4JPEA

Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (bace1) inhibitors
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: from hit to lowering of cerebrospinal fluid (CSF) amyloid beta in a higher species.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 402
sequence length 402
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jpeA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jpeA02
1RNEA 2ER0E 4RRNA 3VSWA 5I3XA 3O9EA 3NDTA 5P2LA 2FDDA 5P4QA 5OZ1A 1XE6A 5P8AA 2R38A 5E5JA 1HHPA 1C6YA 5P86A 2EWYA 2QNQA 3VYDA 3SACA 1BIMA 4Y36A 3OUDB 2QMPA 5P0XA 1GVVA 5P7ZA 5P5LA 1FG8C 3NWQA 4L7GA 4DUSA 2FXEA 2WF1A 3BGCA 5P5KA 1B6LA 2HPFA 4U7QA 5COOA 2FXDA 5OYWA 5P3LA 3VV8A 5AHCA 3TTPA 5P3AA 5ER1E 5P8CA 5P3UA 4PHVA 1FQ4A 4Y48A 5AH7A 4DQBA 2IDWA 4GJ6A 1T6EX 3SA9A 4WY1A 1EPLE 5P1IA 3G6ZA 2ZHTA 4J17A 2NPHA 5P5IA 5P4JA 5P57A 5P4FA 5P45A 5KR8A 3UPJA 4I0GA 4Y47A 3UDPA 4FS4A 3LNKA 5SY3A 5P4HA 5T4SA 5P3XA 5P10A 1E81E 5JG1A 5I70A 3ZPUA 4FRSA 4ZPEA 5P89A 3PI0A 4J1CA 1SDVA 5P8OA 5COPA 2AVVA 2WKZA 3PSGA 4Y3SA 5P48A 5C9BA 5HDXA 2Q5KA 1HIVA 3KT5A 4CPRA 2Z54A 5P2QA 4DQGA 4Y3MA 5OZYA 5P3WA 5P4ZA 1EPNE 5P0WA 4RVIA 4AA9A 4I0HA 2ZJLA 1FFFC 2QI6A 2OHSA 4CKUA 5ENMA 2WEBA 4I8ZA 4ZSRA 3L5FA 3KFNA 5JFPA 3L5DA 3Q5HA 5APRE 1K2BA 3CKPA 3KFRA 5P4PA 5P6XA 5P2OA 3TL9A 3ZLQA 2J9JA 5P58A 5UPJA 5P4IA 1RQ9A 4Y3AA 3UDNA 4B00A 4DJPA 1LEEA 3GGXA 3KM4A 4HDPA 5ENKA 4GJAA 3NU3A 1FMUA 2BQVA 5P26A 5OYQA 4Y38A 4Y3NA 3OHFA 6APRE 3BUGA 3LIQA 1YT9A 5P5MA 1YTIA 4KUPA 5AGZA 1MPPA 5P2DA 3OUDA 3S53A 3HAWA 5P88A 1W51A 2Q54A 3KDBA 3DCRA 4R92A 5P0OA 4AA8A 3APRE 3URLA 1UH9A 5P6DA 3S43A 1EAGA 3HVPA 2G26A 5OZEA 5P32A 1FQ6A 2F3KA 5P1NA 1SIVA 3EKTA 1HVLA 1U8GA 4AUCA 5P6QA 3SA4A 5P3IA 1HVJA 3FIVA 4DQEA 3ZKXA 5P2SA 4I8WA 1HWRA 1GVTA 3L3AA 3NYGA 4JOOA 2F3FA 3URIA 1KJGA 4B72A 5P7GA 5P2JA 1BVGA 5AH9A 1EPRE 3UHLA 1FMXA 4Y3TA 2P3DA 5P0NA 5P4TA 4A6CA 3LZSA 3LPKA 1W5XA 1HEFE 2WF2A 4Y4ZA 2AOIA 2WF0A 2OHKA 4Y3HA 4L7JA 3PSUA 3ER5E 5P31A 4Y4UA 