AVGA 3ZT4A 1GOCA 3VQAA 3L2VA 2HBLA 1R0AA 5M1NA 4FM2A 1KAYA 3TAPA 2CGKA 4O8KA 5KQDA 1QVGM 3BZCA 2EWSA 4LF4K 4LF9K 3MN5A 1C0GA 2Z1HA 5LJVA 2RE2A 4CHZA 4Y0WA 3RR8A 3TTCA 1T3VA 4JRQA 2BUPA 1B9DA 3QEWA 4DV4K 2RQ1A 3MECA 4NO7A 3KVGA 4CHYA 5J2PA 3NF6A 3L2WA 3K2PA 3I8BA 2NRHA 3D2FA 5LMUK 3V1OA 4CZMA 2A42A 2KFNA 4E1MA 3EY1A 3A5MC 4CGDA 1E4FT 4FJIA 2CQUA 1VSJA 3AVFA 3T69A 1RT2A 3ZX0A 2D4WA 4Q0BA 5FPMA 1DTQA 1L3VA 4BC3A 2I5JA 3O08A 4C1NK 3H1VX 4Z4IA 4WQ5A 3AVAA 3CCQN 2WONA 2NLXA 3K57A 2ZPYA 4JAXA 2VGMA 2E20A 4DF4A 4W5RA 1RT1A 2AA4A 4CJKA 3DLGA 3HVTA 1NKBA 2IC3A 1VQ4N 4EHTA 4RW7A 4E7JA 4NCBA 1I3AA 3EE9A 1HKCA 1S9EA 3U9DA 1IKYA 4JI4K 2JWLA 5AQFA 3LDNA 1J54A 1UOCA 2NUBA 3SYZA 2DIKA 3U7DA 4HHTA 4QS7A 3LAKA 3WQUA 2A5XA 4FJGA 4B3RK 4FJLA 5HRPA 2CB8A 2E1ZA 5KPZA 1XC9A 4K42A 2FJ9A 3IMXA 1NGIA 3M8RA 4DR3K 3AAPA 3GG4A 4IFEA 3CF5L 1EX4A 2E2NA 4FVMA 4UQGA 3IUCA 4DV2K 4JK7A 1Q7YO 4JD2A 3EYZA 4CFCA 3OVNA 3AVKA 2AJQA 4CD3A 5CYMA 3V9XA 2YNIA 4EHUA 4CJ7A 4OLBA 1IKXA 2ZJQL 1HNVA 1UAXA 4CIFA 3M8SA 3CQYA 5GIPA 1FXXA 3MXMA 4M45A 1NGHA 3ENBA 2HVIA 4DQQA 3JS6A 2Y1IA 5HP1A 3KLHA 4CF2A 4B3OA 1JLCA 3KK1A 4Z4HA 4F7GA 3QNNA 1CXUA 4WQ4C 3E01A 1LWFA 2D1KA 4HUFA 4PKGA 3V1RA 1HNWK 1TL3A 4P7IA 2X6SA 2XO7A 2GTDA 1CZBA 1C1AA 4TKNA 4DLGA 2JGUA 3WNGA 3AU5A 4TSXA 4CEZA 4YFUA 3U8XA 4M42A 2I1JA 1C0TA 3N4PA 4FOEA 4DQIA 3ZX2A 4CECA 2FBVA 1VK0A 2PBDA 2HHVA 3MX2A 3BEXA 4JS4A 4GXBA 2O8DB 1YVNA 5TKYA 1A5XA 3T3FA 5AQVA 3VEOA 2ZF5O 3KTQA 2B4JA 1BO5O 2PAVA 2KKZA 4FJHA 2GEMA 3TR8A 3RMCA 4BC5A 4CBXA 5BR8K 3QETA 4DUZK 4DV1K 1RDDA 4C8LA 3O1BA 1KAXA 2BH1A 1G15A 1K6YA 1NK4A 4FJ7A 4YDUC 3NHGA 1N36K 3OJSA 2O8EB 2OTJN 1BL3A 3VEWA 1RDAA 3U3GA 3GL1A 1MA9B 5EX5A 4O44A 2D0OA 4JI1K 1NK6A 4CZLA 2HRJA 1WUAA 4RG8A 3KK2A 3ULDA 2O8DA 3OW2M 4Q5VA 3QEVA 1Q82O 2Q36A 2Q3SA 4H5RA 3G6EN 4PWDA 1ZBSA 4RWTA 4KV8A 1TUYA 4B9VA 4H5VA 4BRGA 3HO1A 2RKIA 3M1FA 4DWIA 4FXDA 1U45A 4JS5A 4BREA 4DFKA 4LF7K 1RDCA 3KJVA 3VF2A 5EU7A 3J81O 3W0LA 3O9TA 1HUXA 2O8EA 2OPPA 4JI3K 3AVMA 2O4GA 3DLRA 1S1XA 4I6MB 4CEQA 3ZT0A 2HHSA 1RT5A 4BROA 4FWOA 2VWKA 3F5TA 4KO0A 1S1UA 3CFOA 3I0RA 4DSLA 3L6QA 1YTUA 1HB8A 5AQZA 4DV0K 3PLAA 2FLOA 1WSGA 4M3ZA 3KKRA 1Y97A 1SKWA 4JYAK 5J2MA 4F3OA 3KK7A 3VQ4A 2RHKA 