4JN4A

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
b'SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chaperone protein DnaK
source organism Escherichia coli
molecule tags Chaperone
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jn4A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jn4A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jn4A03
3DOBA 3FZFA 4BVPA 1ATNA 5BREA 3I33A 2P9SA 4KBOA 1Z05A 1HLUA 4CI6A 4B1UB 4CZFA 3CJCA 2YI1A 1EQYA 2D4WA 4BRPA 4EFHA 5BPLA 2YJFA 4JNEA 4EIAA 3H45C 4F00A 2Q0UA 5AZIA 4JNFA 1BA0A 3FR0A 3DXKA 1ESVA 3MN9A 3T4AG 3L4IA 3WUHA 5AQXA 3OHRA 4Y0WA 3VPZA 5ADXA 1NMDA 2IVOA 3S41A 1X9JA 4J8FA 4EHTA 2QWOA 4L3QA 3QDKA 4H0OA 1S22A 1Q5LA 2QWNA 3ENOA 1GLAG 4NO7A 3ZETB 2V51B 4DCHA 3BUZB 1DKYA 1BO5O 3I8BA 4BR5A 4LC9B 4BRCA 3SLCA 1XQSC 2WUSA 2GTDA 5FPNA 5AFUH 3UB5A 4BRNA 2IIRA 3D2FB 1GLCG 4BRHA 3ENHA 3C0BA 1C0FA 4JWEA 5F2RA 1MWMA 1GLJO 5AQJA 3U4LA 4H0XB 2GWKA 3O4WA 3CETA 3IUCA 4FO0A 1T6CA 2QWLA 1TYQB 1TUYA 2P9IA 2ITMA 4BR7A 4BGBA 4CD3A 3HI0A 1HPMA 3UKRA 5BRDA 3WQUA 3ATUA 5AQRA 2VYPA 4K41A 2P9KB 1MWKA 3G25A 4F9OA 1GLEG 2QWQA 3GG4A 2HF3A 3O08A 5TKYA 4BRLA 1QZ5A 2W40A 1NGCA 4FWOA 3WQTA 5B8HA 5AQYA 1HKBA 2ZF5O 4FOIA 2GWJA 1NGFA 1GLBG 1NGAA 2A42A 3QFUA 4FWMA 3T46A 3M3ZA 5AR0A 4YDUC 2EWSA 3A5MC 1YAGA 4WV5A 3CJ7A 3WEEA 1S3XA 5EVZA 1MA9B 4CZLA 5EY4A 1NGBA 4BRGA 2V7ZA 4QS8A 4FL9A 3BEXA 1KXPA 2P9PB 5AQUA 3VEWA 4CD1A 4CJ7A 4MO5A 4F01A 4H03B 3QBWA 3O8MA 3VEVA 1DGKN 2FSNA 3CI5A 3QB0A 2DPNA 4EZXA 3A5OC 4CBWA 2GUPA 3TPQA 3WT0A 2D0OA 4B1WB 2CGJA 4B9QA 3CJBA 4CZEA 3ULEA 1GLDG 4M7YA 4FWPA 4CBXA 1LCUA 3BF1A 2P9NA 3H3OB 3HBTA 4A61A 5JMVA 4R5KA 2E2PA 3D2EB 3GOIA 3UKUA 3A0IX 1NGJA 2FF6A 3DXMA 1DKGD 2P9SB 5AQNA 1NWKA 5BN9A 2Q1NA 5BPNA 3LDPA 2QXLA 4GNIA 3VGLA 4H0PA 4PO2A 3LM2A 1G99A 2WINM 3DQGA 1ATRA 2HF4A 2D1KA 2I7PA 4Z94A 3LM9A 3SK3A 5AQTA 1GLFO 4MO4A 1T44A 1NGHA 3U9DA 4BG8A 3B8AX 4ISGA 3DXKB 2FSJA 3JXUA 3LDQA 5ELZA 4CBUA 2P9LA 1BA1A 3EZWA 2P9UA 1TUUA 2Q97A 4AM6A 4R5LA 2GELA 2V7YA 5EX5A 4EAHD 1IJJA 4JHDB 3VESA 4BR9A 2CGLA 3ZEUB 4FWSA 1NGDA 