2BPYA 3KT2A 3OAGB 4KE1A 5DGWA 2G20A 4I1CA 5P18A 4FRIA 2G1YA 4X7IA 3VV7A 4Y54A 5P7QA 4GJ5A 3HAUA 4F76A 5BWYA 4EJLA 5P17A 2R5PA 5P3BA 3EM3A 5P2EA 1HBVA 3S8IA 5P01A 1MESA 2PK6A 5P8IA 1ODWA 1DP5A 4NJTA 1T3RA 5KQYA 3INEA 5P8MA 2O4PA 3TNEA 2NNPA 2WECA 4I0DA 5P5CA 4ACUA 4HLAA 3PHVA 3Q4BA 1B5FB 3IGBA 3OADB 1HVRA 5P4VA 5OZMA 1C6ZA 1M4HA 4Y3EA 3GW5A 6UPJA 1ZAPA 3PGIA 5CLMA 5P8TA 4K8SA 4J0ZA 4F74A 2QD8A 5P8FA 1QBRA 3UFNA 3OQKA 4RZ1A 3LIZA 2A1EA 1A8GA 1SIPA 1IZHA 2QK5A 5IVTA 3EL4A 3O9IA 2AIDA 3NSHA 4R5NA 3DV5A 5COKA 3QRVA 5P5YA 3FX5A 4Y4BA 1GVUA 3T7XA 2VJ9A 4CP7A 4Y51A 4FRKA 5P8SA 5P1PA 3IN4A 5P7LA 3OQ7A 2ZHVA 4XX4A 3VFAA 5P3EA 4FIVA 5OZAA 5P76A 3GGVA 2WL0A 4A6BA 3IXKA 4Y5GA 5SY2A 2QMDA 3OK9A 2AOEA 3K4VA 5OYRA 5OZOA 1XN3A 5P27A 3PCWA 3VYFA 2PSVA 2OAHA 5P55A 4ZPGA 1KJ4A 3EL1A 5P53A 1TW7A 2B8LA 3T11A 2I4VA 5IVSA 1EBZA 4LXAA 2VA7A 5P16A 3L38A 5P5AA 3OU1B 5P29A 7HVPA 4WTUA 3K5CA 4MC2A 4GMIA 3B80A 4EHCA 4ER4E 3DCKA 5P7NA 1EC2A 5P6VA 5P1GA 2G69A 5OZFA 5OZSA 5BS4A 3FNTA 5P6TA 1GVWA 1D4HA 2ZHUA 4YD3A 1APTE 2OHPA 1PFZA 4J0VA 2A4FA 1UH7A 2AOCA 5FIVA 3VCMA 3L5EA 5P2MA 5P2KA 2PWCA 3OAGA 2F81A 4ER2E 2IQGA 5I3WA 4NPTA 3DV1A 1B6JA 2VIYA 2I4DA 4OBKA 1BDRA 5P4NA 1FEJC 3OU3A 4YOBA 4Y4DA 5P4SA 5P09A 5P0IA 5DR7A 1E82E 5P3CA 5OZIA 5P4RA 4N00A 2VJ6A 3OHHA 1DIFA 3LHGA 4Y3QA 5P5BA 3SPKA 1K6CA 3ZKSA 5P6RA 4HDFA 1M0BA 5P37A 3PMUA 1HEGE 3GI5A 5P1VA 1B5FA 3OADA 2H6TA 2ZHRA 2QNNA 3GGUA 5P0KA 5OYYA 2R9BA 2P3CA 5P3TA 4APEA 5OZ9A 3I8WA 5P3QA 3SQFA 4LHHA 2P4JA 3OTYA 4B05A 5P2IA 5OZVA 5OZ4A 4Y3LA 4Y39A 2BPWA 4FCOA 3GGAA 2QZLA 3L5CA 4HZTA 3D1XA 2R8NA 4ZLSA 5P1MA 3QI1A 3ZMGA 5OZGA 3LZYA 5P0UA 3IVHA 5P1HA 2OF0A 5P4KA 5AHAA 4Z4XA 2NMZA 4Y43A 1K1TA 4U8WA 5P7CA 2NTRA 1E80E 5P84A 1PSOE 1BXOA 3U6AA 3CKTA 1G2KA 4H3IA 5P4BA 5P5RA 4DJQA 2O4LA 3KA2A 5HDUA 3UDQA 5P3MA 5P7PA 4Y3WA 2WHHA 3NU6A 4GJ8A 5P6OA 5JODA 2XFKA 5P05A 5OZKA 4FSLA 2QI7A 3HW1A 3KF0A 5OZCA 1HOSA 2HPEA 2VIEA 4PZXA 5P52A 2HS2A 2UXZA 2P3BA 5KQFA 4ER1E 3NDXA 2P83A 2QHZA 