4JN4A

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Chaperone
molecule keywords Chaperone protein DnaK
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jn4A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jn4A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jn4A03
2D1KA 4MO5A 4M63C 4BRNA 3EO3A 4EZZA 1JCFA 4ISFA 3I33A 3WXKA 2E88A 3M3ZA 3HTVA 3QBWA 5AQPA 3EZWA 1KAYA 3MK6A 4CI6A 3D2EA 3JS6A 1DKYA 4WQ4C 2A3ZA 2CGJA 3R8EA 1TUYA 2YHYA 4K43A 3WXIA 4CD1A 5AQUA 2OANA 3WT0A 2KHOA 3DWLA 3LDLA 3EKSA 4CZEA 4R5GA 4H0OA 3VF6A 5ELZA 5AFUA 4IJAA 4QS9A 4RTFD 4YDUA 1RFQA 4EZNA 3U8XA 3OHRA 2H3GX 3MN7A 3H3NO 1NGJA 1QZ5A 4XH4A 1ZC6A 2P9LA 3ATVA 1SAZA 4FWPA 2PBDA 3UKRB 4CJ7A 1X9JA 5FPDA 1IJJA 2P9IA 3H45C 4MLHA 2YJFA 3ZEUA 3LL3A 5FPNA 4JAXA 1XUPO 3FZHA 4HWIA 4KBOA 4J8FA 3WQUA 1KAZA 5FPEA 2ITMA 2P9SA 3VEYA 1NGIA 2CH6A 3QNJA 4FWLA 2BTFA 4I6MA 4DCHA 3VENA 4K41A 4FPBA 3TU5A 3WUHA 4CD3A 3VF4A 1ATNA 4FWSA 2F9TA 2NZTA 3O1WA 4BR5A 2EWSA 2CGLA 4CZFA 3A5LC 2P9KA 2ZWHA 1ZBSA 3IDHA 5AQIA 4R5LA 1TYQB 3DQGA 4CZMA 4H0VB 4DB3A 4JD2A 2VWBA 2YCHA 1GLBG 7HSCA 4BRLA 3O4WA 2A40A 3MN5A 1E4GT 4CZLA 4B1ZA 3SK3A 4PL7A 3DOBA 1H1VA 1HKBA 2A42A 2HOEA 4FPAA 4AM7A 3QICA 1DGKN 4ISEA 4K42A 3WQTA 2HF3A 1JCGA 3H6EA 5AR0A 3UKUA 1NM1A 5ADXA 3ENOA 2ASOA 4PKHA 3LDOA 3P4IA 2NLXA 4JNFA 4FSVA 1YXQA 3WXJA 1C0GA 1NGCA 3ID8A 3UB5A 4RCHA 3D2EB 3HSCA 4JHDB 3U4LA 4BREA 2WUSA 3FGUA 3EL2A 1SZ2A 2Q0RA 3LDQA 3S41A 3ATUA 3VEWA 2Q97A 3A0IX 4XEIA 4B1UB 5I9EB 5EY4A 2E2QA 2D0PA 1DEJA 3VESA 1BA1A 3FZKA 3T47A 3AAPA 4EZXA 3U9ZA 1MWKA 2Q31A 3QFPA 2GTDA 3C7NA 5AQRA 3ZX0A 3AARA 2E1YA 4BRPA 2P9PB 5BR9A 3VPZA 4HY9A 3CJCA 5F1XA 1RDWX 2QFFA 1NGHA 1K8KB 3T46A 2V7YA 2YHXA 3FFKB 4EAHD 3CJ7A 1WOQA 1NGBA 3JXUA 2HF4A 1NBWA 5LY3A 4H5TA 2P9SB 2GWKA 3GBTA 3DXKA 5EXWA 1GLAG 1C0FA 1U2VA 1D4XA 2QXLA 1Z05A 5E26A 3B8AX 5E84A 5AFUH 3VEXA 1XC3A 3MCPA 4IJNA 5BN9A 1HJOA 3AAQA 4BR7A 3VETA 2V51B 3VEZA 3AY9A 4BRDA 3VF2A 3OHXM 2FSNA 3HZ6A 3M6GA 3C0BA 2W41A 2BUPA 4A62A 3ZX2A 4JNEA 5JLHA 4WYBA 5BN8A 3BF3A 1Q18A 1JCEA 3D2FB 1BPRA 