4JS4A

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a da16 oligonucleotide
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
468
structure length
468
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords dT16 oligonucleotide
total genus 137
structure length 468
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4js4A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4js4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4js4A01
3TI0A 1O1WA 3RWUA 3SQ0A 3NHGA 1RT7A 3ZSWA 3ZT1A 5FDLA 1SKWA 2OA8A 1C1AA 2D0BA 3I8DA 4CEOA 1U47A 4CJ3A 3V9WA 1LWEA 3DM2A 3HVTA 1KVAA 4FM0A 5I42A 3T1AA 4C8KA 3KTQA 2XO7A 3TAQA 3VQAA 5SWMA 2HHQA 2LSNA 3TARA 1TKTA 3TR8A 4FLZA 4F4KA 2KTQA 4DWIA 1HYVA 4EZ6A 3M8QA 3OS1A 1VSIA 3OS0A 1ASVA 2W42A 1T05A 4CECA 4NYNA 4YNQA 4OLAA 3OYKA 4E7KA 3AO5A 4ELTA 5HRRA 4IDKA 3RRHA 2DY4A 4CJTA 2YNIA 1BQMA 4ZTJA 3DLHA 4FLUA 4K8ZA 3LANA 1WN7A 4HUFA 4H4OA 1B9DA 1ZBHA 3TAFA 3VQBA 3IAYA 3HO1A 4KV8A 4PA1A 4Z4IA 4DU3A 1IH7A 3OYMA 2RPIA 3L2WA 1NK0A 2HHTA 4JLHA 4NCGA 3KKSA 4DLEA 1JXBA 3OYCA 4Z4EA 4DG1A 4CK3A 3ZSRA 3QESA 3QINA 3WNGA 4XIUA 3HJFA 4I7FA 2Y1IA 4CJRA 1Q9XA 4OKEA 4RW4A 3DLRA 1Z26A 4CHQA 4EP5A 3KD5E 2XHBA 1YT3A 2O4GA 3S3MA 4BDPA 4B9SA 4FW1A 5FROA 4B9TA 3SJJA 4CFBA 4KREA 1WLJA 1NJXA 4W5NA 4NCAA 1QSLA 3NE6A 4IFVA 2QK9A 4CGIA 3VN5A 3NCIA 4FCYA 4E7IA 3QETA 3ZT3A 1RTJA 1BQNA 2IDOA 3ZSZA 5KTQA 3PX0A 2OYQA 4CHNA 4O4GA 2WONA 4B8AB 3PX4A 4FYDA 1ZBFA 2Z1GA 3LWMA 2BDPA 1S6QA 1IKXA 4IFYA 2P1JA 3OYBA 1L3VA 4M3RA 1Q8IA 4KFBA 2VG7A 2A1RA 1RBSA 3TANA 4RG8A 4DQQA 2HVHA 4Q5VA 1N5YA 4DQRA 4I9QA 1RT2A 1W0HA 3K59A 4F3OA 2BE2A 3OYLA 2D5RA 2DFHA 1UA1A 4ZHRA 3C6TA 3U6FA 3CM6A 4FJHA 3ZT0A 3TAGA 3VA3A 2Q3SA 1IG9A 4PQUA 3B6OA 