4ISEA 3DOLA 1ACAA 5M1KA 1SS6A 1K8KB 1TKXA 5AQNA 1KCFA 2P5OA 3LDPA 3V9UA 3KHYA 1N5YA 4DV3K 1QQOA 4DTSA 3LDQA 4YOTA 2B6AA 3VGMA 4GV6A 3ISNC 4I6MA 1U2VB 1D5AA 4WFBL 3OS1A 4JKEA 4CFAA 1OH6A 1RTJA 4K8XA 5HOOA 5IWAK 2NRRA 1MIZB 4AM7A 3HJFA 3SJHA 3OYMA 1TKZA 4I9QA 1RCHA 4QCLA 3EN9A 4IEEA 3D6RA 4IOAL 1K8KA 2FSJA 3DJCA 2W6KA 4H0XB 1C0MA 3VOVA 2VQEK 3P4IA 4KHUA 4CI6A 2QW9A 2HF4A 4EFHA 4FM1A 4DR7K 1MK9B 2KZZA 2KFZA 1U2VA 2LSNA 4H03B 2YJEA 3LP1A 3SMPA 3LZJA 3VF4A 4DTMA 3WXJA 4MFBA 1S22A 1M1KO 4FJXA 3KWIA 1EETA 4CIGA 1GGOA 4GV3A 4PHTX 3AO5A 2IS3A 3AA2A 4K8ZA 3WUHA 2GELA 5EOYA 5BREA 3QFUA 4XH5A 4ILGB 3EE8A 1S9GA 4EP4A 1K9MO 1W2BM 2ZQBA 5E26A 4CF9A 4IFVA 4J2DA 4R79A 4PKHA 3O3GA 5C2DA 3MDQA 3V9SA 2P9IB 2NRTA 1ZBLA 1VQ5N 2G8FA 3HSCA 1GLDG 4KHQA 1OH7A 2E4LA 5ADXH 5BRHA 3VQ6A 5AQQA 4WQ5C 2FSNA 3O8MA 4X62K 1V4SA 1BQNA 2H3GX 3KZBA 3CJBA 4C23A 4B3MK 3KD1E 4BG8A 1HYZA 3CCSN 3ZT1A 4FJMA 1N6QA 3A8YA 2YHYA 5BR9A 4ELUA 3MX5A 4IG3A 5KQ8A 3NDKA 1DT9A 2X0SA 4I9LA 4CF8A 2BANA 3AA3A 1YT3A 5JLHA 4Z4GA 1S5JA 3KKSA 4N47A 3HL8A 2Q97A 2P9IA 3U4LA 4OPHA 2P9KA 3SMSA 5EY4A 4RW6A 4E7HA 1VQON 3IFRA 3HPHA 1NM1A 3I56N 4H0TB 3RWUA 5AQOA 2WTUA 3PO4A 3L4IA 4BRKA 5KRSA 3OYHA 3CJ1A 4FJJA 3WQTA 1VQNN 4DFMA 3NH0A 2GUIA 1HX1A 3HPOA 1VSLA 3SLCA 3QBWA 1NK7A 4CJSA 3WA0A 4B1XB 1Q9YA 4C8NA 1X9WA 3NF7A 2PYJA 4PKIA 4IEIA 1YITN 1Z26A 3CI5A 4BRPA 4CGHA 5F0XA 5BPNA 4LF8K 1YF5L 1L3TA 1EKEA 5D3GA 4XH4A 3EZWA 3DLHA 3TTFA 1XHXA 3M5RA 3P31A 4FK0A 1JLFA 1ITGA 2ETJA 3SQ0A 1IO2A 1Z6RA 3L3VA 4JNEA 4AHUA 1NI2A 4DSFA 1XNRK 1IG9A 4PY5A 4EAHD 4JI8K 3ZDTA 2D0BA 3WT0A 3AVLA 1GOAA 4CF0A 4DKWA 4NCAA 4A61A 3O80A 3V9ZA 2DFHA 2YNFA 3K5NA 3PX4A 4DR6K 3QFPA 2F8TA 2OZMA 2IDOA 3FZFA 4BWJA 2E2PA 4DSEA 3NFAA 3UKRB 3SI6A 3JYTA 3DRRA 4JI7K 1EQYA 1JJ2M 3CG7A 2RF2A 4KHPK 1BQMA 2GWJA 2QWQA 4OKEA 4FWMA 3E9OA 1WSEA 3ZX3A 2VGNA 4H5NA 5DM7L 3P83D 2HNYA 4FPAA 4IO8A 4KBOA 4BC2A 4O0IA 4MLEA 4CK1A 1LCUA 1L3UA 3QIJA 2QWLA 4EIAA 4M3WA 3VEYA 4NCGA 2F9WA 3CHWA 3VEZA 2A6AA 3UKRA 3ALYA 1J9AA 3ZSQA 4IOXA 1O13A 1JLBA 1NOYA 3FLVA 2RN2A 1VQ8N 4J2BA 1KLMA 3RR7A 3MWTA 5AR0A 4AHTA 1HNZK 3CIPA 4IO9L 4B1VA 1VSKA 1XMQK 1HB6A 2HVHA 4N5SA 5JVHL 3HI0A 4E0DA 2D0AA 2BDPA 5JS2A 1YAGA 1ZBIA 2D11A 4FK4A 