4JN4A

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
molecule keywords Chaperone protein DnaK
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jn4A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jn4A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jn4A03
4FWRA 1GLBG 2CGJA 7HSCA 4B9QA 1T6DA 4DQ8A 2VYPA 3WXIA 1RFQA 1MDUB 3BF1A 3ID8A 5F2RA 1NGAA 3J8AA 4JD2A 2CGLA 1KXPA 5JMVA 3CJAA 3ZEUA 4EZXA 4O8KA 2FF3B 4WQ4A 4DHYA 4E1JA 5AQVA 2A6AA 4HY9A 3VESA 3UKUB 1GLDG 2FLOA 4J8FA 1SQKA 2P9LA 2ASPA 4GY2B 3VETA 2BTFA 1NGGA 2A5XA 4MLEA 4H0VB 3QICA 4BRKA 3GBTA 4EZSA 3WEEA 3CJCA 5I9EB 3FR0A 4F01A 4YDUA 2DPNA 4BR9A 2F9WA 3SMPA 3P4IA 2Q31A 4K25A 1DKZA 2VCPA 3H3OB 4CBWA 4HYBA 2P9UA 4JNFA 4L3QA 5AZJB 3U4LA 3SJHA 3T49A 1LOTB 2QWLA 3DXMA 3U9ZA 4CZJA 3FZFA 3U8XA 1C0GA 5CE3A 1OKJA 1Z6RA 4FSVA 2ASMA 4AM6A 4R5IA 4K42A 4BQZA 3VEOA 4B1YB 2QWMA 3H1QA 4BRMA 3VEZA 5AFUH 3KHYA 5AQLA 2D0OA 5AQFA 2E2OA 1KAZA 4IJAA 1KAXA 2E8AA 4BR0A 4R5JA 3BUZB 4EHTA 1NGJA 3FE1A 4FWNA 1QQNA 2CH5A 2GWKA 4H03B 2QWOA 4BRIA 2NZTA 3M6GA 5E26A 1BG3A 4CZFA 3SK3A 4Z94A 2HF3A 2I7PA 3MCPA 3SLCA 2D1KA 3FZKA 1HKBA 5FPNA 3CJBA 3O5BA 3CQXA 3F9MA 4EZUA 3VEWA 4EAHD 1BDGA 3A8YA 5BRHA 1NWKA 3LDLA 3L6QA 1XUPO 4H5VA 3A5LC 3L0QA 5F1XA 1TUYA 5FPDA 4RWTA 5AQZA 2F9TA 3FFKB 3QBWA 4B1ZA 5BRDA 2E1ZA 2ZGYA 3DAWA 3HSCA 4IO8A 3D2EB 5AQKA 1YVNA 4FO0A 4AM7A 2IVPA 2GTDA 3MN9A 3CI5A 3TU5A 2P9SB 3GL1A 2KHOA 1QQOA 3N8EA 4EZYA 1KAYA 5F0XA 4JHDA 4BC3A 1NGIA 4QS7A 2I7NA 1GLJO 4DCHA 4WQ4C 5LJVA 1BWFO 4JWDA 4BC5A 4I6MB 3VEVA 2E2PA 3OHRA 3H45C 1DGKN 3A5OC 1X3MA 1XQSC 1TYQA 2Q97A 2GUPA 5KQ8A 4CZHA 1U2VA 3VOVA 3CIPA 4HTLA 3IMXA 4M7XA 2YJEA 3QBXA 2P9IA 3T48A 2W41A 3DPPA 5ADXA 3I33A 5AFUA 2A42A 5AQIA 5TKYA 3ENOA 3I8BA 1TUUA 4RCHA 4CZMA 1G99A 2W40A 2AA4A 4CI6A 5AQOA 1SZ2A 3DXKA 2YHXA 3AY9A 4FPAA 1JCFA 