3P1GA 4CEDA 4CJVA 1RT1A 4KTQA 1QS4A 4FK4A 4I2QA 1C1BA 3AV9A 2Y1JA 4FM2A 3VA0A 1RTDA 1RBTA 4GVMA 1D9FA 3V4IA 1YTUA 2FBYA 2RF2A 4CJLA 1RDBA 2NUBA 2OPRA 4CF8A 3CQ8A 4N5SA 4FZYA 4EP4A 4MFBA 1Q9YA 4CIEA 3L3VA 4CGHA 3L8BA 4LH5A 4CIFA 2G8FA 4M3YA 1XI1A 3RRGA 4IG3A 4CEBA 2F8TA 3LPUA 3DOLA 1YTAA 1FKPA 1VSMA 2FBXA 4E1NA 5HRSA 4DFPA 3AA2A 5HRNA 3ASMA 3VQ8A 1XHZA 2ZE2A 4DMNA 1RT4A 5FRNA 3WNEA 4DTMA 1GOCA 3HXMA 1XHXA 1FKOA 2OPPA 5E41A 3P83D 1VRTA 4LD0A 3ZSYA 4DQIA 2XY8A 4KHQA 3SUOA 1IO2A 1Z25A 1TL1A 4AHCA 1IKWA 1NK9A 1X1PA 3EYZA 4DFJA 2HNZA 1ZBLA 3C95A 1VK0A 3QO9A 1ITGA 3AA3A 1C0UA 4BWMA 3M8RA 1R0AA 1DLOA 3DLKA 2OZMA 3AVJA 4W5OA 3DOKA 4F8RA 1LWCA 4M41A 4QCLA 1U48A 2E6LA 4DTRA 2WOMA 4B08A 4E89A 4ELVA 3KLIA 1K6YA 1FK9A 1ZBIA 3BDPA 1X9MA 3HVRA 4CHYA 1JKHA 1RT5A 3ZSOA 3T3FA 4FJ9A 4BACA 4O0JA 3SQ2A 1JLAA 3K5NA 4JS5A 1CXUA 1HNVA 1VSDA 1ASWA 3HP9A 4CHZA 1BHLA 1TK5A 3PO5A 4W5TA 1J54A 2VWKA 2RN2A 1LWFA 1S1XA 4RW8A 3NH0A 3DYAA 3ZT4A 1A5XA 3QEPA 1KLMA 3LP2A 3AA5X 1NJYA 2ITGA 1S9GA 1TAQA 1RILA 1KVBA 1BIZA 4J2BA 2VG5A 3LALA 1BL3A 3DRRA 3ITHA 4B8CA 1KTQA 4DS5A 3CG7A 1WSEA 5HP1A 4N56A 4BE1A 1RDCA 4DTOA 4N76A 4E1MA 4DLGA 1D8YA 3LDSA 4W5RA 3O3FA 1NK4A 2HMIA 4DQPA 3UIQA 2G8WA 1KLNA 3HSTB 1QSYA 4OPKA 1I3AA 1JLBA 2IC3A 5KRSA 3QEIA 4DSIA 2HNDA 1TK8A 1HPZA 2QKBA 2HHWA 4BE0A 3VQDA 1RCHA 1SKSA 1VSEA 4AHUA 3OYEA 1U4BA 4KTWA 4AHRA 4CF0A 3NF7A 5J2PA 3AVMA 4E7HA 3NGIA 3EY1A 2KW4A 4OKJA 2KZMA 4C8NA 3MECA 3K5OA 4DFMA 3TABA 4E7LA 4OGCA 4F3TA 4DTPA 3NF9A 5HLFA 3CYMA 2HNYA 3K2PA 4CIGA 2ZQBA 4B9MA 3AVKA 4WE1A 4DF8A 2YHAA 3KK2A 1T7PA 3PY8A 2Z1HA 4CHPA 2E4LA 2PY5A 4HCCA 3PO4A 4GMJB 4CF9A 3RMAA 4YFUA 3NF8A 4F2SA 1RBUA 1EXQA 1WSIA 4CEFA 5J2MA 2IAJA 4OVLA 3O4NA 3ZSQA 