4JN4A

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Chaperone protein DnaK
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Chaperone
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jn4A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jn4A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jn4A03
4BRNA 2P9LB 3FZLA 5AQFA 5AQPA 5I9EB 1X3NA 2YHWA 3ID8A 3H6EA 5JMVA 4B9QA 3CJBA 2E1YA 4WQ5C 1HKCA 3DPOA 4BC3A 1WOQA 3BEXA 2Q2RA 4QS8A 4C23A 1SZ2A 2ASPA 4BROA 5AQVA 2PBDA 3SK3A 2KHOA 4H0PA 4BGBA 4BRFA 4WYBA 4H5VA 4E81A 2FXUA 2V7YA 3LM9A 3TPQA 3U9ZA 4JD2A 5ADXH 3L3OM 3DQGA 4IJNA 3VF2A 4ISEA 1HJOA 4FSVA 5AQMA 3QICA 3QFUA 2P9PB 1KAYA 4IWVA 3FZMA 4EZNA 1MWMA 4E1JA 2DPNA 4MLHA 4BC5A 2WINM 1ATNA 2A3ZA 2BPRA 5AQYA 1XC3A 2IVPA 2QWOA 5AQSA 5JLFA 3FFKB 3GE1A 4EFHA 5AZIB 4YDUA 1NGHA 2E20A 4H5NA 3U8XA 3ZX2A 3O1WA 3VENA 3DOBA 2P9UA 1NGDA 3I8BA 3MMVA 2QWRA 3HI0A 1NGBA 2HF3A 3MN7A 4MLEA 4BRPA 3VEZA 2QFFA 3CERA 3N8EA 3B8AX 5AFUH 3O1BA 5AZJA 1BO5O 2VCPA 4K43A 7HSCA 2GUPA 3WT0A 4BRHA 4EZUA 3WEEB 3FGUA 5BRFA 5AQZA 1RDWX 2P9LA 3UKRB 1NLVA 1BOTO 3CJ7A 1V4TA 3I33A 3IFRA 1MA9B 2ITMA 5BPNA 5BRDA 5AQKA 3VESA 1RFQA 2YJEA 2W41A 3WUHA 3MCPA 4EZTA 2Q0RA 5TKYA 1BA0A 3LDPA 3M3ZA 3WQTA 2IVNA 3FLCO 4FO0A 3WXIA 1QQMA 4BR5A 4H03B 1YUWA 1RGIA 3AAQA 1ATSA 3FZHA 3H1QA 3IUCA 3CJ1A 1U2VB 3VF4A 4BRKA 3VGLA 3HBTA 4CZIA 1QZ6A 3H0XA 5LJVA 1E4FT 3GG4A 4WQ4A 1NWKA 2QWMA 4FWOA 2P9PA 1D4XA 4CBWA 2NRHA 4HY9A 3M6GA 4BVOA 1XUPO 2ASOA 4F01A 5AZIA 2VWBA 4JNEA 1GLEG 2CH6A 4EZZA 3EN9A 4EZWA 4BQLA 3IDHA 1GLAG 5KPTA 1H1VA 1C0FA 1QZ5A 3KVGA 3ZETB 4YDUC 2EWSA 2P9IB 5ELZA 3ATUA 1J6ZA 4RWTA 4J8FA 4H6IA 1T6DA 2P9NB 4PKHA 3W0LA 2E2PA 3U4LA 3WEEA 1ZBSA 3LDOA 1WUAA 4FL9A 3UKRA 5AQHA 4BR4A 4CZLA 1Y64A 3FE1A 4FWQA 2F9TA 5AQGA 4FWSA 4BC2A 1KXPA 3EL2A 5AQTA 2Q1NA 3O80A 3LDQA 4K25A 1U6ZA 