4JN4A

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Chaperone
molecule keywords Chaperone protein DnaK
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jn4A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jn4A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jn4A03
1T6DA 2E2NA 3FZMA 3ULEA 2AA4A 1KXPA 4EFHA 4YDUA 4BRNA 4DB3A 2P9LB 4BRGA 4WQ5A 2W41A 1QHAA 2BUPA 1GLJO 3AARA 3WQUA 2IVOA 3GE1A 2H3GX 3L0QA 2D0PA 3VGLA 1BA1A 5EY4A 4H6HA 1TUYA 2Q0RA 3ZEUA 2OP6A 4IWVA 5JICA 5BRFA 4JN4A 2A41A 3GG4A 3DQGA 3FZFA 1WOQA 4Y0WA 4CD3A 3EO3A 3T4AG 3C7NA 2GWKA 3O80A 4H0VB 3ZX2A 3A5OC 5AQFA 2YCHA 4DHYA 2ZWHA 3L6QA 1C0GA 5EX5A 4CBXA 2E8AA 1HJOA 4J8FA 3U9DA 4FPAA 4WV5A 1QZ6A 1YXQA 4FWOA 1KAZA 4BC3A 2YHYA 1NGHA 3O4WA 3WUHA 1NGAA 4PKIA 4YDUC 2A6AA 2D4WA 1S22A 2ZGZA 3LL3A 1NGJA 1DKGD 2OANA 3JXUA 3TPQA 4H0XB 1G99A 5AQKA 3ENOA 4CJ7A 4PL8A 3H1QA 3H0XA 1V4TA 1GLBG 1X9JA 4B1XB 3BF3A 3AAQA 1T6CA 4JAXA 3DJCA 4CZEA 5BPNA 5AZJA 3QDKA 4BG8A 2I7NA 3WEEA 1K8KA 4JD2A 4BQLA 1MWKA 3L3OM 5AQGA 5AQMA 3ULEB 4R5IA 1NM1A 3DXMB 2Q0UA 3FZLA 3QBWA 1Q5LA 2VCPA 2FSKA 3LDLA 3N8EA 1SQKA 3WEEB 2HF3A 3IFRA 4BRDA 3VESA 1YAGA 4B1WB 4CZGA 5KPTA 4EZUA 2FF3B 2P9UA 3H46O 3I8BA 4HWIA 4EIAA 2QW9A 1C0FA 3CQYA 3SK3A 4BG9A 4FWKA 4CZKA 5LY3A 3VEZA 2E2OA 2ZF5O 4C23A 2YHWA 1BPRA 1CZAN 2E1ZA 3GOIA 4H5TA 5ADXH 2P9IA 3CIPA 1YVNA 3HBTA 5E84A 3ATVA 4EAHD 2E20A 3UKRB 5AQPA 5FPMA 3HTVA 3R6MA 2P9LA 3CJ1A 3H1VX 3W3DA 4EZRA 4E1JA 3QICA 3O1WA 2ITMA 1X3NA 2ZGYA 4BRAA 2P9KA 2GUPA 4R5LA 3VGKA 3A5MC 1HLUA 1QZ5A 3IMXA 2J4RA 2YJFA 3O1BA 5B8HA 1GLLO 5AZIA 4M7XA 3MCPA 4H0YB 3SMPA 1RFQA 3F9MA 3DAWA 4K42A 4BGAA 3DXMA 1T44A 3CQXA 3VF6A 4MLHA 3GDQA 5EVZA 5BPLA 3FLCO 3T46A 3A5NC 1BUPA 3ID8A 4JD2B 3WXJA 2KHOA 4FO0A 5BN8A 2YJEA 1RGIA 3O8MA 3EKSA 1HPMA 3H3NO 1Z05A 1YUWA 3WXLA 3CJCA 3ATUA 3FE1A 2A5XA 