4JKEA

Open and closed forms of t1789p human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
220
structure length
219
Chain Sequence
LFSQIIWFVDDTNVYRVPIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 68
structure length 219
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkeA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkeA01
3E9OA 4JKGA 4JK9A 3SBTA 4JKDA 4JK7A 3E9PA 4JKBA 4JKGB 3SBGA 4ILJA 3E66A 4ILHA 4JKEA 4JKCA 3ENBA 4JK8A 4JKHA 3E9LA 4JKFA 4ILGB 4JKAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HKCA 2P9NA 2YKMA 2I5JA 1BIZA 4AHSA 4DSJA 5AQFA 3DXKA 4JLHA 3KLHA 5BN9A 4MQ3A 3MXJA 3NCIA 4PKHA 1L3SA 4HCCA 4KTWA 1XHZA 3OYKA 4A5AA 3PX6A 2HF3A 3DRSA 5FRNA 2XO7A 3G4SN 2QW9A 2UXDK 5M1FA 5BRHA 2E6LA 2YNIA 4LSNA 1GLDG 2QEXN 2BANA 4LF6K 1RBVA 3KK1A 1JL1A 5LY3A 3G71N 1QHAA 3K5LA 1NKCA 4ZHRA 4M7YA 4LF7K 1HKGA 2GTDA 4M3XA 3AVHA 4A61A 4CE9A 4DB3A 1NOYA 1YJNN 3J7AP 2QI2A 3ZLJA 4JK9A 4OJRA 3SBTA 2V52B 4Z4CA 2E2QA 4QS9A 4EP5A 2VWJA 4CJQA 4K8XA 3HP6A 3QEXA 1RBTA 2NRRA 3W3DA 5JS1A 2HHXA 4M7XA 4ZTFA 5AQSA 3DXMB 3H46O 1G15A 4FOIA 3WXKA 4FJ8A 3KZBA 1X9MA 2HSTA 5M1QA 4KHPK 3SJJA 4CFAA 3LP2A 4LD0A 4GV3A 4HVJA 3C6TA 3QFUA 4XH4A 3CIPA 4B9QA 4IOCL 1SAZA 2Y1JA 2GWJA 3RR8A 3BF3A 4YY3K 5AQGA 3B8AX 3QIOA 2HHQA 3E1YA 2VGNA 4CEEA 3U3YA 4N56A 2O8EB 2E5LK 1V4TA 4EZ6A 3LDOA 2YJFA 4LH5A 5AQHA 4Q5VA 2P1JA 1HMVA 2WTUA 2ZQBA 3NF7A 4E89A 5FPEA 4Q0BA 1BU6O 2HVHA 4KRFA 2WC9A 3ZSYA 5KQDA 1J9AA 1U2VA 4BVOA 1HYVA 3L8BA 1ZBLA 5AQTA 5TKWA 5KGXA 4FLWA 3K9JA 1HNXK 3OTOK 4HHTA 2FBVA 1BGXT 4IXCA 1LOTB 3UKRB 4JD2B 4WFBL 1N32K 1Z6RA 4H0TB 4CFBA 3C65A 3EZ5A 2WONA 3THWB 3CCMN 2QM1A 4IKFA 4KH4A 2QA4N 4CZKA 4JNEA 3FZLA 3QINA 3AVGA 4FJMA 1TV6A 2O8FB 1BDGA 3LAKA 5ADXA 3RTVA 4CEBA 3K2PA 2UU9K 1J54A 1ZBSA 4DCHA 1LW2A 1OKJA 3UB5A 3SQ0A 4CD3A 3JS6A 4KHYA 3AVKA 3CCJN 4KB1A 2KHOA 3CCUN 4H5TA 4NLBA 4OKKA 4FWSA 1P90A 4FL9A 2YV0X 3VQ8A 1XWLA 2P9UA 4ISGA 3TPQA 4C1NK 3A5OC 2O8BA 5IWAK 2KTQA 4BRDA 4B1UB 3VQPA 4CFDA 3AVCA 4RCHA 3HVRA 4M3UA 3D6RA 4NO7A 1S1TA 2UYTA 1WN7A 1RDWX 5I9EB 4GKKK 2E2NA 