1G99A 4JWDA 5ADXH 4PL8A 1GLJO 4FOIA 1S3XA 4L3QA 4WV5A 4CZJA 4NB4A 2QWNA 1Z6RA 3GE1A 1IG8A 4BR9A 4H6IA 4BRCA 1SQKA 3FE1A 3DXMA 3FLCO 3LM9A 4R5KA 5LJWA 1GLDG 3GG4A 1DKGD 2GELA 2IIRA 4H5NA 4JWEA 1GLFO 1P8ZA 2QWOA 3UE5A 4A2AA 5EX5A 3O08A 1YAGA 3I8BA 2YI1A 4ISGA 2QWQA 2QWLA 4F00A 4BR0A 2E2NA 1BWFO 3L4IA 4EZYA 5AQJA 4PKGA 5AQHA 3LDNA 4EIAA 5KQDA 1LOTB 4QS8A 3CJBA 3MMVA 1YVNA 1NGFA 4DHYA 3BP8A 1MWMA 5JICA 4EFHA 4BR2A 4B1VA 4H0YB 4NO7A 1HPMA 5AQXA 3MN6A 4BQZA 4WQ5A 2P9NA 3CERA 1OKJA 4WQ5C 3RSEA 1K8KA 3H3OB 4EZVA 5CE3A 3O80A 1WUAA 4O8KA 3ZX3A 3DPQA 2ZF5O 4FWOA 2ZGYA 2P9LB 3HI0A 3CQYA 1HKGA 2I7NA 5LJVA 2QW9A 3ULEA 3QDKA 4Y0WA 3SLCA 3D7EO 2V52B 4CBWA 2CH5A 4XH1A 3EKUA 5KPRA 1MA9B 1RGIA 3N8EA 4BRGA 4C23A 3EN9A 2W40A 3KZBA 3GOIA 5KPZA 1KXPA 3IMXA 3M1FA 3W3DA 1QQNA 4BRKA 4I6MB 1BDGA 3G25A 2E2OA 1BU6O 1BG3A 4FWNA 3T49A 4HTLA 2QM1A 3FZLA 2P9UA 1NGAA 2Q0UA 5AQVA 4JWIA 1T6CA 2OP6A 5AQTA 2QWMA 3WXLA 3CJ9A 2PAVA 4Z94A 2A41A 5AZIA 4HYBA 5AQMA 1QZ6A 4JD2B 3DPOA 1ATRA 1BA0A 4PKIA 2FSJA 3KVGA 4BG8A 4BRHA 3MDQA 3MN9A 5AQKA 1X3MA 4EZTA 1T44A 4QS7A 3U9DA 5AQZA 4H0PA 4DQ8A 2BPRA 2IVOA 2FF6A 1V4TA 3FZFA 1HUXA 4FL9A 4LC9B 2YHWA 3FR0A 5BREA 4YDUC 4BROA 3VGMA 3CHWA 5B8HA 4E81A 2J4RA 2HMPA 1DKZA 4R5JA 4JHDA 4BRFA 4JN4A 1MDUB 1BOTO 2IVNA 5AZJA 4H5VA 5BPNA 2A6AA 1NLVA 4IWVA 3ZEUB 4EHUA 5BRHA 3QB0A 5EOYA 1QQMA 5AQYA 2AP1A 3DPPA 2P9NB 4FOEA 3RSEB 2Q36A 4XH5A 4BG9A 4EZOA 3H1QA 3HM8A 4BC2A 4F9OA 3BF1A 4B1WB 2ASMA 1HLUA 3LDPA 3CJAA 4K25A 4R5IA 5AQOA 3QFUA 2AA4A 1GLCG 1KAXA 3CIPA 4FWKA 4CZHA 3WEEB 4EZPA 4IO8A 3ULEB 4FWRA 1TUUA 4H0TB 4H0XB 4BC5A 4B1XB 3BEXA 5KPTA 2IVPA 1LCUA 1Q5LA 3VGKA 3A5NC 4H03B 4CBXA 3O1BA 1NGGA 1J6ZA 5BPLA 4A2BA 1R59O 1U2VB 1GLLO 2Q1NA 4H5RA 1BO5O 3ENHA 2P9UB 1E4FT 1QQOA 1S22A 1V4SA 1T6DA 4BRQA 4H6HA 3ZETB 4EZQA 4CBUA 1HX1A 1Y64A 2DPNA 4EZUA 3A5OC 3UKUB 1NGEA 2GUPA 3O5BA 4WQ4A 3GDQA 3FZMA 3HBTA 2D4WA 5BPMA 3L6QA 5AZIB 5FPMA 4MO4A 3CETA 1YUWA 1CKRA 3VEVA 3T48A 4FWMA 4WV7A 3DJCA 4M7YA 2QWPA 3D2FA 3O8MA 3SMPA 4BGBA 2D0OA 5TKYA 3SMSA 1XQSC 4M7XA 3BUZB 2YJEA 