1DGKN 3CJ7A 3AY9A 3H6EA 4BROA 3O6WA 2E2PA 3P4IA 5JLHA 4WQ4A 1DG4A 1WUAA 4NB4A 1NGFA 4CZIA 4WV7A 4K41A 5TKYA 2I7PA 1HKBA 4H0TB 4IJNA 5EXWA 1Q18A 4IO8A 1HKGA 4JWDA 4EZNA 1XQSC 2V7ZA 4I6MA 3SMSA 5JLFA 4FL9A 3HM8A 2QWQA 2CGLA 5AQYA 4EZSA 2DPNA 1U2VB 4A61A 2QWMA 3FGUA 2F9TA 1HX1A 4JHDB 5FPDA 2IIRA 3DWLA 1TYQA 3KZBA 4QS9A 3MDQA 3VEXA 3A8YA 1GLEG 4CI6A 4BR5A 1HUXA 2IVNA 2A40A 2WINM 1GLDG 1GLAG 1BDGA 1NGBA 4BVPA 4EZTA 4M7YA 3QNJA 1DKXA 2P9UB 3A0IX 4WYBA 3BEXA 1QQNA 5LJVA 4FOEA 3VEOA 4EZPA 1Y64A 5BN9A 2P9SB 3HSCA 3VPZA 2WUSA 4E81A 4R5JA 3T49A 3OHRA 2GEMA 1ESVA 2P9KB 2UYTA 4KBOA 3U9ZA 4JWIA 2GWJA 3D2EA 3I33A 2W40A 3FZHA 5ELZA 3ZETA 1U2VA 4EHTA 1IJJA 3MN9A 4CZHA 3WQTA 1R59O 5ADXA 3D2FB 4BVOA 3VEYA 2NLXA 3UKUB 3GL1A 5AQZA 4DQ8A 4BR7A 3M6GA 4BRCA 5AQIA 3DOBA 4EZZA 3L4IA 4JNFA 4BRFA 4FWPA 5AQJA 4PL7A 4QS8A 4B1UB 3HI0A 4F9OA 3CJAA 4WQ5C 1NWKA 3R8EA 2E2QA 1BG3A 1Z6RA 2AP1A 2IVPA 3M3ZA 5F2RA 4CZMA 2ASPA 1GLCG 1HKCA 4EHUA 1NGEA 4I6MB 2QWRA 1OKJA 1NBWA 4FOIA 1U00A 3C7NB 4ISFA 5E26A 3CETA 4A62A 2NZTA 1BO5O 3FZKA 5FPNA 1X3MA 2P9SA 1NGIA 5AZJB 3VOVA 5AZIB 4K25A 3EKUA 4H5RA 2V51B 4PKGA 2FF6A 5BRDA 1ATSA 2P9NB 3EN9A 1KAYA 1LCUA 3UE5A 3WXKA 3LDOA 3S41A 5JMVA 2HOEA 1NMDA 3CHWA 3ZX3A 1QQMA 1D4XA 1J6ZA 2BTFA 4IJAA 2E88A 1BWFO 3MMVA 2CGJA 3T48A 4PKHA 1TYQB 3T47A 4EZYA 4XH5A 4ISGA 3O5BA 3ZETB 4BC4A 5BPMA 3LM9A 4R5KA 3JS6A 4BQZA 3SLCA 3J8AA 2VWBA 4QS7A 4HYBA 4BGBA 2P9PB 2V7YA 3QB0A 4RTFD 4A2BA 1MDUB 3VENA 1S3XA 2CGKA 4XH1A 4DCHA 4JWCA 2VYPA 3CJBA 1ATRA 4AM7A 4MO5A 4BRKA 4XH4A 1JCEA 3H3OB 2P9NA 3MN7A 2QWOA 3ENHA 3W0LA 1V4SA 1NGDA 3C0BA 2HF4A 3MN6A 3VETA 3KHYA 3O08A 4BR0A 3DPQA 4FWQA 3CI5A 3M1FA 4CZLA 3BF1A 1DKZA 2Q1NA 3U4LA 4CD1A 1MWMA 3R9PA 4B9QA 4A2AA 2E1YA 3EL2A 4IXCA 3D7EO 5KPRA 4BR2A 4FWMA 5AR0A 3CERA 4AM6A 1KAXA 4R5GA 4FWLA 3FR0A 4JWEA 4B1YB 5AQVA 4NO7A 