4JKGA

Open and closed forms of mixed t1789p+r1865a and r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
219
Chain Sequence
LFSQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 65
structure length 219
sequence length 220
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkgA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkgA01
4JKGA 3SBTA 4JK7A 4ILJA 4ILGB 4JKGB 3SBGA 4JKEA 4ILHA 4JKDA 4JKCA 3E66A 4JKAA 3E9PA 4JK8A 4JKFA 3E9OA 4JK9A 3ENBA 4JKHA 4JKBA 3E9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K9JA 1MK7B 4Z94A 3PX4A 3CC2N 2QWRA 5FRMA 4F2SA 3U8XA 4DFKA 4CGHA 1T44A 1HNWK 3WXLA 1QSYA 4YL8A 4JKCA 4KI6A 4LF7K 1OH6A 4FWOA 4CK3A 2KTQA 1QQCA 1QSSA 1IKYA 2CGLA 4G1QA 3BY5A 4KHWA 3BGRA 2OTJN 2NRHA 4W5NA 4BRLA 4XH5A 1DTTA 5EU7A 3AAQA 4BDZA 1FKPA 4BQLA 3M8SA 4R5PA 4LF9K 3QESA 1HYSA 2DY4A 1JXEA 3ZCMA 4ISGA 5KQ8A 1RILA 1RDWX 4CD1A 3SAGA 3AVKA 2KZZA 3MDQA 1YJ9N 4KTWA 3O1WA 4M7YA 4BRHA 3D45A 4CK1A 4PWDA 4C1NI 2YNFA 2WONA 1YI2N 4GKJK 2Q0UA 3DLGA 1DT9A 4NCGA 4DTRA 2O8CA 4HUFA 4F3TA 3KVGA 4CZLA 1FXXA 4CHZA 4M7XA 4AHTA 1VQNN 3MXIA 5AQUA 4E19A 2Q31A 3OYIA 1LV5A 3KIOA 1VQ7N 4ILHA 4LSNA 5H1SQ 3MX5A 3DLLL 4DTUA 3VA3A 4JRQA 4XH1A 3TSUA 1VBGA 2QK9A 3OTOK 1JJ2M 4H0OA 3RVCA 4C1NK 3KJVA 1QVGM 4IOCL 1WOQA 4CJTA 2OPPA 4OKJA 4DQIA 4DU4A 2VYPA 1QQOA 3VQ7A 4OKKA 3THVA 4UQGA 2F4VK 3OYMA 1JL2A 4CK2A 5KGWA 5AR0A 4JI3K 4CE9A 3C6HA 5HRRA 1IKWA 3BDPA 5M1QA 3QMLA 3VENA 4BGBA 1K9MO 5C2FA 3C94A 1BHLA 3CCSN 3L8BA 1JCEA 3QIOA 2ZJPL 1VSJA 5BPNA 1YITN 5AFUH 2QWNA 2ZF5O 3CIPA 3GOIA 4CGIA 1NK4A 3H3NO 3ZT3A 2I1KA 4EP4A 1XC3A 4C8OA 3CJBA 4CF1A 1QSLA 5KRSA 3V6DA 1NK0A 3VMFB 4DR5K 3IDHA 5E26A 1JKHA 4LF8K 1ATRA 2RN2A 3AVBA 1RTHA 4GXBA 4BR0A 5FPDA 1GC6A 3J80O 1HKGA 3OYDA 3SCXA 3MEGA 3O08A 3NFAA 2IGIA 4FJKA 4FJXA 3ITHA 2WTUA 5JS2A 5CY4A 3TR8A 2GUPA 3AO3A 1RNHA 4A5AA 3L2RA 1GOBA 3K59A 1TKDA 4RW8A 1S1TA 2YNHA 5AQLA 4DV1K 3MN6A 3E9PA 2CH6A 4LC9B 1ZBUA 3ZDTA 2QWMA 1ATNA 1U47A 4E1NA 1BL3A 1BA1A 5BREA 2VQFK 4BACA 1KLMA 3ENOA 4NCAA 3GL1A 4DB3A 3KKSA 1WAFA 1CLQA 4O8UA 3QLHA 5M1KA 