4BGAA 1GLEG 2NRHA 4BC3A 1CZAN 4GY2B 4JWCA 4BC4A 2VCPA 2E20A 5AQQA 4CZIA 3QBXA 5AQNA 4MLEA 2FSKA 5EVZA 2GWJA 4BRMA 3DXMB 1X3NA 3C7NB 1ESVA 2V7ZA 3GL1A 4CZGA 5F2RA 1EQYA 2P9PA 1ATSA 1NMDA 1BUPA 3LM2A 5AQLA 5BRFA 1DG4A 3SJHA 1HKCA 1U6ZA 5AZJB 4E1JA 3QMLA 2Q2RA 3CJ1A 4FO0A 4F01A 2ZGZA 2VYPA 2WINM 1QHAA 5AQSA 2E8AA 4GNIA 4CZKA 1NWKA 3T4AG 3VGLA 3UKRA 2P9IB 4BVOA 2A5XA 2E1ZA 2FF3B 4A61A 2E2PA 3DXKB 4B9QA 3A5MC 5KQ8A 4FWQA 4BRIA 3W0LA 1DKXA 4EZSA 3F9MA 3H1VX 3WEEA 5AQFA 3VOVA 3H0XA 2I7PA 5F0XA 5JMVA 3J8AA 4RWTA 4O5FA 4BVPA 4IZ9A 2FXUA 2GEMA 3IFRA 4BR4A 1ZXOA 2UYTA 3KHYA 5AQGA 3CI5A 2CGKA 4EZWA 4EZRA 4BRAA 2P9KB 4AM6A 4B1YB 2FLOA 1NGDA 1TYQA 3H46O 3IUCA 3L0QA 3TPQA 5JLFA 3R6MA 1U00A 3A8YA 3DAWA 3ZETA 5AQWA 5BRDA 4IXCA 2QWRA 2ASPA 4PO2A 2F9WA 3O6WA 3VERA 3VEOA 4EHTA 4BQLA 3R9PA 3L3OM 4H5WA 3CQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D50A 1JLEA 4MO5A 3K5OA 1BISA 4EZZA 4JYAK 2VQFK 1TK0A 4OJRA 1NMNA 3QINA 3F9KA 3TANA 2D4CA 4FJJA 1BIZA 3OYBA 1KFDA 3L2WA 1O13A 1TKXA 4GVEA 3HTVA 5JVHL 3LP1A 3QBWA 1HRHA 3ZT3A 3JS6A 1DKYA 4BDZA 3VQ8A 3S3OA 3SNNA 4I7FA 1BQNA 2YHYA 4KHYA 4CD1A 4N41A 2UXDK 3WT0A 3OW2M 2KFZA 1JXEA 2KZZA 3VF6A 5ELZA 5AFUA 2HHSA 4IJAA 4QS9A 2FC0A 4YDUA 2YX6A 4KH6A 1LWFA 4XIUA 4RW9A 5M1NA 4M3TA 1KVAA 2Z0NA 3U8XA 2HBKA 3H3NO 4XH4A 1QZ5A 2NRTA 4FWPA 4CJ7A 3SAHA 1X9JA 3D0PA 3VEBA 1IJJA 3H45C 4B9LA 3KIOA 4OPHA 3OYJA 2UUCK 4FLUA 1OH8A 1YWMA 3AVJA 2FBXA 2KQ2A 4IM2A 4BE1A 2G8UA 3KLFA 2P9SA 3VEYA 1KVCA 3TTCA 1EXQA 1NOZA 4CGIA 3CMAN 3RR8A 2BTFA 4J2EA 2X3VA 1JKHA 3S3MA 4K41A 3C65A 4FPBA 3AV9A 3LVTA 3WNEA 4CHPA 2GAFD 3O1WA 4R79A 1DTQA 4CZFA 1Q86O 4B9TA 2P9KA 2O8EA 4LSLA 4Y1DA 4CF1A 2ND1A 4R5LA 1C0TA 2EHGA 4HUGA 2A40A 2GA9D 4UQGA 3AO3A 1Q9YA 1HKBA 3CAZA 4JRQA 2OW6A 4FW1A 1JCGA 4O0JA 3ABHA 2F7RA 5FLEX 3BVTA 2Z1HA 4BECA 5ADXA 3ENOA 1HNXK 1RDDA 2ASOA 4W5NA 4GKKK 4I9QA 4FSVA 3NGZA 2WYHA 3WXJA 1NGCA 1N32K 1SU8A 3U4LA 4KB0A 2HHUA 4JK7A 3PIPL 5GAGP 2Q0RA 3LDQA 1YJWN 2F8SA 1GOAA 3AVIA 4B1UB 2Q97A 1VQ9N 2D0PA 3MAQA 4E7IA 3JAMO 4CHQA 3OS2A 3OYLA 5C0YA 