2QM1A 1H1VA 1E4GT 2Q2RA 3VERA 4HTLA 4EZQA 1DKYA 3CJ9A 4HY9A 4B1ZA 1U6ZA 3EZWA 3ZX0A 4H6IA 1SZ2A 2HMPA 1E4FT 4IZ9A 2QWLA 5KPZA 4JNEA 4F01A 4L3QA 5EOYA 4JHDA 5AFUA 4EZWA 3A5LC 4PO2A 1MA9B 4BC2A 3MN5A 1BA0A 2D0OA 3DXKB 2EWSA 4H5NA 3LDNA 1EQYA 5F0XA 5F1XA 1CKRA 3DXKA 3D2EB 2QWNA 3VF2A 3WT0A 2QXLA 2Q97A 4O8KA 4MLEA 1TUUA 3QFPA 3HZ6A 3RSEA 1DEJA 5FPEA 4MO4A 5AQUA 3OHXM 4BRIA 3VGMA 1ZXOA 3GBTA 3SJHA 3D2FA 1GLFO 4ISEA 4FWNA 3B8AX 4BRQA 3UB5A 5AFUH 5I9EB 4RWTA 4Z94A 3LM2A 2P9PA 2Q36A 5AQLA 3WXIA 4H5VA 4FPBA 3BP8A 3TU5A 4H0PA 2QWPA 5AQNA 4CZFA 4K43A 2A3ZA 4WQ4C 2P9IB 3G25A 3BUZB 1RDWX 4EZVA 4BRHA 4CBWA 3QMLA 1BOTO 2YHXA 1K8KB 2FLOA 2YI1A 1JCFA 4BR4A 4CZJA 2ASMA 2PAVA 2CH5A 3AAPA 1NGGA 3DPOA 4BRMA 3ZEUB 4BREA 4RCHA 2FSJA 4H5WA 1NLVA 1ZC6A 2GELA 2D1KA 2ASOA 3RSEB 4FWRA 4M63C 5BREA 5LJWA 1ZBSA 5AQXA 2V52B 5KQDA 3MK6A 4CBUA 2F9WA 2NRHA 3UKUA 2QFFA 3H45C 5KQ8A 5BR9A 1JCGA 4XEIA 5AQRA 4BRPA 4BC5A 5AQWA 3DPPA 3UKRA 5CE3A 1P8ZA 5AQQA 3VF4A 4BR9A 4GY2B 1BU6O 3QBXA 4B1VA 2FSNA 5AQOA 4FSVA 3VEWA 5BRHA 5AQSA 4H03B 4F00A 1LOTB 2FXUA 2CH6A 1NGCA 4EZXA 4LC9B 5AQHA 5AQTA 1ATNA 3LDQA 1SAZA 3QFUA 3IDHA 2BPRA 3IUCA 1IG8A 3U8XA 3FFKB 4EZOA 7HSCA 4H0OA 3VEVA 4FWSA 4BRLA 2A42A 2GTDA 2Q31A 3LDPA 1QQOA 1XC3A 1XUPO 2PBDA 4O5FA 3KVGA 4GNIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IM0A 1T6DA 4CHZA 4DSJA 1HQEA 3FZMA 1KXPA 4PWDA 4W5RA 4CEZA 2X6NA 4C1NI 4BRGA 4WQ5A 4B8AB 4LF8K 3DX1A 1QHAA 2GF4A 3NVKA 4DU4A 4KIKB 2VG5A 2O8FB 3AO2A 2IVOA 3GE1A 1ZYQA 3L2VA 2MI7A 4H6HA 2OP6A 3CXCM 4AF1A 2A41A 4IM3A 1KLMA 3B52X 1WOQA 2IDOA 3SOGA 4JI3K 2BE2A 3ER9B 1W9MA 1XMQK 3O3OB 3C7NA 2GWKA 3A5OC 5AQFA 2YCHA 3CM5A 3U3GA 1X9WA 4X64K 2F8TA 1JLFA 1O7DB 3THWA 4CBXA 2E8AA 5FRNA 5BR8K 4FLZA 3BZCA 1YXQA 1TQWA 4FWOA 4Z4CA 1KD1O 2C08A 3CMEN 1XNQK 3P1GA 4EP5A 4H8KA 3VQAA 5FLXO 4DLEA 