4WFNL 3THXA 5T7BA 4EP5A 1NGHA 3LALA 3WNHA 4F9OA 2R7YA 3AA3A 4IZ9A 2X78A 1HJOA 4YORA 3K58A 1ZBFA 1X9JA 4F4KA 1UA0A 2QWPA 3AA5X 3SMPA 4IFVA 4WQ5A 4PL8A 1T03A 4O0JA 3CCRN 2ZJQL 4K42A 4NY0A 1LW2A 3L6QA 2E20A 4YOUA 4JI6K 2GBZA 2J4RA 2HBLA 3VQ9A 4MLEA 4FJ5A 3VPZA 3OYBA 3J81O 4FWRA 4JRPA 5C25A 4DQRA 3LL3A 3WNEA 4B8CA 1VSLA 3EYZA 5I3UA 1SL2A 5AQXA 1V4SA 3AVHA 4FM0A 4IKFA 3AO1A 1K8KA 1Z6RA 1JLQA 4FOIA 2COPA 3KK7A 3TAPA 4RTFD 2D1KA 3CJ9A 2P1JA 2BUPA 1BQMA 3NBPA 3AARA 5ADXH 5KPRA 1EP4A 5A2QO 2RF2A 2XY8A 4JKDA 4J2AA 5LY3A 5J2MA 4KPYA 3ALYA 4DV5K 2G8UA 3L2UA 4KFBA 3NVKA 3P31A 1NG9A 3H6EA 4CF2A 3U9DA 4NO7A 2P9LB 1NGCA 4B9QA 1KAZA 4O8KA 2E2QA 4ZHRA 3H1QA 4WCEL 3CFRA 4M45A 1IG8A 5C24A 4DS5A 1HQUA 3CM5A 4E89A 1HLUA 5FPEA 4OPAA 4BROA 1TYQB 4ZTFA 2NRWA 2QTDA 4JK7A 3AVGA 3D2EB 4CZJA 4JLHA 3N4QA 3X23A 4ILGB 1NGAA 3ZSRA 2PYLA 4CW7B 2F8SA 1KAXA 4JEPA 2YVCA 4CIEA 4U7BA 2WH5A 1RBVA 1UAXA 2P9IA 1RDUA 4H5NA 3ZT4A 3SPZA 2CGKA 2B5JA 4CEEA 3P1GA 4OO1J 2Q0RA 4CESA 3VQAA 5AQTA 4ISFA 1WAJA 4JKGB 3AVAA 3TWHA 3SZ2A 1OKJA 3AVIA 1RDAA 2VGMA 3MN7A 1X3NA 4DQPA 2FSKA 1VQ9N 1QTMA 4CGJA 3AGKA 3RTVA 1X9SA 3RRGA 1ZBLA 3WEEA 4A2BA 3CG7A 4JKFA 1X9WA 4C23A 3A5MC 3ENBA 2PAVA 2ATQA 5JMVA 4FLWA 2GEMA 4YDUC 3PX6A 1VQ4N 3MXMA 2HF3A 3VERA 4DHYA 1SUQA 3IVFA 4ID5A 3IMXA 3DJCA 5M1OA 4H0PA 4WQ4A 1ISNA 3NE6A 5GAHP 4FZYA 1ZBHA 4FJIA 3DXMA 1NWKA 3ULEB 1KCFA 2UUAK 4DSLA 4N41A 4BGAA 4CJQA 1N5YA 4KI4A 2E2PA 1B9FA 3QEVA 2A5XA 5BN9A 1QQNA 2FLOA 5AQKA 3J7AP 4KH4A 4C8NA 3TAGA 2P9UA 5AFUA 2D4WA 4CIGA 3WNGA 4YOYA 2G8FA 4F2RA 3CFOA 1N36K 1CXUA 3WXMB 3RSEA 2AJQA 1LWEA 5DMRA 3VEXA 1YUWA 3S3NA 2P9NA 3G25A 3CJ7A 2ZD1A 2YX6A 3F73A 1U49A 3TU5A 1VQON 4MLHA 2F8TA 5AQNA 4EHTA 5F0XA 1J53A 1SL1A 2G8KA 3O5BA 2D0PA 1DLOA 1BU6O 1TK5A 3TPQA 4FJJA 5HRPA 4FWLA 3MAQA 3RR7A 4IWVA 1CZBA 1JLFA 3RMCA 1L3UA 3UKRA 4MQ3A 1C0TA 1TAUA 4NYNA 1XHZA 2D11A 1SKRA 4LF5K 4OPHA 3O9UA 2KW4A 2Z1HA 4JI1K 3OYKA 3J7YP 3AV9A 4A5BA 4WE1A 3VF2A 4BG9A 1GLJO 1SKSA 1NBWA 2E5LK 1B92A 3RRHA 4NXMK 1ASWA 4I6MA 3C95A 3SYZA 4E7JA 1TK0A 4GV9A 3CCEN 4F8RA 5F1XA 4AHCA 