3CERA 4JN4A 3KHYA 3H46O 2A40A 1ATSA 2VWBA 2W41A 5FPMA 3R9PA 1V4SA 1JCEA 4H5TA 2YHXA 4FWLA 2E1ZA 2Q0RA 3DPPA 2QWRA 4JD2B 4BR4A 4BRMA 4BRAA 3VEYA 1X3NA 5AQLA 2FXUA 2QM1A 3FGUA 4A2AA 4WQ4A 1RDWX 1SQKA 1WUAA 3GBTA 4WQ5A 5AQVA 5BPMA 1RFQA 1E4FT 3T47A 2YJEA 2E2OA 3UE5A 5AQHA 1U00A 5BRHA 3SJHA 4BRFA 2BPRA 1GLLO 1ZXOA 1DKXA 5ADXH 2YHWA 5AZJB 1U2VB 5KPZA 1MDUB 4K42A 3EO3A 1K8KB 5KQDA 3R6MA 2NZTA 3H1VX 4H5WA 3CIPA 5F0XA 4R5JA 4DHYA 4B1YB 1SZ2A 4QS9A 3JS6A 3W0LA 7HSCA 1BUPA 5AQIA 1P8ZA 2A41A 1LOTB 4A62A 4AM7A 4EZTA 1NGGA 1HKCA 3FZLA 3C7NB 4BC5A 4A2BA 4WV7A 1BU6O 2ZWHA 1XUPO 3R8EA 3VETA 3VEXA 2QWMA 4C23A 4CZKA 3AARA 3ZETA 3QNJA 3U9ZA 3CHWA 5BR9A 4H5NA 1NBWA 4I6MA 3W3DA 4FWQA 3FZKA 5I9EB 3FE1A 2FSKA 3CJ1A 3D2FA 1QQMA 2F9TA 5AQQA 1H1VA 1HUXA 2Q2RA 3DXMB 4BQLA 1TYQA 4JWIA 3OHXM 5JLHA 3EKSA 2D0PA 4FWRA 2PBDA 4R5GA 3VGMA 3SMPA 1NGEA 2AA4A 1NM1A 3AAQA 1BOTO 3IMXA 3MN5A 3RSEB 4FWKA 3WXKA 4PL8A 1HJOA 4H0TB 5AQPA 2QW9A 2P9LB 4DQ8A 1OKJA 4E1JA 5LJWA 3MDQA 4BG9A 4EZSA 1IG8A 4EZOA 3QBXA 2H3GX 4BRKA 4CZJA 1J6ZA 4BQZA 4HY9A 1RGIA 5E84A 2E2QA 4FSVA 5AZIB 4RCHA 3WXIA 4H6IA 4XH4A 5AQOA 5LJVA 1R59O 3MN7A 2I7NA 1BPRA 4K43A 4B1XB 4CZHA 1Z6RA 3HSCA 4MLEA 1NLVA 3AY9A 2J4RA 4BRDA 5BRFA 2E2NA 1T6DA 3VEOA 5FPDA 3EN9A 4EZYA 3H1QA 4IXCA 4B1ZA 3A8YA 3DAWA 4BC2A 2FF3B 3L3OM 4O5FA 4EZWA 4NB4A 1KAYA 2ZGZA 3TU5A 3A5NC 4DB3A 2A5XA 3O5BA 3VOVA 4BREA 5JLFA 4H6HA 4H5VA 4PL7A 3DJCA 3CJ9A 3VENA 3T49A 3BF3A 3P4IA 1YXQA 4CZMA 3D2EA 3LDOA 4K25A 3T48A 4BRIA 3HM8A 4BC4A 2V52B 3H6EA 4QS7A 4M63C 5AQZA 2GEMA 3BP8A 4H0VB 2QWPA 1YUWA 3CJAA 2ASMA 3QFPA 1X3MA 3MCPA 1U6ZA 5AFUA 4ISFA 2PAVA 2P9IB 3FFKB 1XC3A 5AQSA 4HTLA 3HTVA 3KZBA 3UKRB 4O8KA 4WQ4C 4BC3A 4WQ5C 1KAXA 4HYBA 4EZQA 4BR0A 4JWDA 3A5LC 3EL2A 3GDQA 4H0YB 3MK6A 4RTFD 4EZUA 4EZZA 3KVGA 2YHYA 3ATVA 4EZNA 2VCPA 3DPQA 3O80A 4FOEA 1DEJA 2A6AA 2E20A 4JHDA 4FPBA 4FPAA 3ZEUA 4ISEA 5FPEA 4E81A 3ZX0A 4PKGA 2CGKA 3WEEB 4I6MB 1KAZA 5AQWA 3WXLA 3CQXA 3FLCO 3QMLA 3N8EA 1CKRA 4JD2A 2NLXA 4XH1A 1D4XA 1HKGA 1BDGA 1BG3A 3CQYA 4FWNA 4EZPA 4R5IA 5KPTA 5AQGA 2CH5A 3VF4A 4EHUA 2ASOA 