3TAQA 2W42A 1NGHA 3G9GA 4KO0A 4PKIA 1HTYA 1M1KO 2D4WA 3ASMA 4RW4A 2NRRA 2OANA 3JXUA 5AQKA 1G99A 4FJHA 4BE2A 4CJ7A 4CIFA 4I9LA 1V4TA 4B08A 3MCAB 3OYNA 3EJPA 2ZD1A 3BUIA 5BPNA 3DJCA 3QDKA 1SL0A 1JL2A 3F7WA 1Y97A 4DSEA 3NF8A 4CEOA 1C1AA 1RDDA 3SPYA 4IG3A 3NBPA 3T19A 4LFCK 3FZLA 2Q0UA 1JXEA 3LDLA 2VCPA 3CCRN 3WEEB 4BRDA 2FC0A 1YJWN 5KPTA 4GMJB 2FF3B 4HUFA 4HWIA 2BDPA 4E7IA 1C0FA 2OZSA 2R7YA 4BG9A 4DV1K 3CF5L 5LY3A 5KGWA 3CC2N 3CPWM 1BPRA 5CR4A 1L3SA 1LWCA 5C5BA 1NOZA 2P9IA 2NRWA 3J7YP 4E7JA 4LSLA 1TAQA 1DT9A 3FFIA 1HNXK 2O8DB 3AVLA 3W3DA 2NRVA 2XY6A 3BUQA 1A5WA 4BRAA 2GA9D 3EYZA 3CM6A 3HT3A 1OH6A 3P5JA 5HRPA 3C6UA 4DTNA 3SAHA 2J4RA 4JI2K 5DK5A 2YL6A 4AZBA 1YHQN 4UQGA 1QVFM 4YOXA 3QWEA 3L3UA 1NMNA 3VEBA 4OLAA 3GDQA 3NCIA 3G71N 2OPPA 4ZTFA 3ID8A 2LXYA 4JD2B 5LL6Z 4FO0A 3F73A 1RGIA 3H3NO 1RBSA 3ATUA 3I04A 5CYQA 1DGKN 1GOBA 1R33A 3HP6A 4CJUA 4XJXA 5J2MA 4KHNA 4E3CA 4WV7A 4K41A 1J5EK 3QEWA 2I7PA 5EXWA 2RAJA 1Q18A 3SQ1A 2ZJRL 2YNFA 4EZNA 4DFJA 2IOCA 3KLEA 3ZLJA 2PMRA 4CJEA 5AQYA 1DLOA 1ZBIA 2OPRA 2WYHA 2ZJQL 4I43A 2QWMA 3RRHA 3V4IA 1NK5A 3V9WA 2F9TA 4MFBA 3V1RA 3BVVA 1TYQA 4C8MA 3CCUN 1XMOK 1NK0A 1B92A 3K0SA 3NVMA 1NJXA 5JVGL 1GLEG 4BR5A 1RDBA 3AO5A 3AVFA 2A40A 1BL3A 1GLDG 2HB5A 4F8RA 3RV1A 3CCEN 1GLAG 1QS4A 3HAIA 1BDGA 3J7AP 4BVPA 3AVMA 1B9FA 4FXDA 3QNJA 3MEEA 3RMCA 1DKXA 3QEPA 4KHWA 3ACOA 2E6MA 2P9UB 3A0IX 4WYBA 4HUEA 5LJVA 1XHXA 3VEOA 4EZPA 1Y64A 2X3WA 1HRHA 1WB9A 4FCYA 2WUSA 4H8SA 4CJPA 2UYTA 1ESVA 4X66K 1CZ9A 1W9HA 3I33A 4YOVA 5ELZA 4NCBA 2B5JA 4EHTA 4ILGA 3ZSQA 2YL9A 3KD1E 1R59O 1GOAA 5ADXA 3VN5A 3D2FB 3PUFA 4CJ5A 3JYTA 4KH5A 4OKEA 3UKUB 1S6PA 2UUCK 3KWIA 5AQIA 2D1LA 3L4IA 4NCAA 4FWPA 5AQJA 1YWMA 3E9OA 5C25A 3SNNA 4WCEL 2YKTA 4WQ5C 4JI4K 1GNTA 3RRGA 2IVPA 4Z4EA 3E9PA 4EZ6A 3PO5A 1HKCA 1SKWA 4EHUA 3PIPL 2F7PA 3NGYA 2QWRA 1NBWA 2DFEA 