2E2OA 1SKRA 5AQZA 1UAXA 3UKUA 2COPA 4JS4A 1D4XA 4RWTA 3EO3A 1HYSA 4JI8K 3OA9A 3OYDA 1UWBA 3ZYYX 1X3NA 4FLZA 1U4BA 2JLEA 1BUPA 2IC3A 4BRPA 1MU2A 1YVNA 3P1GA 5A2QO 1HJOA 4CGIA 1C1BA 5HROA 4BC3A 4FK2A 3P38A 5AZIB 3C94A 4YFUA 3MMVA 5C15A 2YNHA 3LL3A 3ZX2A 3CERA 3OYLA 4B3TK 4JI3K 2QKKA 4IO9L 1HNZK 4Y1CA 1DKGD 4B9UA 3TWHA 4CERA 2F8SA 4EZ9A 3HO1A 4BRQA 1TK0A 2QWRA 3CHWA 3OBYA 4M3YA 1QVFM 1IV0A 3PZDA 3DAWA 2LBBA 5TKYA 4JK8A 4YHHK 2FXUA 1XMQK 4YDUC 3O5BA 4C8NA 5C10A 3MCAB 2IS3A 4WFAL 1CZ9A 5LL6Z 4FSVA 3WXMB 5E26A 4B8CA 4CBXA 2PYJA 3TANA 4HDQA 3TAMA 4Z0UA 2P9PA 4CZGA 4ID5A 2HHWA 4DXAB 3SV3A 4CBUA 3CJAA 3ZSZA 3DLBA 3SV4A 4DV4K 4DG1A 2W6KA 2O4GA 3V1QA 5BN8A 3V9WA 5J2NA 4BRMA 4A2BA 5KPZA 1NK4A 3NVMA 1YTUA 3HRGA 1RTDA 3VOVA 1NK6A 5J2QA 2Q0UA 2RQ1A 3GBTA 3AGKA 5GAEP 4H5VA 1EP4A 3AVNA 2D0CA 2AA4A 3L2WA 2ITMA 4MDAA 3BP8A 2QWMA 3OBWA 1TAQA 1KVCA 1RBSA 1A5WA 3QEIA 3LAMA 4NY0A 2X0SA 4E1NA 3HOSA 4TSXA 4B1YB 3GE1A 4H5RA 2CH5A 1NKBA 4HUEA 3IRXA 3L4IA 2IDOA 4CF0A 1RT7A 1SS6A 3PIPL 2IVNA 4BWJA 4NB4A 5CZ1A 3TAFA 3SUPA 1TYQB 4QS7A 3AO5A 2P9SB 1Q86O 1KRPA 3V9ZA 1CLQA 1RTJA 2QWPA 3WUHA 3ISNC 4DU3A 4JHDB 1WAJA 2WBNA 4B1WB 1RNHA 5M1OA 1ILYA 3U6FA 4IZ9A 2FBYA 2HHVA 4M41A 5AQMA 1HBKA 1J5EK 4V19S 2EHGA 5F0XA 3EL2A 4J2EA 3SZ2A 2KQ2A 3SK3A 4OPJA 4CZLA 3O3GA 4JRPA 1LWFA 3ZT1A 4BROA 1S1UA 1RTIA 3VEOA 3HM8A 1J19A 3T1AA 4AQYK 3E9LA 1VQKN 1MWMA 2G8UA 3DLEA 4K41A 3QNOA 3DLKA 3HSCA 3C7NB 3DMJA 3CMEN 4BE0A 2V7YA 5I42A 1ST7A 1NG9A 1JLBA 2A40A 3T19A 3OY9A 4AHCA 4CJLA 3T1YK 3TAPA 4RG8A 4IG3A 1WSFA 1C1AA 2VG6A 1MIXA 4X65K 2UXCK 1WBBA 1WOQA 2HHUA 3PX4A 1T6DA 3WNGA 2KLAA 5KTQA 4PUOA 4R79A 1Q82O 4K42A 5GAGP 1BISA 5JVLA 3CCRN 4KFBA 1BA1A 4JN4A 3KTQA 5C12A 4CIEA 1U2VB 1H4RA 5EVZA 4FLXA 4CIGA 4O4GA 2G8WA 1Y19B 2OTLN 3I0RA 1IKYA 4FWLA 4DFPA 3S9HA 2OPRA 4DV6K 3CJ9A 4FLVA 3QETA 3LDSA 2ATQA 4Y1DA 1NWKA 4U67L 4DFJA 4CEDA 1N33K 4HDOA 1NJIO 4CJPA 1IO2A 4H4MA 2BDPA 3K5OA 2D2QA 1VBHA 3DLHA 4O5BA 3DJCA 2ASOA 2OANA 3AVMA 2Q1NA 4FWOA 4FJ5A 3EE8A 1IKXA 1YUWA 1OH7A 3PO5A 3CJCA 3VGKA 4CGJA 4IDHA 5AQPA 3VQ4A 3P31A 