4JN4A

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
b'SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Chaperone protein DnaK
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Chaperone
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jn4A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jn4A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jn4A03
1NBWA 2ASPA 2YHWA 4EIAA 5JICA 1JCEA 2V52B 2HOEA 3FZMA 4EZNA 3ZX2A 4BRGA 3O1BA 3FLCO 4ISEA 3CI5A 3DPPA 4O5FA 4CD3A 1JCFA 3WT0A 4CJ7A 5E26A 3DAWA 4F01A 2GELA 3DPQA 1HKGA 2D1KA 2P9PB 1S22A 3EKUA 3MN5A 2P9KB 4JWDA 4B1ZA 4FWNA 1OKJA 3LDNA 5AQXA 2E1ZA 3ENHA 4H0OA 4B1UB 3UKRA 4HWIA 3ZETB 2FXUA 4B1WB 3H1VX 1ESVA 3A8YA 5F2RA 4JAXA 2BPRA 4BC3A 4FO0A 3FZFA 2P9UA 4BR2A 1RFQA 4H5VA 4BR5A 2P9LA 4B1YB 3AAPA 4BRQA 1NGJA 1U2VB 3T47A 3D2EA 4H5TA 4XEIA 3VGMA 1CZAN 2FLOA 1GLFO 2UYTA 3H6EA 3ATUA 4RCHA 3VEXA 2AA4A 3T46A 4KBOA 4EZXA 3BP8A 1QQOA 3CJAA 3T48A 4EZQA 4FWSA 5AQLA 3W3DA 4PL7A 2KHOA 1DGKN 1QZ6A 3MMVA 4JD2B 2WINM 5JLHA 2D4WA 1NGHA 3VPZA 3QICA 1XQSC 2E88A 1LOTB 2FSKA 1CKRA 1NLVA 3I8BA 4DB3A 1C0GA 1X3MA 3R9PA 4MO4A 1ZBSA 5BN9A 3LM9A 2D0OA 2YCHA 4M7YA 1G99A 4L3QA 4Z94A 3O8MA 2A6AA 3DXMA 3QBWA 4GNIA 4O8KA 1C0FA 3CJBA 3VEOA 4BRDA 5BR9A 3FR0A 3O1WA 3GG4A 3LDPA 4CZIA 3D2FB 5AQYA 3M3ZA 1K8KA 1ZXOA 3R8EA 2YHXA 7HSCA 3CIPA 2E2OA 3ZEUB 2A42A 2E8AA 5EVZA 2QWRA 2ZGYA 4XH1A 5AQGA 4H6IA 4PKHA 5EY4A 4R5IA 3SK3A 4WQ4A 2GWJA 3FZKA 2P9UB 4FOIA 3VETA 4JWIA 3RSEA 2P9IB 2CGKA 4A61A 4EZOA 3EO3A 4H6HA 2W40A 4B1XB 4F9OA 4A2BA 4JN4A 3KZBA 3DXKB 4CZFA 4H0TB 2QXLA 1Q18A 1KXPA 3SMSA 1E4GT 5BRDA 3VF2A 3C7NA 3IMXA 5AQSA 4BRLA 2E2QA 3BUZB 3GL1A 4PL8A 3UKUA 4CBWA 2ZWHA 2OP6A 1NGFA 4CZHA 3VENA 2GTDA 4H5RA 3ZX0A 4BR0A 5AZJB 1GLEG 1RDWX 2E1YA 4WQ4C 4R5GA 4H0XB 4R5KA 1NM1A 3TPQA 5LJVA 3U9ZA 4M7XA 2QM1A 1BUPA 1V4TA 3LDLA 4EZRA 3GOIA 5LY3A 3QNJA 4WV7A 5AQNA 1K8KB 1ZC6A 4B9QA 2FSJA 3CHWA 3FZHA 1J6ZA 4BROA 3L0QA 3MCPA 3A0IX 3I33A 4BC2A 4FWRA 5AQVA 5EOYA 2YJEA 2A3ZA 3H3OB 3WXLA 5CE3A 5AQPA 3A5NC 3CERA 4H5NA 4DQ8A 1SQKA 4ISGA 4YDUA 2A40A 4FPBA 