The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
61
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sequence length |
132
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structure length |
132
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Chain Sequence |
b'LRGLSEDTLEQLYALGFNQYQAGKWDDAQKIFQALCMLDHYDARYFLGLGACRQSLGLYEQALQSYSYGALMDINEPRFPFHAAECHLQLGDLDGAESGFYSARALAAAQPAHEALAARAGAMLEAVTARKD'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Membrane and Chaperone Recognition by the Major Translocator Protein PopB of the Type III Secretion System of Pseudomonas aeruginosa.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Regulatory protein PcrH
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
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| molecule tags |
Chaperone
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| total genus |
61
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| structure length |
132
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| sequence length |
132
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Y8M A; 2R5S A; 2VQ2 A; 3KAE A; 2KCK A; 3RKV A; 2AVP A; 1ELR A; 3ULQ A; 1A17 A; 5JJ6 A; 3GW4 A; 3RIB A; 1TJC A; 1KT1 A; 4GZ5 A; 4UI9 J; 2XPI A; 2NC9 A; 4GCN A; 2XGO A; 4UQZ A; 3TAX A; 2OOE A; 4GYO A; 3CKC A; 3Q5M A; 2YHC A; 3Q4A B; 3Q47 B; 3TG5 A; 3ZHE A; 2XGM A; 3LY7 A; 5CHE E; 4YVQ C; 5FTP A; 2GW1 A; 3UQ3 A; 4GA2 A; 5FZS A; 2VYI A; 3CVL A; 3FP3 A; 3KD7 A; 2IF4 A; 2KCV A; 3SF4 A; 3KS2 A; 3VTY A; 3S7F A; 2LSV A; 4UQY A; 4ME2 A; 5FT9 A; 5M72 A; 2E2E A; 3CV0 A; 2BUG A; 5G04 C; 1YA0 A; 2QFC A; 2XGS A; 4Y6W A; 5ARF A; 5EKQ D; 4I9E A; 2WPV A; 5BW8 C; 4N5C A; 2PQR A; 4GYY A; 3LY9 A; 4G23 A; 3MEK A; 3Q15 A; 5KJN A; 4HOR A; 3ASF A; 4AY5 A; 4I9C A; 3GZ2 A; 2FBN A; 4GA0 A; 5CCL A; 2Y4U A; 3ZPJ A; 3QWW A; 2Y4T A; 4N2Q A; 3MV3 B; 2P58 C; 5KJM A; 2VGX B; 4H7Y A; 3MA5 A; 4ABN A; 1P5Q A; 1FCH A; 4YVO A; 3ZGQ A; 2KCL A; 5BNW A; 2UWJ G; 4WNE A; 4CGW A; 2C2L A; 4NRH B; 2J9Q A; 3LY8 A; 4I2Z A; 4U0S A; 1NA3 A; 5LCW J; 1QQE A; 3MV2 B; 