4JKAA

Open and closed forms of r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound co ion
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 66
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkaA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkaA01
4JKGA 4ILGB 3E9LA 3E9OA 3E9PA 4JK7A 3E66A 4JK8A 4JK9A 3SBGA 4ILJA 4JKEA 4JKHA 4JKFA 4JKDA 3SBTA 4JKGB 4JKCA 4JKAA 4ILHA 3ENBA 4JKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VMFB 3D6RA 4GKKK 4CHZA 3OYAA 4B9TA 1GLBG 4RG8A 3U3GA 3R9PA 4DU1A 4J2EA 5AQZA 2IVOA 1ATNA 2BTFA 5C42A 1RNHA 4PUOA 4BVPA 5KRTA 2IS3A 4PL7A 2UYTA 5JVHL 2UU9K 1TGOA 3LDNA 1NG9A 3ASMA 1Q7YO 1E4FT 3EL2A 4QAGA 1NGDA 4DFMA 1NMDA 3MWPA 1TK0A 2ABDA 3E1YA 2OTLN 2OPSA 4JI1K 4DF8A 1L5UA 2IVPA 1P8ZA 1S5JA 4F8RA 3OBYA 1U49A 3NVKA 4DTNA 1W97L 1EQYA 2Q31A 3H6EA 3SQ4A 1X9JA 3K9JA 4A5BA 4AHCA 4BR5A 3R3LA 1NGCA 3L3UA 1DLOA 3D7EO 3KWIA 2GUIA 2XHBA 4LF9K 5C2FA 3EPYA 1VQNN 2YJFA 3D2EB 3L3VA 4JEPA 2XO7A 2PYJA 2Q1NA 4O44A 1NGHA 4DV5K 1ST7A 1NI2A 1S6PA 1J19A 2KZMA 4K8XA 3K58A 1LAWA 4CBUA 3CERA 4JK9A 3BF3A 1U48A 1LW0A 1ZBLA 4JKHA 2XY7A 3ZYYX 2AJQA 4OPKA 1X3NA 1WSIA 4I2QA 4F3OA 4EHTA 3AVMA 3QDKA 1S1WA 3LM2A 3U7DA 4Z94A 3MCPA 4FLTA 1TL1A 2IGIA 2IDOA 5HP1A 2ZWHA 2FJ9A 2Q97A 5FRMA 1NGBA 2HNYA 3ZSYA 4DF4A 4BY9C 2NRHA 4FZZA 1RGIA 3VF2A 4FWOA 3SBGA 4KBOA 3ZETA 3H1VX 1YJNN 3RR8A 1NJWA 4FJ5A 3V6DA 2AL6A 3KK7A 3CQYA 2CB8A 5FDLA 3QEPA 3VQQA 4K43A 3BP8A 4B8CA 2KLAA 2UXDK 1IJJA 2XY5A 4DFPA 4KHWA 3EN9A 3KTQA 3EO3A 3E66A 3DJCA 4CFDA 1B9DA 2A6AA 5DM6L 5LJWA 2ETJA 2E8AA 1A5VA 5KPZA 2A1RA 4YDUC 4FJGA 3HL8A 3L4IA 3TTCA 3U3YA 2R7YA 1Q82O 4DR5K 4H0XB 3TWHA 2P9IA 4DB3A 3B8AX 4JK7A 1WNSA 2YHBA 4JK8A 2X0SA 4FXDA 1NGEA 2HW3A 4M7YA 1TUUA 3H46O 2CH5A 3CCUN 3MWTA 2NZTA 5FPMA 4XH1A 4FWSA 1NK5A 4HUFA 2W6LA 4DSJA 2VGNA 3QEVA 2HMIA 1IBLK 2X6SA 3CCRN 4YDUA 3VQ5A 3ZX2A 2W42A 1FW6A 1HYZA 3E9LA 4FYDA 4DQ8A 1X3MA 4IFYA 1MWKA 5AQOA 1ASWA 2A41A 4J2BA 4DTMA 3VQ8A 3EZ5A 2DY4A 4LF4K 4BC3A 3QNOA 