4JKGB

Open and closed forms of mixed t1789p+r1865a and r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
219
structure length
214
Chain Sequence
b'LFSNQIIWFVDDTNVYRVPIHKLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
source organism Homo sapiens
molecule tags Rna binding protein
total genus 66
structure length 214
sequence length 219
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkgB02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkgB01
4ILGB 4JK8A 4JKGA 4JKAA 4JKCA 4JKHA 4JK9A 4ILJA 3E66A 4JK7A 4JKBA 4JKEA 3SBTA 3E9PA 3ENBA 4JKDA 4JKFA 3E9OA 4JKGB 3E9LA 3SBGA 4ILHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HR0K 4N5SA 3OYCA 4DMNA 4BRCA 4CK1A 4KRFA 4YOYA 4DS5A 1U47A 1IKXA 4JI8K 1W7AA 5CZ1A 4FWKA 4DV5K 1S9GA 3B6PA 2GELA 5CYQA 1KLNA 4KB0A 3DLGA 4BROA 4IOXA 3OVNA 3O9UA 3QICA 4PL8A 5GAEP 3AVBA 3PY8A 2G8IA 3ZSVA 5ADXH 1NGFA 3KTQA 4CJVA 1MK7B 3LM9A 4H4OA 3R8EA 4OGCA 3CCQN 2J0JA 5KRTA 5AZJA 2CGKA 3H46O 5IWAK 3S9HA 2E5LK 2IS3A 1MWMA 2QW9A 5EU7A 4OLAA 2P9UA 4DTNA 4IWVA 3BP8A 5D3GA 2FF6A 3VQCA 1QVGM 3OYEA 3ENOA 4E19A 3D45A 3VGLA 3ZSYA 1S1XA 2HVIA 3HZ6A 1GOBA 1B9DA 2WFBA 4BE0A 2P9PA 4I9LA 3VERA 1SL2A 2Q2RA 2VWJA 4GV6A 3UKUB 3H08A 2E6MA 3THWA 3H1VX 4ELTA 1GLCG 4CGDA 4W5TA 1MWKA 2WBNA 3OYDA 3NVKA 4XH5A 1HNXK 3AVNA 1VQ5N 3HTVA 3V9XA 3R3LA 5JVLA 1TUYA 3RWUA 1GOAA 1C1BA 4CF9A 4K41A 1WSGA 2GUIA 4KB1A 3TARA 4AHTA 4FLVA 5JVGL 1MDUB 2P9KA 4FW2A 2HNDA 3VGMA 1QTMA 1DTTA 3SQ2A 1GLJO 1WB9A 3PO5A 4UY8O 3WQTA 1S5JA 1MIZB 5JICA 4M7XA 4WQ5A 1BISA 3NF9A 1NK4A 1Z6RA 1VQ6N 1E3MA 2FXUA 1NK7A 3V1OA 1KAXA 1SUQA 3NH0A 4FJNA 3K9KA 2FSJA 3O8MA 4CBXA 4A59A 4CEBA 4O8UA 3ZLJA 3IG1A 5I3UA 2WOMA 3AO1A 3KLHA 1RBSA 5E84A 5KGXA 3WQUA 4AHSA 3D2FA 1RTHA 2OPRA 4C8KA 4M3YA 1GGOA 4JI3K 1JL2A 3AA4A 2HHVA 3VMFB 1WAJA 3VA3A 4WFAL 1JCFA 4DSKA 1BL3A 5EY4A 2E2OA 5M1PA 4DQ8A 4ILJA 1N8RO 4ICLA 3TAEA 1ZBLA 4RTFD 3KK1A 4F2RA 3O3FA 2NUBA 4HCBA 1KRPA 2NRRA 3ZX0A 1TYQB 4Z4CA 3OTOK 4N41A 4KTWA 3HT3A 4ILHA 1H4RA 1IKVA 4FOIA 4YDUC 2GWJA 5CE3A 2P9LB 3FZKA 2P9IA 4JEPA 4BR4A 1FJGK 2ZJQL 1EXQA 3OBYA 3AVFA 