3U3W A; 3NF1 A; 4KYO B; 3S7J A; 4LEU A; 1NA0 A; 2FEZ A; 3CK7 A; 5EX3 A; 5HQ8 A; 4XI0 A; 4XIF A; 2I6H A; 2UY1 B; 4UI9 C; 3QOU A; 4WND A; 5G05 J; 4WNF A; 3OXL A; 3N71 A; 3QWP A; 2VSY A; 3WXX A; 3MKR A; 4I2W A; 3UPV A; 1HZ4 A; 4GZ3 A; 4UI9 K; 3HYM B; 4JA7 A; 5A7D B; 4BWR A; 4XI9 A; 5C1D A; 4G26 A; 5BT1 A; 3JYS A; 1OUV A; 2PZI A; 5AYW D; 1B89 A; 1XNF A; 3VTX A; 2VGY A; 2IFU A; 4AIF A; 2WQH A; 1ELW A; 3AS4 A; 3TGO A; 4CGV A; 3CK9 A; 2L6J A; 3RU0 A; 3Q49 B; 1ZBP A; 1ZU2 A; 3AS8 A; 5HI7 A; 4A1S A; 4YND A; 3UUX A; 4APO A; 1E96 B; 2HYZ A; 4CDR A; 4BT9 A; 3RO2 A; 2XCC A; 4JL0 A; 1KT0 A; 4BTA A; 4U0Z A; 4G2V A; 3PDN A; 4GA1 A; 4HOU A; 3PE3 A; 2HO1 A; 4W9R A; 2PQN A; 3LKU A; 5A6C A; 4BTB A; 3ZHE B; 4U07 A; 1HH8 A; 4N39 A; 4GZ6 A; 3ZFW A; 1KLX A; 2OND A; 3CEQ A; 5KJK A; 3GZ1 A; 4N3A A; 3CVP A; 5FJY A; 5DIZ A; 1NZN A; 3K9I A; 4EQF A; 4HOT A; 2FI7 A; 2HR2 A; 5JJ7 A; 4WNG A; 4N3B A; 4B94 A; 3LCA A; 3LPZ A; 3URZ A; 2DBA A; 4G1T A; 4U04 A; 4AM9 A; 4JHR A; 3S7D A; 5FZQ A; 1WAO 1; 1PC2 A; 3OXF A; 3ASH A; 3EDT B; 3QKY A; 4AY6 A; 4WUY A; 2PL2 A; 4G25 A; 4H7X A; 3LYA A; 3FFL A; 3R9A B; 3GYZ A; 2LNI A; 2XEV A; 4KXK B; 3E4B A; 5LCW C; 5G04 J; 4GPK A; 2KC7 A; 1QZ2 A; 2C0L A; 4N2S A; 3FWV A; 1IHG A; 3S7B A; 4J8D A; 3CK8 A; 3BEE A; 5D0Q D; 3AS5 A; 3U4T A; 2VGX A; 1HXI A; 2FO7 A; 5KJL A; 3ASG A; 5CCM A; 3QWV A; 5G05 C; 4I1A A; 2KAT A; 5EX0 A; 3PE4 A; 2Q7F A; 3ESK A; 4I17 A; 4NQ0 A; 1WM5 A; 5D0O D; 5DBK A; 3IEG A; 4RG6 A; 3SZ7 A; 3OXG A; 2V5F A; 4N3C A; 4GYW A; 4F3V A; 2VSN A; 4IN3 B; 5FZR A; 4RG9 A; 4U0U A; 2JLB A; 4HOQ A; 2C0M A; 4GCO A; 1W3B A; 2MHK A; 4KBQ A; 4J0U A; 2UY1 A; 3O48 A; 3RO3 A; 3TG4 A; 3ASD A; 4JA9 A; 4G24 A; 3CKB A; 3CVN A; 5JJT A; 5ARG A; 3RJV A; 4J8E A; 4HOS A; 4BT8 A; 4O6F A; 4Y6C A; 3QDN A; 2LSU A; 2FF4 A; 4J8F A; 1IYG A; 4UQX A; 3ZN3 A; 2YQ8 A; 2XCB A; 3CVQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LS8 A; 2OV8 A; 4LER A; 2VQ2 A; 3KAE A; 5ANR A; 3ULQ A; 4UWG A; 4K5C A; 4PDX A; 2RG8 A; 4LNB A; 4CRW A; 4EZL A; 4EBA G; 4K0R A; 3FUL A; 3SQV A; 4BES A; 3SNX A; 3VLF A; 5B1B E; 3D9O A; 5LOZ A; 