4FOIA 4MDBA 4A62A 2NZTA 3AGKA 4WFNL 5CYMA 5FDLA 1X3MA 4NYFA 3LALA 4JKAA 3SQ0A 1CZBA 4JKFA 2O8CA 4H5RA 1ATSA 3EN9A 1LCUA 4FM0A 3OY9A 4C8KA 4CEAA 3S41A 4FJ8A 4OO1J 2X5CA 1NMDA 3ZX3A 2PFUA 3VQ4A 1J6ZA 4IJAA 3OVNA 2E88A 3JSMA 4PKHA 3T48A 3T47A 4EZYA 5GAEP 3O5BA 4JYAK 3PY8A 3OYGA 5TKWA 2NRTA 4CESA 4JS4A 3D51A 3QB0A 2V7YA 4K0KK 3VQBA 1VQMN 1JXBA 3RMBA 1RT3A 3BVWA 3I8DA 4BDPA 4BWJA 4F3OA 3NH0A 1ATRA 4CHNA 4MO5A 1RT1A 3EJRA 1NKCA 3W0LA 1RNHA 3NH1A 3A98A 3C0BA 1EWQA 1VHXA 3MN6A 4IM2A 3K2PA 2HSTA 4NQIA 3WNEA 2NCZA 2HNDA 1HR0K 3M1FA 3HXMA 4DYLA 4M3WA 5HLFA 4B9QA 4A2AA 2WONA 4IXCA 2HVIA 4KH4A 4FWMA 4AM6A 3CERA 1KAXA 5AQVA 3QNIA 1H1VA 1C6VA 1ZBLA 3VERA 1NJYA 5D3GA 1OA0A 4FJJA 1KFSA 1D5AA 4CVNE 4B1ZA 4IFVA 1E4FT 1TKTA 2F96A 1RT2A 4NSWA 3ZSYA 4KTWA 2NUBA 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 1OH7 A;  1HYV A;  4IKF A;  4WQ4 C;  4LSN A;  2YL8 A;  3BUZ B;  4CFB A;  3OTO K;  4BRH A;  1BOT O;  2FLO A;  2YI1 A;  1JCF A;  4DV4 K;  1ZBH A;  1NGG A;  3DPO A;  2UUB K;  3DYA A;  3A2F A;  5HRN A;  4DTJ A;  4RCH A;  2P5O A;  1J53 A;  4DV5 K;  2QEX N;  2EFL A;  3RSE B;  5BRE A;  4UY8 O;  1ZBS A;  1JL1 A;  2V52 B;  3QER A;  4EP4 A;  3UKU A;  3DLE A;  2QFF A;  4Z4H A;  3DX3 A;  4IG0 A;  5K14 A;  1CXQ A;  1TQT A;  3UKR A;  5CE3 A;  4ILG B;  1KVB A;  2KTQ A;  3CAZ A;  4GY2 B;  3NH2 A;  4KHS A;  4JEP A;  3VEW A;  5AQS A;  5T7B A;  1I4D A;  4F00 A;  1LOT B;  5LMN K;  2OZM A;  4EZX A;  3QIN A;  4LC9 B;  1SAZ A;  3QFU A;  4AQY K;  3IDH A;  2BPR A;  1NOY A;  1IG8 A;  2X78 A;  3U8X A;  3IKM A;  1DTT A;  3V9X A;  4CGF A;  3JAM O;  3ZT1 A;  1VRU A;  5C24 A;  3WXM B;  4FWS A;  4BRL A;  2GTD A;  3CFP A;  2JGU A;  1XC3 A;  1FKO A;  2Z1J A;  5I3U A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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