4WYBA 4A2BA 3AU5A 3KLIA 4NLBA 3CPEA 2P9NA 2FSNA 3VN5A 1QHAA 4JD2A 2XY5A 3EE8A 1VRTA 1VSLA 3L2UA 1FKOA 3V4IA 2ETJA 3N4PA 4FOEA 4CE9A 4YY3K 2RF2A 2O8EB 1WLJA 2VCPA 2PFUA 4XEIA 4DWIA 4K25A 4FJ7A 3PX4A 5CYMA 1S1VA 3TTDA 3WXIA 3F2KA 2EHGA 3ZETA 1LW0A 3DLHA 3CD6N 4B8AB 4B1YB 3KKRA 4M7YA 3O3GA 4DKWA 1IG9A 5AQRA 3O1BA 3NH1A 5ELZA 3VEWA 1YI2N 5B8HA 4WFBL 1C0MA 1EWQA 2P5GA 1HB8A 5BREA 3QEXA 2QTDA 3CIPA 2Y1IA 3NFAA 2F8TA 4O44A 4DB3A 4M3TA 1N5YA 1XC3A 1L3VA 4W5NA 3OA9A 1JLAA 3I55N 2KZZA 2UXCK 4FWRA 3HOSA 1WSEA 3DRPA 4AF1A 1VQON 3VQ8A 5KQ8A 4J8FA 5T7BA 4B9TA 3DOKA 2W40A 4L3QA 1VQKN 5M1NA 1QSSA 4LF5K 1CXQA 3ZDTA 4KI4A 1KAZA 3HM8A 1QQNA 1BG3A 2F7TA 1HNVA 5AQGA 1BI4A 2P5OA 4KH6A 3C6AA 4NB4A 1TK5A 4FM1A 3CQ8A 4FVMA 4EP5A 4N56A 3ATVA 4IEEA 4BRMA 4M3RA 3DI6A 3TWHA 3U9ZA 3D2FB 1RT6A 1TL1A 1DTQA 1XI1A 3AVHA 3MN5A 3VA0A 4JHDA 3CC7N 4X65K 3QFPA 2QWOA 1NGCA 4H5RA 4PY5A 1V4SA 3O9RA 4IG3A 4CHNA 1HNWK 4MO5A 3HK2A 2E1YA 4OKKA 3H3NO 1ZBUA 3ZSZA 3JXUA 5EXWA 3QIPA 4G1QA 4YFUA 5C0YA 2HF3A 3ZT4A 3S3OA 3EE9A 1X1PA 5EOYA 4DV0K 4HHTA 3AAQA 4FPAA 2QKBA 2CQUA 3OYNA 3K57A 2ASMA 4FJLA 3VENA 1T03A 3ISNC 4IOAL 3THXA 3QERA 3VQQA 2AEHA 1QS4A 3OYGA 3BF3A 3K59A 3RSEB 1K8KA 2Z1HA 4Z4GA 1TUUA 3TR8A 2VG5A 4AHCA 3KLFA 4DR6K 4Z4EA 5HP1A 1BHLA 4LFAK 4KHUA 2OANA 4BRKA 3ENBA 3MCPA 4IEIA 3AO2A 1R0AA 1IBLK 2G8HA 2B6AA 4CJFA 1T8EA 1X9JA 1WSHA 1WSJA 3QBXA 3RR8A 2UUCK 1NMDA 4CEQA 2Q0RA 1EQYA 1IBKK 2E20A 3WUHA 3G25A 1U2VB 1OVQA 3EO3A 3UE5A 4BREA 3L2VA 4B1WB 3WT0A 1KBLA 2FBTA 2P1JA 3A5OC 5A2QO 1X9WA 5GAGP 2UXBK 4H5TA 5KPTA 2YV0X 4B3TK 5M1KA 4DUYK 3QFUA 3WNFA 3GE1A 5F0XA 1R59O 4DU4A 2A40A 4FJ9A 4FWOA 3AA5X 2PY5A 4E1NA 4IG0A 3ZX3A 4BR2A 3LZJA 4KHNA 4M3UA 4BWMA 3SJJA 3PX0A 3O4NA 2CH6A 1RDCA 1KAYA 3LP3A 2QI2A 4KH4A 3ZSXA 1GOCA 3ZEUA 4E7JA 4DTSA 1UA0A 2A6AA 4IOCL 3HPOA 3R9PA 1ISNA 1HX1A 3AY9A 4IFVA 2G8WA 1RBRA 4RG8A 5GADP 1BUPA 5M1OA 4CGFA 2QWLA 5LY3A 4FLXA 3TPQA 4B9NA 1S22A 3LP1A 3QEWA 4CBUA 3V9UA 4DR1K 2GEMA 5AQZA 1QVFM 1V4TA 2KHOA 4FPBA 3G0ZA 4KH5A 3K5MA 2I7PA 2HMIA 2NRHA 3SUPA 4J2EA 4JKDA 1VSMA 1HYSA 3FLCO 5FLXO 1LCUA 4KTZA 1VQ7N 