4LG6 A; 2M63 A; 1KZO A; 2EIK E; 3CKC A; 1DNP A; 5FIO A; 2YHC A; 2OVF A; 3TG5 A; 3ZHE A; 4HBD A; 4HS2 A; 3QB2 A; 4U8V D; 4KZ0 A; 3B7U X; 1S70 B; 2AWI A; 1DC2 A; 2KCV A; 4DX5 D; 2LSV A; 3E32 A; 4OYS A; 4UWK A; 4M7C A; 4HXI A; 1YA0 A; 4FC8 A; 4Y6W A; 5EKQ D; 4A55 A; 3ESL A; 3V2X A; 1HF8 A; 2PQR A; 3PH0 C; 4AV7 A; 1TNU A; 3JUE A; 4ZHB A; 1FT2 A; 2WXG A; 4BEP A; 3TWR A; 1H2T C; 3V79 K; 3FUD A; 3V2O A; 1TNY A; 1SQM A; 3GZ2 A; 4C48 B; 3LJN A; 5ANL A; 4GA0 A; 3UM0 A; 1N9A A; 4DX2 A; 3D9N A; 4TUU A; 5J08 A; 2QY7 A; 4U63 A; 3PNL B; 1DVP A; 2GRM A; 4JXT A; 2LAH A; 3UM2 A; 4H7Y A; 4TUM A; 1FCH A; 3DSU A; 2UWJ G; 2LO6 A; 4V3I A; 1LD7 A; 4A3V A; 4AJW A; 4ANV A; 2GRR B; 1TR4 A; 4KYO B; 2JEK A; 4I6G A; 3CK7 A; 3P1U A; 4DX1 A; 2CFZ A; 2EIL E; 4DX6 D; 4ANX A; 2VGE A; 4IRU A; 2UY1 B; 4UI9 C; 4WND A; 4DLO A; 3I5P A; 3OXL A; 1OWM A; 2ZIS A; 3WXX A; 2F0Y A; 1H6P A; 1HZ4 A; 3ZKJ A; 3FUJ A; 5H7P A; 3ZIM A; 2WVI A; 3HVE A; 3ZYQ A; 4YDO A; 3UIO C; 4JA7 A; 5A7D B; 4ZFH A; 4G26 A; 3G2V A; 1BU9 A; 5BT1 A; 4GML A; 5FWQ A; 5AYW D; 5LP0 A; 4JEU A; 1U2V G; 3C3O A; 3UM3 A; 3V30 A; 3AS4 A; 3TGO A; 2IO2 C; 4CGV A; 1XGW A; 3CK9 A; 3HIZ A; 3JQ0 A; 4U96 D; 1IQR A; 3Q9U C; 4JD2 G; 3RU0 A; 4A1G A; 1D8D A; 3FUK A; 1E8X A; 1ZU2 A; 3AS8 A; 2X6H A; 2HYZ A; 4CDR A; 2XS8 A; 4LCT A; 4OVV A; 3UT8 A; 1A5E A; 2XEH A; 2B0O E; 3P2B A; 4HOU A; 3PE3 A; 4HI9 A; 2P9U G; 3MYV A; 4W9R A; 3ZHE B; 2FUL A; 3C98 A; 1H6K A; 3ZFW A; 2WXO A; 3AG1 E; 4YDW A; 4BX8 A; 2X6I A; 2J08 A; 5KJK A; 1ZB1 A; 1BI7 B; 3TJP A; 3CR3 A; 4HOT A; 5KNG A; 1E7U A; 1E8Y A; 2X3M A; 1UN9 A; 3MKQ A; 3ZNG A; 1MX4 A; 2IY0 C; 2ZGD A; 3TXN A; 1KZP A; 4G1T A; 4U04 A; 2WXI A; 3BUA A; 3QC1 A; 2ZGG A; 4JC8 A; 4EPZ A; 1LD8 A; 5EID A; 4U7E B; 1YMP A; 3Q7A A; 1PC2 A; 3OXF A; 3Q75 A; 2MRI A; 3QKY A; 2QZA A; 2J4B A; 4WUY A; 3SGH A; 1INZ A; 1TJF A; 4HNA D; 3R9A B; 2IEJ A; 2KZT A; 5G04 J; 1TEZ A; 1E90 A; 3L9T A; 3UI2 A; 1QZ2 A; 5FQ4 A; 1WDY A; 4DJA A; 4HRN A; 3BEE A; 5D0Q D; 3AS5 A; 2VGX A; 1V54 E; 4FU3 A; 3T8M A; 2I9C A; 3FUI A; 3UKU G; 4L7T A; 3DPY A; 2KAT A; 4RVB A; 3QK0 A; 2KXP C; 2Q7F