2FBTA 4KH4A 3WEEA 3CYMA 1BIUA 3ULEA 4XIUA 4HCCA 2VG6A 1SKSA 1JLQA 3DLEA 3MN7A 3NF9A 1T05A 1EF1A 4NYFA 4G1QA 1Q18A 2YI1A 4DCHA 5IT9O 4A59A 3B6OA 3OS0A 4I7FA 4H0VB 5AQSA 4JD2A 3AO4A 5FPDA 1VQLN 2OYQA 4IFVA 2PBDA 4BR7A 1QSSA 4N41A 1RTDA 4YOTA 3LP3A 3EEQA 4FSVA 3K5MA 1KSPA 1NJXA 1J6ZA 3M5RA 3VEZA 3MEDA 1SKRA 5AQPA 1RDBA 5HBMA 4YORA 4O0JA 1S1TA 4E1JA 3R1XA 4CJ5A 2Z1GA 3SUOA 1Q9YA 3AU5A 3L8BA 3D45A 1HQEA 4BR0A 2HF4A 3QINA 3QFUA 4UQGA 3E9OA 5J2QA 3LWMA 1IO2A 2ZGYA 4BWJA 5LMNK 4BRDA 4A62A 5KI6A 4YHHK 2KTQA 2YNIA 3X23A 3MXIA 3THYB 1MDUB 5C25A 3LP1A 4DV2K 4OO1J 3KK1A 1S72N 3G4SN 1MK7B 4LC9B 5DM7L 3C7NA 3T19A 1SV5A 3TSPA 4O5FA 4KHQA 5EX5A 2HBKA 4GXBA 1RDUA 5KRSA 3CXCM 4IFEA 1C0UA 3P31A 4L8RB 4ID5A 4NCGA 1H1VA 5C2DA 1BQMA 4R5PA 3HTVA 1W9HA 4IO9L 3QO9A 3OW2M 3IAYA 3ZT4A 2E2OA 2BGGA 1EETA 4ZTFA 4CBWA 3OS2A 1YIJN 1NK4A 1IBKK 4DXAB 4CIEA 1VQ4N 1UA1A 3VQBA 4A2AA 4I6MA 4AM6A 3QB0A 3L2QA 4LFCK 1U2VB 3MX5A 4FVUA 5J2MA 2RE2A 2VCPA 5B8HA 1DEJA 2ASMA 1RBSA 3KKSA 3HVRA 4CHNA 1Z6RA 4DHYA 2HHSA 1VSHA 3K5NA 4CD1A 1S1UA 2I5JA 1NK9A 1DIKA 4X65K 1YVNA 2J0MA 4FZYA 3TANA 3KLIA 2QXLA 1I3AA 3F2KA 4DTRA 3C65A 2OZSA 4WF9L 5KPRA 5LL6Z 3RSEA 4JHDA 2QKKA 4KB0A 4B9MA 1VK0A 4YOVA 5C24A 4H0OA 4BR4A 5BPLA 5HRNA 1VQ9N 4DS5A 4JI6K 4DTUA 1VHXA 4UY8O 1ZBSA 2COPA 3F9KA 1TV6A 2HHQA 3PSFA 1KCFA 3H08A 3CF5L 1NK8A 4FK4A 3DLHA 1KLMA 1TKZA 4FWNA 1HNXK 5CZ2A 3V81A 1KC8O 4DV0K 3WQTA 2GX9A 3I8DA 4JS4A 2DIKA 5CHIA 2O8BA 4NXMK 4BRAA 5IJMA 4B9VA 3DYAA 2QWOA 2CGJA 1SUQA 1JL1A 1GC7A 2P9LB 4PHTX 3S3OA 1IKVA 1RT3A 3WNGA 2HHTA 2OPQA 4O4GA 2D0AA 4WQ4A 4BRPA 3SUNA 2BDPA 5E41A 1X9MA 2HE7A 2YNFA 1U47A 4FWLA 2FSJA 3V9UA 1YHQN 3DRSA 1WAFA 4E3SA 3S9HA 4EFHA 4EAHD 4E7KA 1JCFA 3DMJA 4DKWA 3SV3A 2EMTA 3A5OC 5BR9A 2F96A 3WXKA 3SLCA 3PSIA 3O9TA 3HVTA 1CZBA 4CGFA 1JLFA 3DI6A 2YVCA 3NGYA 5AQIA 3FR0A 2QW9A 2P9PA 4DR7K 1WUAA 3NAEA 1D5AA 3QIOA 1NWKA 3U6FA 3RMDA 1ASVA 3FP5A 3ZT1A 2B4JA 4BE0A 2GBZA 4M3TA 3LM9A 3NE6A 3LZIA 4Y0WA 4JKGA 3CJ1A 3NF8A 4PKHA 