4H03B 1YTAA 4C1NI 4MDBA 3TTFA 3CCJN 4DHYA 1N32K 2FDQA 3IMXA 4GVEA 4OGEA 5J1EA 3WXJA 4M3ZA 4CEOA 3F73A 2OZSA 5AFUH 1NKBA 4JV5K 1JLCA 4ZRIA 3SUQA 2VWBA 4ZHRA 2HHTA 3ASMA 1N6QA 2YCHA 4DSEA 2O8FA 1TAUA 4O4GA 4ILGB 2YHBA 1VQ9N 1UOCA 4IDKA 1SV5A 4TKNA 1SL1A 4JS5A 2LSNA 5TKWA 3OYAA 4FJJA 4FJ5A 1HQEA 4AHUA 4JK7A 3DMJA 4JS4A 4CK2A 3VF4A 2RN2A 1JLBA 1RFQA 4JAXA 4M45A 2G8FA 4Z0UA 4DF8A 3HPHA 2V52B 4KHYA 1SKRA 3SK3A 2OZMA 1RCHA 4JI6K 4CJ4A 1NGHA 3VQBA 4B9SA 2OPQA 3VTHA 5GINA 4K8XA 3GDQA 1RTDA 3UKUA 2XO7A 3L2RA 3ZX2A 2DIKA 4E1MA 1OH7A 3G9WA 4DSJA 4GNIA 4EFHA 1IG8A 2AP1A 1SKSA 4EAHD 5KQDA 4FWMA 1ZC6A 3M8PA 4QS7A 1KFSA 2EMTA 1RBTA 4JRQA 4QS8A 4AHRA 1N33K 2QWRA 3U8XA 2VWKA 4JI1K 4DTPA 4GKKK 3MX2A 4W5OA 3E1YA 1JCGA 2BTFA 3QLHA 5KPZA 1TKXA 1DGKN 3T69A 1RBVA 3WXMB 2VQEK 3MXMA 2QWNA 1J19A 3IRXA 2VQFK 5C25A 2VGMA 4N76A 1ATRA 3THYB 3J8AA 4ID1A 3MCAB 4E3SA 3JAMO 3DWLA 4FZYA 3FR0A 2Z1IA 2W42A 3U3YA 4NCBA 2HVHA 1ITGA 3F9KA 5BN9A 4X66K 3O80A 2RE2A 4CK3A 4HUFA 1YXQA 3J7YP 3L8BA 3D7EO 4DS4A 1NJIO 4BDPA 4KI6A 2O4IA 1HNZK 4RW4A 1XHXA 5HROA 2XY7A 3FGUA 4J2BA 1TK0A 4Q0BA 4HVJA 1Q86O 3VEOA 1XNRK 4B9LA 4BRAA 4K42A 5AQNA 3CQXA 4GV9A 5CHIA 3L4QA 2F4VK 4Y1DA 3TAGA 3MMVA 3P5JA 1TYQA 1CZ9A 4CJKA 1WSIA 1W0HA 4Q5VA 4CZEA 4BR0A 3PSIA 2UUBK 5IT9O 3IUCA 1ASVA 2P9LA 3NH2A 2E2NA 1QHTA 3AA2A 4JI0K 4FVUA 1JJ2M 3P83D 1NKCA 2I1JA 3P4IA 4W5QA 1VQ8N 1U45A 3BEXA 5I42A 2CGJA 5JLHA 3ZYYX 3CCRN 1RT5A 3MDQA 1I3AA 2V7YA 3HPGA 3QMLA 4QS9A 5LMNK 4JLHA 2O8EA 3V9ZA 2E2PA 3OS1A 2O8FB 4E89A 3AVAA 3NGZA 3M8RA 1TKTA 3DJCA 4DTRA 4CIGA 2ABDA 3SQ1A 3TAQA 4M3XA 3KKSA 3C94A 2PBDA 4BR5A 5E26A 3GOIA 3SCXA 4YOTA 3RMBA 1NBWA 1D5AA 4BRPA 4B8CA 3OYFA 4NYNA 4BRLA 2HW3A 4IO9L 3L2WA 3DXKB 4GXBA 4CFCA 3MEGA 1O1WA 1M90O 3M1FA 3TU5A 3AV9A 2ZJRL 2O8DB 1DIKA 3VEYA 4BRQA 4B3SK 3CF5L 2HNYA 3AA3A 4ISGA 4FWSA 3TABA 4EKUA 5F1XA 4AQYK 1QQOA 2ZWHA 3Q7CA 3DLKA 3E66A 2QWMA 3VQAA 3VEZA 3AO3A 2DPNA 2AJQA 3U6FA 4JKGB 1U49A 3C95A 3MN9A 3AVCA 3M3ZA 4I2PA 4F9OA 3CC4N 1ASUA 4DFPA 3L3UA 3UIQA 4OKJA 1VHXA 4JI5K 4XH1A 5HRNA 4HUGA 1D9FA 4FJHA 4LF4K 1RILA 1Z05A 4WQ4A 5BPMA 