3CETA 2P9KB 2YCHA 5AQLA 3LL3A 4BRGA 2QWPA 5AFUA 4DB3A 3FZFA 4FPBA 5CE3A 4CJ7A 1KAXA 1U00A 1TUYA 1U2VA 4EZVA 3T47A 1IJJA 2A42A 5JICA 1E4GT 4HWIA 4CZKA 4R5KA 2A5XA 4QS9A 1LOTB 3VEVA 5LY3A 4WQ4C 3GBTA 2E1ZA 5EXWA 3T48A 5AQWA 1DG4A 2GTDA 5AQXA 3T46A 1HPMA 4M7YA 5AQRA 4CZHA 1NGCA 3P4IA 4BRDA 3D7EO 1MWKA 2E2OA 1TUUA 3BF3A 1GLCG 2HOEA 2BUPA 3ZETA 4M7XA 2P9IA 4O5FA 4JAXA 3DXKA 4CZMA 3F9MA 2V52B 5BREA 2D4WA 2E2NA 2P9NA 3T4AG 1CKRA 4R5JA 4CD3A 3SLCA 5AQJA 1ZC6A 4I6MB 4JWIA 2CGJA 3OHXM 1NGIA 4MO4A 2FLOA 3GL1A 3AARA 4BC4A 4H5TA 3LDNA 5AR0A 3SMPA 3QDKA 5KPZA 5E84A 2I7PA 2P9KA 3C0BA 2QM1A 2NZTA 3CJ9A 1GLJO 3O08A 3R9PA 3UKUB 4O8KA 4BR0A 3QFPA 4ISGA 2A41A 2H3GX 3H45C 4CBXA 4BRMA 1BPRA 3QBXA 2Q0UA 4BRAA 1DGKN 2IIRA 2QWQA 4BG9A 1NM1A 2UYTA 3FR0A 1NBWA 4LC9B 5JLHA 3ZX3A 3HM8A 1ESVA 4HTLA 4DQ8A 2AA4A 4K41A 4JHDB 2J4RA 3HZ6A 1BDGA 1QHAA 5BPLA 2WUSA 4FOIA 4A2BA 3LDLA 1NMDA 5E26A 3O5BA 4H0XB 3R8EA 4BRQA 4EZOA 2QWNA 2OP6A 4EHTA 5EOYA 2OANA 4JN4A 2HMPA 3ATVA 3HTVA 4BRCA 4ISFA 3QNJA 5FPDA 2YHXA 2D0OA 2PAVA 4CZEA 3DXMB 2ZWHA 3A0IX 4I6MA 1X9JA 4EAHD 4CZJA 5ADXA 3L4IA 1X3MA 5B8HA 2CH5A 2Q31A 3DXKB 4IZ9A 2P9SB 3D2EB 2CGKA 5AQQA 3BP8A 2FSNA 1MDUB 1TYQB 1CZAN 3QMLA 1C0GA 4BRIA 3S41A 3UKUA 2ZGZA 2FF3B 4H0YB 4XH1A 1DKGD 3EO3A 3A5MC 4BG8A 4GY2B 3JXUA 2HF4A 3ZX0A 3AAPA 3DPPA 5F0XA 1JCFA 2FF6A 3H46O 3VEWA 2V51B 4DHYA 1S3XA 3U9DA 5FPNA 3H3OB 3A5LC 2CGLA 4B1YB 4BRLA 1DKXA 4JHDA 2FSKA 4B1VA 4QS7A 4CD1A 4IXCA 1QQNA 3EKSA 4A61A 4FPAA 4JWDA 4XH4A 4XEIA 1NGJA 2AP1A 3VEYA 2E2QA 3BF1A 3HSCA 3WQUA 1DKZA 3H1VX 1BG3A 3G25A 4CBUA 3MK6A 4EZQA 1HX1A 4H5RA 1YAGA 1HLUA 3W3DA 4FOEA 1T6CA 3DXMA 1DKYA 3DJCA 3WXLA 3EKUA 3D2FB 2QW9A 2F9WA 1HKGA 3VF6A 4B1UB 4PKGA 4AM6A 4EHUA 3JS6A 1Q18A 3UE5A 2P9SA 1GLFO 3D2EA 3J8AA 3SMSA 1K8KB 1TYQA 2IVOA 2A6AA 4Z94A 1SAZA 3AY9A 4BREA 3WXJA 1DEJA 4DCHA 4IJAA 