4CCHA 1UA0A 4DTSA 4KH6A 3BUZB 1NM1A 3VGMA 5E84A 1D9DA 4I6MA 5ADXH 3HOTA 2P9UB 5JLFA 3QEWA 3SCXA 4OPHA 1C1CA 3RVCA 1KTQA 2O8BB 4AH9A 4H8KA 5EXWA 2YNFA 3F2KA 4FJNA 1YI2N 3OJUA 3NFAA 4EHUA 1I3AA 1HUXA 2QWQA 1VSJA 3HL8A 1L3VA 4DWIA 1G99A 3FLCO 4KHWA 3TTFA 2P51A 4WYBA 4CGGA 3G6EN 3SBGA 4XH5A 4JKCA 3AVAA 4ILGB 3DWLA 2EWSA 1JXEA 4BGAA 4Z4HA 5FPDA 4DV0K 4CZHA 2RF2A 1LWEA 4F3TA 4ZTJA 1WNSA 2OTJN 3GDQA 1ZXOA 2YJEA 2YKNA 3KLIA 4WQ4C 3AVLA 2D0OA 4DR3K 1SGHA 2XHBA 3NH1A 3CM5A 2IGIA 2O8CB 4ILHA 2W40A 1TAUA 1QSYA 3CC2N 4CK2A 4B9TA 1YIJN 4CZIA 1RBUA 3M1FA 4ISFA 3O1BA 2LSNA 4CZJA 3CPWM 4H0VB 3L0QA 3UE5A 4JI5K 1HJRA 5AQRA 2DFEA 4BQZA 2F4VK 1SZ2A 3R1XA 3HYFA 4FOEA 2KZMA 3N4QA 4IWVA 1GOAA 1HNWK 1TKTA 2E88A 4BC2A 4FJJA 2J0MA 4H0OA 4B1ZA 4B9MA 4DSIA 4MLHA 3MX5A 4G9ZA 4I2PA 4CJVA 4GNIA 4CEOA 4CJUA 4JYAK 3WNHA 2P9PB 4H0XB 5AQWA 5T7BA 1KXPA 3KVGA 5C25A 4H0PA 4DS5A 5I3UA 4LSLA 3MXIA 3FLVA 3J8AA 2F9WA 5AJ3K 3O4QA 1SKSA 1QTMA 4QOZB 1EWRA 3P83D 3ZEUA 4A62A 1LV5A 5BR9A 4LF5K 3OS2A 1VSHA 3MCPA 4DV2K 5AFUH 2QKBA 2PY5A 1VSIA 3QBWA 2DFHA 4M3WA 2G8FA 3FZKA 3NF6A 3NH0A 3VQDA 4LF8K 3VMFB 3VTHA 5KPTA 1GLFO 1C0MA 3HZ6A 2FSNA 3U4LA 4Z4EA 1QZ6A 1U04A 1OH5A 1TKZA 4ISEA 2P5GA 2E1YA 3T1HK 3U9DA 3MDQA 3VA0A 2ASMA 4BRLA 1WSEA 2JGUA 1N6QA 4C8LA 3G25A 1NGEA 5FLXO 1VSFA 2ZWHA 4QAGA 1JLQA 4A57A 3T7ZA 4CEZA 2YHYA 2OZSA 3OS0A 4L8RB 3RRGA 3M8QA 3THYA 1X1PA 3OYAA 3O08A 2GBZA 1FKOA 3ATUA 2ZD1A 5CHIA 5CZ2A 3AVFA 1DGKN 3OVNA 4B9NA 1KLMA 1VSMA 2YVCA 5KGWA 1QSLA 2ZJQL 4WQ5C 1LWCA 1ACAA 1Z26A 3EEQA 4DUYK 5KRTA 5AQKA 3OYFA 1ZYQA 1NGAA 3G9WA 5AQLA 3PY8A 1NI2A 3MEEA 2D0PA 3CG7A 3L2UA 3HT3A 3IAYA 2GUPA 4RW4A 1UA1A 4FM1A 3MECA 3M5RA 1TUYA 3ZT0A 2I1KA 1XHXA 1VSKA 5J2MA 3HXMA 1U48A 1CZBA 4YDUA 2FF3B 3DLLL 3LDPA 4X66K 3V1OA 3T69A 5BRFA 4CJRA 1NJYA 4OO1J 3H3OB 1IG9A 2ZE2A 2Z1JA 2B5JA 4U7BA 4O8KA 3KD1E 1NKEA 3QNNA 4DQ8A 2YHWA 5KRSA 3V9XA 4NXNK 2AJQA 4PKGA 4N76A 3AARA 3R9PA 3TTDA 3V1RA 4EHTA 5HRPA 3J80O 2VCPA 2Q2RA 3HTVA 3U9ZA 1DEJA 3LP0A 1WAFA 1XC9A 3AU4A 4E3SA 1VQ5N 1VHXA 4GV6A 4IG0A 4BRNA 4GW6A 5M1PA 4FJGA 3VQQA 