4OX9K 4BQZA 5AQYA 1O13A 2P9NB 1SL1A 3LWLA 4FLVA 1BIZA 1QSLA 1QQNA 2I7PA 4YY3K 4OKKA 1RDDA 3U9ZA 4F2SA 3KKRA 1CZAN 2QKBA 3QIJA 1RTHA 4DLEA 3E01A 1C6VA 4CHYA 4CZIA 3AVGA 1P90A 4FLUA 1DKGD 3EKSA 4W5QA 1BQNA 3WNHA 2PYLA 2OANA 3TAMA 2KFNA 5MLCQ 3WNEA 4PQUA 2H3GX 3OYDA 2Z1HA 4BQLA 1S22A 3TAEA 1OH8A 5TKYA 2QWMA 5AQHA 3UIQA 1ZXOA 3AA5X 5BRHA 3ZSOA 1GC6A 4FJ9A 4O5BA 1G99A 4JI4K 4F9OA 2E2QA 2FC0A 4ISFA 4Z4HA 4JLHA 2P9KB 3QLHA 4JI2K 3ZCMA 4CF9A 5C0YA 2IAJA 1VQON 3KJVA 2GWKA 4FK0A 1C0MA 3R6MA 3DOLA 3O4WA 1RBUA 3S3NA 3PIPL 3K5OA 1SGHA 3BINA 2F9TA 4CEQA 2P9UB 4RW8A 4H0YB 2ZJQL 3GBTA 1VSEA 2WH5A 1LWFA 1GLEG 5FROA 2FXUA 5E84A 2HBMA 4F4KA 2VG5A 2ASPA 3MX2A 2FBVA 4B9LA 3QMLA 4DV3K 5CZ1A 3THXB 4PL8A 4BRQA 3KVGA 1IKYA 1BWFO 4OGEA 1XUPO 3ZEUA 4BR2A 1C0GA 3VQEA 3S41A 3AVHA 2E2PA 5M1NA 5AQMA 3O1WA 1NGFA 3TPQA 3SUPA 3MN5A 3EZWA 2XY8A 2QWQA 3O08A 1XC9A 4H03B 1LOTB 5EY4A 4KB1A 3NMUA 5AZIB 3OYFA 1N36K 3FE1A 4JYAK 4O8UA 4KI6A 3V9ZA 4DG1A 3PY8A 3O80A 2FBXA 4RW7A 3D2FA 4M41A 1YVUA 3J7AP 4GMJB 3NH0A 1NKEA 1C1BA 4CCHA 2HVHA 3KIOA 2KQ2A 4E0DA 3J7ZO 4A2BA 4BC2A 1T8EA 1RTJA 1TYQA 5CR4A 1KQSM 4EP5A 4MFBA 1VRUA 1Q86O 4W5OA 3SPYA 4JKFA 1QQMA 2EMSA 4DTOA 4J2DA 3SK3A 3TU5A 3VTHA 3O3FA 3SZ2A 3KLGA 2R82A 5KTQA 2HHHK 1JLGA 4IJNA 4JNEA 3J7YP 3NH2A 4V19S 3CM6A 4BRCA 1NOYA 3K5LA 4GY2B 2F7TA 1VQ6N 3SJHA 4ELUA 4BRFA 2J0KA 4DFKA 1QVGM 1KD1O 4GW6A 4TSXA 1Y64A 3IS9A 3G6EN 4FLZA 4BG9A 1YI2N 3CJ9A 3C6HA 1VSKA 4M3ZA 1KVBA 4IKFA 4AHUA 4Z4CA 3HO1A 2HBLA 3OYJA 3CQXA 3OYBA 1YJWN 1J9AA 4B1WB 4CZGA 3OS1A 3DWLA 3SAGA 3OYEA 4JKEA 1JLCA 4PKIA 3GE1A 5AQVA 2UUAK 1BOTO 1S3XA 4I9LA 2D0BA 2HNDA 4KHYA 1XNQK 2PAVA 2VWJA 4AH9A 4FW1A 1F21A 3CCMN 1BUPA 1WSGA 2UXBK 4KHSA 4HHTA 4CJEA 4C8OA 2CH6A 5GADP 4B9UA 5BREA 3OYMA 4U67L 5KQ8A 4E19A 2YCHA 2RF2A 3RVCA 1IKWA 1VSFA 4CEZA 2F8SA 3DXKB 3M8SA 1K8KB 3Q7CA 3CQ8A 2O8DA 1WLJA 3O4QA 1U6ZA 5F2RA 3UKUA 4CEFA 3CC7N 3OYCA 3SYZA 1KVCA 1JDEA 3ATUA 4KHNA 1KBLA 2ZGZA 3UE5A 4FOIA 5BRDA 3L2RA 2E1YA 3A2FA 3L2WA 3TAGA 