1A5VA 1RTHA 3LAMA 4CK1A 3H08A 3SPZA 1KRPA 1D5AA 4MQ3A 4KI4A 2O4IA 2HHVA 3B6PA 2X6SA 4DQSA 3F9KA 2PYLA 4DSEA 5CZ1A 4J2EA 3AVFA 3VQEA 3MXJA 4PWDA 4LY7A 3MEDA 4KAZA 3O4QA 4IBNA 3RMBA 1J53A 1HMVA 3OYAA 3AO3A 5K14A 3CFPA 1UA0A 1BISA 1TVRA 4CCHA 4QOZB 1SL1A 1VSKA 2IS3A 3MAQA 3D0PA 3PV8A 1SL2A 4CGDA 3AVLA 4FJJA 5SZTA 2B6AA 5J2QA 4HTUA 3V9SA 2YNHA 1B92A 4KO0A 4FJNA 2HHXA 3V1OA 4CFCA 1BIUA 1WAJA 3HPOA 3I0SA 1VSHA 1BGXT 4AHVA 1C1CA 1HRHA 3AO1A 4AHTA 3KK3A 1X9WA 4PUOA 1WNSA 3LP3A 2HHSA 2G8IA 4CFAA 4Z4GA 1SUQA 2YNFA 3NAEA 2VWJA 1S6PA 2XRIA 4CJSA 4CE9A 3U3YA 3OYFA 3ZSVA 3KLHA 1DTTA 4Z4FA 5KGXA 1HJRA 2OPQA 3KIOA 2YKMA 3L2VA 4BDYA 1WSHA 2JLEA 4DTSA 3OS2A 4FK0A 3LP0A 2X74A 1ASUA 1C0TA 3VQ7A 1S1TA 4DTUA 4DFKA 4W5QA 1RBRA 3AVCA 4FZXC 4CERA 1RT3A 4CJQA 1IKYA 1L3SA 3DMJA 2QXFA 3VQ5A 1LAWA 1S1VA 5C25A 4M3XA 4ICLA 1NK6A 3AVNA 1GOAA 2F96A 3D45A 1S1UA 1BCOA 1KCFA 4JRPA 4OKKA 2P5OA 1NJZA 4M3WA 3SPYA 3PUFA 3HP6A 3L2RA 2G8KA 1KFDA 3K57A 3VQ6A 1NKCA 2D0CA 3LZIA 2BGGA 2E6MA 4KTZA 5KGWA 1RDAA 2GBZA 4M3UA 5HBMA 1REVA 4BDZA 4M45A 3VQ4A 4Q0BA 3KLFA 4FJ7A 2GUIA 1QSSA 4FJMA 2GV9A 4O5BA 3QEVA 2AJQA 4H8KA 4I9LA 1L5UA 1VSFA 1JLEA 4DF4A 4LSNA 3DI6A 4DSFA 1NKEA 3NGZA 4DSLA 3V9ZA 4N41A 3AA4A 4KPYA 1I39A 3I0RA 1VSLA 3VQ9A 4CJ4A 4LSLA 4E3SA 3OYDA 1JLQA 3AO2A 5DK5A 1GOBA 4CEEA 3NDKA 5DMRA 3CFOA 4KHWA 5JS1A 3V9XA 1LW0A 3WNFA 5I3UA 3L2QA 3IG1A 3K5MA 1L3TA 2Z1JA 3G10A 5CY4A 1N6QA 3QLHA 3AVAA 5JS2A 3SI6A 3MXIA 1J5OA 3RR8A 4HHTA 3ISNC 4CGJA 1ZBUA 2Z1IA 3OYNA 1YVUA 1A5WA 4BWJA 3NBPA 3IRXA 3AVGA 4QAGA 1SL0A 4EZ9A 4CK2A 1TKDA 3KLEA 4FM1A 3RR7A 4N47A 3V81A 3G0ZA 3HPHA 4DU1A 1L3UA 3SQ1A 4KHUA 5FRMA 3LPTA 2BANA 4E19A 2B4JA 3SZ2A 2ZD1A 4PY5A 3L3UA 3DRPA 4JRQA 3OVNA 4CEAA 