1SL0A 2FSJA 3VQCA 3BY5A 1HYZA 1GLAG 3NGZA 4AHTA 4B9LA 2J0KA 1IBMK 2IIRA 3O9UA 4K0KK 1JKHA 1RT1A 5CR4A 5LMNK 1VBGA 1HB6A 4FW1A 3D2EA 2DY4A 4OKEA 4DF4A 3ZSXA 1MWKA 3R6MA 1M1KO 4BC5A 2KKZA 1NTIA 2VG7A 3ZT3A 3AA5X 5J1EA 4FWKA 4ELVA 3ZETA 2XY6A 3ZSOA 1KVBA 4O0JA 4FYDA 4CJFA 1XQSC 1ZBFA 4BRHA 3NHGA 3CXCM 1J53A 4LF9K 2UUCK 2HRJA 1RILA 2Q3SA 2Z1GA 1EWQA 3CQYA 1JLEA 4XEIA 4DLGA 1GLEG 3J7ZO 4NLCA 1B9FA 4BRCA 4F8RA 4HTLA 3OYBA 4JK7A 1NK9A 4RW6A 3MEGA 1Y97A 4FWPA 3KIOA 3IMXA 4BR2A 4OKJA 1J6ZA 5SWMA 2FJ9A 4W5OA 1OH6A 3AA4A 3QDKA 3RRHA 5BPNA 3H1QA 4CHOA 2ZGYA 2HBLA 4FM0A 2FSKA 5C0YA 2GELA 3LWLA 4J2DA 1X3MA 3LZJA 3SUOA 4C8MA 3LALA 4BRAA 5M1KA 5GINA 1NGCA 3ENOA 4BRIA 3QEVA 4FJ9A 1Z25A 2A3ZA 2OPQA 3CCEN 3IUCA 4JKEA 3GL1A 2HB5A 3WXJA 3ASMA 2HBJA 1YVUA 5JVGL 2Z1HA 4ELUA 3CFPA 1RDCA 2FF6A 2I7NA 3HPHA 2KFZA 4DQQA 1KAYA 4FVMA 3F9MA 1X9SA 4PHTX 2KFNA 1HPMA 3SJHA 2RHKA 3L4QA 1BO5O 3HK2A 5FROA 2D5RA 2ZF5O 4JKHA 3MX2A 3BEXA 3DRPA 4F9OA 3L3VA 4IOAL 1KC8O 3QICA 3ZT4A 1BIUA 4LFCK 3ATVA 3MN9A 4JKGA 4OLAA 1R59O 4JKDA 3IG1A 3D0PA 3LDNA 3O4NA 3ZX0A 1MK7B 3L3UA 2ZGZA 4GVEA 3A5LC 3EN9A 3I33A 4WCEL 3ALYA 3IS9A 2UUAK 3KD5E 5C2FA 1VRTA 2QK9A 3TAQA 1RT5A 4CHNA 1IBKK 2HOEA 3OYCA 4KI6A 3ZEUB 1T6CA 5AFUA 4NYFA 4IJAA 4EAHD 3PIOL 4HUGA 2J0JA 1HB8A 1GLLO 3DOLA 2D11A 2Y1IA 3CJ1A 3D2FA 3DI6A 1K8KA 3SUNA 5CYMA 3M3ZA 4CK1A 5E41A 1VK0A 3VEZA 2YX6A 3OS1A 1W2BM 2P9NB 2Q0RA 1TK5A 3PO4A 2NRZA 3DLRA 4CF8A 4KHNA 3DXKB 3VTIA 5AQIA 1B92A 3THVA 1FJGK 5J2PA 2KW4A 1NGDA 2HF4A 1BCMA 4W5RA 4W5TA 4FJXA 4WE1A 3CPEA 3TU5A 3GG4A 2G8HA 4KHQA 1T3VA 1IH7A 4Y0WA 2OPSA 2ETJA 3QO9A 4HWIA 1R0AA 1VQ8N 1JLAA 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3QERA 4CVNE 4CJTA 1SQKA 4BR7A 3TR8A 4Z94A 3BZCA 1N5YA 4ID1A 3CCLN 3C6UA 1Q8IA 2FBTA 4FLTA 3HBTA 4CYEA 2HBMA 4F4KA 2HE7A 1ATNA 1TL3A 4BR5A 3C0BA 3UKRA 1REVA 1KCFA 1K8AO 3D45A 2V7ZA 3BDPA 4KH5A 1BI4A 3JYTA 2NRTA 3B6PA 1Q9YA 4JI0K 4R5PA 3JAMO 1MA9B 3THWA 3PUFA 2D0BA 4FJIA 1KBLA 4RW9A 4B3RK 3K58A 4WQ5A 3L2RA 3TAEA 2W42A 5DM7L 1WSGA 3W0LA 1RDUA 1WSIA 4I9LA 1VSEA 1VRUA 4LH4A 