4JN4A

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Chaperone protein DnaK
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Chaperone
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jn4A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jn4A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jn4A03
3WEEA 4BRFA 4H5VA 5BN8A 5BPLA 2BPRA 4FL9A 2E2PA 5AQFA 1TUYA 4XH4A 5AQTA 4EZTA 4JN4A 4JAXA 3SJHA 4FSVA 1E4GT 3LM2A 5AR0A 4H0XB 3D2EB 3U8XA 3L0QA 1J6ZA 4CZLA 5E84A 3L6QA 4XH1A 4FWRA 4EZOA 3DXMB 3R6MA 3H3OB 3VF6A 2D1KA 4JNEA 2IVPA 3AAPA 4BRDA 5EXWA 1K8KB 2HOEA 4BR2A 3KHYA 2UYTA 3CJ9A 4E1JA 3WQTA 5F2RA 2E1YA 4B9QA 4BVPA 1NM1A 3R9PA 3KZBA 4Z94A 5KPZA 2GWJA 1XC3A 5AQHA 1H1VA 1Z6RA 2FLOA 2P9UB 3C0BA 3MN9A 1GLLO 1G99A 3ZX0A 2Q0RA 4PKHA 5KQDA 4L3QA 4YDUC 4WQ5A 3WXKA 1NGCA 3C7NB 1TYQB 3QFPA 4M63C 5JLFA 3OHRA 4MLHA 5FPMA 3ATUA 1NMDA 4BR7A 4O5FA 3VF4A 5F0XA 5TKYA 1CZAN 3GG4A 1NGEA 3CIPA 4Y0WA 1JCEA 1C0FA 4JD2B 1BO5O 2IVOA 1RGIA 3EKSA 3ZEUB 5FPDA 5AZIB 1QQOA 2CGLA 3W0LA 4WV5A 5BR9A 3WXJA 4A62A 1BU6O 2ZWHA 1TUUA 4BG9A 5AQXA 5AQZA 4PL7A 3O5BA 3T4AG 4QS7A 2P9KA 3IUCA 2CH5A 2AA4A 2QWMA 1CKRA 3MCPA 5CE3A 4PL8A 3A8YA 3VEXA 1DKGD 3BF3A 5KPTA 3QBWA 2E1ZA 4BC5A 4BC3A 4CZHA 5BPMA 1WOQA 3GOIA 4HY9A 3ULEA 3VPZA 4GNIA 4M7XA 1BUPA 3U9ZA 3N8EA 1DKXA 3ENHA 3SMPA 3UKRA 4CD1A 2PAVA 3JS6A 5JICA 2YHXA 1GLAG 3WUHA 1BOTO 1MWKA 4FWOA 1GLBG 4EZSA 3MDQA 5AQQA 3WXLA 3ZETA 2HMPA 5AQRA 1ATNA 1SQKA 3RSEB 5BPNA 5AQPA 4DB3A 2CH6A 2YHYA 2ZGYA 1T6DA 4B1ZA 2BTFA 2DPNA 3CJCA 3MK6A 3FR0A 4R5IA 1ATRA 3O1WA 4FWQA 3D7EO 2QFFA 4MO5A 5LJWA 4RTFD 4PO2A 3QICA 2GUPA 2QWOA 2NRHA 2Q31A 2NZTA 5AQGA 3D2FA 3DOBA 3U9DA 4BQLA 4J8FA 3HM8A 3UKUA 3FZLA 4AM7A 3B8AX 4M7YA 3IMXA 3DAWA 2E8AA 2P9KB 4CZMA 1GLFO 1JCGA 5EY4A 5LY3A 4A2BA 5ELZA 2OANA 3T49A 4BRLA 1MA9B 1QZ5A 2Q36A 4XH5A 1QZ6A 