3PLAA 5FRNA 1BO5O 1UWBA 1H1VA 1NVLA 4B1VA 3CQYA 4AM7A 2Q97A 4B9VA 3HSCA 1G15A 4BC4A 4CEFA 1NNEA 4PKHA 4DSFA 3QBWA 1K9MO 2HF4A 2XRIA 3V81A 4DTXA 3ULDA 1HLUA 5AQUA 3KD5E 1MIXA 1Q18A 3LPUA 5BRDA 3TAPA 2ASPA 3ULEB 3T3FA 4BY9C 3SMSA 3O9SA 3I8DA 5HLFA 1GLEG 2QM1A 3ZCMA 1A5VA 3ENHA 2Q1NA 2J4RA 2HE7A 3W0LA 4CW7B 1CXUA 5E41A 1KLMA 3HBTA 4LSLA 1YIJN 2R82A 3O5BA 4BRGA 4DQRA 4PQUA 2ZF5O 5BRHA 2OTLN 4WQ4C 4WQ5C 1QQCA 1RDUA 3MXIA 4LD0A 1WNSA 4JI7K 4E7KA 2D1KA 4FCYA 4H0XB 4O0JA 3RSEA 4CF8A 1KCFA 1N34K 4C1NK 1ZBIA 4MLEA 2A1SA 3CJ9A 3MN6A 2OPSA 3A8YA 1S1UA 2YKNA 4FJIA 4KKOA 3OW2M 1C0TA 4F4KA 3L3VA 1KD1O 1RGIA 1RT3A 1YVUA 4BQLA 3TAFA 3ITHA 5FDLA 2GUPA 1SZ2A 4LF8K 3HJFA 4E7IA 1JLEA 1D4XA 3OBWA 4NCGA 1GLDG 1BOTO 1GLAG 1MU2A 3G10A 3K9JA 4DTMA 1U2VA 5SWMA 4CERA 3WXKA 4B3RK 4DTJA 1NOZA 2ZE2A 3MXJA 1MK9B 5AQHA 4HCCA 3FLVA 5IJMA 4DR7K 2OYQA 1CZBA 1VSJA 2OTJN 4G9ZA 3NAEA 3DLBA 3SAFA 4LFBK 2JWKA 3DYAA 2WH5A 1IO2A 4KV8A 3T1AA 1L3UA 2P9SB 2Y1JA 3C6UA 4YOWA 1HMVA 4RWTA 3QEVA 1C1CA 4KHWA 3QETA 2QA4N 3LDSA 3BF1A 3RRHA 3RTVA 1EKEA 4NXNK 4C23A 1WBBA 1WOQA 4CJRA 1GG3A 3V6DA 4F3TA 2YNFA 5CZ2A 3G71N 3VF2A 2QWPA 1S6QA 3X23A 3DXMB 5FPEA 4DFMA 4NO7A 4H5VA 2NRZA 1NKEA 5HBMA 1LAVA 3JYTA 5AQMA 4CF2A 1IKYA 1T6DA 2IVOA 4IFEA 4EP4A 1BGXT 2XY8A 1T05A 1ST7A 3KHYA 1NLVA 2CH5A 1KVBA 2HBJA 1BIZA 3DLEA 1BA1A 4FJMA 3VQ9A 3I0RA 4CJPA 1Q7YO 3CM6A 3SQ4A 4O5BA 3THVA 3CFRA 2I7NA 2CGLA 2BDPA 2E88A 1VBHA 3K2PA 2WONA 4H4MA 1Z26A 2XY6A 1XHZA 1NJZA 1DLOA 3VQ4A 4BVPA 4E0DA 4CIFA 5AQQA 5C15A 4KBOA 3CCLN 3TSUA 1CZAN 3DRSA 4MDAA 2IIRA 3EKUA 4DF4A 3CPWM 2Q36A 3VQ5A 1YT3A 4FZZA 1ZBHA 3S3NA 4LY7A 1HB6A 3ZT1A 4H0OA 1IH7A 3LPTA 1D8YA 2X74A 4FK0A 2E6LA 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3UKRB 4QOZB 5C42A 2I1KA 2V7ZA 4CFBA 3QIJA 3BGRA 4EHTA 3O6WA 2A1RA 2HRJA 1JLQA 3PIOL 3OYBA 2O8CA 3GBTA 1OH8A 2A42A 1L5UA 4F7GA 1HPMA 2DY4A 2UYTA 3A5LC 4NLCA 4Z4FA 4JK8A 1F21A 3DXKA 1VK0A 4IO8A 4DV3K 3SMPA 2O8DA 3VEVA 3G6EN 3EZWA 1I39A 1NGJA 2DFEA 2IOCA 2YHWA 3KK2A 3SUOA 4CGJA 3W3DA 3IAYA 3LAKA 2HB5A 4EHUA 4HDQA 1LW2A 4L8RB 1HRHA 4DXAB 3JS6A 5TKYA 