3TI0A 4Q0BA 3SUQA 1NGJA 4H0PA 1HNWK 1ITGA 3DAWA 3QNNA 3DXMB 4C8NA 1VAZA 3HM9A 3U9DA 2VQEK 3QEXA 3K9KA 3OYIA 5BPNA 1TL3A 3EE9A 4CGDA 1JLBA 1Q8IA 1NU0A 1GG3A 3CCJN 1DTQA 3C95A 3RMAA 3C6AA 3CIPA 3TR8A 4CJFA 1HNIA 2XY6A 1VQPN 3NF6A 3I33A 4OPJA 2I1JA 2NRXA 4FLWA 1S9GA 5JS1A 1BO5O 1RTIA 2RPIA 5AZJB 1VQ8N 1BA0A 2E88A 1RFQA 4BG8A 3AA4A 1HQUA 4BREA 4DV1K 1W7AA 2A40A 3G0ZA 3TSQA 1RT6A 4CIGA 3OJUA 2D5RA 2VG7A 3MECA 4PKGA 4FPBA 4XH4A 4AM7A 1LW2A 3LPUA 4JV5K 3VQAA 4BRIA 3KK3A 3SBTA 1N5YA 1HKGA 1OVQA 1LCUA 2WONA 4FJIA 2KZZA 3TTDA 4CJ7A 1R59O 3SQ2A 1V4SA 2P1JA 2Z1IA 3O9QA 5M1FA 4N56A 2HHXA 4RW6A 1WSJA 1ESVA 4WFBL 4CECA 1BDGA 1BI4B 3QESA 4A61A 4B8AB 2V51B 4DUZK 4ELTA 1B9FA 4CF2A 2FDQA 3I55N 4DQIA 3ISNC 3PO5A 2HOEA 3O3HA 2O8EB 3VQDA 2EX3A 4ZTJA 4IEIA 4CGJA 3V9SA 3A5MC 4JRQA 3MXJA 4JRPA 2JWKA 1ATSA 3DRRA 1WSHA 1G15A 3O6WA 2B5JA 2OZMA 4IOXA 3DM2A 3WXMB 4DV4K 5JVLA 4FJJA 4ISEA 1D9FA 1IH7A 2NLXA 2BANA 4B3RK 1JKHA 2BE2A 4FWQA 1HBKA 1M1KO 3OBWA 2X74A 1MU2A 2KHOA 3UKRA 3VOVA 4LFAK 1KC7A 1I94K 4CZLA 2NRVA 4E7LA 5J2PA 2P9SA 2O8FB 3V4IA 4B3SK 3BGRA 4Y1DA 3THWB 4QOZB 4MLEA 1L3VA 3PUFA 5K14A 3FFIA 3HOTA 2QWRA 3LDQA 1WOQA 3LP2A 3NVMA 3OYLA 2I1KA 4DV6K 1U4BA 1EWQA 2CGLA 4CF1A 4DWIA 4DV7K 1N8RO 4QS9A 4LFBK 5M1KA 1UWBA 3ID8A 5I42A 1GLCG 4L3QA 1CXQA 1O1WA 1K9MO 3TAFA 1EP4A 3HP6A 4CBXA 4ILJA 3IMXA 3HOSA 3HT3A 2FBYA 3V9XA 3LALA 1NKBA 2QWLA 2FSNA 1ATRA 4E1NA 4CJVA 1A5XA 1XHZA 3HP9A 2D1KA 4W5TA 3J81O 1YTUA 1QZ5A 1WSFA 3IFRA 1N32K 4MDAA 4FW2A 3VQ6A 3VQ4A 1HJRA 5GAGP 2GUPA 1QVFM 1XC3A 1N6QA 2B6AA 3TTFA 1C0FA 3ZSZA 1JXEA 4IWVA 4W5NA 1NGIA 1GLDG 1NGGA 2P51A 3BUZB 4Y1CA 4FJKA 3CMEN 4CGGA 5C10A 1RT2A 4GV3A 1IKXA 1WBBA 4H5VA 5CYMA 5AQUA 4NXNK 4IEEA 3P5JA 3ZSXA 2ZQBA 2ZJRL 4FLXA 4BGAA 1HRHA 2ITGA 4C8LA 4PWDA 2RKIA 1KFSA 4CERA 2G8KA 1HYVA 4DLGA 1BL3A 3R8EA 4CJRA 1KXPA 3AVCA 4TKNA 1HNVA 4H4OA 3WQUA 1NJZA 3G9WA 1LAVA 3BZKA 3CI5A 4CJKA 3WXIA 3CCEN 1YUWA 1VSIA 1RT1A 3PX0A 1MK9B 4WQ4C 3ZETB 4FL9A 5HROA 4AHSA 1VQKN 3AA3A 