4BGBA 4HTLA 4IZ9A 3FGUA 5EVZA 2HF4A 5BRDA 4F9OA 2GWKA 3M3ZA 4KBOA 4PKGA 3GBTA 5EOYA 3FFKB 3LDLA 3DPPA 4BR5A 3H1VX 2AP1A 3UE5A 3VENA 5BRHA 1KAYA 3CETA 4CZIA 1U2VB 3UKRB 1U00A 3LL3A 1ESVA 1V4TA 4WQ4C 3HTVA 3DJCA 3VEOA 2ZF5O 3H46O 2WUSA 3IDHA 2FSJA 3DPQA 5AQKA 3VOVA 2IVNA 4EZRA 5JMVA 2E2NA 4K25A 5AQOA 1JCFA 4BRAA 3HSCA 2P9IA 3VEYA 3SK3A 4BRNA 1S3XA 4IJAA 4IWVA 3GL1A 3FZHA 4H0OA 1ZBSA 4FWSA 4CZGA 4BRHA 2FF3B 2ASMA 4BR9A 4FPAA 2P9PA 5BREA 3J8AA 3L3OM 4ISEA 4CZFA 3FZKA 4BRQA 2CGKA 3LM9A 4JWIA 1HKCA 4JWCA 4A61A 4H0TB 1DEJA 1YVNA 1NBWA 2ASPA 1YXQA 3LDOA 3D2FB 2D0PA 2KHOA 2P9LB 3QB0A 4BRMA 4R5JA 1HLUA 2A41A 3UKUB 3VESA 1SZ2A 4BRIA 3MN5A 4QS8A 5AQMA 4CZJA 1NGJA 3WEEB 4BRPA 4FWKA 1X3MA 2F9TA 4CBUA 3U4LA 2A40A 3FE1A 1BWFO 4IJNA 1LCUA 5FPNA 4JWDA 2ZGZA 3UB5A 1GLEG 1GLJO 4EHUA 2FSKA 4EFHA 4R5LA 4A2AA 4K43A 2F9WA 3QFUA 5AFUA 5KPRA 2J4RA 2ASOA 2V51B 3LDQA 5AZJA 4H6IA 4EZWA 3MMVA 5AQVA 5AFUH 4CZEA 3OHXM 1KAXA 4FWLA 4JHDA 3BUZB 5I9EB 4WQ4A 4EZUA 3DXKA 3QMLA 4C23A 4EZQA 4CI6A 5B8HA 1EQYA 2P9SA 4BQZA 5AQLA 5AQYA 2D4WA 4YDUA 3QBXA 1BA0A 7HSCA 1OKJA 3AY9A 3FLCO 4DQ8A 2I7PA 3D2EA 3T47A 3TPQA 2EWSA 1NGAA 5KQ8A 3HBTA 1IG8A 4LC9B 2I7NA 1NGFA 2QWLA 5AQJA 2P9PB 3IFRA 4RCHA 3TU5A 1WUAA 4EZZA 1RFQA 3O6WA 1T44A 3T46A 4AM6A 4K41A 2D0OA 1YAGA 4K42A 3A0IX 3H6EA 1K8KA 4H0VB 2VWBA 4E81A 3A5LC 3H3NO 3LDNA 3WQUA 4BRKA 3ENOA 2VCPA 2NLXA 4I6MA 3H45C 1DKYA 4EIAA 2YJEA 4F00A 4BR4A 1P8ZA 4H5NA 1NGIA 4IXCA 3MN7A 3KVGA 3DQGA 4WV7A 4H5RA 4H5WA 3CJ7A 4ISGA 3CI5A 3VGMA 2FXUA 2V7ZA 3SLCA 4WYBA 1S22A 3DPOA 3H0XA 1Z05A 2VYPA 3QNJA 5AQIA 2QWPA 3M6GA 4MO4A 3VGKA 1YUWA 5AZJB 5FPEA 4CBXA 4JD2A 4BC2A 4JHDB 1ATSA 3ULEB 4DHYA 2OP6A 1RDWX 1NGHA 2QW9A 1GLCG 1ZC6A 3DXKB 1Q18A 3ZEUA 5LJVA 1NGDA 5AZIA 3F9MA 3GDQA 2P9SB 3GE1A 3O08A 3ATVA 3CHWA 4JWEA 3VERA 3BF1A 3CQYA 2Q1NA 1KAZA 3EO3A 4R5KA 4CD3A 