4FJGA 4JKGA 4NYFA 4BC2A 3ATUA 3D2EB 1S1TA 1YHQN 4A57A 3O4WA 1JXEA 1Q81O 4BE1A 4RCHA 3HI0A 5AQLA 2HSTA 3AU4A 4BC5A 4FL9A 1C6VA 3OS2A 1LV5A 3LDLA 4JKEA 3IKMA 3JSMA 4GV3A 1HKGA 3SJHA 4CZIA 1UA1A 2OPPA 2KFNA 4C8LA 2O8BB 3WNGA 3HSTB 3OYMA 3SPZA 2RQ1A 1J9AA 2YX6A 3U9DA 1HYVA 1KVAA 4I9QA 4FJ8A 3NHGA 4IDHA 2F96A 1L3SA 2E4LA 3AARA 3BZCA 3OHRA 4F8RA 3O9QA 1YVNA 1NGIA 1U6ZA 2FBYA 3QEPA 2YHYA 4NXMK 2V51B 4MFBA 1VQPN 1TKZA 4YOVA 3LDQA 3IVFA 5AQJA 1KC7A 3ULEA 4CECA 3V9SA 2IDOA 2Z1JA 5ADXA 1FXXA 3VQDA 3VQPA 4CJQA 2IC3A 2GBZA 1KXPA 4DR2K 5FRMA 3QIOA 2J0MA 3LWMA 3FE1A 2HOEA 4PKIA 4H5NA 4AILC 3OJSA 4FSVA 4QCLA 3C6HA 2D11A 1NGGA 3HP9A 2RKIA 1HYZA 3VPZA 5JLFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ILG B;  4JK8 A;  4JKG A;  4JKA A;  4JKC A;  4JKH A;  4JK9 A;  4ILJ A;  3E66 A;  4JK7 A;  4JKB A;  4JKE A;  3SBT A;  3E9P A;  3ENB A;  4JKD A;  4JKF A;  3E9O A;  4JKG B;  3E9L A;  3SBG A;  4ILH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HR0 K;  4N5S A;  3OYC A;  4DMN A;  4BRC A;  4CK1 A;  4KRF A;  4YOY A;  4DS5 A;  1U47 A;  1IKX A;  4JI8 K;  1W7A A;  5CZ1 A;  4FWK A;  4DV5 K;  1S9G A;  3B6P A;  2GEL A;  5CYQ A;  1KLN A;  4KB0 A;  3DLG A;  4BRO A;  4IOX A;  3OVN A;  3O9U A;  3QIC A;  4PL8 A;  5GAE P;  3AVB A;  3PY8 A;  2G8I A;  3ZSV A;  5ADX H;  1NGF A;  3KTQ A;  4CJV A;  1MK7 B;  3LM9 A;  4H4O A;  3R8E A;  4OGC A;  3CCQ N;  2J0J A;  5KRT A;  5AZJ A;  2CGK A;  3H46 O;  5IWA K;  3S9H A;  2E5L K;  2IS3 A;  1MWM A;  2QW9 A;  5EU7 A;  4OLA A;  2P9U A;  4DTN A;  4IWV A;  3BP8 A;  5D3G A;  2FF6 A;  3VQC A;  1QVG M;  3OYE A;  3ENO A;  4E19 A;  3D45 A;  3VGL A;  3ZSY A;  1S1X A;  2HVI A;  3HZ6 A;  1GOB A;  1B9D A;  2WFB A;  4BE0 A;  2P9P A;  4I9L A;  3VER A;  1SL2 A;  2Q2R A;  2VWJ A;  4GV6 A;  3UKU B;  3H08 A;  2E6M A;  3THW A;  3H1V X;  4ELT A;  1GLC G;  4CGD A;  4W5T A;  1MWK A;  2WBN A;  3OYD A;  3NVK A;  4XH5 A;  1HNX K;  3AVN A;  1VQ5 N;  3HTV A;  3V9X A;  3R3L A;  5JVL A;  1TUY A;  3RWU A;  1GOA A;  1C1B A;  4CF9 A;  4K41 A; 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