3SUQA 1LV5A 1J9AA 4CEQA 3NF6A 4M42A 5CZ2A 2FBTA 1TL3A 2ATQA 1EKEA 4CEZA 1VSJA 4GW6A 1TAUA 1XWLA 3OJSA 4B3OA 2X6NA 2X78A 3F73A 3THVA 4C8LA 4CHOA 4B9LA 4M3ZA 3NGYA 1HYSA 1U04A 3V1QA 3V6DA 3VQPA 1HQUA 5HROA 4TSXA 4FK2A 3WNHA 4DSJA 4ELUA 4FLVA 1HYZA 1SKRA 5KI6A 3NFAA 1WAFA 2HB5A 2QKKA 1NOZA 1QQCA 4DSKA 3M8SA 2G8HA 1WSGA 3V9UA 1Y97A 3ZT2A 3LZJA 4HUEA 3SQ4A 1NK8A 2DFFA 4B9VA 2RKIA 2P5GA 4G1QA 4FJXA 1HNIA 4KHSA 3SV3A 2IGIA 3V1RA 3HM9A 4OGEA 4AHSA 1NJWA 1RBVA 4Z0UA 4DU4A 1SV5A 4K8XA 3BGRA 1EP4A 1JXEA 3RTVA 2HHUA 2EHGA 1FXXA 1JLGA 3M8PA 4H4MA 3O3GA 2HVIA 3SUPA 4FLYA 4CJ5A 2I5JA 2YV0X 1KSPA 4CGGA 4CJWA 4O44A 2FC0A 1XC9A 1JLFA 3QIOA 4FJIA 3OYJA 1U49A 3MEGA 3OYHA 3OYGA 3ULDA 4KB0A 1LAVA 3AO4A 4FJGA 3LAKA 1B9FA 3KD1E 4BE2A 1QE1A 3AVBA 3IS9A 1UAXA 2JGUA 4RW7A 3QNNA 4DS4A 3QNOA 5HRPA 4M3TA 4DTJA 3CM5A 1TKZA 1EETA 3ZSXA 4CF1A 1DTQA 4O0IA 3OY9A 3SV4A 1QTMA 1CXQA 3DLBA 1UWBA 1C6VA 1NKBA 1U45A 4KHNA 2KZZA 3NH1A 4B9NA 1JLCA 5J1EA 3TAEA 2ETJA 2OZSA 3A2FA 1TGOA 4KHYA 3O3HA 1WSFA 2IOCA 4FJLA 4O55A 4RW9A 1D9DA 4I2PA 2XY6A 3U3GA 3L2UA 4HUGA 2PZSA 1BI4A 3OJUA 1CZBA 4Z4HA 4C8OA 4NCBA 4OLBA 4DTNA 4Y1CA 5CYQA 1TK0A 4FXDA 4C8MA 2XY7A 2DFEA 1MU2A 3C94A 3VQCA 4LH4A 3HT3A 2G8VA 4F2RA 2YHBA 3LWLA 3LP1A 3DLEA 1WSJA 1RDDA 2YKNA 1NK7A 1RTIA 1BI4B 2P51A 4AILC 1T03A 4DTXA 4FLXA 4J2AA 2OPSA 3KKRA 3HL8A 3JYTA 3JSMA 4KI6A 4IG0A 1F21A 2R7YA 3K5LA 5CYMA 1S1WA 4CF2A 4HCBA 1G15A 3TAPA 1LW2A 3CFRA 4FJ8A 2KFZA 2DTUA 1TV6A 1NOYA 3ZCMA 2VG6A 3QERA 3QEXA 3SCXA 2F8SA 3KJVA 2HW3A 4KRFA 3EZ5A 2KQ2A 3VQQA 3HYFA 4CJKA 2D0AA 4Y1DA 1TKXA 3MEEA 4UQGA 3QEWA 2XY5A 2B5JA 4CJUA 1RNHA 4FW2A 1NK5A 1RT6A 4FZZA 1S5JA 3T19A 4OPJA 4FJKA 1JL2A 5KRTA 3TWHA 4KKOA 3SUNA 1X9SA 2KFNA 3P5JA 1JL1A 