4JKEA

Open and closed forms of t1789p human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
220
structure length
219
Chain Sequence
b'LFSQIIWFVDDTNVYRVPIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
source organism Homo sapiens
molecule tags Rna binding protein
total genus 68
structure length 219
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkeA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkeA01
4JKDA 4JKCA 3SBTA 4JKBA 4JK8A 3E9OA 3ENBA 4ILJA 4JKHA 4JKEA 3E66A 4JK7A 4JKFA 3E9PA 4JK9A 3SBGA 4JKAA 4ILHA 3E9LA 4ILGB 4JKGB 4JKGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C0MA 4CEEA 3AVCA 4DR2K 1SKWA 4B1UB 4AHCA 4CEFA 3OYDA 4FLZA 1D9DA 3OS2A 2O4IA 3QFUA 4LY7A 1MK9B 3LP3A 1RTHA 5CHIA 4F9OA 3G6EN 1UA1A 4XIUA 1S9GA 3AVIA 4LSLA 4CJLA 3PSIA 3MXIA 4WYBA 3NF8A 1W97L 1T6DA 3RR8A 3O4NA 4Q5VA 4XH5A 1N32K 4M42A 2YNIA 4BACA 3ZLJA 1KFSA 4HTLA 1GLAG 4KHUA 1P8ZA 3H1QA 4OLAA 3OYBA 4JKHA 4BY9C 2QWQA 4BQLA 3ASMA 1Z6RA 2NRHA 3K58A 1NGBA 4ILGB 3LP0A 3LPUA 2D10A 4JI4K 4CJVA 5EXWA 1MDUB 3UIQA 4KTQA 2AEHA 4EP4A 3R9PA 2HNZA 2JWKA 4FWRA 1ST7A 1L3VA 5JLHA 3F2KA 4DQQA 3KIOA 3ZSOA 2UYTA 3TTFA 3MXJA 3OYMA 3ZT1A 1VQ6N 4O55A 4PL7A 3JS6A 4I9LA 2BANA 2RHKA 3SLCA 1VQ4N 3L3VA 1QQOA 4B3OA 4DU3A 3U4LA 1EF1A 1BDGA 4BE0A 4BC5A 2XY6A 1FKOA 5JVHL 1KC8O 3GG4A 3UKUA 4FJ5A 4F2RA 1VBGA 4JKFA 1QZ5A 5F2RA 3TAMA 3QBXA 5A2QO 2O8FA 4OX9K 4F3OA 2ZGYA 4NYNA 2P9IB 4BC2A 2A1SA 3OW2M 3CI5A 3D2EB 3C94A 4B9LA 4IXCA 4BRQA 5AZJB 3SPZA 1HKGA 1U45A 3A5NC 1RBVA 1IKXA 5CYMA 1WAJA 3VQDA 4W5OA 3TARA 2OPQA 3OYNA 2CH6A 4CJ3A 5HRNA 2RPIA 1NJXA 3C7NA 4CF8A 4A57A 3O9SA 4CJQA 3U9DA 1LAWA 5BPLA 4KB0A 4B1XB 2A41A 4KI6A 3KKSA 3DOKA 4FPBA 1D4XA 4QS8A 1SL0A 4LF8K 4CGGA 4K8ZA 4HVJA 4O8UA 4FW2A 4FJJA 3SPYA 3VQ9A 3SUQA 1DEJA 2PAVA 3AVNA 3ZEUB 4HDOA 1NWKA 3ZX2A 3O80A 4CGFA 4ZTJA 2VYPA 3I55N 2XY8A 3DLGA 