3OU1A 3MWSA 3MXDA 5P24A 3ER3E 5C9FA 5OZ6A 5P35A 1WBMA 1IDAA 3OY4A 4CPSA 2G1RA 2G1OA 2RKGA 1K1UA 5DPZA 1TZSA 3ST5A 1A30A 5P1BA 1EPOE 3B7VA 1FG6C 2HAHA 5P8EA 5P63A 2VA6A 4JPCA 2HM1A 3D3TA 3N3IA 5OZ8A 5P7IA 3INHA 3S54A 2QP8A 4H1EA 4XX3A 2ZJHA 1F7AA 5P6MA 1G0VA 5P2NA 4RROA 5OZ3A 3UCBA 1XN2A 1Q9PA 3HDKA 5P3SA 2VS2A 8HVPA 5DR8A 5P7JA 5AH6A 5P85A 2OHLA 5P0MA 3I25A 5KOQA 2OHTA 3LINA 3K5DA 2I4XA 3LPJA 2G1SA 4EP3A 4DJRA 5P6SA 5HTZA 3NU5A 4Y45A 5P38A 3QVCA 1NH0A 1B6KA 5P3RA 3SFCA 1D4LA 3CIBA 1LZQA 2MIPA 4J0TA 3BGBA 1PROA 2IKOA 1FIVA 3VF5A 5IE1A 4NPUA 1APUE 3WB4A 5P1JA 5ISJA 3AIDA 3S56A 5P6UA 3G70A 2Q11A 4FM6A 4YCKA 3KDDA 3JVWA 4NJSA 2VIZA 5P5ZA 5P6KA 1YM4A 2Q15A 1T6GA 4ZEAA 1BV7A 3R0WA 3S43B 2ZE1A 4M8YA 4D8CA 3I7EA 3SA6A 3CMSA 4I11A 5P3JA 2V16C 5P6HA 2PC0A 1EBWA 4PPHA 1IZEA 5P46A 3EBZA 5P80A 1TCXA 4HDBA 4E43A 4Y5AA 5P79A 5P6GA 1EPPE 4Y5PA 4OD9B 3TPLA 5IS4A 3IN3A 2R5QA 4DH6A 1FMBA 5P2ZA 3NUOA 1D4YA 4K4QA 5P44A 4OC6B 3T3CA 2WEZA 5P7VA 1ZTZA 3TH9A 1BILA 5P5XA 1RV7A 5P30A 2G21A 3WSJA 1CPIA 5P7BA 5P8NA 1APVE 1JLDA 3EL5A 3O9AA 4Z50A 3EKVA 2ZHSA 4Y41A 5P3ZA 5P4GA 5DQ5A 4EYRA 5P06A 4Y3GA 4M8XA 3S7MA 3K5FA 4RGHA 4LXMA 5P0PA 3PB5A 4J0PA 2R3TA 1IVQA 3F9QA 1YM2A 3NLSA 5P1YA 2B7FA 4K9HA 1TSQA 1MRWA 1C70A 3R0YA 5P87A 3TKGA 2FMBA 2XYFA 1ODXA 5HVPA 3PRSA 4YD4A 3PVKA 3IA9A 3HLOA 1QBTA 1K2CA 3AUPA 1HTRB 5P1AA 4TRWA 1B11A 5P5WA 4RVXA 3NU9A 5P6AA 3BXSA 2OHRA 5OZ5A 4BFBA 5DQCA 3MXEA 5P0HA 4IVTA 3N4LA 3H5BA 5P1WA 5P62A 1MT9A 3D91A 3L5BA 4I0JA 5P5SA 3ZOVA 5P0GA 5P2GA 4RYGA 5P59A 1RPIA 1YG9A 4DVFA 1W5WA 1AJVA 1NPVA 5P6LA 5P4EA 1ENTE 3VSXA 1EPME 5P7TA 4IVSA 5CONA 4Y5BA 3HZCA 4QJAA 3WZ6A 5P6PA 5P3FA 2AOHA 1C6XA 5P43A 3SA3A 3PI5A 4HEGA 5PEPA 5P3DA 4Q1YA 3SAAA 2V13A 3SO9A 3R4BA 4Y3XA 1QRPE 3EXOA 3LITA 2HS1A 4Y5LA 3T7PA 1BBSA 1EBYA 2ASIA 3PCZA 1MSNA 5P4CA 5P4UA 1BAIA 2I1AA 3DUYA 5P5UA 4Y4EA 2B8VA 4TRZA 1HVCA 3OUAA 3R2FA 3OUBA 4RLDA 5DGUA 4I0EA 3ZKMA 4YE3A 4OD9A 1BDLA 1EPQE 1ZP8A 3WZ7A 2HB3A 4UPJA 4DPIA 2HC0A 1BXQA 