1MA9B 3ENHA 3C7NB 3AARA 3WQUA 3VGKA 3WUHA 3KZBA 5EX5A 5B8HA 3T4AG 4BRAA 3ZETB 3UKUA 5AQMA 3FLCO 3MN6A 3GG4A 4IJNA 5ELZA 3RSEB 1XC3A 3LDPA 3QMLA 2E2NA 4R5GA 4WV7A 4B1VA 4JWCA 3S41A 4BG9A 3CJ9A 3EKSA 2FXUA 4F00A 4BGBA 3CHWA 2P9KB 3OHXM 4ISGA 4H5NA 3DQGA 2Q1NA 1NBWA 3GDQA 3DWLA 4BQLA 1GLCG 3WXJA 1ATRA 3H0XA 2V7YA 3MN5A 4BG8A 1BA0A 3IFRA 5AZJA 2GEMA 2D0PA 3VF4A 2A3ZA 1P8ZA 3VPZA 2GWJA 5JLHA 2E2QA 4BRLA 1S22A 2OP6A 3CJ1A 3A5MC 4JD2B 3ZX2A 4BR2A 4EZNA 1NMDA 3VF2A 1DG4A 4H0TB 4MLHA 5BPMA 1HX1A 3VENA 3HZ6A 2V51B 5AQGA 5ADXH 1R59O 3L3OM 3H1VX 1QQMA 1NGEA 4ISFA 4K41A 4H0XB 4JNEA 5AQYA 5KPTA 5LJWA 1Q5LA 3DPOA 4BREA 3D7EO 4A62A 2IVOA 3IDHA 5EOYA 2J4RA 1C0FA 2QXLA 4FL9A 1Y64A 2HF4A 3CJ7A 4BC2A 3UE5A 4BR5A 3MK6A 5EVZA 3EO3A 4BRDA 4H6IA 1HUXA 3UB5A 4DB3A 2PAVA 3D2FA 4EIAA 2V52B 2YHYA 1YAGA 3WXKA 4FWSA 3ZX3A 1Q18A 4XH4A 4WV5A 3SMSA 2P9SA 2EWSA 5JICA 5AR0A 4E81A 1GLLO 2D4WA 2AP1A 4NO7A 4PKHA 4BRHA 3L4IA 4IXCA 4EZRA 2Q0RA 3VEYA 4CBXA 1V4TA 4BRNA 2HMPA 2P9NB 3R9PA 4FWQA 5BPLA 4I6MA 4CZGA 5FPMA 1K8KB 5AQRA 4A2BA 1GLEG 4BRQA 3AAPA 4XH5A 2QWNA 3EL2A 4CD3A 5KPZA 1BOTO 5BRFA 3MMVA 4M7YA 3WT0A 3HI0A 5AZIB 2ASOA 2FSNA 2E88A 3A5NC 3QNJA 4FOIA 2P9PA 4PKGA 1ZXOA 1X9JA 4CZLA 5LY3A 4Y0WA 3FZMA 3VGMA 1NGBA 1X3NA 4YDUC 2HOEA 3KVGA 1MWMA 4EZWA 2QWQA 3VERA 1ZC6A 4EZQA 1IJJA 3EZWA 4BRPA 4CZKA 1RGIA 4KBOA 1BO5O 4LC9B 3BF3A 2QM1A 3ZETA 3UKRB 4R5KA 4GNIA 2FSKA 1TYQB 1V4SA 4FOEA 1NLVA 4BRCA 4IWVA 1S3XA 1U2VB 3CQYA 4ISEA 4BR4A 2P9IB 2P9KA 3H6EA 1E4GT 2PBDA 2ZF5O 4H0OA 2WINM 1GLFO 2GELA 3CERA 3W0LA 1J6ZA 4CD1A 1U00A 3ULEB 3VGLA 1D4XA 2BPRA 4H5WA 3DXKB 1SAZA 5JLFA 3O1BA 3DOBA 4EZPA 2BUPA 2H3GX 3DJCA 2E1YA 4RTFD 4CZEA 1BPRA 2YJFA 3BP8A 2ZGZA 1WOQA 3FGUA 3H3NO 4FWMA 1WUAA 1LCUA 1YXQA 5AQQA 3ZEUB 3VEXA 4JAXA 3ZX0A 3BEXA 5BN8A 2QWRA 4BRFA 5AQHA 4QS8A 4FWOA 1MWKA 4CBUA 