3JSMA 4DSKA 3I8BA 3HRGA 4ZHRA 4KTQA 3TARA 4CEBA 3CG7A 1FXXA 2F9WA 2DFHA 3F73A 3UB5A 4LSNA 3TSUA 4B1UB 4DQSA 4CF8A 1TUYA 3OHRA 4C8KA 3JXUA 3Q7BA 2P5OA 4B3MK 2Y1JA 1RBVA 1TK8A 3RRHA 1D4XA 3T1YK 3L6QA 3LP0A 4F7GA 3FGUA 4FWMA 2NNWA 1IG8A 4FWPA 3ZT0A 3RMCA 3N4PA 1WB9A 3DRPA 1QS4A 4OGCA 5E26A 4KH5A 4DR1K 3HPGA 3WA0A 5J2NA 4FVMA 1DGKN 3CCSN 3LL3A 4CJWA 1NK0A 4X62K 4Z0UA 5EXWA 5ELZA 4RTFD 4OLAA 1B92A 4BDZA 4DSLA 4FCYA 4QCLA 2LBBA 4HDQA 3AVIA 4HVJA 4CF0A 4AILC 4ZRKA 3O9SA 1TKTA 2YKNA 3DLLL 2VWKA 4FWKA 1KAZA 2ZF5O 2YNGA 2D0CA 3CETA 4CESA 4DU4A 3WEEB 3D2EA 4IJAA 1BA1A 3ULEB 3WUHA 4CJQA 3JS6A 5BRFA 3M6GA 3BDPA 3K0SA 5HLFA 2GTDA 4H5TA 1TAQA 1D8YA 4E7JA 2HVIA 4JD2B 2E4LA 3MK6A 3A5LC 4FO0A 1K8KA 3T69A 1N33K 2D11A 2YHXA 4DS4A 3V1QA 1HR0K 3FZMA 4KKOA 3AAQA 3O4NA 3SMSA 3MAQA 4JS5A 2ZE2A 4CHQA 1VQ5N 1NK7A 3HI0A 3EYZA 4FJNA 4ELVA 4H0TB 2KW4A 4WFNL 4IXCA 2PY5A 2FF3B 4DR4K 1VQMN 1GLFO 5HRPA 1NJIO 1U45A 5ADXA 3CM5A 3NHGA 3H3NO 1ZC6A 3VETA 4MDBA 4DFJA 3JAMO 4FK2A 4CZFA 3IUCA 5HOOA 1E5WA 3PVLA 1S1VA 1SAZA 4YL8A 4DSEA 3AO3A 4A57A 2QWPA 3QETA 4CE9A 1WN7A 1OH6A 2HB5A 3BY5A 2ITMA 1LWCA 4IDKA 3MN9A 4J2AA 4LH4A 4HCBA 5LJVA 5BN8A 2QK9A 2DFFA 3C7NB 4CEOA 1JLEA 4KREA 4OKJA 1T7PA 5AQLA 2NRTA 3KWGA 2ZJPL 4CW7B 3AVFA 1NTIA 4H8KA 4C1NK 1HMVA 3VQ7A 4CHPA 4LY7A 3CJ7A 4FJHA 1J54A 4BRKA 1HPZA 3L4QA 2QXFA 4KTZA 3GDQA 4ZRJA 4ICLA 2ATQA 5GAEP 4DSIA 4M3UA 4GV6A 4BRNA 1N34K 4I6MB 4GKJK 4K42A 1RBTA 1D9DA 2DFEA 1L3UA 3ALYA 1GLLO 3HPHA 1GLJO 4C1NI 4LF8K 4CFAA 2V7ZA 5T7BA 3CC2N 4FJMA 4CZMA 1YTAA 1XHXA 4K41A 4P7IA 4A5AA 1DTTA 2HHUA 3ZSWA 3ENBA 2OPRA 2YX6A 3WXLA 3NF7A 4WFAL 1MIZB 4CK1A 2AP1A 3RSEB 1T3VA 4JHDB 2W40A 3EE8A 5FPNA 4M3RA 1LV5A 5AQGA 5M1PA 4BACA 4BR9A 3CHWA 4ID1A 4KI4A 2HMPA 3P39A 3VERA 4DQRA 4NO7A 3SI6A 4JKDA 1NBWA 4K0KK 4JI8K 1VSDA 3KHYA 5AQFA 2O8CB 3HXMA 3CD6N 3CJBA 3QERA 1VRTA 1ZBFA 3KLEA 3CFRA 1TK5A 1KRPA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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