2QK9A 3THXA 1HYSA 1VSIA 3SMPA 2KQ2A 2V52B 5FPDA 3OYCA 1KVCA 4N76A 2HVHA 3D0PA 3VQ6A 4YOYA 3K5NA 3KLHA 4KAZA 4JKAA 5C0YA 3RRHA 2P9UA 2KFNA 3IS9A 1YVUA 2P9SA 1HKCA 2FSNA 4B1WB 3F9MA 3IKMA 1NK5A 3G25A 1UA0A 4IOXA 4DSJA 2CGLA 1X9JA 2E6LA 4DTNA 4GV6A 3BY5A 1H4RA 3ZDTA 1GLFO 3K5MA 4XH1A 1XNRK 4CJKA 4ILJA 4B9QA 3ALYA 3EYZA 3G71N 3PIOL 1C0TA 1J6ZA 5CY4A 5ELZA 4B9UA 2QEXN 1NOZA 4ZHRA 4JI3K 3CCEN 3CETA 4PUOA 5AR0A 4FVUA 3JYTA 5GAEP 3FZMA 3DLEA 4KI4A 3THYB 3W3DA 3QFPA 1KBLA 1Z25A 1Z26A 3QIJA 3FP5A 1R59O 4FJMA 4KHYA 3CFOA 3A5OC 5ADXA 4J2AA 4O0JA 2GTDA 3LALA 5DK5A 2NRZA 4GY2B 4H5TA 1Q81O 1IBKK 1U47A 1NLVA 3C65A 3ATVA 4W5QA 4B3SK 2CQUA 3O1BA 3AVMA 3MEDA 3C6HA 2QTDA 3CQXA 3TWHA 4H0TB 4CHQA 4HDQA 3SZ2A 1JJ2M 4FJ7A 1J5OA 3FFIA 1C1AA 4GV9A 3K2PA 5I42A 2HMPA 4Y1CA 2UUAK 2D11A 4KHNA 3ZSXA 4ELTA 3CJAA 3AGKA 3CG7A 4QS7A 1REVA 1S22A 1NMDA 2NRVA 4RW8A 4DS5A 2ITGA 1SS6A 1N34K 1KLNA 1TYQA 4M45A 3P31A 3RMCA 1VRUA 4BRNA 2ZM6K 3VQCA 4Z4FA 2RKIA 3M6GA 4DQPA 1LW0A 2O8CA 4HUEA 4MDAA 1XC3A 3SUNA 4B1VA 2KZZA 3IVFA 4CI6A 3M8PA 3P39A 5HBMA 1ZBLA 3KJVA 4FYDA 1EXQA 4BRFA 1GLDG 5AQXA 2NUBA 3SNNA 4JK7A 4DTOA 5AQWA 4N41A 4N5SA 4LFAK 1S9EA 2FXUA 1HNZK 3CCLN 5FPEA 4DKWA 4F4KA 1TKTA 1J53A 1X9SA 4FZZA 2UXCK 1VSEA 3H6EA 1JLQA 5BRFA 2Q97A 4DWIA 4LF7K 2HBJA 1W9HA 4KHSA 3S3OA 4H03B 1RNHA 4RTFD 2YNGA 4LSNA 4FK0A 5HP1A 3LM9A 4JK9A 1KAXA 5HLFA 1ASUA 4O5BA 3R3LA 3BZCA 3PZDA 1SGHA 3L0QA 4LF4K 5FROA 4WF9L 3LDSA 1KVAA 2V7ZA 4CERA 2FF3B 1JL1A 5KRTA 2XY5A 4DMNA 3NAEA 3THWA 1YJNN 3VGLA 4BC4A 4KV8A 2P51A 3ZT0A 4CF0A 2ABDA 1WSJA 4CJUA 2RF2A 2I7PA 3ID6A 4YOWA 4IDKA 3SI6A 1HX1A 3QLHA 2X0SA 4F8RA 1ZBSA 3R8EA 1VQKN 4IKFA 5B8HA 1W2BM 4RG8A 4M3WA 4BRIA 1S1WA 3QEXA 3SQ0A 4GVMA 3V6DA 2COPA 3MWTA 1GG3A 1YT3A 3NVKA 3FZHA 3VMFB 3ENBA 2KHOA 4QAGA 3KK7A 3MAQA 1S1XA 2W6KA 3KWGA 2GEMA 3D45A 3DLBA 4FWSA 1M90O 3UB5A 4OKJA 4M3RA 2HB5A 