3NXNA 3QP0A 4OC6A 5P1DA 3EM6A 2ZJKA 3O9DA 5P22A 2IRZA 1ZSRA 4RVJA 5HDVA 5P0ZA 5P5TA 2FIVA 3SKFA 5OYSA 1TCWA 5P19A 3UFLA 3UDMA 3UQRA 2ZJIA 3BVAA 2H6SA 2HIZA 5P7EA 5P2CA 2G1NA 5P4LA 4A4QA 5P1UA 2QZXA 5P3YA 1EBKC 1XL2A 1HPXA 1A94A 3KN0A 1NPWA 3QIHA 3O9GA 5HE7A 3PEPA 5OZJA 5P64A 1DW6C 3URJA 4B0QA 4K4PA 3U71A 3OXWA 4NJVA 5P00A 4MC1A 5J25A 1YTHA 4H3JA 2XFJA 4GJ9A 4PYVA 5P1XA 3ZKIA 1M43A 2ZJNA 5KR0A 3QRSA 2QU3A 4Y56A 1GKTA 2ZJJA 5P7KA 2WJOA 2Q55A 3PM4A 4XXSA 3RTMA 3D1ZA 5P6NA 5P49A 2I0AA 2FDPA 4DQHA 3PLDA 5P4AA 1PSNA 5P2HA 1LYAB 2IENA 4RCDA 2AZCA 3CICA 3VV6A 4QGIA 2AVMA 5P1QA 4EXHA 5P5NA 5P0DA 5P6BA 3GI4A 4L1AB 4CMSA 1GNMA 5IVRA 4J54A 2QI0A 4EQJA 3HBOA 3Q6YA 5OZUA 5P8KA 1W5YA 2QMFA 5ISKA 1MT7A 5P40A 2QZWA 3JW2A 4GJ7A 3FSMA 4YD7A 2NR6A 1MERA 2AVOA 4ACXA 4I10A 5P83A 4Y3PA 3FNUA 2CEJA 1MSMA 1Z8CA 2P3BB 4GB2A 5P78A 4QLHA 5P2YA 5P5QA 3EC0A 4J1KA 4OBHA 5P2UA 2IEOA 3UDYA 1FQ7A 4KE0A 4TRYA 5OYZA 3LIVA 3OTSA 1HRNA 1GNOA 3BRAA 3NXEA 2PYNA 5P1EA 4Q5MA 4EJ8A 2PH8A 3UDKA 1OEWA 1SMRA 4HVPA 2XFIA 3QROA 4FLGA 3UDHA 4I0FA 4J1FA 2R43A 2QAKA 5P1ZA 5P67A 3EKXA 3ZKQA 1PPKE 1DMPA 5P2RA 3QRMA 3LZUA 3OOTA 1CMSA 4LXKA 5P4MA 2G27A 3OQFA 4DJYA 2JJIA 5P4XA 3VUCA 3TPPA 2FS4A 3QAAA 3NUJA 1W6HA 5P4DA 5P7MA 5P0BA 2FGVA 4Y5KA 2AQUA 5OZLA 1W6IA 1LF3A 3KMYA 4J0YA 3OGQA 4GYEA 4EQ0A 4OBFA 4DJOA 3OOZA 3KYRA 3MSKA 5HDZA 1QS8A 1VIKA 2O4SA 3DM6A 4Y5CA 4AMTA 3OQDA 4BELA 5P0FA 1K6PA 5P08A 5KOSA 2WEAA 2NMYA 3JVYA 1HXWA 3FNSA 3UQPA 1XDHA 2OHQA 1VIJA 3WZ8A 5OYTA 4KB9A 1SBGA 3RTNA 4RCEA 3PWWA 4Y4AA 5P3GA 3UTLA 1LYAA 2VJ7A 3O9FA 1KZKA 1K6TA 3BVBA 5P77A 5OZNA 3SABA 4BEKA 3S7LA 5P6CA 2FNTA 5P8JA 5P50A 2G94A 3EMYA 4Z22A 2G24A 4L1AA 5KQZA 1AIDA 3MSLA 3DOXA 1YX9A 7UPJA 9HVPA 2PSUA 2ZYEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RNE A;  2ER0 E;  4RRN A;  3VSW A;  5I3X A;  3O9E A;  3NDT A;  5P2L A;  2FDD A;  5P4Q A;  5OZ1 A;  1XE6 A;  5P8A A;  2R38 A;  5E5J A;  1HHP A;  1C6Y A;  5P86 A;  2EWY A;  2QNQ A;  3VYD A;  3SAC A;  1BIM A;  