3ULEB 3EZWA 1Q5LA 3ENOA 3ZEUB 3O6WA 5KPRA 1ZXOA 5F2RA 3CQYA 2W40A 5BPMA 1P8ZA 1SQKA 3GDQA 1IG8A 3TU5A 1Z6RA 3DPQA 2ZF5O 3LM2A 4IO8A 4K42A 4JNFA 4BR9A 1HUXA 3A5OC 3CHWA 4CZGA 3A8YA 4EZXA 4L3QA 5EX5A 4KBOA 4EZRA 2ASMA 4FWKA 1GLBG 2GELA 5KQ8A 2GEMA 4PL7A 3QB0A 3C7NB 5BN9A 5AQOA 4B1ZA 3VETA 1NGEA 3ENHA 4JWCA 3CIPA 3CI5A 3DAWA 3VGKA 3O4WA 4BR7A 4BQZA 4EZSA 1BA1A 4CZFA 1YXQA 4BR2A 1OKJA 2E8AA 1BU6O 4PL8A 1XQSC 5BRHA 3OHRA 4R5GA 1JCGA 2QWLA 3L6QA 2ZGYA 3VPZA 1HKBA 3MN9A 4H5WA 1YVNA 4H0TB 2QXLA 4B1WB 5EY4A 3GOIA 3D2FA 3RSEB 5AQIA 4RCHA 5FPMA 2Q97A 1BWFO 3VGMA 1EQYA 4AM7A 4WQ5A 2BTFA 1K8KA 1KAZA 3M1FA 5F1XA 4EZYA 4PKIA 3CJAA 5EVZA 1NGAA 2A40A 3ULEA 2GWJA 1ATRA 4JWEA 1G99A 3ZEUA 1NGFA 2V7ZA 4XH5A 2YHYA 4F9OA 5LJWA 4WV7A 4RTFD 1Z05A 4R5IA 4EZPA 4FWPA 4B1XB 3CQXA 4CI6A 3O8MA 1NGGA 3KZBA 4PO2A 3MDQA 4BGAA 3MN5A 3DWLA 3L0QA 2Q36A 5BR9A 4BVPA 4R5LA 1GLLO 4FWLA 3WXKA 4H6HA 1R59O 4JD2B 2NLXA 1GLDG 1S22A 4NO7A 4Y0WA 1JCEA 2D0PA 2VYPA 3VERA 2D1KA 4NB4A 3C7NA 4A62A 2YI1A 1BUPA 3SJHA 2I7NA 4M63C 3VEOA 3T49A 4FWNA 4FWMA 5AQUA 3VOVA 5KQDA 1LCUA 1T44A 4H0VB 4MO5A 1V4SA 4HYBA 2FSJA 3BUZB 3FZKA 3KHYA 5BN8A 4EIAA 4A2AA 2P9UB 3A5NC 2YJFA 3H3NO 2GWKA 3CJCA 4F00A 4WV5A 3RSEA 5FPEA 4H0OA 3R6MA 3VEXA 5AZJB 3QBWA 4FWRA 3MN6A 5AQNA 3UB5A 2E88A 3IMXA 4GNIA 1QQOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TL1A 1FKOA 2BH1A 4ILGB 2ZJRL 3N4PA 4FZZA 4NXMK 4E3CA 3ID8A 1FKPA 5JMVA 4DV2K 4B9QA 4E7IA 2E1YA 1HKCA 4E7HA 3DPOA 1S1VA 2Q2RA 2QA4N 4QS8A 4DLGA 4C23A 5AQVA 4H0PA 2FBVA 4HUGA 4WYBA 4DR3K 2V7YA 2P5OA 3LM9A 3RMBA 3TPQA 4DR5K 2QI2A 2OBLA 1HNZK 2RAJA 3VF2A 4ISEA 1HJOA 4CHZA 4MFBA 3THWB 4EZ9A 1MWMA 4E1JA 2DPNA 1F21A 3L2RA 5AQYA 4I2QA 4DV7K 4PQUA 3U8XA 4BACA 2C08A 3DOBA 2BGGA 3HI0A 4MLEA 2YL8A 4FLVA 1HNIA 3CYMA 2D0AA 5AFUH 5TKWA 2O8EA 1I39A 2VCPA 4K43A 7HSCA 4M3UA 3MXMA 