3G25A 2P9LB 3HM8A 3O4WA 1HKGA 5AQTA 5EXWA 5AQXA 3QB0A 3JS6A 4H5TA 1HJOA 5BREA 5BR9A 3LM9A 2NLXA 1HPMA 4EHUA 1T6CA 3QDKA 3O6WA 2IIRA 3WEEB 4WYBA 2UYTA 1JCEA 1DKXA 3FZHA 4WQ5A 2QFFA 4F9OA 1BA1A 3LDOA 3GOIA 3MDQA 3QFPA 3WQTA 2P9UB 3O08A 3GE1A 3IUCA 4M63C 3DXMB 4EZVA 1QZ6A 4FWLA 2NRHA 1E4FT 1HKCA 3EKUA 2V7ZA 3MN7A 4H5RA 1NGHA 4EZOA 3R6MA 3VF6A 5AQNA 2VWBA 2OANA 4H6HA 2CGKA 1NGCA 1YUWA 3AAQA 3D2EA 4BGAA 3DPQA 4BRGA 2QW9A 3FZLA 1CZAN 3O8MA 1ATSA 4BVPA 2P9NA 1DEJA 2YCHA 3CETA 3EN9A 3T47A 3LL3A 5AQJA 4JWEA 5KPRA 1K8KA 5AQPA 4IZ9A 3H46O 4PL8A 3A0IX 4R5LA 1IG8A 4XH1A 4BROA 4PO2A 1HLUA 1QHAA 2ZWHA 3O1WA 2YI1A 3LM2A 3D2FB 4EZTA 5AZIA 5BN9A 4BVOA 4QS9A 3HTVA 1DKGD 1Z05A 4HWIA 5BPNA 2FSJA 4FPBA 3B8AX 4XEIA 3M3ZA 5FPEA 4EFHA 4MO5A 4B1WB 2YHWA 4CJ7A 5KQDA 1CKRA 2IVNA 4H0YB 4CZIA 2FF6A 1NGFA 1QZ5A 5EY4A 3WXLA 4B1XB 2A41A 4K43A 4A61A 4JN4A 4FWPA 4A2AA 4JHDB 4NB4A 4O5FA 5AQWA 4FWKA 3C7NA 4MO4A 3UKRA 2E20A 3HBTA 1ZBSA 4H0PA 3C0BA 2CH6A 4B1UB 3T46A 2WUSA 5AQUA 4BC4A 4JWIA 5AQSA 1BUPA 3M1FA 2ITMA 1U6ZA 3RSEA 4PL7A 1RDWX 3TPQA 1T44A 3U9DA 1GLAG 4EZZA 4C23A 3W3DA 2P9PB 2QWPA 3QFUA 2A40A 1DKYA 2Q36A 1EQYA 1JCGA 1H1VA 4WQ5C 1ATNA 4BR7A 1ESVA 3R8EA 1NGDA 3ATVA 5E84A 3ULEA 2Q2RA 1BU6O 2Q0UA 3O80A 3ATUA 3LDQA 3JXUA 4PKIA 3LDNA 1NM1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVJA 2VGMA 4DU3A 1T6DA 1RFQA 3BF1A 5F2RA 4AQYK 3NH2A 2YL9A 4FJ8A 3WNGA 3CJAA 4WQ4A 4CF9A 2FF3B 3S3NA 2A6AA 4HY9A 1VQPN 3VESA 3OS2A 3M8QA 2NRRA 4Q0BA 3T19A 1SQKA 2P9LA 4CJ4A 2X78A 3K9KA 4EZSA 4AZGA 2KTQA 2WC9A 3EZ5A 2DPNA 3BLBA 3EJRA 3ACOA 2HVIA 2QTDA 5HRPA 4FCYA 1HQEA 4JNFA 3LP3A 3SJHA 1LOTB 3DXMA 3U9ZA 4DTNA 1IKVA 4HUGA 3NVKA 3AA4A 4CK3A 4OPAA 2WONA 3AVMA 1RT2A 2YL8A 3VQCA 2E2OA 4Y1CA 4NYNA 3N4PA 3MAQA 1KAXA 2E8AA 3OWGA 4FJLA 1LAWA 1QTMA 3I8DA 3CM5A 4DS5A 4FWNA 4DSLA 2GWKA 