1HPMA 3ZETB 2W41A 4R5GA 3I8BA 4CZKA 4H5TA 3CERA 3O8MA 2Q97A 3A5MC 4H03B 4BGAA 2E88A 3BEXA 1R59O 4BR0A 4EZYA 2Q0UA 4MLEA 1QQNA 3CJBA 4B1YB 5ADXA 2ITMA 4BC4A 2E20A 3ZX3A 3AAQA 4BRGA 4HYBA 4QS9A 5F1XA 4BROA 5ADXH 4I6MB 4B1UB 3DWLA 2QXLA 4NO7A 4FWMA 4EHTA 1HUXA 4RWTA 2PBDA 1LOTB 4XEIA 3ZX2A 4H0YB 2V52B 3LDPA 2YCHA 4PKIA 1QHAA 3VEZA 4BG8A 2GELA 1NGBA 2YHWA 3HI0A 1NGGA 4FO0A 4CBWA 3RSEA 2W40A 2H3GX 4EZNA 3FZMA 3JXUA 1MWMA 2E2QA 4H6HA 1IJJA 3EZWA 3VETA 1GLDG 1D4XA 1E4FT 4EAHD 3T48A 2YJFA 3EKUA 4HWIA 5EX5A 2A42A 2CGJA 2P9NA 1XUPO 2WINM 4B1VA 4BREA 1NLVA 1DKZA 1DGKN 3QDKA 1HKGA 4EZPA 4IO8A 5JLHA 1HJOA 1BPRA 3FZFA 3H1QA 5AQNA 3VEWA 4BRCA 3W3DA 1BDGA 4CJ7A 4EZVA 3CJAA 2Q2RA 2A3ZA 3WXIA 3R8EA 3BP8A 3CJ1A 3SMSA 5AQUA 2QWNA 2P9IB 2YI1A 1BA1A 3A5NC 4DCHA 4EZXA 4GY2B 2QWQA 4B1XB 4O8KA 2BUPA 4FOEA 2E2OA 1T6CA 3DXMA 2V7YA 1BG3A 3I33A 3VF2A 4B1WB 3CQXA 3EN9A 3HZ6A 4ISFA 1HX1A 4JNFA 1U2VA 1V4SA 3AARA 1NWKA 1X3NA 3O80A 2A6AA 2QM1A 4NB4A 2GTDA 3O4WA 4FWPA 3O1BA 4BVOA 1X9JA 1DG4A 1MDUB 5E26A 2P9UA 1C0GA 3VGLA 2HF3A 3M1FA 2IIRA 2GEMA 2QWRA 5BRFA 3EL2A 1Q5LA 2FF6A 1TYQA 3C7NA 4F01A 1Y64A 3ID8A 4WQ5C 2A5XA 2P9NB 4FWNA 3A5OC 4H0PA 3MN6A 5AQWA 5BN9A 3G25A 3P4IA 3L4IA 1ZXOA 1SAZA 1XQSC 2FSNA 5AQSA 1HKBA 4FOIA 1U6ZA 4FPBA 1QQMA 3WT0A 3VEVA 2P9LA 3S41A 1KXPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SUOA 1NK8A 4DTSA 4EP5A 4GV3A 1CXUA 4FL9A 2DFHA 2E2PA 2F8TA 1TUYA 4JAXA 3PIPL 4FZZA 1RT3A 1E4GT 1X03A 1FK9A 3LM2A 3TTCA 4HR1B 1GOAA 4CZLA 3LP0A 3L6QA 1NKBA 4BY9C 2HBJA 3C95A 3Q0KA 1N8RO 2F7RA 1HNVA 1WLJA 4GVMA 4JI2K 2IVPA 3VF6A 1W7AA 3IRXA 4JKEA 4BRDA 2OW6A 3NAEA 2HHSA 1QHTA 4NCGA 4E1JA 3WQTA 5F2RA 1Q9XA 4CF8A 3R9PA 2A1SA 4LF7K 5GIPA 5E41A 2P9UB 3DYAA 4KV8A 2GX9A 1I39A 3LZJA 4Q0BA 1VQLN 4NCBA 4M3YA 1NGCA 1TYQB 4O55A 3OHRA 5FPMA 3ATUA 4BR7A 3VF4A 1MJGA 1CZAN 