4Y36 A;  3OUD B;  2QMP A;  5P0X A;  1GVV A;  5P7Z A;  5P5L A;  1FG8 C;  3NWQ A;  4L7G A;  4DUS A;  2FXE A;  2WF1 A;  3BGC A;  5P5K A;  1B6L A;  2HPF A;  4U7Q A;  5COO A;  2FXD A;  5OYW A;  5P3L A;  3VV8 A;  5AHC A;  3TTP A;  5P3A A;  5ER1 E;  5P8C A;  5P3U A;  4PHV A;  1FQ4 A;  4Y48 A;  5AH7 A;  4DQB A;  2IDW A;  4GJ6 A;  1T6E X;  3SA9 A;  4WY1 A;  1EPL E;  5P1I A;  3G6Z A;  2ZHT A;  4J17 A;  2NPH A;  5P5I A;  5P4J A;  5P57 A;  5P4F A;  5P45 A;  5KR8 A;  3UPJ A;  4I0G A;  4Y47 A;  3UDP A;  4FS4 A;  3LNK A;  5SY3 A;  5P4H A;  5T4S A;  5P3X A;  5P10 A;  1E81 E;  5JG1 A;  5I70 A;  3ZPU A;  4FRS A;  4ZPE A;  5P89 A;  3PI0 A;  4J1C A;  1SDV A;  5P8O A;  5COP A;  2AVV A;  2WKZ A;  3PSG A;  4Y3S A;  5P48 A;  5C9B A;  5HDX A;  2Q5K A;  1HIV A;  3KT5 A;  4CPR A;  2Z54 A;  5P2Q A;  4DQG A;  4Y3M A;  5OZY A;  5P3W A;  5P4Z A;  1EPN E;  5P0W A;  4RVI A;  4AA9 A;  4I0H A;  2ZJL A;  1FFF C;  2QI6 A;  2OHS A;  4CKU A;  5ENM A;  2WEB A;  4I8Z A;  4ZSR A;  3L5F A;  3KFN A;  5JFP A;  3L5D A;  3Q5H A;  5APR E;  1K2B A;  3CKP A;  3KFR A;  5P4P A;  5P6X A;  5P2O A;  3TL9 A;  3ZLQ A;  2J9J A;  5P58 A;  5UPJ A;  5P4I A;  1RQ9 A;  4Y3A A;  3UDN A;  4B00 A;  4DJP A;  1LEE A;  3GGX A;  3KM4 A;  4HDP A;  5ENK A;  4GJA A;  3NU3 A;  1FMU A;  2BQV A;  5P26 A;  5OYQ A;  4Y38 A;  4Y3N A;  3OHF A;  6APR E;  3BUG A;  3LIQ A;  1YT9 A;  5P5M A;  1YTI A;  4KUP A;  5AGZ A;  1MPP A;  5P2D A;  3OUD A;  3S53 A;  3HAW A;  5P88 A;  1W51 A;  2Q54 A;  3KDB A;  3DCR A;  4R92 A;  5P0O A;  4AA8 A;  3APR E;  3URL A;  1UH9 A;  5P6D A;  3S43 A;  1EAG A;  3HVP A;  2G26 A;  5OZE A;  5P32 A;  1FQ6 A;  2F3K A;  5P1N A;  1SIV A;  3EKT A;  1HVL A;  1U8G A;  4AUC A;  5P6Q A;  3SA4 A;  5P3I A;  1HVJ A;  3FIV A;  4DQE A;  3ZKX A;  5P2S A;  4I8W A;  1HWR A;  1GVT A;  3L3A A;  3NYG A;  4JOO A;  2F3F A;  3URI A;  1KJG A;  4B72 A;  5P7G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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