3BEXA 2CB8A 4DTRA 3JSMA 2IOCA 1KAZA 3S41A 2NRRA 4DUZK 4GVEA 2VQEK 2JWLA 3ZT2A 3T7ZA 1WAFA 4BR2A 3SV4A 5C12A 4OVLA 4JI2K 3D6RA 3B6OA 4WQ5C 3ULEB 3K5OA 5C25A 1QVFM 3J8AA 4RCHA 4CEOA 4IG0A 1X3MA 4DUYK 5AQQA 2HNYA 2HF3A 4B8CA 5BREA 2QKKA 2YNHA 1BQMA 2YNFA 1S6QA 1MWMA 3VQ8A 3H08A 3VEZA 4WCEL 3GE1A 3VA3A 1RBRA 1DGKN 1JLAA 5AFUH 4DS4A 4BGBA 2E5LK 1B9FA 3ISNC 3TAPA 3UKUB 2DY4A 4X65K 1SKRA 2P1JA 2HW3A 3NF9A 1P90A 4DSEA 1RBSA 2O8FB 2ZJRL 4A59A 4A61A 4E3SA 1RDWX 1Y64A 3HOSA 5AZIB 1W7AA 3ZT4A 1IV0A 3BP8A 1BOTO 1XQSC 3HL8A 1JKHA 1ZBHA 4K41A 5AQYA 3BZKA 3KD5E 3U9ZA 5BN8A 2UUBK 4YHHK 3HM9A 4DFKA 3VF6A 1HRHA 4FJGA 5TKWA 3CIPA 3RSEA 1VSMA 4M3TA 3C7NB 3V1QA 1Q18A 2OA8A 4DSIA 5BR9A 1IO2A 4DFJA 1NGCA 3QBWA 4I9QA 3G10A 4WFBL 1NK0A 2OZSA 3NCIA 3S3MA 2FBXA 4EKUA 2YJEA 5C2FA 3LZIA 3VTIA 3NFAA 2BUPA 3VQ4A 1WBBA 1RDAA 2D5RA 3MXMA 1ATSA 2XO7A 5FPMA 1HNWK 3J7YP 1S1TA 1RT5A 4KREA 3LAKA 3WXIA 5SZTA 3K57A 1QSLA 1BIZA 3SK3A 3THXB 3VGKA 1NI2A 2E20A 3CC7N 2ASOA 1ZBUA 4IWVA 2I1JA 1TK0A 3ZSZA 4OO1J 4CZGA 3GOIA 3V9XA 3LDQA 4ELVA 3CCJN 4KHWA 2P9UB 1QQCA 2Z1GA 1DKGD 3PV8A 5EU7A 4CGJA 4IBNA 4FPAA 5KGXA 4A62A 2GUIA 1A5WA 3WXMB 1L3SA 3LM2A 1K8KA 4O4GA 1KXPA 2VGNA 4EHTA 4DTSA 1ZBFA 3ZYYX 4OPJA 4Z4CA 2YJFA 1NK7A 3OYHA 1YTAA 4HWIA 2P5GA 5AQUA 3L4IA 3VQ5A 4ID1A 1BCMA 3AA2A 3O9RA 4IFYA 3V9UA 2LBBA 3VEWA 2A40A 1TL3A 4M41A 1ILYA 1VQON 1GOBA 5EX5A 1O1WA 1NGIA 2JGUA 3C0BA 4JLHA 3VEXA 4YY3K 1R0AA 1LW2A 3AA5X 2Y1IA 4BDZA 3VENA 4DQIA 4HHTA 4Z4HA 2ZE2A 4ISGA 3O4WA 2WBNA 4FM1A 2GUPA 1HB6A 1IBMK 3HTVA 3WEEA 3FLVA 1CZ9A 4OKKA 1JDEA 3O9UA 1IG9A 1Q82O 1NKBA 3AVHA 4H5VA 5CE3A 4XEIA 4NLCA 4DLGA 2BH1A 1VSFA 4CJWA 1T6CA 4CW7B 3SQ1A 4ISFA 1N33K 1WSHA 1WOQA 2YX6A 2Z1JA 4B9SA 3HSTB 3CPWM 4JKCA 1NMNA 5BR8K 1LWCA 1TYQB 3JAMO 1N5YA 4IEEA 4CF9A 4YDUC 1IJJA 5J2QA 4Z0UA 1QHAA 3AO5A 4A2BA 3CXCM 1GOAA 4FOEA 4IJAA 2Q0RA 3SQ2A 2O8CB 