3VA0A 4IO9L 5DMRA 3V9WA 1OH7A 4CJEA 3L2WA 5HLFA 3RTVA 2D4CA 4FLZA 4JKAA 4JK7A 4CZFA 1ILYA 2I7PA 3MCPA 1HKBA 4YOUA 2F7QA 2XY8A 3CC2N 3VEWA 1U48A 3KKRA 4KPYA 1NWKA 1YIJN 2HHVA 3A5LC 3BUDA 3L0QA 4RWTA 1N6QA 4JKGB 3FFKB 4CHQA 1BI4A 4CJRA 4E3SA 3DAWA 3VQPA 3F73A 5GIOA 3AVHA 4IO8A 4CEZA 3EJPA 4ZTFA 1YVNA 2IVPA 3MN9A 3TU5A 3CI5A 1J5OA 4PA1A 2KHOA 4KHPK 1BGXT 2ZQBA 1ZYQA 3U3YA 4N5SA 3AVAA 1NGIA 1WSJA 4QS7A 4YOXA 2I7NA 1GLJO 4DCHA 4O0IA 4WQ4C 3HAJA 5LJVA 2GAFD 1QVFM 4JWDA 4NXMK 3VEVA 2E2PA 4DTMA 1G15A 3A5OC 4NLBA 3VQBA 3EY1A 1TYQA 1S1UA 2GUPA 2YIVX 4UDYX 2PYLA 2UUBK 3MEDA 2W41A 1JJ2M 2Z0NA 2YX6A 4B3SK 3OVNA 2O4IA 1OVQA 1VQ9N 5TKYA 4FZYA 4DR2K 1VSIA 3M8RA 4HCCA 4RCHA 3SUQA 3S5TA 2W6LA 3ITHA 4DFMA 3DLBA 1SZ2A 2P51A 4AH9A 5HL7L 1ZBFA 2HW3A 3DXKA 2XO7A 3AY9A 2BDPA 3WQUA 1D5AA 3ENHA 4LFBK 4OPHA 1S9EA 3T4AG 2EX3A 1LWEA 3CFOA 4BRAA 4GKKK 1TKDA 2YKNA 3ZETB 5KGXA 3UKUA 1SS6A 1BQNA 1R5EA 3GG4A 3DDGA 1EXQA 3OYBA 1SL2A 2OPSA 4WV7A 3K9JA 5H1SQ 4B1VA 3V6DA 3AVFA 4JKEA 3KLHA 1FW6A 4ISGA 1IBMK 3AV9A 4BQLA 1GLCG 4Y1DA 4F3TA 4XIUA 3MCAB 3MN5A 3DDFA 3HPOA 3V9UA 1YJNN 1BA0A 3T69A 4CGHA 5AZJA 2GEMA 1N8RO 2A3ZA 3VPZA 5JLHA 3IS9A 1S22A 2OP6A 3V4IA 1TL1A 3ENBA 3KLGA 3SOGA 4O0JA 5J2MA 4GV9A 2ITGA 2EFKA 2O8EB 3E9PA 1FXXA 4DFJA 1JLFA 4DV3K 4CEDA 3BVUA 5LL6Z 3OYCA 1VQ4N 2O8FA 1YJWN 1N33K 3P38A 2EFLA 2O0I1 3DPOA 1Q5LA 3D7EO 5EOYA 2J4RA 4GV6A 3BZKA 2QXLA 1Y64A 3CCSN 3CJ7A 4BC2A 4M3UA 1CXQA 1WNSA 4CHYA 3VEBA 3EO3A 2PAVA 3KD1E 1VHXA 2JNKA 1YAGA 4WCEL 3QEIA 4BACA 3ZX3A 1RT3A 3HPGA 2RHKA 4WV5A 3SMSA 3VQQA 1HNVA 5AR0A 4LY7A 4E7LA 4KHQA 1GNTA 1VQNN 4CHPA 4F2RA 1REVA 4PY5A 4PKHA 4BRHA 2Q0RA 4IM3A 4CBXA 3SYVA 1V4TA 2Y1JA 2HMPA 1RT1A 3Q84A 1KTQA 1X1PA 4I6MA 5AQRA 3K5LA 5J2PA 2G8VA 4BRQA 4ILHA 4CHOA 3CZSA 2O8DA 2QWNA 3ZSXA 4BWMA 3ZT0A 3HOTA 4GW6A 4M7YA 3WT0A 1ASUA 5AZIB 