3WXMB 3ZEDA 1SKRA 3HT3A 1B92A 4BNEA 4H8SA 5FPDA 4KHQA 1QQOA 3L2VA 1KTQA 1WB9A 2XO7A 5GAGP 1ZBUA 3O4QA 1HNWK 2Z8YA 3B6OA 2ZWHA 3THXA 1C1CA 1BISA 3L3PA 4AILC 1GN9A 1SL0A 4DV1K 3MCPA 4CJKA 4IG3A 3KD5E 3NFAA 1JLFA 3A8YA 1SU6A 3BF3A 1ZWWA 5KPTA 1K9MO 1RBTA 2E1ZA 4F4KA 3GOIA 3B51X 3ULEA 3K5NA 3VPZA 2D0CA 1NK9A 3AO5A 3MEEA 4GKJK 5HL7L 3U9ZA 1Q81O 3N8EA 3L4QA 3WNEA 4JK7A 1JLBA 3CQ8A 3SMPA 2O8DB 2N3KA 5JICA 3V1RA 1RDDA 3T7ZA 4IW0A 1Q7YO 3CFOA 3WUHA 1GLBG 3WXLA 1UAXA 1GNLA 1SU7A 5AQRA 1SQKA 1NOZA 2FYVA 3VQ6A 2JLEA 2ZGYA 4NPHA 2OYQA 4DSKA 1NJWA 4BE0A 3DDGA 4JRPA 2ND1A 3DLRA 4G9ZA 1QX1A 3PO4A 2YIAA 2HNDA 4FWQA 1VSJA 3QA8A 3D7EO 4DKWA 4MO5A 4RTFD 1CLQA 3KLHA 1C0UA 2EX3B 3SBTA 1S1WA 4YNQA 1RDBA 4RG8A 4G6QA 3LWLA 1SL2A 3UKUA 3B8AX 1EKEA 4CJUA 3SJJA 3L2UA 3OS2A 2D1LA 4M7YA 5EU7A 2E8AA 1K6YA 3VKHA 3J7AP 1D9FA 1GNTA 3HL8A 5LY3A 4AZ5A 5ELZA 3VQBA 4YY3K 2OANA 4CEBA 4XH5A 3O3NB 2XY7A 3THYA 1HRHA 2HF4A 3V81A 1HYVA 5BRDA 4CF0A 2G8KA 5DM6L 3ALYA 1C1AA 3HPOA 4FJJA 2LSNA 1U00A 1YITN 2UXBK 3C6UA 4WQ4C 3OA9A 4W5NA 3HTVA 3VEOA 3IDHA 1BQNA 4CE9A 3QERA 2A1RA 5T7BA 2IVNA 2QKKA 4NLCA 4C1NK 4DF8A 4BRAA 1W0HA 3BUBA 1FKPA 3BZCA 4IJAA 3AA2A 2OPRA 1EWQA 3CCUN 1J9AA 3IS9A 4BR9A 5FROA 4WPCA 3U6FA 4CZFA 5FLEX 2B5JA 3FZKA 2CGKA 4DG1A 4KRFA 1HKCA 4A61A 4CGGA 3RMCA 3QEPA 1YJNN 1NJIO 3D4ZA 3BVUA 1YXQA 3D2FB 3V9ZA 2C08A 3QB0A 4R5JA 2A41A 3ACOA 1SZ2A 1NGJA 2FBVA 5AJ3K 4FWKA 1IBMK 3U4LA 2VWJA 1RTDA 2A40A 1J5EK 1BWFO 3DRRA 4JWDA 3ULDA 3UB5A 4IBNA 2IDOA 2QI2A 3BZKA 2FSKA 4M42A 4IM3A 1TKZA 1NJYA 1EO1A 4A2AA 4K43A 4M3XA 3QEXA 1ASUA 3O3HA 1RBUA 4H6IA 4CZEA 4DFJA 3CFRA 1LW0A 2O0I1 4JHDA 4CCHA 3PSFA 5I9EB 3NGZA 5D3GA 3QMLA 4WFAL 2QA4N 1N32K 3SPYA 3TAPA 3CC4N 4JLHA 4JLCA 2D4WA 2YIBA 3EE9A 1VQ5N 3QBXA 1BA0A 2BDPA 3TTFA 1KD1O 3T47A 2W42A 5KQ8A 3RRHA 3HBTA 5FIGA 5M1NA 4J2BA 5AQJA 4H8KA 2B4JA 