3CJCA 4H03B 4WYBA 5FPEA 5AQHA 4EAHD 3FFKB 5ADXH 3A5LC 2CGLA 4DHYA 1BDGA 4JNFA 2PAVA 4BVOA 3C7NB 1T44A 3DJCA 3AARA 1HJOA 2F9TA 1X3NA 2E2PA 4J8FA 2QWMA 4BRNA 2V51B 5AQIA 1Q5LA 2QWOA 3FZLA 1Z6RA 1BO5O 4MLEA 2AP1A 3WEEA 5KPTA 1BU6O 3GE1A 1V4SA 2P9NA 3H0XA 4H5WA 3BF3A 3IUCA 3IFRA 4EZSA 2I7NA 4FOEA 5AZIA 3A5OC 2ZF5O 4R5JA 3EL2A 3LDOA 5EX5A 1QHAA 4CZEA 1RGIA 2OANA 4K41A 5KQ8A 4FWLA 5F0XA 3SMPA 4HY9A 4YDUC 3OHRA 2QFFA 1T6DA 2F9WA 1NGIA 4FWPA 1XUPO 3WQUA 2V7YA 1TUYA 2QWPA 3AY9A 5AQZA 3UE5A 1U00A 2CH6A 1GLJO 1NMDA 4K42A 3CQYA 2ASMA 3T4AG 4K25A 1HX1A 1DEJA 3L6QA 4B1VA 2QWQA 3DQGA 3CJ1A 4I6MA 3O80A 5AQRA 3W0LA 1YXQA 3UKRB 3CQXA 3WXKA 4A62A 3L4IA 5AQOA 5BPMA 4JHDA 1KAXA 3JS6A 2NZTA 3O5BA 5BPLA 3BEXA 2Q0UA 4CBXA 2ITMA 3H46O 3VEWA 4PKGA 3WUHA 3C0BA 3MK6A 4XH5A 4BG9A 2DPNA 1MWMA 3R6MA 5JLFA 1YVNA 3OHXM 4F00A 3UB5A 2FSNA 2P9LB 1BPRA 4RWTA 5FPDA 2P9SA 2ZGZA 3D2EB 3DPOA 1KAYA 4M63C 2IVOA 5BRHA 1GLCG 4HTLA 3MDQA 4EZWA 1Y64A 4BVPA 5AQQA 2HF3A 2BTFA 4EZZA 3ATVA 3FGUA 2VCPA 3ID8A 3QDKA 1WUAA 4DCHA 1ATRA 1MA9B 2P9PA 1KAZA 2P9KA 1SZ2A 1BA0A 3AAQA 2H3GX 2Q97A 1SAZA 3A5MC 3HM8A 5AQTA 4E81A 1BWFO 4PKIA 4IJAA 1X9JA 1HKBA 3O4WA 3VOVA 3ZETA 3DXMB 3WXIA 2A5XA 5BPNA 3LM2A 4A2AA 3KVGA 2HF4A 1T6CA 1HLUA 3DOBA 3O08A 3IDHA 1GLDG 1NGCA 2PBDA 5AFUA 3EZWA 4I6MB 1TYQA 3VERA 3VF6A 1BOTO 1U2VA 4JHDB 4BRPA 4K43A 4LC9B 3MN7A 4CZGA 5EXWA 1DKZA 3MN9A 1DKXA 3VEVA 3ULEA 4BR9A 3HTVA 3MN6A 1XC3A 3RSEB 4FWKA 2Q36A 3ZX3A 1H1VA 4BRFA 3H1QA 3EN9A 4NB4A 4EHTA 4JD2A 4WQ5A 3N8EA 3QMLA 3VF4A 4QS8A 4IO8A 2ASOA 4FWMA 4BRHA 4BREA 4BC5A 4BRMA 5LJWA 1DKGD 1EQYA 1NGGA 2IVPA 1GLAG 4EFHA 4EHUA 2V7ZA 2W41A 3LDQA 4BG8A 3TU5A 1BA1A 3O6WA 5AQUA 2QWLA 3HSCA 4BGBA 1MWKA 3UKUB 3BF1A 2NLXA 1JCGA 3EKSA 1YAGA 1DKYA 3D2FA 5BREA 2BUPA 2WUSA 4BR7A 5B8HA 2VWBA 4XH4A 4JWCA 1HPMA 3GDQA 3U8XA 1BG3A 1NWKA 3ZEUA 5AQJA 4H0PA 1NGDA 3HI0A 1TUUA 3F9MA 1P8ZA 2QWNA 4MLHA 4BQLA 1TYQB 4WQ5C 2YJFA 5TKYA 2HMPA 2Q2RA 5AQKA 2P9IA 4RTFD 3KHYA 2EWSA 4C23A 1IJJA 3HBTA 4R5LA 2Q1NA 3M6GA 2VYPA 4IZ9A 4E1JA 4CD1A 1YUWA 1NGEA 3ULEB 5FPMA 1WOQA 3QBXA 3DXKA 4NO7A 3U9DA 