3FZMA 2HHQA 4PUOA 3QIJA 2V7ZA 5B8HA 4NCBA 4JNEA 1GGOA 1MK9B 4HDOA 1RT3A 3C0BA 3KLEA 1Q9YA 3ZSVA 1MU2A 4A2AA 3SNNA 1BIZA 4DLEA 1QZ5A 4K8XA 2O8CB 1W0HA 4GKKK 5AQSA 1U4BA 3SUQA 2ZQBA 4LY7A 2YHAA 3ZT1A 3CJCA 4DV7K 4AHVA 4FJNA 2P5GA 4CECA 1DEJA 2VWBA 3AVLA 1L5UA 4DV4K 3WXIA 3SI6A 4H5WA 1S6QA 3HPGA 3CMEN 1T6CA 1VSEA 5CYQA 4AHRA 3R3LA 3TARA 2UXBK 1IG9A 1QZ6A 3O4NA 4YOTA 1NJWA 2NZTA 2HNYA 1GOCA 1J5EK 3CQ8A 5AQYA 4CEZA 4DFPA 2NLXA 4KKOA 2UUCK 1WLJA 3T1HK 1KQSM 3ZSYA 2YKNA 2B4JA 3U9ZA 3ZLJA 2F96A 2V52B 4B1WB 2ASOA 1RBSA 4XH4A 4Z4FA 1XNQK 1NGIA 1HYVA 2RQ1A 4BC3A 3O3FA 3U7DA 1RT2A 1WSEA 4W5OA 5FROA 4IEIA 1TKZA 5AQHA 4ELUA 4KREA 3ASMA 1W2BM 4OLAA 1XQSC 1MIZB 5KPTA 5AQOA 5DM6L 4CCHA 2DPNA 3HM8A 2KQ2A 3C7NA 4Z0UA 5SWMA 2IIRA 3AO4A 3M8QA 3SAHA 4JI7K 2D2QA 3A8YA 3W3DA 4CF9A 4KHNA 1KVAA 4W5TA 4I9LA 4DSJA 3ULDA 4B08A 3J7ZO 5I42A 1XUPO 1FJGK 1H1VA 2HHXA 5E84A 3OYAA 4FLYA 1RBRA 2GELA 3FGUA 1Z26A 5CR4A 2NRZA 1BOTO 4HCCA 4K0KK 3DM2A 3TSPA 4DU1A 3G4SN 2LBBA 2GV9A 2P9PB 1Q81O 4B9TA 3A5LC 2EWSA 2D0CA 4KTZA 4DV6K 3U3GA 3THXB 1RT6A 1RTIA 3VETA 1SL0A 1EQYA 3B6OA 3GE1A 3MN5A 5HROA 1RT5A 2NRTA 2G8HA 1Z05A 4CGGA 3LWMA 2D0AA 3BINA 1XI1A 4FLXA 3NGZA 4FJHA 4FK0A 1BI4B 1WSGA 3EL2A 4KB1A 4DSEA 3TANA 1NJYA 4KHSA 1S1XA 3HP9A 1U6ZA 1VSHA 3QFPA 1S5JA 1BUPA 2OYQA 2IOCA 4BRQA 5FPMA 2J0MA 3CYMA 1J9AA 5BRHA 3PSIA 4YHHK 1L3VA 4ILJA 3QFUA 1ZYQA 1FK9A 3CJAA 4EAHD 3QNOA 5J2NA 3PX0A 3CCLN 3ZETA 3M8RA 4B9SA 4DG1A 4CEQA 4Y1CA 4LFBK 1P8ZA 2BTFA 3RMBA 3AVMA 5LMUK 1JDEA 1D9FA 3V1OA 4E0DA 4CJVA 3VQ5A 3SJJA 1IKXA 3AVCA 3L3UA 3MWTA 5GADP 5KQDA 4KH6A 4FJ7A 4FW2A 2OPQA 3SMSA 3OYCA 4Q5VA 4CI6A 4DLGA 1KXPA 1CXQA 4Z4IA 1P90A 4OPJA 3VQCA 4CD3A 1C0GA 3P83D 1Y97A 3RWUA 4BRPA 4JI5K 4IEEA 4HVJA 2PY5A 1VSKA 4H4MA 4BY9C 2YI1A 3QIPA 4B1XB 4YNQA 1TAQA 4FJMA 1TUYA 3BP8A 3HPOA 4PKIA 1VHXA 3M1FA 2HMPA 1X3MA 4BQZA 4DMNA 1MWMA 1Q18A 4A57A 5HLFA 3TAMA 4AF1A 4IFEA 3AO5A 2YJEA 3F9MA 5K14A 1D8YA 2E8AA 1TGOA 3O9SA 1LAVA 1HMVA 5GIPA 4CEOA 1ITGA 4O4GA 1RT4A 4WFAL 5CE3A 1SGHA 2WOMA 4CJPA 4JKHA 3KD1E 2PFUA 3BZCA 5FRNA 3PO5A 3K5OA 1HX1A 