3MMVA 3DPOA 1JCGA 5KQ8A 3ULEB 4GY2B 3L0QA 5CE3A 3U8XA 1QZ6A 2F9WA 5EOYA 3J8AA 1QQNA 4IWVA 2P9NB 3O6WA 1JCFA 4XEIA 2E1YA 1DG4A 2FLOA 3ID8A 3ZX3A 2NRHA 4PKHA 3UKUB 3VF6A 2IVPA 4B1VA 4IO8A 1U2VA 4IJAA 5AZJA 4H5RA 3VEZA 2QFFA 1K8KA 4PKIA 5EXWA 4YDUA 2Q36A 1DKZA 4RWTA 4JWCA 5E26A 3EKUA 3FZHA 3VGKA 2P9KA 1Y64A 1SAZA 2IVNA 2OANA 3O1WA 4HWIA 4BROA 1ZBSA 4BR2A 2KHOA 1YVNA 1CZAN 3QICA 2ASPA 2CH6A 3SMSA 3LDNA 3C7NA 4EZRA 2HMPA 4EZVA 2E88A 3VF2A 5KPRA 4BVOA 4WYBA 2ZGYA 1E4GT 2P9UB 4BRQA 2BUPA 4M7XA 5LY3A 2E8AA 5AQMA 3ZX2A 1BWFO 2UYTA 4XH5A 1HX1A 3F9MA 3GL1A 3MN6A 1QQOA 5F1XA 4BGAA 3IDHA 3VERA 2OP6A 2P9PA 2AP1A 1NGIA 3DWLA 3LDLA 4CZGA 4IZ9A 3H0XA 5AQKA 5JICA 4CZIA 2YCHA 1Q18A 2A3ZA 1V4TA 4JAXA 1QHAA 3GE1A 2BTFA 5AQFA 5BN8A 3AAPA 2Q31A 3LL3A 4IJNA 3WXJA 3M1FA 3H3NO 3M6GA 1C0GA 3D7EO 2HOEA 4MLHA 3L6QA 3FZMA 3IFRA 1ZC6A 3O1BA 3HZ6A 1WOQA 3RSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HVRA 3DOBA 3I33A 4FJJA 1WB9A 4M3ZA 2LXYA 5M1QA 4KBOA 1HLUA 4HTUA 3CCRN 2I5JA 4B1UB 3ZSYA 1ZWWA 4CGDA 4NYNA 4OPKA 3QNOA 4EIAA 3QO9A 5AZIA 4JNFA 3FR0A 5LL6Z 3DXKA 1ESVA 3T4AG 3V9XA 3P39A 1TKDA 4B9TA 3AVBA 2YL9A 4Y0WA 5ADXA 1S72N 2P5OA 3VQ9A 1PS3A 3C6UA 1OH8A 1RBRA 3ZSOA 3IKMA 4J8FA 3AVKA 2QWOA 5DM7L 2YIAA 3NF9A 2HW3A 3MAQA 3DMJA 3F73A 1GLAG 3B6OA 2O8FA 4OKKA 3ZETB 3BUZB 1DKYA 4BR5A 1XHZA 4BRCA 1I4LA 1E3MA 4CESA 3TTDA 3SAHA 2WUSA 2IIRA 4U7BA 4DU1A 4FJXA 3E9PA 1RBUA 1I4DA 3NMUA 4KIKB 1RBVA 3DI6A 3CETA 4FO0A 1T6CA 4KRFA 4CJQA 2P9IA 2ITMA 4BR7A 3SPZA 1HPMA 3E9LA 1RTHA 3ATUA 5AQRA 4KTQA 2P9KB 4JI0K 3IG1A 3G25A 4AHSA 4FZOA 3ASMA 4KHPK 2HF3A 5TKYA 4I7FA 1NGCA 3WQTA 1TQVA 1L3VA 3BZKA 2GWJA 1NGFA 3KIOA 4K8ZA 1QS4A 4X62K 2EWSA 5GAGP 1SU7A 3CJ7A 4WV5A 3VQBA 3VQAA 1DLOA 3OJUA 3CQ8A 4BE0A 4FL9A 3VEWA 5AQUA 5GIPA 4CJ7A 3Q7CA 1S6PA 5T7BA 3KKRA 3CC4N 1LW0A 4H03B 4DQIA 5KGXA 3QBWA 1KRPA 4EZXA 3A5OC 3J7ZO 3TPQA 4DSJA 3PO4A 4B9QA 4FJKA 3ULEA 4J2DA 1Q7YO 4M7YA 1QVFM 3ZEDA 1GNLA 3LZIA 3SYVA 2GA9D 1Z26A 2G8WA 1BCMA 3SZ2A 4E7IA 4FLUA 1IBMK 5CYQA 2WC9A 4DFJA 3UKUA 3A0IX 1YIJN 2FF6A 3DXMA 4FJ5A 3CC7N 2Q1NA 