3NGYA 4QCLA 3FGUA 1C1AA 4LF8K 1RDWX 3OVNA 3UKRB 5JLHA 3IFRA 5BR8K 3NH2A 2KFNA 3CC7N 1RFQA 3I04A 2YJEA 4ILJA 3C65A 2W00A 5TKYA 4KHWA 3WQTA 2IVNA 4FO0A 4W5NA 3SQ2A 1QHTA 3QEXA 4DTUA 4JV5K 4H03B 3TAEA 1RGIA 2YHAA 3ZT0A 2XY5A 4CJ3A 1ATSA 3NFAA 3FZHA 3H1QA 3ER9B 3DDFA 3IUCA 3VF4A 5LL6Z 4G1QA 4KAZA 1W2BM 2Z0VA 1VRUA 3GG4A 4WQ4A 2NRVA 1HXKA 4FWOA 3PSIA 3O3GA 4AHUA 1D4XA 3CCUN 4B8AB 3OYDA 4DSLA 3DLEA 3M6GA 3L2WA 1HYVA 3DX1A 1IBLK 3TSQA 3VQ7A 4CEOA 3V1QA 2RAKA 4F01A 3V1RA 3OS0A 3AGRA 3CC4N 1GLEG 3QEWA 4EZWA 4AILC 3IDHA 3HO1A 4N76A 4BNEA 1HNXK 4IWOA 2EWSA 4NCBA 3ERCC 4OJRA 3K59A 4M3ZA 3S3NA 5LMNK 2F7PA 3O3OB 4DU3A 3BVVA 1N36K 2P9NB 1N5YA 2E2PA 2O8CA 4DFPA 4K8ZA 2RT6A 5HRNA 5I3UA 5AQHA 4AZ7A 4WE1A 4CZLA 4CJPA 4YY3K 3CXCM 4AZ5A 1Q86O 5AQTA 3EZ5A 1XI1A 2UXBK 4OGCA 2FC0A 4Z4IA 3EJPA 5KBPA 3SOGA 3LL3A 4CJSA 2QWPA 5AFUA 4FPBA 3K2PA 4AZBA 2YIBA 1W9HA 3CCVN 3KDRA 3K58A 1KFDA 1TKTA 4CJVA 2ZD1A 1E4GT 2OPSA 4HWIA 4R5KA 4HCCA 4CF0A 4IOXA 3VEVA 3EYZA 3I0SA 3OBYA 2VGMA 4WQ4C 5H1SQ 3GBTA 3MXJA 2WBNA 3RR7A 3T48A 2MI7A 2XY8A 5AQXA 3OK8A 1SUFA 2Z0OA 3P4IA 5M1NA 4JKHA 1MWKA 2HVIA 3BF3A 1LV5A 3SUQA 2VGNA 3TABA 3ZSQA 2ZJQL 4IOCL 4C8KA 3DXKA 4CZMA 1VQ6N 3B52X 3F9MA 1EWRA 1Q9YA 3RMCA 1RBRA 3TR8A 2BE2A 3T4AG 2RN2A 5KTQA 4YOYA 1YTUA 3KWGA 4FM2A 2CGJA 3OHXM 1VQPN 1S6PA 1RDUA 4BC4A 4NCAA 1XNQK 4JI2K 1R5EA 3SMPA 3QDKA 3AO5A 4B9LA 1S1WA 2P9KA 1ZYQA 4M3XA 3CJ9A 3O4NA 3O08A 3R9PA 5GADP 4ISGA 2A41A 1KCFA 4E7KA 3HOSA 3QBXA 1N6QA 1UA1A 4MQ3A 3RMAA 4KTZA 2O4IA 4A5AA 5SZTA 3QINA 3FR0A 4LC9B 3DDGA 3HM8A 4FJXA 3CPWM 3LWMA 3I39X 3AVFA 3O3FA 4AHCA 1NKCA 2NNWA 2KTQA 3VKHA 1WBBA 2WUSA 4A2BA 3KTQA 4JKDA 5J1EA 3CD6N 2XY7A 5E26A 4BRQA 3WNHA 1VQ4N 2OANA 3ATVA 2B5JA 4DS5A 3M3WA 3QESA 4KB0A 1OVQA 1O7DC 4ISFA 4CEFA 1C0UA 3M8PA 3D50A 1WAJA 4CZEA 3DXMB 1E2UA 3T69A 5A2QO 2HHVA 2GA9D 5B8HA 