2W42A 1VSFA 3NGYA 3TI0A 1C0FA 1RDBA 4CFCA 5MLCQ 2GUIA 4RW7A 3IRXA 2DIKA 4CFAA 1W7AA 1JLGA 4B3MK 4IBNA 4E1MA 3WXJA 4BE0A 5HRNA 1C1CA 3HVRA 3LP2A 3I8BA 3CERA 3SUNA 3R1XA 3HOTA 4H0YB 3NDKA 4J8FA 4C8MA 2HW3A 1KTQA 4WQ4C 5AQRA 1KVBA 2ASPA 2IVPA 3WT0A 5FPNA 3DXMB 1KBLA 3HI0A 1KC8O 1QQMA 1JLEA 3VEWA 1DTQA 2QWQA 1UOCA 4GV6A 1D5AA 5GAGP 1XWLA 2V51B 3OY9A 2BANA 2P9KA 3ZX0A 3D2FB 3EZ5A 4JD2A 2P9UB 1ILYA 3ATUA 5AQVA 1JLAA 4BR2A 5DM7L 2NRRA 3PVLA 1E5WA 1VSDA 1WB9A 4DSFA 4FWSA 3THYA 3VQDA 4HUGA 3RSEB 1XMQK 3VEZA 2WFBA 3DLBA 2P9NB 2IAJA 1Y64A 3M5RA 1IO2A 4CJLA 3V81A 4JHDA 2YV0X 1N32K 2FSJA 1S9GA 4CEBA 1U2VA 5JLFA 4CZIA 3IKMA 1U45A 2E6LA 2CB8A 3KZBA 1G99A 4HUEA 1C0UA 3UKRB 3HO1A 2FSNA 2YHWA 5BRFA 3V9UA 4FZZA 3UKUB 3O3GA 2Q3SA 1KC7A 1HB8A 3VOVA 2UU9K 5DK5A 4JYAK 5M1NA 4B3RK 1HJRA 3KLFA 1R0AA 2OPSA 4BR4A 2IDOA 1EKEA 4I6MB 1WSJA 5EX5A 3V1QA 3C65A 3NMUA 4CJ5A 2O8BA 5F2RA 3HRGA 4CFDA 4DTMA 1WBBA 4KO0A 5JVLA 3D7EO 1KSPA 4IXCA 5CZ2A 1VQ5N 1KAYA 2NRXA 2KHOA 2E1ZA 3SPYA 4CZFA 4CZHA 4BVPA 1C1BA 2D0OA 2OCEA 5CZ1A 3KWGA 1XC9A 2HRJA 4K41A 3AA4A 3DLKA 3RR8A 3CHWA 3O9QA 3PLAA 2JWLA 4IJNA 1QE1A 4LF6K 3VQBA 1NGBA 3FFIA 3NCIA 4M42A 2G8IA 3HK2A 4LSLA 5CYMA 1X1PA 1S9EA 1RDCA 3ZSXA 1YF5L 2IC3A 3PO4A 4H0TB 1R59O 4CJKA 4KHYA 3WA0A 3SV3A 3OBYA 2QA4N 2ZJRL 1TV6A 1RDDA 1N34K 1EWRA 4OGEA 3OJUA 1NNEA 4PY5A 3ZSWA 3OS1A 5AJ3K 4JI8K 4I2QA 1XHXA 5KPZA 5HL7L 1JXBA 1BISA 4CYEA 3LDOA 1VQ6N 3OBWA 2E4LA 2ITGA 1RGIA 2FDQA 4CJWA 1T6DA 3CCMN 2J0KA 3OW2M 4BRDA 1LWCA 4IJAA 4DTJA 2E2OA 4J2DA 4QS7A 2YHBA 4CBUA 4W5QA 1NJZA 3C6AA 2PBDA 2YNIA 3S9HA 4KB0A 2FXUA 3SBGA 4IO9L 1VK0A 4JKEA 2VGNA 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3PY8A 3CF5L 3OHRA 4I9QA 3L2QA 3FE1A 2A41A 3VGKA 2BH1A 1TVRA 3AAPA 2QI2A 4DFMA 4B9UA 3NGIA 2HE7A 3NHGA 5KRTA 4OJRA 2KFZA 1EETA 4CHYA 1Y19B 1U48A 3L4IA 2VG6A 5BR8K 1IBLK 3KLHA 2ZM6K 4FLZA 4BRCA 4CEFA 5HP1A 3DRPA 4I2PA 4Z4GA 4P7IA 1C6VA 3LZIA 3S41A 5ADXA 4CHPA 3NF7A 4ELTA 4KHQA 3PSFA 3OYGA 3WUHA 1NGJA 1TL3A 4LFCK 3EN9A 3P39A 3VA0A 3A5NC 4NYFA 4DV2K 1HYZA 2JLEA 3KLGA 3D2EA 