1NGAA 2FF3B 4FPAA 4H0VB 4MO5A 4FWQA 2E20A 1ATSA 5AFUH 4BRKA 4BRAA 3CJ9A 1HKCA 3JXUA 4ISFA 3VEZA 1QQMA 1Z05A 3CJ7A 4FL9A 2D0PA 4EZVA 3CETA 2GWKA 5FPNA 3P4IA 3WXJA 1DG4A 5AR0A 3QFUA 3S41A 4FSVA 1IG8A 1GLBG 4GY2B 4Y0WA 4IJNA 5AZJA 2Q0RA 3D7EO 3VESA 3WQTA 4CZLA 5F1XA 4HYBA 2IVNA 3H45C 1U6ZA 2A41A 3VGKA 1GLLO 5BN8A 3H3NO 5KPRA 5E84A 4IWVA 2NRHA 1E4FT 2YHYA 1MDUB 5AQWA 1QQNA 2FF6A 3L3OM 1HUXA 3WEEB 4BRIA 2CGJA 4CI6A 3U4LA 2P9NB 4BQZA 4BGAA 5ADXA 5ELZA 2Q31A 3B8AX 3M1FA 4CBUA 1LCUA 3VEYA 2J4RA 5AZIB 1R59O 3LL3A 3FE1A 3T49A 4WV5A 3SJHA 1QZ5A 2GUPA 4CZKA 4QS9A 4H0YB 2QW9A 2CH5A 4BRCA 4PO2A 3ENOA 4JNEA 2I7PA 1S3XA 1D4XA 4EZYA 1ATNA 4QS7A 3QB0A 4EZTA 2GEMA 4FWOA 3SLCA 5KQDA 3GBTA 1NGBA 2YI1A 2E2NA 3VGLA 5AQFA 2IIRA 3J8AA 4IXCA 4AM6A 3G25A 4EZUA 5AQMA 5KPZA 5I9EB 4CZJA 4BR4A 4CZMA 4EZPA 4BC4A 5JMVA 4AM7A 3HZ6A 3QFPA 4JWEA 5BRFA 3DWLA 2P9SB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ASPA 1JCEA 4BDZA 2V52B 1SUFA 4OGCA 3ZX2A 3TWHA 3RWUA 4CJ7A 1U04A 2EX3B 3K9KA 4C8LA 4DFJA 2HNYA 2D1KA 4NXNK 4M3UA 3EKUA 1S6PA 3ZCMA 5GINA 3RVCA 1YF5L 4FZXC 4IWPA 1B9DA 3B52X 1BIZA 3QE6A 3HAHA 3AVNA 4B1WB 4GKKK 3H1VX 5DK5A 3KK3A 4JAXA 1J54A 1I94K 4FJMA 3KDRA 4LSNA 1RFQA 5GIOA 2LSNA 3AAPA 4OO1J 4UDYX 4DWIA 1RDDA 3VQ9A 3P39A 3QEIA 3KLEA 3B53X 1FKOA 3QEXA 3PLTA 3VEXA 3HOSA 4KBOA 3W3DA 1WSEA 4RW6A 3ZSRA 4I7FA 2HBKA 1Q9XA 2C1IA 2WINM 5KGWA 2D4WA 1N32K 1S1UA 1Q86O 1XQSC 3B6PA 3ZT1A 1LOTB 1YJ9N 1CKRA 1C0GA 3B6OA 1SL0A 1ZBSA 1SUQA 3OBYA 1XI1A 5JVHL 4PWDA 2O8DB 4L3QA 4ZTJA 1JL2A 3O8MA 4Z94A 3PX0A 2JNKA 3C95A 3O3MB 4DV5K 3NGZA 3VEOA 3IS9A 3KLGA 3HXMA 4G1QA 3O1WA 3LDPA 4DSFA 2FBYA 4UY8O 5AQYA 1HMVA 1LWFA 1OH5A 4G6QA 3MXIA 1ZXOA 4IDHA 3F2KA 2YHXA 3DDGA 7HSCA 2E2OA 4IFYA 3LPTA 1TKTA 4DR1K 2QWRA 4PKHA 3S9HA 5EY4A 4ZTFA 4I2QA 1Q82O 2P9UB 5J2MA 5BR8K 3QESA 4H4MA 1RBVA 4DTXA 4BE0A 1Q7YO 2Q3SA 3SJJA 3EO3A 4H6HA 3WNFA 4F9OA 4A2BA 3OYCA 4BE1A 3KZBA 3TAGA 1VSMA 3L2QA 5M1FA 3OW2M 4CZFA 4DTSA 4H0TB 2QXLA 4Q5VA 4CEAA 3VF2A 3ERCC 5GADP 3IMXA 2P5OA 2E2QA 3GL1A 1JLQA 1HNXK 4Z4CA 4JS4A 1KQSM 1A5VA 4BDYA 1GLEG 