3BVXA 2CH5A 4JI0K 3Q0KA 4B3RK 4OPHA 3PLAA 2FSNA 4GV3A 4BRIA 3S41A 3UKUA 5HRRA 1XNRK 2VG7A 3A5MC 1S9EA 4I2PA 3ZX0A 2O8FA 1FJGK 5F0XA 3TAQA 2HBJA 2V51B 4DHYA 2DY4A 1KQSM 2N3KA 4BWJA 4KRFA 2F7OA 3AVKA 3VQAA 3DYAA 3OBWA 1B9DA 4UY8O 3VQ9A 4JL9A 3HVTA 3QERA 2NRZA 4IM3A 4FLUA 3A5LC 2CGLA 1DKXA 3L8BA 1SS6A 1BI4A 3LANA 4CD1A 2ZM6K 3EKSA 4A61A 3JYTA 3CF5L 4CHPA 3BUIA 2AP1A 3VEYA 2LM0A 4L8RB 1HMVA 4I7FA 3G25A 3G4SN 3IRXA 2NRRA 4IM2A 1HX1A 4FM3A 1QVGM 2OO2A 3W3DA 5KRTA 3M8SA 1T6CA 1XMOK 3DLGA 1TKZA 2OPRA 4HR1A 4FM0A 3QNNA 1HKGA 1SU7A 3CFOA 1VSDA 1JL1A 1JLQA 3D2EA 4GVMA 4FK2A 3HYFA 1RTJA 4F3TA 4RG8A 1M90O 2IVOA 3LAKA 2A6AA 4Z94A 3AY9A 4PUOA 4FJMA 1HRHA 1SKWA 2VWKA 4KHPK 1QE1A 2FBYA 2VG6A 5KPRA 4YOVA 3CQYA 4FK0A 1P8ZA 3GDQA 1IG8A 3CCSN 3TU5A 1VSLA 3CQ8A 4UDYX 4CGFA 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 1RTI A;  4CJK A;  3M1F A;  4PKI A;  4IO9 L;  3T7Z A;  3JAM O;  1Q7Y O;  1RNH A;  3L2V A;  3VA0 A;  1NGA A;  4CE9 A;  3SV4 A;  3ULE A;  4DV5 K;  1ATR A;  2YLA A;  4ILI A;  3O9S A;  3ZEU A;  4NXN K;  2V7Z A;  3V81 A;  1JLG A;  5LJW A;  3KK3 A;  3P83 D;  3PX0 A;  2YI8 A;  1TAU A;  2LSN A;  3RRG A;  1HPZ A;  4O5B A;  3MDQ A;  1P90 A;  4R79 A;  2YL9 A;  3L0Q A;  4MDA A;  4LFA K;  2C1I A;  4AZG A;  4H6H A;  4JD2 B;  3THX A;  1S1X A;  2WOM A;  2D0P A;  3P5J A;  2VQE K;  3C7N A;  2RAI A;  3KLG A;  2YI1 A;  2ND1 A;  2NRX A;  1BUP A;  3SJH A;  3E01 A;  2I7N A;  1L3T A;  5JS1 A;  3T49 A;  4FWN A;  3EE8 A;  4A57 A;  1OH5 A;  3NE6 A;  1GOC A;  4HYB A;  1YTA A;  2I5J A;  3THY A;  5M1P A;  1X04 A;  3VQP A;  2PZS A;  2E6M A;  2YJF A;  4F00 A;  1NOZ A;  4H0O A;  4DF4 A;  3M8Q A;  1IKV A;  5AQN A;  4O0J A;  3UB5 A;  3HXM A;  3C6U A;  4GNI A;  1IKX A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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