3PLAA 2R7YA 4C23A 3KKRA 3DRPA 3AVAA 4FWPA 3P83D 2A6AA 5J2MA 3CPEA 2FSJA 1VSKA 4CCHA 4AILC 1OKJA 2P9NA 1M1KO 1WUAA 2P9KA 3NVMA 4KH6A 4LH4A 4OPHA 1L3TA 4E1MA 1X3NA 2H3GX 3FZFA 5GADP 3HXMA 3P38A 2GWKA 5AQFA 4DSLA 4CHPA 3O3GA 4H0XB 4CBUA 3O9QA 5M1OA 1S1VA 5GAHP 4BRGA 4DQ8A 1ESVA 1ATRA 3AVJA 4B8AB 3O08A 4DF8A 3TTDA 3OYGA 4UY8O 4FWKA 4DV7K 5AQLA 2KFZA 3MEEA 2Q2RA 1Q86O 3AO2A 3CCVN 1L5UA 1YJWN 3Q7BA 5AJ3K 3RWUA 5JVLA 4FJIA 4K0KK 4PKGA 3T3FA 1NKEA 5E41A 3SBGA 3U3YA 4DF4A 4BREA 4X62K 3CCRN 4CHNA 2NRTA 1I94K 1XUPO 1Z05A 3CCSN 3V9SA 4FK4A 1I3AA 4DSKA 4RW6A 3VEVA 3KLIA 2ZF5O 4H4OA 3MWPA 5M1QA 3THWB 2QKBA 5AQIA 4H5NA 2F8TA 4K42A 4BRLA 4CIEA 3LWMA 3V81A 5JICA 4BWJA 3QNOA 4NLBA 4FJ9A 1YTUA 4KRFA 1NKCA 4BG8A 4CGHA 3J7AP 1DT9A 3KHYA 4AM7A 4M3YA 3ZETA 3D2FA 3MEGA 3OYFA 4PKHA 1HJRA 4B9MA 4EAHD 4LF9K 4CJFA 3WNHA 2ZJPL 4CHOA 2WONA 5KPRA 3BF3A 3O5BA 3F5TA 4CFCA 2CH5A 2ZPYA 3IRXA 5EY4A 3NF7A 4JV5K 2WOMA 3C6UA 3VA0A 4YOUA 3V1OA 4MLHA 2HHUA 3G9WA 2J0JA 1JLFA 3SAGA 4J2DA 3VETA 2V51B 3EE8A 4MO4A 1HNIA 4BR0A 2J0MA 4JI7K 4W5RA 1NJYA 2W42A 1KFDA 2PZSA 4JD2A 2YCHA 2J0KA 4ID5A 2EMSA 1YVNA 4NXMK 2HVIA 3QMLA 3CHWA 2XRIA 4DU4A 3OYKA 3A5LC 1GLLO 4BR7A 2VWJA 2W6LA 3DLKA 1Q9XA 3CM5A 3ID8A 5KPTA 4WQ5A 3OYIA 5I3UA 1BWFO 1OH6A 4C8NA 3K5LA 1I39A 2IIRA 4QOZB 2WUSA 4K43A 2VCPA 3HPOA 1H1VA 4DHYA 4BDYA 1VQ9N 1HUXA 3VTHA 5HL7L 2JLEA 4IG3A 1QE1A 1RCHA 1D5AA 1RT7A 1UWBA 1G15A 4JI6K 5LL6Z 3HVRA 3QEPA 3HK2A 1RBTA 4GMJB 4BRMA 5CZ1A 3GL1A 2DPNA 4GV3A 4N56A 4BWMA 4C8KA 2OPPA 4CK2A 3TABA 3OS1A 2ASPA 3MN9A 4FM0A 2ZJQL 1YIJN 4PWDA 1SL1A 2YHXA 2RQ1A 3T1HK 1SUQA 1VQ5N 4JKGA 2WH5A 3CCUN 4JK8A 2ITMA 1WSIA 4CEDA 2HHWA 2Q0UA 3B6PA 2O4GA 2HSTA 1CXQA 2VWKA 3RSEB 4BRAA 3OBYA 2X78A 4EHUA 5C2DA 1FK9A 2D0CA 3FLCO 4DQRA 1WNSA 3EPYA 2UXDK 3U6FA 4FLTA 3A5MC 3HOTA 3MN7A 4AHTA 4DR3K 2E8AA 2OPSA 3SCXA 3ZCMA 3KK3A 3U8ZA 3QINA 2IVPA 