3CZNA 3J80O 1MWKA 4CEOA 4FZPA 2P9PB 4E1NA 2OZSA 4HY9A 1IO2A 1JLAA 5F1XA 1OVQA 2QFFA 2RE2A 3KK7A 1K8KB 5HROA 2UUBK 1VHXA 3CJ7A 4DFKA 4NSWA 3OYNA 3P1GA 1XHZA 4H5TA 4DV2K 4L8RB 4JKBA 1LWEA 4RG8A 5GAEP 4DSLA 3GBTA 3DXKA 5CYMA 1GLAG 2RF2A 1VRTA 4CJKA 3L2VA 4O4GA 1D4XA 3NVKA 3THXB 2GF4A 5E84A 5AFUH 1XC3A 4NPHA 3RR7A 4DFMA 4E3SA 4BR7A 5H1SQ 4BRDA 4PQUA 4PY5A 3HZ6A 3IS9A 5JLHA 3UITA 3CPEA 1D9DA 4B3TK 3ZSRA 4AH9A 2NCZA 4ILGA 5MLCQ 4FOIA 4JI1K 3I0RA 4CZJA 3U6FA 3HP9A 4I1QA 4WFAL 1N8RO 1FW6A 1IG8A 1SQKA 2Z1JA 3FE1A 3LM9A 4KTWA 3HOTA 3GG4A 3C6TA 3V1RA 2IDOA 3K9JA 3I8BA 4HCBA 4AHCA 1SU7A 2QWLA 3CM6A 3SUOA 4JKAA 1SL0A 1C1AA 4YORA 1YVNA 1T7PA 2ZD1A 1RNHA 2HNDA 3MX2A 2DFHA 4NO7A 1J5OA 5KBPA 1HPMA 2RPIA 3CCQN 3MEEA 5M1QA 1K8KA 4DU4A 3QNNA 3KD1E 1NG9A 2FYVA 3NVMA 3K5MA 2P9LB 3HXMA 1HKGA 3VQAA 4JI7K 4UY8O 3ULEA 1GOBA 1ZBIA 4ILHB 3SLCA 2V52B 4CBWA 3EKUA 5KPRA 1RGIA 4C23A 2O8BA 2VQEK 3EN9A 4B9SA 3KZBA 5KGWA 1ZYLA 3CZSA 3M1FA 4DLGA 4ELTA 1QQNA 4BRKA 5DK5A 3G25A 4DSJA 1NK8A 3KKRA 3T49A 2QM1A 4DKWA 3C94A 4NYNA 1OH5A 5AQVA 1NKBA 1YTUA 4G1QA 4DQQA 3SI6A 3L8BA 4ILGB 1Q7YO 4BWJA 4HYBA 1QZ6A 1NJWA 2WYIA 2X6NA 1IBLK 1BA0A 4JEPA 5HRRA 1WAFA 4DTSA 3LALA 1R5EA 2F8TA 4LF6K 4B9MA 3U9DA 3CCRN 3SUQA 5AQZA 4V19S 1Z25A 3G71N 3RVCA 1YTAA 4JK8A 5A2QO 4DQSA 3ZT2A 2YHWA 1RDBA 1RDCA 1S6QA 4JL9A 1YI2N 1KFSA 2HMPA 1DKZA 2D1LA 3QO9A 4R5JA 1RBRA 3WNFA 4ICLA 3DDGA 5BPNA 2A6AA 3V9UA 4IWVA 5BRHA 1WNSA 5AQYA 2AP1A 4FJHA 1ASUA 2RAIA 4FOEA 1CZ9A 4KB1A 4EZOA 2OBMA 4DR1K 3CYMA 4LFAK 2YI9A 3BF1A 3O4QA 1GOCA 3ITHA 4NCBA 1WN7A 1KAXA 3CIPA 3SAGA 4EZPA 4IO8A 5C42A 4LF7K 3H08A 4FWRA 4H0XB 4BC5A 4ILHA 2Y1IA 4B1XB 3CC2N 4CJTA 4F8RA 2O8BB 3VGKA 4YOWA 4FLZA 3HO1A 4M3UA 3CMEN 2A1SA 3T7ZA 2G8VA 3TTFA 2HHQA 5BPLA 4YOVA 1NJYA 2OPPA 3BVUA 1GLLO 3OJUA 3ENHA 1HWWA 2GV9A 3SOGA 4BRQA 3M5RA 1NU0A 3AVLA 1WSHA 1Y64A 4Z4EA 1IV0A 1NGEA 1UWBA 3B6OA 3O5BA 4WQ4A 3GDQA 3FZMA 3HBTA 4FXDA 4RW8A 3L6QA 5BPMA 3TARA 4F2SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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