3G4SN 2YKTA 4K41A 2D0OA 3A0IX 3LZIA 3H6EA 3SPZA 1K8KA 3U3YA 3KIOA 4E7HA 3LALA 1JLQA 3LDNA 1Q8IA 3KWIA 3EEQA 3I0SA 2HHUA 4CEAA 3AO3A 5C0YA 1U49A 3DX1A 3HXMA 3THXB 1GOCA 4HUFA 1WBDA 3SQ4A 4MQDA 4ZTFA 5JVHL 4JKGB 4UQGA 4PHTX 3DPOA 1LWCA 3PLAA 4A59A 3C6HA 3OYIA 1EWRA 2QWPA 3QLHA 4FM3A 3MWPA 5GIOA 4OGEA 3P5JA 5HRNA 4CEEA 3ULEB 4JI3K 1RBVA 4C8MA 3CAZA 4CJRA 4KTQA 1GLCG 2X3VA 3SOGA 1ZC6A 2O8CA 4PQUA 2HHTA 1Q18A 4WE1A 5AZIA 4KHNA 3TR8A 2RPIA 2P9SB 1X9MA 1YWMA 1D9DA 3O08A 1Y2OA 2RAKA 4U7BA 3PO5A 3ATVA 1VSKA 3CQYA 3SV4A 1M90O 2QK9A 4DTXA 2YLLA 2NRXA 2YKNA 3NE6A 3PX6A 3CVRA 3VQEA 4DR2K 3I8BA 4CZKA 2HBMA 4CGDA 3CERA 3BVXA 2Q97A 3NH1A 4BR0A 3BEXA 5MLCQ 1TGOA 3AV9A 2UU9K 1QVFM 3UIQA 4DV6K 4OLAA 1JLCA 2E20A 4W5RA 1RT4A 5SZTA 3ASMA 4KKOA 4ILHA 4FLWA 2F7PA 1C1BA 4NO7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2G8F A;  1E4F T;  3K5L A;  4BRE A;  1VQO N;  4FCY A;  4RW8 A;  1WNS A;  1TQT A;  2VGN A;  1B9F A;  2Q2R A;  3CJA A;  3WXI A;  3HPG A;  4I9Q A;  3F2K A;  3BP8 A;  3CJ1 A;  4WFN L;  4C8O A;  1W9H A;  5AQU A;  1TL1 A;  1E3M A;  2P9I B;  3K59 A;  3ZT1 A;  1BA1 A;  3HPH A;  3A5N C;  3VQP A;  3HP9 A;  4EZX A;  4FOE A;  3OYM A;  4KH4 A;  5LL6 Z;  2HHX A;  5GAE P;  1BG3 A;  1N33 K;  4B1W B;  4ILH B;  3CQX A;  3EN9 A;  3DM2 A;  3H08 A;  4MFB A;  4M3U A;  1X3N A;  3ENB A;  4FLU A;  2G8V A;  1VSE A;  4H4O A;  4NB4 A;  1OAO A;  3O1B A;  3HAJ A;  1DG4 A;  4DQR A;  1KSP A;  4RW7 A;  2ND0 A;  5J2M A;  1C0G A;  4UY8 O;  3M1F A;  4JKF A;  2IIR A;  4TSX A;  4MQ3 A;  4F01 A;  4DFM A;  4WQ5 C;  2P9N B;  4HCC A;  3EJP A;  3VQD A;  3SUP A;  5AQW A;  5LMN K;  4FJI A;  1SAZ A;  2FSN A;  3THW B;  3PSI A;  1C6V A;  3G10 A;  4YOV A;  3RPM A;  2PYL A;  3RTV A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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