2QXLA 2YKNA 3VQ7A 5CZ2A 4Z94A 4R79A 1RGIA 4F3TA 2HRJA 3DJCA 3OTOK 3MN5A 5AQZA 3LL3A 3FE1A 3THVA 4CEZA 2F9WA 4DTUA 1MIZB 4FZXC 4FL9A 4IZ9A 4BQZA 1RFQA 1KC7A 5F1XA 3DLLL 1N8RO 3CF5L 5C24A 1U2VB 2E2NA 4YFUA 2KLAA 2A5XA 4CJEA 1LCUA 5CR4A 3CJ9A 3Q7CA 1NBWA 1T05A 1EKEA 3SAFA 2IS3A 3QIOA 1CLQA 2GELA 1FXXA 3AA3A 1Q8IA 3AVBA 3LDOA 4WFAL 1NK6A 3HI0A 4CEQA 4NYFA 3CFRA 1XHZA 1OH8A 3E66A 1B9DA 2BE2A 1KCFA 1WB9A 4QCLA 2PYJA 4JS4A 2OYQA 2UUCK 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2QM1A 2KKZA 1U48A 2G8UA 3ZX3A 2P9NB 2B5JA 2P9KB 3CC4N 4ZRIA 4JN4A 2A3ZA 4CK1A 4CZIA 3TAQA 2NRXA 1RT6A 2X6NA 5TKYA 2Q3SA 3QIPA 3NH2A 3KVGA 2E2PA 1S5JA 4J2BA 2QXFA 3FFKB 4ZRJA 4CF1A 1BQNA 4CGIA 4HCCA 1NM1A 4GXBA 5FPNA 4FJXA 1RDDA 5ADXH 3VOVA 1SZ2A 3SMSA 2F4VK 1HMVA 3BGRA 4PQUA 1VQPN 3LAMA 1WLJA 1DLOA 4BR5A 1NGEA 4J8FA 4CFDA 3L3UA 2E6MA 3HP6A 3SAHA 3DXMA 3OYLA 1BL3A 3FZKA 4DSFA 3IDHA 4E7LA 3AU5A 2PFUA 4FO0A 4K8XA 1BHLA 1VSHA 3M8SA 4OGCA 3BUZB 3C6TA 1BGXT 3F73A 1YAGA 3U3GA 2KZMA 3CFPA 3H3OB 1ASVA 1OVYA 1UAXA 1JLBA 1HNXK 4CFBA 1NJWA 1TV6A 1WSFA 1DTTA 1T3VA 2EX3A 3EZWA 2UXBK 1VQ7N 4PY5A 3ZETB 1NJIO 2ETJA 3H1VX 3IUCA 3D2FB 1BCOA 2HHTA 2DIKA 4KB1A 1TVRA 1TUYA 2PBDA 3P4IA 3TSUA 5C10A 4AHRA 3NDKA 3TAEA 5C42A 1ZC6A 4CIGA 3I8BA 3LP2A 2VWBA 2PYLA 3QEVA 3NH1A 3VQEA 4A5AA 2OZMA 2VQFK 4FLWA 3QB0A 2HHSA 2ZGZA 3CERA 4YOVA 5DM7L 3QO9A 4CZFA 2P9SB 3EL2A 2HBMA 4JD2B 4E7IA 2YI1A 4C8MA 4JI8K 2ZD1A 4U7BA 3V4IA 3ZX0A 3PO5A 2NLXA 4DR5K 3TSPA 3W0LA 1NK9A 3LDLA 1D9FA 3KZBA 3UKRA 3ITHA 3TAFA 1N6QA 3WQTA 1WN7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 4JKD A;  4JKC A;  3SBT A;  4JKB A;  4JK8 A;  3E9O A;  3ENB A;  4ILJ A;  4JKH A;  4JKE A;  3E66 A;  4JK7 A;  4JKF A;  3E9P A;  4JK9 A;  3SBG A;  4JKA A;  4ILH A;  3E9L A;  4ILG B;  4JKG B;  4JKG A; 
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