1RDWX 3MWPA 3AO3A 4FXDA 2YL9A 2IC3A 4M7XA 4MDBA 3ER9B 3U9ZA 3DYAA 1SU6A 3LDLA 1VRUA 2IAJA 3CVRA 4RW8A 3GOIA 5LY3A 1K8KB 1BI4B 1ZC6A 5M1PA 2FSJA 3SOGA 1J6ZA 3AA3A 4KHWA 3TAPA 3AVBA 1WB9A 4FJKA 1SKWA 4BC2A 4DQQA 3QEWA 2UUBK 5EOYA 2HBLA 3BUQA 3RTVA 2PY5A 5AQPA 2HW3A 4DQ8A 1R0AA 4DV7K 4FZPA 4IG0A 1SQKA 4FPBA 3AVHA 3CJCA 5MLCQ 2PZSA 3O4QA 3A5LC 2CGLA 5KGXA 1J5EK 1BDGA 3TAFA 4NYNA 3DLGA 1JLAA 3CG7A 4B9UA 2V51B 3OYIA 5M1OA 4LF4K 1Z6RA 3VQEA 4H4OA 3BVXA 5CZ1A 3LVTA 5HRNA 1TK5A 4H5WA 1D9FA 4CCHA 3B51X 1I4TA 3CKDA 1ZYQA 3BF3A 2UXBK 5JENA 4CEQA 2I7NA 4FOEA 3A5OC 1S1XA 2WTUA 1Q9YA 4K41A 3SAGA 2OA8A 1SU7A 3M8QA 1JLFA 2F9WA 3WQUA 1XUPO 4B3MK 2V7YA 1TUYA 2OO2A 4A5AA 4N47A 3UE5A 1U00A 4I9LA 3TTDA 1GLJO 4K42A 3ZT0A 3CQYA 4AZBA 2ASMA 1QE1A 1DEJA 3L6QA 4B1VA 2HVHA 2QWQA 3CJ1A 3KK7A 1NOZA 3O80A 2QA4N 3W0LA 3WXKA 5AQOA 4ILHA 2AJQA 4JHDA 3JS6A 2NZTA 4DUYK 4CGFA 3O9SA 3EY1A 3H46O 4JKBA 4O0JA 4XH5A 4BG9A 2RAJA 2Z0VA 5JLFA 1YVNA 3OHXM 4F00A 4PHTX 2O8CA 2PYJA 2O8BA 1SL2A 2YLLA 2BDPA 3LP1A 4AHRA 1JKHA 1LAWA 4KH6A 5GIPA 4F4KA 4OLBA 4EZWA 3CZSA 2UUCK 3ATVA 4I1QA 3E9OA 2GX9A 1NKEA 4JI4K 3OS0A 3V1RA 2F1AA 1L3TA 3Q0KA 2EWFA 4HR1A 5C5BA 1YJWN 2YIAA 2H3GX 4JI8K 4YOWA 4E0DA 3HM8A 5AQTA 4E19A 4E72A 3QO9A 3V4IA 4IJAA 1X9JA 2F8SA 1KFSA 2YL6A 4C8NA 3LM2A 3MEGA 1XHXA 3CCVN 1NGCA 4BE2A 3K2PA 3K9JA 4J2EA 4I6MB 4NLBA 3VF6A 3O9TA 4LH5A 4HUEA 1JXBA 3I8DA 4B3RK 3ZYYX 4FYDA 3L3PA 4CF9A 1DKXA 1VQ9N 3NHGA 4OLAA 2ALWA 5EU7A 1CLQA 1XC3A 3VQQA 4O8UA 4BRFA 2Q36A 1RDBA 3V81A 3EN9A 4EHTA 3N8EA 5GAGP 3VF4A 4E7JA 2G8IA 4IO8A 4BRHA 1Q8IA 3MWTA 3VQDA 4BRMA 4FM3A 2NNWA 4WCEL 2O4IA 4EFHA 4EHUA 2W41A 3BUBA 4KO0A 3LDQA 2JGUA 4BG8A 4U67L 3HSCA 1Z26A 2O4GA 3HK2A 3RRHA 4XJXA 1QVGM 3G0ZA 1XHZA 4M3TA 3D2FA 2YNGA 2WUSA 3QLHA 3DRPA 2VWBA 4JWCA 1VRTA 3U8XA 3OY9A 3NF6A 2OTJN 4OPKA 4F2SA 4WPEA 1P8ZA 1RT7A 4BQLA 1K73O 1TYQB 3AVFA 2A1SA 4FZSA 3BUPA 2O8FA 5AQKA 2Q12A 2Y1IA 4GKJK 3HBTA 4R5LA 2VG7A 3CMEN 4E1JA 1YUWA 3DXKA 4CK3A 2FF3B 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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