3S3OA 1KFSA 4FLWA 2EX3A 5D3GA 3RMCA 3DRSA 4CJPA 4J2DA 2YNGA 4IKFA 1CZ9A 3KK1A 4CJEA 4FLTA 5T7BA 5C24A 2FBVA 1QHTA 4CFDA 3TAMA 3S9HA 4CESA 3RMDA 5J2NA 3S3NA 1EX4A 3KLGA 4ID5A 1IKVA 4ZTFA 4E0DA 3K58A 2PYJA 1KVCA 4CGFA 4ID1A 4AH9A 4Z4CA 3SNNA 4HVJA 3AVHA 3SYZA 1C0MA 1UOCA 4CJFA 1S9EA 4RW6A 3QIPA 4JS4A 1HQEA 3HK2A 3ALYA 4FVMA 3DLGA 1W9HA 3AVIA 1T8EA 4B9UA 2G8UA 4OJRA 4R5PA 4L8RB 4E7JA 1CLQA 1VRUA 3NH2A 3OYIA 5EU7A 3HPGA 1BCMA 4NYFA 3PX6A 5C42A 4FJ5A 3C6UA 3MXMA 2A1SA 1ZYQA 3FFIA 3E01A 4KB1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RWUA 3L0MA 1ZHIA 2IPOB 3NHGA 2QTVA 3EE8A 4FOIA 3PIOA 1C1AA 1NM1A 2D0BA 4DCHA 2KT8A 1HPMA 4CEOA 4DV1K 2KKZA 3EHRA 5LJ3g 3A8YA 3DM2A 4CJ3A 1KSWA 3V9WA 3T1AA 3X20B 2HHQA 3TAQA 3VQAA 4OMFB 5SWMA 1ATSA 3B8AX 2KE9A 4PL8A 1TKTA 4WQ5A 2KTQA 1YHQQ 5GANj 4EZ6A 1XQHA 2QDLA 1M1KR 1O75A 1I5LA 3KUFA 1ASVA 1VSIA 4EAHD 5CR2A 1NLVA 5AFUA 4GLKA 3JCMP 3DXKB 4PJLA 3G6EQ 3FDRA 1YJWN 2M0YA 3BZKA 2PUKB 2NZTA 3CCUN 4DB3A 1OVYA 4E7KA 4PJOF 3AO5A 4EP9A 4KUIA 3EKSA 3C6HA 4ELTA 4IDKA 2DY4A 3CD6A 2HDAA 4JHDA 2YNIA 4CJTA 3EFRA 3LANA 3E9GA 2MMPA 4HUFA 3MO8A 1ZBHA 2E8AA 2DEQA 4C8QA 3KXTA 3VQBA 1YI2T 4KV8A 4Z4IA 2X4YA 2JW4A 2ZPGB 3M5AA 3LDBA 3L2WA 1M90R 4JHDB 5GINA 4EHTA 1VA7A 2A08A 3OYCA 2DPNA 4H0OA 5EX5A 3QESA 4XIUA 1OYXA 2A0FB 4YTLA 1NEXB 4C8QB 4WYBA 1JRIA 2RI5A 1N34K 4NL2A 3WXKA 1Z26A 1Y7XA 2GCXA 4HA8A 1ESVA 4CBUA 3CMAA 4AG1C 3CMEN 1T3VA 4LF4K 1GCQC 2O4GA 1AWXA 4K11A 1S22A 3KWGA 1X6BA 3SJJA 1RI0A 3TREA 1GLFO 1YJ9Q 1OI1A 4A4FA 3S6WA 5BPMA 1C0GA 4FSSA 3EGDA 4IUUA 1QHAA 3VN5A 1SRMA 3THYA 3ZT3A 2IDOA 2OYQA 4DV5K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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