A; 3NOG D; 3JXJ A; 1N4S A; 5CED B; 1X5B A; 1Z3Y A; 3E30 A; 3OXG A; 3FTU A; 3L54 A; 4IN3 B; 3NZS A; 3B7T A; 3PRE A; 5BUZ A; 3C72 A; 2CG3 A; 2C0M A; 4BY6 A; 4XEI G; 2L9B A; 2EIM E; 3UT4 A; 3RSE G; 4I1O B; 2R02 A; 2MYO A; 3CHP A; 2XEN A; 3CHR A; 3EIJ A; 3PNT B; 4UWL A; 4O1P A; 5AJD A; 4JZY A; 1FVF A; 4J8E A; 4HOS A; 3ZVV A; 3BG0 B; 4Y6C A; 4ACL A; 2FF4 A; 4B93 B; 3FTW A; 2XCB A; 3HVE B; 3PEV B; 2R5S A; 1SZ9 A; 2KCK A; 4E85 A; 3D9M A; 1ELR A; 2ETC A; 3UTM A; 1FT1 A; 2WXF A; 3T9K A; 1TJC A; 1KT1 A; 1Y6I A; 1UG3 A; 4RSY A; 5J90 A; 2GRP B; 2WMO A; 4UQZ A; 3FTZ A; 3HDX A; 1G3N B; 1NFI E; 3NB2 A; 3Q7F A; 3CLJ A; 5KBA A; 4Q69 A; 2RD0 A; 2RFM A; 3Q47 B; 3UT7 A; 3HXB A; 4KZC A; 5CMY A; 2X6J A; 1MHQ A; 4FLH A; 4YVQ C; 1MJ0 A; 2P9P G; 1N0R A; 5EYL A; 2H6H A; 2GW1 A; 5ENP D; 4OVU A; 3B13 A; 2VYI A; 3CVL A; 4I43 A; 3EHN A; 1DCE A; 3ABL E; 3ZEF A; 2WXN A; 4GTR A; 1X81 A; 4BSX A; 2WXP A; 3S7F A; 4UQY A; 3UMV A; 1HG5 A; 2AXU A; 5FT9 A; 5M72 A; 3L6A A; 5BV1 A; 1N52 A; 3FTX A; 4GZD A; 1OCZ E; 4UUC A; 3MKQ B; 1BLX B; 4ILI A; 2WPV A; 2CFU A; 2V4L A; 2L6B A; 3PZD A; 4GYY A; 3HXE A; 1MYO A; 4G23 A; 3MEK A; 4UWH A; 4HOR A; 3IKO B; 3FU3 A; 3VLD A; 3MJW A; 4OAV B; 4O1O A; 1H2V C; 2EIN E; 2FBN A; 1Z3X A; 1DCQ A; 2F8Y A; 4XKB A; 1TNO A; 4ILH B; 1EF1 C; 3J5Q B; 5CCL A; 4L2L A; 1HX8 A; 2Y4U A; 2KZT B; 1SVX A; 4LNU D; 5JHB A; 4N2Q A; 2P58 C; 4G8K A; 5KJM A; 2XEE A; 2VGX B; 5B3S E; 4ABN A; 5BPP A; 3T5X A; 4HLL A; 5JA4 D; 4NRH B; 3LY8 A; 1KPS B; 4AXH A; 3IBE A; 3R7R A; 5LCW J; 1QQE A; 2YIN A; 2GRQ B; 4QFV A; 4L2Y A; 3FU0 A; 3L22 A; 3C5R A; 1NA0 A; 2FEZ A; 3FUM A; 3B7R L; 3FTS A; 4XI0 A; 1N4R A; 3UXG A; 3QOU A; 3CVY A; 5G05 J; 3N71 A; 5CER B; 3LVQ E; 3QWP A; 4A63 B; 1QNF A; 3MKR A; 4I2W A; 3UPV A; 1IHB A; 3HYM B; 4F1S A; 4I6J A; 1OUV A; 3DRA A; 2PZI A; 4BER A; 2ZU6 B; 4APF A; 1XNF A; 1OWN A; 2IFU A; 4AIF A; 4IYP A; 5AQA A; 3NQP A; 1EDU A; 2CG2 A; 4U8H A; 2L6J A; 4DPR A; 4GTS A; 3DSS A; 4MBG A; 3ULE G; 1FPP A; 2KBX A; 3PZ2 A; 3UIP C; 5HI7 A; 3UUX A; 4EZK A; 3LDZ A; 4U95 D; 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