4MFBA 1N5YA 3THYA 4PO2A 3LM2A 2HHQA 1G99A 1I49A 4Z4CA 4YOWA 3SK3A 4RW6A 1EETA 5SWMA 1T44A 2VQEK 1NK4A 5J1EA 4KPYA 1EP4A 3LDQA 3K5MA 3G0ZA 2X3XA 4FM2A 3VTHA 4IWPA 3MXJA 1ZBUA 5C2FA 3J81O 4JI5K 4M42A 4R5LA 3AVJA 4DWIA 4LH5A 3SBTA 2D0CA 2GELA 3HOSA 3K5LA 2DFFA 4BR9A 5IT9O 3C6HA 1MJGA 4FVUA 5GAEP 3KHYA 1EWQA 2W41A 5FPMA 1V4SA 2E5LK 1HQEA 1T8EA 1BI4B 3DPPA 4DF4A 1WSEA 4PQUA 4B08A 4BR4A 3THVA 3C94A 2D1LA 3ER9B 4WPEA 4HVJA 3QNIA 2FXUA 3AA5X 4B9UA 1SUFA 5J2MA 2WOMA 2IS3A 4ZTJA 3QNNA 1B9DA 5AQVA 4HCCA 1J9AA 3K5NA 2ZJPL 3T47A 2OYQA 2E2OA 3TR8A 3SUOA 3OYMA 5KTQA 3SJHA 4BRFA 1U4BA 2BPRA 2YHWA 3VQPA 2YX6A 3EO3A 5KQDA 3EYZA 3F7WA 2NZTA 4DQQA 1KLNA 3CIPA 4IOAL 3ACOA 4QAGA 4FZXC 1SZ2A 4QS9A 1RDCA 1QVGM 5JENA 1P8ZA 4GV3A 3CFPA 3DX3A 4BC5A 2YL8A 4DSFA 2NRTA 4H4OA 2ZWHA 1IH7A 3R8EA 3O3MB 3G4SN 1VSLA 5LMNK 3R1XA 4Z4EA 3ZETA 2YNHA 1UAXA 3CHWA 5BR9A 4H5NA 4FLYA 4FWQA 3FZKA 3CVRA 2FSKA 3O3HA 1HNVA 1R0AA 2ATQA 1VQMN 4IFVA 1HNXK 1HUXA 4CJRA 1Q8IA 4BQLA 2PYJA 3EE8A 2PYLA 4JWIA 1I39A 4CJFA 2X3WA 3DRSA 4R5PA 4KV8A 4OKJA 2PBDA 4YY3K 3SMPA 1XNQK 1IG9A 2F7OA 2HBKA 2YLLA 3IMXA 3WXKA 4FWKA 1TKZA 1TQWA 3M8PA 4PL8A 5AQPA 1WBDA 1IKVA 2P9LB 1RCHA 2Z1GA 2IC3A 1DTQA 3MDQA 4BG9A 1Q81O 1KVAA 5FRNA 5BR8K 1WN7A 4DF8A 3ISNC 2E4LA 4CZJA 4LF5K 3KK2A 1HMVA 4XH4A 5AQOA 1R59O 1BPRA 2W6KA 4CZHA 1Z6RA 4A5BA 4MLEA 4DUZK 3TARA 4EZYA 4IXCA 4B1ZA 4FJMA 3AGRA 3ZEFA 2D0BA 2FF3B 3LLLA 3VKHA 4IG0A 4GV9A 4M41A 4K8XA 2D0AA 2ZGZA 3TU5A 3NF7A 3OS1A 3KWIA 4DB3A 1M90O 2V0OA 3O5BA 3VOVA 4BREA 5JLFA 2OZMA 2EX3B 3DRPA 3CJ9A 5TKWA 5CZ2A 3UITA 3AGKA 4AHCA 3QIOA 3OJSA 5KRTA 4K25A 1FW6A 2KW4A 2QA4N 3ER8C 3F9KA 3T3FA 4LD0A 2V52B 4QS7A 3AO3A 1QSLA 4LFAK 3HAJA 2VG6A 3UIQA 1YUWA 1TVRA 1C6VA 1W9HA 2Y1JA 4FJIA 3QFPA 2ND0A 4ISFA 3FFKB 3EJQA 4WE1A 4J2BA 2ZM6K 1XC3A 2OPQA 1CXUA 1CZBA 4PWDA 3Q0KA 3UKRB 4O8KA 1SL0A 2UXDK 5DM6L 3VA0A 4BR0A 4BY9C 3A5LC 3EL2A 2LSNA 4RTFD 4OX9K 3P38A 3AVAA 2RAIA 3ZT1A 2QKKA 2F8TA 3KLIA 4GVEA 4M0MA 3O80A 4PA1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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