3NAEA 4M3ZA 1EQYA 3UKUB 3PLAA 2G8VA 1TUUA 1IBLK 3NGYA 2X74A 4FZXC 3IFRA 3L2QA 5HP1A 3J7YP 3VA3A 3CMAN 4M3TA 4UY8O 3NDKA 4DQRA 4ZRJA 3BF1A 1RT4A 3NE6A 5HOOA 1CZAN 4CF2A 1QS4A 1ESVA 3P4IA 4CF9A 3SAGA 1T7PA 3R8EA 3RSEA 1ITGA 3AAQA 1VQ9N 1I39A 3O8MA 3SAHA 5EX5A 4DS4A 2ABDA 3LM2A 1BQMA 5FPMA 3CFRA 2IVOA 4DU4A 4BACA 3SI6A 3TSPA 1FK9A 2W41A 4K43A 2I1JA 2OA8A 3G0ZA 1M90O 3CFOA 3LZIA 4L3QA 1VQ7N 3E01A 4JKGB 3WNEA 3DRRA 3UIQA 1J5OA 1NK5A 3O1WA 3NF9A 5M1NA 3S41A 5C24A 3NGIA 3FE1A 3KLGA 4P7IA 3ZSVA 1S72N 1SKWA 4DTJA 1U47A 4DKWA 1L3UA 4OVLA 3A8YA 2F9TA 2RN2A 5FDLA 1D5AA 4EIAA 4KI4A 3M6GA 3D2FB 3AGRA 1K8KB 2QWOA 1GOBA 3AVIA 4EFHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3E9O A;  4JKG A;  4JK9 A;  3SBT A;  4JKD A;  4JK7 A;  3E9P A;  4JKB A;  4JKG B;  3SBG A;  4ILJ A;  3E66 A;  4ILH A;  4JKE A;  4JKC A;  3ENB A;  4JK8 A;  4JKH A;  3E9L A;  4JKF A;  4ILG B;  4JKA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HKC A;  2P9N A;  2YKM A;  2I5J A;  1BIZ A;  4AHS A;  4DSJ A;  5AQF A;  3DXK A;  4JLH A;  3KLH A;  5BN9 A;  4MQ3 A;  3MXJ A;  3NCI A;  4PKH A;  1L3S A;  4HCC A;  4KTW A;  1XHZ A;  3OYK A;  4A5A A;  3PX6 A;  2HF3 A;  3DRS A;  5FRN A;  2XO7 A;  3G4S N;  2QW9 A;  2UXD K;  5M1F A;  5BRH A;  2E6L A;  2YNI A;  4LSN A;  1GLD G;  2QEX N;  2BAN A;  4LF6 K;  1RBV A;  3KK1 A;  1JL1 A;  5LY3 A;  3G71 N;  1QHA A;  3K5L A;  1NKC A;  4ZHR A;  4M7Y A;  4LF7 K;  1HKG A;  2GTD A;  4M3X A;  3AVH A;  4A61 A;  4CE9 A;  4DB3 A;  1NOY A;  1YJN N;  3J7A P;  2QI2 A;  3ZLJ A;  4JK9 A;  4OJR A;  3SBT A;  2V52 B;  4Z4C A;  2E2Q A;  4QS9 A;  4EP5 A;  2VWJ A;  4CJQ A;  4K8X A;  3HP6 A;  3QEX A;  1RBT A;  2NRR A;  3W3D A;  5JS1 A;  2HHX A;  4M7X A;  4ZTF A;  5AQS A;  3DXM B;  3H46 O;  1G15 A;  4FOI A;  3WXK A;  4FJ8 A;  3KZB A;  1X9M A;  2HST A;  5M1Q A;  4KHP K;  3SJJ A;  4CFA A;  3LP2 A;  4LD0 A;  4GV3 A;  4HVJ A;  3C6T A;  3QFU A;  4XH4 A;  3CIP A;  4B9Q A;  4IOC L;  1SAZ A;  2Y1J A;  2GWJ A;  3RR8 A;  3BF3 A;  4YY3 K; 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