4JKBA 2OA8A 3A0IX 1BDGA 3CQYA 3CMAN 4A62A 4GNIA 4DCHA 1OH5A 1QHAA 2HVHA 4E1JA 3OYJA 2HHVA 5ELZA 4FM2A 2ASMA 1NMDA 3NF8A 3OYLA 3ID6A 1NVLA 4CJUA 5AQGA 4DF8A 2O4GA 4H5VA 3SQ2A 3HYFA 1DIKA 4CJFA 4JK8A 5BR9A 4DR7K 4FO0A 3J8AA 2FF3B 2O4IA 4JKGA 3VQEA 5KTQA 1GG3A 4MFBA 3VGMA 4DR6K 3DLHA 1SAZA 2P51A 4CF0A 3EE9A 4CHNA 2OPRA 3AVNA 2PZSA 2AEHA 3K0SA 2QWOA 4EFHA 2HVIA 5HBMA 2UUBK 3S3OA 2QXLA 3KKRA 1NGFA 2HOEA 3V9XA 1HPZA 5AQZA 3HT3A 1TKTA 2Q2RA 1DKGD 4FLTA 4B1YB 3CM6A 5C2DA 4YOVA 4K8ZA 1S3XA 3W0LA 3JS6A 4EHUA 1BG3A 3VQQA 2P9KB 4JD2B 1A5WA 3THWA 2Z1JA 3OA9A 2CH5A 4RW6A 3ISNC 3U8ZA 3GDQA 1WN7A 1ACAA 1NLVA 1YVNA 3DXKA 4NLCA 4X66K 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKG A;  3SBT A;  4JK7 A;  4ILJ A;  4ILG B;  4JKG B;  3SBG A;  4JKE A;  4ILH A;  4JKD A;  4JKC A;  3E66 A;  4JKA A;  3E9P A;  4JK8 A;  4JKF A;  3E9O A;  4JK9 A;  3ENB A;  4JKH A;  4JKB A;  3E9L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3K9J A;  1MK7 B;  4Z94 A;  3PX4 A;  3CC2 N;  2QWR A;  5FRM A;  4F2S A;  3U8X A;  4DFK A;  4CGH A;  1T44 A;  1HNW K;  3WXL A;  1QSY A;  4YL8 A;  4JKC A;  4KI6 A;  4LF7 K;  1OH6 A;  4FWO A;  4CK3 A;  2KTQ A;  1QQC A;  1QSS A;  1IKY A;  2CGL A;  4G1Q A;  3BY5 A;  4KHW A;  3BGR A;  2OTJ N;  2NRH A;  4W5N A;  4BRL A;  4XH5 A;  1DTT A;  5EU7 A;  3AAQ A;  4BDZ A;  1FKP A;  4BQL A;  3M8S A;  4R5P A;  4LF9 K;  3QES A;  1HYS A;  2DY4 A;  1JXE A;  3ZCM A;  4ISG A;  5KQ8 A;  1RIL A;  1RDW X;  4CD1 A;  3SAG A;  3AVK A;  2KZZ A;  3MDQ A;  1YJ9 N;  4KTW A;  3O1W A;  4M7Y A;  4BRH A;  3D45 A;  4CK1 A;  4PWD A;  4C1N I;  2YNF A;  2WON A;  1YI2 N;  4GKJ K;  2Q0U A;  3DLG A;  1DT9 A;  4NCG A;  4DTR A;  2O8C A;  4HUF A;  4F3T A;  3KVG A;  4CZL A;  1FXX A;  4CHZ A;  4M7X A;  4AHT A;  1VQN N;  3MXI A;  5AQU A;  4E19 A;  2Q31 A;  3OYI A;  1LV5 A;  3KIO A;  1VQ7 N;  4ILH A;  4LSN A;  5H1S Q;  3MX5 A;  3DLL L;  4DTU A;  3VA3 A;  4JRQ A;  4XH1 A;  3TSU A;  1VBG A;  2QK9 A;  3OTO K;  1JJ2 M;  4H0O A;  3RVC A;  4C1N K; 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