2ASOA 3DLGA 2X5CA 1TVRA 4FOIA 3TABA 4PKGA 1X9JA 2NRVA 1X3NA 4YDUC 4CJQA 1NOZA 4FJGA 4A5BA 4WFNL 4Z4IA 2C08A 1RTHA 3K5NA 4AHVA 4IG0A 4BRPA 2XRIA 4KBOA 5C24A 4LC9B 3LP2A 3BF3A 4DTRA 2ALWA 2NCZA 2E5LK 4I7FA 1TYQB 1LW2A 3DX4A 1NLVA 3S9HA 3VQDA 5J2QA 1EX4A 4BR4A 1WSIA 4CEAA 2N3KA 2OBLA 1E4GT 3NF7A 4JI4K 3AO2A 2PBDA 1VSKA 3OYGA 3ALYA 5C0YA 1W9HA 3W0LA 1J6ZA 1U00A 3AO1A 3ULEB 4CJVA 4FM1A 1DTQA 3DX3A 3MXMA 1D4XA 1WAFA 4LFAK 3DXKB 2F8TA 3PX4A 1YI2N 3O1BA 3AVCA 1ASVA 5HBMA 4CECA 3DX0A 3DJCA 3KK1A 4RTFD 2EX3B 1NKBA 3PLTA 2G8KA 1RTDA 2HHHK 1BPRA 2YJFA 1J54A 2ZGZA 3FGUA 3H3NO 4LH5A 4YNQA 3HJFA 4JI1K 1NJIO 2OCEA 4B08A 4FWOA 3G25A 3HM8A 3O4WA 5AQTA 3ZSQA 1VQ7N 1N36K 3TTDA 4AZCA 4BE1A 3SNNA 5BREA 3LM9A 1T6CA 3QDKA 2IIRA 4WYBA 2UYTA 4DLGA 1DKXA 4OKKA 1JLGA 3DLEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3Q7B A;  4B9M A;  3SBT B;  1XWL A;  3A0I X;  4IEE A;  2YLL A;  4FLT A;  2FIC A;  1HLU A;  3LLL A;  3EEQ A;  4KB0 A;  2ZWH A;  1MU2 A;  5HRN A;  1GOA A;  4BDZ A;  3CYG A;  1Z05 A;  2ZJQ L;  4HWI A;  3CVR A;  4XEI A;  2Z1H A;  3J7A P;  5AJ3 K;  3TAR A;  4B1W B;  3O3F A;  3B53 X;  4M45 A;  3SQ0 A;  1YIT N;  2IVN A;  4H0Y B;  4KTQ A;  4NCA A;  1NGF A;  4IOX A;  2ZD1 A;  3CPW M;  1LV5 A;  4K43 A;  3ZED A;  2RAI A;  4AZI A;  4A2A A;  5TKW A;  4DSE A;  4FWK A;  3KAV A;  2FYV A;  4MO4 A;  2WYH A;  3UKR A;  2G8I A;  2FBV A;  1Q86 O;  1C0T A;  2G8F A;  3MEE A;  1ZBS A;  2CH6 A;  4JLC A;  1TKT A;  2KQ2 A;  3E66 A;  4JWI A;  4IFY A;  4KHY A;  3TAN A;  1QHT A;  4EZZ A;  4Q5V A;  2P9P B;  3TAM A;  1EP4 A;  4FVM A;  3J7Z O;  4WQ5 C;  3I2W A;  3MEC A;  4FZO A;  4BR7 A;  2F7O A;  1NGD A;  3OYL A;  1YJ9 N;  1N34 K;  4JKC A;  3JXU A;  1Y97 A;  3CAZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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