1IKVA 4NB4A 4PL7A 4GKJK 5J1EA 3RMAA 3K9KA 1T03A 1NJXA 5BPMA 3R6MA 3DAWA 5FRNA 4FZXC 4RCHA 1T6DA 3AVNA 1SV5A 1ZBFA 4JI5K 1S1WA 1ATNA 1BIUA 5DMRA 1EF1A 3BF1A 2XY7A 2O8FB 2BE2A 2WC9A 1T6CA 2VYPA 4HUEA 5C25A 3LPTA 2QI2A 3U6FA 5AQJA 2ITMA 2IGIA 1SL1A 4O55A 4ILHA 4HTLA 1VQLN 2AP1A 3NGZA 3JSMA 2F4VK 2Q1NA 3K5OA 4FLYA 1H1VA 1O1WA 3FZKA 3CXCM 4MDBA 2EMTA 4DFPA 1HKBA 5LY3A 3CPEA 1E5WA 2EHGA 3RRHA 4H5TA 2NRZA 2FBYA 3NMUA 5BN8A 1S1VA 4MQ3A 3D2EB 3OYCA 4M3UA 3S3MA 3CM6A 1XHZA 1NGEA 5JLFA 4CYEA 4IJNA 3A0IX 4BY9C 2HMPA 4BDZA 3CJ9A 4H4MA 2XY6A 1XNQK 4LH5A 1TVRA 1WBDA 1RTHA 5GAHP 3MMVA 4DXAB 1ATRA 3ZYYX 4BQLA 3VMFB 4Z4CA 3ITHA 2VG5A 4W5OA 3CJ7A 3MN6A 2OCEA 3FGUA 5FLXO 4M3YA 4MLHA 1NTIA 1KLNA 3VEXA 4ZRJA 1X9JA 3B6OA 3TSQA 5C12A 4DU1A 3BDPA 2I7PA 4OKKA 1ASVA 3D2EA 1RBSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 4JKA A;  4JKE A;  4JK9 A;  4JKH A;  3E9P A;  3SBT A;  3ENB A;  3SBG A;  3E9L A;  4ILG B;  4JKG B;  4JKF A;  4JK7 A;  4ILJ A;  3E66 A;  4JKD A;  4JKB A;  3E9O A;  4JK8 A;  4ILH A;  4JKC A;  4JKG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3B6P A;  1ST7 A;  3BF3 A;  3CC2 N;  4A57 A;  4WFN L;  2HND A;  3TTD A;  4HTU A;  4LFB K;  3OYK A;  2OZS A;  4DU3 A;  1ZYQ A;  4M3X A;  1QHT A;  3I0S A;  4E7I A;  5F2R A;  2R82 A;  4IJA A;  4CJW A;  4MDA A;  4DR2 K;  4CVN E;  2HF3 A;  1L3S A;  2NRX A;  3WXI A;  3ZSV A;  1WAJ A;  4ZTJ A;  3B8A X;  3HST B;  4B9L A;  3HVR A;  1KAZ A;  1X9M A;  4CED A;  1HYS A;  3TAG A;  2P9K B;  4CZK A;  4CHN A;  3SNN A;  2O4I A;  3FLC O;  4FPB A;  3P38 A;  3ZCM A;  3PIO L;  3CQX A;  3ID6 A;  5AQK A;  3MCP A;  4JI0 K;  3OY9 A;  1XI1 A;  5AQX A;  1S6P A;  4FL9 A;  1C0U A;  3OTO K;  3BGR A;  3TWH A;  2NNW A;  3IKM A;  4K0K K;  3NGY A;  2DFF A;  2VCP A;  2J0K A;  3S3O A;  4A62 A;  3TAQ A;  3QO9 A;  4DHY A;  2IAJ A;  1U48 A;  4MO5 A;  4WQ4 A;  5HL7 L;  2JLE A;  4K25 A;  3AVJ A;  3NAE A;  4LC9 B;  1SL2 A;  2QK9 A;  2HBM A;  3M8Q A;  2FF3 B;  1VBG A;  4OGE A;  4BDY A;  4AQY K;  1KD1 O;  3HRG A;  1WN7 A;  2YI1 A;  5KGX A;  1D8Y A;  3G9W A;  4CEF A;  1DTT A;  3OYN A;  3OYD A;  1TL1 A;  3LZI A;  2FDQ A;  2ITG A;  3V4I A; 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